Protéiné ou riche en fibres : quel petit-dej pour le microbiote ?

Alimentation

Le matin, vous êtes plutôt œufs ou plutôt flocons d’avoine ? Des chercheurs ont testé deux approches chez des adultes en surpoids. Perte de poids, appétit, microbiote… : les conclusions révèlent des différences inattendues.

A propos de cet article

Publié le 17 juin 2026

Mis à jour le 18 juin 2026

Le petit déjeuner, un repas indispensable pour tous ceux qui cherchent à perdre du poids ou à garder la ligne.
Mais faut-il privilégier les protéines (laitages, œufs, jambon…), connues pour leur effet rassasiant, ou plutôt les fibres alimentaires (flocons d’avoine, pain complet, fruits…), bénéfiques pour la santé intestinale ?

50% L'alimentation explique plus de 50 % de la variabilité du microbiote. ¹

Copieux, équilibrés, mais différent

Pour tenter d’apporter des éléments de réponses, des chercheurs² britanniques ont soumis 19 adultes en surpoids ou obèses à une alimentation équilibrée, mais hypocalorique de 28 jours. Celle-ci était basée sur des petits déjeuners copieux (45 % des calories de la journée) et des dîners légers (seulement 20 %).
Pendant 28 jours, chacun a suivi :

un régime plus riche en fibres (30 g par jour pour 15 % des calories sous forme de protéines),
puis un régime plus riche en protéines (représentant 30 % des calories pour moins de 15 g de fibres par jour)
et vice versa avec une période tampon entre les deux.

Les scientifiques ont mesuré l’évolution du poids, de la satiété, des marqueurs sanguins… et recueilli les selles des participants pour analyser le microbiote. Que montrent les résultats ?

Un régime méditerranéen, bon pour le corps, bon pour le cœur

La perte de poids au rendez-vous

Dans les deux groupes, la perte de poids était significative : près de 5 kg dans le groupe fibres et près de 4 kg dans le groupe protéines. La pression artérielle, la glycémie à jeun, le taux de lipides sanguins… avaient également nettement diminué, ce qui reflète une amélioration appréciable de l’état de santé des volontaires.
La satiété était en revanche plus prononcée dans le groupe protéines, suggérant que les protéines peuvent être utiles, pour réguler l’appétit en dehors d’un régime ou pour tenir dans la durée en cas de restriction.
Et côté microbiote intestinal? C’est une autre histoire…

C'est quoi, une alimentation “saine” (selon l’OMS) ?

L'OMS ³ rappelle qu’il n’existe pas un seul “modèle”, mais 4 principes : adéquation, équilibre, modération, diversité.
En pratique, on privilégie surtout :

des aliments peu ou pas transformés, et variés ;
au moins 400 g/j de fruits et légumes (à partir de 10 ans) ;
au moins 25 g/j de fibres (à partir de 10 ans), via céréales complètes, légumineuses, fruits et légumes;
moins de sucres libres : idéalement <10% de l’énergie totale (voire <5% pour plus de bénéfices) ;
des graisses de meilleure qualité : limiter saturées (<10%) et trans (<1%), privilégier les graisses insaturées (huiles végétales, poissons, noix).

Sucres libres

Les sucres ajoutés aux aliments/boissons (par le fabricant, le cuisinier ou vous) + les sucres naturellement présents dans le miel, les sirops, les jus de fruits et les concentrés de jus.

Graisses saturées

Des graisses surtout présentes dans les produits animaux (beurre, crème, fromages, viandes grasses) et aussi dans certaines graisses végétales (ex. huile de coco/palme). À limiter.

Graisses trans

Des graisses modifiées industriellement (souvent via “hydrogénation”) que l’on retrouve surtout dans certains produits ultra-transformés. L’OMS recommande de les garder très basses.

Graisses insaturées

Des graisses plutôt présentes dans les huiles végétales (olive, colza, tournesol…), les noix/graines et les poissons gras. Ce sont celles qu’on privilégie quand on remplace saturées/trans.

Fibres : des alliées du microbiote

L’analyse des souches bactériennes montre que, par rapport au « régime fibres », le « régime protéines » a entraîné une perte marquée de diversité et une diminution de l’abondance des bactéries connues pour leurs effets bénéfiques : bifidobactéries et bactéries productrices de butyrate, telles que Faecalibacterium, Roseburia et Anaerostipes.

Selon de précédentes études, ce type de profil de microbiote — engendré par le fait que les régimes riches en protéines et pauvres en fibres entraînent une réduction marquée de ces bactéries et de leurs produits métaboliques bénéfiques — est associé à une augmentation de risque de plusieurs maladies.

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Le rôle clé du butyrate

Le butyrate, un acide gras à chaîne courte (AGCC (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. ) ) est en effet important au bon maintien de la santé intestinale : c’est une source d’énergie pour les cellules de l’intestin, il renforce la barrière intestinale et possèderait des propriétés anti-inflammatoires et anticancérigènes.
En pratique, le petit-déjeuner riche en protéines a mieux calmé l’appétit. Mais le petit-déjeuner riche en fibres a été associé à un microbiote plus “favorable”, avec davantage de bifidobactéries et de bactéries productrices de butyrate. Alors, lequel de ces petits déjeuner est fait pour vous

Sources

^{1. Moles L, Otaegui D. The Impact of Diet on Microbiota Evolution and Human Health. Is Diet an Adequate Tool for Microbiota Modulation? Nutrients. 2020 Jun 2;12(6):1654.}

^{2. Fyfe C, Donachie G, Louis P, et al. Big breakfast diet composition impacts on appetite control and gut health: a randomised weight loss trial in adults with overweight or obesity. Br J Nutr. 2026 Feb 11:1-15.}

^3. WHO