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Kéfir, yaourt, kimshi et miso sont les stars incontournables de nos petits festins quotidiens. Devenus populaires pour leurs saveurs incomparables, ces aliments fermentés luttent sans relâche pour la défense du microbiote intestinal.

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Publié le 16 mars 2026
Mis à jour le 18 mars 2026

Pain, chocolat, bière, fromages… Partout dans le monde, les aliments fermentés ont vaillamment conquis nos tables. Phénomène de mode ou tendance de fond, certains gagnent en popularité depuis quelques années. La raison de cette nouvelle notoriété ? Ils prennent les armes pour remettre de l’ordre dans les rangs de notre microbiote. A condition de faire bombance sans trop d’excès, la consommation régulière d’aliments fermentés pourrait en effet renforcer notre santé intestinale.1,2

Ils veillent sur nous depuis la nuit des temps

Les aliments fermentés nous prennent aux tripes depuis toujours. Les gastronomes leur offrent une place de choix à chaque menu, à tel point qu’ils constituent plus d’un tiers de l’alimentation dans certains pays. Longtemps élaborés de façon artisanale, beaucoup ont pu être produits industriellement grâce à l’invention de la conserve. Une aubaine en matière de sécurité alimentaire, puisque la fermentation présente l’avantage de freiner la prolifération de bactéries pathogènes, tout en rendant inutile l’emploi de nombreux additifs.

Ils assurent le meilleur des ravitaillements

En 1857, Louis Pasteur démontre que lorsqu’un aliment fermente, les microbes qu’il contient modifient sa composition nutritionnelle et ses propriétés bioactives. Autrement dit, sa durée de conservation s’allonge, les saveurs changent et il agit de façon différente sur notre microbiote intestinal. Ce processus s’apparente à une véritable machine de combat, qui permet d’enrichir les aliments avec des nutriments et microbes vivants bénéfiques à notre « deuxième cerveau ».3 Les bactéries, levures, champignons et moisissures qui transitent par nos intestins semblent ainsi contribuer à prévenir certaines pathologies liées à un dérèglement du microbiote intestinal, comme le diabète de type 2 et l’obésité.4, 5

The psychobiotic diet: might fermented or prebiotic-rich foods reduce stress? 15.02.2023 Régime psychobiotique : des aliments fermentés ou riches en prébiotiques pour réduire le  stress ?  En savoir plus

Ils se battent sur tous les fronts à la fois

Trois cornichons et un verre de kombucha tous les week-ends ne feront pas de miracles. Pour avoir les tripes bien accrochées, il faut consommer des aliments fermentés de façon régulière, dans le cadre d’un régime alimentaire sain. C’est à cette condition qu’ils agiront de façon positive sur votre microbiote intestinal. Notamment parce qu’ils assurent une meilleure diversité des micro-organismes présents dans l’intestin. Or cette diversité est essentielle pour favoriser une fonction immunitaire efficace et un bon métabolisme. Elle pourrait même être gage d’une bonne santé cérébrale et mentale, influant sur les facteurs de dépression, de maladie d’Alzheimer et de Parkinson.6, 7, 8

Ils prennent d’assaut les inflammations intestinales

Les aliments fermentés pourraient ainsi limiter l’inflammation intestinale.9, 10 Un mal qui touche aujourd’hui principalement ceux qui vivent en ville, où l’on consomme beaucoup d’aliments ultra transformés. Les aliments fermentés présentent par ailleurs l’avantage d’être pauvres en FODMAP. Le processus de fermentation abaisse en effet de 40 à 80% la proportion de ces glucides qui favorisent l’inconfort digestif. Un bel avantage sur le terrain, qui pourrait faire battre en retraite le syndrome de l'intestin irritable. Beaucoup d’aliments fermentés sont par ailleurs riches en vitamine K, connue pour freiner le développement des tumeurs au niveau du côlon.11, 12

Ils agissent comme stratèges de la fonction immunitaire

La fermentation induit également le développement de bactériocines, qui bloquent la croissance des bactéries nocives dans nos intestins. Les aliments fermentés nous protègeraient donc des attaques de nombreux agents ennemis, en renforçant notre barrière intestinale et en réduisant les risques d’infection.13 Certains, comme le chou, voient par ailleurs leur teneur en vitamine C augmenter. Autre atout de la fermentation pour le microbiote : le processus favorise la production d’acides gras à chaîne courte. Un vrai plus, puisque les AGCC semblent eux-aussi contribuer à réguler la fonction immunitaire au niveau de l’intestin.14
 

27.01.2023 Légumes fermentés : de bonnes raisons de les mettre au menu En savoir plus

Ils incorporent en masse des minéraux essentiels

Pour bien fonctionner, le corps humain doit absorber certaines substances en quantités suffisantes. Dont les minéraux indispensables à la vie que sont le fer, le zinc et le calcium. Or beaucoup d’aliments, comme les céréales, possèdent une teneur élevée en acide phytique. Si ce dernier nous est lui aussi indispensable, des apports trop importants contribuent à retenir les minéraux ingérés au niveau de la barrière intestinale. En réduisant la teneur en phytate des aliments, le processus de fermentation contribuerait de facto à améliorer l’absorption de ces minéraux.15

Ils lancent les troupes d’élite contre l’intolérance au lactose

Certains d’entre-nous tolèrent mal par ailleurs l’excès de lactose. L’inconfort digestif est tel que nous devons parfois modifier radicalement notre régime alimentaire. La bonne tactique ? Consommer davantage de produits laitiers fermentés, comme les yahourts et les fromages. Car si le lait affiche une teneur en lactose trop élevée pour être absorbé en quantité, ces derniers en contiennent peu, voire pas du tout. Ils régulent le transit et diminuent les ballonnements en interagissant avec le microbiote. Autre bénéfice notable, le yahourt pourrait réduire le risque de diabète de type 2.16

Leurs états de service sont irréprochables

Les aliments fermentés exposent notre microbiote intestinal à de nombreux micro-organismes en toute sécurité. Oui, une énorme assiette de choucroute pas assez cuite peut provoquer des ballonnements. Mais correctement préparés, les aliments fermentés ne semblent avoir que des effets positifs sur notre microbiote. Si malgré cela vous restez sur la défensive, commencez par déguster de petites doses de ceux que vous jugez les plus appétissants. En les diversifiant, vous découvrirez une variété insoupçonnable de goûts qu’il serait dommage d’ignorer. Pour les épauler dans leur action sur le microbiote, associez-les autant que possible avec des produits riches en prébiotiques, comme les fruits et les graines. Les femmes enceintes, les personnes immunodéprimées et celles atteintes d’une maladie du foie doivent cependant demander un avis médical. Certaines spécialités, comme le kombucha, contiennent par exemple de l’alcool et doivent être consommées avec modération.

Les bons réflexes alimentaires pour chouchouter sa flore vaginale

En savoir plus
Sources

1. Mukherjee, A., Breselge, S., Dimidi, E. et al. Fermented foods and gastrointestinal health: underlying mechanisms. Nat Rev Gastroenterol Hepatol.2023. doi:10.1038/s41575-023-00869-x

2. Valentino, V., Magliulo, R., Farsi, D. et al. Fermented foods, their microbiome and its potential in boosting human health. Microb Biotechnol. 2024.17(2):e14428. doi: 10.1111/1751-7915.14428.

3. Taylor BC, Lejzerowicz F, Poirel M, et al. Consumption of Fermented Foods Is Associated with Systematic Differences in the Gut Microbiome and Metabolome. mSystems. 2020; 5(2):e00901-19. doi: 10.1128/mSystems.00901-19.

4. Antonio Molinaro, Pierre Bel Lassen. Imidazole propionate is increased in diabetes and associated with dietary patterns and altered microbial ecology. Nat Commun. 2020 Nov 18;11(1):5881.doi: 10.1038/s41467-020-19589-w

5. Emmanuelle Le Chatelier, Trine Nielsen, Junjie Qin and Edi Prifti. Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers. Nature. 2013 Aug 29;500(7464):541-6. doi: 10.1038/nature12506.

6. Alli SR, Gorbovskaya I, Liu JCW, Kolla NJ, Brown L, Müller DJ. The gut microbiome in depression and potential benefit of prebiotics, probiotics and synbiotics: a systematic review of clinical trials and observational studies. Int J Mol Sciences 2022; 23: 4494.

7. Chen SJ, Chen CC, Liao HY, et al. ; Association of Fecal and Plasma Levels of Short-Chain Fatty Acids With Gut Microbiota and Clinical Severity in Patients With Parkinson Disease. Neurology. 2022 Feb 22;98(8):e848-e858.

8. Jyoti P Tamang, Koichi Watanabe, Wilhelm H Holzapfel. Diversity of microorganisms in global fermented foods and beverages. Front Microbiol. 2016; 7:377. doi: 10.3389/fmicb.2016.00377

9. Nasim SaeidiFard, Kurosh Djafarian, Sakineh Shab-Bidar. Fermented foods and inflammation: A systematic review and meta-analysis of randomized controlled trials. Clin Nutr ESPEN. 2020; 35:30-39. doi: 10.1016/j.clnesp.2019.10.010.

10. Sheng Liu, Wenjing Zhao, Ping Lan, Xiangyu Mou . The microbiome in inflammatory bowel diseases: from pathogenesis to therapy. Protein Cell. 2021 May;12(5):331-345. doi: 10.1007/s13238-020-00745-3.

11. JoEllen Welsh, Min Ji Bak, Carmen J Narvaez. New insights into vitamin K biology with relevance to cancer. Trends Mol Med . 2022 Oct;28(10):864-881. doi: 10.1016/j.molmed.2022.07.002. Epub 2022 Aug 23.

12. Pyo Y, Kwon KH, Jung YJ. Probiotic functions in fermented foods: antiviral, immunomodulatory, and anticancer benefits. Foods. 2024;13(15):2386. doi:10.3390/foods13152386

13.  Hannah C Wastyk, Gabriela K Fragiadakis, Dalia Perelman, Dylan Dahan, Bryan D Merrill , Feiqiao B Yu , Madeline Topf, Carlos G Gonzalez, William Van Treuren, Shuo Han, Jennifer L Robinson, Joshua E Elias, Erica D Sonnenburg, Christopher D Gardner, Justin L Sonnenburg. Gut-microbiota-targeted diets modulate human immune status. Cell. 2021; 184(16):4137-4153.e14. doi : 10.1016/j.cell.2021.06.019.

14. William Fusco, Manuel Bernabeu Lorenzo, Marco Cintoni, Serena Porcari, Emanuele Rinninella, Francesco Kaitsas, Elena Lener, Maria Cristina Mele, Antonio Gasbarrini, Maria Carmen Collado, Giovanni Cammarota, Gianluca Ianiro. Short-Chain Fatty-Acid-Producing Bacteria: Key Components of the Human Gut Microbiota. Nutrients. 2023 May 6;15(9):2211. doi: 10.3390/nu15092211

15. Matin Mohammadi-Kouchesfahani, Zohreh Hamidi-Esfahani, Mohammad Hossein Azizi. Isolation and identification of lactic acid bacteria with phytase activity from sourdough. Food Sci Nutr. 2019 Oct 21;7(11):3700-3708. doi: 10.1002/fsn3.1229. eCollection 2019 Nov.

16. Aune D., Norat T., Romundstad P et col. (2013) Dairy products and the risk of type 2 diabetes : a systematic review and dose-response meta-analysis of cohort studies, American  Journal of  Clinical Nutrition doi: 10.3945/ajcn.113.059030

Tags
Microbiome Flore Microbiote intestinal Alimentaire Alimentation Immunité Digestion Nutrition Régime

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