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Pour avoir un bon microbiote, il faut éviter de l’agresser et il faut lui apporter des « bonnes choses ».

Les antibiotiques sont des facteurs bien connus qui altèrent le microbiote. Il faut néanmoins se rappeler que ces médicaments industriels sont ceux qui sauvent le plus de vies. Il ne s’agit pas de ne pas prendre d’antibiotiques, mais de n’en prendre que lorsque cela est nécessaire.

Dans notre alimentation, la consommation d’une quantité trop importante de viande rouge, de charcuterie, et de produits industriels (dit « ultra transformés ») favorise la prolifération de « mauvaises » bactéries favorisant l’inflammation, c’est-à-dire une activation du système immunitaire.

Ce qui stimule les « bonnes » bactéries de notre tube digestif, ce sont avant tout les fibres végétales. Il faut ainsi consommer des fruits et des légumes en abondance et de manière diversifiée (pour nourrir des bactéries différentes et favoriser la diversité du microbiote). La consommation d’aliments fermentés (comme le yaourt, le Kéfir, la choucroute ou le kimchi) pourrait aussi être bénéfique pour notre microbiote.

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Les résultats de recherches récentes suggèrent effectivement que le microbiote intestinal pourrait jouer un rôle dans l’initiation ou la gravité de plusieurs maladies neuropsychiatriques comme la dépression, l’anxiété, la schizophrénie ou l’autisme.

Néanmoins les données disponibles à ce jour restent très préliminaires et nous ne savons pas quel est le « poids » du microbiote par rapport à d’autres facteurs (génétique, environnement…) et si tous les patients sont concernés.

Enfin, nous ne savons pas encore si le microbiote pourra être ciblé d’un point de vue thérapeutique dans ces pathologies.

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Pour reconstituer votre microbiote intestinal après une prise d'antibiotiques, vous pouvez :

• Consommer des probiotiques pendant et après la prise d’antibiotiques : Seuls quelques probiotiques ont montré un effet sur la diarrhée induite par les antibiotiques, Saccharomyces boulardii et Lactobacillus GG. C’est donc ces deux-là qu’il faut privilégier.
• Augmenter les apports en fibres alimentaires qui nourrissent les bonnes bactéries du microbiote. Intégrez une variété de fruits, légumes, céréales complètes et légumineuses dans l’alimentation.
• Limiter la consommation d'aliments ultra transformés qui sont délétères pour le microbiote.

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Le microbiote intestinal joue un rôle dans de nombreuses maladies incluant des maladies infectieuses (comme l’infection à Clostridioides difficile, une bactérie qui peut se développer en cas de perturbation du microbiote intestinal, le plus souvent après la prise d’antibiotique), des maladies inflammatoires (comme la polyarthrite rhumatoïde), des maladies métaboliques (comme le diabète), des maladies neuropsychiatriques (comme l’autisme) et même dans le cancer. Cependant, le « poids » du microbiote comparé à celui d’autres facteurs, comme la génétique ou l’environnement, est souvent encore inconnu. 
 

Les maladies pour lesquelles on est aujourd’hui certain que le microbiote joue un rôle significatif sont l’infection à Clostridioides difficile, les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, le syndrome métabolique, le Syndrome de l’Intestin Irritable. Il faut garder en tête que le microbiote n’a pas forcément un effet important dans toutes ces maladies et chez tous les patients atteints.

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The microbiota acts on the brain through several mechanisms:

• Il existe des connexions nerveuses fortes entre le cerveau et l’intestin. Ces connexions vont du cerveau vers l’intestin (expliquant les symptômes digestifs en cas de stress) mais aussi de l’intestin vers le cerveau. En agissant sur les terminaisons nerveuses intestinales, le microbiote peut ainsi moduler le fonctionnement cérébral.
• Le microbiote produit aussi des molécules chimiques qui sont absorbées, passent dans la circulation sanguine et peuvent atteindre le cerveau et y exercer des effets. 
• Enfin, le microbiote peut agir indirectement sur le cerveau en ayant des effets sur d’autres cellules humaines (comme les cellules de l’intestin ou les cellules immunitaires) qui, elles, vont produire des molécules agissant sur le cerveau.

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• Consommez des fibres : Intégrez des fruits, des légumes et des céréales complètes dans votre alimentation. Ces fibres absorbent l’eau pendant la digestion, augmentant le volume des selles et facilitant leur passage.
• Restez actif : Pratiquez une activité physique régulière, comme une marche quotidienne de 20 à 30 minutes. Cela stimule les mouvements intestinaux et aide à prévenir la constipation.
• Écoutez votre corps : Ne retenez pas l’envie d’aller à la selle. Répondez à cette envie dès qu’elle se manifeste pour maintenir un bon transit intestinal.

Ces habitudes simples peuvent grandement améliorer votre confort digestif.

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Oui, le microbiote joue un rôle crucial dans le bon fonctionnement du système immunitaire.

Il permet la maturation et la stimulation du système immunitaire dans l’intestin, mais aussi dans l’ensemble de l’organisme.

Une altération du microbiote intestinal, notamment dans les premières années de vie, pourrait jouer un rôle dans une mauvaise « éducation » du système immunitaire qui pourrait contribuer à un risque augmenté de développer certaines maladies  liées à l’immunité plus tard dans la vie (comme la maladie de Crohn ou la rectocolite hémorragique).

A l’âge adulte également, des perturbations du microbiote peuvent avoir des effets sur le fonctionnement du système immunitaire.

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On pense généralement que les bactéries sont toujours néfastes et sources d’infections et d’autres maladies.

Mais le plus souvent, et particulièrement dans le cas du microbiote intestinal, ce n’est pas le cas.

Les bactéries colonisent le tube digestif des animaux depuis la nuit des temps, une relation profitable à la fois aux bactéries et aux animaux s’est établie. On parle de « symbiose ».

Dans notre tube digestif, les bactéries bénéficient du gite et du couvert gratuits !

Et en contrepartie, elles nous aident à nous maintenir en bonne santé. Ainsi le microbiote remplit de nombreux rôles clés dont les principaux sont : 

• La digestion des fibres végétales (comme l’inuline par exemple que l’on trouve notamment dans les oignons et les poireaux). Nos cellules humaines sont en effet incapables de digérer les fibres présentes dans les fruits et les légumes. Après ingestion, elles arrivent ainsi jusqu’au colon où les bactéries vont le « digérer » pour nous. Les bactéries vont en tirer ce dont elles ont besoin et produire en échange des molécules très importantes pour le bon fonctionnement du tube digestif.
• La sécrétion de vitamines (comme la vitamine K indispensable à la bonne coagulation du sang)
• L’éducation de notre système immunitaire : Le microbiote intestinal joue un rôle crucial dans la maturation et le développement du système immunitaire, en particulier chez les jeunes enfants. Les bactéries intestinales aident à former et à réguler les réponses immunitaires innées et adaptatives.
• La lutte contre les microorganismes pathogènes (néfastes) qui peuvent provoquer des infections intestinales
• Le renforcement de ce que l’on appelle la « barrière intestinale » , c’est-à-dire la bonne « étanchéité » de l’intestin. Cela permet de ne pas laisser entrer n’importe quoi dans le corps par la voie intestinale. 

De nombreuses autres fonctions du microbiote font l’objet de recherches importantes.

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Voici un aperçu des meilleurs conseils du professeur Sokol pour une consultation médicale réussie

Pour une consultation réussie:

• Éviter au maximum le jargon médical
• Utiliser des exemples de la vie courante qui peuvent toucher le patient directement 
• Utiliser des illustrations pour faciliter les explications des messages complexes.

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Chaque année, lors de La Semaine mondiale de la sensibilisation à la résistance aux antimicrobiens, l’OMS met en garde contre l’utilisation excessive des antibiotiques qui favorise la colonisation de l’intestin par des pathogènes antibiorésistants. Sont notamment mises en cause les bactéries de la famille des Enterobacteriaceae (sidenote: Enterobacteriaceae Enterobacteriaceae: famille de bactéries Gram-négatives de l’ordre des Entérobactérales, qui comprend les genres Escherichia et Klebsiella (deux pathogènes très incriminés dans les antibiorésistances), mais aussi Buttiauxella, Enterobacter, Gibbsiella, Salmonella, Shigella… Approfondir LPSN ) comme Escherichia Coli ou Klebsiella Pneumoniae, responsables de sévères infections, particulièrement dans les hôpitaux et chez les patients atteints de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin.

Pour éviter ces résistances, une thérapeutique alternative se profile : les bactéries commensales du microbiote intestinal. Mais si la transplantation de microbiotes fécaux semble réduire le nombre d’entérobactéries pathogènes, elle affiche néanmoins des résultats hétérogènes et soulève des questions de sûreté.

D’où l’alternative présentée dans une étude publiée dans Nature ¹ : identifier une combinaison de bactéries commensales spécifiques capables d’éliminer les Enterobacteriaceae et élucider leur mode d’action.

Un combo gagnant de 18 souches 

A partir de l’analyse d’échantillons de selles de 5 donneurs humains sains, les chercheurs ont isolé 124 souches bactériennes. Parmi les combinaisons testées, ils ont identifié un groupe de 18 souches synergiques, baptisé F18-mix, qui réduit fortement l’abondance de Klebsiella Pneumoniae et de Escherichia Coli chez des souris axéniques (sidenote: Souris germ-free Souris germ-free : souris élevées dans des environnements stériles et dépourvues de microorganismes utilisées dans les recherches sur le microbiome. On peut leur administrer par voie orale un microbiote pour l’étudier dans des conditions contrôlées. ) .

Point positif, le F18-mix paraît cibler spécifiquement les Enterobacteriaceae et n’affecte pas les autres bactéries commensales, ce qui permet de préserver l’équilibre écologique de l’intestin tout en éliminant les pathogènes. 

La clé de la compétition entre le F18-mix et les Enterobacteriaceae semble être l’accès aux sources de carbone, et notamment au gluconate. En privant les Enterobacteriaceae de ce sucre essentiel à leur croissance, le F18-mix prendrait le dessus et empêcherait leur prolifération.

Vers une future thérapie microbiotique ? 

Les chercheurs ont également testé l’efficacité du F18-mix sur un modèle murin recevant des microbiotes de patients atteints de maladie de Crohn ou de colite. Ils ont observé non seulement une réduction de l’abondance des Enterobacteriaceae mais aussi une augmentation de la diversité du microbiote. Chez des souris sensibles à la colite, le F18-mix est même capable de réduire les scores histologiques de colite et les biomarqueurs de l’inflammation intestinale.

Cette étude ouvre donc la voie à des traitements microbiotiques ciblées contre les infections liées aux entérobactéries. La flore commensale pourrait représenter une alternative prometteuse aux antibiotiques, limitant ainsi l’émergence de résistances. Cependant, ces résultats ont été obtenus dans des conditions contrôlées de modèles murins et d’autres études seront nécessaires pour démontrer leur transposabilité à l’humain.