Diarrhées virales : quand un virus retors s’invite dans vos intestins

Qu’appelle-t-on une diarrhée virale ?

On parle de diarrhée lors de l’émission d’au moins trois selles molles ou liquides par jour, et de diarrhée infectieuse lorsque cette diarrhée a pour origine une infection par un agent pathogène (virus, bactérie, ou parasite) ^1-3. Si le pathogène est un virus, la diarrhée est dite « virale ».

Quels sont les virus responsables ?

Si le rotavirus s’avère le plus mortel (210 000 décès estimés en 2016 chez les moins de 5 ans), il est loin d’être le seul virus responsable de diarrhées aiguës voire de décès : les adénovirus, norovirus, sapovirus et astrovirus tuent chacun entre 17 et 37 000 jeunes enfants par an. ⁶

A noter : le SARS-Cov-2, nom de code du virus responsable de la pandémie de COVID-19, occasionnerait également des diarrhées, dont la fréquence s’avère difficile à quantifier, les chiffres s’avérant très variables d’une étude à l’autre : des chercheurs rapportent de tels épisodes dans 2 % des cas, d’autres dans 50 % ! ⁷

Comment un petit virus peut-il déclencher une diarrhée virale aiguë ?

Dans la diarrhée virale, comme dans la diarrhée infectieuse en général, tout commence par une confrontation entre un pathogène (ici un virus) et l'hôte. L’issue de cette rencontre dépend d'équilibres complexes qui impliquent largement le microbiote intestinal : chez la souris, certaines bactéries semblent par exemple capables de prévenir voire guérir l'infection à rotavirus ⁸. Ainsi, le même virus aura un effet différent selon l'état du microbiote intestinal de la personne qu’il infecte. Un microbiote moins diversifié serait plus sensible ¹².

Lorsque le virus remporte la bataille, le processus est toujours sensiblement le même : il infecte les cellules qui tapissent l'intestin grêle et provoque des lésions qui entravent l'absorption des liquides ⁹. A la clé : une diarrhée très liquide (mais sans présence de sang) qui peut s'accompagner d'autres symptômes (vomissements, nausées, crampes abdominales et fièvre) ¹⁰. C’est la fameuse gastro-entérite virale, qui revient à la charge chaque hiver. Particulièrement sérieuse en cas d’infection par le rotavirus qui engendre des symptômes plus prononcés, elle s’accompagne en général d’une dysbiose du microbiote intestinal, chamboulé par cette invasion de virus ^11,12.

Comment prévenir la diarrhée virale ?

Compte-tenu de la dangerosité du rotavirus pour les personnes fragiles, des vaccins préventifs ont été mis au point pour en réduire la mortalité chez les jeunes enfants : la vaccination des nourrissons contre les rotavirus aurait permis d'éviter 139 000 décès chez les moins de cinq ans entre 2006 et 2019. C’est à la fois beaucoup mais peu au regard des espoirs qui avaient été placés dans la vaccination : l'efficacité du vaccin semble en effet plus faible dans les pays à revenu faible ou intermédiaire (qui sont paradoxalement les plus touchés).

Parmi les facteurs pouvant expliquer cette moindre efficacité : la composition du microbiote qui influe sur la réponse immunitaire à la vaccination intestinal ^13-16. A cette mesure préventive s’ajoutent bien entendu les conseils d’hygiène et de distanciation valables pour toute diarrhée infectieuse (voir encadré).

Comment prendre en charge la diarrhée virale ?

Très fréquentes et généralement sans gravité, les diarrhées virales peuvent néanmoins entraîner une déshydratation sévère chez les plus fragiles (nourrissons, enfant dénutris, adultes immunodéprimés, seniors). Leur prise en charge repose sur une lutte contre la perte d’eau et d’électrolytes (pour remplacer par exemple des ions sodium, potassium et chlorure, perdus) :

• par voie orale (avec des solutés de réhydratation orale, les fameux SRO) 
• ou par voie veineuse dans les cas les plus sérieux. 

Les professionnels de santé peuvent vous recommander certaines souches probiotiques pour la prise en charge de la gastro-entérite aiguë chez l'enfant : ces bonnes bactéries réduisent la durée de la diarrhée, et/ou la durée de l'hospitalisation, et/ou le volume des selles.

Que retenir ?

• On parle de diarrhée lors de l’émission d’au moins trois selles molles ou liquides par jour, et de diarrhée infectieuse lorsque cette diarrhée a pour origine une infection par un agent pathogène (virus, bactérie, parasite). La diarrhée, du fait de la déshydratation qui en découle, était responsable de 1,6 million de décès en 2016, notamment chez des enfants malnutris ou immunodéprimés ou des personnes vivant avec le VIH ^1-3.
• En cas d’infection par un virus, la diarrhée est dite « virale ». Le rotavirus est le virus le plus souvent en cause dans les décès, suivi, loin derrière, par les adénovirus, norovirus, sapovirus et astrovirus ⁶.
• Parfois, le microbiote intestinal parvient à contrer l’infection ; parfois, le virus l’emporte et déclenche une diarrhée aqueuse pouvant être associée à d’autres symptômes (vomissements, nausées, crampes abdominales et fièvre). C’est la gastro-entérite virale ¹⁰.
• La prévention des diarrhées virales repose sur la vaccination des nourrissons contre les rotavirus (moins efficace dans les pays à revenu faible ou intermédiaire), l’accès à l’eau potable et des gestes d’hygiène et de distanciation valables pour toute diarrhée infectieuse ^13-16.
• La prise en charge des diarrhées virales repose sur une lutte contre la déshydratation. Certaines souches probiotiques peuvent être prescrites pour la prise en charge de la gastro-entérite aiguë chez l'enfant. Les antibiotiques sont en revanche inefficaces face aux virus et peuvent même amplifier la diarrhée.