La diarrhée bactérienne : le microbiote intestinal, victime potentielle ou bouclier protecteur ?

Les bactéries pathogènes telles que Shigella, Vibrio cholerae, Salmonella, E. coli... provoquent des diarrhées bactériennes par le biais de mécanismes qui dépendent de la bactérie en question. Les diarrhées bactériennes s’accompagnent d'une dysbiose intestinale. Réciproquement, le microbiote intestinal exerce des effets sur l’infection bactérienne. Un microbiote intestinal « sain » étant plus résistant aux infections, les probiotiques pourraient atténuer la sévérité de nombreuses infections bactériennes.

Les huit bactéries suivantes sont responsables de plus d'un tiers des plus de 1 650 000 décès causés par des diarrhées infectieuses enregistrés dans le monde en 2016, ce qui illustre parfaitement le pouvoir mortifère de la diarrhée bactérienne.2

Ces 8 bactéries

  • Shigella : 212 438 décès. 
  • Vibrio cholerae: 107 290 décès. 
  • Salmonella spp non typhique : 84 799 décès. 
  • Campylobacter spp: 75 135 décès. 
  • E. coli entérotoxinogène: 51 186 décès. 
  • Clostridioides difficile: 22 417 décès. 
  • Aeromonas: 16 881 décès. 
  • Escherichia coli entéropathogène: 12 337 décès

DE L’INFECTION À LA DIARRHÉE 

Les mécanismes conduisant à la diarrhée bactérienne dépendent de la bactérie impliquée. Transmise par l’intermédiaire d’eau ou d’aliments contaminés ou par contact de personne à personne, Shigella infecte l’appareil digestif, produit une entérotoxine et une toxine de sérotype 1, détruisant ainsi l’épithélium intestinal et provoquant une diarrhée sanglante et muqueuse sévère.3,5
Les variantes pathogènes de Vibrio cholerae produisent une toxine cholérique qui active la sécrétion d’anions, inhibe l’absorption de NaCl électroneutre et empêche le fonctionnement de la barrière intestinale, provoquant ainsi une sécrétion massive de liquide dans la lumière de l’intestin grêle et la perte de grandes quantités d’eau, de sodium, de chlorure, de bicarbonate et de potassium.3,5,13 
Différentes souches pathogènes d’E. coli, classées en différents pathotypes (Tableau 1), provoquent des diarrhées bénignes à sévères généralement accompagnées de fièvre. E. coli adhère aux cellules épithéliales intestinales grâce à des fimbriae d’adhésion, avant de produire des toxines et d’exercer ses effets pathogènes.3,5 
 

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Caractéristiques des pathotypes d’E. coli

EFFET DES PATHOGÈNES ET DE LA DIARRHÉE SUR LE MICROBIOTE 

Les diarrhées bactériennes s’accompagnent d'une dysbiose, consistant généralement en une surabondance d’anaérobies facultatifs (Escherichia, Streptococcus, Enterococcus, etc.) dans les diarrhées dysentériques, et en un appauvrissement en bactéries aux effets immunomodulateurs connus (Lactobacillus ruminis, Bifidobacterium pseudocatenulatum)7 (Figure 3).

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Représentation schématique du microbiote intestinal-diarrhée infectieuse

Par exemple, dans le cas du choléra, le microbiote intestinal est considérablement modifié au cours de l’infection et après celle-ci, en raison de l’élimination de la couche de mucus et de la communauté microbienne intestinale résidente, ainsi que de la production de toxines par V. cholerae.13 Au cours du processus de rétablissement, le microbiote intestinal des patients atteints de choléra se repeuple lentement selon un schéma d’accumulation similaire à celui de la maturation du microbiote intestinal observée chez les enfants.3 
De la même façon, les enfants infectés par E. coli diarrhéique (DEC) affichent une composition microbienne intestinale distincte, avec une fraction élevée de Bacteroidetes et de Proteobacteria et une abondance réduite de Firmicutes.13. L’enrichissement en protéobactéries pourrait s’expliquer en partie par une augmentation des espèces d’Escherichia/Shigella (à l’origine de la diarrhée) et d’autres membres de la famille des Enterobacteriaceae, tels que Citrobacter et Enterobacter (liés à la production d’histamine induite par des environnements pro-inflammatoires et associés à l’adhérence d’E. coli).).14 L’utilisation fréquente d’antimicrobiens peut également expliquer en partie la dysbiose observée.7

 

EFFET PROTECTEUR DU MICROBIOTE INTESTINAL CONTRE LES INFECTIONS

Réciproquement, le microbiote intestinal exerce des effets démontrés sur les infections bactériennes. Chez des animaux axéniques, l’absence de microbiote intestinal et de compétition écologique se traduit par un système immunitaire immature qui les rend particulièrement vulnérables aux pathogènes diarrhéiques : 10 unités formant colonies (UFC) de Salmonella suffisent à provoquer une infection mortelle, alors que pour tuer 50 % des souris ayant un microbiote intestinal intact, 103 à 109 UFC sont nécessaires.8
Chez l'homme, il a été démontré que Prevotella, Bifidobacterium et Blautia réduisent la colonisation par V. cholerae. À l’inverse, Paracoccus semble favoriser la croissance du pathogène.13 C’est pourquoi la promotion d’un microbiote intestinal « sain » est considérée comme une approche utile pour le traitement et la prévention du choléra.13

« L’appareil digestif contient de ~1 à 10 fois plus de cellules bactériennes que le nombre total de cellules du corps humain ».16 ​​​​​​​

BACTÉRIES ET LEVURES PROBIOTIQUES, PRÉBIOTIQUES ET TMF

Les probiotiques diminueraient la sévérité d’un certain nombre d’infections bactériennes : par exemple, le probiotique E. coli inhibe la formation de biofilms d’autres souches d’E. coli, ainsi que des pathogènes Staphylococcus aureus et S. epidermidis.3 En ce qui concerne la dysenterie, une association de souches de Lactobacillus et Bifidobacterium et d’une souche de Streptococcus réduit à la fois la durée de la diarrhée hémorragique et la durée d’hospitalisation.3 
Nombreux sont les mécanismes pouvant expliquer pourquoi les probiotiques soulagent la diarrhée3 : production de substances antimicrobiennes, exclusion compétitive, compétition pour les sites de fixation cellulaire, production d’acides et de métabolites capables d’abaisser le pH environnant, renforcement de la barrière de la muqueuse intestinale, modulation de l’immunité de la muqueuse intestinale et de la diversité du microbiote intestinal. Par exemple, la levure probiotique Saccharomyces boulardii peut faciliter la restauration du microbiote intestinal chez les enfants atteints de diarrhée aiguë.15

Les prébiotiques peuvent également exercer un impact positif sur la diarrhée par le biais de l’augmentation de la production bactérienne d’acides gras à chaîne courte (AGCC) tels que le butyrate, qui contribuent à l’intégrité de la barrière intestinale, et par le biais de l’opposition à l’adhérence des pathogènes aux cellules épithéliales, inhibant ainsi la colonisation et favorisant l’élimination des pathogènes intestinaux.3

La transplantation de microbiote fécal (TMF), qui vise à restaurer un microbiote intestinal sain, s’est avérée efficace mais est indiquée exclusivement pour le traitement des infections récurrentes à C. difficile chez l’adulte et l’enfant.14
 

CAS CLINIQUE par le Professeur Aldo Maruy

  • Un petit garçon de 2 ans se présente avec de la fièvre, des douleurs abdominales et une diarrhée accompagnée de mucus et de sang. Il a déjà connu deux épisodes similaires au cours des six derniers mois, traités uniquement par des antibiotiques. 
  • Afin d'éviter une rechute, il est décidé de le traiter aux antibiotiques et aux probiotiques. La diarrhée cesse dans les 48 heures, l’antibiotique est interrompu au 5ème jour tandis que le probiotique est maintenu pendant deux semaines ; un régime riche en compléments alimentaires et en prébiotiques est prescrit. 
  • En plus de traiter l’infection aux antibiotiques, il est recommandé, afin de prévenir un nouvel épisode diarrhéique, de restaurer la composition du microbiote intestinal grâce à un régime alimentaire spécifique et à l’administration de prébiotiques et de probiotiques.

POINT DE VUE DE L’EXPERT 

Tout au long de la vie, un microbiote sain joue un rôle important dans la prévention et le traitement de la diarrhée bactérienne. Il a été démontré que certaines espèces spécifiques exercent des effets protecteurs contre la diarrhée : les taxons Lactobacillus protègent contre la diarrhée induite par Shigella spp. et la présence de Sutterella sp., Prevotella copri et Bacteroides vulgatus constitue un indicateur permettant de prévoir la résistance à E. coli entérotoxinogène (ETEC). D’autre part, l’intervention sur le microbiote par le biais d’une modification du régime alimentaire et l’utilisation de prébiotiques, de probiotiques et de la TMF, permettrait de réguler la composition du microbiote intestinal afin de prévenir et de traiter la diarrhée. Les recherches futures devraient permettre d’élargir nos connaissances sur le microbiote et sa relation avec la diarrhée infectieuse, ce qui devrait aider à mettre au point des interventions préventives et thérapeutiques améliorées.

PROFESSEUR ALDO MARUY Gastro-entérologue pédiatrique, Hôpital Cayetano Heredia, Lima (Pérou)

CONSÉQUENCES DE LA DIARRHÉE DU VOYAGEUR

Lorsqu’ils se rendent dans des destinations à risque moyen ou élevé, 10 à 70 % des voyageurs originaires de pays à faible risque de maladies infectieuses contractent une diarrhée. La diarrhée du voyageur est principalement causée par des bactéries (≥80 %-90 % des cas), les virus intestinaux représentant au minimum entre 5 % et 15 % des cas.52

Les infections par des pathogènes protozoaires représenteraient environ 10 % des diagnostics, principalement chez les personnes effectuant des voyages de longue durée. Le microbiote des voyageurs atteints de diarrhée présente une plus grande variation tout au long de leur séjour que celui des voyageurs en bonne santé, associée à une diversité de base plus faible, qui est corrélée à une susceptibilité accrue aux infections.51 

De surcroît, la diarrhée réduit la capacité de restauration du microbiote (forte augmentation de la divergence par rapport à la situation initiale) et entraîne l’acquisition d’organismes multirésistants aux médicaments.51 Ainsi, selon une étude portant sur 267 Américains voyageant hors des États-Unis, un tiers d’entre eux sont revenus avec une diarrhée, 61 % avec une dysbiose intestinale et 38 % avec des bactéries antibiorésistantes (la plupart d’entre elles étant des E. coli), contribuant ainsi à la propagation mondiale de la résistance aux antimicrobiens58

Plus abondants en cas de diarrhée :

E. coli, Dorea fomigenerans, Bacteroïdes vulgarus, B. caocae, Odoribacter splanchnicus…,

Moins abondants en cas de diarrhée :

Ruminococcus bromii, coprococcus, Clostridioides bartletti…,

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Le microbiote et la diarrhée infectieuse : un cercle vertueux ou un cercle vicieux ?

LA DIARRHÉE INFECTIEUSE, L'UNE DES PREMIÈRES CAUSES DE MORTALITÉ INFANTILE DANS LE MONDE 

Selon la définition habituelle établie par l’OMS, la diarrhée est l’émission d’au moins 3 selles molles ou liquides dans une journée.1 Les deux critères cumulés (fréquence et consistance) sont nécessaires : l’émission fréquente de selles formées ne constitue pas une diarrhée, pas plus que l’émission de selles molles par un bébé nourri au sein (Figure 1). 1,6 million de décès ont été attribués à la diarrhée en 2016.2 Les enfants sont particulièrement exposés puisque les maladies diarrhéiques représentent la troisième cause de mortalité chez les moins de 5 ans. Une grande partie de la mortalité était auparavant attribuée à la déshydratation sévère liée à la perte de liquide, mais aujourd'hui, les infections bactériennes septiques sont responsables d’une proportion croissante de l’ensemble des décès associés à la diarrhée.1 Les enfants dénutris ou immunodéficients sont les plus exposés au risque de diarrhée mortelle, de même que les personnes infectées par le VIH.1

CLASSIFICATION DE LA DIARRHÉE

On distingue 3 types cliniques de diarrhée en fonction des symptômes et de leur durée :1 

  • la diarrhée aqueuse aiguë, qui peut durer de plusieurs heures à plusieurs jours (jusqu’à 14 jours) et inclut le choléra ; 
  • la diarrhée sanglante aiguë (dysenterie) ; 
  • la diarrhée persistante, dont la durée est d’au moins 14 jours. 

La plupart des cas de diarrhée aiguë sont dus à des infections1,3,4 : un virus, des bactéries ou des parasites peuvent tous être responsables, mais le rotavirus et Escherichia coli sont les deux agents étiologiques les plus fréquents de la diarrhée modérée à sévère dans les pays à faible revenu.1 Rotavirus et Shigella sont responsables du plus grand nombre de décès liés à la diarrhée infectieuse2, ce qui donne lieu à des stratégies de vaccination préventive (qui se trouvent encore en cours de développement dans le cas de Shigella). S’il a été confirmé que certaines communautés fongiques sont associées à la diarrhée, le rôle des champignons reste controversé.5 Ils seraient à l’œuvre dans certains contextes cliniques, notamment chez les patients immunodéprimés qui sont particulièrement vulnérables aux infections fongiques invasives (candidose).6 
 

SYNDROMES PHYSIOPATHOLOGIQUES 

D’un point de vue clinique, les pathogènes diarrhéiques peuvent être à l'origine de deux syndromes physiopathologiques :4 

  • La diarrhée non inflammatoire (DNI) : les patients présentent des nausées, des vomissements, des selles liquides et abondantes, ainsi que des crampes abdominales résultant de la sécrétion intestinale (la muqueuse intestinale restant intacte). Cette forme bénigne de la maladie est généralement d’origine virale (rotavirus, norovirus...) mais elle peut aussi avoir une origine bactérienne (Escherichia coli entérotoxinogène, Clostridium perfringens...) ou parasitaire (Giardia, ...) ; 
  • La diarrhée inflammatoire (DI) : les patients présentent de la fièvre, des douleurs abdominales, un ténesme et des selles sanguinolentes moins abondantes que dans la DNI. Cette forme sévère de la maladie est généralement causée par des souches bactériennes invasives ou productrices de toxines (Shigella, espèces du genre Salmonella...) qui provoquent une rupture de la barrière muqueuse et une destruction des tissus.
     

« Le rotavirus et Escherichia coli sont les deux agents étiologiques les plus fréquents de la diarrhée modérée à sévère dans les pays à faible revenu. »

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DANS LES COULISSES DE LA DIARRHÉE : LE MICROBIOTE 

UN CERCLE VICIEUX : QUAND LA DIARRHÉE CONDUIT À UNE DYSBIOSE INTESTINALE 

La diarrhée infectieuse est considérée comme un épisode dysbiotique majeur qui peut être la conséquence : 

  • d’une augmentation du transit intestinal et d’une atteinte à l’intégrité de la muqueuse3, 
  • d’une augmentation de la proportion d’eau dans la matière fécale et d’une diminution du temps de transit, ce qui contribue à une faible diversité taxonomique3, 
  • et d’une éventuelle réhydratation orale, de la prise de suppléments de zinc, de probiotiques, voire d’antimicrobiens (en cas de dysenterie ou d’infections bactériennes) qui contribuent également à déséquilibrer le microbiote intestinal7. 

En fonction du type d’infection, les diarrhées infectieuses s’accompagnent généralement d’états dysbiotiques : 7 la diarrhée d’origine bactérienne est le plus souvent liée à une augmentation des Escherichia, des streptocoques et des bactéries buccales ; les infections virales entraînent une réduction moins prononcée des micro-organismes commensaux anaérobies dans l’intestin (plus grande abondance de Bifidobacterium) ; la diarrhée causée par Giardia est liée à un appauvrissement en Gammaproteobacteria et à un enrichissement en Prevotella.

« La communauté microbienne qui peuple l’intestin est aussi nombreuse que les cellules humaines, la grande majorité des bactéries résidant dans le côlon. »8

DYSBIOSE

Perturbation d’un microbiote auparavant stable et fonctionnellement complet.9

« MICROBIOTE INTESTINAL »

Communauté des micro-organismes – bactéries, virus, champignons (y compris les levures) et parasites – qui peuplent l’intestin.10

UN CERCLE VERTUEUX: QUAND LE MICROBIOTE INTESTINAL OFFRE UNE PROTECTION

Les mécanismes par lesquels le microbiote intestinal offre une résistance à la colonisation peuvent être à la fois directs et indirects. Le microbiote inhibe directement les pathogènes diarrhéiques, principalement par le biais de la compétition pour les nutriments, mais aussi en limitant leur croissance par différents mécanismes : sécrétion de bactériocines (peptides antimicrobiens), structures inhibitrices dépendantes du contact cellulaire (système de sécrétion de type VI), production de molécules capables d’atténuer la virulence des pathogènes... 

Le microbiote inhibe aussi indirectement les pathogènes diarrhéiques grâce à ses effets sur l’hôte en favorisant le maintien de la barrière intestinale et en stimulant le système immunitaire inné et adaptatif.8

LA DIARRHÉE INFECTIEUSE : QUELLE PRISE EN CHARGE ? 

La plupart des infections intestinales se résolvent spontanément chez les personnes immunocompétentes. Néanmoins, certains patients (déshydratation sévère, maladie plus grave, fièvre persistante, selles sanglantes, immunodépression...) nécessitent des examens diagnostiques spécifiques. Ceux-ci peuvent inclure la numération et formule sanguines, la détermination de la créatinine et des électrolytes, la vérification de la présence de leucocytes et de lactoferrine dans les selles, une coproculture, ainsi qu’un test de dépistage de C. difficile, une PCR, un test de dépistage d’œufs et de parasites, une endoscopie et un examen d’imagerie abdominale.11. L’American College of Gastroenterology (ACG)12 a émis des recommandations pour le diagnostic et la prise en charge des patients adultes présentant une diarrhée aiguë dont on suspecte une origine infectieuse (Figure 2). L’examen clinique chez les enfants repose sur les mêmes principes23. Dans ses recommandations mondiales publiées en 2023, l’Organisation Mondiale de Gastro-entérologie (WGO) inclut les probiotiques dans la prévention et le traitement de certaines diarrhées infectieuses57.

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Approche du traitement empirique et de la prise en charge orientée par le diagnostic des patients

Recommandations mondiales de l’Organisation Mondiale de Gastro-entérologie (WGO), 2023

Traitement de la diarrhée aiguë : « l’administration orale [de certaines souches probiotiques] raccourcit d’environ une journée la durée de la diarrhée aiguë chez les enfants ».

Prévention de :

  • La diarrhée aiguë : « les probiotiques n'ont probablement que peu ou pas d’effet sur les diarrhées d’une durée supérieure ou égale à 48 heures ».
  • La diarrhée associée aux antibiotiques : « les probiotiques peuvent exercer un effet modéré pour la prévention de la diarrhée associée aux antibiotiques chez les enfants, les adultes et les personnes âgées ».
  • La diarrhée à Clostridioides difficile : « les probiotiques sont efficaces pour prévenir la diarrhée associée à C. difficile chez les patients recevant des antibiotiques ».
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De la bouche au côlon : le parcours de Fusobacterium

Une nouvelle étude surprenante révèle que Fusobacterium nucleatum, une bactérie du microbiote oral, migre vers le côlon et domine les tumeurs du cancer colorectal. Les chercheurs ont découvert qu'un clade distinct, le Fna C2, se développait dans ces tumeurs, mais favorisait aussi activement la croissance du cancer.

Une nouvelle étude a identifié un clade spécifique de la bactérie (sidenote: Fusobacterium nucleatum Fusobacterium nucleatum est une bactérie anaérobie à Gram négatif que l'on trouve généralement dans la cavité buccale humaine. Elle joue un rôle dans les maladies parodontales et a été associée à diverses infections et maladies inflammatoires. Fusobacterium nucleatum se distingue par sa capacité à adhérer aux tissus de l'hôte et à les envahir, facilitant ainsi les interactions avec d'autres micro-organismes et cellules hôtes. ) (Fn), qui domine la niche du (sidenote: Cancer colorectal Le cancer colorectal est un type de cancer qui se développe dans le côlon (gros intestin) ou dans le rectum. Il débute généralement par de petits amas de cellules bénignes, appelés polypes, qui se forment sur la paroi interne du côlon ou du rectum. Avec le temps, certains de ces polypes peuvent devenir cancéreux. ) (CCR), révélant des informations importantes sur le rôle de la bactérie dans la progression du cancer. 1 Cette étude historique, menée par des chercheurs du Fred Hutchinson Cancer Center, met en évidence des différences génétiques et fonctionnelles dans les souches de Fn associées au CCR, en soulignant les cibles thérapeutiques potentielles.

Identifier le coupable

L'équipe de recherche a recueilli et séquencé les génomes de 135 souches de Fn, dont 80 provenant de cavités buccales saines et 55 de tumeurs du CCR. À l'aide de techniques génomiques avancées, elle a réalisé une analyse pangénomique qui a permis d'identifier 483 facteurs génétiques enrichis dans les souches associées au CCR. Les résultats ont révélé que la sous-espèce Fn animalis (Fna), autrefois considérée comme une sous-espèce unique, était en réalité composée de deux clades distincts : Fna C1 et Fna C2. Parmi eux, seul Fna C2 domine la niche tumorale du CCR, ce qui suggère un rôle propre dans le développement du cancer.

Fusobacterium nucleatum a été détecté dans 29,2 % des échantillons de selles prélevés chez des patients atteints d'un CCR et dans 4,8 % des échantillons de selles prélevés chez des individus sains.

Perspectives génétiques et fonctionnelles

Une analyse plus poussée a démontré que Fna C2 possédait 195 facteurs génétiques associés à un potentiel métabolique et à une colonisation gastro-intestinale accrus, ce qui le distingue de Fna C1. Ce répertoire génétique spécifique au clade comprend des gènes qui renforcent la capacité de la bactérie à envahir les tissus de l'hôte et à échapper au système immunitaire. L'étude a également démontré que les souris traitées avec Fna C2 développaient beaucoup plus d'adénomes intestinaux que celles traitées avec Fna C1 ou que les groupes témoins. Cela indique que, non seulement Fna C2 colonise les tumeurs du CCR, mais qu'il favorise également activement la croissance tumorale.

Implications en matière de traitement

Ces résultats ont de profondes implications en matière de compréhension du rôle du microbiome dans le CCR et en matière de développement de traitements ciblés. L'étude met en évidence le potentiel d'une focalisation sur Fna C2 pour les interventions thérapeutiques. Par exemple, identifier et cibler les voies métaboliques spécifiques et les facteurs de virulence propres à Fna C2 pourrait déboucher sur de nouvelles stratégies de prévention ou de traitement du CCR. En outre, cette recherche souligne l'importance de prendre en compte les clades bactériens plutôt que les espèces seules dans les études sur le microbiome, car des différences significatives peuvent exister au sein des sous-espèces.

La découverte du clade Fna C2 distinct et de son lien avec le cancer colorectal marque une réelle avancée dans la recherche sur le microbiome et la biologie du cancer. En définissant les facteurs génétiques qui permettent à Fna C2 de prospérer dans l'environnement du CCR, cette étude ouvre de nouvelles perspectives pour des thérapies ciblées ainsi que de meilleurs résultats pour les patients.

Alors que le rôle du microbiome dans le cancer est de plus en plus évident, se concentrer sur des clades bactériens spécifiques pourrait s'avérer crucial en vue de développer des traitements efficaces. Cette recherche prépare le terrain afin d'explorer de manière plus poussée la relation complexe entre notre microbiote et le cancer, ce qui serait susceptible de modifier notre approche quant au traitement contre le cancer.

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Actualités Gastroentérologie Oncologie

Microbiote intestinal des personnes âgées et immunothérapie : une alliance anti-cancer puissante

La transplantation fécale améliore l'efficacité de l'immunothérapie… surtout si les donneurs sont âgés et en bonne santé ! Un résultat qui pourrait changer les pratiques, à l’heure où l’on privilégie les jeunes donneurs.

Bien qu’elle ait révolutionné le traitement du cancer, l’immunothérapie pèche par une efficacité très variable d’un patient à l’autre. Or, le microbiote intestinal semble impliqué dans le résultat : sa composition modulerait la réponse immunitaire contre la tumeur. Aussi, différentes manipulations de la flore intestinale ont été expérimentées ces dernières années, y compris par transplantation de microbiote fécal (TMF). Une étude chinoise1 montre, de façon contre-intuitive, que le microbiote de donneurs âgés pourrait se révéler particulièrement bénéfique à la réponse à l’immunothérapie.

1/6 À l’origine de près de 10 millions de décès en 2020, soit presque un décès sur six, le cancer est l’une des principales causes de mortalité dans le monde. ²

De meilleurs résultats chez les patients âgés

Pour parvenir à cette conclusion, les chercheurs ont dans un premier temps réalisé une méta-analyse de 25 études, soit 2 985 patients. Bilan : les personnes âgées atteintes de cancers répondent mieux à l’immunothérapie et affichent une meilleure espérance de vie après le traitement. Une régression montre même une relation quasi-linéaire entre l’âge et la survie sans progression de la maladie. Avec un âge charnière, celui des 60 bougies : avant cet âge, plus on est jeune, moins les résultats seront bons ; après cet âge, plus les années passent, plus les résultats dépasseront ceux observés en moyenne.

La piste de l’immunité

Pour comprendre les mécanismes sous-jacents, les chercheurs se sont penchés sur le système immunitaire, cible de l’immunothérapie. Ils montrent que le vieillissement s'accompagne d'un dysfonctionnement immunitaire accru, et ce qu’ils qualifient d’un épuisement des cellules T au fil des années. Or, ces altérations des cellules T associées au vieillissement pourraient être médiées par le microbiote intestinal : une FMT de microbiote intestinal issu de donneurs améliore la réponse à l’immunothérapie, quel que soit l’âge du receveur.

Les cancers les plus courants (en nombre de cas recensés) sont ²
  • le cancer du sein (2,26 millions de cas)
  • le cancer du poumon (2,21 millions de cas)
  • le cancer colorectal (1,93 million de cas)
  • le cancer de la prostate (1,41 million de cas)
  • le cancer de la peau (non-mélanome) (1,20 million de cas)
  • le cancer de l’estomac (1,09 million de cas)
Les cancers les plus mortels sont ²
  • le cancer du poumon (1,80 million de décès)
  • le cancer colorectal (916 000 décès)
  • le cancer du foie (830 000 décès)
  • le cancer de l’estomac (769 000 décès)
  • le cancer du sein (685 000 décès)

Quelles bactéries ?

Les bactéries intestinales laissant espérer la meilleure réponse au traitement ? Un (sidenote: Entérotype Type particulier de composition bactérienne intestinale spécifique chez l'humain, à l’image de groupes sanguins. Trois types distincts ont été différenciés chez l'homme, caractérisés par une dominance respective de Bacteroides, Prevotella ou Ruminococcus. ) qui a justement tendance à s’enrichir avec l’âge, caractérisé par des Bacteroides, des Clostridiales, des Bilophila et des Faecalicatena. 

Une série d’expériences sur un modèle murin en confirme le potentiel : une transplantation fécale de cet entérotype spécifique, qu’il soit prélevé sur un donneur âgé ou sur un donneur jeune (les jeunes possédant aussi cet entérotype, mais en moindre abondance), modifie le microbiote intestinal des souris receveuses et améliore la réponse de souris à l’immunothérapie (la tumeur grossit moins en poids et en volume). Comment ? En boostant la cytotoxicité des cellules T.

Ces découvertes ouvrent la voie à une personnalisation des stratégies d'immunothérapie du cancer en fonction du profil du microbiote intestinal, et soulignent l’intérêt de privilégier, en cas de TMF, l’entérotype spécifique des personnes âgées en bonne santé.

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Actualités Oncologie Gastroentérologie

Dysbiose intestinale masculine : quelles conséquences pour la descendance ?

La physiologie des testicules serait fortement affectée par la dysbiose intestinale. Ceci aurait des conséquences fâcheuses sur la santé de la progéniture lors de la reproduction. C’est le principal enseignement d’une étude menée sur des souris.

Existe-t-il un axe de communication entre l’intestin et les cellules germinales ? Oui, à en croire une nouvelle étude publiée dans Nature. 1

La dysbiose, néfaste pour l’appareil reproducteur et la descendance

Des chercheurs du Laboratoire européen de biologie moléculaire d’Heidelberg et de Rome ont induit, chez des souris mâles, une dysbiose intestinale en leur administrant soit des antibiotiques non absorbables (qui ne traversent pas l'épithélium gastro-intestinal), soit de laxatifs osmotiques. Ils les ont ensuite accouplés avec des femelles en bonne santé et ont analysé leur progéniture. 

Résultat : les bébés souffraient non seulement d’un poids plus faible à la naissance et de retard de croissance sévère, avec un taux de mortalité précoce 3,5 fois plus élevé que les portées issues de mâles en bonne santé.

L’analyse des appareils reproducteurs des pères souffrant de dysbiose révélait différentes modifications à la fois métaboliques, physiologiques et hormonales : 

  • des testicules de plus faible poids
  • des modifications de l’architecture des tubes séminifères
  • des quantités différentes de certains métabolites impliqués dans les fonctions des cellules germinales
  • une dérégulation de certains gènes, notamment une baisse importante de l’expression de celui de la lectine, une hormone produite par les adipocytes, mais également par les cellules germinales.

La leptine, facteur de signalisation clé ?

Plus intéressant encore, chez des souris mâles mutantes pour le gène de la leptine (mimant l’effet de la dysbiose sur l’activité du gène de la leptine), les chercheurs ont noté des caractéristiques similaires aux mâles dysbiotiques (poids réduit des testicules, anomalies des tubes séminifères). Leurs spermatozoïdes présentaient également des changements dans l’abondance de certains « micro-ARN » connus pour jouer un rôle dans le développement du placenta durant la gestation.

En croisant ces mutants avec des femelles normales, les chercheurs ont noté que les embryons présentaient un nombre important de gènes différentiellement exprimés par rapport aux embryons issus de mâles en bonne santé. Pour les chercheurs, ceci démontre que la leptine pourrait bien être une molécule de signalisation importante de l’axe intestin-lignées germinales.

La fertilité des femmes sous l’influence du microbiote

En interagissant avec les œstrogènes, les androgènes ou l’insuline, le microbiote intestinal jouerait un rôle majeur dans le système endocrinien des femmes. Les études montrent qu’un déséquilibre de celui-ci peut entraîner la survenue de complications lors de la grossesse, mais également des maladies associées à l’infertilité comme le syndrome des ovaires polykystiques ou l’endométriose. Le microbiote intestinal est considéré aujourd’hui comme un organe endocrinien à part entière. 2

Un développement placentaire très perturbé

L’analyse des fœtus issus de mâles traités aux antibiotiques ainsi que de leurs placentas montrait en effet qu’il existait une régulation à la baisse de plusieurs facteurs importants du développement placentaire.

Parmi les principaux gènes exprimés différentiellement dans les placentas issus de croisements avec des mâles traités aux antibiotiques par rapport aux placentas issus de croisements avec des mâles en bonne santé, les chercheurs ont retrouvé plusieurs marqueurs cliniques de l’insuffisance placentaire, tels que ceux de la prééclampsie.

On retrouvait également :

  • une réduction de certaines zones du placenta (zone labyrinthique)
  • une altération de la vascularisation placentaire
  • une baisse du facteur de croissance placentaire

En résumé

Cette étude démontre pour la première fois que l’environnement peut, à travers la modulation du microbiote intestinal, entraîner des défauts des spermatozoïdes susceptibles d’altérer la fonction placentaire et, donc, la santé de la descendance. Reste à savoir maintenant s’il existe un axe intestin-lignée germinale aussi chez l’Homme…Affaire à suivre ! 

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Microbiote paternel perturbé : bébés en mauvaise santé

Les souris mâles souffrant d’un déséquilibre du microbiote intestinal au moment de l’accouplement auraient une progéniture avec de sérieux problèmes de santé. C’est le résultat surprenant d’une étude publiée récemment dans la prestigieuse revue Nature.

Le microbiote intestinal

Un homme qui souhaite avoir des enfants doit-il repousser la date de conception si on lui a prescrit des antibiotiques, susceptibles d’entraîner chez lui une dysbiose intestinale ?

C’est fort possible, à en croire une nouvelle étude qui souligne, une fois n’est pas coutume, la responsabilité des hommes dans la future santé de leur progéniture. 1 Menée sur des souris, celle-ci démontre que les mâles souffrant de dysbiose au moment de l’accouplement donnent naissance à une progéniture en mauvaise santé. Heureusement, quand le microbiote se rééquilibre, cette transmission ne se fait plus.

Effets transgénérationnels de la dysbiose intestinale

Pour parvenir à cette découverte, les chercheurs du Laboratoire européen de biologie moléculaire d’Heidelberg 2 et de Rome ont exposé des souris mâles à 6 semaines d’antibiotiques. Le but : induire chez eux une (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) . Ils les ont ensuite accouplés avec des femelles en bonne santé et les portées ont été analysées après 3 semaines.

Résultat : par rapport à la progéniture des pères sans dysbiose (témoins), les bébés souris nés de pères « dysbiotiques » :

  • avaient un plus petit poids de naissance (un facteur de risque de maladies comme le diabète),
  • souffraient davantage de retard de croissance,
  • présentaient un taux de mortalité plus élevé lors des 2 premiers mois.

Pour trouver une explication à ces résultats surprenants, les scientifiques ont analysé le système reproducteur des mâles traités aux antibiotiques.

Un impact direct sur le développement du placenta

Ils ont noté que leurs testicules avaient une taille et un nombre de spermatozoïdes réduits et présentaient des modifications hormonales et métaboliques significatives. Les spermatozoïdes comportaient, quant à eux, des différences au niveau de certaines molécules impliquées dans le développement du placenta.

Ces données prouvent que le microbiote et les lignées germinales (les cellules qui se transforment en spermatozoïdes) communiquent entre eux, et qu’il existe donc un « axe intestin-spermatozoïdes ». 

En analysant les placentas des femelles accouplées avec les mâles dysbiotiques durant leur gestation, les chercheurs ont noté :

  • une mauvaise vascularisation placentaire qui pourrait expliquer certaines anomalies de la descendance ;
  • la présence de marqueurs semblables à ceux de la « prééclampsie », une maladie liée à un développement placentaire anormal, responsable d’un retard de croissance intra-utérin.

La fertilité en chute libre partout dans le monde

Sale temps pour la fertilité… Entre 1973 et 2018, la concentration moyenne des spermatozoïdes chez les hommes est passée de 101 à 49 millions par millilitre de sperme au niveau mondial, soit une baisse de près de 50 % en 50 ans ! 3

Le rythme de ce déclin aurait doublé à partir du début des années 2000 pour atteindre 2,64 % par an, et contrairement à ce que l’on pourrait penser, les pays du Nord ne sont pas les seuls touchés. L’Amérique du Sud et l’Afrique connaîtraient en effet elles aussi une chute de la fertilité de la même ampleur.

L’exposition à des substances telles que les bisphénols (A ou S), les phtalates, les parabènes et le paracétamol seraient des causes importantes de cette détérioration. 4 De fortes turbulences pour l’axe intestin-spermatozoïde !

Vers un meilleur déroulement de la grossesse ?

C’est la première fois qu’un tel effet du microbiote sur le système reproducteur mâle est mis en évidence chez les mammifères. 

Existe-t-il aussi un axe intestin-spermatozoïdes chez l’Homme ? Rien ne permet aujourd’hui de l’affirmer, et d’autres études devront être menées. 

Sachant que nos modes de vie sont susceptibles d’engendrer des dysbioses (mauvaise alimentation, pollution, médicaments...), la preuve de l’existence d’un tel axe pourrait ouvrir la porte à des approches innovantes pour assurer une meilleure santé reproductive et des grossesses plus optimales. 

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L’immunothérapie encore plus efficace grâce au microbiote intestinal des séniors

Reconnue depuis les années 2010 comme une stratégie thérapeutique efficace dans la lutte contre les cancers, l’immunothérapie montre parfois ses limites sur certains patients.  De récents travaux indiquent qu’une modulation du microbiote intestinal donnerait un coup de boost à notre système immunitaire pour lutter contre la prolifération de cellules cancéreuses. 

Le microbiote intestinal

Stimuler un système immunitaire et le remobiliser pour qu’il soit en mesure de reconnaître et d’éliminer les cellules cancéreuses : tel est le principe de l’immunothérapie qui révolutionne depuis les années 2010 la prise en charge du cancer. Avec néanmoins une limite : chez certains patients, elle s’avère peu efficace.

1/6 À l’origine de près de 10 millions de décès en 2020, soit presque un décès sur six, le cancer est l’une des principales causes de mortalité dans le monde.

Les études semblent montrer que le microbiote intestinal pourrait conditionner le résultat de ce traitement, certaines bactéries vivant dans notre tube digestif sécrétant des molécules capables de donner un coup de boost à notre système immunitaire pour lutter contre la prolifération de cellules cancéreuses. Ainsi, certains chercheurs ont tenté, avant le traitement d’immunothérapie, de modifier la flore intestinale de leurs patients pour qu’elle stimule le traitement. Un des moyens utilisés pour cela : la transplantation de microbiote fécal.

1/3 Seule 1 personne sur 3 déclare s'être déjà fait expliquer ce qu'est le microbiote par son médecin (34 % vs. 55 % pour les 25-34 ans).

1/3 Seule 1 personne sur 3 s'est déjà fait expliquer par son médecin comment maintenir son microbiote en équilibre (37 % vs. 60 % pour les 25-34 ans).

Mieux vaut un microbiote senior

Si vous deviez recevoir un peu de microbiote fécal d’une autre personne (oui, cela fait désormais partie des solutions thérapeutiques reconnues ou à l’étude pour de nombreuses maladies), vous auriez tendance à choisir un donneur jeune et en bonne santé. C’est aussi ce que les chercheurs font. Mais peut-être vont-ils devoir réviser leur position et préférer les selles d’un donneur ayant soufflé plus de 80 bougies et toujours en forme !

Des chiffres clés

Les cancers les plus courants (en nombre de cas recensés) sont : 2 

  • le cancer du sein (2,26 millions de cas)
  • le cancer du poumon (2,21 millions de cas)
  • le cancer colorectal (1,93 million de cas)
  • le cancer de la prostate (1,41 million de cas)
  • le cancer de la peau (non-mélanome) (1,20 million de cas) 
  • le cancer de l’estomac (1,09 million de cas)

Les cancers les plus mortels sont  :

  • le cancer du poumon (1,80 million de décès)
  • le cancer colorectal (916 000 décès)
  • le cancer du foie (830 000 décès)
  • le cancer de l’estomac (769 000 décès)
  • le cancer du sein (685 000 décès)

Une récente étude 1 a en effet montré que les plus de 60 ans répondaient mieux à l’immunothérapie et que plus les années passaient, plus leur survie défiait les pronostics. Pourquoi ?

Parce qu’avec l’âge, leur microbiote intestinal semble évoluer au profit d’un ensemble de bactéries plus favorables aux résultats de l’immunothérapie. A tel point qu’en transplantant ces bactéries typiques des seniors à des souris atteintes de cancer avant de les traiter par immunothérapie, on réduit davantage la croissance de leur tumeur que sans transplantation fécale.

Comment expliquer de tels résultats ? A priori, parce que ces bactéries « de vieux » donnent un coup « de jeune » à un système immunitaire qui a tendance à s’épuiser avec les années. Sur ce point, il semble qu’aux microbiotes bien nés, la valeur sache attendre le nombre des années.

Le microbiote intestinal

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Microbiote vaginal et incontinence urinaire : quels liens ?

Lorsque l’on souffre d’incontinence urinaire d’effort, les stratégies mises en œuvre reposent souvent sur des exercices (pour muscler un périnée défaillant) et des serviettes urinaires (pour absorber les fuites). Mais peut-être qu’un jour, les probiotiques auront aussi une carte à jouer !

Le microbiote vaginal Le microbiote urinaire

Sujet souvent considéré comme tabou, l’incontinence urinaire d’effort toucherait pourtant 1 femme sur 5, voire 1 femme sur 3 selon les études. La maternité et les années qui passent renforcent le risque de ces fuites incontrôlées au moment de soulever un sac rempli de courses, de tousser, de sauter, d’éternuer ou même de rire. Deux mécanismes sont classiquement impliqués : un affaiblissement du périnée (« hamac » musculaire retenant les organes uro-génitaux) notamment lors de la grossesse, et une faiblesse du sphincter urinaire, muscle en forme d’anneau qui ouvre ou ferme l'urètre par lequel se vide la vessie. Mais le microbiote vaginal pourrait aussi jouer un rôle, à en croire une étude chinoise publiée en 2024.1 

Les types d’incontinence urinaire

Il existe 3 types majeurs d’incontinence urinaire : 2,3 

  • l’incontinence urinaire d’effort,
  • l’incontinence urinaire par impériosité, où la fuite est précédée d’une envie très pressante ;
  • l’incontinence mixte, qui associe les deux symptômes.

Deux autres types d’incontinence urinaire existent mais sont plus rares : 2,3 

  • incontinence par regorgement (petite perte d’urine en raison d’une vessie trop pleine)
  • incontinence fonctionnelle qui résulte d’une incapacité mentale ou physique non liée au contrôle de la miction (maladie d’Alzheimer où la nécessité d’uriner n’est pas reconnue et/ou l’emplacement des toilettes oublié)

Qui dit incontinence dit dysbiose vaginale

L’étude montre qu’un déséquilibre du microbiote vaginal touche 84,5 % des jeunes mères souffrant d’incontinence urinaire… contre 42,1 % des mères ne souffrant pas de ces fuites. Ainsi, la grande majorité des jeunes mamans souffrant d’incontinence affichent, en lieu et place d’une flore vaginale saine où les Lactobacillus règnent en maîtres, une flore vaginale dans laquelle les Gardnerella, Streptococcus, Prevotella, Dialister et Veillonella occupent davantage de terrain. 

Mais quel rapport entre flore vaginale (donc du vagin) et fuite urinaire (donc du système urinaire) remarqueront certaines lectrices attentives ? Tout simplement la proximité anatomique entre l'orifice de l’urètre et celui du vagin. Quelques millimètres qui facilitent d’étroites relations entre le microbiote de ces deux régions ! D’ailleurs, des études antérieures ont, à plusieurs reprises, démontré l’existence de liens entre les maladies urogénitales, donc du système urinaire et/ou vaginal, et les bactéries vaginales.

30 % vs 15 % De nombreuses personnes âgées sont touchées par l’incontinence urinaire, et plus particulièrement les femmes : 30 % des femmes âgées et 15 % des hommes âgés en souffrent.

18 à 34 % L’incontinence urinaire d’effort est répandue chez les femmes post-partum et plus âgées, avec une prévalence de 18 à 34 % selon les études.

Un microbiote vaginal trop interconnecté ?

Mais revenons à nos moutons, ou plutôt à nos bactéries chez les femmes souffrant de fuites urinaires après leur accouchement. Une autre caractéristique de leur flore serait une hyper interconnexion entre les microorganismes qui habitent leur vagin. Autrement dit, un réseau de relations des plus développés entre les différents micro-organismes. Or, ce n’est pas bon signe : en général, les microbiotes affichant un degré élevé d’interconnexion sont considérés comme moins stables… et donc plus sensibles au déséquilibre et à la dysbiose.

Bref, pour les auteurs, ces travaux montrent l’existence d’une possible association entre un microbiote vaginal instable et l'incontinence urinaire d’effort. Mais rien ne dit que le premier soit la cause du second : l’humidité créée par les fuites pourrait modifier la flore ; ou la flore et l’incontinence pourraient être les deux conséquences visibles d’un autre phénomène qu’il reste à découvrir.

Le microbiote vaginal

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Académie du Microbiote Urogénital

Biocodex Microbiota Institute est un partenaire institutionnel de l'Académie du microbiote urogénital (AMUR). L'AMUR a été fondée pour enrichir les connaissances sur le microbiote et développer des approches novatrices visant à prévenir et traiter les troubles de la sphère urogénitale.

Pour en savoir plus sur le microbiote urogénital visitez AMUR 

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Incontinence urinaire d’effort : un microbiote vaginal souvent déséquilibré

L’incontinence urinaire, bien que taboue, est suffisamment fréquente pour être un sujet récurrent de consultation. Les examens comporteront-ils demain une analyse du microbiote vaginal ? Peut-être si les résultats de cette étude sont confortés.

Médicaments, mode de vie, changements hormonaux pendant la grossesse… : autant de facteurs qui peuvent perturber la température, l'humidité, le pH et la barrière protectrice de l'environnement vaginal. Or ces changements peuvent faciliter le développement de bactéries pathogènes et menacer la saine dominance de Lactobacillus dans le microbiote vaginal. Avec à la clé de potentielles maladies génitales mais aussi urologiques, la proximité anatomique entre l'urètre et le vagin facilitant des relations étroites entre leurs microbiotes respectifs.

30 % vs 15 % De nombreuses personnes âgées sont touchées par l’incontinence urinaire, et plus particulièrement les femmes : 30 % des femmes âgées et 15 % des hommes âgés en souffrent.

18 à 34 % L’incontinence urinaire d’effort est répandue chez les femmes post-partum et plus âgées, avec une prévalence de 18 à 34 % selon les études.

L’incontinence souvent accompagnée d’une dysbiose

L’incontinence urinaire d'effort (IUE) ferait-elle partie de la liste (de plus en plus longue) de ces pathologies ? Oui, à en croire les résultats d’une étude auprès de 32 patientes post-partum d’un hôpital de la province du Hunan (Chine), souffrant (n=13) ou non d’IUE (n=19). En termes de microbiote vaginal, si 42,1 % des femmes sans IUE présentaient une dysbiose vaginale, un déséquilibre de la flore microbienne du vagin, ce chiffre grimpait à 84,6 % des patientes avec IUE. Autrement dit, la dysbiose vaginale serait deux fois plus fréquente – voire presque systématique – chez les mères souffrant d’IUE. Leur flore présentait ainsi une abondance relative accrue de Gardnerella, Streptococcus, Prevotella, Dialister et Veillonella.  

Types majeurs d’incontinence urinaire

Il existe 3 types majeurs d’incontinence urinaire : 2,3

  • l’incontinence urinaire d’effort,
  • l’incontinence urinaire par impériosité, où la fuite est précédée d’une envie très pressante ;
  • l’incontinence mixte, qui associe les deux symptômes.
     

Deux autres types d’incontinence urinaire existent mais sont plus rares : 2,3

  • incontinence par regorgement (petite perte d’urine en raison d’une vessie trop pleine) 
  • incontinence fonctionnelle qui résulte d’une incapacité mentale ou physique non liée au contrôle de la miction (maladie d’Alzheimer où la nécessité d’uriner n’est pas reconnue et/ou l’emplacement des toilettes oublié)

Un microbiote trop interconnecté ?

Pour démêler les relations entre les différents microorganismes vaginaux potentiellement impliqués dans l’IUE, les chercheurs ont réalisé ce que l’on appelle une analyse du réseau de co-occurrence du microbiote des patientes. Autrement dit, ils ont cartographié les liens potentiels entre les différentes bactéries. Il en ressort que le microbiote vaginal des patientes atteintes d’IUE affiche une interconnexion et une complexité bien plus élevées : quand on cartographie les liens entre les bactéries, le réseau du groupe sans IUE affiche 96 nœuds et 133 arêtes, contre 200 nœuds et 409 arêtes pour celui des patientes souffrant d’IUE ! Or, en général, les communautés microbiennes montrant un degré élevé d’interconnexion sont considérées comme moins stables… et donc plus sensibles au déséquilibre.

Les résultats suggèrent donc, selon les auteurs, une association potentielle entre un microbiote vaginal instable et l'IUE. Pour autant, rien n’indique que cette relation soit causale, et des études complémentaires devront être réalisées pour confirmer ces résultats.

Académie du Microbiote Urogénital

Biocodex Microbiota Institute est un partenaire institutionnel de l'Académie du microbiote urogénital (AMUR). L'AMUR a été fondée pour enrichir les connaissances sur le microbiote et développer des approches novatrices visant à prévenir et traiter les troubles de la sphère urogénitale.

Pour en savoir plus sur le microbiote urogénital visitez AMUR 

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