Votre aide mémoire pour diagnostiquer la dyspepsie fonctionnelle

Combien de patients souffrant d'une gêne persistante des voies digestives supérieures voyez-vous chaque semaine ? Combien d'entre eux ne sont pas diagnostiqués comme souffrant de dyspepsie fonctionnelle (DF) ?

La dyspepsie fonctionnelle (DF) touche environ 7 % des adultes3, mais elle est souvent mal diagnostiquée en raison d'un doublon de symptômes avec ceux du reflux, de la gastroparésie et du syndrome de l'intestin irritable. En tant que trouble de l'interaction entre l'intestin et le cerveau, elle implique une altération de la motilité, des déséquilibres du microbiote et des facteurs psychologiques, ce qui rend le diagnostic difficile.

Prof. Maura Corsetti, Prof. Nicholas Talley et Prof. Lucas Wauters, en collaboration avec le Biocodex Microbiota Institut, ont mis au point une "checklist" pour le diagnostic de la dyspepsie fonctionnelle. Cet outil permet un diagnostic plus précis et une communication plus claire avec le patient, améliorant ainsi la prise en charge et les soins.

Qu'est-ce que la dyspepsie fonctionnelle ?

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Dyspepsie fonctionnelle (DF)

Souvent appelée indigestion, c'est un trouble courant de l'interaction entre l'intestin et le cerveau (DGBI) caractérisé par des symptômes persistants dans la partie supérieure de l'abdomen, sans qu'il y ait de preuve d'une maladie structurelle.

La dyspepsie fonctionnelle est un trouble chronique et rémittent provenant de la région gastroduodénale supérieure, caractérisé par un ou plusieurs des symptômes suivants2 : 

La dyspepsie fonctionnelle est trouble de l'interaction entre l'intestin et le cerveau (DGBI) très répandu selon les critères stricts de Rome IV :

7% de la population mondiale est touchée par la dyspepsie fonctionnelle

Toutefois, la prévalence varie selon la zone géographique et les critères d’évaluation utilisés. 

La dyspepsie fonctionnelle est légèrement plus fréquente chez les femmes que chez les hommes et peut toucher des personnes de tous âges. Elle est souvent sous-diagnostiquée, car les symptômes peuvent se chevaucher avec d'autres troubles gastro-intestinaux tels que le reflux gastro-œsophagien (RGO) et le syndrome de l'intestin irritable (SII). Malgré sa forte prévalence, la dyspepsie fonctionnelle reste une affection difficile à prendre en charge en raison de sa physiopathologie complexe et multifactorielle.

Liste des noms de maladies synonymes :

  • Indigestion
  • Gastrite
  • Dyspepsie non ulcéreuse

Que dire à vos patients ?

Qu’est-ce qu’un DGBI ?
  • L’estomac et l’intestin parlent au cerveau, et le cerveau parle à l’intestin. 
  • Un trouble de l’interaction intestin-cerveau ou trouble fonctionnel intestinal (TFI)1 signifie que la communication entre les deux organes est perturbée, ce qui entraîne des symptômes. L’un des exemples de TFI le plus fréquent est la dyspepsie fonctionnelle (DF).
  • Dans le cas de la DF, le cerveau reçoit trop de signaux de l'estomac, qui sont normalement filtrés. 
Que dire à propos de la dyspepsie fonctionnelle ?
  • Une sensation de plénitude récurrente (souvent appelée ballonnements), des douleurs ou brûlures épigastriques et des difficultés à terminer un repas normal (satiété précoce) caractérisent ce trouble symptomatique appelé DF.
  • La DF correspond à un trouble de l’interaction intestin-cerveau. Ces deux organes ne communiquent pas correctement l’un avec l’autre.
  • La DF est une maladie basée sur les symptômes, sans atteinte tissulaire.
  • Les symptômes gastro-intestinaux ne surviennent pas seuls ; la DF est souvent accompagnée d’une forte détresse psychologique, comme l’anxiété, le stress ou la dépression.

Les deux sous-types de dyspepsie fonctionnelle

Il y a deux sous-types de dyspepsie fonctionnelle

  • Le SDE: Syndrome douloureux épigastrique
  • Le SDP: Syndrome de détresse postprandiale, qui est la forme la plus courante

Ces deux sous-types de dyspepsie se chevauchent parfois

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Explications

En l'absence de biomarqueur, le diagnostic repose sur des critères symptomatiques dont les critères de Rome IV sont les plus récents et les mieux validés. Les critères de Rome VI classent les patients en deux sous-groupes de dyspepsie fonctionnelle : 
- Le syndrome de détresse postprandiale (SDP), caractérisé par des symptômes liés à la prise de repas,
- le syndrome douloureux épigastrique (SPE), qui se réfère à une douleur épigastrique ou à une brûlure épigastrique qui ne survient pas exclusivement en période postprandiale et qui peut même être améliorée par l'ingestion d'un repas. 

https://theromefoundation.org/rome-iv/rome-iv-criteria/

Que savons-nous de sa physiopathologie ?

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Bien que les mécanismes physiopathologiques précis qui sous-tendent la dyspepsie fonctionnelle ne soient pas encore totalement compris et que l'étiologie précise de ce trouble reste difficile à cerner, des données récentes ont permis d'identifier les mécanismes physiopathologiques suivants1 :

  • Facteurs psychologiques : altération de l'interaction entre l'intestin et le cerveau : le stress et l'anxiété influencent la fonction intestinale et peuvent exacerber les symptômes.
  • Hypersensibilité et dysmotilité de l'estomac : sensibilité accrue des neurones sensoriels de l'estomac et du duodénum entraînant une douleur et une gêne exagérées en réponse à des stimuli normaux ; perturbations de la motilité gastrique, telles qu'un retard de la vidange gastrique et une altération de l'accommodation du fundus. 
  • Activation immunitaire intestinale : l'inflammation de bas grade, en particulier l'augmentation des mastocytes et des éosinophiles dans le duodénum, contribue aux symptômes.
  • Altération de la barrière intestinale : une barrière intestinale perturbée permet aux antigènes alimentaires et aux produits microbiens de pénétrer dans la muqueuse, ce qui peut déclencher une activation immunitaire.
  • Altération du microbiote duodénal : les modifications du microbiote intestinal peuvent contribuer à l'activation immunitaire, à l'hypersensibilité viscérale et à l'altération de la motilité.

Ces mécanismes interagissent de manière complexe, ce qui fait de la dyspepsie fonctionnelle un trouble à multiples facettes nécessitant une approche personnalisée du traitement.

Que dire à vos patients ?

Qu’est-ce que le microbiote ? 
  • On appelle microbiote les communautés microbiennes qui vivent à l’intérieur de l’intestin.
  • Un déséquilibre au sein du microbiote duodénal, appelé dysbiose, désigne la modification de la composition et des fonctions des micro-organismes vivant dans l’intestin.
  • Des aliments, des bactéries ou des substances se trouvant dans l’intestin peuvent parfois engendrer un dysfonctionnement de cet organe et déclencher des symptômes.
What is the management of Functional Dyspepsia ?
  • Functional Dyspepsia is a chronic disorder where symptoms can be managed through lifestyle changes, dietary therapy, medications and psychological therapies.
  • We will meet every 2-3 months to follow up the effectiveness of the treatment/strategy.

Comment poser un diagnostic sûr ?

Le diagnostic est basé sur les symptômes, conformément aux critères de Rome2:

Quand les symptômes ont-ils commencé ?

  • Présence d’au moins un symptôme suffisamment grave pour impacter les activités du quotidien au cours des 3 derniers mois et au moins pendant 6 mois avant le diagnostic
  • et aucune preuve de maladie structurelle (y compris après une endoscopie digestive haute) pouvant expliquer les symptômes.
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Facteurs de risque

  • Infection à Helicobacter pylori
  • Être une femme
  • Utiliser certains antidouleurs comme l’aspirine et l’ibuprofène"
  • Fumer
  • Anxiété ou dépression
  • Antécédents d’abus physiques ou sexuels durant l’enfance3

Liste des signes d'alarme à éliminer pour aider à confirmer le diagnostic

Liste des signes d'alarme à éliminer pour aider à confirmer le diagnostic

  • Survenue d’une dyspepsie à > 55 ans*
  • Preuve d’une hémorragie gastro-intestinale, dont méléna ou hématémèse
  • Dysphagie, en particulier si elle est progressive, ou odynophagie
  • Vomissements persistants
  • Perte de poids non intentionnelle
  • Antécédents familiaux de cancer gastrique ou de l’œsophage
  • Masse abdominale ou épigastrique palpable ou adénopathie anormale
  • Preuve d’une anémie par carence en fer après une analyse de sang5

*Dans les régions présentant un taux de prévalence élevé pour le cancer gastrique, comme l’Asie du Sud-Est, il convient d’abaisser la limite d’âge.

En cas de OUI, envisager des examens complémentaires

Adresser le patient à un gastro-entérologue pour évaluation

Quels sont les examents nécessaires ?

Recommandés en tant qu'examens de routine:

  • Test pour H. pylori recommandé en priorité : recherche d’antigène dans les selles, test respiratoire à l’urée
  • Évaluation des symptômes affectant la partie basse du tube digestif, car le SII et la DF se chevauchent souvent ; dans ce cas essentiel pour exclure la maladie cœliaque
  • Analyse des antécédents de consommation de drogue (en particulier les opiacés et le cannabis)

A envisager pour les cas spécifiques:

  • Endoscopie pour les patients constatant la survenue récente de symptômes et une perte de poids, et ceux de plus de 55 ans ; une biopsie doit être réalisée si le statut de H. pylori est inconnu au moment de l’endoscopie
  • Vidange gastrique (scintigraphie préférable) en cas de nausées/vomissements

Inutiles en tant qu'examens de routine: 

  • Analyse de sang

Prise en charge

La prise en charge de la dyspepsie fonctionnelle suit une approche multi-facettes visant à soulager les symptômes et à améliorer la qualité de vie.3,6,7

Quels principes généraux de prise en charge ?

1- Mode de vie

Des modifications du mode de vie comme:

  • Des ajustements alimentaires pour limiter l'ingestion de déclencheurs alimentaires potentiels (caféine, aliments épicés...
  • Une activité physique régulière
  • De bonnes habitudes de sommeil
  • La prise de probiotiques

pourraient contribuer à réduire les symptômes.

2- Traitement médicamenteux

Une approche médicamenteuse est privilégiée avec des suppresseurs d'acidité (inhibiteurs de la pompe à protons, IPP couramment utilisés) et des prokinétiques. 

3- Neuromodulateurs

Les neuromodulateurs, tels que les antidépresseurs tricycliques, sont utilisés pour moduler l'hypersensibilité viscérale, modifier la perception de la douleur et améliorer les symptômes dans les cas réfractaires.
 

4- Thérapie cognitivo-comportementale, hypnothérapie, gestion du stress

La thérapie cognitivo-comportementale, l'hypnothérapie et la gestion du stress pourraient jouer un rôle clé dans le contrôle des symptômes à long terme.

Que dire à vos patients ?

Questions les plus fréquentes sur la Dyspepsie Fonctionnelle

Vais-je guérir ? Est-ce chronique/à vie ? 

La DF peut être traitée, mais pas guérie. Un rétablissement est possible.

Suis-je susceptible de développer un cancer ?

La DF n’augmente pas le risque de développer un cancer.

Qu’est-ce qui provoque une DF ?

La DF est un trouble plurifactoriel causé par une altération de la sensibilité de l’intestin, de la motilité, du microbiote et de l’interaction intestin-cerveau.

L’alimentation peut-elle réduire les symptômes ?

L’alimentation joue un rôle et constitue un véritable allié.

Boire de l'eau aide-t-il à lutter contre la dyspepsie ?

L’eau n’améliore pas la DF.

Puis-je mourir d’une DF ?

La DF n’augmente pas le risque de décès

A quelle fréquence réaliser le suivi ?

Le suivi dépend de la réponse au traitement (beaucoup de non-répondeurs)

Un intervalle de 2 à 3 mois est conseillé pour le suivi ; augmenter l’intervalle en cas de réponse au traitement.

A l'initiative du patient

Découvrez votre aide mémoire pour diagnostiquer le SII

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Sensibilité à l’additif E466 : le rôle du microbiote

Nous ne sommes pas tous égaux devant les additifs. Et cette sensibilité variable selon les individus semble en grande partie reposer sur notre microbiote intestinal. Avec à la clé, la possibilité de prédire qui est sensible ou non, à partir d’une simple analyse des selles ?

Les (sidenote: Additifs alimentaires Substances principalement ajoutées aux aliments transformés ou à d’autres aliments produits à l’échelle industrielle, à des fins techniques, par exemple pour améliorer la sécurité, augmenter la durée de conservation ou modifier les propriétés sensorielles des aliments. Source: World Health Organization ) , s’ils améliorent la texture ou la durée de conservation de nombreux aliments, soulèvent des interrogations quant à la santé. Certains sont en effet soupçonnés de favoriser des maladies inflammatoires chroniques en agissant directement sur notre microbiote intestinal.

Néanmoins, les effets seraient très variables d’un individu à l’autre, selon un précédent essai randomisé contrôlé chez l’homme (étude FRESH, acronyme de Functional Research on Emulsifiers in Humans). L’additif alors utilisé : la (sidenote: Carboxyméthyl-cellulose sodique Le Carboxyméthyl-cellulose sodique (ou Gomme cellulosique, E 466) est un additif alimentaire dont les propriétés fonctionnelles sont multiples : affermissant, agent d’enrobage, agent de charge, émulsifiant, épaississant, gélifiant, humectant, stabilisant… Son usage est autorisé dans de très nombreux produits, des produits laitiers (crèmes, fromage frais ou fondu, desserts lactés…) aux poissons cuits, des glaces aux légumes séchés ou en conserve, des confiseries aux céréales du petit-déjeuner, de certaines viandes ou poissons aux moutardes et potages, des amuse-gueules à la bière ou certains spiritueux… Source : Food and Agriculture Organization of the United Nations   ) (ou E466).

Comment expliquer voire prédire cette sensibilité ? L’équipe 1 a poursuivi ses précédents travaux en faisant le pari du microbiote. Leur démonstration, réalisée in vitro, a reposé sur un mini réacteur de laboratoire capable de mimer le microbiote intestinal humain.

2 500 Plus de 2 500 additifs alimentaires, ainsi qu’une quarantaine de contaminants et toxiques naturels et les résidus de quelque 90 médicaments vétérinaires, ont été évalués par le Comité d'experts FAO/OMS sur les additifs alimentaires (JECFA). ²

Le réacteur prédit la sensibilité ou la résistance

Lorsque les chercheurs exposent, dans le bioréacteur, les microbiotes prélevés chez les volontaires de l’étude FRESH à la carbométhylcellulose, ils retrouvent la même différence de sensibilité que celle observée in vivo dans l’essai FRESH : les microbiotes des 2 mêmes individus, sur les 7 volontaires exposés au E466, sont perturbés lorsqu’on les expose à l’émulsifiant.

Autrement dit, le micro-réacteur reproduit fidèlement les variations inter-individuelles observées lors de l’essai FRESH et permet donc de prédire si un microbiote donné est sensible au E466, sans qu'il soit nécessaire de réaliser des études in vivo.

Une transplantation de flore transmet la sensibilité à des souris

Pour confirmer que cette flore intestinale était responsable de l’inflammation intestinale observée chez certains sujets de l’essai FRESH exposés au E466, les microbiotes de 2 individus « sensibles » au E466 et de 2 individus non sensibles ont été transplantés à des souris dénuées de flore.

Seules les souris ayant reçu la flore « sensible » et exposées à l’additif développaient une inflammation intestinale et une colite sévère :

  • raccourcissement du côlon
  • dommages sur la muqueuse
  • infiltration de macrophages 

Certaines bactéries, dont Adlercreutzia equolifaciens et Frisingicoccus caecimuris allaient de pair avec cette inflammation.

Une signature ?

Restait à savoir si une signature (sidenote: Métagénomique Méthode d'étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes (intestin, océan, sols, air, etc.) prélevés dans la nature (par opposition à des échantillons cultivés en laboratoire). Cette approche permet une description des gènes qui sont contenus dans l'échantillon, mais aussi un aperçu du potentiel fonctionnel d'un environnement. Source : Riesenfeld CS, Schloss PD, Handelsman J. Metagenomics: genomic analysis of microbial communities. Annu Rev Genet. 2004;38:525-52.
 
)
des selles aurait pu permettre de prévoir le résultat. L’entrainement d’un algorithme (avec les selles des 7 volontaires FRESH ayant consommé du E466) identifie 78 marqueurs fonctionnels de la sensibilité.

Certes, cette signature permet de prédire quels individus parmi les témoins de la même étude (non exposés au E466) sont sensibles au E466. Cependant, son application dans d’autres cohortes n’a pas été concluante.

Dans l’attente d’une éventuelle signature, cette étude souligne de nouveaux liens entre microbiote intestinal et alimentation saine. Et la nécessité de réduire les produits ultra-transformés, qui comme certains édulcorants, semblent mettre à mal la santé du microbiote intestinal.

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Actualités Gastroentérologie Médecine générale

Sensibles à l’E466 ? Votre microbiote a son mot à dire

Nous ne sommes pas tous égaux devant les additifs. Les travaux de chercheurs de l’Institut Pasteur sur l’additif E466, un émulsifiant très courant ajouté à certains aliments, montrent que cette sensibilité variable selon les individus dépendrait de notre microbiote intestinal.

Le microbiote intestinal Maladies métaboliques Quels aliments pour un microbiote équilibré ?
Photo LP: Sensibles à l’E466 ? Votre microbiote a son mot à dire

Émulsifiants, texturants, conservateurs, colorants,… : les (sidenote: Additifs alimentaires Substances principalement ajoutées aux aliments transformés ou à d’autres aliments produits à l’échelle industrielle, à des fins techniques, par exemple pour améliorer la sécurité, augmenter la durée de conservation ou modifier les propriétés sensorielles des aliments. Source: World Health Organization ) , très courants dans les produits ultra-transformés, ont envahi nos placards. Parmi eux, le E466, ou (sidenote: Carboxyméthyl-cellulose sodique Le Carboxyméthyl-cellulose sodique (ou Gomme cellulosique, E 466) est un additif alimentaire dont les propriétés fonctionnelles sont multiples : affermissant, agent d’enrobage, agent de charge, émulsifiant, épaississant, gélifiant, humectant, stabilisant… Son usage est autorisé dans de très nombreux produits, des produits laitiers (crèmes, fromage frais ou fondu, desserts lactés…) aux poissons cuits, des glaces aux légumes séchés ou en conserve, des confiseries aux céréales du petit-déjeuner, de certaines viandes ou poissons aux moutardes et potages, des amuse-gueules à la bière ou certains spiritueux… Source : Food and Agriculture Organization of the United Nations   ) , notamment utilisé dans les glaces et brioches industrielles. Le problème : plusieurs travaux ont alerté quant à son potentiel effet néfaste sur notre santé intestinale et métabolique.

Une étude récente 1 souligne également que la composition du microbiote pourrait être modifiée par la consommation répétée de ce type d’émulsifiants. Lors d’un essai clinique précédemment mené sur des volontaires sains (7 consommant du E466, et 9 témoins n’en consommant pas, pour comparer), des chercheurs avaient montré que nous ne sommes pas tous égaux face à cet additif : certaines personnes sont sensibles et leur microbiote intestinal est chamboulé, d’autres résistent et leur flore reste de marbre.

Comment expliquer cette différence ? Par la composition microbiennes au sein de l'intestinal, répondent les derniers travaux des mêmes chercheurs. Autrement dit, votre flore prédit si vous êtes l'un des chanceux qui digèrent sans souci des brioches industrielles moelleuses… ou si vous faites partie des personnes qui réagissent mal à l’E466 !

Additifs alimentaires : un impact sur le comportement ?

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Le microbiote intestinal prédit… et transmet !

Pour comprendre ces différences, les chercheurs ont utilisé un mini réacteur de laboratoire capable de mimer le microbiote humain et de tester in vitro l’effet du E466 sur différents microbiotes… en l’occurrence les selles des 7 volontaires de l’étude précédente. Et cela fonctionne ! Seules les selles des patients sensibles hyper-réagissent à l’émulsifiant alimentaire l’E466, permettant d’identifier les patients sensibles. Cette nouvelle approche pourrait à terme permettre d’anticiper la réponse du microbiote à certains émulsifiants.

Plus fort encore : la sensibilité aux effets du E466 s’avère transmissible à des souris, via des transplantations de microbiote fécale. Les flores issues de volontaires sensibles au E466 provoquent une colite sévère chez les animaux consommant l’émulsifiant, , illustrant de possibles conséquences directes sur la santé. Ces résultats montrent aussi à quel point les bactéries de notre microbiote peuvent jouer un rôle actif dans la réponse inflammatoire à certains additifs.

Une signature à affiner

Restait à savoir si l’analyse du seul ADN du cocktail de bactéries des selles suffitre à prédire la sensibilité au E466. Les chercheurs ont entraîné un algorithme à repérer des différences entre l’ADN des selles des volontaires sensibles et non-sensibles. Résultat : 78 marqueurs recensés. Ces marqueurs bactériens, présents dans le microbiote de certains individus, pourraient prédire la sensibilité aux émulsifiants. Mais cette signature n’est pas encore parfaite : elle fonctionne dans la cohorte de l’essai clinique mais son application à des sujets issus d’autres études n’a pas donné les résultats escomptés. De nouvelles études sont nécessaires pour valider cette signature dans des populations plus larges.

Dans l’attente d’une signature universelle qui pourrait faciliter le dépistage, et donc éviter des troubles intestinaux chez les personnes sensibles, peut-être est-il temps de se mettre au fait maison… d’autant que les additifs sont également mis en cause dans des troubles du comportement. Sans parler des microplastiques des barquettes des plats tout prêts. On ne le dira jamais assez : l’alimentation est notre première médecine ! Et une consommation plus raisonnée, avec des produits bruts, limiterait aussi l’exposition aux émulsifiants.

Les bactéries du microbiote sont donc bien plus qu’un simple reflet de notre alimentation : elles en sont aussi les actrices principales. Cette étude ouvre la voie vers une nutrition personnalisée, en fonction de la composition de notre microbiote, et pourrait contribuer à mieux prévenir certains désordres liés à la consommation répétée d’aliments ultra-transformés contenant des émulsifiants.

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Actualités

Nouveau consensus autour des tests du microbiote : au lieu d’opter pour une solution de fortune, prendre en compte le contexte clinique

Un groupe de 69 experts mondiaux parvient à un nouveau consensus qui redéfinit les règles applicables aux tests du microbiote en mettant l'accent sur une surveillance rigoureuse, une méthodologie exhaustive et des données essentielles sur les patients permettant aux médecins traitants d’obtenir des réponses fiables concernant la santé intestinale.

Photo HCPs: Clinical context over quick fix: the fresh consensus on microbiome testing

Au cours des dernières années, l'idée d'utiliser le microbiote intestinal comme outil de diagnostic a stimulé l'imagination de la communauté médicale. Pourtant, malgré l’intérêt croissant qu’ils suscitent, il n’a toujours pas été démontré que les tests du microbiote produisent un quelconque bénéfice clinique.

Un rapport 1 de consensus international publié récemment tente de faire la lumière sur cette question importante. Menée par 69 experts originaires de 18 pays, l'initiative a pour but de définir un cadre clair, fondé sur des données probantes, pouvant servir de guide aux médecins traitants et aux laboratoires souhaitant normaliser leurs pratiques en matière de tests du microbiote.

69 experts

18 pays

Un groupe d’experts idéalement constitué

Le groupe, composé de médecins, de microbiologistes, d'écologistes microbiens, de biologistes informatiques et de bioinformaticiens, a appliqué la (sidenote: Méthode de Delphes (ou méthode Delphi) processus structuré permettant d'aboutir à un consensus d'experts par le biais de plusieurs tours d'enquêtes anonymes et de retours d'information. )  (ou méthode Delphi) pour émettre un ensemble de recommandations. Les experts ont été répartis en cinq équipes spécialisées qui se sont penchées respectivement sur les principes généraux, les procédures à suivre avant les tests, l'analyse du microbiote, les normes de reporting et la pertinence clinique.

Chaque recommandation a fait l'objet d'un examen rigoureux et a été évaluée à l’aide d’une échelle de Likert en appliquant un seuil d'accord de 80 % permettant de garantir que seules les recommandations fiables seraient retenues.

Ce processus méticuleux a révélé le besoin de mesures d'assurance qualité, d’un travail d'équipe multidisciplinaire et d'une communication transparente sur les limitations actuelles des tests du microbiote. Il a également mis en évidence un point fondamental : les tests ne devraient pas être commandés directement par les patients, mais être effectués uniquement sur recommandation médicale.

Les leçons à retenir du consensus

Les quatre recommandations ci-dessous sont INCONTOURNABLES pour tout médecin souhaitant utiliser le microbiote dans sa pratique clinique. 

  • Bannir l’accès direct des consommateurs aux tests : le groupe d’experts déconseille fortement aux patients de demander eux-mêmes des tests de leur microbiote. Dans l'idéal, face au risque d’erreurs d’interprétation et d'interventions incorrectes, les tests devraient être effectués à l’initiative d’un médecin ou d’un professionnel de santé habilité s’appuyant sur une solide justification clinique. 
  • Oublier le rapport F/B : les experts recommandent d’oublier le  (sidenote: Rapport Firmicutes/Bacteroidetes indicateur autrefois consacré mais aujourd'hui contesté, comparant deux phyla bactériens majeurs de l'intestin, souvent associés (à tort) à la bonne santé ou à la maladie.   ) ,  faute de preuves suffisantes de son utilité. Ils recommandent d’en faire de même avec les indicateurs de dysbiose d’usage courant car ils n’ont pas été validés. Selon eux, il convient plutôt de mettre l'accent sur l'établissement du (sidenote: Établissement du profil taxonomique analyse d'une communauté microbienne par l'identification et la classification de ses membres à différents niveaux taxonomiques, tels que le genre ou l'espèce. )  complet par séquençage de l'ARNr 16S ou du métagénome entier.
  • Le contexte clinique est primordial : les rapports doivent inclure des  (sidenote: Métadonnées cliniques données essentielles sur le patient (par ex., âge, régime alimentaire, traitements) qui accompagnent un échantillon et aident à interpréter les résultats des tests du microbiote dans un contexte médical. )  détaillées (âge, IMC, régime alimentaire, traitements) afin de faciliter l'interprétation des résultats. De même, les comparaisons avec des témoins appariés en bonne santé sont indispensables. Aussi étrange que cela puisse paraître, les fournisseurs de tests ne devraient pas donner de conseils thérapeutiques après l’analyse, cela devant rester du ressort exclusif du médecin traitant.
  • Qualité et transparence : il est essentiel de faire appel à des laboratoires agréés de grande qualité utilisant des logiciels validés. Afin de garantir la transparence, il convient de rédiger un rapport détaillé couvrant l'ensemble du protocole de test, depuis la collecte de l'échantillon jusqu’à l'analyse elle-même.

Tout en reconnaissant que les tests du microbiote constituent une technique prometteuse pour certaines affections spécifiques, le groupe d’experts conclut qu’il n’existe pas encore de données suffisamment probantes pour en justifier l'utilisation clinique systématique. Il est donc essentiel de poursuivre les recherches, notamment en menant des études fiables sur l’exactitude du diagnostic.

La formation des médecins à la science du microbiote et à l'interprétation des rapports est également essentielle pour l'intégration future. Ce consensus constitue une feuille de route fondamentale pour le développement et la mise en œuvre responsables des tests du microbiote dans la pratique clinique.

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Actualités Gastroentérologie

Étude inédite : chaque maison possède son propre microbiome de l’eau

Une équipe de chercheur vient de mettre en évidence que dans chaque habitation, le microbiote de l’eau du robinet possède une signature qui lui est propre. Mais la présence concomitante de bactéries pathogènes et de gènes de résistance aux antibiotiques interroge…

Le microbiote intestinal

Vous pensez que l’eau qui coule au robinet de l’évier de votre cuisine est la même que celle de votre douche, et la même que celle qui coule chez votre voisin ? Et vous considérez qu’elle est globalement sûre ? Détrompez-vous ! 

Leurs microbiotes – oui, l’eau contient aussi des ensembles diversifiés de microorganismes ! – sont significativement différents, et ces populations sont associées à des risques pour la santé mais ce n’est pas tout, ces populations partagent des mécanismes de résistance aux antibiotiques, affirme une nouvelle étude 1 publiée dans Nature.

Microorganismes : de précieux microbes pour la santé humaine

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Peu d’études sur la qualité de l’eau, directement au robinet

Habituellement, la grande majorité des microorganismes présents dans l’eau potable ne sont pas dangereux pour l’homme. En tant que partie intégrante de notre exposome, ils peuvent même participer à l’équilibre de notre microbiote intestinal. Mais l’eau potable est aussi un milieu pouvant contenir des gènes de résistance aux antimicrobiens (on parle de « résistome » de l’eau) et des microorganismes pathogènes. 

Si, à l’échelle des villes, la qualité de l’eau potable des réseaux de distribution est très surveillée, on sait peu de choses sur celle qui arrive au niveau des robinets, à l’intérieur même des habitations. Certaines spécificités (diamètre réduit des tuyaux, températures plus élevées, stagnation nocturne, type de chauffe-eau…) peuvent pourtant influencer les communautés bactériennes qui y vivent.

L’eau potable, source de vie… et de micro-organismes

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Pour mieux connaître ces particularités, des chercheurs ont recruté les habitants de 11 foyers de Saint-Louis dans le Missouri (États-Unis). Ils leur ont demandé de prélever, durant une semaine, l’eau coulant aux robinets de leur cuisine et de leur douche afin d’examiner les variations, notamment quotidiennes, de microbiote et de résistome.

Transferts de gènes de résistance, une bombe à retardement

L’analyse bactérienne des eaux de robinet a permis d’identifier une souche appelée Pseudoxanthomonas mexicana porteuse d’un gène de résistance aux antibiotiques de la famille des bêta-lactamines. Si cette bactérie a retenu l’attention des auteurs de l’étude, c’est que plusieurs études suggèrent que Pseudomonas aeruginosa résistante aux bêta-lactamines, une bactérie pathogène très répandue et mise en cause dans les infections nosocomiales, pourrait avoir acquis son gène de résistance… de Pseudoxanthomonas mexicana. Pour les chercheurs, il existe un risque non négligeable que l’utilisation d’eau potable contaminée par Pseudoxanthomonas mexicana entraîne des transferts du gène de résistance vers les bactéries du microbiote humain.

Cette étude éclaire sur l’importance de notre exposome et révèle l’existence d’un microbiote unique de l’eau domestique. Mieux le comprendre ouvre des perspectives pour une eau plus sûre, mais des recherches à plus grande échelle sont à ce stade nécessaires.

Des découvertes majeures qu’il est important de considérer

De façon surprenante, les résultats des analyses indiquent que l’eau de chaque foyer possède une signature microbienne spécifique, différente des autres foyers. Et le microbiome de l’eau de la cuisine est différent de celui de la douche.

50 % Une bactérie responsable d’infections de la peau, était présente dans 50 % des foyers

Les chercheurs ont par ailleurs identifié la présence de différents microorganismes pathogènes, notamment dans l’eau de la douche. Par exemple, Mycobacterium chelonae, une bactérie responsable d’infections de la peau, était présente dans 50 % des foyers.

Mais c’est la présence de gènes de résistance aux antimicrobiens, dont le profil était cette fois similaire d’un foyer à l’autre, qui a le plus interpellé les chercheurs. Ceux-ci en ont retrouvé 162, dont certains pouvant conférer une résistance à l'aztréonam et au méropénem, deux antibiotiques majeurs, utilisés pour traiter les infections récalcitrantes.

Pour les scientifiques, il apparaît fondamental de mettre en place une meilleure surveillance du résistome à l’échelle des foyers. Mais aussi de mieux surveiller les microorganismes pathogènes. Car il existe un risque non négligeable : celui que des gènes de résistance soient transférés aux pathogènes de l’eau et aux bactéries de notre microbiote.

Le microbiote intestinal

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A chaque type d’infertilité sa dysbiose vaginale ?

Le rôle du microbiote vaginal dans l’infertilité se confirme : non seulement la dysbiose varie avec le type d’infertilité, mais des co-infections bactériennes et virales pourraient contribuer cumulativement à l'infertilité.

L’infertilité, qui touche environ 15 % des couples en âge de procréer, semble fortement liée à la dysbiose du microbiote vaginal.

Or, peu d’études s’étaient jusqu’alors penchées sur les différences de microbiote vaginal entre les femmes présentant une infertilité primaire (incapacité à tomber enceinte après 12 mois d’essai) et secondaire (difficulté à retomber enceinte après une première grossesse).

D’où des travaux récents 1 visant à caractériser le microbiote vaginal dysbiotique et sa relation avec l'infertilité chez 136 Mexicaines diagnostiquées avec une infertilité primaire (58 femmes) ou secondaire (78).

17,5 % L’infertilité concerne environ 17,5% de la population adulte – soit environ une personne sur six dans le monde –. Sa prévalence varie peu d’une région à l’autre ou selon la richesse d’un pays. ²

48 millions L’infertilité concerne 48 millions de couples dans le monde. Les causes, parfois inexpliquées, incluent des facteurs hormonaux, génétiques ou environnementaux affectant les hommes comme les femmes. ³

L’effet de l’âge

L’analyse de prélèvements vaginaux montre que l’âge est le premier facteur expliquant la typologie de la flore vaginale des femmes de l’étude.

L’âge se révèle en outre positivement corrélé avec l'infertilité primaire (les patientes les plus âgées étaient plus touchées) et inversement corrélé à l'infertilité secondaire.

Or, comme le rappellent les chercheurs, le microbiote vaginal évolue au long de la vie, avec notamment un recul des Lactobacillus protecteurs et une sensibilité accrue aux dysbioses. Ainsi, les chercheurs font l’hypothèse (qui reste à valider) que les évolutions de microbiote pourraient expliquer les difficultés de conception, naturelle ou assistée, et donc la prévalence accrue de l’infertilité primaire chez les femmes plus âgées.

Prédire le risque de prématurité via le microbiote vaginal ?

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Deux infertilités, deux microbiotes

Par ailleurs, l’analyse des microbiotes vaginaux montre une moindre prédominance des lactobacilles chez les femmes touchées par l’infertilité, comparativement à des flores de femmes fertiles. 

Mais surtout, elle met en évidence des différences entre les femmes souffrant d’infertilité primaire et secondaire.

  • Chez les femmes souffrant d’infertilité primaire, les bénéfiques Lactobacillus crispatus et Lactobacillus gasseri dominent, mais les chercheurs notent également une proportion élevée de Gardnerella vaginalis et de Fannyhessea vagina, des bactéries co-impliquées dans la vaginose. Et la présence de G. vaginalis est fortement associée à celle du HPV.
  • En cas d’infertilité secondaire, la présence de G. vaginalis va de pair avec celle du virus d'Epstein-Barr voire celui Haemophilus influenzae. Des bactéries sexuellement transmissibles, dont certaines déjà associées à l’infertilité, sont également plus présentes : Ureaplasma parvum, Ureaplasma urealyticum, Mycoplasma hominis et Chlamydia trachomatis.

Deux voies de recherche

Ces résultats suggèrent que la composition du microbiote vaginal pourrait jouer un rôle décisif dans l'infertilité, et ouvrir la voie à des thérapeutiques personnalisées reposant sur les modifications du microbiote vaginal.

Par ailleurs, les co-infections bactériennes et virales semblent exacerber la dysbiose et contribuer cumulativement à l'infertilité. D’où l’intérêt d'études qui incluent non seulement des évaluations bactériennes, mais aussi virales et fongiques, pour comprendre pleinement le rôle du microbiote dans l'infertilité.

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Infertilité : des bactéries et des virus vaginaux co-impliqués

Chaque type d’infertilité aurait ses propres déséquilibres en termes de microbiote vaginale. Et ses propres duos de virus et bactéries qui participeraient, de concert, à la dysbiose… et peut-être aux difficultés à tomber enceinte ?

Le microbiote vaginal
Photo LP: Infertilité : des bactéries et des virus vaginaux co-impliqués

L'infertilité, sujet sensible qui touche plus de 15 % des couples en âge de procréer, pourrait (aussi) trouver sa source dans notre microbiote vaginal !

17,5 % L’infertilité concerne environ 17,5% de la population adulte – soit environ une personne sur six dans le monde -. Sa prévalence varie peu d’une région à l’autre ou selon la richesse d’un pays. ²

48 millions L’infertilité concerne 48 millions de couples dans le monde. Les causes, parfois inexpliquées, incluent des facteurs hormonaux, génétiques ou environnementaux affectant les hommes comme les femmes. ³

L’idée, déjà évoquée dans la fécondation in vitro (FIV) ou l’infertilité en général, est confortée par une étude 1 menée auprès de 136 Mexicaines diagnostiquées avec une infertilité primaire (pas de grossesse après 12 mois de tentatives) ou secondaire (difficulté à retomber enceinte après une première grossesse).

Les chercheurs ont passé au crible les prélèvements vaginaux de ces femmes pour mieux comprendre ce qui se passe vraiment dans leur microbiote, et le lien avec la fertilité.

Plus d’années, moins de lactobacilles

Tout d'abord, l’âge se révèle être un facteur crucial. Plus une femme est âgée, plus elle risque de souffrir d’infertilité primaire, tandis que l’infertilité secondaire semble davantage toucher les femmes plus jeunes. Or, on sait depuis longtemps que le microbiote vaginal évolue avec l'âge, les bactéries bénéfiques du vagin (les fameux Lactobacillus) perdant progressivement leur hégémonie et concédant du terrain à des bactéries moins favorables. Pour les chercheurs, ces changements pourraient en partie expliquer pourquoi il devient plus difficile de tomber enceinte naturellement (ou même avec assistance médicale), lorsque l’on commence à avoir quelques décennies au compteur.

Deux infertilités, deux microbiotes différents

Mais surtout, les chercheurs montrent que les femmes souffrant d’infertilité primaire et celles diagnostiquées pour une infertilité secondaire présentent des microbiotes vaginaux différents.

  • Chez les femmes souffrant d’infertilité primaire, les Lactobacillus bénéfiques, bien qu’encore majoritaires, ont perdu de leur superbe au profit de bactéries dont notre vagin se passerait bien, comme le duo Gardnerella vaginalis et Fannyhessea vagina, impliqué dans des (sidenote: Vaginose bactérienne La vaginose bactérienne (VB) est un type d'inflammation vaginale causée par un déséquilibre des espèces de bactéries qui sont normalement présentes dans le vagin. ) . Mais ce n’est pas tout : la présence de G. vaginalis semble être fortement associée à l’infection par le papillomavirus humain (HPV). De sacrées associations de malfaiteurs !
  • Chez les femmes souffrant d’infertilité secondaire, la flore est également perturbée, mais différemment : G. vaginalis va souvent de pair avec le virus de l’herpès ; des bactéries responsables d’infections sexuellement transmissibles sont également présentes.

D’où l’importance, pour les auteurs, d’avoir non seulement les bactéries pathogènes en ligne de mire, mais aussi les virus car ils semblent travailler de concert, avec un impact cumulatif sur l’infertilité. L’espoir reste néanmoins de mise : le microbiote vaginal devrait permettre de mieux comprendre l’infertilité et de proposer des traitements plus personnalisés.

Le microbiote vaginal

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L’entacapone et l’intestin : des effets cachés sur le traitement de la maladie de Parkinson

Chaque comprimé que nous prescrivons produit plus d’effets que nous ne le pensons. L'entacapone, un médicament bien établi contre la maladie de Parkinson, ne se contente pas d’aider les patients, il remodèle leur microbiote intestinal. Face à des bactéries comme E. coli qui ont trouvé de nouvelles façons de proliférer, ce médicament modifierait-il sa propre efficacité ?

C’est ici, au cœur du labyrinthe de l’intestin humain que l'entacapone, un médicament contre la maladie de Parkinson, livre une guerre pour laquelle il n’a pas été conçu. À l’occasion d’une étude qui pourrait nous amener à revoir totalement notre conception des interactions entre les médicaments et le microbiote, des chercheurs ont découvert l’impact inattendu de l'entacapone sur les communautés bactériennes intestinales, dont les conséquences vont bien au-delà de ses effets neurologiques escomptés.

L’entacapone ou l’art de manipuler le fer

L'entacapone est depuis longtemps considéré comme une aide essentielle pour les patients atteints de la maladie de Parkinson, car il prolonge l’efficacité de la lévodopa en inhibant sa dégradation. Pourtant, lors de son voyage dans le tube digestif, l’entacapone se livre à une remarquable manipulation moléculaire. En effet, l'entacapone se lie au fer avec une efficacité impressionnante, agissant comme un chélateur capable de réduire la quantité de fer disponible dans l'environnement intestinal.

Le fer, un nutriment fondamental tant pour les humains que pour les microbes, devient soudainement plus rare. Cette pénurie se répercute sur le microbiote, affamant sélectivement certaines populations bactériennes tout en favorisant la prolifération de certaines autres.

La présente étude 1, publiée récemment dans la revue scientifique Nature Microbiology, révèle que certaines bactéries comme Escherichia coli prospèrent dans ces conditions, tandis que d’autres espèces telles que Bacteroides uniformis et Clostridium sensu stricto, périclitent.

Cette modification subtile mais profonde de l’équilibre microbien expliquerait en partie pourquoi tous les patients ne répondent pas de la même manière au traitement par l’entacapone. La présence ou l’absence d’espèces bactériennes essentielles, dont beaucoup jouent un rôle crucial dans le métabolisme des médicaments et la régulation de la fonction immunitaire, déterminerait si le médicament exerce l’effet escompté ou, au contraire, s’il produit des effets secondaires indésirables.

Un risque caché : l'entacapone et le développement de microbes résistants

Le résultat le plus inattendu et le plus troublant de cette étude est sans doute la sélection de souches bactériennes virulentes et résistantes aux antibiotiques. La privation de fer provoquée par l'entacapone semble favoriser les microbes dotés d'adaptations génétiques leur permettant de survivre dans ces conditions difficiles.

Parmi eux figurent des bactéries porteuses de gènes associés à la résistance aux antimicrobiens (RAM), ce qui soulève la possibilité d’un risque accru d'infections résistantes aux médicaments en cas d’utilisation à long terme de l'entacapone. Cette découverte revêt une importante toute particulière dans un contexte de crise mondiale liée au développement de la résistance aux antimicrobiens

S’il était démontré que l’entacapone alimente indirectement un environnement favorisant la prolifération de bactéries résistantes, cela compliquerait encore davantage le traitement de la maladie de Parkinson et la santé des patients. Dans ces conditions, les médecins devraient-ils analyser la composition du microbiote avant de prescrire de l’entacapone ? Certaines thérapies concomitantes, telles que l’administration ciblée de suppléments de fer, pourraient-elles atténuer ces effets ? Ces questions méritent d’être explorées de toute urgence.

Implications thérapeutiques : repenser le traitement de la maladie de Parkinson

Alors que l’on commence à peine à comprendre l’interaction complexe entre les médicaments et le microbiote, cette étude met en lumière la nécessité d’adopter une approche plus globale du traitement de la maladie de Parkinson.

Une intervention prometteuse consiste à optimiser le moment de l’administration des suppléments de fer. En effet, le fer par voie orale pouvant réduire l'absorption de l'entacapone, l’administration de suppléments à un moment différent de la journée, ou encore le développement de systèmes d'administration ciblés permettant de reconstituer les réserves de fer dans l'intestin, pourraient rétablir l'équilibre microbien sans interférer avec l'efficacité du médicament.

En outre, des approches de médecine de précision permettraient d’affiner le traitement par l’entacapone en tenant compte de la composition unique du microbiote de chaque malade. Si certains profils microbiens permettaient de prédire un risque accru de dysbiose, les médecins pourraient ajuster les doses de médicaments ou envisager des traitements alternatifs.

Cette étude nous rappelle avec force qu'aucun médicament n'agit de manière isolée. Au-delà de leurs effets sur le corps humain, les médicaments modifient l'écosystème du microbiote, parfois d'une manière que nous commençons à peine à comprendre. L'entacapone, jadis considéré exclusivement comme un outil de traitement neurologique, serait en réalité un acteur clé de la refonte du microbiote intestinal, pour le meilleur et pour le pire.

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Un médicament contre la maladie de Parkinson peut-il altérer l’équilibre des bactéries intestinales ?

Et si un comprimé destiné aux patients atteints de la maladie de Parkinson avait également pour effet de modifier les bactéries de leur intestin ? Des chercheurs 1 ont découvert que c’est justement le cas de l'entacapone, qui favoriserait la prolifération de certaines bactéries au détriment d’autres. Cet effet pervers a-t-il une incidence sur l’efficacité du médicament ?

Le microbiote intestinal Troubles neurologiques

Chaque jour, des millions de malades prennent des médicaments en croyant fermement qu’ils n'agissent que sur la pathologie pour laquelle ils ont été conçus. Et si un comprimé pris pour traiter la maladie de Parkinson modifiait également le fragile équilibre des bactéries intestinales ? Une nouvelle étude met en évidence un lien inattendu entre l'entacapone, un médicament d’usage courant contre la maladie de Parkinson, et des modifications de la communauté de bactéries vivant dans nos intestins, autrement dit le microbiote intestinal.

8,5 millions Plus de 8,5 millions de personnes étaient atteintes de la maladie de Parkinson en 2019 dans le monde. ²

329 000 décès En 2019, la maladie de Parkinson a causé 329 000 décès, soit une augmentation de plus de 100 % depuis 2000. ²

Un médicament qui produit plus d’effets que prévu

L'entacapone est souvent prescrit aux patients atteints de la maladie de Parkinson car il prolonge la durée d'action de leur médicament de base, la lévodopa. Mais des chercheurs ont découvert qu'il a également un autre effet : il se lie au fer contenu dans l'intestin, bloquant ainsi l’accès des bactéries à ce nutriment essentiel. Cela modifie l'équilibre naturel du microbiote en favorisant la prolifération de certaines bactéries, notamment de l’Escherichia coli (E. coli).

Vous avez sans doute entendu parler d'E. coli dans le contexte d’intoxications alimentaires, mais en réalité nos intestins abritent de nombreux types d'E. coli parfaitement inoffensifs. Cependant, lorsqu’ils prolifèrent, ils peuvent causer des troubles digestifs voire des problèmes de santé à long terme. La présente étude suggère que les personnes prenant de l'entacapone subiraient des effets indésirables sur leur santé intestinale en raison des perturbations de la communauté bactérienne liées à l'impact du médicament sur la disponibilité du fer.

Maladie de Parkinson : définition

La maladie de Parkinson est une maladie dégénérative du cerveau associée à des troubles moteurs (mouvements lents, tremblements, rigidité et déséquilibre) et à d’autres complications, notamment des troubles cognitifs, de la santé mentale, du sommeil ainsi que des douleurs et des troubles sensoriels. 2 

Des dysfonctionnements gastro-intestinaux sont également une caractéristique importante de la maladie et une dysbiose intestinale a été observée chez ces patients. De nombreuses études montrent que via l’axe intestin-cerveau, le microbiote intestinal jouerait un rôle important dans le risque et la progression de la maladie. 3

En quoi est-ce important ?

Le microbiote intestinal n'est pas seulement responsable de la digestion, il joue également un rôle dans le métabolisme des médicaments. Certaines bactéries intestinales sont capables de décomposer les médicaments avant même qu'ils n'atteignent la circulation sanguine, tandis que d’autres peuvent altérer l'efficacité d'un traitement. Comme l’entacapone détermine quelles sont les bactéries qui prospèrent et quelles sont celles qui périclitent, son efficacité est susceptible de varier d'un malade à l'autre.

Ainsi, deux personnes prenant la même dose d'entacapone peuvent répondre différemment au médicament. Par exemple, l'une obtiendrait d'excellents résultats, tandis que le traitement serait moins efficace chez l’autre à cause des interférences provoquées par les bactéries intestinales. Il est donc essentiel de mieux comprendre ces interactions afin d’améliorer les traitements futurs, en veillant notamment à ce que les médicaments produisent les effets escomptés sans nuire à la santé intestinale.srupting gut health.

La prévalence de la maladie a doublé au cours des 25 dernières années.

Les hommes sont plus touchés que les femmes. 2

Et maintenant ?

Que peut-on faire ? Les chercheurs suggèrent que si l’on trouvait un moyen d'équilibrer le microbiote, cela aiderait les patients atteints de la maladie de Parkinson à se prémunir contre ces problèmes potentiels. L'une des idées qu’ils proposent consisterait à ajuster les concentrations de fer dans l'intestin, par exemple grâce à des suppléments pris séparément de l'entacapone, afin d'empêcher que des bactéries comme E. coli ne subissent des changements excessifs.

Pour l'instant, les professionnels de santé sont invités à tenir compte du microbiote intestinal lorsqu'ils prescrivent de l'entacapone. Si des recherches supplémentaires restent nécessaires pour mieux comprendre comment prévenir ces changements, cette étude ouvre la voie à une approche thérapeutique plus personnalisée permettant aux médecins d’adapter les traitements en fonction des bactéries intestinales de chaque individu.

Notre microbiote est un univers vaste et complexe. Plus nous en saurons sur son rôle, et mieux nous comprendrons pourquoi il est tout aussi important de prendre soin de notre santé intestinale que de traiter la maladie elle-même.

L’axe intestin-cerveau : Quel est le rôle du microbiote ?

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Rhinite et asthme : le mycobiote nasal en cause ?

Les personnes jeunes souffrant de maladies respiratoires chronique, telles que l’asthme et la rhinite, présentent une altération de leur mycobiote nasal, selon une nouvelle étude. Cette découverte – une première – pourrait ouvrir la porte à des traitements innovants.

Si le lien étroit entre les bactéries du microbiote ORL et les maladies respiratoires chroniques est désormais bien documenté, on connaît peu de choses sur le rôle joué dans ces affections par les champignons. Des études indiquent que les communautés de champignons sont impliquées dans l’asthme, mais peu se sont penchées spécifiquement sur celles présentes dans les cavités nasales.

Des chercheurs de l’Université de Porto au Portugal 1 ont décidé de creuser le sujet en comparant les mycobiomes nasaux de personnes souffrant de rhinite allergique et/ou d’asthme à ceux de personnes en bonne santé. Pour effectuer cette comparaison, ils ont prélevé des échantillons dans les narines de 339 enfants et jeunes adultes portugais répartis en 4 groupes en fonction de leur état de santé :

  • rhinite allergique (47 personnes)
  • rhinite allergique + asthme (155)
  • asthme (12)
  • aucune maladie respiratoire – groupe contrôle (125)

Un environnement fongique significativement différent

Les scientifiques ont ensuite déterminé la composition taxonomique, les interactions, la diversité fonctionnelle et les voies métaboliques des champignons en utilisant des techniques de séquençage de nouvelle génération.

Résultats : on retrouve chez tous les participants 14 genres différents de champignons appartenant à deux familles, Ascomycota et Basidiomycota. Parmi ces genres, des champignons comme Aspergillus, Candida ou Penicillium, connus pour être des allergènes ou des pathogènes opportunistes, ont pu être identifiés. Ceci prouve, selon les chercheurs, que les fosses nasales sont un réservoir majeur d’agents susceptibles de causer la rhinite allergique ou l’asthme.

Autre découverte : chez les participants souffrant de maladies respiratoires, le mycobiote nasal est fortement modifié par rapport au groupe contrôle, avec des communautés fongiques plus riches et plus diversifiées. Les différences entre les différents groupes de malades sont en revanche minimes. 

Par ailleurs, les réseaux d'interaction fongiques sont également plus complexes et plus connectés, en particulier en cas de cumul d’une rhinite et d’un asthme, ce qui suggère une influence des champignons sur l’environnement immunitaire du nez.

L’allaitement ralentit la maturation du microbiote nasal, et c’est bon contre l’asthme

Selon une étude 2 récente menée sur plus de 2000 enfants de moins d’un an, l’allaitement maternel exclusif durant plus de trois mois soutient une maturation graduelle du microbiote intestinal de l’enfant, et de celui de ses cavités nasales. Cette colonisation lente, pas à pas, des muqueuses par les bactéries protègerait le bébé des infections respiratoires et réduirait son risque d’asthme. Un sevrage prématuré favoriserait au contraire l’acquisition trop précoce de certains microorganismes, comme Ruminococcus gnavus, dont la présence est liée à un risque d’asthme majoré. 

Cibles thérapeutiques en vue

Fait intéressant : dans le mycobiote des personnes souffrant à la fois d’asthme et de rhinite, trois voies métaboliques étaient particulièrement abondantes. Elles concernaient la production de 5-aminoimidazole ribonucléotide ou AIR, un intermédiaire de la biosynthèse de la purine qui intervient dans le métabolisme énergétique et la synthèse de l’ADN. Cet AIR pourrait, selon les chercheurs, constituer une future cible thérapeutique pour le diagnostic et le traitement des maladies respiratoires allergiques. 

Mais avant d’envisager de nouvelles thérapies, d’autres recherches visant à mieux connaître le rôle joué par les champignons dans les inflammations respiratoires seront nécessaires. Elles devraient impliquer la mise en place d’études longitudinales, comportant plusieurs prélèvements dans le temps, et une meilleure prise en compte des variables spécifiques aux malades : gravité de la maladie, traitements, etc.  

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Actualités Otorhinolaryngologie Médecine générale