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Le microbiote joue un rôle particulier dans la digestion des fibres végétales présentes dans les fruits et les légumes. Ces fibres sont des longues molécules de sucre que nos enzymes humaines sont incapables de couper en morceaux.

Elles arrivent ainsi intactes au niveau du côlon où elles rencontrent une très grande quantité de bactéries, qui, elles, vont être capables de les digérer. Les bactéries vont utiliser ces fibres pour leurs propres besoins et vont relarguer des molécules très importantes pour la santé humaine, les acides gras à chaine courte (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. ) (comme le butyrate par exemple).

Ces acides gras à chaîne courte ont des effets multiples. Le butyrate nourrit les cellules du côlon et favorise ainsi l’intégrité de la muqueuse intestinale (sidenote: De Cruz P, Kamm MA, Hamilton AL, et al. Crohn’s disease management after intestinal resection: a randomised trial. The Lancet. 2015;385(9976):1406–1417 ) . Les acides gras à chaine courte peuvent moduler la réponse immunitaire, et contribuer ainsi à la protection contre les maladies inflammatoires.

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D’abord, il est tout à fait normal que le tube digestif, produise des gaz. En général, un sujet sain produit entre 0,5 et 1,5 litre de gaz par jour.

Et oui, le microbiote intestinal joue un rôle important dans cette production de gaz. Le microbiote, en fermentant les résidus alimentaires qui arrivent au niveau du côlon, va produire différents gaz comme l’hydrogène, le dioxyde de carbone et le méthane.

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Même si on ne les voit pas à l’œil nu, les microorganismes, comme les bactéries, sont partout autour de nous. Ils sont aussi partout sur notre corps.

Le microbiote intestinal est l’ensembles des microorganismes, des bactéries, des champignons et des virus, qui colonisent notre tube digestif à partir de notre naissance.

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La roulette du dentiste : son seul nom suffit à donner des sueurs froides à nombre d’entre nous. Et à nous faire redouter un mal malheureusement banal dans nos sociétés : 2 milliards de Terriens souffrent de caries des dents définitives et 514 millions d’enfants de caries des dents de lait. Parce que les maladies bucco-dentaires, pourtant en grande partie évitables, coûtent cher à nos systèmes de santé, la recherche s’active à trouver des parades. Parmi elles, le microbiote oral.

En effet, notre santé bucco-dentaire pourrait aller de pair avec la présence de certaines bactéries buccales : les gentilles bactéries réductrices de nitrates des genres Neisseria et Haemophilus éloigneraient les caries dentaires et les maladies parodontales, alors que F. nucleatum serait associé aux maladies parodontales (sidenote: Les maladies parodontales Les maladies parodontales touchent les tissus qui entourent et soutiennent les dents. Elles se manifestent par un saignement ou un gonflement des gencives (gingivite), des douleurs et parfois par une mauvaise haleine. Dans les formes les plus graves, la destruction de l’attache qui relie la gencive à la dent et de l’os qui soutient la dent crée des poches qui provoquent une mobilité des dents et parfois leur chute.  Approfondir WHO ) , à la plaque dentaire et à la mauvaise haleine.

Mais quand et comment ces bactéries viennent-elles coloniser notre bouche et décider du devenir de nos dents ? Très tôt, semble répondre une étude ¹ japonaise publiée fin 2024.

Le brossage dès la première dent !

A 1 semaine, alors que l’enfant est nourri de lait, le microbiote oral semble assez immature. Mais la situation va très vite évoluer : entre 6 et 18 mois, suite à l’introduction des premiers aliments solides et à l’apparition des premières dents, le microbiote oral de Bibou devient comparable à celui d’un adulte !

Et surtout, nos bactéries alliées -Neisseria, Haemophilus- et la redoutable Fusobacterium, ont déjà posé leurs valises. Avec un bail longue durée : à partir de 36 mois, le microbiote buccal d’un enfant n’évolue quasiment plus.

Ainsi, tout semble se jouer avant les 3 ans de l’enfant, voire entre 6 à 18 mois : cette courte fenêtre temporelle de maturation du microbiote oral serait essentielle pour la prévention future des maladies bucco-dentaires comme les caries. Et donc pour notre future facture de soins chez le dentiste !

Caries, maladies parodontales, voire maladies systémiques : le microbiote oral est de plus en plus incriminé, et donc étudié. Paradoxalement, sa mise en place progressive dans les premières années de vie reste encore un grand mystère.

D’où l’intérêt d’une étude japonaise ¹ qui a suivi l’évolution du microbiote salivaire de 54 enfants (27 filles et 27 garçons) à 13 moments de leur petite enfance : à 1 semaine puis à 1, 3, 6, 9, 12, 18, 24, 30, 36, 42, 48 et 60 mois (5 ans). Le microbiote oral de leurs parents a aussi été prélevé aux 18 et 36 mois de leur enfant, en tant qu'échantillon représentatif du microbiote adulte.

Une mise en place très rapide

Le microbiote des nouveau-nés est encore assez pauvre : une semaine après leur naissance, on y retrouve seulement 25 % des 110 OTU (sidenote: OTU Pour operational taxonomic unit, ou unités taxonomiques opérationnelles, qui désignent des regroupements de bactéries (qui ne sont pas nécessairement identifiées ou répertoriées dans les bases) présentant au moins. ) détectées chez plus de 85 % des parents aux deux dates de prélèvement.

Les genres bactériens alors présents :

• en général Streptococcus
• Rothia
• et Gemella

Mais la hausse est ensuite très rapide, avec 80 % des OTU parentales présentes entre 6 et 18 mois, suite à l’introduction des premiers aliments solides et à l’apparition des premières dents. 

Les principaux genres bactériens qui s’installent alors :

• Neisseria
• Haemophilus
• et Fusobacterium

Quelles conséquences sur les caries ?

L’attention des scientifiques s’est portée tout particulièrement sur Neisseria, Haemophilus et Fusobacterium : des études antérieures avaient en effet rapporté que leur concentration dans la bouche reflétait l’état bucco-dentaire des patients (absence ou présence de caries et/ou de maladies parodontales).

Or, l’étude japonaise met en évidence une installation précoce de ces trois bactéries :

• à partir de 6 mois, les bactéries réductrices de nitrates des genres Neisseria et Haemophilus, qui préviendraient les caries dentaires et les maladies parodontales, connaissent une hausse rapide ;
• au cours des premiers 18 mois, F. nucleatum, associé aux maladies parodontales, à la plaque dentaire et à la mauvaise haleine, colonise la bouche de l’enfant. 

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Pour avoir un bon microbiote, il faut éviter de l’agresser et il faut lui apporter des « bonnes choses ».

Les antibiotiques sont des facteurs bien connus qui altèrent le microbiote. Il faut néanmoins se rappeler que ces médicaments industriels sont ceux qui sauvent le plus de vies. Il ne s’agit pas de ne pas prendre d’antibiotiques, mais de n’en prendre que lorsque cela est nécessaire.

Dans notre alimentation, la consommation d’une quantité trop importante de viande rouge, de charcuterie, et de produits industriels (dit « ultra transformés ») favorise la prolifération de « mauvaises » bactéries favorisant l’inflammation, c’est-à-dire une activation du système immunitaire.

Ce qui stimule les « bonnes » bactéries de notre tube digestif, ce sont avant tout les fibres végétales. Il faut ainsi consommer des fruits et des légumes en abondance et de manière diversifiée (pour nourrir des bactéries différentes et favoriser la diversité du microbiote). La consommation d’aliments fermentés (comme le yaourt, le Kéfir, la choucroute ou le kimchi) pourrait aussi être bénéfique pour notre microbiote.

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Les résultats de recherches récentes suggèrent effectivement que le microbiote intestinal pourrait jouer un rôle dans l’initiation ou la gravité de plusieurs maladies neuropsychiatriques comme la dépression, l’anxiété, la schizophrénie ou l’autisme.

Néanmoins les données disponibles à ce jour restent très préliminaires et nous ne savons pas quel est le « poids » du microbiote par rapport à d’autres facteurs (génétique, environnement…) et si tous les patients sont concernés.

Enfin, nous ne savons pas encore si le microbiote pourra être ciblé d’un point de vue thérapeutique dans ces pathologies.

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Pour reconstituer votre microbiote intestinal après une prise d'antibiotiques, vous pouvez :

• Consommer des probiotiques pendant et après la prise d’antibiotiques : Seuls quelques probiotiques ont montré un effet sur la diarrhée induite par les antibiotiques, Saccharomyces boulardii et Lactobacillus GG. C’est donc ces deux-là qu’il faut privilégier.
• Augmenter les apports en fibres alimentaires qui nourrissent les bonnes bactéries du microbiote. Intégrez une variété de fruits, légumes, céréales complètes et légumineuses dans l’alimentation.
• Limiter la consommation d'aliments ultra transformés qui sont délétères pour le microbiote.

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Le microbiote intestinal joue un rôle dans de nombreuses maladies incluant des maladies infectieuses (comme l’infection à Clostridioides difficile, une bactérie qui peut se développer en cas de perturbation du microbiote intestinal, le plus souvent après la prise d’antibiotique), des maladies inflammatoires (comme la polyarthrite rhumatoïde), des maladies métaboliques (comme le diabète), des maladies neuropsychiatriques (comme l’autisme) et même dans le cancer. Cependant, le « poids » du microbiote comparé à celui d’autres facteurs, comme la génétique ou l’environnement, est souvent encore inconnu. 
 

Les maladies pour lesquelles on est aujourd’hui certain que le microbiote joue un rôle significatif sont l’infection à Clostridioides difficile, les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, le syndrome métabolique, le Syndrome de l’Intestin Irritable. Il faut garder en tête que le microbiote n’a pas forcément un effet important dans toutes ces maladies et chez tous les patients atteints.

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