Le discours du Pr. Sørensen
Résistance aux antibiotiques et microbiote intestinal du nourrisson:
Je vous remercie beaucoup de cette présentation et de m'avoir donné l'occasion de m'adresser à vous aujourd'hui.
Je pense que nous reprenons, en fait, nos recherches suivent tout à fait ce que nous venons d'entendre, parce que nous avons étudié une cohorte d'enfants danois.
En fait, ce n'est pas tant le début de cette recherche pour comprendre la résistance aux antibiotiques, mais nous voulions comprendre comment le microbiote tôt dans la vie façonne la santé plus tard, et plus particulièrement dans ce cas-ci, en examinant l'asthme, les allergies et ces types de maladies.
Nous étudiions déjà le microbiote au début de la vie, puis nous avons vu des résultats apparaître, qu'une grande partie de la résistance aux antibiotiques se trouve en fait dans un réservoir du microbiote intestinal des adultes.
Nous étions curieux de nous demander à quel moment cela allait être établi.
Est-ce quelque chose que nous acquérons tard dans la vie ?
Ou si nous regardions déjà ces enfants ?
En fait, nous suivions ces enfants depuis leur naissance. Les données que nous examinions dataient de l'époque où les enfants avaient 1 an, et c'est ce que je vais présenter.
La question que nous nous posions était la suivante : y a-t-il déjà des enfants danois résistants aux antibiotiques à l'âge d'un an ? Et la réponse triste et courte est oui.
Il y en a déjà beaucoup à ce moment-là. Ce que nous avons trouvé, ce qui nous a surpris, c'est qu'en bas du graphique, vous voyez la répartition des enfants et le nombre de gènes de résistance aux antibiotiques qu'ils ont. Ainsi, certains enfants n'ont pas beaucoup de gènes de résistance aux antibiotiques, alors qu'en réalité, une autre population d'enfants en a beaucoup. Et non seulement ils avaient de nombreux types différents de gènes de résistance aux antibiotiques, mais ils les avaient également en plus grande abondance.
Les enfants ont été divisés en deux groupes. Par conséquent, nous étions curieux d'essayer de comprendre ce qui détermine vraiment chez l'enfant si tôt, s'il avait beaucoup ou pas tant de résistance aux antibiotiques. Comme nous avons suivi cette cohorte très, très attentivement avec beaucoup de données, nous pourrions en fait essayer d'examiner certaines de ces choses.
Le cercle autour de ce cercle est en quelque sorte toutes ces métadonnées que nous avons, et l'une d'entre elles peut en être la cause. Ce que nous trouvons moins surprenant, c'est que si les enfants ont été abonnés à des antibiotiques pour le traitement, assez souvent au début de la vie, pour traiter les maladies des voies respiratoires par exemple, alors ils avaient un risque beaucoup plus élevé d'être dans le groupe d'enfants qui avaient beaucoup de résistance aux antibiotiques. Il y avait un lien très clair là-bas. Ce que nous avons également découvert, c'est que si les mères pendant la grossesse, ces enfants ont maintenant un an, si elles prenaient des antibiotiques, alors l'enfant, un an plus tard, était beaucoup plus susceptible d'avoir beaucoup de résistance aux antibiotiques par rapport à moins.
Même les mères qui prennent des antibiotiques pendant la grossesse semblent être très importantes pour cela. Nous avons également trouvé d'autres corrélations qui sont peut-être moins évidentes. Les personnes vivant dans une zone urbaine ont plus de risques d'avoir une résistance aux antibiotiques que les personnes vivant dans une zone rurale.
Si vous avez un animal de compagnie dans votre maison, vous avez moins de risque d'avoir une résistance aux antibiotiques, il y a donc de nombreux facteurs. Cela devient de plus en plus compliqué, mais nous avons vu une chose très claire, pas si surprenante.
Si vous prenez des antibiotiques, votre enfant a un risque beaucoup plus élevé. En fait, nous voyons beaucoup d'antibiotiques être prescrits aux enfants. Cependant, si vous regardez ensuite du côté droit, vous voyez un diagramme montrant à quels antibiotiques ils sont résistants. Les rouges sont les antibiotiques réellement prescrits à la mère ou à l'enfant. Mais nous voyons les deux dominants, ceux contre lesquels nous trouvons le plus de résistance, ils n'ont jamais été prescrits, ni à l'enfant, ni à la mère.
C'est pour montrer que ces choses sont moins simples à comprendre que ce que nous voyons assez souvent.
Nous avons donc essayé d'enquêter davantage. Nous avons pensé qu'une explication à cela pourrait être que nous avons une co-sélection. Ce que nous savons souvent, c'est que la résistance aux antibiotiques n'est pas la seule. C'est en fait dans le génome avec d'autres résistances aux antibiotiques.
Nous avons commencé à chercher à savoir s'il y avait une cosélection. C'est ce que montre ce graphique. C'est probablement très difficile pour vous de le voir ici, mais ce que nous avons découvert très clairement, c'est que les deux gènes de résistance aux antibiotiques très abondants sont co-localisés avec la résistance aux antibiotiques avec laquelle ils sont traités. Ce que nous voyons ici, c'est que lorsque nous donnons un antibiotique, et peu importe lequel, cela provoque la réunion de tout un ensemble de gènes de résistance aux antibiotiques.
Lorsque nous avons examiné de plus près la cosélection ici pour voir non seulement quels résistants aux antibiotiques étaient trouvés ensemble, mais aussi pourquoi ils étaient également associés à d'autres gènes, nous avons constaté qu'ils étaient assez souvent avec des gènes virulents. En fait, lorsque vous sélectionnez la résistance aux antibiotiques avec des antibiotiques, non seulement les bactéries deviennent résistantes aux antibiotiques, mais elles deviennent également un agent pathogène plus grave. En fait, ils acquièrent en même temps des gènes qui en font un agent pathogène plus persistant et plus virulent. Enfin, ce que nous avons vu, c'est qu'ils étaient également co-localisés avec des gènes mobiles.
Ce que les bactéries peuvent faire, ce qui est fantastique quand on y pense, c'est qu'elles peuvent échanger des gènes entre elles. Si une bactérie rencontre une autre bactérie et dit : « Oh, j'aime la couleur de vos yeux », alors elle peut la changer, et elle a alors la même couleur.
Bien sûr, ils n'ont pas d'yeux, mais ils ont des gènes de résistance aux antibiotiques, de sorte qu'ils peuvent échanger un trait d'une bactérie à une autre. Et il s'agit souvent d'un élément génétique mobile. Et ce que nous avons montré très clairement ici, c'est que la résistance aux antibiotiques est assise chez ces enfants ensemble dans de gros paquets sur des éléments génétiques mobiles afin qu'ils puissent l'échanger dans l'intestin entre une bactérie ou une autre.
Donc, même s'il ne s'agit peut-être pas d'une bactérie potentiellement pathogène dans l'intestin des enfants, peut-être que s'ils attrapent des bactéries pathogènes, ils peuvent les acquérir là-bas. Mais ce n'est pas tout, je veux dire que lorsque nous pensons à la probabilité, et s'il s'agit d'une bactérie des voies respiratoires, peut-être qu'elle ne pénètre jamais dans l'intestin. Le fait est, cependant, qu'une bactérie intestinale n'est pas toujours dans l'intestin.
Nous tous, y compris les enfants, allons aux toilettes plusieurs fois par jour. Ainsi, les bactéries intestinales quittent en fait l'intestin. Ils sont jetés dans les toilettes. Et c'est en fait un phénomène important sur lequel nous devons également enquêter