Les maladies parodontales (maladies des gencives) sont un problème de santé majeur dans le monde. La dysbiose (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) du microbiote bucco-dentaire est un facteur important qui contribue à leur développement et à leur progression. Par le passé, nous nous sommes concentrés sur l’identification des bactéries pathogènes. Mais une étude récente ¹ met en lumière un autre élément crucial : les métabolites produits par ces microbes et leur impact direct sur la santé de nos tissus gingivaux.

L’étude montre que le déséquilibre du microbiote bucco-dentaire affecte directement la quantité et l’équilibre de la composition des métabolites. Certains métabolites, en lien avec les bactéries associées à la parodontite, peuvent avoir des effets inflammatoires sur les cellules épithéliales gingivales (sidenote: Cellules épithéliales gingivales Cellules de surface formant la muqueuse des gencives. Elles représentent la première ligne de défense contre l’invasion microbienne dans la cavité buccale. )  humaines. Cela établit une relation directe entre les altérations de l’écosystème microbien bucco-dentaire, ses produits métaboliques et la réponse inflammatoire dans les tissus de l’hôte.

Lien entre le microbiote et les métabolites

Les auteurs, de la Faculté des sciences dentaires de l’Université de Kyushu (Japon), ont analysé des échantillons d’eau de rinçage buccal de personnes atteintes de maladie parodontale (n = 24) et de témoins sains (n = 22). Ce type d’échantillon reflète fidèlement les informations présentes dans la salive. Les chercheurs n’ont pas seulement identifié les bactéries les plus répandues dans les états pathologiques, confirmant les suspects habituels tels que Porphyromonas gingivalis et Fusobacterium nucleatum, mais ils ont surtout établi un lien entre ces espèces bactériennes spécifiques et les métabolites trouvés dans les mêmes échantillons. Cette approche ciblée a permis d’identifier 20 métabolites fortement corrélés au microbiote de la parodontite. Il ne s’agissait pas seulement de composés aléatoires, mais aussi de dérivés d’acides aminés, d’ acides gras à chaîne courte (AGCC) (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. )  et de polyamines.

Métabolites ayant des effets pathogènes

L’étape cruciale suivante consistait à vérifier si les métabolites identifiés avaient un impact direct sur les cellules gingivales humaines. Pour cela, les chercheurs ont testé 20 métabolites corrélés sur des cellules épithéliales gingivales humaines. Les résultats ont révélé que plusieurs composés présentaient un potentiel pathogène évident. En particulier, le propionate, le succinate, l’homosérine et la citrulline ont considérablement inhibé la croissance de ces cellules épithéliales gingivales. En outre, le traitement des cellules à l’homosérine (sidenote: Homosérine Composé dérivé d’un acide aminé, peu présent dans le métabolisme humain mais produit par certaines bactéries. Il peut exercer des effets pro-inflammatoires ou cytotoxiques sur les tissus hôtes, notamment sur l’épithélium gingival. ) , au propionate et au succinate a augmenté de manière significative l’expression de l’IL-8 (sidenote: Interleukine-8 (IL-8) Protéine de signalisation (cytokine) sécrétée par les cellules pour attirer les cellules immunitaires, notamment les neutrophiles, vers le site de l’infection ou de l’inflammation. Un taux élevé d’IL-8 est souvent associé à une inflammation des tissus en cours. ) , une cytokine inflammatoire clé, indiquant que ces métabolites peuvent déclencher une inflammation locale et contribuer aux lésions tissulaires associées à la plaque dentaire.

Enfin, si l’homosérine était connue pour être produite par certaines bactéries, cette étude révèle une nouvelle découverte en détectant sa production par plusieurs espèces de bactéries parodontales clés, notamment Prevotella melaninogenica, Prevotella intermedia, et Porphyromonas gingivalis. Cela suggère que ces microbes associés à la parodontite contribuent directement aux niveaux locaux d’homosérine observés dans les états pathologiques, confirmant ainsi leur potentiel d’impact sur l’hôte.

Des solutions pour les maladies des gencives ?

De nouvelles thérapies basées sur le microbiote dentaire offrent des alternatives prometteuses pour traiter les maladies des gencives en rétablissant un équilibre sain des communautés microbiennes dans la bouche. Les probiotiques, des bactéries bénéfiques présentes dans certains compléments alimentaires, ont démontré leur capacité à réduire l’inflammation et les microbes nocifs lorsqu’ils sont utilisés en complément des soins dentaires traditionnels.

D’autres approches innovantes et émergentes, telles que les greffes de microbiote bucco-dentaire ² ou les peptides antimicrobiens ciblés, , sont à l’étude. L’objectif est de développer des traitements plus doux et plus efficaces, capables de s’attaquer à la cause racine des maladies des gencives plutôt que d’éliminer simplement toutes les bactéries.

Pendant des années, les dentistes et les chercheurs se sont concentrés sur les « mauvaises » bactéries présentes dans notre bouche, par exemple Porphyromonas gingivalis, comme étant les principales responsables des maladies des gencives. Mais une étude récente de l’Université de Kyushu, au Japon, suggère que les véritables coupables ne seraient pas uniquement ces bactéries, mais aussi les substances chimiques qu’elles produisent. ¹

Ces substances, appelées métabolites, sont de petits sous-produits libérés par les microbes lorsqu’ils se nourrissent et se développent. En quelque sorte, ce sont leurs empreintes chimiques. Certaines de ces empreintes sont toxiques. Les chercheurs ont découvert qu’en s’accumulant, ces métabolites peuvent irriter et même endommager les cellules qui tapissent nos gencives, provoquant une inflammation et contribuant ainsi au développement de maladies parodontales.

Au-delà des bactéries : ce sont leurs actions qui comptent

Pour comprendre ces liens, les chercheurs ont analysé des échantillons d’eau de rinçage buccal de deux groupes : 24 personnes atteintes de maladies des gencives et 22 personnes en bonne santé. Ce type d’échantillon donne un aperçu du microbiote bucco-dentaire et de son activité, une sorte d’« empreinte salivaire ».

Ils ont utilisé des technologies avancées pour identifier non seulement les bactéries les plus fréquentes dans le groupe de malades, mais aussi les métabolites présents. 20 de ces métabolites ont ensuite été testés directement sur des cellules gingivales humaines en laboratoire.

Ces cellules épithéliales gingivales (sidenote: Cellules épithéliales gingivales Cellules de surface formant la muqueuse des gencives. Elles représentent la première ligne de défense contre l’invasion microbienne dans la cavité buccale. )  constituent la première ligne de défense de l’hôte dans l’espace sous-gingival où s’accumule la plaque dentaire ; elles sont utilisées pour reproduire ce qui se passe dans la bouche.

Cette étape leur a permis de mettre en évidence non seulement des associations, mais aussi des effets biologiques réels, fournissant ainsi des indices solides sur les composés susceptibles d’endommager les gencives.

Les scientifiques ont découvert que plusieurs des métabolites liés à la maladie, notamment l’homosérine (sidenote: Homosérine Composé dérivé d’un acide aminé, peu présent dans le métabolisme humain mais produit par certaines bactéries. Il peut exercer des effets pro-inflammatoires ou cytotoxiques sur les tissus hôtes, notamment sur l’épithélium gingival. ) , le propionate, le succinate et la citrulline, nuisaient à la croissance des cellules hôtes et stimulaient l’inflammation, un élément central du développement de la parodontite. Ces substances ne se contentaient pas de rester inactives, elles ralentissaient activement la croissance cellulaire et déclenchaient la libération d’IL-8 (sidenote: Interleukine-8 (IL-8) Protéine de signalisation (cytokine) sécrétée par les cellules pour attirer les cellules immunitaires, notamment les neutrophiles, vers le site de l’infection ou de l’inflammation. Un taux élevé d’IL-8 est souvent associé à une inflammation des tissus en cours. ) , une molécule clé de la réponse inflammatoire de l’organisme.

Plus surprenant encore : l’homosérine, un composé n'ayant jamais été lié aux maladies bucco-dentaires, était produite par certaines des bactéries les plus pathogènes, notamment Prevotella intermedia et P. gingivalis. Cela signifie que ces microbes ne sont pas seulement « mauvais » par association, mais qu’ils pourraient produire activement des toxines susceptibles d’aggraver les maladies des gencives. La présence de ces métabolites bactériens est également un signe de dysbiose (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) du microbiote sous-gingival, où un déséquilibre de la plaque dentaire favorise l’apparition de la maladie.

Qu’est-ce que cela signifie pour vous et votre dentiste ?

Cette découverte met en lumière un fait nouveau : certaines bactéries contribuent à l’inflammation buccale, non seulement par leur colonisation, mais aussi par l’activité de leurs métabolites dans l’environnement dentaire sous-gingival. Pendant longtemps, le traitement des maladies des gencives a été assez simple : trouver les mauvaises bactéries et les éliminer. C’est pourquoi les traitements comprennent souvent des nettoyages en profondeur, des bains antiseptiques ou des antibiotiques, afin d’éliminer les germes.

Mais cette étude nous apprend que le véritable problème n’est peut-être pas la nature des bactéries présentes dans votre bouche, mais leur action.

Ces microbes agissent comme de minuscules usines chimiques. Même en faible quantité, certains peuvent produire des substances qui irritent et enflamment vos gencives. Cela change la donne. Il ne suffira peut-être plus de tuer les bactéries, il faudra plutôt neutraliser les substances nocives qu’elles produisent.

Demain, votre dentiste pourrait ne plus se contenter de vérifier la présence de plaque dentaire, il pourrait analyser votre salive pour détecter ces substances chimiques nocives et adapter votre traitement en fonction de l’état de votre microbiote bucco-dentaire. C’est une avancée majeure vers une médecine dentaire personnalisée basée sur le microbiote.

Pourquoi analyser la salive et la plaque sous-gingivale ?

Bien que l’étude se soit basée sur l’eau de rinçage buccal, les chercheurs ont constaté que les échantillons prélevés directement sous la gencive reflètent encore mieux le microbiote au niveau des lésions, en particulier dans les cas de parodontite. Croiser l’analyse microbienne avec l’analyse des métabolites de la plaque sous-gingivale pourrait bientôt devenir une méthode de référence pour diagnostiquer les maladies bucco-dentaires.

Le microbiote est constitué de billions de micro-organismes tels que les bactéries, les virus, les champignons, les archées, etc. Il vit dans notre tube digestif, notre peau, notre bouche, notre nez et nos poumons. Ces organismes jouent un rôle crucial dans notre bien-être en facilitant la digestion, en stimulant notre système immunitaire et en nous protégeant contre les maladies infectieuses. Mais au-delà de ces fonctions, le microbiote influence également notre humeur, notre métabolisme et même notre longévité. Un déséquilibre du microbiote, souvent causé par des facteurs tels que l'alimentation, le mode de vie ou les médicaments, peut entraîner des problèmes de santé majeurs, allant des troubles digestifs aux problèmes cardiovasculaires et à la dépression. Le maintien d'un microbiote sain dans l'ensemble de l'organisme est donc essentiel pour notre santé et notre bien-être général.

Cette vaste enquête a été réalisée par Ipsos auprès de 7 500 personnes dans 11 pays (États-Unis, Brésil, Mexique, France, Allemagne, Italie, Portugal, Pologne, Finlande, Chine et Vietnam). Dans chaque pays, un échantillon représentatif de la population âgée de 18 ans et plus a été interrogé. La représentativité a été assurée par la méthode des quotas appliquée au sexe, à l'âge, à la région et à la profession des répondants. L'enquête a été réalisée en ligne, du 21 janvier au 28 février 2025.

Les résultats ont été présentés le 27 juin 2025, à l’occasion de la Journée Mondiale du Microbiome.

À propos du Biocodex Microbiota Institute

Le Biocodex Microbiota Institute est un centre de connaissances international spécialisé dans le microbiote. Cet institut sensibilise le grand public et les professionnels de santé à l’importance du microbiote pour notre santé et notre bien-être.

BMI-25.20

Le microbiote est constitué de billions de micro-organismes tels que les bactéries, les virus, les champignons, les archées, etc. Il vit dans notre tube digestif, notre peau, notre bouche, notre nez et nos poumons. Ces organismes jouent un rôle crucial dans notre bien-être en facilitant la digestion, en stimulant notre système immunitaire et en nous protégeant contre les maladies infectieuses. Mais au-delà de ces fonctions, le microbiote influence également notre humeur, notre métabolisme et même notre longévité. Un déséquilibre du microbiote, souvent causé par des facteurs tels que l'alimentation, le mode de vie ou les médicaments, peut entraîner des problèmes de santé majeurs, allant des troubles digestifs aux problèmes cardiovasculaires et à la dépression. Le maintien d'un microbiote sain dans l'ensemble de l'organisme est donc essentiel pour notre santé et notre bien-être général.

Cette vaste enquête a été réalisée par Ipsos auprès de 7 500 personnes dans 11 pays (États-Unis, Brésil, Mexique, France, Allemagne, Italie, Portugal, Pologne, Finlande, Chine et Vietnam). Dans chaque pays, un échantillon représentatif de la population âgée de 18 ans et plus a été interrogé. La représentativité a été assurée par la méthode des quotas appliquée au sexe, à l'âge, à la région et à la profession des répondants. L'enquête a été réalisée en ligne, du 21 janvier au 28 février 2025.

Les résultats ont été présentés le 27 juin 2025, à l’occasion de la Journée Mondiale du Microbiome.

À propos du Biocodex Microbiota Institute

Le Biocodex Microbiota Institute est un centre de connaissances international spécialisé dans le microbiote. Cet institut sensibilise le grand public et les professionnels de santé à l’importance du microbiote pour notre santé et notre bien-être.

BMI-25.20

Cependant, les premières études suggèrent que le microbiote, en tant qu’interface entre notre organisme et le monde extérieur, pourrait jouer un rôle clé. Elles montrent que :

• La modernisation de nos modes de vie impacte autant les écosystèmes que notre santé et celle de nos microbiotes ; 
• Un environnement pauvre riche en microbes diversifiés joue un rôle néfaste protecteur ; 
• Il existe, au tout début de la vie, une fenêtre d’opportunité où la nature des expositions peut prédisposer l’organisme aux maladies chroniques ou au contraire le protéger ;
• Il existe des moyens simples (alimentation peu transformée et végétalisée, activité physique, sommeil de qualité, contact avec la nature, limitation des produits chimiques et des médicaments…) de tendre vers un exposome plus favorable à notre santé.

Alimentation

• Favoriser les aliments « bruts », bio et de saison (fruits légumes, légumineuses, céréales complètes…) qui sont riches en fibres, vitamines et minéraux, et diminuer la part des aliments ultra-transformés (plats préparés, viandes transformées, biscuits apéritifs, gâteaux industriels, confiseries, etc  .) ;
• Privilégier la volaille et limiter les autres viandes (porc, bœuf, veau, mouton, agneau, abats) à 500 g par semaine ; alterner avec des aliments qui apportent plutôt des protéines végétales, par exemple des légumes secs ou des produits céréaliers complets ou semi-complets ;

• Éviter les eaux en bouteille qui sont susceptible de contenir des microplastiques ; préférer l’eau filtré avec un système de cartouche de charbon actif ou d’osmose inverse qui semblent aujourd’hui les plus efficaces pour éliminer les « polluants éternels » (PFAS)  ;
• Limiter les emballages plastiques et les films étirables, et favoriser le vrac et les bee wrap (tissu enduit de cire d’abeille) pour recouvrir les restes et emballer les casse-croûtes ; 
• Utiliser des boîtes de conservation en verre ou en pyrex (inertes) plutôt qu’en plastique, surtout pour chauffer les aliments au micro-onde ; 

Hygiène

Utiliser des produits les plus simples et les moins parfumés possible : huiles végétales, hydrolats, savons naturels, crèmes à base de produits naturels comportant un nombre limité d’ingrédients… Il existe des applis (Yuka, INCI Beauty, QuelProduit…) permettant de scanner les produits et repérer ceux qui présentent moins de substances problématiques. 

Santé

• Éviter l’automédication, surtout en ce qui concerne les antibiotiques ;
• Rapporter les médicaments non-utilisés chez le pharmacien (éviter de les jeter dans les poubelles ou l’évier) ;

Maison

• Pour le ménage, favoriser les produits traditionnels (savon de Marseille, vinaigre, cristaux de soude, terre de Sommières…) en évitant les détergents trop agressifs et parfumés et les assouplissants ; 
• Eviter de faire la chasse aux microbes en bannissant la javel   et tous les produits anti-microbiens de son domicile ;
• Éviter les bougies parfumées, les désodorisants, les vaporisateurs… ;
• Éviter les meubles en aggloméré, les vernis, les peintures… sources de composés organiques volatiles (COV), surtout dans la chambre du bébé et des enfants ; 
• Aérer les pièces 10 minutes par jour.

Loisirs, activité physique, gestion du stress

• Passer le plus de temps possible au contact de la nature ;
• Laisser les enfants jouer au contact de la végétation et des animaux  .

• Limiter les écrans pour aller vers des loisirs artistiques, créatifs et partagés (jeux, musique, peinture...)
• Limiter la sédentarité en intégrant l’activité physique dans son quotidien : préférer la marche à pied, le vélo, le roller aux transports motorisés, prendre les escaliers plutôt que l’ascenseur... ;
• Opter pour des vacances respectueuses de l’environnement, que ce soit dans les pratiques ou les transports ;
• Chouchouter sa santé mentale en pratiquant des techniques de gestion du stress (méditation, respiration, cohérence cardiaque) et en apprenant à ralentir, à s’écouter, à contempler, à communiquer…

Activité professionnelle

• S'informer sur ses expositions professionnelles aux substances chimiques (émissions de moteurs diesel, silice cristalline, amiante...), aux agents biologiques (bactéries, virus ou moisissures susceptibles de provoquer infection, allergie ou intoxication), agents physiques (bruit, chaleur, froid, rayonnements…) au stress (horaires, rythme de travail, manque de moyens, tensions interpersonnelles…) ;
• Respecter des conseils de préventions professionnels

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Si vous lisez cet article, vous savez probablement que le microbiote est un élément fondamental de la santé dans de nombreux systèmes, du métabolisme à l'immunité, en passant par les fonctions cognitives. Mais définir à quoi ressemble vraiment un intestin « sain » qui soit non seulement tangible, mais également résilient et associé au bien-être, s'est avéré être un défi de taille étant donné son incroyable variabilité d'une personne à l'autre et d'un endroit à l'autre.

Une nouvelle étude publiée dans Cell Reports ¹ apporte un éclairage nouveau grâce à l'indice HACK (Health-Associated Core Keystone). Il ne s'agit pas d'une simple liste de microbes, mais plutôt d'un classement unique et fiable de 201 espèces de bactéries intestinales clés, basé sur leur lien cohérent avec des aspects cruciaux de la santé de l'hôte et du microbiote.

Inégalités entre les membres core

L'étude a révélé plusieurs informations surprenantes, qui remettent en question les hypothèses courantes en matière de recherche sur le microbiote.

Le plus frappant est peut-être la découverte que certains taxons systématiquement identifiés comme core-associés, c'est-à-dire prévalents et étroitement liés à la communauté dans les intestins non malades, étaient également antérieurement associés à de multiples maladies. Une analyse basée sur des tableaux a dévoilé que Collinsella aerofaciens en faisait partie. Cela démontre que la simple présence commune ne garantit pas un bénéfice pour la santé, mais renforce l'importance de combiner l'association communautaire avec l'abondance, la stabilité et le lien avec la maladie, comme le fait l'indice HACK (sidenote: Indice HACK Classement composite de 201 espèces de bactéries intestinales, basé sur la prévalence/l'association communautaire, la stabilité et le lien avec certaines maladies. ) .

De l'alimentation aux traitements

Quelles sont les répercussions du point de vue clinique ? L'indice HACK constitue un nouvel outil puissant.

L'étude a démontré qu'un simple score issu de l'abondance moyenne des rangs des 17 taxons HACK les mieux notés (score HACK-top-17) obtenait des résultats comparables, voire meilleurs, à ceux des indicateurs sanitaires existants du microbiote/microbiome quand il s'agissait de différencier les états malades et non malades, ainsi que les microbiotes stables et instables.

En outre, l'analyse a révélé qu'une corrélation positive significative avait été observée entre l'indice HACK d'un taxon et son lien avec une réponse positive au traitement à base d'inhibiteurs de points de contrôle immunitaires (ICI). Cela suggère que l'indice HACK pourrait potentiellement aider à identifier les microbes intestinaux les plus susceptibles de favoriser le succès thérapeutique, en oncologie et au-delà.

De plus, l'indice établit également un lien entre les schémas microbiens et l'alimentation. Les scores HACK plus élevés correspondent à des microbes plus sensibles aux régimes alimentaires de type méditerranéen, ce qui indique un potentiel thérapeutique basé sur l'alimentation.

L'alimentation est non seulement un facteur modifiable, mais aussi un outil diagnostique permettant de comprendre la réponse du microbiote à des habitudes alimentaires spécifiques.

Cet article apporte un nouvel éclairage sur l'interaction complexe entre le microbiote humain et la santé. L'indice HACK marque une étape importante vers une définition fonctionnelle et cliniquement applicable d'un intestin sain. Bien que des travaux supplémentaires soient nécessaires, notamment en ce qui concerne l'analyse au niveau des souches, ce cadre d'analyse fiable et reproductible ouvre déjà de nouvelles perspectives pour les outils de diagnostic et les cibles thérapeutiques, en particulier lorsqu'il est intégré aux habitudes alimentaires humaines et à la réponse aux interventions médicales.

L'analyse de ces outils et indices à partir de données à grande échelle sur le microbiote et de tableaux d'applications cliniques est désormais essentielle pour faire progresser la médecine personnalisée. À mesure que la recherche sur l'intestin avance, des outils tels que l'indice HACK pourraient guider les interventions fondées non seulement sur la présence microbienne, mais aussi sur la stabilité fonctionnelle, qu'il s'agisse de stratégies basées sur l'alimentation ou de traitements basés sur l'immunité.

Depuis des années, dans les affaires d'agression sexuelle, les enquêtes criminelles reposent dans une large mesure sur l'analyse de l'ADN humain masculin, souvent issu du sperme retrouvé sur la victime. Mais hélas, cela n'est pas toujours aussi simple. En effet, il peut être difficile d'obtenir une quantité suffisante de spermatozoïdes viables, surtout si le prélèvement a lieu plus de 48 heures après l'agression. C'est là que le microbiote – la vaste communauté de microbes qui vivent à l’intérieur de notre corps et sur notre peau – entre en scène dans le contexte médico-légal, offrant une nouvelle piste pour la détection et l'identification des délinquants sexuels.

Cette nouvelle étude ¹ s'appuie sur des travaux précédents ayant montré que les communautés microbiennes diffèrent d'un endroit à l'autre du corps et d'un individu à l'autre. Si ces signatures microbiennes uniques sont transférées lors de rapports sexuels, laissent-elles une trace que les méthodes traditionnelles d'analyse de l'ADN risqueraient de manquer ? C'est précisément la question centrale à laquelle tente de répondre cette étude, qui s’intéresse spécifiquement au "sexome (sidenote: Sexome Ensemble des signatures microbiennes échangées spécifiquement lors des rapports sexuels. ) " c'est-à-dire à l'échange de microbes qui a lieu au cours du rapport sexuel.

Le sexe et une signature bactérienne unique

Le chercheur a donc recruté 12 couples homme/femme consentants pour participer à cette étude scientifique. Les participants ont prélevé des échantillons de leurs zones génitales avant et après un rapport sexuel avec pénétration. Les échantillons « avant » ont été prélevés à la fin d’une période d'abstinence d’au moins 2 à 4 jours, tandis que les échantillons « après » ont été prélevés entre 3 et 12 heures après le rapport sexuel, reproduisant ainsi le scénario de prélèvement habituel dans le contexte médico-légal. Ils ont ensuite analysé chaque échantillon par la méthode du séquençage complet du gène de l'ARNr 16S (sidenote: Séquençage de l’ARNr 16S Méthode de lecture d'un gène bactérien de type « code-barres » permettant d'identifier et de différencier les espèces. ) . Le gène 16S est une sorte de code-barres bactérien à haute définition (au niveau de l'espèce), ce qui est absolument essentiel dans le domaine de la criminalistique.

Comme il fallait s’y attendre, les échantillons de peau du pénis masculin étaient généralement plus diversifiés que les échantillons vaginaux féminins. En fonction de leurs profils de base, les couples ont montré différents niveaux de similitude microbienne après les rapports sexuels.

Le fait d'être en couple a donc un impact significatif sur la composition globale de la flore bactérienne retrouvée... Les chercheurs ont également observé un bouleversement des communautés microbiennes dans les échantillons prélevés tant sur les hommes que sur les femmes après le rapport sexuel.

Certains types de bactéries ont été transférés entre partenaires. Les bactéries typiques de la peau masculine (comme Corynebacterium, Staphylococcus, Finegoldia) étaient en augmentation dans les échantillons féminins, tandis que les principales bactéries vaginales (espèces de Lactobacillus) étaient plus abondantes qu’à l’accoutumée dans les échantillons masculins.

Des résultats surprenants ayant un impact médico-légal

Ce qui est surprenant, c'est que malgré l’utilisation de préservatifs, les bactéries sont tout de même transférées, principalement de la femme à l’homme, laissant des indices microbiens derrière elles. Des bactéries exclusivement féminines ont persisté sur un partenaire masculin pendant cinq jours malgré la toilette, permettant à la détection médico-légale de ne plus se limiter à l'ADN du sperme. En outre, de nouveaux germes provenant de l'intestin ou de la peau peuvent apparaître dans les organes génitaux après un rapport sexuel, offrant potentiellement de nouvelles preuves de contact. Tout cela pourrait bien donner une nouvelle dimension aux affaires d'agression sexuelle.

Comment les changements hormonaux de la ménopause modifient la composition du microbiote oral, intestinal et urogénital ? C’est pour répondre à cette question qu’une équipe de chercheurs espagnols a décortiqué plus de 100 études menées sur le sujet. 

Publiée dans la revue npj Women Health, ¹ leur analyse montre que la baisse des hormones sexuelles (œstrogènes et progrestérone) altère significativement les muqueuses et a de multiples impacts sur les différentes communautés bactériennes de l’organisme. Et ce n’est pas sans conséquences sur la santé !

Microbiote buccal

La cavité buccale est une zone du corps où les modifications liées à la diminution des œstrogènes sont particulièrement visibles. Outre des modifications de la muqueuse qui vont perturber les communautés microbiennes, on assiste à une diminution de la quantité et de la qualité de la salive qui devient plus acide.

Ces deux changements peuvent favoriser l’inflammation et la colonisation de la flore buccale par des bactéries pathogènes. Moins équilibré, ce microbiote perturbé induit des risques de lésions et de maladies telles que la candidose (prolifération de Candida albicans), la gingivostomatite (inflammation des gencives) ou la perlèche (inflammation des commissures des lèvres).

Microbiote vaginal

La baisse des œstrogènes a pour effet de diminuer la teneur des cellules de la paroi vaginale en glycogène, la nourriture préférée des Lactobacilles. Ces bactéries ont habituellement une position dominante dans le microbiote vaginal ; elles sécrètent l’acide lactique qui acidifie le vagin et empêche la prolifération des pathogènes. 

Quand leur abondance diminue, le vagin est moins acide et la diversité bactérienne augmente ; on parle de « paradoxe de la ménopause ». Ce déséquilibre de la flore vaginale ouvre la porte à des troubles tels que des inflammations et ou des infections à répétitions, telles que la vaginose bactérienne, et peut contribuer au cancer de l’endomètre. Il arrive qu’il mène également à une sécheresse persistante. 

Microbiote intestinal

Les études ne permettent pas à ce jour de savoir si la baisse des œstrogènes affecte l’équilibre du microbiote intestinal. On sait cependant que les femmes ménopausées ont une plus faible abondance de Ruminococcus, une famille de bactéries dont certaines sont des productrices d’acides gras à chaîne courte (AGCC (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. ) ) bénéfiques. Elles ont également plus de Prevotella et de Sutterella, deux bactéries associées à l’obésité.

Ce déséquilibre de la flore intestinale peut contribuer à certains troubles métaboliques, digestifs ou immunitaires. Une flore intestinale équilibrée semble jouer un rôle essentiel dans la santé globale, y compris la régulation hormonale.

Prendre soin de son microbiote

Si d’autres études seront nécessaires avant de pouvoir proposer aux femmes ménopausées des prises en charges spécifiques ciblant les microorganismes de l’intestin, du vagin et de la bouche (probiotiques adaptés à chaque flore, modifications alimentaires…), rien n’empêche de prendre soin de son microbiote pour limiter les dégâts. 

Un régime alimentaire varié, riche en fibres et en aliments fermentés, une activité physique quotidienne si possible dans un environnement naturel, l’abandon de la cigarette et de l’alcool et un recours le plus modéré possible aux  antibiotiques ont des effets bénéfiques prouvés sur le microbiote.

Un mode de vie sain et équilibré est donc un levier concret pour soutenir l'équilibre de la flore microbienne pendant la ménopause.