Une véritable révolution dans le contrôle des infections: rôle de la TMF dans la lutte contre les bactéries multi-résistantes chez les patients transplantés

Une étude pivot révèle que la transplantation de microbiote fécal (TMF) constitue une stratégie efficace contre les bactéries multi-résistantes (BMR) chez les transplantés rénaux, marquant ainsi une avancée importante dans le contrôle des infections et de la résistance aux antimicrobiens.

TMF

L’apparition de bactéries multi-résistantes (BMR) pose un formidable défi de santé publique, notamment chez les patients immunodéprimés, y compris las transplantés rénaux. Un récent essai contrôlé randomisé a braqué les projecteurs sur la transplantation de microbiote fécal (TMF) en tant qu’intervention prometteuse pour réduire la colonisation par les BMR chez cette population vulnérable. L'essai a comporté une évaluation méticuleuse de la sécurité et de l’efficacité de la FMT, ainsi que de la dynamique d’élimination des souches de BMR, avec des résultats impressionnants.

Efficacité de l’élimination et de la prise de greffe

L’étude a été menée à l’Hôpital Universitaire Emory d’Atlanta, aux États-Unis, avec une randomisation 1:1 de onze transplantés rénaux entre un groupe TMF (n= 6) et un groupe d’observation (n= 5). Tous les participants qui restaient positifs aux BMR après la première intervention (J36) ont ensuite reçu une TMF, indépendamment de leur affectation initiale, afin d’évaluer plus en détail l’efficacité de la TMF et sa capacité à éliminer les souches bactériennes résistantes.

L’étude a permis d’observer un taux de réussite impressionnant, puisque 8 des 9 patients ayant reçu tous les traitements spécifiés dans le protocole étaient négatifs aux BMR après la TMF. Ce succès a été attribué à la transplantation réussie de taxons bénéfiques du donneur, notamment Akkermansia muciniphila et Faecalibacterium prausnitzii, dans le microbiote intestinal des receveurs. Ces taxons sont connus pour leur rôle bénéfique dans l’intestin humain, ce qui suggère une approche ciblée pour renforcer le microbiote du receveur contre la colonisation par les BMR.

Un déplacement plutôt qu’un remplacement

Afin d’approfondir la question essentielle du déplacement des souches de BMR, l’étude a inclus une analyse détaillée qui a mis en lumière le rôle crucial joué par l’introduction de souches bactériennes compétitives et conspécifiques provenant du donneur. Ce processus, loin d’être un simple remplacement, est un authentique déplacement stratégique profitant de la concurrence microbienne au sein du microbiote intestinal. Les chercheurs ont méticuleusement examiné les différences de contenu génétique entre les souches présentes initialement et les souches de remplacement pour certains groupes d’isolats conspécifiques, en se concentrant sur les gènes susceptibles de renforcer la concurrence entre les souches ou leur adhésion à la surface des cellules hôtes.

L’analyse du contenu génétique a produit des résultats importants, notamment en ce qui concerne les colicines, un sous-ensemble de bactériocines produites par E. coli qui sont toxiques pour d’autres souches d’E. coli et certaines souches apparentées. Les résultats expérimentaux montrent que les souches d’E. coli productrices de colicine peuvent supplanter les souches sensibles à la colicine qui, à leur tour, peuvent être supplantées par des souches résistantes à la colicine, ce qui démontre l’existence d’une dynamique de compétition complexe et non transitive que l’on pourrait comparer à celle du jeu de pierre, papier, ciseaux. L’étude a clairement démontré l’existence de cette dynamique puisque les souches de remplacement sensibles possédaient de multiples gènes de colicine et d’immunité à la colicine qui étaient absents dans les souches résistantes aux antibiotiques.

Ces résultats illustrent les multiples facettes de l’impact de la TMF sur l’écologie microbienne intestinale, soulignant que le déplacement des BMR par la TMF est un processus complexe dans lequel interviennent la compétition microbienne, les déterminants génétiques de la compétitivité et les pressions sélectives de l’environnement intestinal.

Implications pour la pratique clinique

Les implications de cette étude vont bien au-delà des effets bénéfiques immédiats pour les transplantés rénaux. En effet, elle marque un changement de paradigme dans la façon d’aborder le contrôle des infections et la résistance aux antimicrobiens, en préconisant des traitements innovants mettant à contribution les communautés microbiennes naturelles de l’organisme. Au fur et à mesure des progrès accomplis, l’intégration de la TMF dans la pratique clinique pourrait révolutionner la prise en charge de la colonisation par les BMR, offrant ainsi de l’espoir aux patients et aux soignants.

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Les goûts et les couleurs, ça se discute : comment notre microbiote buccal module la perception des saveurs

Vous êtes-vous déjà demandé pourquoi des plats pourtant identiques peuvent avoir un goût totalement différent pour chacun de nous ? Une étude récente jette un pavé dans la mare : c’est dans notre microbiote buccal qu’il faut chercher la clé du mystère. Que nous ayons un penchant pour les sucreries ou que nous préférions l’amertume des légumes verts, cette étude suggère en effet que le large éventail de microbes qui vivent dans notre bouche joue un rôle crucial pour résoudre l’énigme de nos expériences gustatives personnelles.

Le microbiote ORL L'alimentation

Il s’avère que le secret pour lequel un même aliment peut avoir un goût différent selon les personnes pourrait bien se cacher dans notre bouche, et pas seulement dans nos papilles gustatives, mais aussi au sein de l’univers microscopique de notre microbiote buccal. Selon une étude 1 récente menée par une équipe de scientifiques du Centre des Sciences du Goût et de l’Alimentation de Dijon 2, la variété des bactéries résidant dans notre salive et sur notre langue (microbiote buccal) pourrait être pour beaucoup dans notre façon de percevoir les saveurs de base.

Le microbiote ORL

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Les microbes ont une influence sur chaque bouchée

En utilisant une technique de pointe de séquençage métagénomique par shotgun, les scientifiques ont identifié plus de 650 espèces microbiennes vivant sur la langue et dans la salive de 100 sujets humains différents. Si la richesse totale du microbiote buccal et sa biodiversité n’ont pas de corrélation directe avec les variations de la sensibilité gustative, l’abondance relative de certaines espèces et de certains genres bactériens essentiels semble avoir une influence. Deux groupes de bactéries en particulier, Streptococcus et Prevotella, se sont distingués par leurs effets spectaculaires, bien que ceux-ci varient considérablement en fonction de l'espèce concernée.

Le saviez-vous ?

Sur les 6 500 personnes interrogées par l’Observatoire International des Microbiotes 3, 57 % ignoraient l’existence même du microbiote buccal !

Notre langue est particulièrement sensible aux saveurs

Des proportions plus élevées de Streptococcus gordonii et de S. parasanguinis sur la langue, deux bactéries communes de la plaque dentaire, ont été associées à une sensibilité considérablement réduite aux cinq saveurs de base :

  • sucré
  • salé
  • amer
  • acide
  • umami

Ces bactéries adeptes de l’adhérence modifient probablement l’environnement structurel du biofilm de la langue de manière à entraver physiquement la diffusion des molécules gustatives et leur accès aux récepteurs sous-jacents.

À l’inverse, une espèce de Prevotella non classée a eu l’effet opposé en augmentant l’intensité de la perception de quatre des cinq saveurs de base. Curieusement, en comparant la composition du microbiote de la langue elle-même à celle de la salive dans son ensemble, les chercheurs ont observé que ce dernier écosystème est capable de mieux prédire les différentes sensibilités gustatives. Ce constat tend à indiquer que les bactéries buccales modulent sans doute la perception des saveurs non seulement par leur influence locale sur l’exposition des papilles gustatives mais aussi par le biais de la dynamique de la communauté microbienne et de ses interactions métaboliques.

Bien que des études supplémentaires soient encore nécessaires pour clarifier les mécanismes mis en jeu, ces résultats spectaculaires mettent en lumière une fonction sous-estimée de notre microbiote buccal endogène, à savoir, celle de façonner activement des expériences gustatives en « goûtant » pour nous et en traitant de manière différenciée les signaux alimentaires envoyés aux récepteurs gustatifs eux-mêmes.

La compréhension de cette modulation microbienne pourrait un jour contribuer à améliorer les approches visant à combattre les problèmes nutritionnels causés par la perte et le dysfonctionnement du goût liés à l'âge, à la prise de médicaments ou à la maladie. La prochaine étape consistera également à comprendre la contribution du microbiote buccal conjointement  à d’autres facteurs impliqués dans la perception des saveurs, tels que la génétique des récepteurs gustatifs, le nombre de papilles gustatives ou la biochimie de la salive.

De manière plus générale, cette étude met en évidence l’étonnante complexité de l’alimentation, même élémentaire, en tant que processus multisensoriel intégrant notre perception, notre digestion, notre immunité et nos microbes.

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De la bactérie à la crise d’hyperphagie Quand la perte de F. prausnitzii conduit à la crise d’hyperphagie

Une simple déplétion en F. prauznitzii intestinale semble suffire à hyperactiver deux zones du cerveau responsables de crises d’hyperphagie. Comment ? Via la moindre production d’un métabolite et la stimulation de l’axe intestin-cerveau par le nerf vague. Un désordre que l’administration du probiotique ou du métabolite suffirait à résoudre.

Des frénésies alimentaires pour des aliments gras et sucrés sont classiquement observées chez les patients souffrant de troubles de l'alimentation. Chez ceux souffrant d’ (sidenote: L'hyperphagie boulimique L'hyperphagie boulimique est un trouble alimentaire. Son diagnostic repose sur :  

des critères cliniques (frénésie alimentaire, en moyenne au moins 1 fois/semaine pendant 3 mois ; sentiment d'absence de contrôle sur l'alimentation)
 
et sur la présence de 3 ou plus des 5 critères suivants : manger beaucoup plus rapidement que la normale ; manger jusqu'à se sentir mal à l'aise ; manger de grandes quantités de nourriture sans ressentir physiquement la faim ; manger tout seul à cause de la honte ; ressentir du dégoût, se sentir déprimé ou coupable d'avoir trop mangé.

  Le comportement boulimique est source d’une souffrance marquée.

  Source : Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders, Fifth Edition Text Revision, DSM-5-TRTM, Feeding and eating disorders.
)
, ces crises vont de pair avec un mal-être et un excès de poids voire une obésité. Le microbiote intestinal semble être impliqué. Mais quels sont les mécanismes en jeu ? Quels sont les effets de ce désordre alimentaire sur le microbiote intestinal et de ce dernier sur le comportement ? Pour le savoir, des chercheurs 1 ont décrypté étape par étape l’axe intestin-cerveau.

Le trouble d'hyperphagie boulimique affecte environ 3,5 % des femmes et des 2 % des hommes dans la population générale au cours de leur vie. 2

Hyperphagie et dysbiose intestinale

Comme les Hommes, des souris, après des stress et des régimes, sont plus enclines à grignoter des biscuits très appétents, à accroitre leur consommation calorique et à se laisser aller à des crises d’hyperphagie. Ce comportement semble lié au microbiote intestinal des rongeurs, dont la diversité et la richesse sont altérées, avec une perte en Lactobacillus et Ruminococcaceae et un accroissement des Bacteroides, Roseburia et Alistipes.

Des expériences de transplantation de microbiote fécal (FMT) laissent à penser que la flore des souris hyperphagiques serait appauvrie en bactéries protectrices : une FMT de souris en bonne santé fait disparaître les frénésies alimentaires des souris hyperphagiques, suggérant un retour des bactéries protectrices ; à l’inverse, une FMT de souris hyperphagiques à des souris saines n’induit pas de frénésies, suggérant l’absence de bactérie induisant ce trouble.

3 troubles des conduites alimentaires (TCA)

3 troubles des conduites alimentaires (TCA)  fréquemment diagnostiqués chez les adolescents et adultes sont désormais reconnus par la 5e version du Manuel diagnostique et statistique des troubles mentaux (Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders, ou DSM-5) 2, ouvrage de référence mondial pour les troubles mentaux publié par l’American Psychiatric Association

  • l’anorexie mentale, caractérisée par une peur intense de prendre du poids ou de grossir qui persiste malgré toutes les preuves du contraire ; elle se traduit par une lutte active contre la faim et un évitement de tous « les aliments qui font grossir », fréquemment associés à d'autres manifestations qui ont toutes pour but de perdre du poids (vomissements provoqués, hyperactivité physique, utilisation de médicaments, etc.), conduisant à un amaigrissement de plus de 15 % du poids initial et/ou un IMC inférieur à 17,5 ;
     
  • la boulimie, caractérisée par des épisodes à répétition de frénésie alimentaire incontrôlable (crises de boulimie) suivies de comportements compensatoires inappropriés tels que des vomissements auto-induits, des abus de laxatifs ou de diurétiques, des jeûnes, ou des exercices excessifs ;
     
  • l’hyperphagie boulimique caractérisée par des épisodes de consommation de grandes quantités de nourriture non compensés par des vomissements ou des purges, avec une tendance à un excès de poids ou une obésité.

Décryptage des mécanismes

Des expériences complémentaires montrent que les frénésies alimentaires des souris auraient pour origine une désinhibition du nerf vague conduisant à une hyperactivation de l’axe intestin-cerveau, passant par le noyau paraventriculaire du thalamus (associé à la récompense, la motivation et l’homéostasie énergétique) et le noyau du tractus solitaire. Le déclencheur pourrait être la faible production d’un métabolite microbien intestinal, l'acide kynurénique (KYNA) chez les souris hyperphagiques. Une supplémentation des souris en KYNA suffit à remettre les rongeurs sur la voie de l’équilibre alimentaire.

Tout ce qu’il faut savoir sur l’axe microbiote-intestin-cerveau

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Et s’il suffisait d’un probiotique ?

Pour confirmer les résultats du modèle murin, les chercheurs ont analysé les échantillons fécaux provenant de 11 patientes souffrant d’hyperphagie boulimique et 9 témoins saines. Le microbiote des patientes présente une perte de Faecalibacterium prausnitzii (famille des Ruminococcaceae) et une baisse des taux de KYNA. Tout porte donc à croire qu'une réduction de F. prausnitzii pourrait accompagner la réduction du KYNA luminal et les désordres alimentaires qui en découlent via l’axe intestin-cerveau. L’hypothèse semble confortée chez l’animal : l’inoculation de F. prausnitzii à des souris hyperphagiques fait remonter les taux de KYNA, réduit leur attirance pour les biscuits et leur hyperphagie.

Ainsi, la supplémentation en KYNA, la transplantation fécale et/ou les probiotiques pourraient participer à la prise en charge clinique de certains troubles alimentaires… sous réserve de travaux complémentaires, notamment chez l’Homme. Dans l’attente, cette étude apporte une nouvelle pierre au décryptage de l’axe intestin-cerveau.

Sources

1. Fan S, Guo W, Xiao D et al. Microbiota-gut-brain axis drives overeating disorders. Cell Metab. 2023 Nov 7;35(11):2011-2027.e7. doi: 10.1016/j.cmet.2023.09.005.

2. Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders, Fifth Edition Text Revision, DSM-5-TRTM, Feeding and eating disorders.

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Actualités Gastroentérologie Médecine générale

Un probiotique contre les crises de boulimie ?

Et s’il suffisait d’une petite bactérie pour en finir avec les incontrôlables crises de boulimie ? C’est l’espoir offert par une équipe chinoise qui a décrypté, chez les souris, les mécanismes en jeu… et les moyens de les contourner.

Le microbiote intestinal Troubles de l'humeur

Paquets entiers de gâteaux, tablettes de chocolat… : au cours d’une crise de boulimie, tout ce qui passe à portée de main, notamment le gras et le sucré, est avalé à toute allure, souvent en cachette, jusqu’à en avoir mal au ventre. Cette frénésie alimentaire incontrôlable s’achève dans la honte et la culpabilité, et contribue à un apport calorique excessif qui induit un surpoids voire une obésité chez les patients souffrant de ce trouble, appelé (sidenote: L'hyperphagie boulimique L'hyperphagie boulimique est un trouble alimentaire. Son diagnostic repose sur :  

des critères cliniques (frénésie alimentaire, en moyenne au moins 1 fois/semaine pendant 3 mois ; sentiment d'absence de contrôle sur l'alimentation)
 
et sur la présence de 3 ou plus des 5 critères suivants : manger beaucoup plus rapidement que la normale ; manger jusqu'à se sentir mal à l'aise ; manger de grandes quantités de nourriture sans ressentir physiquement la faim ; manger tout seul à cause de la honte ; ressentir du dégoût, se sentir déprimé ou coupable d'avoir trop mangé.

  Le comportement boulimique est source d’une souffrance marquée.

  Source : Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders, Fifth Edition Text Revision, DSM-5-TRTM, Feeding and eating disorders.
)
. Cette maladie serait facilitée par le stress et les régimes à répétition. D’ailleurs, des souris soumises à de telles conditions finissent par se goinfrer d’Oreo®, ces petits biscuits très gourmands. L’étude 1 de tels animaux a néanmoins permis de décrypter les mécanismes sous-jacents, et d’envisager des pistes de solution.

Le trouble d'hyperphagie boulimique affecte environ 3,5 % des femmes et des 2 % des hommes dans la population générale au cours de leur vie. 2

Les mécanismes décryptés

Ainsi, il ressort d’une très longue série d’expériences menées sur ces rongeurs, mais aussi de l’analyse de la flore de patientes atteintes d’hyperphagie boulimique, que la combinaison du stress et de régimes altèrerait le microbiote intestinal, provoquant notamment la perte, chez les rongeurs comme chez les humains, d’une bactérie appelée Faecalibacterium prausnitzii. Conséquence de la faible présence de cette bactérie : une faible production d’une petite molécule appelée KYNA (abréviation d'acide kynurénique). Petite, mais costaude : lorsque sa production est en berne, rien ne va plus !

Ainsi, trop peu de KYNA sonnerait l’alarme au niveau du nerf vague qui enverrait des messages d’alerte à 2 zones cérébrales impliquées dans les comportements alimentaires… et voilà notre souris qui se jette sur les Oreo® ! Ainsi, la perte de F. prausnitzii et les variations de la concentration, au cœur de leurs entrailles, de KYNA suffisent à engendrer l’hyperphagie des rongeurs en stimulant l’axe intestin-cerveau.

L’axe intestin-cerveau : Quel est le rôle du microbiote ?

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De nouvelles options de prise en charge ?

Pour autant, il existe des bonnes nouvelles. La supplémentation des souris hyperphagiques avec des bactéries F. prausnitzii suffit à réduire leur frénésie de gâteaux. Idem avec la prise de KYNA : d’ailleurs, plus on leur donne de KYNA, plus les crises de boulimie disparaissent. Autre option, un peu moins ragoutante de prime abord : la (sidenote: Transplantation fécale Cette approche thérapeutique consiste à introduire les selles d’une personne saine dans le tube digestif d'un patient afin de reconstituer sa flore intestinale. Pour le moment, elle n’est autorisée que pour le traitement des infections récurrentes à Clostridioides difficile. Quigley EMM, Gajula P. Recent advances in modulating the microbiome. F1000Res. 2020;9:F1000 Faculty Rev-46. ) de souris en bonne santé suffit à faire disparaître l’hyperphagie des souris.

Ainsi, les probiotiques, le KYNA et/ou la FMT pourraient peut-être un jour participer à la prise en charge des patients atteints d’hyperphagie boulimique, qui touche 3,5 % des femmes et des 2 % des hommes. Mais avant d’en arriver là, d’autres études restent nécessaires, notamment pour confirmer que ces résultats chez la souris peuvent être reproduits chez l’Homme. 

3 troubles alimentaires

3 troubles alimentaires fréquemment diagnostiqués chez les adolescents et adultes sont reconnus 2 :

  • l’anorexie mentale, caractérisée par une peur intense de prendre du poids ou de grossir qui persiste malgré toutes les preuves du contraire. Elle se traduit par une lutte active contre la faim et un évitement de tous « les aliments qui font grossir », fréquemment associés à d'autres manifestations qui ont toutes pour but de perdre du poids (vomissements provoqués, hyperactivité physique, utilisation de médicaments, etc.), conduisant à un amaigrissement de plus de 15 % du poids initial et/ou un IMC inférieur à 17,5 ;
     
  • la boulimie, caractérisée par des épisodes à répétition de frénésie alimentaire incontrôlable (crises de boulimie) suivies de comportements compensatoires inappropriés tels que des vomissements auto-induits, des abus de laxatifs ou de diurétiques, des jeûnes, ou des exercices excessifs ;
     
  • et l’hyperphagie boulimique caractérisée par des épisodes de consommation de grandes quantités de nourriture non compensés par des vomissements ou des purges, avec une tendance à un excès de poids ou une obésité.
Sources :

1. Fan S, Guo W, Xiao D et al. Microbiota-gut-brain axis drives overeating disorders. Cell Metab. 2023 Nov 7;35(11):2011-2027.e7. doi: 10.1016/j.cmet.2023.09.005.

2. Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders, Fifth Edition Text Revision, DSM-5-TRTM, Feeding and eating disorders.

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Nous soutenons les causes de santé publique liées aux microbiotes avec l’appui d’associations internationales

Syndrome de l’intestin irritable, endométriose, surpoids, maladie d’Alzheimer, maladie de Parkinson, troubles anxieux, cancer, mais aussi antibiorésistance… De nombreux problèmes de santé et inquiétudes liés aux microbiotes transcendent les frontières nationales et exigent la collaboration entre chercheurs, associations de malades et sociétés médicales du monde entier. C’est pourquoi l’Institut bénéficie de l’aval de sociétés médicales et d’associations de malades du monde entier, telles que :

APSSII

WGO

SoMeMi

Fondation Recherche Endométriose

NSOIM

Canadian Digestive Health Foundation

SOS Préma

Petits frères des pauvres

Le French Gut

L’Académie du Microbiote Urogénital

Voici quelques exemples de notre engagement :

Semaine mondiale de sensibilisation à la résistance aux antimicrobiens

• Organisée par l’OMS du 18 au 24 novembre depuis 2015, la Semaine mondiale de sensibilisation à la RAM a pour but de mieux faire connaître ce phénomène mondial et d’encourager le grand public, les professionnels de santé et les décideurs à utiliser les antibiotiques avec précaution afin de freiner l’émergence de la résistance aux antimicrobiens.

• Chaque année, le Biocodex Microbiota Institute joue un rôle actif dans cette initiative en produisant et en partageant tout au long du mois de novembre des contenus exclusifs autour de l’impact des antimicrobiens sur le microbiote intestinal.

Mois de sensibilisation au SII

• À l’occasion du mois de sensibilisation au syndrome de l’intestin irritable, le Biocodex Microbiota Institute a lancé « Patient Stories », une série de témoignages vidéo de patients souffrant de maladies chroniques. Les premiers épisodes ont été produits avec le soutien de l’Association des Patients Souffrant du Syndrome de l’Intestin Irritable (APSSII).

• La plupart des patients atteints du SII ont en commun un parcours de soins semé d'embûches : absence de diagnostic, manque d’informations fiables, échecs thérapeutiques, changements de régime alimentaire inappropriés, voire nocifs. C’est pourquoi trois gastro-entérologues de renommée internationale, avec le soutien du Biocodex Microbiota Institute, ont mis au point un guide pour améliorer le diagnostic du SII. Cet outil pratique et innovant propose un aide-mémoire facile à utiliser pour établir le diagnostic différentiel (critères de diagnostic, sous-catégories de SII, check-list des signes d’alerte, etc.) et pour améliorer la communication avec les patients.

Mois de sensibilisation à l’endométriose.

Chaque année, en France, le Biocodex Microbiota Institute et la Fondation pour la Recherche sur l’Endométriose mènent une campagne de sensibilisation auprès du grand public et des professionnels de santé sur les liens possibles entre le microbiote et l’endométriose.

À l’occasion du mois de sensibilisation à l’endométriose, le Biocodex Microbiota Institute donne la parole à trois experts de cette maladie. Quels en sont les symptômes ? Comment est effectué le diagnostic ? Quels sont les traitements disponibles ? Est-elle liée au microbiote ? Vous trouverez les réponses à toutes vos questions dans cet article.

BMI 24.03

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Le Biocodex Microbiota Institute : qui sommes-nous ?

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Olivier Valcke

Directeur de l'Institut des Microbiotes

Ancien journaliste, fort d'une expérience de 15 ans dans la communication santé, Olivier supervise les activités du Biocodex Microbiota Institute. Il a notamment dans son escarcelle les relations publiques du Biocodex Microbiota Institute.

Fan de rugby et de littérature française (et oui, l’un n’empêche pas l’autre !), ce conteur né a une mission: Rendre la science du microbiote accessible à tous et faire de l’Institut un « réflexe média » dans le domaine des microbiotes.

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Naouel Ait Meddour

Responsable Réseaux Sociaux

La spécialité de Naouel c’est de fournir des solutions. Toujours optimiste et jamais à court d’idées, elle a pour devise : « Les échecs cela n’existe pas, ce sont simplement des leçons à tirer ».

Elle a travaillé dans différents domaines professionnels, passant allègrement de la finance à l’immobilier avant de trouver enfin sa voie dans le domaine de la santé. Elle est la responsable des réseaux sociaux de l’Institut, celle qui travaille sur la stratégie de communication sur les réseaux sociaux afin de créer une communauté solide autour du microbiote.

Pour elle, le microbiote est un élément essentiel d’une meilleure santé.

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Pour elle, le microbiote c’est LE futur de la santé.

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Émilie Fargier

Responsable de Communication Scientifique Microbiote

Outre sa passion pour la science profondément ancrée en elle et son expérience de plus de 17 ans, Émilie possède un PhD en microbiologie. Son parcours l’a amenée à passer de la recherche académique à la recherche industrielle au sein du secteur pharmaceutique. En dehors de ses activités scientifiques, Émilie pratique le yoga et cultive une fervente passion pour la science-fiction et la littérature fantastique.

Assumant son rôle d’exploratrice de la science du microbiote au sein de l’équipe, elle est la garante de la véracité scientifique du contenu publié par le Biocodex Microbiota Institute. Connue pour sa curiosité et sa faculté de démystifier les concepts scientifiques les plus complexes, sa devise « Percer le mystère des microbes pour le bien-être de la planète » reflète sa volonté d’améliorer la santé grâce au pouvoir du microbiote.

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Élodie Mintet

Responsable de Communication Scientifique Microbiote

Élodie est la Gardienne de la science au sein de l’Institut. Elle a pour devise : « la science doit être accessible à tous ». Au cours de ses 10 ans d’expérience en recherche académique dans le secteur de la santé et en valorisation scientifique dans l’industrie, Élodie a développé une démarche fortement orientée vers le consommateur. Passionnée et curieuse, elle transforme la recherche sur le microbiote en contenus à la fois attrayants et instructifs pour le grand public.

Pour elle, le microbiote est une solution globale pour la santé capable de changer la donne en matière de traitements personnalisés.

 

Clémence Enou

Assistante Equipe Communication Scientifique

Des actualités par-ci par-là : si chaque semaine apporte son lot de nouvelles informations rien que pour vous et dans toutes les langues, c’est en partie grâce à Clémence. Son calme inspire confiance et aide à gérer le stress pendant les périodes de pointe.

Elle a pour devise : « Choisis un métier que tu aimes et tu n’auras pas à travailler un seul jour de ta vie ! » C’est justement ce qu’elle a choisi en trouvant un équilibre entre ses activités au sein du Biocodex Microbiota Institute et son cabinet de naturopathie.

Pour elle, le microbiote est la clé de toutes les réponses que la science attend. Mais il faut encore faire preuve d’un peu de patience avant qu’il ne livre tous ses secrets. En attendant, en prendre soin est essentiel !

 

Amina Khribech

Alternante - Chef de Projet Digital

Après un parcours initialement orienté vers les sciences, Amina, désormais étudiante alternante en commerce, management et marketing, est retournée à sa première passion : le marketing digital.

Elle a trouvé à l’Institut un équilibre parfait entre ses intérêts scientifiques et ses compétences en communication digitale. Elle a notamment pour mission l'implémentation des contenus sur le site de l'Institut, la bonne gestion des mises à jour du site, mais aussi le pilotage de la newsletter mensuelle à destination des professionnels de santé et du grand public. Et quand il lui reste un peu de temps, elle contribue à la création de vidéos pour l'Institut.

Rejoindre le Biocodex Microbiota Institute lui offre la possibilité de contribuer au rayonnement de cet organe essentiel pour la santé. 

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Découverte d’une communication mère-fœtus via le microbiote intestinal

Le microbiote intestinal des femmes enceintes produit des vésicules extracellulaires capables de migrer dans le liquide amniotique. Elles pourraient préparer l’intestin du fœtus à être colonisé par les microorganismes du futur microbiote.

Une équipe de chercheurs finlandais vient pour la première fois de mettre en évidence la présence, dans le liquide amniotique, de vésicules extracellulaires issues de bactéries du microbiote intestinal, chez des femmes enceintes en bonne santé 1

Ces vésicules sont constituées de molécules bactériennes diverses (protéines, lipides, acides nucléiques…) qui pourraient jouer un rôle fondamental dans la maturation de l’intestin fœtal et l’immunité de l’enfant à naître.

Cette découverte pourrait constituer la pièce manquante pour expliquer la présence, relevée dans plusieurs études récentes, d’ADN bactérien dans le placenta, le liquide amniotique et le méconium. 

Des similarités troublantes

Pour mettre ce résultat en évidence, les scientifiques de l’Université d’Oulu ont recherché la présence de vésicules extracellulaires dans le liquide amniotique et les selles de 25 Finlandaises enceintes ayant accouché par césarienne. 

Leurs résultats confirment l’existence de vésicules extracellulaires de tailles relativement variées et en grand nombre dans l’ensemble des échantillons fécaux et amniotiques. 

Le microbiote maternel module aussi l’expression des gènes fœtaux

Les auteurs d’une étude publiée fin 2023 ont comparé des fœtus murins nés de souris sans microbiote à ceux issus de souris normale avec microbiote, en mesurant notamment les différences d’expression de certains gènes 2. Résultats : chez les fœtus de souris « germe-free », les gènes impliqués dans l’immunité étaient moins actifs au niveau intestinal, tout comme ceux impliqués dans le développement et le fonctionnement du système nerveux, dans le fonctionnement du placenta ou dans le métabolisme énergétique. Ces impacts sur l’expression des gènes étaient fortement corrélés aux concentrations de métabolites bactériens dans les tissus fœtaux, et plus marqués chez les fœtus mâles.

L’analyse de leur contenu (protéines et ARNr 16S) montre que les vésicules fécales et amniotiques contiennent en commun un sous-groupe de protéines ayant les mêmes caractéristiques fonctionnelles et provenant des même phyla bactériens (Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria et Actinobacteria). Ces similitudes de composition et de d’origine bactérienne suggèrent que les vésicules extracellulaires se forment dans le microbiote, et donc que celui-ci communique avec le fœtus par leur intermédiaire.

En injectant des vésicules extracellulaires maternelles d’origine fécale humaines dans le sang de souris gestantes, les chercheurs ont ensuite démontré leur présence dans le liquide amniotique, ce qui prouve que les vésicules sont bien capables de d’accumuler dans le fœtus et donc traverser la barrière placentaire.

Préparer l’intestin fœtal à accueillir son futur microbiote

Hypothèse des auteurs : les vésicules extracellulaires présentes dans le liquide amniotique seraient ingérées par le fœtus ; elles viendraient ensuite guider le système immunitaire fœtal vers la tolérance immunitaire requise pour une colonisation précoce de l’intestin à la naissance. Les vésicules extracellulaires feraient donc bien partie de l’environnement naturel du fœtus, même au cours d’une grossesse normale.

Si l’étude comporte certaines limites, elle ouvre un champ à de nouvelles recherches, notamment l’étude de la contribution d’autres sources de vésicules extracellulaires (comme celles provenant du microbiote oral ou vaginal) à la maturation immunitaire du fœtus. Elles devraient aussi permettre d’étudier comment cette communication peut affecter la santé future de l’enfant.

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Actualités Pédiatrie

Des bactéries intestinales en cause dans l’apnée du sommeil

Le microbiote intestinal était soupçonné d’être impliqué dans l’apnée du sommeil. Une étude 1 de randomisation mendélienne confirme son rôle causal, pointant du doigt des bactéries et métabolites bactériens.

L’apnée obstructive du sommeil, qui peut apparaître dans la petite enfance comme chez le sujet âgé, repose sur une étiologie complexe (hypertrophies des amygdales chez l’enfant, réduction du volume pulmonaire, obésité…).

Le microbiote intestinal est également pointé par plusieurs études suggérant l’existence de dysbioses, mais son rôle causal restait à prouver. C’est justement ce que s’est attachée à faire une équipe chinoise via une randomisation mendélienne, qui permet de faire fi de nombreux facteurs confondants et biais et de démontrer que le microbiote et ses métabolites sont la cause, et non la conséquence, de l’apnée.

L’effet protecteur de la famille des Ruminococcaceae

En pratique, les chercheurs ont réalisé l’étude à partir de bases de données pré-existantes : côté apnée, les données génétiques du projet finlandais FinnGen 2 qui compte 33 423 patients souffrant d’apnée et 307 648 témoins ; côté microbiote, les données du consortium MiBioGen 3 qui a rassemblé et analysé les génotypes et les données du microbiote fécal 16S de 18 340 personnes.

La randomisation mendélienne a porté sur 196 taxons microbiens intestinaux, 83 types de métabolites microbiens et le risque d'apnée. Elle met en évidence que certaines bactéries augmenteraient le risque (le genre Ruminococcaceae UCG009 et le genre Subdoligranulum) tandis que d’autres (famille des Ruminococcaceae, genre Coprococcus2, genre Eggerthella, et le genre Eubacterium) le réduiraient.

L’effet protecteur de la famille bactérienne des Ruminococcaceae pourrait passer par la capacité de ces bactéries à produire des (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. ) réduisant l’inflammation, renforçant la barrière intestinale et limitant la prolifération de bactéries pathogènes, mais aussi par leur implication dans le métabolisme des acides biliaires, connus pour leur rôle dans le sommeil et la régulation de ses cycles.

Les métabolites microbiens incriminés

L'étude pointe également le rôle d’autres métabolites microbiens : la leucine et la 3-déhydrocarnitine sont associées à un risque accru d’apnée tandis que la gamma-glutamylvaline et la bétaine montrent des effets protecteurs. Or certaines de ces molécules ont déjà été incriminées dans de précédentes études : des taux élevés de leucine ont été observés chez des enfants souffrant d’apnée du sommeil ; à l’inverse, chez les patients auxquels un masque avait été prescrit pour traiter l’apnée, les taux de leucine étaient en chute libre.

Ainsi, des perturbations de notre microbiote intestinal et des altérations des métabolites produits par les bactéries de notre tube digestif semblent avoir, selon leur profil, des conséquences bénéfiques ou délétères sur l’apnée du sommeil. Cette relation causale pourrait passer par une réponse systémique pro-inflammatoire.

Ces résultats ouvrent la voie à d’autres travaux : études sur des populations non-finlandaises ; décryptage des interactions entre microbiote et immunité, flore et inflammation et l’axe intestin-cerveau ; étude d’intervention mesurant l’effet de l’alimentation, de probiotiques ou d’une transplantation fécale sur les symptômes des malades.

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Actualités Gastroentérologie Médecine générale

Apnée du sommeil : des bactéries du microbiote intestinal mises en cause

On soupçonnait le microbiote intestinal d’être impliqué dans l’apnée du sommeil. Une étude 1 de randomisation mendélienne met en avant son rôle potentiellement causal, pointant du doigt des bactéries suspectées d’augmenter les pauses respiratoires et d’autres capables de nous en protéger.

Le microbiote intestinal Obésité

Derrière le terme d’apnée du sommeil se cache une pathologie caractérisée par des pauses respiratoires anormalement fréquentes durant le sommeil. Même si cette maladie se révèle fréquente chez l’enfant et l’adulte, elle n’en demeure pas sans risque, à court (fatigue…) et long terme (troubles cognitifs, maladies cardiovasculaires…).

Ses causes sont multiples : hypertrophies des amygdales chez l’enfant, obésité chez l’adulte… Le microbiote intestinal est également évoqué, mais son rôle causal reste à prouver. Néanmoins, une étude publiée en 2023 franchit un pas de plus dans la démonstration de ce rôle causal. Comment ? Via une technique appelée randomisation mendélienne, qui permet de faire fi de nombreux facteurs de confusion et biais.

Le microbiote intestinal

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Des bactéries délétères, d’autres bénéfiques

L’étude a traqué des suspects (bactéries augmentant le risque d’apnée) mais aussi des super-héros qui nous protègeraient de ces pauses respiratoires nocturnes : par exemple, la famille bactérienne des Ruminococcaceae favoriserait des nuits sans troubles de la ventilation.

1 milliard de personnes seraient touchées dans le monde par l’apnée obstructive du sommeil.

Comment expliquer un tel pouvoir sur notre santé ? Sans doute par la capacité de ces bactéries à produire des molécules bénéfiques, appelées (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. ) , bénéfiques pour notre santé car ils réduisent l’inflammation, renforcent notre barrière intestinale et limitent la prolifération de bactéries pathogènes ; mais aussi parce que ces bactéries sont impliquées dans le métabolisme des acides biliaires, connus pour leur rôle dans le sommeil et la régulation de ses cycles.

L’apnée du sommeil, un trouble masculin ?

L’apnée obstructive du sommeil (AOS) et le syndrome d’apnée/hypopnée obstructive du sommeil (SAHOS) ont longtemps été considérés comme des affections principalement masculines. L'apnée obstructive du sommeil est en effet jusqu'à 4 fois plus fréquente chez l'homme et 7 fois plus fréquente chez les sujets obèses (dont l'indice de masse corporelle [IMC] est ≥ 30). 2

Des molécules fabriquées par les bactéries mises en cause

L’étude a également traqué différentes autres molécules fabriquées par les bactéries de notre tube digestif pour identifier celles jouant un rôle sur les pauses respiratoires nocturnes. Bingo : certaines, comme la leucine (ou d’autres au nom à coucher dehors, comme l’épiandrostérone sulfate) augmentaient effectivement le risque d’apnée du sommeil. Or ces molécules s’avèrent souvent défavorablement connues : par exemple, des taux élevés de leucine ont été observés chez des enfants souffrant d’apnée du sommeil ; à l’inverse, chez les patients auxquels un masque avait été prescrit pour réduire l’apnée, les taux de leucine étaient en chute libre. 

Ainsi, des perturbations de notre microbiote intestinal et des altérations des métabolites produits par les bactéries de notre tube digestif semblent avoir, selon leur profil, des conséquences bénéfiques ou délétères sur l’apnée du sommeil. La recherche se poursuit pour que l’on puisse un jour tous tomber dans les bras de Morphée et dormir comme des loirs.

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Actualités

Grossesse : comment le microbiote intestinal maternel pourrait communiquer avec le fœtus

Des chercheurs ont mis en évidence pour la première fois, dans le liquide amniotique de femmes enceintes, la présence de minuscules vésicules issues de leur microbiote intestinal. Elles pourraient jouer un rôle fondamental dans l’immunité future du bébé.

Le microbiote intestinal

C’est une découverte étonnante que vient de faire une équipe de chercheurs finlandais. 

Les microorganismes du microbiote intestinal des femmes enceintes produisent de minuscules vésicules – appelées vésicules extracellulaires (VE) –, constituées de matériel bactérien, qui seraient capables de traverser la barrière placentaire et d’atteindre le liquide amniotique dans lequel baigne le fœtus. 1 Elles pourraient contribuer au bon développement de sa future immunité. 

Le saviez-vous ?

Le microbiote des très jeunes enfants contient un nombre exceptionnel de… virus ! Des chercheurs danois ont analysé les selles de 647 enfants de 1 an et ont identifié 10 000 espèces virales différentes, dont une grande majorité était jusqu’ici inconnue 2. Mais, rassurez-vous, ces virus sont des alliés ! 90 % d’entre eux sont des « bactériophages » capables de transférer des gènes aux bactéries et de les rendre plus compétitives. En évitant que certaines souches bactériennes ne prolifèrent trop, ces phages contribuent également au maintien de l’équilibre du microbiote. Ils pourraient donc jouer un rôle majeur dans la formation du système immunitaire de l’enfant, et donc potentiellement être impliqués dans certains dysfonctionnements. À suivre…

Le microbiote du fœtus, la fin d’une controverse ?

Cette découverte devrait mettre fin à un débat qui agite la communauté scientifique depuis plusieurs années, à savoir : le fœtus possède-t-il un microbiote ?

Plusieurs études avaient rapporté la présence d’ADN bactérien dans le liquide amniotique, le (sidenote: Méconium Premières « selles » du bébé, correspondant à l’évacuation du liquide amniotique absorbé in utero. Ce méconium permet d’identifier les micro-organismes tapissant le tube digestif du fœtus. ) et le placenta. Mais son origine restait mystérieuse et de nombreux chercheurs étaient sceptiques quant à la présence de bactéries vivantes entières à proximité du fœtus. 

On sait aujourd’hui que cet ADN pourrait provenir de VE issues du microbiote maternel. 

Connues depuis une dizaine d’années, les VE sont constituées d’une membrane contenant diverses molécules bactériennes : protéines, lipides, ADN, ARN… Elles sont capables de passer dans le sang, d’être transférées à des cellules ou des tissus et de moduler le fonctionnement. Elles constituent donc un moyen de communication unique entre le microbiote et l’organisme hôte.

Communication par vésicules interposes

Jusqu’à présent, personne n’avait encore investigué le rôle des VE dans la gestation et encore moins prouvé leur présence dans l’environnement fœtal.

Anne Kaisanlahti et ses collaborateurs de l’université d’Oulu en Finlande ont recruté 25 femmes enceintes chez qui ils ont prélevé des échantillons de selles. 

Toutes ont ensuite accouché par césarienne ce qui a permis aux scientifiques de prélever du liquide amniotique dans des conditions optimales de stérilité. Ils ont ensuite recherché des VE dans l’ensemble des prélèvements.

Résultat : des vésicules sont bien présentes, autant dans les selles que dans le liquide amniotique, et celles-ci possèdent de nombreuses similarités indiquant une origine commune.

A noter, les auteurs émettent une hypothèse. La plupart des vésicules identifiées dans le liquide amniotique sont sans doute en réalité des débris cellulaires de la mère ou du fœtus.

Allergie : le rôle de la vie in utero

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Un intestin fin prêt à accueillir le microbiote

En injectant des VE maternelles d’origine fécale humaines à des souris gestantes, les chercheurs ont ensuite montré que celles-ci se retrouvaient dans le liquide amniotique, prouvant qu’elles sont bien capables de migrer dans l’organisme et de traverser la barrière placentaire.

Selon l’hypothèse des chercheurs, une fois avalées par le fœtus, les VE exposeraient l’intestin fœtal à des constituants bactériens ; ceci lui permettrait de se familiariser très précocement et en toute sécurité avec les microbes intestinaux qui le coloniseront après la naissance. Elles pourraient ainsi joueraient donc un rôle immunitaire fondamental pour sa santé future.

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