Это все микроорганизмы (бактерии, дрожжи, грибы, вирусы), живущие в определенной среде, называемой микробиомом, в организме своего хозяина - животного или растения.
Микробиота человека представляет собой все микроорганизмы, которые населяют наш организм и с которыми мы сосуществуем: в основном это бактерии, но также вирусы, грибы, дрожжи и простейшие. Состав микробиоты различается в зависимости от поверхностей, которые населяют микроорганизмы: микробиота кожи, микробиота влагалища, микробиота мочевыделительной системы, микробиота дыхательных путей, микробиота ЛОР-органов и кишечная микробиота, также называемая микрофлорой кишечника, безусловно, самая объемная, содержащая 100 триллионов микроорганизмов.