Quand on parle d’infertilité (sidenote: Infertilité Affection du système reproducteur masculin ou féminin définie par l’impossibilité d’aboutir à une grossesse après 12 mois ou plus de rapports sexuels non protégés réguliers. https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/infertility
  ) et de PMA (procréation médicalement assistée), on pense souvent à un parcours semé d’espoirs, d’attentes… et parfois de déceptions. Parmi les techniques proposées, le transfert d’embryon congelé consiste à replacer dans l’utérus un embryon précédemment conçu en laboratoire par fécondation in vitro (FIV) (sidenote: Fécondation in vitro (FIV) Technique d'assistance médicale à la procréation durant laquelle la fécondation a lieu en laboratoire, dans une éprouvette (‘in vitro’), et non dans l'utérus de la femme : des ovules prélevés chez la femme après stimulation hormonale sont placés dans une solution nutritive avec les spermatozoïdes prélevés chez l’homme. Les embryons ainsi conçus en laboratoire seront ensuite transférés dans l'utérus de la future mère, via le vagin. Si un embryon s’implante, la grossesse démarre. https://www.service-public.fr/particuliers/vosdroits/F31462
https://medclinics.com/fr/fiv/
https://www.fiv.fr/fecondation-fiv/ ) , puis congelé et enfin déposé dans l’utérus.

L’objectif ? L’implantation de cet embryon, et donc le démarrage de la grossesse tant désirée. Sauf que dans les faits, ce n’est pas automatique : seulement 41 % des prélèvements d’ovocytes aboutissent à une grossesse chez les femmes de moins de 35 ans.

+52 % de grossesses avec les Lactobacilles

Dans ce contexte, chaque coup de pouce compte. Et il se pourrait bien que l’un d’eux vienne du microbiote, déjà impliqué dans l’infertilité féminine et masculine et dans les fausses couches. Pourrait-il également favoriser l’implantation des embryons dans le cas d’une PMA ? Une étude menée aux États-Unis s’est intéressée à 87 femmes ayant bénéficié d’un transfert d’embryon congelé. Elle a analysé leur microbiote vaginal au moment du transfert afin de voir si cela influençait les résultats.

Résultat : chez les femmes dont le vagin était largement dominé par des Lactobacilles, notamment les espèces Lactobacillus crispatus ou L. gasseri, les chances de grossesse étaient 52 % plus élevées ! Deux tiers des femmes qui sont tombées enceintes après le transfert d’embryon abritaient plus de 80 % de Lactobacilles dans leur vagin.

À l’inverse, les femmes dont le microbiote hébergeait davantage de bactéries opportunistes comme les Enterobacteriaceae ou des Streptococcus étaient moins susceptibles de tomber enceintes. En revanche, ni la richesse ni la diversité de la flore n’étaient liées au succès de la PMA : c’est bien le type de bactéries qui fait la différence.

Une explication de disparités ethniques ?

Autre point intéressant abordé par l’étude : les disparités ethniques. Les auteurs ont pris soin d’inclure des femmes hispaniques, qui représentent 19 % de la population américaine mais sont souvent absentes des études.

Les résultats montrent qu’elles affichaient des taux de grossesse plus faibles. Or leur microbiote vaginal s’avère moins souvent dominé par les bénéfiques Lactobacilles, comparativement aux femmes blanches non hispaniques. Un lien à explorer, qui pourrait en partie expliquer les moindres taux de réussite du transfert d’embryon congelé dans la communauté hispanique.

Le rôle du microbiote vaginal dans la santé des femmes

Le corps humain abrite des milliards de microorganismes, collectivement connus comme étant le microbiote, qui résident à différents endroits et coexistent au sein d’un partenariat symbiotique complexe. Il est important de noter que le microbiote vaginal influence la santé reproductive et générale des femmes. La compréhension de cet écosystème pourrait révolutionner la prévention et le traitement de ces pathologies.

Cette analyse met en évidence les liens existant entre la dysbiose du microbiote vaginal et les troubles gynécologiques, ainsi que les complications liées à la grossesse. Plus spécifiquement, les réductions du nombre de lactobacilles et l’augmentation de la diversité du microbiote vaginal sont associées à l’infection par le papillomavirus humain (HPV), à la formation de lésions cervicales et au cancer du col de l’utérus. Une perte de dominance vaginale des Lactobacillus peut créer un environnement pro-inflammatoire compromettant la réussite de l’implantation embryonnaire, aboutissant à l’infertilité. Un déséquilibre du microbiote vaginal peut déclencher une inflammation responsable de complications pendant la grossesse. La présence de moins d’espèces de Lactobacillus dans le microbiote vaginal augmente les risques de rupture prématurée des membranes, de naissance avant terme, de fausse couche et de grossesse extrautérine. La dysbiose vaginale peut contribuer à la résistance à l’insuline, caractéristique du diabète gestationnel, et une plus grande diversité de la composition bactérienne a été observée dans les cas de prééclampsie sévère. Le dépistage de la colonisation par Prevotella bivia pendant la grossesse peut aider à prédire et à atténuer les troubles hypertensifs pendant la grossesse.

Cette analyse souligne l’importance primordiale du microbiote vaginal pour la santé reproductive et générale des femmes. La composition de ce microbiote peut avoir des retombées généralisées, de la fertilité à la sensibilité aux infections, en passant par l’issue de la grossesse. L’article envisage divers aspects du microbiote vaginal, dont sa relation avec la fonction du système immunitaire, l’inflammation et la défense contre les agents pathogènes, et propose ainsi une compréhension vaste et holistique de son rôle, avec des perspectives généralisables à la santé des femmes dans sa globalité. L’amélioration des connaissances concernant l’influence du microbiote vaginal sur la santé représente une avancée importante pour la détection précoce et la prévention des maladies, en lieu et place du traitement des infections ou des affections après leur survenue. Des études à long terme sont toutefois nécessaires pour clarifier les effets à long terme des déséquilibres du microbiote vaginal. En outre, bien que les probiotiques et d’autres interventions basées sur le microbiote soient prometteurs pour le maintien d’un microbiote vaginal sain, les souches de probiotiques, les dosages et les mécanismes d’administration doivent encore être normalisés pour l’application clinique. Beaucoup reste à faire.

En résumé, la présence de moins d’espèces Lactobacillus vaginales et d’une plus grande diversité microbienne vaginale est associée à des complications obstétricales et gynécologiques. Cette analyse met en évidence la possibilité de recourir à des diagnostics basés sur le microbiote pour détecter les déséquilibres de la flore vaginale, si possible avant que les symptômes ne se manifestent. Une intervention précoce peut prévenir les conséquences indésirables.

Comment le microbiote ménopausique influe sur la santé globale des femmes

Les changements induits par la ménopause réduisent la diversité du microbiote intestinal et déclenchent une évolution vers une plus grande similitude avec le microbiote intestinal masculin. Cette analyse détaille les conséquences de ces changements sur la santé. Pendant la périménopause, une baisse progressive des niveaux d’hormones perturbe l’équilibre du microbiote intestinal et contribue à des effets négatifs sur la santé, dont les maladies cardiométaboliques et les changements dans le métabolisme des œstrogènes. Les fluctuations hormonales survenant pendant la ménopause modifient le microbiote oral, augmentant le risque de caries dentaires, de parodontite et d’infections buccales telles que la candidose. Les altérations du microbiote vaginal induites par la ménopause augmentent la susceptibilité à la vaginose bactérienne, à l’atrophie vulvovaginale et aux infections de l’appareil urinaire récurrentes. La ménopause altère également la diversité et l’abondance du microbiote intestinal qui a été lié à l’inflammation. L’inflammation chronique induite par la dysbiose prédispose les femmes ménopausées aux troubles métaboliques et aux maladies auto-immunes.

Cet article comble le fossé entre endocrinologie et microbiologie et souligne l’impact systémique de la ménopause au-delà de la santé reproductive. Un des points forts de cette étude réside dans l’examen holistique des fluctuations hormonales liées à la ménopause en liaison avec les modifications correspondantes de la composition et de la diversité microbiennes intestinales et vaginales. Cela ouvre la voie à l’exploration de biomarqueurs basés sur le microbiote pour la gestion des symptômes de la ménopause tels que le syndrome génitourinaire, les changements métaboliques ou l’inflammation. L’interprétation de cet article concernant les changements liés à l’âge au niveau de la santé des femmes enrichit l’intérêt croissant envers le rôle du microbiote humain dans les maladies. Si le traitement de substitution hormonale s’est avéré prometteur pour atténuer certains effets indésirables de la carence en œstrogènes, son application plus large est limitée par les risques systémiques qui lui sont associés. L’utilisation ciblée de probiotiques spécifiques pour rétablir l’équilibre microbien intestinal, associée à des modifications du régime alimentaire et du mode de vie, peut offrir des alternatives plus sûres et plus individualisées qui atténuent les effets négatifs de la ménopause sur la santé.

La recherche sur le microbiote ménopausique est surreprésentée avec des données issues de populations occidentales et un déficit d’informations mécanistiques détaillées. Le régime alimentaire, le mode de vie et les facteurs environnementaux ayant une influence significative sur le microbiote, nous avons besoin d’une recherche diversifiée sur le plan ethnique et géographique qui intègre des approches « omiques » avancées pour élucider pleinement ces influences. Des stratégies de traitement plus efficaces et individualisées verront alors le jour et permettront d’améliorer la qualité de vie des femmes ménopausées.

En conclusion, la ménopause est une transition de l’ensemble de l’organisme qui induit des changements notables dans l’écosystème microbien. La compréhension et la prise en charge de ces changements peuvent améliorer les résultats pour les patientes et favoriser un vieillissement en meilleure santé chez les femmes.

Composition du microbiote intestinal chez les femmes atteintes du syndrome des ovaires polykystiques

Le microbiote intestinal est de plus en plus considéré comme un système comparable à un organe invisible qui non seulement joue un rôle important dans le bien-être d’une femme, mais affecte également la physiopathologie de certains troubles tels que le syndrome des ovaires polykystiques (SOPK). La connaissance des voies de métabolisation microbiennes pourrait permettre de mettre au jour des traitements efficaces.

Une récente méta-analyse incluant 948 femmes atteintes de SOPK issues de 14 études a exploré les relations entre le microbiote intestinal de femmes de différentes régions et présentant des niveaux de testostérone différents. Les principales conclusions ont révélé des compositions distinctes du microbiote intestinal chez les patientes atteintes de SOPK par rapport à leurs homologues en bonne santé, et un microbiote intestinal significativement différent entre les patientes atteintes de SOPK ayant des niveaux de testostérone plus élevés et celles ayant des niveaux de testostérone plus faibles. De même, les genres bactériens intestinaux différaient entre les patientes atteintes de SOPK issues de différentes régions. Les patientes européennes présentaient des taux élevés d’Alistipes, tandis que les patientes chinoises présentaient des taux élevés de Blautia et de Roseburia.

Ces constats corroborent les données probantes actuelles montrant que les patientes atteintes de SOPK présentent moins de types de bactéries différents et une communauté microbienne moins équilibrée que les femmes en bonne santé. Les données confirment également l’abondance chez les patientes atteintes de SOPK de genres bactériens spécifiques tels que Escherichia/ Shigella et Alistipes, associés à la résistance à l’insuline et à l’inflammation. Cette étude implique que le microbiote intestinal est lié à diverses perturbations métaboliques et hormonales associées au SOPK, ce qui est compatible avec des recherches antérieures. Élément important, ces travaux mettent en évidence des différences au niveau des taxons bactériens entre les femmes chinoises et européennes atteintes de SOPK, ce qui pourrait contribuer à l’élaboration de stratégies de traitement individualisées. D’autres recherches visant à déterminer les souches bactériennes associées au SOPK pourraient améliorer les thérapies microbiennes anti-SOPK et des études réalisées dans différentes régions géographiques favoriseraient la prise en charge du SOPK à l’échelle mondiale.

Pour conclure, la caractérisation du microbiote intestinal chez les patientes atteintes de SOPK de différents pays pourrait permettre au microbiote intestinal de faire office de biomarqueur pour distinguer les différents sous-types de SOPK et ainsi améliorer le diagnostic clinique et le traitement du SOPK.

Que savons-nous déjà à ce sujet ?

Le microbiote vaginal joue un rôle clé dans la défense contre les pathogènes, le maintien de l’immunité mucosale et la santé reproductive. La dominance des espèces de Lactobacillus, et en particulier de L. crispatus, maintient un pH bas et inhibe la colonisation pathogène². La dysbiose (définie par une perte de lactobacilles et une prolifération d’espèces anaérobies telles que Gardnerella ou Prevotella) est associée à des risques accrus de vaginose bactérienne (VB), de naissance prématurée³, d’infertilité⁴, d’infections sexuellement transmissibles, d’infections par le papillomavirus humain (HPV) et de cancers gynécologiques⁵. Des études antérieures ont révélé que les changements hormonaux, les menstruations et les rapports sexuels peuvent influencer la composition du microbiome vaginal⁶. Bon nombre de ces études reposaient sur un échantillonnage de faible fréquence et manquaient de résolution pour évaluer les fluctuations à court terme ou déterminer les facteurs de transition entre l’eubiose et la dysbiose. Les contributions de la dynamique virale et des gènes bactériens fonctionnels sont demeurées largement inexplorées.

Quels sont les principaux enseignements de l’étude ?

Cette étude introduit le concept de DCV, offrant un nouveau cadre pour classer le comportement du microbiome au fil du cycle menstruel. Contrairement aux types d’état communautaire (TEC), qui décrivent des compositions statiques du microbiome, les DCV englobent des schémas temporels susceptibles de mieux refléter la résilience et la vulnérabilité du microbiome. Les quatre DCV (eubiose constante, dysbiose constante, dysbiose liée aux menstruations et dysbiose instable) représentent des profils distincts de stabilité microbienne. Les femmes du groupe eubiose constante conservaient une dominance de Lactobacillus tout au long du cycle, tandis que celles qui présentaient une dysbiose constante avaient des communautés associées à la VB persistante. La dysbiose liée aux menstruations était caractérisée par des changements temporaires pendant les règles, avec souvent une inversion en milieu de cycle, tandis que le groupe instable connaissait des fluctuations brusques après des expositions telles que les rapports sexuels, ce qui suggère une plus grande fragilité écologique.

L’une des principales conclusions était que l’instabilité du microbiome vaginal est associée à une activité bactériophage accrue et à une prévalence plus élevée de L. iners. Cette espèce est souvent liée à des états transitionnels ou moins stables, et l’abondance des phages peut refléter des cycles lytiques actifs déstabilisant les bactéries dominantes par le biais d’une dynamique d’« élimination du vainqueur ». En outre, les femmes présentant une dysbiose transitoire présentaient une abondance accrue de pathogènes potentiels tels que Sneathia spp. pendant et après les règles, ce qui indique l’existence de périodes spécifiques de vulnérabilité.

L’analyse au niveau des souches a révélé des différences dans le contenu des gènes bactériens, y compris des bactériocines produites par Gardnerella leopoldii susceptibles d’inhiber les lactobacilles. Ces gènes étaient plus fréquents dans les DCV instables et dysbiotiques, ce qui corrobore la possibilité d’un rôle mécanique dans la structuration de la communauté. Même si ces résultats génétiques nécessitent une validation plus approfondie, ils soulignent l’importance d’aller audelà de la classification au niveau de l’espèce pour comprendre la fonction microbienne et son impact sur la santé de l’hôte.

Quelles sont les conséquences pour la pratique clinique ?

Cette étude souligne la nécessité de repenser la manière dont la santé vaginale est évaluée et surveillée dans la pratique clinique. La reconnaissance du caractère dynamique du microbiote vaginal (et de différences de stabilité marquées entre femmes) a des répercussions sur le diagnostic, l’évaluation du risque et les stratégies thérapeutiques. L’échantillonnage à un moment unique, en particulier pendant les règles, peut ne pas saisir les fluctuations significatives ou donner une image erronée de l’état microbien de référence d’une femme. Les cliniciens devraient envisager de prélever des échantillons à plusieurs moments du cycle pour mieux évaluer le comportement du microbiome, en particulier chez les patientes présentant des symptômes récurrents ou des problèmes de reproduction.

Les limites de la classification basée sur le TEC apparaissent clairement dans cette étude. Deux femmes présentant un même TEC peuvent présenter des DCV totalement différents, l’une avec une eubiose stable et l’autre avec une dysbiose fréquente. Intégrer l’évaluation de la DCV pourrait ouvrir la voie à des interventions plus personnalisées, telles que la recommandation d’un soutien prophylactique du microbiome pour les femmes présentant des profils instables ou le ciblage des fenêtres à haut risque (postmenstruelles, par exemple) pour le dépistage des infections.

L’identification de l’instabilité induite par les phages et des caractéristiques bactériennes au niveau de la souche permet d’envisager une médecine de précision. Les thérapies futures devront peut-être s’intéresser à la fonction microbienne (comme la formation de biofilms ou la production de bactériocines) plutôt qu’à la seule composition. La compréhension de la dynamique des bactériophages vaginaux pourrait également déboucher sur de nouvelles stratégies de stabilisation du microbiome.

Figure 1. Les séries chronologiques vaginales peuvent être classées en quatre catégories (Dynamique de la communauté vaginale) en fonction de leur proportion d’échantillons eubiotiques

a. Un arbre de décision peut séparer une série temporelle d’échantillons en groupes dynamiques, sur la base des types d’état communautaire (TEC). Les informations fournies par l’utilisateur déterminent quels TEC sont considérés comme eubiotiques (ici : I, II et V) et quels jours doivent être considérés comme exempts de l’influence des menstruations (ici : du jour 9 au jour 25 du cycle). Les séries chronologiques comportant ≥ 80 % d’échantillons eubiotiques sont considérées comme un état d’eubiose constante ; à l’inverse, celles comportant > 80 % d’échantillons dysbiotiques sont considérées comme un état de dysbiose constante. Pour celles qui se situent dans la fourchette 20-80 %, une seconde évaluation a lieu les jours sans règles : si elles sont > 80 % eubiotiques, la série chronologique est considérée comme un état de dysbiose lié aux règles et, dans le cas contraire, comme un état instable (passant de l’eubiose à la dysbiose sans schéma temporel clair). b. Une carte en couleur avec un individu par rangée et un jour par colonne. La couleur de chaque intersection représente le TEC. Les barres colorées sur le côté gauche montrent la dynamique de la communauté vaginale de chaque femme. c. Des barres colorées supplémentaires montrent la dynamique de la communauté vaginale déduite pour chaque participante lorsque l’on utilise moins d’échantillons pour la classification. Reproduit de Hugerth LW, et al. Microbiome 2024, 12, 1531 (doi:10.1186/s40168-024-01870-5) sous licence a CC-BY 4.0 (creativecommons.org/licenses/by/4.0). Aucune modification n’a été apportée au graphique.

L’outil de classification VALODY, conçu pour attribuer des catégories de DCV sur la base des attributions de TEC de VALENCIA, est disponible sur GitHub à l’adresse https://github.com/ctmrbio/ valody.

Les discussions relatives aux infections vaginales, à la fertilité ou aux complications de la grossesse ne portent souvent que sur les femmes. Mais un autre acteur important intervient : le tractus uro-génital masculin (TUGM). La grande variété de microbes présents dans le TUGM peut affecter de manière significative la santé reproductive et vaginale de la femme (figure 1). Comprendre ces influences peut améliorer les résultats pour les femmes, en particulier celles qui souffrent d’infections vaginales persistantes, de problèmes de fertilité et de complications de la grossesse.

Figure 1. Conséquences des échanges bactériens associés à la vaginose lors des contacts sexuels entre hommes et femmes.

Que savons-nous du microbiote génital masculin ?

Le TUGM comprend plusieurs environnements microbiens distincts : la peau du pénis, l’urètre, le sperme et les voies urinaires. Chacun héberge une communauté bactérienne unique, influencée par des facteurs tels que la circoncision, les pratiques sexuelles, l’hygiène et le mode de vie.

Le microbiote du TUGM varie en fonction du statut de la circoncision, des pratiques sexuelles et de la composition du microbiote vaginal de la partenaire féminine⁷. Fait intéressant, le microbiote urétral des hommes homosexuels ne semble pas être modifié par le type de rapport sexuel (oral ou anal)⁸. Les échanges bactériens entre partenaires lors des contacts sexuels sont la règle. La raison pour laquelle ces échanges conduisent à une dysbiose vaginale dans certains cas et pas dans d’autres n’est pas claire.

Le microbiote séminal est également influencé par plusieurs fonctions physiologiques (âge, changements hormonaux) et par le mode de vie ou des facteurs épigénétiques (tabac, alcool, obésité, régime riche en graisses, exposition à des toxines)⁵. Ces facteurs modifiables sont des cibles d’intervention potentielles.

Comment le TUGM influe-t-il sur la santé des femmes ?

La transmission de micro-organismes responsables d’infections sexuellement transmissibles (IST) bactériennes et virales, dont le VIH et l’infection par le virus de l’herpès simplex, lors des contacts sexuels est la conséquence la plus évidente de l’impact du TUGM sur la santé des femmes. Les complications féminines des IST bactériennes (gonorrhée, infections à Chlamydia trachomatis ou M. genitalium) sont bien connues (inflammation et infection des voies génitales supérieures, risque de stérilité tubaire).

De nombreuses études ont montré que le profil épidémiologique des femmes atteintes de VB est comparable à celui des femmes atteintes d’IST, ce qui suggère une possible transmission sexuelle des bactéries impliquées dans la VB. La présence de bactéries associées à la VB dans le prépuce et l’urètre des partenaires de femmes atteintes de VB ainsi que la concordance des souches bactériennes vaginales et urétrales masculines soutiennent la thèse du partage de ces souches ou de la transmission sexuelle de la VB.

Le traitement du partenaire masculin par antibiotiques oraux (métronidazole) n’a eu qu’un impact très limité sur les taux de récidive chez les femmes atteintes de VB récidivante, bien que l’association du métronidazole avec un antibiotique topique appliqué sur la peau du pénis chez les partenaires de femmes atteintes de VB puisse réduire le risque de récidive⁹.

L’impact du TUGM sur la santé utéro-vaginale ne se limite pas au transfert bactérien passif. Le fluide séminal contient des substances proinflammatoires (telles que les prostaglandines) susceptibles d’interférer avec les réponses immunitaires et l’inflammation dans l’appareil génital féminin¹⁰.

Quelle est la prévalence de l’endométriose ?

A.H.: L’endométriose est étonnamment courante : aussi courante que l’asthme et le diabète. On estime qu’elle touche 1 femme sur 10.

W.F.: Dans ma pratique du syndrome de l’intestin irritable (SII), c’est encore plus fréquent : certainement plus de 25 %.

Quels sont les signes et les questions à poser pour éviter de passer à côté d’un diagnostic ?

A.H.: Les signes sont variés et le diagnostic peut être difficile. Le principal symptôme est la douleur pelvienne chronique, qui peut souvent être débilitante et entraver la vie et le travail. Mais les patientes peuvent également souffrir de douleurs dans les rapports sexuels, de fatigue chronique, de diarrhée et/ou de constipation et de symptômes urinaires. Tout symptôme cyclique peut constituer un signal d’alarme pour l’endométriose.

W.F.: Une augmentation du péristaltisme et des selles plus molles pendant les règles sont des phénomènes normaux, mais une diarrhée importante et cyclique peut ne pas l’être. Il faut s’attendre à des douleurs, mais pas au point d’être clouée au lit.

A.H.: Un autre symptôme qui doit alerter est la stérilité. Mais je rassure les patientes atteintes d’endométriose : deux tiers d’entre elles n’auront pas de difficultés à tomber enceintes, et celles qui en souffrent réagissent généralement bien à la chirurgie ou à la FIV.

W.F.: J’ajouterais que l’endométriose est chronique, mais cela ne signifie pas qu’elle ne puisse être traitée. Il est important que chaque spécialiste impliqué dans la prise en charge de ces patientes renforce ce message.

Quelle est la fréquence des symptômes digestifs chez les femmes atteintes d’endométriose ?

A.H.: La prévalence réelle n’est pas connue, mais la quasi-totalité de mes patientes présente des symptômes digestifs tels que des ballonnements, des changements au niveau de l’intestin ou un pyrosis. Les lésions de la paroi intestinale expliquent certains symptômes, mais de nombreuses patientes souffrent d’une maladie péritonéale superficielle, ce qui rend le lien plus difficile à établir.

W.F.: J’ai observé la même chose et je dirais que les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) sont quatre fois plus fréquentes chez les femmes atteintes d’endométriose que dans la population générale (4 % contre 1 %). Les MICI et l’endométriose sont toutes deux des maladies autoimmunes, et le fait d’être atteinte de l’une augmente le risque de l’autre.

Une prise en charge multidisciplinaire s’impose-telle ?

A.H.: L’endométriose est une maladie inflammatoire systémique. En tant que gynécologues, nous ne sommes pas équipés pour gérer les symptômes digestifs. À Édimbourg, j’ai récemment mis en place une clinique commune de gynécologie et de gastroentérologie.

W.F.: Si les douleurs abdominales sont strictement liées aux menstruations, le gastro-entérologue peut avoir du mal à apporter une contribution significative. Lorsque le lien est moins clairement établi, nous devrions approfondir l’investigation. La persistance de symptômes digestifs en dépit du traitement peut être le signe d’un SII coexistant. Il importe également de prêter attention aux médications, et notamment aux anti-inflammatoires non stéroïdiens (AINS). Un usage occasionnel est acceptable chez les jeunes patients, mais un usage chronique peut nécessiter un inhibiteur de la pompe à protons (IPP), qui peut provoquer une dysbiose. Il n’y a pas de règle universelle : la prise en charge doit être adaptée à chaque patiente.

Le microbiote intestinal et vaginal est-il impliqué ?

A.H.: Le rôle du microbiome intestinal et vaginal dans l’endométriose suscite un intérêt croissant. Certaines études suggèrent des associations, mais elles sont limitées et présentent des lacunes. Il nous faut de grandes études de cohorte. Je pense que le microbiome joue un rôle, mais on ne sait toujours pas ce qui survient en premier : les modifications du microbiome ou l’endométriose ? Si c’est le microbiote qui est à l’origine des symptômes, cela pourrait ouvrir la voie à de nouveaux traitements.

W.F.: C’est un domaine passionnant. Chez les patientes atteintes d’endométriose, on observe une dysbiose intestinale associée à une réduction des acides gras à chaîne courte tels que l’acétate, le propionate et le butyrate, qui protègent la perméabilité intestinale. Le même schéma peut être observé dans d’autres affections gastroentérologiques, telles que le SII ou les MICI, mais nous ne comprenons pas encore la relation. Il se peut qu’un jour, nous parvenions à individualiser la prise en charge en rétablissant exactement les souches manquantes. Pour l’instant, nous ignorons les liens de cause à effet, et c’est pourquoi des études portant sur les mécanismes sont nécessaires.

Faut-il recommander des régimes alimentaires spécifiques aux patientes souffrant d’endométriose ?

W.F.: Il n’existe pas de régime universel pour l’endométriose et il ne faut pas donner de faux espoirs. Les allergies, l’intolérance au lactose et la maladie cœliaque peuvent être en cause. La meilleure chose à faire est de référer les patientes à un ou une nutritionniste.

A.H.: Il n’y a pas de « régime endométriose » spécifique, mais de nombreuses patientes font état d’un soulagement de leurs symptômes après avoir apporté des modifications à leur régime alimentaire. Dans ma clinique, les patientes sont accompagnées par une diététicienne pour adapter leur régime alimentaire avec soin. Dans notre étude internationale portant sur 2500 patientes atteintes d’endométriose, certaines ont trouvé un soulagement en arrêtant de consommer de l’alcool et de la caféine, ou des aliments contenant du gluten. En revanche, la restriction alimentaire sans accompagnement peut s’avérer néfaste.

Créée en France en 2021 par l’association ENDOmind, sous l’égide de la Fondation pour la Recherche Médicale, la Fondation pour la Recherche sur l’Endométriose (FRE) a pour mission d’accélérer la recherche sur une maladie qui touche une femme sur dix : l’endométriose. Chaque année la FRE finance des projets de recherche destinés à comprendre la pathologie de l’endométriose, ainsi qu’à améliorer le diagnostic et les traitements.

En 2024, le Comité exécutif de la Fondation pour la Recherche sur l’Endométriose a décidé de définir plus clairement ses priorités de recherche en matière d’endométriose et de maximiser l’impact de sa recherche. À cet effet, la Fondation a coconstruit et cofinancé une collaboration innovante avec l’Institut Curie à Paris, visant à comparer les micro-environnements cellulaires des lésions d’endométriose et du cancer ovarien. Ce projet ambitieux démarre en 2025 et illustre la volonté de la Fondation d’encourager les approches de recherche transdisciplinaires et innovantes.

En outre, la Fondation pour la Recherche sur l’Endométriose a lancé une enquête scientifique multidisciplinaire avec des experts européens au sujet des liens entre le microbiote et l’endométriose. La Fondation lancera un appel à manifestations d’intérêt plus tard en 2025, dans l’objectif de lancer de nouveaux travaux de recherche au début de l’année 2026, avec un soutien financier.

En concentrant ses efforts sur des thèmes stratégiques, la Fondation pour la Recherche sur l’Endométriose confirme son rôle d’accélérateur de la recherche et contribue ainsi à l’amélioration de la qualité de vie des millions de femmes touchées par cette maladie encore méconnue.

Principales réalisations de la Fondation pour la Recherche sur l’Endométriose :

Perspective historique

Le début du long périple menant à la compréhension du microbiote vaginal peut être attribué à Albert Döderlein, à la fin du 19e siècle. Dans son livre Das Scheidensekret und seine Bedeutung für das Puerperalfieber, il soulignait que les femmes « normales », en bonne santé, avaient un vagin dominé par des bacilles à Gram positif, qu’il nommait Lactobacillus acidophilus.

Ce concept continue de façonner les interprétations contemporaines du microbiote vaginal, mais la réalité est probablement bien plus complexe.

La compréhension de la vaginite est encore incomplète et sa prise en charge reste essentiellement empirique, alors qu’il s’agit d’une des causes les plus fréquentes de consultation médicale chez les femmes¹.

En 2011, Ravel et al. ont publié un des articles les plus importants et les plus marquants pour la compréhension du microbiote vaginal humain. Dans cet article, ils démontraient qu’asymptomatique n’est pas synonyme de « normal » (conduisant du reste à la question de savoir ce qu’est un microbiote vaginal « normal », ou, de façon probablement plus précise, « optimal ») et qu’il y a des différences notables en fonction de l’appartenance ethnique².

La diversité est la règle dans la nature, mais le vagin humain semble faire exception : le microbiote vaginal considéré comme « optimal » est dominé par une ou deux espèces de lactobacilles (faible diversité alpha). Si l’on pense à d’autres organes ou régions anatomiques, la dominance d’une espèce est généralement synonyme de maladie (infection). Si nous effectuons le même exercice en envisageant un système écologique quelconque, cela représente la dernière étape avant l’effondrement (ex. : les monocultures de plantes ne se rencontrent jamais dans la nature et, lorsqu’elles sont pratiquées artificiellement, elles doivent être limitées dans le temps). Il est possible de rechercher d’autres explications à cette apparente « anomalie » (ou « exception ») dans la nature, mais cela semble conduire à une impasse.

Devrions-nous plutôt changer de focale et étudier les pools génétiques plutôt que les espèces ou les genres pour surmonter cette apparente « anomalie » biologique ?

Le but ultime des êtres vivants semble être de transmettre leurs gènes aux générations suivantes, et l’évolution semble être largement mue par cet « instinct » primordial. On peut donc aisément présumer que le microbiote vaginal humain devrait être un élément clé du produit final de l’évolution pour optimiser le processus reproductif. Si cette prémisse est correcte, nous pouvons nous attendre :

1. à une congruence évolutionnaire (comme cela a été mis en évidence, par exemple, dans l’intestin) ;
2. au fait que toute différence devrait pouvoir s’expliquer plus ou moins facilement (processus d’accouplement, régime alimentaire, situation géographique, etc.) et, bien entendu,
3. à un plus haut degré de similitude entre espèces étroitement apparentées.

Étonnamment, aucune de ces trois hypothèses ne se vérifie. Dans la nature, la phylogénie ne peut être liée au pH vaginal (un marqueur très indirect de la composition du microbiote vaginal), et la dominance des lactobacilles est unique à l’espèce humaine. Même si l’on compare les humains avec d’autres primates, les différences sont énormes et, à l’heure actuelle, difficiles à expliquer^3,4.

Qu’est-ce qui a rendu le vagin humain si unique ? Était-ce le fruit d’événements aléatoires ou le corollaire évolutionnaire du cycle ovarien continu, du risque élevé de lacérations et d’infections à la naissance, ou encore de l’agriculture et de la consommation élevée d’amidon qui en découle³ ?

Microbiote et grossesse

Une question semble ne faire aucun doute : les lactobacilles sont essentiels au succès de la grossesse, mais celle de savoir s’il en va de même pour parvenir à une grossesse n’est pas aussi claire⁵.

Les données disponibles montrent clairement qu’un vagin non dominé par les lactobacilles pendant la grossesse est associé à des résultats obstétricaux et puerpéraux négatifs, y compris un travail prématuré, une rupture prématurée des membranes et des infections puerpérales (Figure 1). Notons qu’un million de bébés meurent chaque année de complications liées à la prématurité⁶.

On a coutume de répéter que les lactobacilles ont un rôle protecteur et que leur présence est souhaitable, mais présumer cela revient à ignorer certaines évidences, telles que le fait que cette dominance ne se manifeste ni chez l’enfant, ni pendant l’allaitement, ni chez la femme ménopausée. On peut donc avancer l’hypothèse que notre relation symbiotique avec les lactobacilles est utile pendant les années de fécondité. On peut considérer que cet objectif inclut une réduction du risque d’infections sexuellement transmissibles (IST, qui constituent un risque pour le succès de la reproduction et pour la progéniture), d’infections génitales ascendantes (et donc d’avortement, de mortinatalité et de naissance avant terme), ainsi que de complications puerpérales. Le rôle du microbiote dans l’obtention d’une grossesse semble plus limité. Par exemple, les populations présentant des taux élevés de dysbiose vaginale ne semblent pas être moins fertiles⁷.

Figure 1. La dominance des lactobacilles vaginaux est associée à des résultats obstétriques et puerpéraux bénéfiques.

Pareillement, l’impact du microbiote cervicovaginal sur le résultat des traitements de fertilité n’est pas clair non plus⁵.

Une des plus grandes différences évolutionnaires entre les humains et les autres mammifères est liée à l’accouchement, à savoir le difficile équilibre entre le fait de naître avec un large périmètre céphalique et de négocier cet accouchement avec un bassin qui a dû s’adapter à la bipédie. Les humains ont les accouchements les plus difficiles, n’étant peut-être dépassés que par les hyènes. Ceci peut-il être la clé permettant de comprendre l’unicité du microbiote vaginal humain ? Quelle que soit la raison évolutive, pour la plupart des femmes en âge de procréer, même en dehors de la grossesse, la dominance des lactobacilles dans le vagin est l’état souhaitable. Cependant, un déficit en lactobacilles, même s’il représente un état dysbiotique, n’est pas synonyme de maladie.

Notre compréhension du rôle du microbiote vaginal demeure très limitée. Même des questions apparemment simples, telles que la manière dont les lactobacilles colonisent le vagin, n’ont pas encore de réponse claire.

Le microbiome vulvovaginal à l’état sain et à l’état pathologique

L’effet le plus manifeste d’un microbiome altéré est la vaginite. La plupart des femmes connaîtront au moins un épisode de candidose dans leur vie et, au sein de certaines populations, plus de la moitié des femmes en âge de procréer présentent une vaginose bactérienne (VB), asymptomatique la plupart du temps (figures 2A et 2B). Notre compréhension des causes de ces changements (« normal » – colonisation/état asymptomatique – symptomatique) est limitée⁸.

Figure 2. Microphotographies de préparations microscopiques humides (contraste de phase 400x)

(A) Lactobacilles normaux, présence de blastospores de Candida spp. (cercle) ; (B) Vaginose bactérienne (absence de lactobacilles et prolifération de bactéries anaérobies et facultatives).

Toutefois, le profil bactérien du vagin, indépendamment des symptômes, peut conférer différents profils de risque ou de protection. De manière générale, on considère que les Lactobacillus spp. ont tendance à être bénéfiques pour la santé. Néanmoins, toutes les espèces ne sont pas égales et seul un nombre limité d’espèces existantes se trouvent généralement à l’état dominant dans le vagin. L. iners, qui présente un génome nettement plus petit et un profil métabolique différent, est généralement associé à des états dysbiotiques ou transitionnels⁹.

Tableau 1. Pathologies gynécologiques et obstétricales et leurs associations avec le microbiome vulvovaginal.

Malgré l’absence actuelle de recommandations de traitement pour les dysbioses asymptomatiques (la VB, par exemple), celles-ci ont été associées à des complications obstétricales et non obstétricales (dont le risque de contracter des IST [HPV, VIH])⁸ (Tableau 1).

Lorsque des stratégies efficaces (de préférence non antibiotiques) seront disponibles, il pourrait être judicieux de dépister et de traiter la dysbiose chez les femmes présentant un risque accru d’IST ou même chez celles qui sont infectées par le HPV. Cela peut toutefois s’avérer plus complexe qu’il n’y paraît. Le comportement de la VB similaire à celui d’une IST est reconnu depuis longtemps, mais des données récentes l’ont confirmé et suggèrent que la réduction des récidives pourrait nécessiter le traitement des partenaires, ce qui pourrait constituer un obstacle important aux stratégies de prévention¹⁰.

La VB est un syndrome courant, impliquant une déplétion des lactobacilles et une prolifération de plusieurs bactéries anaérobies strictes et facultatives, associées à la formation d’un biofilm qui semble contribuer aux fréquentes rechutes après traitement. La composition de la VB est variable d’une femme à l’autre, et probablement même chez une seule et même femme au fil du temps¹¹. Il est actuellement possible de diagnostiquer la VB à l’aide de tests moléculaires, mais on s’attend à ce qu’avec la connaissance croissante du microbiome vaginal, ces tests permettent le « profilage » de la VB, l’évaluation du résistome et un choix thérapeutique plus rationnel⁸.

La relation entre Candida spp. et le microbiome vaginal est très complexe et loin d’être entièrement comprise. Bien que la candidose puisse exister avec n’importe quel microbiome vaginal, elle tend à être plus courante avec une dominance des lactobacilles (et le pH faible qui en découle)¹².

Plusieurs pathologies gynécologiques ont été associées à des caractéristiques spécifiques du microbiome et, quasi systématiquement, une réduction des lactobacilles induit un risque accru d’IST et de cancers gynécologiques (même du tractus génital supérieur). Il n’est cependant pas toujours facile d’établir une relation de cause à effet entre les anomalies du microbiome et les pathologies spécifiques. Nous pouvons toutefois espérer qu’un jour, nous pourrons évaluer ou moduler le risque de cancer grâce à l’évaluation du microbiome vaginal, en particulier pour le cancer du col de l’utérus¹³.

L’intérêt et la connaissance du microbiote vulvaire sont plus récents et les données sont rares, mais son rôle dans des pathologies telles que la vulvodynie, les dermatoses vulvaires, la néoplasie intraépithéliale vulvaire et le cancer est à l’étude^14-16.

Vers quoi se dirige-t-on ?

La compréhension du microbiome vulvo-vaginal progresse à pas de géant. En attendant de comprendre totalement le microbiome, on peut commencer par le respecter, lui et son rôle fonctionnel, reconnaître que chaque femme est unique (et que cette unicité est évolutive), éviter le recours inutile aux antibiotiques et aux antiseptiques, et diagnostiquer correctement les IST et les vaginites, plutôt que de s’en remettre à l’empirisme. Un diagnostic précis permettra de réduire autant que possible les traitements erronés, avec un impact potentiel à long terme.

À ce stade, il est crucial de distinguer ce qui est expérimental de ce qui est cliniquement pertinent. Nous nous trouvons dans un processus d’apprentissage et tentons d’utiliser des techniques et des concepts expérimentaux dans la pratique clinique qui conduisent souvent à des tests, des dépenses et des traitements inutiles (la métagénomique, par exemple, est un outil de recherche très utile, mais elle n’a actuellement aucune place dans l’évaluation clinique de la vaginite).

Au cours des deux dernières décennies, nous avons accumulé une quantité considérable d’informations qui se traduiront bientôt par une amélioration des soins de santé pour les femmes, avec des recommandations diététiques spécifiques et des pré- et probiotiques. Nous pouvons nous attendre à ce que ces connaissances permettent de réduire considérablement le travail prématuré, les cancers gynécologiques, ainsi que la récurrence de la vaginite et de la cystite.

Les prochains chapitres seront sans nul doute les plus passionnants !