Le trouble dépressif majeur (TDM) ne se limite pas à des symptômes affectifs et cognitifs : il s’accompagne aussi de perturbations majeures du métabolisme énergétique, comme des déséquilibres de la glycémie, des dysfonctionnements mitochondriaux et des altérations de voies métaboliques clés (glycolyse, cycle de Krebs, métabolisme des acides aminés). Or, une dysbiose intestinale est fréquemment observée chez les patients TDM, impliquant notamment certaines bactéries (Faecalibacterium prausnitzii, Escherichia coli) connues pour moduler indirectement les voies métaboliques. D’où l’hypothèse des chercheurs¹ : le microbiote intestinal pourrait-il influencer l’homéostasie énergétique de l’hôte et aider à lutter contre sa dépression ? 

Un axe microbiote-métabolites-phénotype dépressif

L’analyse d’échantillons sériques et fécaux issus de 100 patients souffrant de dépression et de 68 témoins sains confirme des perturbations significatives, chez les personnes dépressives, des principales voies du métabolisme énergétique : 14 métabolites sont significativement perturbés, avec notamment des niveaux sériques de glucose, d’ornithine, d’AMP et d’AMP cyclique plus faibles, et des niveaux de lactate, glutamate, arginine, citrulline et isocitrate plus élevés. Plusieurs de ces métabolites sont par ailleurs associés aux scores de dépression, d’anxiété et de cognition, suggérant une exacerbation des symptômes.

Mais surtout, les auteurs montrent que 92 espèces (50 en excès, 42 en défaut), notamment des Firmicutes, différaient significativement chez les patients dépressifs. Ils identifient 36 espèces bactériennes dont l’abondance peut être associée à la synthèse mitochondriale d’acides gras, à la cétogenèse, au métabolisme des acides aminés… Parmi elles, 28 seraient impliquées dans la relation entre le microbiote, les métabolites énergétiques et l’humeur, la cognition et l’anxiété. Ainsi, il existerait un axe « microbiote intestinal – métabolites – phénotype dépressif », dans lequel certains métabolites bactériens serviraient de médiateurs.

Une validation préclinique en faveur d’un rôle causal du microbiote

Comme souvent en matière de microbiote, il restait à savoir s’il s’agissait d’une simple corrélation ou d’une réelle causalité. Pour ce faire, les chercheurs ont prélevé le microbiote de souris puis soumis les animaux à un stress chronique pendant 14 jours, engendrant des comportements dépressifs (baisse de la préférence pour le saccharose, immobilité accrue…) et une altération de leur mémoire. Une transplantation fécale (FMT) a été réalisée de manière autologue après chaque épisode de stress. Elle a permis de réduire les comportements dépressifs et d’améliorer la mémoire, de normaliser la structure et la fonction du microbiote ; la barrière intestinale est cependant restée altérée. Surtout, la FMT a corrigé les perturbations métaboliques (glucose, lactate, glutamate, cycle de l’ornithine…) et restauré l’intégrité structurelle des mitochondries du cortex préfrontal et de l’hippocampe des rongeurs. Selon les auteurs, ces résultats mettent en évidence le rôle du microbiote intestinal dans la régulation du métabolisme énergétique dans le trouble dépressif.
Si l’expérience n’a pour le moment été menée que chez la souris, la FMT autologue précoce pourrait-elle un jour représenter un levier thérapeutique de la dépression chez l’humain ? Une piste qui reste à creuser. 

Dans l’attente, adopter une alimentation équilibrée incluant quelques agrumes, et une activité physique telle que la course à pied pourrait être favorable. 

Et si restaurer son microbiote intestinal facilitait la sortie de dépression, en redonnant un coup de pouce énergétique à notre organisme ?

La dépression n’affecte pas seulement l’humeur et les fonctions cognitives. Elle va fréquemment de pair avec une altération du métabolisme énergétique et de notre microbiote intestinal, comme l’a confirmé une étude^¹ menée auprès de 100 patients souffrant de troubles dépressifs majeurs et de 68 témoins en bonne santé. 

Un lien entre microbiote, métabolisme et dépression

Les résultats sont sans appel : en cas de dépression, plusieurs voies de production d’énergie sont perturbées, avec des métabolites en excès (lactate, glutamate, arginine…) et d’autres en défaut (glucose, ornithine…). Ces perturbations métaboliques sont alors associées à des symptômes plus sévères : plus d’anxiété, plus de symptômes dépressifs, plus de problèmes cognitifs.

Mais ce n’est pas tout ! Les auteurs montrent que le microbiote intestinal des patients souffrant de dépression diffère également : une dysbiose est présente, avec une petite centaine d’espèces bactériennes soit plus, soit moins présentes que dans les selles des témoins en pleine forme. 

Et si tout était lié ? En effet, parmi ces microorganismes sur- ou sous-représentés dans notre intestin, plusieurs pourraient modifier notre métabolisme énergétique et plomber notre moral. Ou à l’inverse, améliorer notre santé mentale sous réserve de donner un petit coup de pouce aux bonnes bactéries de notre intestin. Mais avant d’envisager une telle contribution, encore fallait-il démontrer une relation de cause à effet. C’est désormais chose faite.

Une expérience chez la souris pour tester la causalité

Des chercheurs ont soumis des souris à un stress chronique induisant des comportements comparables à la dépression. Comme chez les patients dépressifs, leur microbiote intestinal et leur métabolisme énergétique étaient perturbés.

Les chercheurs ont alors transplanté à ces souris devenues dépressives leur propre microbiote fécal, prélevé avant qu’elles ne soient plongées dans le stress et la morosité. Résultat de cette greffe fécale dite autologue (chaque souris reçoit ses propres fèces) : plusieurs anomalies métaboliques se sont corrigées et la santé mentale s’est améliorée. Le fonctionnement des mitochondries - qui fournissent l’énergie - de certaines régions du cerveau impliquées dans l’humeur et la mémoire est également restauré.

Et chez l’humain ?

Cette causalité n’est pour l’instant démontrée que chez l’animal. Il reste à déterminer, via d’autres études, si le même mécanisme existe chez les patients humains souffrant de troubles dépressifs majeurs et, surtout, si agir sur leur microbiote pourrait un jour avoir un intérêt thérapeutique. Dans l’attente, pour chouchouter votre moral, vous pouvez prendre soin de votre microbiote intestinal. Comment ? Via l’alimentation, par exemple en privilégiant les agrumes et bannissant les sodas.

Trois exemples pour bien comprendre

Lorsque l’on envisage l’administration d’un probiotique vaginal, il est fréquent de se fier au nom de l'espèce indiqué sur l’étiquette, en supposant qu’il garantira un bénéfice bien défini. Pourtant, une nouvelle étude¹ remet directement en cause cette hypothèse en posant une question fondamentale : le potentiel fonctionnel de Lactobacillus crispatus est-il réellement imputable à l’espèce dans son ensemble, ou plutôt à des souches individuelles qui ont été regroupées de manière bien trop généreuse ?

Quarante-sept variantes de la même souche

L'équipe de chercheurs a recueilli 1 126 isolats bactériens à partir de prélèvements vaginaux effectués chez 36 femmes en bonne santé, âgées de 18 à 30 ans. Parmi ces isolats, 639 se sont révélés être des souches de Lactobacillus crispatus. Grâce à l’analyse phylogénomique, ceux-ci ont pu être regroupés en 47 clades distincts, mettant ainsi en lumière une diversité considérable au sein même de l'espèce. Sur l’ensemble des 639 isolats, le pangénome analysé contenait 4 482 familles de gènes, dont 1 579 appartenaient au génome central. Cela met en évidence une diversité génomique significative au sein de l’espèce L. crispatus, malgré une structure génomique globalement conservée.

D’ailleurs, cette diversité n’est pas seulement théorique. Les souches présentaient en effet des différences quant à la présence et au nombre de copies des gènes codant pour la pullulanase (PulA). Cette enzyme est impliquée dans la dégradation du glycogène et pourrait aider L. crispatus à exploiter cette source de carbone dans l’environnement vaginal. Les outils généraux de criblage des probiotiques actuellement existants peuvent avoir du mal à distinguer ces nuances à l’échelle des souches. Lorsque les chercheurs ont analysé les souches à l’aide d’un outil existant appelé iProbiotics, presque toutes ont obtenu de bons résultats, affichant une moyenne de 97,58 %. Ce constat illustre bien la difficulté de distinguer le potentiel fonctionnel au niveau des souches à l’aide des méthodes générales de prédiction du potentiel probiotique existantes.

Les phénotypes permettant de distinguer les souches les plus performantes

Les chercheurs ont ensuite testé 67 souches représentatives sur la base de cinq critères in vitro susceptibles d’avoir une importance clinique et jugés pertinents pour déterminer le potentiel probiotique vaginal : leur capacité de croissance, leur pouvoir acidifiant sur leur environnement, leur production d’acide lactique et de peroxyde d’hydrogène, ainsi que leur capacité à bloquer les agents pathogènes vaginaux. Les résultats obtenus montrent des variations considérables. Bien que toutes les souches appartiennent à la même espèce, la production d’acide lactique varie de 2,02 à 10,29 g/L et les concentrations de peroxyde d’hydrogène de 9,39 à 18,3 µmol/L. Le pH final se situe entre 3,8 et 4,45, ce qui signifie que chaque souche a bien acidifié son environnement, mais pas dans la même mesure.

De plus, les souches présentent des différences quant à leur capacité d’inhibition de Gardnerella vaginalis, une bactérie associée à la vaginose bactérienne. En effet, la zone d’inhibition est en moyenne de 15,35 mm, mais varie de plusieurs millimètres d’une souche à l’autre. Les chercheurs ont regroupé ces cinq critères en un score unique, en attribuant la plus forte pondération (30 %) à la capacité de chaque souche à combattre les agents pathogènes liés à la VB. Ils ont ensuite divisé les souches en deux groupes de part et d’autre de la médiane : un groupe à fort potentiel fonctionnel, baptisé Lcris-SFS, et un groupe à faible potentiel fonctionnel. Actuellement, les trois souches les plus performantes font l’objet d’études sur des animaux et d’essais cliniques préliminaires.

Un modèle capable de déduire le potentiel fonctionnel à partir du génome

Afin de s’épargner des mois de travail consacrés à la culture en laboratoire, les chercheurs ont mis au point un modèle informatique appelé VLCPredictor. Celui-ci analyse de courts fragments d’ADN issus du génome de chaque souche, sélectionne parmi les 349 184 fragments les 534 qui portent le plus d'informations, puis utilise ce profil pour prédire le potentiel fonctionnel de cette souche, ce qui permet de hiérarchiser les candidates avant de les soumettre à des tests expérimentaux plus approfondis. Huit méthodes de prédiction ont été testées. Le modèle le plus performant — une forêt aléatoire — a atteint une aire sous la courbe (AUC) moyenne de 0,742, démontrant ainsi sa capacité à distinguer les souches présentant un potentiel fonctionnel élevé de celles présentant un potentiel fonctionnel faible. Lorsqu'il a été appliqué à 103 génomes déjà publiés, ce modèle a déterminé qu'environ 76 % des souches provenant de femmes en bonne santé présentaient un potentiel fonctionnel élevé, contre seulement 31 % pour les souches issues de femmes atteintes de VB. Le modèle n’est cependant pas parfait : entraîné sur des génomes issus d’une seule région et d’un seul groupe ethnique, il ne s'appuyait que sur 16 génomes de femmes atteintes de vaginose bactérienne. Il nécessite donc une validation complémentaire. L’importance de la sélection au niveau de la souche est également illustrée par des études cliniques antérieures citées par les auteurs : c’est ainsi qu’un probiotique à base de L. crispatus a réduit le taux de récidive de la vaginose bactérienne après un traitement antibiotique, tandis que dans un autre essai clinique, une association de probiotiques à base de Lactobacillus n’a pas amélioré les taux de guérison.

Le message à retenir n'est pas que la prédiction génomique permet déjà de sélectionner un probiotique pour un patient donné. En revanche, cette étude souligne l'importance de la caractérisation au niveau de la souche : le fait d'appartenir à une espèce associée à un bon état de santé, telle que L. crispatus, ne garantit nullement des propriétés fonctionnelles identiques. Si VLCPredictor peut aider les chercheurs à hiérarchiser les candidats prometteurs, une validation in vivo et clinique reste indispensable avant de transposer ces prédictions dans la pratique.

 1. Combien de voyages les gens effectuent-ils chaque année ?

Selon la Commission européenne, les résidents de l’UE âgés de 15 ans et plus ont effectué près de 1,2 milliard de voyages touristiques avec nuitées en 2024, ce qui correspond à environ trois voyages par personne et par an¹. Cette fréquence de déplacement revêt une grande importance biologique, car le fait de passer sans cesse d’un environnement à l’autre multiplie les expositions aux microbes et les perturbations écologiques à court terme. Si les modifications du microbiote intestinal liées aux voyages — et le syndrome de la diarrhée du voyageur — sont largement documentées, le microbiote buccal (salive, langue, plaque dentaire) a en revanche été bien moins étudié, alors même qu’il constitue une interface majeure entre notre organisme et l’extérieur.  

2. Pourquoi les voyages sont-ils censés remodeler le microbiote buccal ?

La cavité buccale, constamment en première ligne face à l’environnement extérieur, se montre particulièrement vulnérable aux brusques changements de mode de vie et d’environment. Bien que les communautés microbiennes buccales restent généralement stables d’un individu à l’autre, elles réagissent aux modifications de l’alimentation, de l’hygiène bucco-dentaire, du rythme circadien, du stress et de l’état du système immunitaire. La santé de la bouche repose sur l’équilibre de ces écosystèmes (l’homéostasie). À l’inverse, une dysbiose — c’est-à-dire toute perturbation dans leur composition ou leur fonctionnement —se trouve associée non seulement à des maladies bucco-dentaires mais aussi à des pathologies systémiques².
Les voyages cumulent de multiples facteurs de perturbation — exposition à de nouveaux environnements, à des sources d’eau inédites, à des régimes alimentaires différents et à des contacts sociaux élargis^3-4, autant d’éléments capables d’altérer les communautés microbiennes résidentes. Véritable porte d’entrée du tube digestif, la cavité buccale a également le pouvoir d’influencer l’écosystème microbien en aval. De vastes études menées à l’échelle internationale ont ainsi démontré que les microbes buccaux peuvent migrer vers l’intestin et le coloniser beaucoup plus souvent qu’on ne l’imaginait, y compris chez des individus en parfaite santé⁵.

3. Quand les voyages introduisent de nouveaux microbes : dysbiose, intoxication alimentaire et diarrhée

L’un des risques majeurs liés aux voyages reste l’infection gastro-intestinale aiguë — souvent transmise par l’eau ou les aliments —, qui s’accompagne immanquablement d’un bouleversement des communautés microbiennes. Des études longitudinales révèlent ainsi que la composition du microbiote se transforme au fil des déplacements et que les épisodes de diarrhée peuvent déstabiliser durablement la structure de cette communauté et faire exploser l’abondance des gènes de résistance aux antimicrobiens pendant plusieurs semaines^6-7. Les voyages favorisent également la colonisation par des organismes multirésistants, en particulier chez les personnes touchées par la diarrhée du voyageur⁶. D’un point de vue clinique, la majorité des cas de diarrhée du voyageur sans complication se résolvent en quelques jours. Néanmoins, les analyses du microbiote suggèrent que notre écosystème ne fait preuve que d’une résilience partielle : si la composition microbienne tend à retrouver son profil d’origine après le retour à la maison, la récupération peut s’avérer tardive ou incomplète. Soulignons enfin que, dans certaines cohortes, les marqueurs de résistance aux antimicrobiens acquis en voyage peuvent persister de longues semaines après la perturbation initiale^6,8-9.

4. Les questions encore inexplorées : temps d’acclimatation, stabilité et persistanc

Malgré l’intérêt grandissant pour l’évolution du microbiote en lien avec les voyages, un suivi longitudinal direct et rapproché de la flore buccale en déplacement fait encore cruellement défaut. Les séries chronologiques consacrées au microbiote intestinal — menées hors contexte de voyage — mettent en évidence une forte variabilité quotidienne, y compris dans des conditions stables. Cela souligne l’impératif d’un échantillonnage longitudinal dense, seule méthode permettant de distinguer les fluctuations temporelles ordinaires des véritables bouleversements induits par le voyage⁴.

S’appuyant sur un programme international de césure d’une durée d’un an, le Dr Wendy Lin suit l’évolution du microbiote buccal d’une cohorte d’étudiants partis explorer sept régions du monde : les États-Unis, le Brésil, la France, la Turquie, le Kenya, l’Inde et la Chine. Cette étude vise à répondre à des questions fondamentales sur la flore buccale qui restent encore en suspens :

• Combien de temps faut-il au microbiote buccal pour s’acclimater à un nouvel environnement ?

• Le microbiote buccal lié aux voyages est-il stable ou, au contraire, hautement dynamique ?

• En combien de temps le microbiote buccal retrouve-t-il son profil initial après le retour à domicile ?

• Les nouveaux taxons ou variants de souches introduits lors du voyage persistent-ils à long terme ?

Conclusion

En modifiant irrémédiablement notre environnement et nos habitudes alimentaires, les voyages offrent une formidable expérience naturelle pour étudier l’écologie du microbiote humain. Si les recherches sur la flore intestinale des voyageurs mettent en évidence des variations rapides de sa composition — aggravées en cas de diarrhée et souvent suivies d’une récupération tardive ou incomplète —, le microbiote buccal reste, quant à lui, le grand oublié de ces observations, alors même qu’il constitue la toute première ligne de contact avec les microbes de l’eau, des aliments et de l’environnement. Mener des études longitudinales sur des cohortes de voyageurs, grâce à un échantillonnage buccal rapproché, permettrait de lever le voile sur des questions fondamentales — l’acclimatation, la stabilité et la persistance à long terme de ces communautés microbiennes — tout en permettant de déterminer si nos périples laissent une empreinte durable dans notre bouche bien après notre retour à la maison.

Les neutrophiles présents dans les tumeurs colorectales ont mauvaise réputation, tout comme Fusobacterium nucleatum. Une nouvelle étude¹ associe les deux et met en évidence un phénomène inattendu : la bactérie attire les neutrophiles dans la tumeur et les active pour qu'ils la détruisent. Mais un seul récepteur permet de savoir si cela se produira chez votre patient.

Toutes les bactéries intestinales ne recrutent pas les neutrophiles de la même manière

Parmi les deux bactéries les plus courantes dans les tumeurs colorectales, seule F. nucleatum a permis aux cellules tumorales de libérer des signaux attirant les neutrophiles et d'amener à elle un nombre bien plus important de neutrophiles que Bacteroides fragilis lors des tests en laboratoire. Chez les souris, F. nucleatum a entraîné une augmentation du nombre de neutrophiles au sein de la tumeur, contrairement à B. fragilis. Le contact direct joue également un rôle important : en l'espace de cinq minutes, F. nucleatum s'est fixée sur près de 25 % des neutrophiles circulants et a induit l'expression d'un marqueur d'activation dont le pic a été atteint au bout de trois heures.

Un seul récepteur entre en jeu, et ce n'est pas le TLR4

Les neutrophiles exposés à F. nucleatum ont libéré un cocktail de composés antimicrobiens et antitumoraux. Leurs milieux de culture conditionnés ont détruit les cellules cancéreuses du côlon en laboratoire et ont ralenti la croissance tumorale chez les souris lorsqu'ils ont été injectés directement dans la tumeur ; pour B. fragilis, les milieux de culture conditionnés n'ont eu aucun effet. Le blocage du TLR4 a empêché l'apparition du marqueur d'activation, mais n'a pas altéré la capacité de destruction. Le blocage du Siglec-5/14 a eu l'effet inverse : la destruction s'est interrompue. Le Siglec-14 se lie fortement à la bactérie, alors que ce n'est quasiment pas le cas de son partenaire, le Siglec-5. Contrairement à la plupart des récepteurs de sa famille, qui apaisent l'activité des neutrophiles, le Siglec-14 a au contraire pour effet de la stimuler.

Une variante génétique courante pourrait expliquer les résultats contradictoires des études

Chez les patients porteurs de deux copies d'une variante génétique courante associée au SIGLEC14, les neutrophiles réagissent toujours à F. nucleatum, mais ne parviennent pas à la détruire : plus le nombre de copies de la variante est élevé, plus la réponse est faible. Cette variante est présente chez moins de 10 % des Européens, mais chez près de 70 % des habitants d'Asie de l'Est, ce qui pourrait expliquer les résultats contradictoires dans la littérature scientifique : pour les cohortes localisées en Europe et aux États-Unis, l'infiltration de neutrophiles est associée à un meilleur taux de survie, alors qu'elle est associée à un taux de survie plus faible pour les cohortes chinoises. Les souris sont totalement dépourvues de ce récepteur d'activation, ce qui explique probablement pourquoi les études menées sur des animaux ont dépeint F. nucleatum comme purement nuisible. Dans un échantillon de 444 patients, des marqueurs d'activation des neutrophiles élevés étaient associés à une survie plus longue, mais uniquement dans le cas des tumeurs également porteuses de F. nucleatum. Dans une vaste base de données publique sur l'expression génique (The Cancer Genome Atlas), les 31 patients pour lesquels les tumeurs étaient dépourvues du SIGLEC14 ont connu une évolution plus défavorable que les 351 patients qui en étaient porteurs.

Avant toute prescription, il s'agit en premier lieu d'étudier les biomarqueurs. La prochaine fois que les données concernant l'infiltration de neutrophiles dans le CCR sembleront contradictoires, les variables manquantes seront peut-être les bactéries présentes dans la tumeur et l'allèle Siglec-14 dont le patient est porteur.

C’est aujourd’hui bien documenté : le café agit sur les fonctions cognitives en modulant les capacités d’attention, la vigilance, la mémoire, le stress… En revanche, les mécanismes sous-jacents restent largement méconnus.
Sont-ils médiés par le microbiote ? Et la caféine, est-elle vraiment la seule substance active impliquée dans ces effets sur le cerveau ?

Mieux comprendre les liens entre café, intestin et cognition

La question mérite d’être posée, car plusieurs études en nutrition ont montré que le café, grâce à ses composés bioactifs (acides chlorogéniques, mélanoïdines et autres polyphénols), module fortement la composition du microbiote. Or, il existe une communication microbiote-cerveau, grâce à l’axe microbiote-intestin-cerveau, qui pourrait bien être en jeu, en dehors de la caféine, dans les effets du café sur la santé.

Pour tester cette hypothèse, des chercheurs irlandais ont recruté 62 adultes en bonne santé sans prise récente de probiotiques, de prébiotiques ou d’antibiotiques. La moitié étaient des buveurs de café réguliers (3 à 5 tasses par jour) et l’autre des non-buveurs. Les premiers ont arrêté le café pendant deux semaines, avant de reprendre leur habitude pendant trois semaines, sous forme soit de café normal, soit de café décaféiné, sans modifier leur régime alimentaire habituel. Objectif : distinguer les effets de la caféine de ceux des autres composants du café.

Les scientifiques ont prélevé des échantillons de selles, d’urine et de sang et ont fait passer des tests cognitifs et comportementaux à l’ensemble des participants et aux différents temps de l’étude, tout en suivant leur nutrition.

Des effets positifs sur l’humeur et la cognition

Publiés dans Nature Communications¹, les résultats montrent d’abord que les consommateurs de café présentent des différences notables de microbiote intestinal, notamment une plus grande abondance de Firmicutes CAG:94, une souche bactérienne associée aux émotions positives chez les femmes.

Après l’abstinence et la réintroduction, le café, quelle que soit sa teneur en caféine, influence sept souches microbiennes spécifiques du microbiote intestinal, et ce, sans affecter la diversité globale.

Côté cerveau, la réintroduction du café, qu’il soit caféiné ou non, a entraîné des effets bénéfiques, notamment une diminution :

• du stress perçu,
• des symptômes dépressifs ressentis,
• de l’impulsivité (tendance à agir vite sans penser aux conséquences).

Seule la consommation de café caféiné était associée à une réduction de l’anxiété et à une amélioration des performances cognitives et des capacités d’adaptation face au stress.

De manière surprenante, la consommation de décaféiné (mais pas celle de café caféiné) était liée à une amélioration de la mémoire épisodique, une activité physique accrue et une meilleure qualité de sommeil.

Le microbiote, un intermédiaire probable entre café et cerveau

L’analyse des selles des buveurs de café révèle qu’avant l’abstinence et par rapport aux non-buveurs, on trouve moins d’acide indole-3-propionique, un métabolite qui influence le système nerveux, et de GABA, un neurotransmetteur qui joue un rôle clé dans l’anxiété et les fonctions cognitives.

Il apparaît également que les taux de cinq métabolites du café (théophylline, acide hippurique, 1,7-diméthylxanthine, etc.) sont fortement liés non seulement aux résultats cognitifs et comportementaux, mais également à de nombreuses espèces bactériennes intestinales.

Selon les chercheurs, ces profils de métabolites fécaux reflètent principalement le métabolisme des différents polyphénols du café, qu’il soit ou non décaféiné. Le déca serait donc loin d’être un « café sans effets » !

Depuis quelques années, la coupe menstruelle s’est fait une place parmi les protections utilisées pendant les règles. Réutilisable, économique et écologique, elle existe en différentes tailles selon les modèles. Et contrairement au stérilet, pas question ici de la placer dans l’utérus: la coupe reste dans le vagin, où elle recueille simplement le sang menstruel. Mais qu’en est-il de son utilisation, de son impact sur l’hygiène pendant les règles, le microbiote vaginal et le risque d’infections en restant jusqu’à 12 heures dans le vagin ?
Une vaste revue de la littérature¹, compilant les résultats de 11 études, réunissant plus de 10 000 participantes en Afrique, en Europe, au Brésil et aux États-Unis, apporte des éléments de réponse plutôt rassurants.

Pas plus d'infections… et même plutôt moins

Premier constat : aucune augmentation du risque d'infection n'a été observée chez les utilisatrices de coupe menstruelle. Mieux encore, plusieurs résultats suggèrent un possible effet de protection. Ainsi, les femmes utilisant une coupe menstruelle présentaient 21 % de vaginoses bactériennes en moins que celles utilisant d'autres protections menstruelles, notamment le tampon ou la serviette hygiénique dans certaines études.
Même constat du côté des infections sexuellement transmissibles (IST) : deux essais réalisés auprès de jeunes Kényanes montrent une réduction du risque d'IST chez les utilisatrices de coupe menstruelle. Le risque d'infection par le virus de l'herpès (HSV-2) pourrait également être réduit, même si ce résultat reste à confirmer.

Une alliée du microbiote vaginal

Les bénéfices pourraient s'expliquer par un effet protecteur de la coupe menstruelle sur le microbiote vaginal : les utilisatrices de coupe menstruelle présentent plus souvent une flore dominée par Lactobacillus crispatus, une bactérie considérée comme un marqueur de bonne santé vaginale et associé à une protection contre la dysbiose, la vaginose bactérienne et certaines IST. Aucun cas de syndrome de choc toxique n'a été rapporté parmi les utilisatrices dans les deux études fournissant cette information.
Pourquoi cet effet ? Les auteurs avancent une hypothèse simple : contrairement aux tampons ou aux serviettes hygiéniques, la coupe recueille le sang menstruel en hauteur dans le vagin. Le microbiote serait donc moins exposé à un sang riche en fer, un environnement favorable au développement de bactéries comme Gardnerella vaginalis ou Lactobacillus iners, souvent associées à un déséquilibre de la flore vaginale.

Des résultats encourageants… mais à confirmer

Les auteurs restent toutefois prudents : les études sont encore rares, portent sur un nombre malgré tout modeste de femmes, et leur qualité n’est pas toujours au rendez-vous. En l'état actuel des connaissances, cette revue apporte néanmoins un message rassurant : la coupe menstruelle ne semble pas être une pratique à risque pour votre microbiote vaginal, bien au contraire.

La coupe menstruelle est un dispositif intravaginal disponible en différentes tailles selon les modèles. Contrairement au stérilet, elle n’est pas placée dans l’utérus : elle recueille le sang menstruel dans le vagin. Réutilisable, elle s’est progressivement imposée aux côtés des protections hygiéniques traditionnelles, comme les tampons, mais aussi d’alternatives plus récentes comme la culotte menstruelle. Pour autant, malgré son utilisation croissante pour l’hygiène menstruelle, les effets de la coupe menstruelle sur le microbiote vaginal, les infections et la santé reproductive restent encore peu étudiés.
D’où l’intérêt de cette revue systématique doublée d’une méta-analyse¹ qui s’est penchée sur les associations entre l'utilisation de la coupe menstruelle comme moyen de protection pendant les règles, les infections de l'appareil reproducteur (IAR), les infections sexuellement transmissibles (IST) et le microbiote vaginal.

Aucune augmentation du risque d'infection 

Au total, 11 études dont 8 publiées après 2019, portant sur 10 268  adolescentes et femmes des continents africain (Kenya, Tanzanie), américain (Brésil, États-Unis) et européen (France, Belgique, Danemark), ont été incluses. Le bémol : seules trois études ont été jugées de bonne qualité, ce qui limite d’autant la portée de cette revue mais aussi la robustesse des résultats. Pour autant, les conclusions sont globalement rassurantes, voire encourageantes pour l’utilisation de ce type de dispositif de protection menstruelle : aucune augmentation du risque d'infection n'a été observée chez les utilisatrices de coupe menstruelle pour les infections évaluées. 
C’est même plutôt la tendance contraire : une prévalence plus faible (de l’ordre de - 20 %) de vaginose bactérienne est observée chez les utilisatrices de coupe menstruelle, dans des études observationnelles et des essais randomisés menés sur 3 continents.
L'utilisation de la coupe menstruelle semble également aller de pair avec une prévalence plus faible d'IST (- 26 %) par rapport aux autres produits et protections menstruels, dans 2 essais contrôlés randomisés menés auprès de jeunes Kényanes. Un essai montre également une tendance à la diminution du risque d'infection par le HSV-2 (virus de l'herpès simplex de type 2), même si les résultats ne sont pas tout à fait significatifs.

Un effet bénéfique sur la flore vaginale ?

Côté microbiote vaginal, les utilisatrices de coupe menstruelle abritent plus fréquemment une flore du type communautaire (CST-I) dominé par Lactobacillus crispatus, que ce soit dans les populations des 3 pays européens ou dans un pays africain (Kenya). Un effet qui pourrait en partie s’expliquer par le fonctionnement de la coupe : parce que le sang des règles est collecté en haut du vagin, le microbiote serait moins au contact d’un sang riche en fer qui favoriserait la croissance de Gardnerella vaginalis et L. iners. Ainsi, la coupe menstruelle pourrait participer au maintien d’une flore vaginale saine, dominé par L. crispatus, un profil associé à une meilleure protection contre la dysbiose vaginale et à certaines IST. Aucun cas de syndrome de choc toxique n'a été rapporté parmi les utilisatrices dans les deux études fournissant cette information.
Ainsi, selon les auteurs, la coupe menstruelle serait une solution peu coûteuse, facile à déployer et durable pour réduire la charge des affections gynécologiques évitables, tout en améliorant l'hygiène menstruelle et intime des femmes.

Le métabolisme microbien des allergènes module l’anaphylaxie chez la souris

Dans des modèles de souris à microbiote contrôlé, minimal ou complexe, la composition du microbiote de l’intestin détermine directement la capacité à dégrader Ara h 1 et Ara h 2, les allergènes majeurs de l'arachide.

Trois protocoles de sensibilisation¹ ont été comparés pour établir ce lien dans le développement de la réponse allergique. Le premier expose l'allergène par voie orale, une voie qui implique le microbiote intestinal dès la phase de sensibilisation. Le second injecte l'allergène directement dans le péritoine, ce qui contourne le tube digestif, et donc le microbiote. Le troisième transfère passivement du sérum contenant déjà des IgE anti-arachide, sans étape de sensibilisation active. 

Lors de la sensibilisation par voie orale, le groupe de souris à flore minimale, qui dégradent moins bien Ara h 1 et Ara h 2, développent à la fois plus d'IgE spécifiques et une réaction allergique plus sévère que les souris à flore complexe. Avec la sensibilisation intrapéritonéale qui contourne le microbiote intestinal, les souris à flore minimale et les souris à flore complexe produisent des taux d'IgE similaires. Cependant, lors du challenge oral qui suit, la réaction allergique des souris à flore complexe est moins sévère, montrant l'implication du microbiote intestinal directement dans la réaction allergique.

Pour confirmer les résultats, du sérum riche en IgE anti-arachide est injecté directement à des souris naïves, supprimant ainsi toute étape de sensibilisation active. Même dans ce cas, le groupe de souris à flore minimale réagissent plus fortement au challenge oral que les souris à flore complexe, ce qui confirme que l'effet du microbiote sur la sévérité se joue également au moment de l'exposition à l'allergène. Le microbiote influence donc l’allergie à l’arachide, à la fois par la production d'IgE lors d'une exposition orale, et, indépendamment, par la quantité d'allergènes Ara h 1 et Ara h 2 qui atteint réellement la circulation sanguine au moment du challenge.

Rothia et Staphylococcus, une dégradation dépendante de la souche

Chez l'humain, le genre bactérien Rothia représente jusqu'à 43 % du microbiote salivaire des donneurs sains étudiés. Toutes les souches de Rothia testées dans l’étude dégradent de façon constante Ara h 1 et Ara h 2, en coupant les protéines notamment au niveau des épitopes reconnus par les IgE des patients atteints d’allergie à l’arachide, ce qui réduit l'activation mastocytaire dans des tests fonctionnels.
Le séquençage du génome identifie des protéases candidates, notamment une famille de type subtilisine chez Rothia, déjà connue pour dégrader le gluten. Il s'agit d'une piste mécanistique, pas encore d'une preuve directe, le gène n'ayant pas été supprimé pour confirmer son rôle.

Chez Staphylococcus, l'effet dépend de la souche étudiée. En effet, deux souches différentes de S. aureus testées ont des comportements opposés : l'une dégrade partiellement Ara h 1, l'autre n'a aucun effet détectable sur les deux allergènes. Chez des souris colonisées par cette dernière, les taux sériques d'allergène sont plus élevés, et un test ex vivo en chambres de Ussing confirme un passage accru de l'allergène à travers la muqueuse intestinale.
Les auteurs avancent deux explications possibles : une dégradation partielle qui faciliterait le passage de fragments d'allergène, ou des troubles de la perméabilité de la barrière intestinale par certaines souches de Staphylococcus, indépendamment de leur capacité à dégrader l'allergène.

Une association clinique à confirmer prospectivement

Chez 19 patients sur le point de débuter un traitement par immunothérapie orale, le seuil de tolérance allergique à l'arachide, déterminé par test de provocation contrôlé, est associé à une abondance plus importante de Micrococcales – ordre qui comprend notamment Rothia – indépendamment du taux d'IgE spécifiques. Cette association est retrouvée dans une cohorte externe de 120 enfants ayant bénéficié de tests de provocation en double aveugle contrôlés par placebo, l'espèce Rothia aeria étant plus abondante chez les non-allergiques et les allergiques à seuil de tolérance élevé à l’arachide.

Ces données restent observationnelles et transversales. Les auteurs appellent à un suivi longitudinal du microbiote oral au cours du traitement par immunothérapie. Sur le plan clinique, ces travaux ouvrent la piste d'une caractérisation fonctionnelle du microbiote oral dans l’évaluation des allergies alimentaires, en complément du dosage des IgE, sans remplacer à ce stade les outils diagnostiques établis.

Métabolisme microbien des allergènes 

Certaines bactéries du microbiote* ont la capacité à transformer directement la structure moléculaire d'un allergène alimentaire, modifiant ainsi sa reconnaissance par le système immunitaire**, indépendamment du niveau de sensibilisation IgE.

<sup>*Bactéries du microbiote (dégradation enzymatique des protéines alimentaires) : micro-organismes de la cavité buccale et de l'intestin capables, via des enzymes protéolytiques, de fragmenter des protéines alimentaires résistantes à la digestion humaine, dont les allergènes de l'arachide. 

**Système immunitaire : ensemble des cellules et molécules qui protègent l'organisme contre les infections, les cellules anormales et les substances étrangères. Dans le cas d'une allergie, ce sont les IgE et les mastocytes qui sont impliqués dans la reconnaissance de l'allergène et le déclenchement de la réaction.</sup>

États-Unis, Inde… 
Pickles : l’art ancestral des légumes fermentés 

Le terme de « pickles » évoque pour beaucoup les concombres vinaigrés, au goût acidulé, emblématiques des hamburgers américains. L'origine exacte des pickles reste incertaine, mais dès 2030 av. J.-C., des concombres venus du sous-continent indien auraient déjà été conservés par fermentation¹. Aujourd'hui encore, les pickles de différents légumes ou fruits tels que la mangue, le citron, le piment, etc. – appelés achar en Inde – occupent une place importante dans la cuisine indienne¹. Mais attention, tous les pickles ne se valent pas : les pickles traditionnels fermentent plusieurs mois dans une saumure très salée, un milieu peu oxygéné propice à la fermentation grâce à des bactéries lactiques ; d'autres recettes, plus rapides, combinent fermentation et vinaigre, tandis que les pickles « réfrigérés » ne fermentent que quelques jours et doivent être conservés au froid².
Avantage nutritionnel des versions longuement fermentées : elle contient davantage de microorganismes vivants, dont certains pourraient contribuer à l’équilibre du microbiote intestinal, à la digestion voire à l’immunité, même si ces effets sur la santé restent à confirmer^3–5.

Suède 
Surströmming : un hareng fermenté en conserve 

Cette spécialité suédoise à base de harengs frais salés puis plongés dans une saumure poursuit son processus de fermentation dans sa boîte de conserve⁶, qui se bombe naturellement avec le temps. Les bénéfices santé de cette surprenante préparation au goût très acide et légèrement pétillant⁶, seraient avant tout liés au poisson de sa recette : il est riche en protéines et en acides gras de type oméga-3⁷. Certains prêtent aux poissons fermentés en général des effets antioxydants, antihypertenseurs, voire un effet protecteur sur certains cancers et une modulation favorable du microbiote intestinal (augmentation des Bacteroidetes, diminution des Firmicutes)⁸.
Des bénéfices à relativiser, car ils sont loin de faire consensus : dans un essai mené chez l’humain, la consommation, pendant une semaine, de surströmming, n’a pas vraiment modifié le microbiote intestinal des (courageux) volontaires⁹.

Maroc, Algérie 
Smen : un beurre longue conservation 

Le smen est un beurre fermenté clarifié⁽¹⁾, traditionnellement fabriqué en Afrique du Nord à partir de lait de chamelle : après fermentation spontanée du lait, le beurre est séparé par barattage puis fermenté, salé et conservé dans des pots en terre hermétiquement fermés, où il peut vieillir pendant plusieurs années¹². Au fil du temps, il développe une saveur très intense et des arômes puissants. Comme tous les produits laitiers fermentés, on suspecte que la fermentation puisse libérer des petites molécules actives bénéfiques pour la santé. Mais les bénéfices santé attribués au smen – du traitement des hémorroïdes aux rhumatismes, en passant les rhumes et les brûlures – relèvent plus souvent de la transmission culturelle¹³ que d’une réalité scientifiquement observée. Néanmoins, des propriétés antibactériennes contre Staphylococcus aureus et Escherichia coli ont été démontrées in vitro et une accélération de la cicatrisation des plaies a été mise en évidence chez l’animal (mais pas – encore ? – chez l’humain)¹⁴.

⁽¹⁾ dont on a retiré l'eau et les protéines du lait (notamment la caséine), afin qu’il ne reste pratiquement que la matière grasse, ce qui améliore sa conservation¹².

Bulgarie 
Yaourts : pour bien digérer le lait 

Le yaourt est un produit laitier fermenté obtenu grâce à deux bactéries spécifiques : Streptococcus thermophilus et Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus¹⁰. Ces dernières transforment le sucre du lait (le lactose) en acide lactique, ce qui facilite sa digestion et confère au yaourt sa texture et son goût caractéristique. D’autres bactéries peuvent faire ce travail mais on parle alors de lait fermenté et non plus de « yaourt ». Conséquence directe de ce processus de fermentation lactique : une meilleure digestion chez les personnes peu tolérantes au lactose¹⁰. La consommation de yaourts et autres produits laitiers fermentés irait aussi de pair avec une diminution du risque de cancer du sein et du cancer colorectal, du diabète de type 2, un meilleur maintien du poids, ainsi qu'une amélioration de la santé cardiovasculaire, osseuse, et digestive^10,11.
Mais là encore, il convient de rester prudent car la science est encore loin de pouvoir prouver des relations de cause à effet.

Ethiopie 
Injera : un pain plat sans gluten  

L’injera est un pain plat fermenté traditionnel d’Éthiopie, préparé à partir de farine de teff¹⁵, une céréale ancestrale dépourvue de gluten. Cet aliment de base de l’alimentation éthiopienne est notamment riche en glucides mais aussi en protéines, fibres et minéraux. La fermentation repose sur des levures – et notamment la célèbre levure de bière Saccharomyces cerevisiae – et des bactéries lactiques^16–19. Leur action semble améliorer la digestibilité des protéines, l’activité des composés bénéfiques comme les phénols et l’activité antioxydante^15,20, mais également réduire des composés (dit facteurs antinutritionnels) naturellement présents dans les céréales qui limitent l'absorption de certains nutriments²¹.

Nigéria 
Gari : un aliment abordable à base de manioc 

Le gari est une farine granuleuse et crémeuse obtenue par torréfaction d’une pâte de manioc fermentée²². Cet aliment de base contribue à l'alimentation quotidienne de millions de Nigérians grâce à sa disponibilité et son prix abordable. Son processus de fabrication traditionnelle repose sur le râpage du manioc, l’ajout éventuel d’huile de palme rouge, la fermentation, l’égouttage (déshydratation), le tamisage, la torréfaction sur une plaque chauffée pour gélatiniser l’amidon, puis le refroidissement²² : autant d’étapes qui participent à réduire certains composés indésirables comme le cyanure, mais qui détruisent aussi les vitamines. Le gari est riche en glucides et en fibres, mais pauvre en protéines. Il pourrait contenir des phénols aux propriétés antioxydantes, dépendants néanmoins de la façon dont le gari est fabriqué et du type de manioc utilisé²³.

Indonésie 
Tempeh : la qualité nutritionnelle du soja, en mieux 

Originaire de l’île de Java, le tempeh est un aliment de base indonésien aujourd’hui connu des végétariens du monde entier. Ce produit fermenté à partir du soja, bien moins fade que son cousin le tofu, apporte des saveurs de noisette et de champignon à de nombreux plats indonésiens. Sa fabrication repose sur la fermentation des graines de soja par le champignon Rhizopus oligosporus, une technique qui aurait été inspirée des méthodes traditionnelles chinoises de fabrication de la sauce soja²⁴. Cette fermentation améliore l’absorption des protéines, minéraux, vitamines et isoflavones du soja, tout en réduisant les facteurs antinutritionnels. Au final, on obtient un produit de bonne qualité nutritionnelle, qui peut contribuer à prévenir la malnutrition^24,25. Quelques bénéfices sont rapportés par certains auteurs (baisse du LDL cholestérol voire de la pression artérielle²⁶ ; effets antioxydants, digestifs et cognitifs²⁴ ; et même les performances sportives²⁷) mais ces résultats restent très préliminaires.

Philippines
Bagoóng : un condiment riche en protéines… mais aussi en sel et histamines 

Le Bagoóng est un condiment typique des Philippines, préparé à partir de poissons ou de petites crevettes broyés et fermentés avec du sel. Riche en protéines, la composition nutritionnelle de cette pâte varie néanmoins avec la recette^28,29. Par exemple, le Bagoóng de crevettes (également connu sous le nom générique de Terasi en Asie, de Belacan en Malaysie, de Kapi en Thaïlande…) semble un peu plus riche en graisses et moins riche en minéraux. Les effets santé (antioxydant ? hypocholestérolémiant ?³⁰) ont été rarement étudiés, et souvent dans des éprouvettes et non chez l’humain ce qui rend les résultats très incertains. Attention : le Bagoóng peut s’avérer riche en histamines (avec un risque d’intoxication appelée parfois syndrome de pseudo-allergie alimentaire) et en sel (dont tout un chacun doit réduire la consommation)^28,29,31.

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