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Los antibióticos pueden provocar diarrea durante el tratamiento o durante los dos meses siguientes a su finalización. Esta diarrea postantibiótica, que generalmente es benigna, a veces puede esconder una infección intestinal grave. 

Los antibióticos desequilibran la flora microbiana  

A la vez que eliminan los gérmenes patógenos responsables de la infección, los antibióticos también pueden destruir algunas bacterias beneficiosas de la microbiota, lo que provoca sistemáticamente un desequilibrio más o menos importante dentro de este ecosistema. Este fenómeno, conocido con el término de disbiosis, es el causante de la diarrea. Entre el 5 y el 20 % de los antibióticos provoca diarrea.

Una diarrea que por lo general no presenta otros síntomas

En la gran mayoría de los casos, la diarrea postantibiótica es de origen funcional; se la  califica de simple y se caracteriza por la emisión de heces blandas o líquidas, sin otros síntomas asociados. Por lo general, todo vuelve a la normalidad de forma espontánea en menos de 48h.

Con menor frecuencia (entre el 1 y el 2 % de las prescripciones de antibióticos), los antibióticos provocan la reducción de una parte de la población bacteriana. Los nichos que quedan vacíos son colonizados por bacterias patógenas, principalmente Clostridium difficile y Salmonella, provocando una infección intestinal que se manifiesta por medio de diarreas más graves, potencialmente mortales. 

Suspender los antibióticos, el tratamiento más eficaz 

El tratamiento de una diarrea postantibiótica simple consiste en suspender los antibióticos que la han provocado, para permitir que se restaure la microbiota. Es la fase de recuperación: poco a poco, nuevos microorganismos, similares a las cepas bacterianas iniciales pero no necesariamente idénticos, van a volver a colonizar la flora intestinal y a alcanzar un nuevo equilibrio. Sin embargo, es posible evitar las diarreas si se combinan determinados probióticos (Saccharomyces boulardii) con los antibióticos.

Las formas graves de diarrea asociada a los antibióticos requieren una exploración de heces para identificar el germen que ha originado la infección. Se propondrá un tratamiento antibiótico específico, combinado con probióticos en caso de recidiva, o incluso un injerto o trasplante fecal para los casos más resistentes. La levadura Saccharomyces boulardii ha demostrado su eficacia ya que, entre otras, es resistente a la acción nociva de los  antibióticos.