Les maladies de la thyroïde sont en constante progression, surtout chez les femmes. Estrogènes, indice de masse corporelle, radioactivité, origine ethnique ou encore consommation élevée d’iode… les facteurs de risque sont nombreux. Les individus qui en souffrent présentent un déséquilibre des hormones thyroïdiennes, tant au niveau de leur taux dans le sang que de leur fonctionnement ; or ces hormones peuvent influencer la composition du microbiote intestinal. A l’inverse, ce dernier peut intervenir dans les échanges de messages hormonaux entre l’intestin et le cerveau. De précédents travaux ont d’ailleurs établi un lien entre le microbiote intestinal d’une part, et certaines maladies thyroïdiennes auto-immunes (thyroïdite d’Hashimoto et maladie de Basedow (sidenote: Thyroïdite d’Hashimoto et maladie de Basedow Deux maladies auto-immunes dues à l’attaque de la glande thyroïde par le système immunitaire, qui la considère étrangère à l’organisme. La thyroïdite d’Hashimoto est caractérisée par une hypothyroïdie ; la maladie de Basedow par une hyperthyroïdie. ) ) d’autre part. Quid des nodules et les cancers thyroïdiens ?

Des malades au microbiote plus riche

Pour le vérifier, une équipe chinoise a analysé et comparé la composition des selles de 74 personnes : 20 souffraient d’un cancer de la thyroïde, 18 présentaient des nodules et 36 étaient en parfaite santé. Les résultats montrent une plus grande richesse bactérienne intestinale chez les individus affectés par une maladie thyroïdienne par rapport à ceux des personnes indemnes. Les malades hébergeaient par ailleurs moins de Lactobacillus, impliqués dans la conservation du sélénium dans l’organisme, un oligo-élément indispensable au bon fonctionnement de la thyroïde, et de Butyricimonas, producteur de substance ayant des effets bénéfiques sur le tractus intestinal. D’autres bactéries étaient, en revanche, plus abondantes : Neisseria et Streptococcus en cas de nodules, auxquelles il faut ajouter Clostridium en cas de cancer. Ces espèces joueraient un rôle dans le fonctionnement de la thyroïde et le développement de ses troubles, suggèrent les auteurs.

Des marqueurs bactériens utiles

Ces derniers ont également observé un lien entre l’abondance de certaines espèces bactériennes et les taux de TSH (thyréostimuline) et de T3 (triiodothyronine), deux hormones qui signent la présence éventuelle de troubles thyroïdiens. Néanmoins, impossible encore d’expliquer si les désordres thyroïdiens observés entraînent un microbiote spécifique, ou si certaines espèces bactériennes déclencheraient ces pathologies. Autant de découvertes qui pourraient faciliter le diagnostic des nodules et des cancers thyroïdiens et conduire au développement de probiotiques utiles à leur traitement, espèrent-ils.

L’implication du microbiote digestif dans les maladies inflammatoires chroniques intestinales (Crohn et rectocolite hémorragique (RCH)) a été démontrée, mais la transplantation de microbiote fécal (TMF) est encore en cours d’évaluation. Il semble exister un effet donneur important, avec de meilleurs résultats si le microbiote administré est plus diversifié. Dans ce contexte, des chercheurs australiens ont mis au point une technique innovante.

Des germes anaérobies préservés, un protocole allégé

Les scientifiques ont émis l’hypothèse que les germes anaérobies pouvaient participer à l’effet thérapeutique des transplantations fécales dans le traitement de la RCH. Ils ont donc développé une technique de préparation permettant de préserver ces espèces, majoritairement détruites par les méthodes habituelles réalisées en présence d’oxygène. Leur protocole d’administration était moins intensif que ceux proposés précédemment : une dose (provenant d’un mélange de plusieurs donneurs) reçue par coloscopie, suivie de deux doses administrées par lavements dans un intervalle de 7 jours, contre une coloscopie puis 5 lavements par semaine pendant 8 semaines pour l’étude de référence*.

Un protocole efficace sur la dépendance aux corticoïdes

73 patients ayant une RCH active de gravité faible à modérée ont été inclus dans cet essai. Les participants, en plus de leur traitement de fond, étaient traités par prednisolone (à des doses inférieures à 25mg/jour). Le critère principal était un sevrage complet des corticoïdes à la huitième semaine, où une nouvelle coloscopie était réalisée parallèlement à une évaluation clinique. Dans le groupe ayant reçu les TMF de donneurs (dTMF), le taux de rémission était de 32 %, contre 9 % dans le groupe témoin ayant reçu des TMF autologues (aTMF). La réduction moyenne du score de Mayo** total était de 3,5 points dans le groupe dTMF (4 patients étaient revenus à un score de Mayo total de 0), contre 1,2 point dans le groupe aTMF. À noter également : l’augmentation de l’abondance de deux espèces anaérobies (Anaerofilum pentosovorans et Bacteroides coprophilus)était fortement associée à une amélioration de la pathologie dans le groupe dTMF. Cette étude conforte l’intérêt de la TMF dans le traitement de la RCH, et la méthode de préparation anaérobie pourrait, à efficacité égale, alléger le protocole thérapeutique autant que le quotidien des patients.

^{* Paramsothy et al., Multidonor intensive faecal microbiota transplantation for active ulcerative colitis: a randomised placebo-controlled trial.Lancet 2017}

^{**https://www.igibdscores.it/en/info-mayo-full.html}

Le syndrome métabolique (sidenote: Le syndrome métabolique Association de plusieurs anomalies métaboliques : pression artérielle élevée, tour de taille élevé, triglycérides et glucose sanguins augmentés associés à un faible taux de « bon » cholestérol dans le sang Alberti KG, Zimmet P, Shaw J. The metabolic syndrome--a new worldwide definition. Lancet. 2005 ; 366 (9491) : 1059-62. ) se manifeste par l’accumulation de graisses (triglycérides) dans le foie. Un symptôme qui expose à un risque de stéatose hépatique non alcoolique (ou NASH), mais pas seulement : l’ensemble du système digestif peut être altéré, ce qui provoque une élévation des facteurs de risque cardio-métabolique (maladies cardiovasculaires et diabète de type 2), dont la résistance à l’insuline. Troquer la farine raffinée (blanche) contre de la farine de blé complet, plus riche en fibres, minéraux et vitamines, aiderait-il à limiter ces risques ? Des études tendent à le prouver. Mais les mécanismes sous-jacents restent mal compris, illustrant la complexité des relations entre les organes impliqués dans le métabolisme – en particulier les intestins, le tissu adipeux et le foie.

Farine complète vs. farine blanche

Pour évaluer l’intérêt de la farine de blé complet au niveau du système digestif (dont le foie, le tissu adipeux et le microbiote), des chercheurs néerlandais ont comparé ses effets à ceux de la farine blanche chez 50 adultes en surpoids et dont le taux de cholestérol total était légèrement trop élevé. 12 semaines plus tard, les résultats montrent que le raffinage du blé ne modifie pas les taux sanguins de graisses (lipidémie) ni de sucres (glycémie), pas plus que la masse de graisse abdominale sous-cutanée ou profonde. En revanche, le taux de triglycérides dans le foie augmente de près de 50 %, faisant grimper de 33 à 44 % la proportion de participants atteints d’une NASH dans le groupe « farine blanche ». À l’inverse, ce taux a diminué dans le groupe « farine complète » de 35 à 25 %. Les chercheurs ont également constaté une baisse de la diversité bactérienne et un changement de composition du microbiote intestinal dans le groupe s’alimentant avec de la farine blanche, sans que ceux-ci ne soient toutefois prédictifs des changements observés au niveau du foie.

Traitement de la NASH ?

Pour les scientifiques, ces résultats tendent à monter l’intérêt des produits à base de blé complet comme piste préventive et thérapeutique de la stéatose hépatique. Ses effets protecteurs à l’égard des maladies métaboliques seraient dus aux bienfaits sur le foie de certains composés chimiques naturellement présents dans le blé complet, ou à la fermentation des fibres par les bactéries de la flore intestinale – ce qui conforterait l’hypothèse d’une communication bidirectionnelle entre le foie et les intestins, concluent-ils.

Les troubles colorectaux consécutifs aux lésions chroniques de la moelle épinière affectent de façon majeure la qualité de vie de nombreux patient paraplégiques et tétraplégiques. Les perturbations du système nerveux autonome peuvent occasionner des troubles digestifs (inconfort, ballonnements, flatulences), mêler constipation chronique et incontinence fécale et nécessiter le recours à des médicaments ou techniques laxatives avec ou sans assistance. A tel point que chez certains patients, le désir d’améliorer ce dysfonctionnement intestinal neurologique surpasse celui de remédier à l’incontinence urinaire ou aux dysfonctionnements sexuels, voire même à la perte de la marche.

Des profils bactériens liés au handicap

Une équipe chinoise a analysé les selles de 43 hommes atteints de lésions médullaires traumatiques chroniques (23 paraplégiques, 20 tétraplégiques) et 23 hommes sans lésion. Le microbiote intestinal des participants handicapés différait de celui des contrôles : il était moins diversifié et plus abondant, notamment en Bacteroides, Blautia, Lachnoclostridium et Escherichia-Shigella. Par ailleurs, les profils bactériens présentaient des variations entre paraplégiques - plus riches par exemple en Acidaminococcaceae, Blautia, Porphyromonadaceae, et Lachnoclostridium - et tétraplégiques – plus abondants en Bacteroidaceae et Bacteroides - par rapport aux contrôles. Une proportion réduite en Alistipes semblerait être également associée à un allongement du temps de défécation chez les patients tétraplégiques.

Lipides sanguins et glycémie impactés

Pour compléter leurs observations, les chercheurs ont étudié les corrélations entre ces variations de populations bactériennes et certains facteurs environnementaux tels l’âge, l’IMC, et différents marqueurs sériques (CRP, glucose, enzymes hépatiques, lipides sanguins, urémie et acide urique, créatinine etc.). Les bactéries appartenant aux Bacteroides, plus nombreuses chez les tétraplégiques, étaient liées à de faibles taux de HDL, probablement en raison d'un manque d’activité physique. A l'inverse, les bactéries appartenant au genre Dialister, plus élevées chez les sujets sains, étaient négativement corrélés aux lipides sanguins (LDL, TG et cholestérol total). De fort taux sanguins de ces facteurs seraient donc signe d’aggravation des troubles colorectaux. Aux Megamonas correspondait une glycémie moins élevée, mais également un allongement du temps de défécation et une majoration des ballonnements, sans doute par fermentation des glucides non digérés mais fermentés par ces mêmes bactéries dans le côlon. Des Prevotella en faible proportion étaient elles aussi reliées à une glycémie plus faible (donc à un rôle bénéfique), même si d’autres études font mention d’effets pro-inflammatoires. Ces travaux mériteront d’être complétés par d’autres outils analytiques (analyse des communautés bactériennes plus précise, mesure de la sérotonine…), l’inclusion de femmes dans les cohortes, et l’étude de l’impact de l’immobilité en elle-même, potentiellement vectrice de dysbioses.

Bleu d’Auvergne, camembert, comté ou chèvre frais… Pour prévenir l’apparition d’allergies alimentaires et dermatologiques, l’assiette des enfants devrait faire la part belle aux fromages, et ce dès le plus jeune âge. C’est en tout cas ce que suggère une étude dirigée par l’Institut national de recherche en agronomie (Inra) et le CHU de Besançon, qui établit un lien pour la première fois entre la consommation précoce de fromage et le moindre risque de maladies allergiques dans l’enfance. Une conclusion sûrement très bien accueillie au pays du fromage, publiée dans la revue scientifique Allergy.

Diversifier les fromages

Près de 1000 enfants vivant à la campagne dans 5 pays européens différents ont été suivis depuis leur naissance, et leurs parents interrogés sur les habitudes alimentaires de la famille, leur mode de vie et l’état de santé des petits participants. Résultats : les enfants qui consomment fréquemment du fromage et/ou en grande quantité à partir de 18 mois développent moins d’allergies alimentaires et d’eczéma (ou dermatite atopique) que les autres au cours des six premières années de vie. Des bénéfices qui seraient accrus par la variété des fromages consommés. En revanche, l’étude ne met pas en évidence d’effet protecteur contre la rhinite allergique ou l’asthme.

Un microbiote plus riche

Les chercheurs supposent que cet effet protecteur est lié aux différents micro-organismes (bactéries, levures et moisissures) présents dans les fromages. Une diversité microbienne qui influencerait positivement la composition du microbiote intestinal humain en complément d’une alimentation variée et équilibrée durant la première année de vie (légumes, fruits, yaourts, lait cru...). « Grâce à sa riche composition microbienne, le fromage pourrait modifier la flore intestinale et stimuler sa diversification », expliquent-ils, en rappelant que de nombreuses études ont déjà démontré qu’un microbiote perturbé et appauvri fait le lit des allergies. Pour mieux comprendre l’impact du fromage sur le microbiote, les scientifiques envisagent d’analyser de près la flore intestinale des amoureux du fromage.

Sources :

Nicklaus S, Divaret‐Chauveau A, Chardon ML et al. Pasture Study Group. The protective effect of cheese consumption at 18 months on allergic diseases in the first 6 years. Allergy. 2019 Apr;74(4):788-798

Majoritairement centrée sur les populations bactériennes, la recherche sur le cancer colorectal (CCR) s’élargit peu à peu aux autres micro-organismes (espèces fongiques et virus). Une étude réalisée par une équipe hongkongaise s’est focalisée sur les spécificités du mycobiome chez des patients atteints de cancer colorectal. Après analyse des selles de 73 patients et 92 individus sains, les chercheurs ont pu observer une signature fongique chez les malades : un ratio augmenté Basidiomycota / Ascomycota (deux phyla les plus abondants du mycobiome humain), bien que la richesse et la diversité fongiques soient restées inchangées.

Levures opportunistes et protectrices

Plus spécifiquement, 6 genres fongiques étaient enrichis dans les selles de patients souffrant de CCR, et parmi eux certains pathogènes opportunistes comme Acremonium (Ascomycota) et Rhodotorula(Basidiomycota). De même pour la levure Malassezia (Basidiomycota), qui est normalement observée au niveau cutané et impliquée dans la dermatite atopique, entre autres. Elle serait donc capable de colonisation intestinale par un mécanisme similaire à celui qu’utilise Candida albicans (Ascomycota). Certaines espèces d’Aspergillus étaient également plus abondantes chez les malades, notamment A. flavus, productrice d’aflatoxine et potentiellement cancérigène. A l’inverse, la levure Saccharomyces cerevisiae, connue pour coloniser le microbiote digestif et aux propriétés anti-inflammatoires et régulatrices du système immunitaire, était diminuée chez les patients cancéreux, ce qui en ferait une piste thérapeutique potentielle selon les auteurs. Ces dysbioses fongiques ont été validées par la même équipe dans deux autres cohortes, et pourraient donc constituer des biomarqueurs diagnostiques.

Rôle indirect des bactériophages ?

Dans une autre étude, des chercheurs nord-américains ont analysé les selles de 30 patients atteints de carcinome, 30 porteurs d’adénome et 30 sujets sains. Ils ont observé que la diversité et la richesse virales n’étaient pas altérées chez les patients porteurs de carcinome / adénome, et ont mis en lumière le rôle de certains bactériophages (appartenant aux famille Siphoviridae et Myoviridae,entre autres) dans la carcinogénèse colorectale. Selon les scientifiques, certains perturberaient les populations bactériennes du côlon et seraient associés à la progression tumorale : en entretenant la lyse bactérienne, ils permettraient aux espèces opportunistes ancrées à l’épithélium de produire un biofilm favorisant la pénétration dans la lumière intestinale des bactéries oncogènes qui déclencheront la réponse immunitaire inflammatoire. A moins que ce ne soit les bactéries elles-mêmes qui influent sur le virome, et non l’inverse… ? Des hypothèses subsistent et de nombreux éléments restent à préciser, l’enjeu étant d’enrichir l’arsenal diagnostique et thérapeutique du troisième cancer le plus diagnostiqué au monde en 2018.

Composant majeur du blé, de l’orge et du seigle, le gluten est un mélange de protéines, pour la majorité insolubles et indigestes. Elles s’accumulent alors dans l’intestin où elles peuvent interagir avec le système immunitaire, affectant la perméabilité intestinale et modifiant l’activité du microbiote. Seule la véritable intolérance au gluten, appelée « maladie cœliaque », impose une exclusion définitive du gluten de son alimentation.

Régime pauvre vs. riche en gluten

Face à l’engouement de la population générale pour le régime sans gluten, des chercheurs ont mené une étude auprès de 60 adultes en parfaite santé, comparant un régime alimentaire pauvre en gluten à un régime riche en gluten (respectivement 2 et 18 g par jour). D’une durée de huit semaines chacun, les deux régimes étaient séparés par une période d’au moins six semaines de reprise d’une alimentation habituelle (12 g de gluten par jour). Dans les deux groupes, les apports étaient équivalents (nombre de calories et de nutriments, quantité de fibres alimentaires) et les régimes ne différaient que par la nature des fibres ingérées.

Des bienfaits aux causes inattendues

Les résultats montrent que le régime sans gluten a modifié la composition du microbiote intestinal, (baisse notable de la quantité de bifidobactéries), mais a surtout modulé son activité. Les participants ont rapporté un meilleur confort digestif et moins de ballonnements, ainsi qu’une modeste perte de poids. Une très légère baisse de l’inflammation a par ailleurs été observée, témoignant d’un impact sur le système immunitaire. Autant d’arguments en faveur d’un régime pauvre en gluten ? Pas si sûr : davantage qu’à une moindre consommation de cette protéine, il semblerait que ces bienfaits soient dus à la plus grande diversité des fibres ingérées. Car exclure les produits contenant du gluten oblige à se tourner vers d’autres sources de fibres comme les légumes, le riz, le maïs ou encore le quinoa. Or d’après les chercheurs, c’est la composition de ces fibres, et non l’éviction du gluten, qui aurait un impact positif sur le microbiote. Pas question pour autant d’inciter la population générale à suivre un régime pauvre en gluten, préviennent les chercheurs. Mais elle a tout à gagner à diversifier davantage son alimentation, comme le rappellent régulièrement les nutritionnistes...

19,1 % des accouchements mondiaux sont réalisés par césarienne. Un chiffre qui s’élève à 25 % pour l’Europe et pose question, puisque ce mode d’accouchement est fréquemment pratiqué pour des raisons de confort et non d’impératif médical. On sait déjà que le mode de délivrance impacte la composition du microbiote intestinal du nouveau-né, principalement via le contact éventuel avec la flore vaginale, cutanée (parfois même fécale) de la mère et l’utilisation d’antibiotiques en cas de césarienne. Les premiers jours post-partum représentant une fenêtre critique pour le développement du système immunitaire néonatal, une équipe internationale s’est intéressée au type de bactéries intestinales transmises de la mère à l’enfant selon le type d’accouchement, et a complété l’analyse par l’étude des gènes bactériens pour évaluer leurs fonctions.

Voie basse : stimulation de la voie de synthèse des LPS

Dans cette étude réalisée chez 33 nouveau-nés, le principal constat est le suivant : l’accouchement par voie basse s’accompagne chez le nouveau-né d’une surabondance de bactéries à Gram-négatif (Bacteroides et Parabacteroides) semblant être à l’origine de fonctions physiologiques renforcées. D’autre part, un accouchement par césarienne favorise le contact du nouveau-né avec les micro-organismes maternels cutanés et la transmission de Staphylococcus, retrouvés plus abondamment dans les selles des nourrissons venus au monde de cette manière. Les chercheurs expliquent que l’abondance de ce type de bactéries chez les nourrissons nés par voie basse serait liée à une stimulation accrue de la voie de biosynthèse des lipopolysaccharides (LPS), des composants de la membrane externe des bactéries Gram-négatif, comparativement à ceux nés par césarienne. Ces LPS, qui sont des endotoxines, favorisent la production de cytokines pro-inflammatoires (TNF-a et d’IL-18) dans le plasma, qui se retrouvent à des taux plus élevés chez les nourrissons nés par voie basse.

Potentiel immuno-stimulateur confirmé in vitro

L’extraction de LPS des selles de nourrissons nés par césarienne et par voie basse en vue de stimuler in vitro des cellules immunitaires humaines primaires a confirmé que l’accouchement par césarienne s’accompagne d’une moindre production de TNF-a et d’IL-18. Ceci confirme le moindre potentiel immuno-stimulateur du microbiote intestinal des enfants nés par césarienne non exposés aux bactéries vaginales de leurs mères, et ainsi la transmission verticale limitée de certaines souches bactériennes au nourrisson. Un facteur qui pourrait avoir des répercussions tout au long de la vie en termes d’augmentation du risque de développer des troubles inflammatoires, immunitaires, métaboliques, voire des maladies chroniques. Ces résultats nécessitent néanmoins d’être confirmés sur de plus grosse cohortes avec un suivi à plus long terme afin de mieux comprendre l’effet de l’exposition microbienne précoce sur les réponses immunitaires innées et adaptatives.