Chez le poisson zèbre, une protéine bactérienne favorise la prolifération des cellules β dans les îlots pancréatiques. Quid chez les mammifères ? Après la naissance, la prolifération de ces cellules nécessaires à une production suffisante d’insuline, augmente rapidement, au moment même où le microbiote intestinal se diversifie.

Simple coïncidence ou véritable lien, comme chez le poisson zèbre ? Une équipe anglaise ¹ a tranché en montrant chez des souriceaux que le développement postnatal des cellules β est stimulé par des espèces bactériennes et fongiques durant de courtes fenêtres de colonisation, période également critique pour la santé métabolique.

Chez la souris et chez l’homme

En éliminant et en restaurant le microbiote à différentes périodes pré- et postnatales chez des souriceaux, l’équipe a identifié une période critique (du 10e au 20e jour après la naissance) durant laquelle la flore digestive est indispensable à l’établissement d’une masse normale de cellules β. Ces observations ont été confirmées par des expérimentations avec des antibiotiques et des antifongiques, soulignant l’implication de bactéries et de champignons dans le maintien de l’équilibre de la glycémie.

Et chez l’homme ? Des échantillons fécaux de nourrissons humains âgés de 7 à 12 mois (mais pas d’autres tranches d’âge) stimulaient fortement la masse de cellules β chez la souris l’Homme possèderait donc également une fenêtre de colonisation par des microorganismes favorisant les cellules β.

Un argument de plus en faveur de la fameuse fenêtre d’opportunité des 1000 jours pour la santé future et la prévention des maladies métaboliques comme l’obéisté.

Les bactéries et champignons responsables

La comparaison de communautés microbiennes capables d’induire (ou non) le développement des cellules β a permis d’identifier des taxons bactériens et fongiques impliqués chez la souris : Escherichia coli, Enterococcus gallinarum et Candida dubliniensis. Ce dernier s’avère le plus efficace, via un mécanisme impliquant des macrophages, des cellules β, qui permet la reconnaissance de signaux spécifiques issus de la paroi cellulaire de levures commensales.

Enfin, non seulement C. dubliniensis réduit la prévalence et la gravité du diabète dans des modèles murins, mais il participe à restaurer la population de cellules β après une ablation ou un sous-développement consécutif à un traitement antibiotique. ces traitements, en perturbant le microbiote intestinal durant la petite enfance, peuvent altérer la régulation de la glycémie, et nuire au maintien d’un poids corporel stable C. dubliniensis pourrait-il être utilisée à titre prophylactique pour compenser les pertes induites par un traitement antibiotique, en particulier chez les individus prédisposés au diabète de type 1 ou 2 ou à l’obésité ?

Prévenir voire inverser la perte de cellules β ?

Ainsi, cette étude montrequ’il existerait une fenêtre critique chez le jeune enfant, entre 7 et 12 mois, durant laquelle certaines bactéries et champignons seraient nécessaires au développement des cellules β pancréatiques. Si cette fenêtre de développement est manquée, le développement des cellules β serait compromis, avec à la clé un dysfonctionnement et un risque accru de maladies métaboliques comme l’obéisté et de diabète.

Néanmoins, les mécanismes identifiés par les auteurs pourraient peut-être permettre de prévenir voire inverser la perte des cellules β à condition d’une prise en charge précoce, intégrant notamment le rôle clé du microbiote intestinal.

Faudra-t-il un jour s’assurer que le microbiote vaginal est bien équilibré avant de retirer des polypes utérins ? C’est bien possible à en croire une étude publiée dans l’European Journal of Obstetrics and Gynecology. Les auteurs, des chercheurs de l’Université de Nanning en Chine, ont démontré que la présence d’une dysbiose vaginale était un facteur de risque majeur de récidive de polypes après leur résection. ¹

Le lien entre dysbiose et récidive repose sur l’impact de ce déséquilibre microbien sur le vagin et l’utérus, deux zones anatomiques étroitement connectées sur le plan immunitaire et microécologique.

Près de 700 femmes enrôlées

Pour mettre ce résultat en évidence, les chercheurs ont prélevé des échantillons de sécrétions vaginales de 679 femmes âgées de 25 à 50 ans qui allaient subir une « résection hystéroscopique », l’opération visant à retirer des polypes endométriaux.

Après l’intervention, les femmes ont été suivies durant deux années et les chercheurs ont pu identifier une récidive de polypes chez 105 d’entre elles.

L’analyse des sécrétions indique que les femmes qui, avant l’opération, présentaient une dysbiose vaginale avaient un risque multiplié par 3,3 de récidive. C’était également le cas des femmes souffrant d’endométriose.

L’analyse des microbiotes vaginaux indique que, chez les femmes « récidivantes », la densité et la diversité des bactéries, tout comme la présence de Lactobacilles, étaient nettement plus faibles que chez celles chez qui aucune récidive n’avait été détectée. On y retrouvait également davantage de microorganismes pathogènes, tels que la bactérie Gardnerella vaginalis, en cause dans la vaginose, ou le champignon Candida, responsable de la mycose.

Les chercheurs ont également observé une élévation de l’activité de certaines enzymes comme la leucocyte estérase, signe d’inflammation persistante dans le vagin, pouvant favoriser une infection ascendante vers l’utérus.

La baisse des Lactobacillus, facteur clé de récidive

Comment ces anomalies du microbiote vaginal sont-elles impliquées dans la résurgence de polypes ? Pour les chercheurs, la réponse est à chercheur du côté des Lactobacillus.

En temps normal, ces bactéries produisent des bactériocines, des substances capables de détruire les pathogènes, ainsi que de l’acide lactique, qui acidifie l’environnement vaginal et stabilise le microbiote. Elles synthétisent également des molécules appelées « glycérophospholipides » qui favorisent la sécrétion, par l’organisme, de prostaglandines, des messagers anti-inflammatoires. Enfin, elles augmentent la synthèse de protéines impliquées dans l’intégrité de la paroi vaginale.

Ainsi, les Lactobacillus, en diminuant le risque d’infection et d’inflammation après l’opération, exerceraient un effet protecteur contre la récidive des polypes.

Cette action bénéfique est d’autant plus essentielle chez les femmes ayant des antécédents de déséquilibres microbiens chroniques ou d’endométriose, chez qui le risque de récidive est significativement plus élevé.

Vers des traitements préventifs

Les chercheurs soulignent l’importance de maintenir l’équilibre du microbiote vaginal, notamment la dominance à long terme des Lactobacillus, en cas de polypes utérins. Ils évoquent pour ceci plusieurs traitements préventifs possibles :

• l’association probiotiques/antimicrobiens qui permettrait de s’attaquer aux déséquilibres pathogènes immédiats tout en favorisant une santé microbienne durable ;
• les gels ou les suppositoires à base d’acide lactique ;
• les bactériophages, des virus capables de détruire sélectivement les bactéries pathogènes sans perturber le microbiote ;
• les prébiotiques et les oméga-3, favorables à l’équilibre du microbiote.

Ces stratégies de modulation pourraient également améliorer la santé globale du vagin en réduisant le risque d'infection persistante.

Des études doivent encore être menées pour évaluer l’efficacité de ces interventions, mais ces pistes sont prometteuses. Affaire à suivre donc…

Le sommeil est-il lié au microbiote ?

Le microbiote pourrait-il jouer un rôle dans les troubles du sommeil ?

Existe-t-il un lien entre le microbiote, les habitudes de sommeil et le niveau d'énergie ?

Sommeil, humeur et axe intestin-cerveau

Dans certains cas, les nuits blanches et les épisodes d'insomnie peuvent être liés à des troubles psychiatriques. Pour en savoir plus sur la façon dont le microbiote pourrait influencer la santé du cerveau et l'humeur, consultez les liens ci-dessous.

C’est une des énigmes de la cancérologie : les effets abscopaux (sidenote: Effet abscopal Du latin ab- « éloigné » et du grec skopos « cible », littéralement « loin de la cible » - Régression de lésions tumorales situées en dehors du champ d’irradiation, car l’irradiation d’une lésion peut entraîner l’activation de réponses immunitaires antitumorales, ou potentialiser leur efficacité, conduisant ainsi à la destruction de lésions non irradiées par les effecteurs immunitaires antitumoraux. Approfondir https://doi.org/10.1016/j.mednuc.2024.11.007 ) de la radiothérapie, observés chez certains patients mais pas d’autres. Avec néanmoins une avancée importante en 2025 : une équipe internationale a montré que l'irradiation intestinale à faible dose (ILDR) augmente les bénéfices cliniques des immunothérapies ciblant les inhibiteurs de points de contrôle (sidenote: Immunothérapie reposant sur des anticorps monoclaux dirigés contre les points de contrôle du système immunitaire ) ou de la chimiothérapie, dans 8 cohortes rétrospectives de patients et dans un modèle préclinique chez la souris. Cette recherche met ainsi en lumière le rôle essentiel de l’environnement intestinal dans la réponse au traitement.

Une question de dose…

Point de départ des chercheurs : des patients atteints de tumeurs métastatiques inclus dans un essai multicentrique de phase 2, qui ont reçu une radiothérapie stéréotaxique d’ablation (SABR) (sidenote: SABR (radiothérapie stéréotaxique d’ablation) aussi appelée RSC (radiothérapie stéréotaxique corporelle) Radiothérapie qui repose sur l’émission de nombreux faisceaux de radiation de différents angles qui se rencontrent sur la tumeur. La tumeur reçoit donc une forte dose de radiation, alors que chaque faisceau qui circule dans le tissu voisin est de faible dose. Cela réduit les effets de la radiation sur le tissu sain entourant la tumeur. La RSC est administrée en moins de séances que la radiothérapie externe standard. On peut avoir recours à la RSC pour traiter les tumeurs au pancréas, au poumon, au foie ou à la colonne vertébrale. Approfondir https://cancer.ca/fr/treatments/treatment-types/radiation-therapy/external-radi… ) en combinaison avec un anticorps anti-PD-L1. Parmi eux, 13 patients (41 %) exposés à une ILDR accidentelle, avec une dose médiane de radiothérapie de 3,3 Gy au duodénum, 1,0 Gy au jéjunum/iléon, et 1,3 Gy au côlon, ont affiché un bien meilleur taux de survie à 24 mois : 38 % (5/13) contre 5 % (1/19) ! Ce résultat met en lumière l'efficacité accrue d’un traitement combiné.

Poussés par ce résultat inattendu, les chercheurs ont repris les résultats de 7 cohortes indépendantes de patients atteints de cancer, soit un total de 388 patients. Même constat alors : une ILDR fortuite administrée à des doses de 0,25 à 3 Gy améliore la survie de patients atteints de cancer avancé.

… et de bactéries

La réponse immunitaire anti-tumorale et la survie semblent également liées aux différences de flores intestinales entre les individus: comparativement à des adultes en bonne santé, les non répondeurs au traitement associant une ILDR et des anticorps anti-PD-L1 abritaient, avant traitement, moins d’espèces de bactéries typiques des répondeurs (Christensenella minuta et Ruminococcus bromii) et davantage d’espèces de bactéries typiques d’une mauvaise réponse au traitement (Enterocloster aldensis et Parabacteroides distasonis).

Il semble que les interactions métaboliques et immunitaires entre l’hôte et le microbiote intestinal permettraient l’activation des cellules T CD8⁺. Diverses souches de Christensenella minuta semblent renforcer sélectivement l’efficacité de l’ILDR et de l’anti PD-L1, en favorisant la migration des cellules dendritiques intestinales exprimant PD-L1 vers les ganglions lymphatiques drainant la tumeur.

Les maladies parodontales (maladies des gencives) sont un problème de santé majeur dans le monde. La dysbiose (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) du microbiote bucco-dentaire est un facteur important qui contribue à leur développement et à leur progression. Par le passé, nous nous sommes concentrés sur l’identification des bactéries pathogènes. Mais une étude récente ¹ met en lumière un autre élément crucial : les métabolites produits par ces microbes et leur impact direct sur la santé de nos tissus gingivaux.

L’étude montre que le déséquilibre du microbiote bucco-dentaire affecte directement la quantité et l’équilibre de la composition des métabolites. Certains métabolites, en lien avec les bactéries associées à la parodontite, peuvent avoir des effets inflammatoires sur les cellules épithéliales gingivales (sidenote: Cellules épithéliales gingivales Cellules de surface formant la muqueuse des gencives. Elles représentent la première ligne de défense contre l’invasion microbienne dans la cavité buccale. )  humaines. Cela établit une relation directe entre les altérations de l’écosystème microbien bucco-dentaire, ses produits métaboliques et la réponse inflammatoire dans les tissus de l’hôte.

Lien entre le microbiote et les métabolites

Les auteurs, de la Faculté des sciences dentaires de l’Université de Kyushu (Japon), ont analysé des échantillons d’eau de rinçage buccal de personnes atteintes de maladie parodontale (n = 24) et de témoins sains (n = 22). Ce type d’échantillon reflète fidèlement les informations présentes dans la salive. Les chercheurs n’ont pas seulement identifié les bactéries les plus répandues dans les états pathologiques, confirmant les suspects habituels tels que Porphyromonas gingivalis et Fusobacterium nucleatum, mais ils ont surtout établi un lien entre ces espèces bactériennes spécifiques et les métabolites trouvés dans les mêmes échantillons. Cette approche ciblée a permis d’identifier 20 métabolites fortement corrélés au microbiote de la parodontite. Il ne s’agissait pas seulement de composés aléatoires, mais aussi de dérivés d’acides aminés, d’ acides gras à chaîne courte (AGCC) (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. )  et de polyamines.

Métabolites ayant des effets pathogènes

L’étape cruciale suivante consistait à vérifier si les métabolites identifiés avaient un impact direct sur les cellules gingivales humaines. Pour cela, les chercheurs ont testé 20 métabolites corrélés sur des cellules épithéliales gingivales humaines. Les résultats ont révélé que plusieurs composés présentaient un potentiel pathogène évident. En particulier, le propionate, le succinate, l’homosérine et la citrulline ont considérablement inhibé la croissance de ces cellules épithéliales gingivales. En outre, le traitement des cellules à l’homosérine (sidenote: Homosérine Composé dérivé d’un acide aminé, peu présent dans le métabolisme humain mais produit par certaines bactéries. Il peut exercer des effets pro-inflammatoires ou cytotoxiques sur les tissus hôtes, notamment sur l’épithélium gingival. ) , au propionate et au succinate a augmenté de manière significative l’expression de l’IL-8 (sidenote: Interleukine-8 (IL-8) Protéine de signalisation (cytokine) sécrétée par les cellules pour attirer les cellules immunitaires, notamment les neutrophiles, vers le site de l’infection ou de l’inflammation. Un taux élevé d’IL-8 est souvent associé à une inflammation des tissus en cours. ) , une cytokine inflammatoire clé, indiquant que ces métabolites peuvent déclencher une inflammation locale et contribuer aux lésions tissulaires associées à la plaque dentaire.

Enfin, si l’homosérine était connue pour être produite par certaines bactéries, cette étude révèle une nouvelle découverte en détectant sa production par plusieurs espèces de bactéries parodontales clés, notamment Prevotella melaninogenica, Prevotella intermedia, et Porphyromonas gingivalis. Cela suggère que ces microbes associés à la parodontite contribuent directement aux niveaux locaux d’homosérine observés dans les états pathologiques, confirmant ainsi leur potentiel d’impact sur l’hôte.

Des solutions pour les maladies des gencives ?

De nouvelles thérapies basées sur le microbiote dentaire offrent des alternatives prometteuses pour traiter les maladies des gencives en rétablissant un équilibre sain des communautés microbiennes dans la bouche. Les probiotiques, des bactéries bénéfiques présentes dans certains compléments alimentaires, ont démontré leur capacité à réduire l’inflammation et les microbes nocifs lorsqu’ils sont utilisés en complément des soins dentaires traditionnels.

D’autres approches innovantes et émergentes, telles que les greffes de microbiote bucco-dentaire ² ou les peptides antimicrobiens ciblés, , sont à l’étude. L’objectif est de développer des traitements plus doux et plus efficaces, capables de s’attaquer à la cause racine des maladies des gencives plutôt que d’éliminer simplement toutes les bactéries.

Pendant des années, les dentistes et les chercheurs se sont concentrés sur les « mauvaises » bactéries présentes dans notre bouche, par exemple Porphyromonas gingivalis, comme étant les principales responsables des maladies des gencives. Mais une étude récente de l’Université de Kyushu, au Japon, suggère que les véritables coupables ne seraient pas uniquement ces bactéries, mais aussi les substances chimiques qu’elles produisent. ¹

Ces substances, appelées métabolites, sont de petits sous-produits libérés par les microbes lorsqu’ils se nourrissent et se développent. En quelque sorte, ce sont leurs empreintes chimiques. Certaines de ces empreintes sont toxiques. Les chercheurs ont découvert qu’en s’accumulant, ces métabolites peuvent irriter et même endommager les cellules qui tapissent nos gencives, provoquant une inflammation et contribuant ainsi au développement de maladies parodontales.

Au-delà des bactéries : ce sont leurs actions qui comptent

Pour comprendre ces liens, les chercheurs ont analysé des échantillons d’eau de rinçage buccal de deux groupes : 24 personnes atteintes de maladies des gencives et 22 personnes en bonne santé. Ce type d’échantillon donne un aperçu du microbiote bucco-dentaire et de son activité, une sorte d’« empreinte salivaire ».

Ils ont utilisé des technologies avancées pour identifier non seulement les bactéries les plus fréquentes dans le groupe de malades, mais aussi les métabolites présents. 20 de ces métabolites ont ensuite été testés directement sur des cellules gingivales humaines en laboratoire.

Ces cellules épithéliales gingivales (sidenote: Cellules épithéliales gingivales Cellules de surface formant la muqueuse des gencives. Elles représentent la première ligne de défense contre l’invasion microbienne dans la cavité buccale. )  constituent la première ligne de défense de l’hôte dans l’espace sous-gingival où s’accumule la plaque dentaire ; elles sont utilisées pour reproduire ce qui se passe dans la bouche.

Cette étape leur a permis de mettre en évidence non seulement des associations, mais aussi des effets biologiques réels, fournissant ainsi des indices solides sur les composés susceptibles d’endommager les gencives.

Les scientifiques ont découvert que plusieurs des métabolites liés à la maladie, notamment l’homosérine (sidenote: Homosérine Composé dérivé d’un acide aminé, peu présent dans le métabolisme humain mais produit par certaines bactéries. Il peut exercer des effets pro-inflammatoires ou cytotoxiques sur les tissus hôtes, notamment sur l’épithélium gingival. ) , le propionate, le succinate et la citrulline, nuisaient à la croissance des cellules hôtes et stimulaient l’inflammation, un élément central du développement de la parodontite. Ces substances ne se contentaient pas de rester inactives, elles ralentissaient activement la croissance cellulaire et déclenchaient la libération d’IL-8 (sidenote: Interleukine-8 (IL-8) Protéine de signalisation (cytokine) sécrétée par les cellules pour attirer les cellules immunitaires, notamment les neutrophiles, vers le site de l’infection ou de l’inflammation. Un taux élevé d’IL-8 est souvent associé à une inflammation des tissus en cours. ) , une molécule clé de la réponse inflammatoire de l’organisme.

Plus surprenant encore : l’homosérine, un composé n'ayant jamais été lié aux maladies bucco-dentaires, était produite par certaines des bactéries les plus pathogènes, notamment Prevotella intermedia et P. gingivalis. Cela signifie que ces microbes ne sont pas seulement « mauvais » par association, mais qu’ils pourraient produire activement des toxines susceptibles d’aggraver les maladies des gencives. La présence de ces métabolites bactériens est également un signe de dysbiose (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) du microbiote sous-gingival, où un déséquilibre de la plaque dentaire favorise l’apparition de la maladie.

Qu’est-ce que cela signifie pour vous et votre dentiste ?

Cette découverte met en lumière un fait nouveau : certaines bactéries contribuent à l’inflammation buccale, non seulement par leur colonisation, mais aussi par l’activité de leurs métabolites dans l’environnement dentaire sous-gingival. Pendant longtemps, le traitement des maladies des gencives a été assez simple : trouver les mauvaises bactéries et les éliminer. C’est pourquoi les traitements comprennent souvent des nettoyages en profondeur, des bains antiseptiques ou des antibiotiques, afin d’éliminer les germes.

Mais cette étude nous apprend que le véritable problème n’est peut-être pas la nature des bactéries présentes dans votre bouche, mais leur action.

Ces microbes agissent comme de minuscules usines chimiques. Même en faible quantité, certains peuvent produire des substances qui irritent et enflamment vos gencives. Cela change la donne. Il ne suffira peut-être plus de tuer les bactéries, il faudra plutôt neutraliser les substances nocives qu’elles produisent.

Demain, votre dentiste pourrait ne plus se contenter de vérifier la présence de plaque dentaire, il pourrait analyser votre salive pour détecter ces substances chimiques nocives et adapter votre traitement en fonction de l’état de votre microbiote bucco-dentaire. C’est une avancée majeure vers une médecine dentaire personnalisée basée sur le microbiote.

Pourquoi analyser la salive et la plaque sous-gingivale ?

Bien que l’étude se soit basée sur l’eau de rinçage buccal, les chercheurs ont constaté que les échantillons prélevés directement sous la gencive reflètent encore mieux le microbiote au niveau des lésions, en particulier dans les cas de parodontite. Croiser l’analyse microbienne avec l’analyse des métabolites de la plaque sous-gingivale pourrait bientôt devenir une méthode de référence pour diagnostiquer les maladies bucco-dentaires.

Le microbiote est constitué de billions de micro-organismes tels que les bactéries, les virus, les champignons, les archées, etc. Il vit dans notre tube digestif, notre peau, notre bouche, notre nez et nos poumons. Ces organismes jouent un rôle crucial dans notre bien-être en facilitant la digestion, en stimulant notre système immunitaire et en nous protégeant contre les maladies infectieuses. Mais au-delà de ces fonctions, le microbiote influence également notre humeur, notre métabolisme et même notre longévité. Un déséquilibre du microbiote, souvent causé par des facteurs tels que l'alimentation, le mode de vie ou les médicaments, peut entraîner des problèmes de santé majeurs, allant des troubles digestifs aux problèmes cardiovasculaires et à la dépression. Le maintien d'un microbiote sain dans l'ensemble de l'organisme est donc essentiel pour notre santé et notre bien-être général.

Cette vaste enquête a été réalisée par Ipsos auprès de 7 500 personnes dans 11 pays (États-Unis, Brésil, Mexique, France, Allemagne, Italie, Portugal, Pologne, Finlande, Chine et Vietnam). Dans chaque pays, un échantillon représentatif de la population âgée de 18 ans et plus a été interrogé. La représentativité a été assurée par la méthode des quotas appliquée au sexe, à l'âge, à la région et à la profession des répondants. L'enquête a été réalisée en ligne, du 21 janvier au 28 février 2025.

Les résultats ont été présentés le 27 juin 2025, à l’occasion de la Journée Mondiale du Microbiome.

À propos du Biocodex Microbiota Institute

Le Biocodex Microbiota Institute est un centre de connaissances international spécialisé dans le microbiote. Cet institut sensibilise le grand public et les professionnels de santé à l’importance du microbiote pour notre santé et notre bien-être.

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