Que contient ce yaourt ?

Il contient de la chair et de l’eau de noix de coco bio, fermentées avec 16 souches probiotiques, notamment Lactobacillus acidophilus, Bifidobacterium breve, et Streptococcus thermophilus.

Quels bénéfices pour la santé prétend-il offrir ? Est-il vraiment bénéfique pour la santé ?

Sur son site web, la marque qui commercialise ce produit prétend que sa consommation peut améliorer la digestion, réduire les ballonnements, favoriser une peau plus saine et renforcer le système immunitaire. Si les probiotiques peuvent offrir des bénéfices pour la santé, les preuves scientifiques à l’appui des revendications spécifiques de ce yaourt restent limitées.

On sait que la chair de noix de coco est principalement composée de lipides et ce type de yaourt apporte très peu de protéines. De plus, l’huile de coco est utilisée comme remède pour toutes sortes de problèmes, comme pour lutter contre les virus et les bactéries, renforcer l’immunité, réduire le cholestérol, stimuler la fonction thyroïdienne et même perdre du poids ^1-4.

L’huile de coco contient des acides gras MCT à chaîne moyenne, qui sont plus facilement digérés et moins absorbés que les acides gras à chaîne plus longue. Cependant, de tous les acides gras saturés contenus dans l’huile de coco, les MCT ne représentent que la moitié. Certains MCT, comme l’acide laurique et l’acide caprique, possèdent des propriétés antifongiques et antivirales ^1-3, mais l’objectif de la consommation alimentaire est d’apporter des composants qui renforcent le système immunitaire, qui va ensuite lutter contre les microbes ⁴.

De quelle manière impacte-t-il le microbiote intestinal ?

Les yaourts probiotiques contiennent des bactéries vivantes pouvant potentiellement avoir une influence sur le microbiote intestinal. Cependant, l’efficacité des probiotiques dépend de différents facteurs, notamment les souches spécifiques utilisées, leur capacité à survivre à l’acide gastrique et la composition du microbiote intestinal existant.

Certaines études suggèrent que les triglycérides à chaîne moyenne (medium-chain triglycerides, MCT) retrouvés dans la noix de coco pourraient affecter la composition du microbiote. Néanmoins, la recherche sur les produits probiotiques à base de noix de coco n’en est qu’à ses débuts. En outre, si l’huile de coco contient des composés antimicrobiens tels que l’acide laurique (transformé en monolaurine dans l’organisme), cela ne se traduit pas nécessairement par des bénéfices pour la santé intestinale ^1-3.

Une étude intéressante conduite chez le rat pour évaluer les effets de différentes huiles alimentaires sur le microbiote intestinal a montré que la consommation d’huile de coco entraînait une réduction de la diversité bactérienne, une augmentation des marqueurs de l’endotoxémie métabolique, une stéatose hépatique, et une augmentation des taux de LDL-cholestérol ⁵.. Même si les études chez
l’animal apportent des informations, des essais cliniques chez l’Humain sont nécessaires pour déterminer les effets réels de ce yaourt sur la santé intestinale.

De votre point de vue de diététicienne, ces nouveaux produits probiotiques méritent-ils l’attention qu’on leur porte ?

Rappelez-vous que la nourriture est essentiellement destinée à nous apporter des nutriments, des vitamines et des minéraux. Les produits laitiers à la noix de coco, comme le yaourt, n’ont pas une densité nutritionnelle importante ^{1, 3}.

Bien que ce yaourt probiotique présente une approche innovante pour apporter des bactéries bénéfiques, sa teneur élevée en matières grasses, son faible taux de protéines et son coût doivent être pris en compte ^{2, 6}. Les aliments traditionnels riches en probiotiques, comme le yaourt, le kéfir et les légumes fermentés, apportent des bénéfices similaires avec un profil nutritionnel plus équilibré. Une alimentation variée et équilibrée, contenant peu d’aliments transformés et riche en légumes, en fruits, en céréales complètes et en légumineuses, renforce la diversité du microbiote.

Femmes transgenres : une flore néovaginale spécifique

Se sentir femme au plus profond de son être alors que l’on porte physiquement des organes génitaux masculin et que l’on nous désigne homme… Une incongruence de genre que corrigent certaines femmes transgenres en recourant, « à une néo-vaginoplastie par inversion de peau pénienne ». Autrement dit, en transformant chirurgicalement leur pénis en vagin. Quelle que soit la qualité de la chirurgie pratiquée, la peau de ce vagin nouvellement construit reste une combinaison de peau de l’ancien pénis et d’une greffe de peau issue du scrotum et/ou d’autres zones (ventre, aine…). Quid des conséquences en termes de santé ? Le microbiote vaginal est un élément clé de la santé vaginale des femmes cisgenre.

Des chercheurs américains se sont intéressés à la flore intime des femmes transgenres opérées : la composition du microbiote neovaginal pourraient-il expliquer certains problèmes, comme les pertes vaginales fréquemment rapportées ?

La question méritait d’être posée et a trouvé réponse grâce à une étude qui a comparé le microbiote vaginal de femmes transgenres ayant subi une néo-vaginoplastie à celui de femmes cisgenres. Les résultats ? Des microbiotes bien différents. Alors que la flore vaginale des femmes cisgenres est peu diversifiée et largement dominée par des lactobacilles, garant d’un milieu acide qui repousse les pathogènes, celle des femmes transgenres renferme moins de 3 % de ces précieux alliés et est bien plus diversifiée. Or, côté vagin, la diversité n’est pas signe d’une bonne santé, bien au contraire : elle est en effet observée chez les femmes cisgenres souffrant de vaginose bactérienne, qui accroît les risques d’infections sexuellement transmissibles (y compris le VIH-sida) et de fausses couches. Quel est l’origine de ce nouvel écosystème microbien ? 

Ou plus exactement quelles bactéries composent le microbiote des néo-vagins des femmes transgenres opérées ? Sans doute via la flore de la peau (pénis, scrotum…) utilisée lors de la chirurgie. Mais pas seulement. Des transmissions oraux-génitales et génitales-génitales semblent également à l’oeuvre. D’ailleurs, ce sont des espèces bactériennes typiques de la peau ou du tube digestif, mais également de la bouche, qui ont été observées dans la flore néovaginale des femmes transgenres opérées. Leurs relations sexuelles augmentant la fréquence d’une bactérie appelée E. faecalis, des transferts génitaux sont également à l’oeuvre.

En revanche, alors que les hormones expliquent la recrudescence des lactobacilles protecteurs chez les femmes cisgenres, le statut hormonal des femmes transgenres (comparable à celui des femmes cisgenres grâce à un traitement) semblait ici ne rien changer à l’affaire. Des études complémentaires sur un plus grand nombres de femmes transgenres seront nécessaires pour mieux comprendre leur santé néovaginale.

^{Winston McPherson G, Goldstein Z, Salipante SJ, et al. The Vaginal Microbiome of Transgender and Gender Nonbinary Individuals. Transgend Health 2024; 9: 205-11.}

Le microbiote intestinal régule l’insomnie via l’axe intestin-cerveau

Si lien bidirectionnel est établi entre le sommeil et le microbiote intestinal, ses mécanismes sous-jacents sont largement méconnus. Il semble cependant que des métabolites produits dans les intestins soient en mesure d’affecter certains comportements chez l’hôte, comme l’anxiété. Des études cliniques ont par ailleurs fait état d’altérations du microbiote intestinal chez des personnes souffrant d’insomnie chronique.

Wang et al. ont cherché à déterminer comment le microbiote intestinal pouvait façonner le comportement de sommeil. À cette fin, ils ont étudié le comportement de veille-sommeil chez des souris exemptes d’organismes pathogènes spécifiques (EOPS) et des souris axéniques. Les souris axéniques sont indemnes de TOUT micro-organisme, y compris ceux typiquement présents dans les intestins, alors que les souris EOPS sont dépourvues des organismes pathogènes figurant sur une liste spécifique. L’électroencéphalogramme (EEG)-électromyogramme (EMG) ambulatoire de 24 heures a montré que les souris axéniques présentaient une durée d’éveil et de sommeil paradoxal réduite par rapport aux souris EOPS.

Pour identifier les métabolites spécifiques impliqués dans les modifications de comportement de sommeil médiées par le microbiote intestinal, les auteurs ont étudié des échantillons de selles et de tissu hypothalamique par métabolomique ciblée. Leur analyse a montré que le butyrate, un acide gras à chaîne courte issu du microbiote intestinal, constituait le modulateur le plus important du comportement de sommeil.

De plus, l’administration par voie orale de tributyrine, un précurseur du butyrate, a entraîné une réduction significative de 39,50 % de l’éveil et une augmentation de 77,99 % du sommeil paradoxal. Le mécanisme sous-jacent semble être une inhibition par la tributyrine de l’activité des neurones à orexines dans l’hypothalamus latéral. En étudiant les humains, les auteurs ont également observé une diminution de 39 bactéries productrices de butyrate chez les patients insomniaques versus les témoins. Pour finir, les auteurs ont également montré que les souris axéniques qui avaient reçu le microbiote des patients insomniaques présentaient des troubles du sommeil, qui ont disparu après supplémentation en butyrate. Pour conclure, cette étude met en évidence le potentiel du butyrate comme agent thérapeutique pour diminuer les troubles du sommeil.

^{Wang Z, Wang Z, Lu T, et al. Gut microbiota regulate insomnia-like behaviors via gut-brain metabolic axis. Mol Psychiatry 2025; 30: 2597-611.}

La toxine cytolétale distendante produite par Campylobacter jejuni favorise les métastases dans le cancer colorectal

Plusieurs bactéries pro-tumorigènes, telles que les Escherichia coli (E. coli) génotoxiques et les Bacteroides fragilis (B. fragilis) entérotoxigènes, ont été associées aux métastases cancéreuses. De plus, il a été montré que les Campylobacter productrices de toxine cytolétale distendante (cytolethal distending toxin, CDT) étaient enrichies dans les tissus tumoraux comparativement aux tissus adjacents normaux. Cependant, le lien entre bactéries productrices de génotoxines et métastases cancéreuses est mal compris. Les auteurs ont prélevé des tissus de cancer colorectal (CCR) primitif chez 34 patients naïfs de chimiothérapie (stades TNM I et IIA) ayant présenté des métastases à distance dans les 3 ans (groupe avec métastases) et chez 37 patients restés indemnes de métastases (groupe sans métastases) au cours du suivi de 3 ans. Ils ont mis en évidence un enrichissement significatif en Campylobacter dans le groupe avec métastases et un pronostic significativement plus sombre chez les patients présentant des Campylobacter intratumorales. Ils ont également confirmé leurs observations à l’aide d’une cohorte de validation et d’une base de données publique. La CDT est le principal facteur de virulence en cause dans la pathogenèse médiée par Campylobacter et, dans les cellules de l’hôte, elle induit des dommages à l’ADN et un arrêt du cycle cellulaire. Le groupe avec métastases a davantage exprimé la sous-unité bioactive de la CDT (cdtB) et l’antigène B d’invasion de Campylobacter (ciaB), un facteur de virulence spécifique à C. jejuni.

In vitro, C. jejuni a significativement augmenté la capacité de migration et d’invasion de plusieurs lignées cellulaires de CCR. Dans un modèle murin, l’administration de C. jejuni a augmenté la capacité de migration et d’invasion par rapport aux témoins et dans un autre, elle a significativement augmenté les métastases hépatiques. Globalement, ces résultats prouvent que les C. jejuni intestinales favorisent les métastases dans le CCR. Il est intéressant de noter que la capacité pro-métastatique était atténuée en l’absence de CdtB. Du point de vue du mécanisme, il semble que la CDT a activé la voie de signalisation JAK-STAT, conduisant à l’expression de gènes MMP et à des métastases tumorales.

^{He Z, Yu J, Gong J, et al. Campylobacter jejuniderived cytolethal distending toxin promotes colorectal cancer metastasis. Cell Host Microbe 2024; 32: 2080-91.}

Maladie de Crohn quiescente, micro-organismes sulfidogènes et voies métaboliques du soufre : conséquences fonctionnelles

Dans la maladie inflammatoire chronique de l’intestin en phase quiescente, il n’y a pas d’inflammation active. Cependant, les patients font état de symptômes persistants, en particulier ceux atteints de la maladie de Crohn (MC). Il est établi que le microbiote est altéré chez les patients en phase quiescente de la MC qui présentent des symptômes persistants (MCq + S). En particulier, les patients présentant une MCq + S possèdent davantage de micro-organismes sulfidogènes et de voies des gènes microbiens du métabolisme du soufre. Cependant, la signification fonctionnelle de ces modifications reste inconnue. Dans cette étude observationnelle multicentrique, un séquençage shotgun métagénomique et un profilage métabolomique des selles des patients présentant une MCq + S ont été réalisés. De plus, des patients présentant une maladie de Crohn active (MCa), une maladie de Crohn quiescente sans symptômes GI persistants (MCq-S) et un syndrome de l’intestin irritable avec diarrhée prédominante (SII-D) ont été inclus et comparés aux patients présentant une MCq + S.

Les auteurs indiquent que les métabolites fécaux au sein des voies de la cystéine/ méthionine, des acides biliaires et des acides gras étaient parmi les plus différentiellement abondants chez les patients présentant une MCq + S versus les autres groupes. Ces différences ont persisté même lorsque l’inflammation, définie par le taux de calprotectine, était plus faible. Les voies de la glycine, de la sérine et de la thréonine ; du glutathion ; et de la cystéine et de la méthionine étaient les plus enrichies dans la MCq + S, et celles-ci constituent des voies métaboliques du soufre importantes dans les intestins humains. En plus des métabolites, de nombreux gènes bactériens du métabolisme du soufre étaient dérégulés dans la MCq + S. En intégrant les ensembles de données métagénomiques et métabolomiques, les auteurs ont par ailleurs montré que les voies de la taurine et de l’hypotaurine ; du nicotinate et du nicotinamide ; de la cystéine et de la méthionine ; et de la glycine, de la sérine et de la thréonine étaient les principales voies métaboliques associées aux micro-organismes enrichis dans la MCq + S.

Comme des concentrations élevées d’H2S inhibent les fonctions mitochondriales de l’hôte, ces résultats suggèrent des liens entre les métabolites d’origine microbienne et la fonction mitochondriale de l’hôte chez les patients présentant une MCq + S. En fin de compte, les résultats de cette étude suggèrent que les stratégies visant à diminuer les micro-organismes sulfidogènes et les voies métaboliques du soufre associées pourraient constituer une nouvelle approche pour améliorer la qualité de vie dans la maladie de Crohn quiescente avec symptômes persistants.

^{Golob J, Rao K, Berinstein JA, et al. Why Symptoms Linger in Quiescent Crohn’s Disease: Investigating the Impact of Sulfidogenic Microbes and Sulfur Metabolic Pathways. Inflamm Bowel Dis 2025; 31: 763-76.}

Mécanismes

Le microbiote comprend une grande variété de bactéries, de virus, de champignons et d’autres microorganismes essentiels à l’homéostasie immunologique, hormonale et métabolique de leur hôte. Nous l’appelons souvent « l’organe caché ».

Lorsque cet écosystème est perturbé (dysbiose), de nombreuses maladies peuvent apparaître, allant des troubles gastro-intestinaux aux troubles métaboliques et neurologiques systémiques ¹.

À la naissance, l’intestin du nouveau-né est stérile, mais il est rapidement colonisé par des microorganismes présents dans l’environnement, notamment des Enterobacteria, des Enterococci, des Lactobacilli et des Bifidobacteria. Le microbiote intestinal subit des changements dynamiques et graduels, de la petite enfance jusqu’à l’âge adulte, sous l’influence de nombreux facteurs internes et externes. Ces changements microbiens sont essentiels à la formation d’un microbiome stable et résilient, qui favorise la bonne santé de tout au long de sa vie. Chez les adultes en bonne santé, on estime que le microbiote comprend plus de 1 000 espèces de bactéries. Il convient de noter que cette communauté microbienne peut influencer la pharmacodynamique des médicaments, en métabolisant directement les médicaments ou en modifiant les réponses métaboliques et immunitaires de l’hôte.

Les médicaments administrés par voie orale traversent le tube digestif ; au cours de ce processus, leur absorption et leur métabolisme sont influencés à chaque étape. Les médicaments qui ne sont pas complètement absorbés dans le tube digestif supérieur peuvent atteindre le côlon. Le microbiome intestinal participe alors activement à la transformation chimique de ces médicaments, affectant leur pharmacocinétique, leur bioactivité et leur toxicité potentielle.

Plusieurs mécanismes sont impliqués dans l’action des médicaments sur le microbiote intestinal, notamment :

1 /des effets directs (les antibiotiques peuvent éliminer certaines espèces du microbiote, qu’elles soient nocives ou bénéfiques, ce qui entraîne un déséquilibre du microbiote intestinal) ;

2 / une altération de la motilité intestinale (certains médicaments peuvent ralentir la motilité intestinale, ce qui peut entraîner une prolifération des bactéries nocives) ;

3 / une modulation de la fonction immunitaire (plusieurs médicaments peuvent interagir avec l’immunité intestinale, ce qui peut alors affecter le microbiote intestinal) ;

4 / des modifications du pH de l’intestin (l’équilibre du pH joue un rôle essentiel dans le tube digestif et peut affecter la croissance et la survie de différents types d’espèces du microbiote intestinal ; certains médicaments peuvent modifier le pH intestinal, ce qui influence la prolifération de différents microbes et affecte alors la composition globale du microbiote intestinal) ;

5 / des interférences avec le métabolisme microbien (plusieurs médicaments peuvent interférer avec le métabolisme microbien, ce qui peut affecter le microbiote intestinal) ;

6 / des changements alimentaires (certains médicaments peuvent modifier l’environnement alimentaire dans l’intestin ; cela peut alors influencer le microbiote intestinal en modifiant la disponibilité des nutriments et autres composés dont le microbiote a besoin pour se développer et survivre) ^2-4.

Les interactions entre le microbiome intestinal et les médicaments sont déterminées non seulement par l’activité microbienne, mais aussi par la génétique de l’hôte, les expositions environnementales et leurs interactions, ce qui complexifie la mise en place de thérapies personnalisées. Les études d’association pangénomique (GWAS) ont permis d’identifier des variants génétiques humains, en particulier dans les gènes liés à l’immunité, au métabolisme et à la digestion (ex. : lectines de type C et lactase), qui influencent la composition du microbiote intestinal.

Exemple de l’irinotécan et du cytochrome P450

L’irinotécan, un médicament anticancéreux, est réactivé dans l’intestin par des enzymes microbiens, provoquant des diarrhées sévères (l’un des effets secondaires majeurs de la chimiothérapie). Certaines bactéries intestinales, en particulier les espèces productrices de β-glucuronidase comme Escherichia coli, Clostridium et Bacteroides, produisent des enzymes qui reconvertissent le SN-38G en SN-38
actif dans l’intestin. Or, cette réactivation est toxique pour les cellules épithéliales intestinales, ce qui provoque des lésions de la muqueuse, une inflammation et des diarrhées sévères différées ³.

Le microbiome intestinal peut avoir une influence profonde sur les enzymes métabolisant le médicament chez l’hôte. Il s’agit là d’un nouveau facteur à prendre en compte dans les thérapies personnalisées. Les enzymes du cytochrome P450, en particulier CYP3A4, sont modulées par des composés dérivés de l’intestin.

Les acides gras à chaîne courte (AGCC) peuvent moduler l’expression des gènes enzymatiques par des mécanismes épigénétiques. Par ailleurs, les acides biliaires secondaires interagissent avec les récepteurs nucléaires tels que FXR, CAR et PXR, altérant ainsi le métabolisme des médicaments ³.

Stratégies visant à réduire les dommages collatéraux produits par les médicaments
sur le microbiome ⁵

Pour protéger le microbiome intestinal, l’une des stratégies principales consiste à éviter autant que possible les médicaments connus pour perturber l’équilibre microbien. En réduisant au maximum les interactions directes entre les médicaments et les microbes intestinaux, les effets négatifs peuvent également être réduits. À l’inverse, les approches réparatrices visent à restaurer les communautés microbiennes après la perturbation. Elles comprennent les modifications alimentaires, la consommation de probiotiques et de produits biothérapeutiques vivants et la transplantation de microbiote fécal. Les modifications alimentaires agissent comme des thérapies ciblant le microbiote. Par exemple, les fibres alimentaires favorisent la croissance des bactéries productrices d’AGCC, qui sont essentielles à la fonction immunitaire, au développement épithélial et au maintien d’un environnement intestinal anaérobique. Les probiotiques tels que Saccharomyces boulardii CNCM I-745, Lactobacillus euteri et Bifidobacterium spp. favorisent la résistance des colonies, la modulation immunitaire et l’intégrité de la barrière intestinale. Les postbiotiques, composés de microbes inactivés ou de leurs composants, offrent également des bienfaits pour la santé, sans nécessiter d’organismes vivants. Par ailleurs, les produits biothérapeutiques vivants représentent une nouvelle catégorie d’interventions médicales utilisant des microbes vivants spécialement conçus pour traiter ou prévenir les maladies, bien distincts des compléments traditionnels ⁵.

La restauration de la communauté microbienne ne se limite pas à la recolonisation des bactéries. Elle nécessite le rétablissement d’un écosystème équilibré qui soutient les fonctions immunitaires et métaboliques, ainsi que la barrière intestinale. Les stratégies visant à protéger le microbiome pendant un traitement médicamenteux se divisent en deux grandes catégories : les approches préventives qui limitent les perturbations induites par les médicaments et les approches réparatrices qui visent à reconstruire la diversité et la fonction microbiennes après les dommages ⁵.

Pour opter pour la bonne stratégie, il est essentiel d’adopter une approche à la fois précise et adaptée au médicament, au contexte de la maladie et au patient. La réussite dépend de la compréhension approfondie des principes écologiques et biochimiques qui régissent les interactions entre le microbiote et les médicaments. La poursuite des recherches est essentielle pour guider la restauration et la protection efficaces du microbiome intestinal pendant et après un traitement médicamenteux.

La dysbiose intestinale dans les troubles douloureux abdominaux fonctionnels de l’enfant

Les troubles douloureux abdominaux fonctionnels (TDAF), également appelés troubles gastro-intestinaux fonctionnels (TGIF), représentent l’une des principales étiologies des douleurs abdominales chroniques dans la population pédiatrique, impliquant des interactions entre des facteurs de régulation dans les systèmes nerveux entérique et central ¹. Le système de classification actuel, ROME IV, distingue plusieurs TGIF avec douleurs prédominantes en fonction des types de symptômes, à savoir la dyspepsie fonctionnelle (DF), le syndrome de l’intestin irritable (SII), la migraine abdominale et les douleurs abdominales fonctionnelles non spécifiques (DAF-NS) ². Au cours des deux dernières décennies, de nombreuses études ont recherché les causes possibles et mécanismes sousjacents de ces troubles mais la physiopathologie précise doit encore être établie, malgré les observations réalisées en neurogastro-entérologie pédiatrique concernant la motricité intestinale, les molécules de signalisation, les modifications du microbiote ou les mécanismes épigénétiques ³. Les modifications du microbiote intestinal, désignées par le terme « dysbiose intestinale », pourraient jouer un rôle dans les troubles douloureux abdominaux fonctionnels via l’altération de l’immunité et de l’intégrité intestinales ^{4, 5}. Plusieurs études ont fait état d’une diminution de la diversité microbienne chez les patients atteints de troubles douloureux abdominaux fonctionnels ^{6, 7} et d’une forte altération d’espèces telles que Lactobacilli et Bifidobacteria ⁸. Un nombre croissant de données cliniques sont donc recueillies sur l’utilisation des probiotiques dans la prise en charge des troubles fonctionnels, même si les données chez l’enfant sont insuffisantes ⁹.

Description de l’étude

L’analyse du microbiote de 18 patients atteints de TGIF a fourni des données sur la dysbiose intestinale au moment du diagnostic et sur son évolution sur une période de trois mois de traitement avec des souches spécifiques de probiotiques et de prébiotiques (figure 1).

Population étudiée. Patients âgés de 4 à 14 ans, présentant un diagnostic de troubles douloureux abdominaux fonctionnels (dyspepsie fonctionnelle et syndrome de l’intestin irritable) conformément aux critères ROME IV.

Intervention. Six souches bactériennes (Lactobacillus rhamnosus R0011, Lactibacillus casei R0215, Bifidobacterium lactis BI-04, Lactobacillus acidophilus La-14, Bifidobacterium longum BB536, Lactobacillus plantarum R1012) et 210 mg de fructo-oligosaccharides-inuline. Une gélule a été administrée par voie orale chaque jour pendant 12 semaines, le médicament étant fourni par les professionnels
de santé.

Critère de jugement clinique. Les patients ont été évalués afin de déterminer la sévérité de la gêne abdominale, de la dyspepsie,
des flatulences et des douleurs épigastriques sur une échelle (numérique) ordinale en 10 points.

Des échantillons de selles ont été recueillis chez les participants avant et après le traitement à l’aide d’un kit spécial comportant deux récipients stériles, et transportés au laboratoire dans des conditions différentes selon le temps écoulé entre le recueil et la livraison au laboratoire : si ce délai était inférieur à 24 heures, les deux récipients étaient stockés et acheminés dans des conditions réfrigérés à 4 °C ; si le temps écoulé entre l’évacuation des selles et la livraison au laboratoire dépassait 24 heures, un récipient était stocké à l’état congelé à – 80 °C jusqu’à l’analyse, et l’autre était réfrigéré à 4 °C. Les échantillons de selles ont été analysés à l’aide du test Colonic dysbiosis-basic profile (SBY 1) réalisé par Synlab Allemagne. La composition du microbiote a été exprimée en nombre d’unités formant colonie (UFC) pour différentes espèces fongiques et bactériennes aérobies/anaérobies. L’analyse a fourni des données sur le pH fécal, les IgA en μg/mL (valeurs normales 510–2 040 μg/mL), la lactoferrine en μg/mL (valeurs normales < 7,2), la calprotectine en mg/kg (valeurs normales < 50,0 négative, 50–99 intermédiaire, > 100 positive).

L’analyse microbienne fécale a montré une augmentation de la proportion des genres bactériens associés à des bénéfices pour la santé (p. ex. Bifidobacterium et Lactobacillus), à la fois pour le SII-C et le SII-D (SII-C : 31,1 ± 16,7 % vs 47,7 ± 13,5 %, p = 0,01 ; SII-D : 35,8 ± 16,2 % vs 44,1 ± 15,1 %, p = 0,01). À l’inverse, les genres de bactéries nocives, à savoir Escherichia, Clostridium et Klebsiella, étaient diminués après le traitement (21,3 ± 16,9 % vs 16,3 ± 9,6 %, p = 0,02). Aucune particularité n’a été observée chez les enfants atteints de DF.

À l’inclusion, avant toute intervention symbiotique, les profils de Bifidobacterium étaient significativement différents entre le SII-C et le SII-D (87,14 ± 23,19 vs 71,37 ± 12,24 ; p = 0,02), avec des nombres plus faibles dans le SII-D. L’administration du symbiotique a eu un effet significatif sur les profils bactériens entre l’inclusion et la fin du traitement dans les deux groupes SII-C et SII-D (Tableau 1).

Conséquences en pratique

Les symptômes cliniques de la population de l’étude ont diminué de manière statistiquement significative après le traitement, suggérant que le fait d’agir sur la dysbiose intestinale pourrait également permettre de réduire le fardeau des patients et améliorer les scores cliniques.

En tout, 14 (78 %) patients ont rapporté une réussite du traitement (définie par l’absence de douleurs). La proportion de patients connaissant un soulagement adéquat des symptômes était plus élevée dans le groupe SII-D que dans le groupe SII-C ; cependant, la différence n’était pas statistiquement significative (74,4 % vs 61,9 %, p = 0,230). Dans les deux groupes SII-C et SII-D, les scores à l’échelle de Bristol étaient significativement améliorés après l’intervention (inclusion vs après traitement ; 2,8 ± 0,6 vs 3,9 ± 0,9, p = 0,03, 6,1 ± 0,9 vs 4,1 ± 1,0, p = 0,01, respectivement). La distension abdominale et les flatulences étaient significativement améliorées dans les deux groupes SII-C et SII-D (SII-C : 6,5 ± 2,8 vs 3,7 ± 1,8, p = 0,01 ; SII-D : 5,9 ± 2,2 vs 2,9 ± 1,8, p = 0,01).

Les extraits de basilic ont de puissants effets antimicrobiens qui pourraient être utilisés pour rétablir les déséquilibres de la flore vaginale en cause dans la vaginose bactérienne et la mycose vaginale. C’est ce que vient de mettre en évidence une étude menée en Corée. ¹

Fragiles mais précieux lactobacilles vaginaux

Le vagin abrite un microbiote composé de plusieurs centaines d’espèces bactériennes et d’un petit nombre de champignons dont des levures du genre Candida. Tous contribuent à maintenir un environnement propice à la santé. Par exemple, les lactobacilles sécrètent de l’acide lactique qui, en acidifiant l’environnement vaginal (maintien d’un pH compris entre 3,8 et 4,5), contribue à tenir éloignés de nombreux microorganismes pathogènes. 

Lorsque l’acidité naturelle du vagin est perturbée ou que les lactobacilles se raréfient, un déséquilibre (dysbiose) peut s’installer et favoriser la prolifération de micro-organismes associés à la vaginose bactérienne (BV) et à la candidose vulvovaginale (VVC) « mycose vaginale » (encadré).

À la recherche d’alternatives thérapeutiques

La prise en charge de ces infections repose encore souvent sur le recours à des antimicrobiens, comme les antibiotiques ou antifongiques. Problème : la surutilisation de ces traitements favorise l’émergence de bactéries et de champignons résistants, et peut affecter les populations de bactéries lactiques vaginales, fragilisant ainsi le microbiote vaginal. 

Quelles alternatives thérapeutiques à la fois respectueuses du microbiote et efficaces pourraient être utilisées pour prendre en charge et prévenir les infections vaginales ? C’est le défi qu’une équipe de chercheurs coréens a tenté de relever en s’intéressant au basilic.

Le basilic, un usage traditionnel contre les infections

Plante médicinale traditionnellement employé dans les remèdes populaires de nombreuses cultures pour traiter les infections respiratoires, le basilic (Ocimum basilicum L.) a démontré des effets antibactériens puissants liés à sa richesse en composés bioactifs.

Pour documenter ses effets sur les microorganismes du vagin, les scientifiques ont testé l’effet de diverses fractions d’huile essentielle de basilic sur des cultures in vitro des microorganismes en cause dans la vaginite : Gardnerella vaginalis, Fannyhessea vaginae, Chryseobacterium gleum et Candida albicans. 

Leurs résultats montrent que l’huile essentielle de basilic, même à faible concentration, a une puissante activité antimicrobienne sur les quatre pathogènes testés et ce, sans présenter de toxicité ni pour les lactobacilles bénéfiques (Lactobacillus crispatus), ni sur les cellules de la peau (fibroblastes dermiques). 
 

Effet synergique

Un composé particulier, appelé transcinnamate de méthyle, semble expliquer une partie des effets, mais les chercheurs supposent qu’il existe une synergie entre différentes molécules présentes dans l’huile essentielle de basilic.

Ces résultats sont encourageants, mais ils viennent uniquement d’essais en laboratoire. Leur efficacité — et surtout leur innocuité — doivent encore être confirmées par des études cliniques chez la femme. En attendant, évitez l’automédication et demandez conseil à votre médecin ou votre pharmacien. Les plantes restent une piste de recherche intéressante, sans remplacer les traitements recommandés.

Que sait-on déjà à ce sujet

La malnutrition infantile est un problème majeur de santé publique et une des premières de cause de mortalité avant l’âge de cinq ans. La malnutrition aiguë modérée (MAM) est associée à un retard du développement neurocognitif, mais le lien reste méconnu. Elle est aussi associée à une dysbiose du microbiote intestinal (MI) dont la mise en place est ralentie et marquée par un enrichissement en espèces de Bifidobacterium et Escherichia. Ces perturbations du MI pourraient avoir un impact sur le développement cérébral par l’axe intestin-cerveau, en raison de défaut d’absorption de nutriments ou d’accumulation de métabolites toxiques. Cette communication interorganes pourrait être médiée indirectement par les lipides plasmatiques car les lipides sont le constituant essentiel du cerveau et sont modulés par des métabolites du MI comme les acides biliaires.

Quels sont les principaux résultats apportés par cette étude ?

Cette étude a été réalisée dans la région de Mirpur au Bengladesh et a comparé 159 enfants avec MAM à 75 témoins bien nourris à l’âge de 12 mois. La MAM a été définie par un rapport poids/taille entre - 2 et – 3 z-scores. Le groupe MAM était significativement associé à des facteurs sociaux-démographiques (toilettes, mode d’accouchement et traitement de l’eau – bouilloire).

La MAM était associée à une diversité alpha bactérienne diminuée (Shannon), à une prévalence et abondance augmentées de Rothia mucilaginosa et de Streptococcus salivarius (figure 1), et à un ratio Bacteroidetes/Firmicutes augmenté. Les analyses fonctionnelles du MI n’ont pas montré de différences.

L’électroencéphalogramme (EEG) montrait une diminution significative des fréquences béta (12-30 Hz) et gamma (30-45 Hz) au niveau des régions temporales et frontales chez les enfants avec MAM. Une diminution significative des scores de communication expressive, de motricité fine et globale, ainsi que de la vocalisation était aussi observée.

Après correction du mode d’accouchement, du sexe et de la durée d’allaitement exclusif, la MAM était associée à des changements du lipidome plasmatique, avec une abondance relative augmentée de 128 (16 %) composés et diminuée de 189 (24 %) (figure 2).

L’intégration des données multimodales a montré que les meilleurs prédicteurs de MAM à 12 mois étaient : 1)les lipides plasmatiques (AUROC = 0,95 ± 0,05) ; 2) les mesures cérébrales et comportementales (score de Wolke, EEG, score de Bayley) (AUROC = 0,73 ± 0,05, 0,71 ± 0,10, 0,68 ± 0,07 respectivement) ; 3) le profil taxonomique, fonctionnel et des métabolites prédits du microbiome fécal (AUROC = 0,56 ± 0,07, 0,53 ± 0,07, 0,52 ± 0,06). À noter la part importante des données liées au microbiome fécal pour prédire la MAM en analyse multimodale, malgré la faible performance du microbiome fécal (figure 3).

L’analyse multimodale des réseaux a permis de prédire qu’un cluster de B. fragilis, de voies de fermentation du pyruvate, de céramides plasmatiques, d’EEG et de communication expressive était fortement corrélé avec un bon état nutritionnel à 12 mois. Enfin, l’effet le plus fort comme interaction interespèces était observé entre R. mucilaginosa et S. salivarius dont la présence combinée amplifiait la prédiction de MAM à 12 mois.

Quelles sont les conséquences en pratique ?

Cette étude montre l’importance du MI dans l’état nutritionnel du nourrisson. La présence de bactéries orales commensales gram positives et anaérobies facultatives comme R. mucilaginosa et S. salivarius pourrait être à l’origine d’une dérégulation des acides biliaires. Cela pourrait entraîner des modifications lipidiques importantes pour le développement cérébral.

Par ailleurs, il est important de souligner le bénéfice de B. fragilis en lien avec des voies de fermentation sur l’état nutritionnel à 12 mois.

Que sait-on déjà à ce sujet ?

Les thérapeutiques basées sur le microbiome intestinal (probiotiques, biothérapeutiques vivants, pré-/synbiotiques, transplantation fécale) visent à rétablir un microbiote sain mais affichent des succès variables selon les populations. Pour optimiser ces approches, il faudrait disposer d’une définition consensuelle d’un microbiome « sain », tâche ardue en raison de la grande variabilité interindividuelle. Des méta-analyses révèlent toutefois des taxons systématiquement appauvris ou enrichis dans de multiples maladies, suggérant que l’on peut positionner les microbes le long d’un continuum de lien avec la santé de l’hôte ^{2, 3}. Les espèces occupant le haut de ce classement présenteraient le plus grand potentiel : i) comme agents thérapeutiques directs ou cibles à enrichir ; ii) comme marqueurs d’efficacité clinique. Les auteurs proposent donc de créer un indice de priorité intégrant trois critères : association positive avec la santé, contribution à la stabilité du microbiote et forte « interaction » communautaire. Exploitable sur de vastes jeux de données publiques, cet indice servirait à sélectionner et à évaluer rationnellement les futures stratégies thérapeutiques microbiennes. 

Quels sont les principaux résultats apportés par cette étude ?

À partir d’une cohorte de découverte comprenant 39 926 microbiomes intestinaux provenant de 127 cohortes (données transversales et longitudinales couvrant 42 pays et 28 pathologies différentes), les auteurs ont élaboré un classement de 201 taxons prévalents du microbiote intestinal (détectés dans ≥ 5 % des échantillon dans ≥ 50 % des cohortes étudiées), l’« indice HACK » (Health-Associated
Core Keystone Index), en leur attribuant un score reposant sur trois propriétés quantifiables : i) prévalence/association communautaire chez des sujets non malades ; ii) stabilité temporelle ; et iii) association négative avec la maladie.

L’indice HACK a été calculé comme le produit de deux scores : i) la moyenne des scores d’association d’un taxon pour chacune des trois propriétés ; et ii) un score de récompense qui évalue la similarité (ou la répartition équilibrée) de ces trois scores entre eux. L’analyse des taxons les mieux classés selon cet ordre a révélé 17 taxons dont l’indice HACK est ≥ 75 % (figure 1). Ces taxons affichaient tous des scores ≥ 70 % pour les trois propriétés. Ils comprennent Faecalibacterium prausnitzii, un marqueur bien connu de la santé du microbiome⁴, suivi de Bacteroides uniformis. Figurent également dans cette liste plusieurs espèces des genres Roseburia, Alistipes et Eubacterium, ainsi que Coprococcus catus.

Les auteurs ont ensuite démontré la reproductibilité des scores individuels et de l’indice HACK dans son ensemble en recalculant les scores d’association individuellement dans chaque cohorte, en utilisant différentes méthodes de séquençage (Shotgun ou 16S) et différents types de populations (urbaines industrialisées vs autres), puis dans un jeu de validation supplémentaire composé de 14 cohortes supplémentaires totalisant 5 498 microbiomes.

Au-delà de leur lien plus étroit avec la santé et la stabilité du microbiote, certains taxons présentant un indice HACK élevé sont associés à une réponse favorable à diverses interventions thérapeutiques liées au microbiote, telles que le régime méditerranéen ou l’immunothérapie anticancéreuse.

En analysant les annotations fonctionnelles à l’échelle du génome obtenues à partir de 32 005 génomes couvrant 122 des 201 taxons, les auteurs ont identifié 150 familles de fonctions spécifiquement enrichies et conservées dans les génomes des taxons présentant un indice HACK élevé. Cela représente un vaste éventail de fonctions : production de butyrate/propionate aux propriétés antiinflammatoires, synthèse de nombreuses vitamines, biosynthèse d’acides aminés neuro-actifs comme le tryptophane, ainsi que de leurs dérivés anti-inflammatoires bénéfiques tels que les indoles, ou encore les chondroïtine-sulfates. Ces fonctions pourront être explorées pour comprendre les mécanismes sous-jacents.

Quelles sont les conséquences en pratique ?

Les indices HACK ont été calculés à partir d’une cohorte mondiale de 45 000 microbiomes intestinaux couvrant les six grands continents, dans l’une des études les plus exhaustives à ce jour. Ces indices représentent une avancée vers la priorisation rationnelle des espèces microbiennes intestinales comme potentielles thérapeutiques fondées sur le microbiome. En outre, les fonctionnalités associées aux indices HACK pourraient aider à identifier les voies et capacités métaboliques liées à la santé générale et à la stabilité du microbiome.

Le microbiote intestinal joue le rôle d’organe métabolique et participe à la digestion, à l’immunité et à l’homéostasie ¹. Ses interactions
avec les médicaments sont toutefois bidirectionnelles : les médicaments peuvent perturber l’équilibre microbien, tandis que les microbes peuvent altérer l’activité médicamenteuse. Le microbiome est donc un facteur important mais souvent ignoré dans le risque de réactions indésirables aux médicaments ^{2, 3}. Les enzymes microbiennes intestinales peuvent augmenter la toxicité des médicaments, ce qui accroît l’exposition des tissus et les effets nocifs. De plus en plus de données probantes montrent que la variabilité microbienne est un facteur clé des différences individuelles en matière de réponses aux médicaments et de réactions indésirables ^{2, 4}. L’intégration de la pharmacomicrobiomique aux évaluations des risques (ainsi que les données génétiques et cliniques) pourrait permettre de prédire la vulnérabilité aux effets nocifs des médicaments et orienter les stratégies de prévention personnalisées.

Perturbation du microbiote induite par les médicaments : antibiotiques et autres

On sait que les antibiotiques perturbent le microbiote intestinal en réduisant sa diversité, en altérant sa composition et en favorisant le développement de souches résistantes (tableau 1) ^{5, 6}. Van Zyl et al. ont montré que les antibiotiques, en particulier les quinolones et les β-lactamines, perturbent systématiquement les communautés microbiennes dans l’ensemble du corps et que les schémas thérapeutiques combinés provoquent une dysbiose prolongée et augmentent la charge pathogène ⁵. De même, Maier et al. ont montré que les différentes classes d’antibiotiques ont des effets distincts sur les bactéries intestinales : les macrolides et les tétracyclines  entraînent des pertes marquées chez les bactéries anaérobies ; quant aux médicaments tels que l’amoxicilline ou la ceftriaxone, ils favorisent le développement des Proteobacteria. En dépit des variations individuelles, une tendance globale se dégage : la disparation des bactéries anaérobies indispensables (ex. : Firmicutes) et la prolifération de microbes non essentiels et potentiellement pathogènes ⁶.

En dehors des antibiotiques, de nombreux médicaments non antibiotiques altèrent également le microbiote intestinal, tel que les IPP, la metformine, les AINS, les antipsychotiques et les statines (figure 1, tableau 2) ^{7, 8}. Les médicaments influencent le microbiote intestinal par divers mécanismes : l’action antimicrobienne directe, l’altération du pH, la modulation des acides biliaires, la modification de la motilité intestinale et la sécrétion de mucus ⁹.

Le microbiote intestinal modifie le métabolisme

Le microbiote intestinal peut biotransformer les médicaments , modifiant ainsi leur activité, leur efficacité et leur toxicité (figure 2, tableau 3) ^12-14. Zimmermann et al. ont schématisé le métabolisme microbien en analysant 271 médicaments oraux par rapport à 76 souches bactériennes intestinales ; ils ont alors constaté que 176 des médicaments étaient métabolisés par au moins une souche. Bacteroides dorei et B. uniformis ont notamment métabolisé près de 100 médicaments. Plus de 40 enzymes microbiennes ont été identifiées comme médiatrices d’un vaste ensemble de réactions, notamment la réduction, l’hydrolyse, la décarboxylation, la désalkylation et la déméthylation ¹².

Javdan et al. ont mis au point une plateforme personnalisée (MDM-Screen) pour évaluer le métabolisme microbien des médicaments,
à l’aide du microbiote ex vivo de donneurs individuels. En analysant 575 médicaments, ils ont observé que 13 % étaient métabolisés par les microbes intestinaux, y compris de nombreuses interactions jusqu’alors inconnues. Ces transformations, telles que l’hydrolyse, la réduction et la désacétylation, peuvent activer, inactiver ou augmenter la toxicité du médicament. L’étude a également révélé une variabilité interindividuelle importante et identifié des gènes microbiens clés (ex. : uridine phosphorylase, β-glucuronidase), associés à des voies métaboliques spécifiques ¹⁵.

L’efficacité de certains médicaments pourrait dépendre davantage de la composition du microbiote que de la génétique de l’hôte.

Conséquences cliniques : avancée vers une médecine personnalisée

Les interactions entre le microbiote et les médicaments ont des implications cliniques non négligeables. En effet, les différences individuelles au niveau du microbiote peuvent expliquer la variabilité de la réponse aux médicaments et des effets secondaires. Il faut noter que la composition du microbiote n’est pas le seul facteur influençant les résultats du traitement ; c’est également le cas de sa stabilité fonctionnelle.

Ces résultats soulignent la nécessité d’intégrer la génomique humaine et microbienne aux évaluations pharmacologiques. Au cours du développement des médicaments, la simulation des interactions entre le microbiote et les médicaments in silico est devenue essentielle.
Dodd et Cane ont proposé un cadre détaillé combinant les systèmes in vitro (ex. : banque de souches, communautés dérivées de selles), les outils génétiques (tests de gain/perte de fonction) et la métagénomique pour identifier les gènes microbiens impliqués dans le métabolisme des médicaments. Les modèles murins gnotobiotiques permettent également de distinguer les effets microbiens de ceux de l’hôte sur la pharmacocinétique.

À mesure que ce domaine progresse, les prescriptions tenant compte du microbiote deviennent un moyen de personnaliser les traitements et de réduire les effets indésirables. À l’avenir, la pharmacomicrobiomique pourrait orienter le choix et la posologie des médicaments en fonction des biomarqueurs microbiens, ce qui permettrait de mettre en place une médecine véritablement personnalisée ¹⁷.

La personnalisation des traitements pourrait un jour nécessiter un profil microbiotique complet.

Préserver et restaurer le microbiote : une frontière thérapeutique

La protection du microbiote intestinal pendant un traitement médicamenteux est une stratégie prometteuse pour réduire les effets indésirables et préserver l’efficacité. Bien que les probiotiques et les prébiotiques présentent certains bénéfices face à la dysbiose médicamenteuse, leur efficacité varie. Les probiotiques ciblés, adaptés aux effets spécifiques des médicaments, et la transplantation de microbiote fécale (TMF) offrent des options plus fiables, notamment en cas d’infection à C. difficile récidivante.

Les outils de précision comme les inhibiteurs d’enzymes microbiens (ex. : les inhibiteurs de β-glucuronidase pour la toxicité de l’irinotécan), les probiotiques issus de la bioingénirie, les médicaments épargnant le microbiote et les interventions basées sur l’alimentation sont à l’étude. Les études cliniques explorent les symbiotiques adaptés aux schémas thérapeutiques pour améliorer les résultats tout en perturbant le moins possible le microbiote. Les postbiotiques, comme le butyrate, sont également évalués pour leurs effets anti-inflammatoires et de soutien de la barrière intestinale.

L’intégration de stratégies ciblant le microbiote à la pharmacologie nécessitera des outils avancés (multiomique, apprentissage automatique et modélisation systémique du microbiome) pour prédire et gérer efficacement les interactions entre le microbiote et les médicaments.

La manipulation du microbiote intestinal pourrait améliorer le taux de réussite des traitements et réduire les complications