Qu’appelle-t-on une diarrhée bactérienne ? 

On parle de diarrhée lors de l’émission d’au moins trois selles molles ou liquides par jour, et de diarrhée infectieuse lorsque cette diarrhée a pour origine une infection par un agent pathogène (virus, bactérie, ou parasite). ^1-3 Si le pathogène est une bactérie, la diarrhée est dite « bactérienne ». 

Quelles sont les bactéries responsables ?

Les bactéries incriminées sont notamment ⁶ :

• Shigella, responsable d’une maladie appelée shigellose et de 212 438 décès dans le monde en 2016, 
• et Vibrio cholerae, responsable des redoutées épidémies de choléra et de 107 290 décès enregistrés en 2016, généralement dans des populations pauvres n’ayant pas d’accès à l’eau potable. 

Mais ce ne sont pas les seules : des bactéries de type Salmonella ou Escherichia coli défrayent parfois la chronique des pays occidentaux, lorsqu’elles contaminent des denrées alimentaires (viande hachée crue, fromages…), et nécessitent de médiatiques retraits de produits des supermarchés.

Comment une bactérie peut-elle déclencher une diarrhée aiguë ?

Dans la diarrhée bactérienne, comme dans la diarrhée infectieuse en général, tout commence par la confrontation entre un pathogène (ici une bactérie), transmis par un aliment contaminé, de l’eau souillée ou par contact avec une personne malade, et l'hôte (notre organisme). Mais attention : la dangerosité des bactéries varie d’une bactérie à l’autre, et derrière un même nom de bactérie, se cachent en réalité de très nombreux types bactériens : par exemple, il n’existe pas une mais plus de 2 500 salmonelles différentes, plus ou moins agressives. ⁷ Idem avec Escherichia Coli : toutes les E. coli ne sont pas pathogènes et parmi celles qui sont pathogènes, il existe de nombreux types différents. ^2,8

Lorsque la bactérie prend le dessus, elle sécrète des toxines spécifiques qui expliquent que chaque diarrhée bactérienne soit spécifique ^2,10 : 

• la toxine de Shigella détruit les cellules de la paroi du tube digestif et entraîne donc une sévère diarrhée contenant du sang et des glaires ; 
• la toxine de Vibrio cholerae perturbe l’absorption et la sécrétion d’ions et d’eau au niveau du tube digestif, provoquant une diarrhée très liquide et riche en ions ; 
• les différents types d’E. coli produisent diverses toxines : Enteropathogenic E. coli induit une diarrhée liquide persistante (en général chez les nourrissons), tandis que Enteroinvasive E. coli provoque une diarrhée contenant de la bile et du mucus, etc.

La diarrhée bactérienne aiguë induite par l’agent infectieux génère une dysbiose intestinale majeure. ² Plusieurs semaines seront nécessaires au microbiote pour retrouver un certain équilibre, parfois sans parvenir à revenir à son état initial. ^2,11

Comment prévenir la diarrhée bactérienne ?

La dangerosité de Shigella nourrit l’espoir d’un vaccin qui pourrait à terme éviter les quelque 200 000 morts provoqués chaque année par cette bactérie, mais aussi réduire le recours aux antibiotiques et l’apparition de résistances qui rendront le traitement inefficace. Plusieurs vaccins contre les Shigella sont en cours de développement, mais aucun n’est encore homologué. ¹²

Autre piste : le microbiote intestinal. Chez l'homme, un microbiote intestinal "sain" est considéré comme un moyen de prévenir le choléra. ¹³ Aussi, les probiotiques sont envisagés comme un moyen de limiter la gravité de certaines infections bactériennes ² : la levure probiotique Saccharomyces boulardii pourrait faciliter la restauration du microbiote intestinal chez les enfants souffrant de diarrhée aiguë ¹⁴ ; le probiotique E. coli (non pathogène) inhibe la formation de biofilms par des bactéries pathogènes, y compris des E. coli pathogènes ² ; un trio de souches spécifiques de Lactobacillus, Bifidobacterium et Streptococcus réduit la durée de la diarrhée sanglante (dysenterie) et de l’hospitalisation. ²

A ces mesures préventives s’ajoutent bien entendu les conseils d’hygiène et de distanciation valables pour toute diarrhée infectieuse (voir encadré). Dans le cas particulier des infections alimentaires (salmonelle, E. Coli), il convient de veiller à une bonne cuisson des aliments (E. coli est tuée par la chaleur, expliquant que les contaminations alimentaires se font souvent par des viandes crues ou mal cuites).

Comment prendre en charge la diarrhée bactérienne ?

Très fréquentes et généralement sans gravité, les diarrhées bactériennes guérissent souvent spontanément. Attention néanmoins au risque de déshydratation chez les plus jeunes, les personnes âgées et les patients dont les défenses immunitaires sont affaiblies : il convient de compenser la perte d’eau et d’électrolytes (ions sodium, potassium et chlorure) :

• par voie orale (avec des solutés de réhydratation orale, les fameux SRO) 
• ou par voie veineuse dans les cas les plus sérieux.

Les professionnels de santé peuvent également recommander certaines souches probiotiques pour la prise de la diarrhée infectieuse aiguë chez l'enfant : ces bonnes bactéries réduisent la durée de la diarrhée, et/ou la durée de l'hospitalisation, et/ou le volume des selles.

Que retenir à propos de la diarrhée infectieuse bactérienne ?

• On parle de diarrhée lors de l’émission d’au moins trois selles molles ou liquides par jour, et de diarrhée infectieuse lorsque cette diarrhée a pour origine une infection par un agent pathogène (virus, bactérie, ou parasite). La diarrhée, du fait de la déshydratation qui en découle, était responsable de 1,6 million de décès en 2016, notamment chez des enfants malnutris ou immunodéprimés ou des personnes vivant avec le VIH. ^1-3
• En cas d’infection par une bactérie, la diarrhée est dite « bactérienne ». Les bactéries Shigella (shigellose) et Vibrio cholerae (cholera) sont les plus meurtrières dans les pays pauvres sans accès à de l’eau potable. Dans les pays occidentaux, Salmonella et Escherichia coli font parler d’elles lors d’infections alimentaires, tandis que C. difficile est la principale responsable des diarrhées infectieuses nosocomiales chez l’adulte. ⁶
• Parfois, le microbiote intestinal parvient à contrer l’infection ; parfois, la bactérie l’emporte et déclenche une diarrhée dont les caractéristiques (présence de sang, présence de glaires, forte émission de liquide…) dépendent de la bactérie incriminée. ^2,10
• La prévention des diarrhées virales repose avant tout sur des règles d’hygiène (lavage et cuisson des aliments, lavage des mains, distanciation…). Les probiotiques pourraient participer à prévenir certaines infections bactériennes. ² Enfin, la recherche travaille sur la mise au point de vaccins contre les Shigella. ¹²
• La prise en charge des diarrhées bactériennes repose sur une lutte contre la déshydratation. Des antibiotiques peuvent être prescrits par des professionnels de santé pour les personnes à risque (nourrissons, personnes âgées, patients immunodéprimés) ou lorsque l’infection se propage des intestins à d’autres parties de l’organisme. ⁷ Des probiotiques peuvent être associés pour réduire la diarrhée et l’hospitalisation.

Qu’appelle-t-on une diarrhée virale ?

On parle de diarrhée lors de l’émission d’au moins trois selles molles ou liquides par jour, et de diarrhée infectieuse lorsque cette diarrhée a pour origine une infection par un agent pathogène (virus, bactérie, ou parasite) ^1-3. Si le pathogène est un virus, la diarrhée est dite « virale ».

Quels sont les virus responsables ?

Si le rotavirus s’avère le plus mortel (210 000 décès estimés en 2016 chez les moins de 5 ans), il est loin d’être le seul virus responsable de diarrhées aiguës voire de décès : les adénovirus, norovirus, sapovirus et astrovirus tuent chacun entre 17 et 37 000 jeunes enfants par an. ⁶

A noter : le SARS-Cov-2, nom de code du virus responsable de la pandémie de COVID-19, occasionnerait également des diarrhées, dont la fréquence s’avère difficile à quantifier, les chiffres s’avérant très variables d’une étude à l’autre : des chercheurs rapportent de tels épisodes dans 2 % des cas, d’autres dans 50 % ! ⁷

Comment un petit virus peut-il déclencher une diarrhée virale aiguë ?

Dans la diarrhée virale, comme dans la diarrhée infectieuse en général, tout commence par une confrontation entre un pathogène (ici un virus) et l'hôte. L’issue de cette rencontre dépend d'équilibres complexes qui impliquent largement le microbiote intestinal : chez la souris, certaines bactéries semblent par exemple capables de prévenir voire guérir l'infection à rotavirus ⁸. Ainsi, le même virus aura un effet différent selon l'état du microbiote intestinal de la personne qu’il infecte. Un microbiote moins diversifié serait plus sensible ¹².

Lorsque le virus remporte la bataille, le processus est toujours sensiblement le même : il infecte les cellules qui tapissent l'intestin grêle et provoque des lésions qui entravent l'absorption des liquides ⁹. A la clé : une diarrhée très liquide (mais sans présence de sang) qui peut s'accompagner d'autres symptômes (vomissements, nausées, crampes abdominales et fièvre) ¹⁰. C’est la fameuse gastro-entérite virale, qui revient à la charge chaque hiver. Particulièrement sérieuse en cas d’infection par le rotavirus qui engendre des symptômes plus prononcés, elle s’accompagne en général d’une dysbiose du microbiote intestinal, chamboulé par cette invasion de virus ^11,12.

Comment prévenir la diarrhée virale ?

Compte-tenu de la dangerosité du rotavirus pour les personnes fragiles, des vaccins préventifs ont été mis au point pour en réduire la mortalité chez les jeunes enfants : la vaccination des nourrissons contre les rotavirus aurait permis d'éviter 139 000 décès chez les moins de cinq ans entre 2006 et 2019. C’est à la fois beaucoup mais peu au regard des espoirs qui avaient été placés dans la vaccination : l'efficacité du vaccin semble en effet plus faible dans les pays à revenu faible ou intermédiaire (qui sont paradoxalement les plus touchés).

Parmi les facteurs pouvant expliquer cette moindre efficacité : la composition du microbiote qui influe sur la réponse immunitaire à la vaccination intestinal ^13-16. A cette mesure préventive s’ajoutent bien entendu les conseils d’hygiène et de distanciation valables pour toute diarrhée infectieuse (voir encadré).

Comment prendre en charge la diarrhée virale ?

Très fréquentes et généralement sans gravité, les diarrhées virales peuvent néanmoins entraîner une déshydratation sévère chez les plus fragiles (nourrissons, enfant dénutris, adultes immunodéprimés, seniors). Leur prise en charge repose sur une lutte contre la perte d’eau et d’électrolytes (pour remplacer par exemple des ions sodium, potassium et chlorure, perdus) :

• par voie orale (avec des solutés de réhydratation orale, les fameux SRO) 
• ou par voie veineuse dans les cas les plus sérieux. 

Les professionnels de santé peuvent vous recommander certaines souches probiotiques pour la prise en charge de la gastro-entérite aiguë chez l'enfant : ces bonnes bactéries réduisent la durée de la diarrhée, et/ou la durée de l'hospitalisation, et/ou le volume des selles.

Que retenir ?

• On parle de diarrhée lors de l’émission d’au moins trois selles molles ou liquides par jour, et de diarrhée infectieuse lorsque cette diarrhée a pour origine une infection par un agent pathogène (virus, bactérie, parasite). La diarrhée, du fait de la déshydratation qui en découle, était responsable de 1,6 million de décès en 2016, notamment chez des enfants malnutris ou immunodéprimés ou des personnes vivant avec le VIH ^1-3.
• En cas d’infection par un virus, la diarrhée est dite « virale ». Le rotavirus est le virus le plus souvent en cause dans les décès, suivi, loin derrière, par les adénovirus, norovirus, sapovirus et astrovirus ⁶.
• Parfois, le microbiote intestinal parvient à contrer l’infection ; parfois, le virus l’emporte et déclenche une diarrhée aqueuse pouvant être associée à d’autres symptômes (vomissements, nausées, crampes abdominales et fièvre). C’est la gastro-entérite virale ¹⁰.
• La prévention des diarrhées virales repose sur la vaccination des nourrissons contre les rotavirus (moins efficace dans les pays à revenu faible ou intermédiaire), l’accès à l’eau potable et des gestes d’hygiène et de distanciation valables pour toute diarrhée infectieuse ^13-16.
• La prise en charge des diarrhées virales repose sur une lutte contre la déshydratation. Certaines souches probiotiques peuvent être prescrites pour la prise en charge de la gastro-entérite aiguë chez l'enfant. Les antibiotiques sont en revanche inefficaces face aux virus et peuvent même amplifier la diarrhée.

Au moins trois selles molles ou liquides par jour : telle est la définition couramment admise de la diarrhée, selon l'OMS. Sachant que la présence conjointe des 2 critères (fréquence + consistance) est nécessaire : l'émission fréquente de selles formées (et donc de consistance normale) n'est pas une diarrhée, pas plus que l'émission de selles molles à une fréquence normale, comme chez les bébés nourris au sein.

Bien que… « courante » sous des formes bénignes, la diarrhée est tout sauf anodine : elle était responsable de 1,6 million de décès en 2016, principalement chez des enfants malnutris ou immunodéprimés, ou des personnes vivant avec le VIH. ¹ La raison principale de ces décès : la sévère déshydratation liée à la perte de liquide dans les selles répétées.

La plupart des cas de diarrhée aiguë sont dus à des infections par des microorganismes pathogènes, qui peuvent être soit des virus, soit des bactéries, soit des parasites. ^1-3

Imaginez que vous ouvriez un livre racontant l’histoire d’une cité cachée dans un recoin de votre propre maison, dont vous ne soupçonniez même pas l’existence. C’est à peu près ce que vient d’accomplir une équipe de scientifiques de l’Université de Stanford en découvrant les « obélisques (sidenote: Obélisques Formes de vie ressemblant à des virus qui ont été découvertes récemment à l’intérieur des bactéries de la bouche et de l’intestin humains. Les obélisques se caractérisent par leur structure d’ARN unique et remettent en cause tout ce que nous croyions savoir sur les formes de vie microbiennes et virales. ) », un type de particules identifié récemment, ressemblant à des virus et ayant élu domicile à l’intérieur des bactéries de notre bouche et de notre intestin.

À la manière d’archéologues menant des fouilles sur des vestiges de l’Antiquité, les chercheurs ont fait appel à des outils génétiques avancés afin de dresser la carte de l’ADN de ces bactéries, révélant que des « obélisques » sont présents chez environ 7 % des bactéries intestinales, proportion qui peut atteindre le chiffre stupéfiant de 50 % chez les bactéries buccales. Cette découverte bouleverse non seulement notre perception des minuscules formes de vie qui habitent dans les profondeurs de notre corps, mais elle ouvre également la porte à une refonte complète de notre compréhension des virus et des écosystèmes complexes de notre microbiote.

Comment les « obélisques » ont-ils été découverts ?

L‘équipe de chercheurs a analysé le matériel génétique contenu dans des échantillons de bactéries buccales et intestinales à l’aide d’une technique de pointe connue sous le nom de séquençage complet du métagénome. Cette méthode permet aux scientifiques de lire et de comparer les séquences d’ADN présentes, offrant ainsi un panorama complet de l’environnement microbien. Grâce à des outils bioinformatiques sophistiqués, les chercheurs ont identifié ces « obélisques », qui se caractérisent par leur génome à ARN circulaire et leur structure particulière en forme de bâtonnet.

L’une des caractéristiques les plus intrigantes des « obélisques » est leur génome à base d’ARN. L’ARN, ou acide ribonucléique, est une molécule similaire à l’ADN qui remplit plusieurs fonctions biologiques essentielles, et notamment celle de messager relayant les instructions de contrôle de la synthèse des protéines en provenance de l’ADN. Contrairement à la plupart des organismes qui stockent l’information génétique dans l'ADN, les « obélisques » utilisent l’ARN, ce qui augmente leur degré de complexité.

Et alors ? 

La présence dans le microbiote humain de proportions aussi importantes d’« obélisques » semble indiquer qu’ils pourraient être impliqués dans notre santé en affectant différentes fonctions pouvant aller de la digestion à la réponse immunitaire. L’étude a révélé que les « obélisques » pouvaient persister chez l’homme pendant plus de 300 jours et donc qu’ils pourraient exercer des effets à long terme sur leurs hôtes, c’est-à-dire... sur nous !

Les microorganismes sont des êtres vivants invisibles à l’œil nu, parfois appelés « microbes » ou « germes ». Ils sont généralement composés d’une seule cellule et sont présents partout : des abysses jusqu’au fond de nos intestins, en passant par l’air, les sols, les plantes et les cours d’eau.

Microorganismes : d’infatigables travailleurs de l’ombre

Les microorganismes sont essentiels à la vie sur Terre grâce à leurs superpouvoirs. Citons ainsi leur rôle-clé joué dans la décomposition des déchets végétaux et animaux ou leur fonction essentielle dans la fixation du carbone et de l’azote. Ils sont ainsi les maillons clés du fonctionnement des écosystèmes terrestres, les alliés incontournables de la santé des êtres vivants.

Notre corps constitue lui aussi un véritable écosystème au sein duquel des populations composées de milliards de microorganismes « amis » vivent en harmonie en nous rendant de multiples services ; on parle de flore ou de microbiote (sidenote: Microbiote Le microbiote est la communauté de microorganismes – bactéries en majorité, mais également virus, champignons et archées – colonisant l’organisme humain. Les types, le nombre et la distribution de ces microorganismes sont très différents selon les zones du corps. Le microbiote de l’intestin – également appelé « microbiote intestinal » ou « flore intestinale » - est celui qui contient le plus grand nombre de microorganismes. C’est aussi le plus étudié. Chez l’Homme, on trouve des microbiotes dans le vagin (microbiote vaginal), à la surface de la peau (microbiote cutané), dans les voies urinaires (microbiote urinaire), dans les voies respiratoires (microbiote pulmonaire) et au niveau la zone bouche-gorge-nez (microbiote ORL). Ces nombreux microbiotes interagissent entre eux et jouent un rôle dans les fonctions digestives, métaboliques, immunitaires et neurologiques. ) . On retrouve ce type de communautés microbiennes chez les animaux et les plantes, mais aussi dans les sols, ou encore dans les océans. ¹

Le microbiote est la communauté de microorganismes – bactéries en majorité, mais également virus, champignons et archées – colonisant l’organisme humain. Les types, le nombre et la distribution de ces microorganismes sont très différents selon les zones du corps.

Le microbiote de l’intestin – également appelé « microbiote intestinal » ou « flore intestinale » - est celui qui contient le plus grand nombre de microorganismes. C’est aussi le plus étudié.

Autant de bactérie que de services rendus à l’Homme

• Les bactéries Rhizobium, en fixant l’azote de l’atmosphère dans le sol aux niveaux des racines des légumineuses, favorise leur croissance tout en limitant l’usage d’engrais chimiques ;
• Les bactéries Lactobacillus acidophilus et Streptococcus thermophilus transforment le lait en yaourt ; 
• Le champignon Penicillium roqueforti transforme le lait caillé et fermenté en fromage bleu ou en Roquefort ;
• Des virus appelés « phages » nous permettent de guérir certaines infections causées par des bactéries résistantes aux antibiotiques ;
• La levure Saccharomyces cerevisiae transforme les sucres du blé ou de l’orge en alcool pour la fabrication de la bière ;
• Enfin, c’est un ensemble de bactéries, de champignons et d’archées qui assurent la purification de l’eau dans les stations d’épuration.

L’épopée des microorganismes

• - 3,4 à 3,7 mds d’années : apparition des premières bactéries et archées (première forme de vie sur Terre).
• 1665 : le scientifique anglais Robert Hook observe pour la première fois des microorganismes au microscope (moisissures).
• 1674 : le drapier hollandais Antoni van Leeuwenhoek observe pour la première fois des bactéries au microscope ; il les nomme « animalcules ».
• 1838 : le naturaliste et zoologiste allemand Christian Gottfried Ehrenberg crée le mot « bactérie ».
• 1857 : Louis Pasteur met en évidence le rôle des bactéries dans la fermentation.
• 1882 : Robert Koch découvre le bacille responsable de la tuberculose.
• 1918 : épidémie de grippe espagnole causée par le virus H1N1 (25 millions de morts).
• 1930 : première observation de virus au microscope électronique.
• 1917 : Félix d’Hérelle et Frédérick Tword découvrent les bactériophages.
• 1929 : Alexander Fleming découvre la pénicilline (antibiotique).
• 1977 : Carl Woes découvre les archées bactéries.
• 1995 : l’équipe de Craig Venter séquence le premier génome bactérien dans son intégralité. 
• 2019 : pandémie de COVID-19 (virus SARS-CoV-2).

Si vous pensiez que les microbes n’étaient bons qu’à être éliminés, vous avez compris que vous faisiez fausse route ! La grande majorité d’entre eux sont indispensables à la vie et aux activités humaines. Sachez qu’ils sont également essentiels au fonctionnement de notre organisme et à notre maintien en bonne santé.

Échanges de bons procédés ^{3, 7, 8}

Nous sommes en effet l’hôte d’une multitude de microorganismes variés que l’on qualifie de « commensaux » - pour les différencier des microorganismes pathogènes – et avec lesquels nous formons une véritable symbiose. Car, en échange du gîte et du couvert, les microbes nous rendent d’inestimables services.

Dans l’intestin, les bactéries du microbiote se nourrissent des fibres alimentaires – que nous sommes incapables de dégrader – et libèrent en échange de précieux composés appelés « acides gras à chaine courte » (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. ) . Ces molécules vont nourrir les cellules intestinales, participer à leur croissance et leur différenciation et renforcer leur fonction de barrière. Les microbes vont également synthétiser des substances bioactives utiles, comme des acides aminés ou des vitamines (K2, B5, B6…).

Ils vont aussi participer à la maturation des cellules immunitaires, particulièrement nombreuses dans la paroi de l’intestin, et, en occupant le terrain et en synthétisant certaines protéines antibactériennes appelées bactériocines, nous protéger contre la prolifération de microorganismes pathogènes. Enfin, ils synthétisent des métabolites (sidenote: Métabolites Petites molécules produites au cours du métabolisme cellulaire ou bactérien. Les acides gras à chaine courte sont par exemple des métabolites produits par le microbiote intestinal lors de la fermentation de sucres complexes non digestibles (fibres…).  Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25.  Lamichhane S, Sen P, Dickens AM, et al An overview of metabolomics data analysis: current tools and future perspectives. Comprehensive analytical chemistry. 2018 ; 82: 387-413 ) capables de réguler certaines de nos fonctions physiologiques, notamment immunitaire et neuronale. Il existe par exemple une communication permanente entre le microbiote et le cerveau que l’on appelle axe microbiote-intestin-cerveau.

Comment chouchouter ses microbes ^{3, 7, 8}

La bonne santé du microbiote dépend de multiples facteurs : génétique, âge, lieu de vie, mode d’accouchement… Mais le modulateur le plus puissant du microbiote intestinal reste l’alimentation. Pour que celle-ci soit favorable à un microbiote « sain », c’est-à-dire riche et diversifié, elle doit apporter suffisamment de végétaux variés (fruits, légumes, oléagineux, céréales complètes, légumineuses…), qui vont fournir les bons « substrats » aux microorganismes – la nourriture dont ils raffolent –, mais également des bactéries vivantes (aliments fermentés tels que choucroute, kombucha, kéfir…).

L’alimentation ne doit pas non plus contenir trop d’aliments néfastes, tels que ceux contenant des émulsifiants et des édulcorants. 

La modération de certains médicaments (antibiotiques, antiacides, laxatifs, anxiolytiques…), la suppression l’alcool et de la cigarette et la pratique d’une activité physique régulière sont aussi des moyens puissants de favoriser le bon équilibre du microbiote.

Vous le savez, les microbes sont responsables d’une multitude de maladies infectieuses : le rhinovirus engendre le rhume, le virus SARS-CoV-2 la COVID-19, la bactérie Salmonella la gastro-entérite, le champignon Candida la candidose… Fort heureusement, les antimicrobiens (antibiotiques, antiviraux, antifongiques…) permettent aujourd’hui de soigner la majorité des infections causées par les microorganismes.

Reconnue par l’OMS comme une cause de santé publique, la résistance aux antimicrobiens pourrait tuer jusqu’à 10 millions de personnes par an d’ici 2050 (autant que le cancer). ¹⁰ L’OMS recommande de limiter le recours aux antimicrobiens, notamment aux antibiotiques, dans l’élevage, la santé humaine ou l’agriculture, mais surtout appelle à trouver de nouveaux traitements plus efficaces pour lutter contre les infections.

Des déséquilibres qui font le lit des maladies de civilisation ^{3, 5, 8}

Mais les microorganismes ne sont pas seulement responsables de maladies infectieuses. Saviez-vous qu’ils étaient aussi impliqués dans l’obésité, le diabète, l’ostéoporose, le cancer ou encore les maladies vasculaires et neurodégénératives (Parkinson, Alzheimer…) ? 

Les études montrent en effet que les personnes qui souffrent de ces maladies présentent un déséquilibre de leur microbiote appelé « dysbiose » (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) . La dysbiose est caractérisée par une perte de richesse et de diversité des populations microbiennes, notamment intestinales. De nombreuses études montrent que ce déséquilibre peut impacter négativement le fonctionnement de notre organisme et favoriser la survenue ou l’aggravation des maladies.

Les données actuelles ne permettent pas de savoir précisément si la dysbiose est une cause de maladie, ou si la maladie une cause de dysbiose. Cependant, les études suggèrent qu’en favorisant un microbiote « sain » riche et diversifié, ou en le rééquilibrant, il serait possible de préserver sa santé.

Moduler son microbiote pour prévenir et même… guérir !

Plusieurs moyens existent pour moduler positivement le microbiote intestinal en cas de dysbiose ou de maladie ^{3, 7} :

• L’alimentation et le mode de vie (voir ci-dessus) ;
• Les prébiotiques (inuline, galacto-oligosaccharides ou GOS, fructo-oligosaccharides ou FOS et lactulose) : ces composés sont capables de nourrir spécifiquement des groupes de bactéries bénéfiques, comme Bifidobacterium et Lactobacillus, et ainsi de favoriser leur prolifération. ¹¹
• Les probiotiques (souches spécifiques de bactéries ou de levures vivantes ayant prouvé un effet sur la santé) : les preuves scientifiques de leur efficacité ne concernent à ce jour que la diarrhée de l’enfant ou celle associée à la prise d’antibiotiques, certaines maladies inflammatoires de l’intestin ou encore l’entérocolite nécrosante, mais leur potentiel thérapeutique fait l’objet de nombreuses recherches. ¹¹
• Les métabolites (sidenote: Métabolites Petites molécules produites au cours du métabolisme cellulaire ou bactérien. Les acides gras à chaine courte sont par exemple des métabolites produits par le microbiote intestinal lors de la fermentation de sucres complexes non digestibles (fibres…).  Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25.  Lamichhane S, Sen P, Dickens AM, et al An overview of metabolomics data analysis: current tools and future perspectives. Comprehensive analytical chemistry. 2018 ; 82: 387-413 ) bioactifs : ceux-ci sont sélectionnés pour leur capacité à moduler la physiologie de microorganismes cibles ;
• Le transfert de microbiote fécal (TMF) : il consiste à transférer le microbiote intestinal d’une personne en bonne santé dans l’intestin d’une personne malade. Par exemple, cette technique a montré des résultats particulièrement concluants (90 % de guérison) pour les infections à Clostridium difficile ¹² mais pourrait être également utile pour soulager les symptômes de l’autisme. ¹³

Les microorganismes constituent un champ d’exploration précieux pour les chercheurs. Par exemple, pour mieux lutter contre la résistance bactérienne aux antibiotiques et pouvoir disposer d’outils de surveillance, les scientifiques ont besoin de mieux comprendre comment les bactéries échangent leurs gènes, comme elles acquièrent des résistances aux antimicrobiens et par quelles voies ces dernières circulent entre l’environnement, l’homme et l’animal. ¹⁰

Les techniques de génomique à haute résolution et de métagénomique, largement utilisées dans les études sur le microbiote humain, constituent à ce titre de puissants outils d’exploration des dynamiques microbiennes.

Le microbiote à la croisée des recherches

Des études toujours plus nombreuses sont également mises en place pour mieux comprendre comment les microorganismes du microbiote interagissent avec l’Homme, comment ils contribuent au bon fonctionnement de ses cellules, quels profils microbiens sont les plus favorables à la santé et quelles modifications contribuent aux maladies. ³

Objectif : trouver de nouvelles pistes thérapeutiques et de nouvelles bactéries probiotiques permettant de moduler le microbiote et de prendre en charge plus efficacement certaines pathologies aiguës et chroniques.

Vous l’aurez compris, les microorganismes ont beau être invisibles et avoir mauvaise réputation, ils méritent toute notre estime et notre attention. Car nous avons clairement besoin d’eux pour vivre !

Si les communautés qu’ils forment, les interactions qu’ils ont avec l’environnement et le rôle qu’ils jouent dans notre organisme sont encore remplis de mystères, il n’y a pas un jour sans qu’une nouvelle étude prouve l’importance de leur présence à nos côtés, et donc celle de renforcer notre symbiose avec eux !

BMI-24.12

La vaginose bactérienne (sidenote: Vaginose bactérienne La vaginose bactérienne (VB) est un type d'inflammation vaginale causée par un déséquilibre des espèces de bactéries qui sont normalement présentes dans le vagin. ) (VB) est souvent un signe caractéristique d'un déséquilibre dans le microbiote vaginal, une maladie qui pourrait résulter de la transmission sexuelle de bactéries. Bien que la communauté scientifique reconnaisse l'éventualité d'une telle transmission, la compréhension définitive nous échappe encore. Des chercheurs américains de l'University of Maryland School of Medicine ont étudié comment des souches bactériennes similaires se comportaient entre des partenaires sexuels et au sein de réseaux sexuels plus vastes, afin de mieux comprendre la transmission sexuelle et d'améliorer la prise en charge de la maladie pour les deux partenaires. ¹

L'effet boule de neige expliqué

L'investigation clinique a employé une méthode appelée « recrutement en boule de neige » ; il s'agit d'une technique par laquelle les participants à l'étude initiale recrutent eux-mêmes les futurs candidats parmi leurs réseaux personnels. Cette approche garantit un échantillonnage naturaliste de la population, reflétant les interactions dans le monde réel. Dans ce cas, l'étude s'est déroulée en quatre vagues et incluait 138 participants, majoritairement de jeunes hommes et femmes afro-américains, tous testés positifs à des infections sexuellement transmissibles telles que la chlamydia ou la gonorrhée.

Les chercheurs ont recueilli et analysé des échantillons de prélèvements vaginaux et péniens à l'aide du séquençage métagénomique global, une méthode permettant de lire l'intégralité des séquences ADN présentes dans un échantillon, afin d'analyser en détail la communauté microbienne. Ils ont utilisé des outils comme inStrain pour évaluer la « concordance des souches », ou le degré de similitudes génétiques, entre les bactéries trouvées chez différents individus, en vue d'identifier si les souches sont partagées par contact sexuel.

Schémas de transmission

Sur 54 participants, l'étude a identifié 115 cas de recoupements de souches bactériennes parmi 25 espèces. Étonnamment, Lactobacillus iners a été transmis chez 6 % des participantes, ce qui suggère des voies de transmission directe lors d'interactions entre personnes de même sexe. Des comparaisons directes ont révélé un taux de partage de souches bactériennes bien supérieur en cas de contacts sexuels par rapport à l'absence de contact.

La majorité (94 %) des événements concordants se produisaient entre contacts non sexuels, notamment un partage important de souches de Gardnerella swidsinskii et de Lactobacillus crispatus parmi les femmes, contre 6 % parmi les contacts, soulignant ainsi le rôle marqué de l'activité sexuelle dans la dissémination de souches bactériennes spécifiques. Le haut degré de concordance inattendu parmi les contacts non sexuels suggère que la communauté et les facteurs environnementaux jouent un rôle important dans la transmission de bactéries, laissant entendre un échange de réseau de bactéries plus complexe qu'on ne le pensait auparavant.

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Avis d'expert 

Pour aller plus loin

Bactéries, virus, champignons (y compris des levures) et même parasites : toute une flore, appelée « microbiote intestinal », habite notre système digestif.

Et ce pour notre plus grand bien : le microbiote intestinal favorise la digestion, participe à la maturation de notre système immunitaire, nous protège de pathogènes et de toxines intestinales, etc. Une liste de bienfaits loin d’être exhaustive car le microbiote intestinal a bien d’autres cordes à son arc, y compris en matière de sport : ce coach invisible pourrait nous aider dans l’effort, améliorer nos chronos et nous motiver pour les entrainements !

Les perspectives ouvertes par la découverte de ces liens entre microbiote, système digestif et sport sont immenses : pourra-t-on optimiser les performances des athlètes via une approche personnalisée du microbiote ?

Plongée au cœur d’un monde microscopique à la découverte de cette relation bidirectionnelle avec nos performances musculaires et notre mental.

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Apprenez-en plus sur le lien entre microbiote et sport 

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Dr Henrik Roager est un professeur associé et un chercheur à l'Université de Copenhague. Il dirige le groupe de recherche Microbiome & Metabolomics, qui s'intéresse à la manière dont le microbiote intestinal contribue à la digestion, à la santé et aux performances sportives. Regardez la vidéo pour savoir ce que le Dr Henrik Roager a à dire sur la contribution du microbiote dans le sport.

Pour aller plus loin

Découvrez notre sélection d'articles sur les bienfaits du sport sur la santé et sur le microbiote

Bactéries, virus, champignons (y compris des levures) et même parasites : toute une flore, appelée « microbiote intestinal », peuple notre système digestif. Et ce pour notre plus grand bien ! Le microbiote intestinal favorise la digestion, participe au bon fonctionnement de notre système immunitaire, nous protège des bactéries pathogènes… Une liste de bienfaits loin d’être exhaustive car le microbiote intestinal a bien d’autres cordes à son arc, et notamment en matière de sport ! D’après plusieurs études scientifiques, ce « coach invisible » nous aiderait dans l’effort, serait susceptible d’améliorer nos chronos et même source de motivation pour les entraînements ! Inversement, une activité physique régulière modulerait la composition de notre microbiote, favorisant certaines bactéries capables d’optimiser nos performances.

Rendre visible l’invisible

Fidèle à sa mission d’éduquer le grand public aux fascinants pouvoirs des microbiotes humains, le Biocodex Microbiota Institute profite d’une année riche en événements sportifs pour mettre la lumière sur la relation bidirectionnelle entre microbiote et sport. « Nous nous sommes plongés dans les études scientifiques qui démontrent la relation bidirectionnelle entre le microbiote et l’activité physique, indique Murielle Escalmel, directrice scientifique du Biocodex Microbiota Institute. Hydratation, immunité, équilibre, énergie et résilience, sur ces cinq fonctions clés de notre organisme, le microbiote joue un véritable rôle de coach invisible. Les bases scientifiques étant réunies, il nous fallait désormais toucher le plus grand nombre avec un défi de taille : rendre visible l’invisible. »

Le Biocodex Microbiota Institute a confié au photographe Laurent Hini la délicate mission de lever le voile sur les mécanismes en oeuvre. « Au-delà du défi technique, j’ai été séduit par le message qui consistait à mettre en lumière le lien intrinsèque entre le sport et le microbiote, analyse Laurent Hini. J’ai suggéré d’aborder le sujet sous la forme d’un diptyque avec deux images distinctes : un premier portrait de l’athlète en mouvement auquel répond, en effet miroir, un second volet représentant le microbiote en coach invisible. »

5 sports, 5 couleurs, 6 athlètes… et un coach !

Surf et hydratation, judo et défense, breakdance et équilibre… L’exposition se présente comme un parcours de 5 diptyques grand format pour 5 sports associés à 5 fonctions du microbiote. 6 athlètes se sont prêtés à l’exercice. Le projet a été conçu comme un vis-à-vis entre une photographie en plan large de l’athlète et une image représentant son « coach microbiote ».

Pour le microbiote, une technique mixte associant photo et Intelligence Artificielle visuelle générative a été utilisée pour matérialiser la fonction du microbiote. L’exposition repose sur cet équilibre entre le perceptible (l’athlète) et l’invisible (son microbiote). Une dominance chromatique a ensuite été associée à chaque diptyque : rouge pour l’énergie, orange pour l’équilibre, blanc pour la défense… La couleur revêt un caractère important dans l’exposition : elle est le liant entre les deux volets de chaque diptyque, la signalétique qui va orienter, informer le public au sein de l’exposition sur les pouvoirs insoupçonnés des microbiotes humains. Et le convaincre à se (re) mettre au sport !

BMI 24.19

Bactéries, virus, champignons (y compris des levures) et même parasites : toute une flore, appelée « microbiote intestinal », peuple notre système digestif. Et ce pour notre plus grand bien ! Le microbiote intestinal favorise la digestion, participe au bon fonctionnement de notre système immunitaire, nous protège des bactéries pathogènes… Une liste de bienfaits loin d’être exhaustive car le microbiote intestinal a bien d’autres cordes à son arc, et notamment en matière de sport ! D’après plusieurs études scientifiques, ce « coach invisible » nous aiderait dans l’effort, serait susceptible d’améliorer nos chronos et même source de motivation pour les entraînements ! Inversement, une activité physique régulière modulerait la composition de notre microbiote, favorisant certaines bactéries capables d’optimiser nos performances. 

Rendre visible l’invisible 

Fidèle à sa mission d’éduquer le grand public aux fascinants pouvoirs des microbiotes humains, le Biocodex Microbiota Institute profite d’une année riche en événements sportifs pour mettre la lumière sur la relation bidirectionnelle entre microbiote et sport. « Nous nous sommes plongés dans les études scientifiques qui démontrent la relation bidirectionnelle entre le microbiote et l’activité physique, indique Murielle Escalmel, directrice scientifique du Biocodex Microbiota Institute. Hydratation, immunité, équilibre, énergie et résilience, sur ces cinq fonctions clés de notre organisme, le microbiote joue un véritable rôle de coach invisible. Les bases scientifiques étant réunies, il nous fallait désormais toucher le plus grand nombre avec un défi de taille : rendre visible l’invisible. »
 

Le Biocodex Microbiota Institute a confié au photographe Laurent Hini la délicate mission de lever le voile sur les mécanismes en œuvre. « Au-delà du défi technique, j’ai été séduit par le message qui consistait à mettre en lumière le lien intrinsèque entre le sport et le microbiote, analyse Laurent Hini. J’ai suggéré d’aborder le sujet sous la forme d’un diptyque avec deux images distinctes : un premier portrait de l’athlète en mouvement auquel répond, en effet miroir, un second volet représentant le microbiote en coach invisible. »

5 sports, 5 couleurs, 6 athlètes… et un coach !

Surf et hydratation, judo et défense, breakdance et équilibre… L’exposition se présente comme un parcours de 5 diptyques grand format pour 5 sports associés à 5 fonctions du microbiote. 6 athlètes se sont prêtés à l’exercice. Le projet a été conçu comme un vis-à-vis entre une photographie en plan large de l’athlète et une image représentant son « coach microbiote ». 
Pour le microbiote, une technique mixte associant photo et Intelligence Artificielle visuelle générative a été utilisée pour matérialiser la fonction du microbiote. L’exposition repose sur cet équilibre entre le perceptible (l’athlète) et l’invisible (son microbiote). Une dominance chromatique a ensuite été associée à chaque diptyque : rouge pour l’énergie, orange pour l’équilibre, blanc pour la défense… La couleur revêt un caractère important dans l’exposition : elle est le liant entre les deux volets de chaque diptyque, la signalétique qui va orienter, informer le public au sein de l’exposition sur les pouvoirs insoupçonnés des microbiotes humains. Et le convaincre à se (re) mettre au sport !
 

À propos du Biocodex Microbiota Institute 

Le Biocodex Microbiota Institute est un carrefour international de connaissances ayant pour but de promouvoir une meilleure santé en communiquant sur le microbiote humain. Pour ce faire, il s’adresse aux professionnels de santé ainsi qu’au grand public afin de les sensibiliser au rôle central de cet organe peu connu.

→ www.biocodexmicrobiotainstitute.com

BMI 24.19