Troubles psychiatriques

Un certain nombre d’études indiquent que l’exposition du microbiote intestinal aux facteurs environnementaux a des conséquences sur la santé mentale :

• Le stress durant la grossesse, en perturbant le microbiote maternel, augmente le risque de troubles psychiatriques chez la progéniture ¹;
• Le stress associé à une diminution de la biodiversité microbienne dans l’environnement, en perturbant la barrière intestinale, favoriserait l’inflammation systémique, dont on sait qu’elle intervient dans certains troubles psychiatriques, notamment la dépression ²;
• Le régime méditerranéen (sidenote: Régime méditerranéen Riche en fruits, légumes, céréales, oléagineux (noix) et poisson, pauvre en viande rouge, graisses saturées et produits laitiers. Lăcătușu CM, Grigorescu ED, Floria M, et al. The Mediterranean Diet: From an Environment-Driven Food Culture to an Emerging Medical Prescription. Int J Environ Res Public Health. 2019 Mar 15;16(6):942.   ) , en augmentant les métabolites bactériens anti-inflammatoires et en diminuant ceux qui sont pro-inflammatoires, améliorerait la fonction cognitive et a montré un effet préventif sur la dépression. ^{3 4}

Par ailleurs, un déséquilibre du microbiote peut exposer le cerveau à des perturbations via l’axe intestin-cerveau. Ainsi, une dysbiose intestinale serait en cause lors d’un premier épisode psychotique.

Asthme et maladies allergiques

Le nombre de personnes touchées par les maladies allergiques ne cesse d’augmenter dans le monde. Et cette flambée des allergies pourrait bien trouver son origine dans l’exposome.

De plus en plus d’études suggèrent en effet que l’exposition à des substances environnementales (pollution de l’air, détergents, microplastiques, nanoparticules, aliments transformés, émulsifiants…), mais également la chute de la biodiversité et la dégradation de l’environnement sont à l’origine de modifications favorables à ces troubles immunitaires :

• Perturbation des barrières épithéliales de la peau, des voies respiratoires et de l’intestin ;
• Modification de la composition en microorganismes du microbiote.

Au niveau intestinal, il a été démontré que certains facteurs d’exposition entraînent des lésions des barrières épithéliales engendrant une dysbiose et une augmentation de la perméabilité. Celle-ci serait à l’origine d’une perte des effets « immunomodulateurs » (protecteurs contre les allergies) des bactéries du microbiote. ⁷

Cancers et maladies de l’intestin

De plus en plus de cancers apparaissent chez les personnes jeunes et parmi eux, le cancer de l’intestin. Depuis trois décennies, celui-ci a augmenté d’environ 50 % chez les personnes de 25 à 49 ans aux États-Unis, au Canada, en Australie et dans plusieurs pays européens.
 

Idem pour les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), dont les incidences les plus importantes sont retrouvées dans les pays les plus industrialisés comme l’Europe du Nord-Ouest et aux États-Unis, et qui sont d’autant plus fréquentes que le développement socio-économique s’accroit. 

Si les causes des MICI restent mal identifiées, on sait qu’une dysbiose jouerait un rôle important. ¹¹

Selon une équipe de chercheurs français, il existe de plus en plus de preuves que les aliments ultra-transformés (AUT), notamment les additifs alimentaires, sont en cause dans les MICI, le cancer colorectal et le syndrome de l’intestin irritable. On sait notamment que les émulsifiants, les édulcorants, les colorants, les microplastiques et les nanoparticules impactent le microbiote intestinal, la perméabilité intestinale et l’inflammation intestinale, ce qui pourrait avoir des conséquences non négligeables sur le risque de maladies intestinales. ¹²

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Problème : de nombreux facteurs de l’exposome externe (alimentation pauvre en fibres ou riche en graisses, émulsifiants, métaux lourds, phtalates, microplastiques, particules fines de l’air, pesticides, polluants environnementaux, stress …) peuvent perturber l’équilibre de nos microbiotes et entraîner une dysbiose.

On sait que celle-ci est liée à de nombreuses maladies chroniques : obésité, diabète de type 2, asthme, maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, maladies auto-immunes, dépression, trouble du développement cérébral… ¹

Effondrement de la biodiversité = microbiotes et santé en danger

C’est une véritable bombe à retardement, confirmée par le groupe international d’experts IPBES ²: au niveau mondial, la biodiversité « diminue plus rapidement qu’à n’importe quel moment de l’histoire de l’humanité ». ³ Un effondrement qui est la conséquence du réchauffement climatique, mais aussi de la surexploitation des terres… et de la pollution.

Et c’est un problème pour nos microbiotes, car moins d’espèces animales et végétales, c’est aussi moins de diversité microbienne dans les écosystèmes, et donc davantage d’altération des circuits immunomodulateurs médiés par le microbiote et plus d’allergies et de maladies auto-immunes. ⁴

Selon la World Allergy Organization, « la perte de biodiversité entraîne une réduction de l’interaction entre les microbiotes environnementaux et humains, ce qui peut conduire à un dysfonctionnement immunitaire et à une altération des mécanismes de tolérance ». ⁵

On sait en effet depuis 2005 qu’au contraire, des environnements riches en microbes (vie à la ferme, proximité avec la nature…) sont corrélés à une protection contre les maladies immunitaires.

L’exposome fongique, régulateur de la réponse immunitaire

Le microbiote, qu’il soit intestinal, vaginal, pulmonaire ou cutané, n’est pas uniquement composé de bactéries, mais aussi de virus, d’archées… et de champignons. Ces derniers constituent le « mycobiote » indispensable à l’équilibre et à la stabilité du microbiote humain. Plusieurs études menées sur les nourrissons ont d’ailleurs montré que la composition fongique du microbiote est corrélée au risque de développer une maladie allergique.

On sait désormais que le mycobiote dépend en grande partie de l’exposome fongique. L’analyse des taxons montre en effet que les champignons les plus fréquents au niveau intestinal, oral, pulmonaire et cutané sont les mêmes que ceux que l’on trouve dans l’environnement, qu’il soit intérieur (murs, meubles, air intérieur…) ou extérieur (aliments, eau, sol, etc.). ⁹

La présence ubiquitaire de champignons dans l’environnement pourrait donc être à l’origine d’un contact soutenu avec l’organisme modulant la réponse immunitaire chez les humains.

Médicaments, exposome et microbiote : un équilibre fragile 

Les médicaments, en tant qu'éléments de notre exposome, interagissent de manière complexe avec le microbiote intestinal, influençant à la fois sa composition et ses fonctions. 

Prenons l’exemple de certains traitements courants comme les inhibiteurs de la pompe à proton (IPP), utilisés pour traiter le reflux gastrique. Les IPP modifient l'environnement acide de l'estomac, permettant à des bactéries buccales d’atteindre l’intestin. Cela peut influencer l’écosystème microbien en favorisant la croissance de certaines souches. Ces changements, associés à des risques accrus d'infections comme celles à Clostridium difficile, restent maîtrisables grâce à une utilisation appropriée (éviter autant que possible les traitements au long court) et un suivi médical. ¹⁰

Le microbiote n’est pas un simple spectateur : il joue un rôle actif dans la transformation des médicaments.

Par exemple, les bactéries intestinales peuvent améliorer l’efficacité de la metformine, un traitement antidiabétique, en stimulant la production d’acides gras à chaîne courte (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. ) (AGCC) bénéfiques pour la santé.

À l’inverse, dans certains cas rares, le microbiote peut transformer des molécules actives en composés toxiques, comme dans le cas de la brivudine, un antiviral anti-zona désormais interdit, qui peut être convertie en bromovinyluracile toxique pour le foie par des microorganismes intestinaux.

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On sait que le microbiote intestinal, via la production de métabolites bactériens, contribue à l'hypersensibilité viscérale. Mais quid des autres organes, et des autres microbiotes ? Les microbiotes urinaire ou vaginal pourraient-ils également contribuer à la sensibilité à la douleur de la vessie ou du vagin ? Pour en savoir plus, des chercheurs ont étudié le cas de 30 patientes souffrant de douleurs pelviennes chroniques (sidenote: Douleur pelvienne chronique Douleur persistante, non cyclique, ressentie dans des structures liées au bassin et durant plus de six mois. Souvent, aucune étiologie spécifique ne peut être identifiée, et elle peut être considérée comme un syndrome douloureux régional chronique ou un syndrome somatique fonctionnel. Elle est généralement associée à d'autres syndromes douloureux somatiques fonctionnels (par exemple, le syndrome de l’intestin irritable, le syndrome de fatigue chronique non spécifique) ainsi qu’à des troubles de la santé mentale (comme le trouble de stress post-traumatique ou la dépression).  Approfondir Speer LM, Mushkbar S, Erbele T. Chronic Pelvic Pain in Women. Am Fam Physician… ) (DPC) ou CPP en anglais pour (Chronic Pelvic Pain), la moitié présentant en sus une hypersensibilisation (sidenote: Hypersensibilisation pelvienne Diminution des seuils nociceptifs corticaux qui amène à ressentir un inconfort ou une douleur pour des stimulations habituellement non douloureuses comme le remplissage de la vessie, une perception exagérée du fonctionnement du système digestif, une brulure vulvaire au contact, et de ressentir une douleur anormalement intense pour des stimulations habituellement douloureuses. Approfondir CHU Dijon ) d’un organe pelvien.

Des microbiotes altérés en cas d’hypersensibilisation

Les seuils de douleur à la pression s’avèrent bien plus faibles chez les femmes DPC avec une hypersensibilisation au niveau du vagin, du rectum, de la vessie et du périnée par rapport aux femmes DPC sans hypersensibilité associée. Après stimulation, ces femmes ressentent une douleur non seulement plus intense mais également plus prolongée dans les muscles périnéaux et la vessie.

Côté microbiote, les femmes hypersensibles montrent des signes de dysbiose, avec notamment un recul des bénéfiques lactobacilles : le microbiote digestif est appauvri en Lactobacillus ; le microbiote vaginal est plus diversifié (alors qu’une flore vaginale optimale est généralement peu diversifiée), considérablement enrichi en Streptococcus et Prevotella et appauvri en Lactobacillus jensenii et Gardnerella vaginalis ; le microbiote urinaire est également plus diversifié et enrichi en Clostridium sensu stricto 1.

Des dysbioses liées à des caractéristiques cliniques

Mais surtout, l’abondance relative de certaines bactéries chez les hypersensibles est associée à des caractéristiques cliniques et à la sensibilité accrue des organes :

• la faible abondance intestinale d’Akkermansia, Desulfovibrio, Faecalibacterium et CAG-352 va de pair avec une intensité accrue de la douleur rectale ;
• le manque de Lactobacillus jensenii vaginaux est associé à davantage de dysménorrhée et à une perte de la capacité de la vessie ; et l’abondance accrue de deux Prevotella à la survenue de la dysménorrhée ;
• dans le microbiote urinaire, la moindre abondance de Lactobacillus est corrélée à une perte de la capacité de la vessie et une moins bonne qualité de vie.

Une signature de la sensibilité

Enfin, les chercheurs ont identifié des signatures bactériennes intestinales, vaginales et urinaires qui représentent autant de biomarqueurs de l’hypersensibilisation pelvienne chez les femmes souffrant de douleurs pelviennes chroniques.

Ces bactéries sont-elles la cause de la maladie ? Des modèles précliniques animaux seront nécessaires pour valider un éventuel lien de cause à effet. Pour autant, ces travaux ouvrent la voie à des approches nutritionnelles mais aussi thérapeutiques : des prébiotique, probiotique, et symbiotiques ciblant les différents microbiotes urogénitaux pourraient-ils améliorer la sensibilisation chez les femmes atteintes de DPC ?

Les aliments que nous ingérons, l’eau que nous buvons, l’air que nous respirons, mais aussi notre habitat, notre environnement de travail… Dans quelles mesures les facteurs auxquels l’Homme est exposé depuis sa naissance jusqu’à sa mort jouent-ils un rôle dans la progression inexorable des maladies chroniques ? C’est là une vraie « colle » posée à la communauté scientifique. ¹

En effet, si les scientifiques s’efforcent depuis de nombreuses années de mesurer l’impact sur la santé de chacun de ces facteurs, force est de constater que l’on connaît encore très mal les perturbations physiologiques qu’ils engendrent quand ils sont combinés et qu’ils se cumulent au fil des années.

Certains agissent en synergie (on parle d’effet cocktail), d’autres se compensent, d’autres encore auront un impact à un moment de la vie, mais pas à un autre, ou tout simplement pas les mêmes conséquences selon la durée d’exposition. ¹

Exposome : une approche globale de la santé

Urbanisation, stress, changement climatique, alimentation moderne, produits toxiques… En 2005, poussé par la nécessité de mieux comprendre l’exposition souvent complexe à ces multiples facteurs environnementaux, l’épidémiologiste anglais Christopher P. Wild (aujourd’hui directeur du CIRC, Centre International de Recherche sur le Cancer) propose le concept d’« exposome ». Il le définit comme : « la totalité des expositions auxquelles un individu est soumis de la conception à la mort ».

L’exposome est, selon lui, « une représentation complexe et dynamique des expositions auxquelles une personne est sujette tout au long de sa vie, intégrant l’environnement chimique, microbiologique, physique, récréatif, médicamenteux, le style de vie, l’alimentation, ainsi que les infections. »

Respirer, se laver, s’habiller, manger, travailler, se coucher s’avèrent donc des actes pas si anodins. Ils nous exposent à des sources de microparticules, de substances chimiques, de polluants, de métaux lourds, de stress, de bruit, de rayonnements… potentiellement nocifs pour notre organisme et nos microbiotes. ⁶

Mieux comprendre l’exposome, c’est-à-dire les expositions auxquelles nous sommes soumis tout au long de notre vie, s’avère donc crucial pour réduire les risques de maladies et adopter des bons comportements dans notre quotidien. Et le microbiote dans tout ça ?

Microbiote et exposome : un dialogue au cœur de notre santé

Et si notre santé dépendait du dialogue entre notre environnement et les milliards de micro-organismes qui peuplent notre corps ? Polluants, alimentation, stress, nature… l’exposome interagit en permanence avec nos microbiotes et peut influer sur leur équilibre fragile. Un lien méconnu mais central, notamment dans la prévention des maladies chroniques. L'impact de la nature sur notre microbiote ou encore celui de l’urbanisation en témoignent.

Découvrez comment cet échange silencieux façonne notre santé.

Microbiote sous pression : comment l’exposome favorise les maladies chroniques

Notre environnement influence profondément notre santé… en agissant sur nos microbiotes. Perturbateurs endocriniens, microplastiques, médicaments, aliments ultra-transformés : autant de composants de l’exposome qui fragilisent notre écosystème intestinal et favorisent les maladies chroniques. La science révèle aujourd’hui comment ces perturbations peuvent engendrer obésité, dépression, MICI ou allergies. L’exposome fongique ou encore la résistance bactérienne en sont des exemples.

Explorez les liens entre environnement, dysbiose et maladies modernes.

De la naissance à la mort, un exposome avec des conséquences différentes sur notre santé

Notre sensibilité à l’environnement évolue au fil des âges. Dès la grossesse, l’exposome module l’immunité, façonne le microbiote du nourrisson et influence son risque futur d’asthme ou d’allergie. À l’adolescence, il impacte santé mentale et cutanée. À l’âge adulte, il conditionne inflammation et bien-être global. Chez les seniors, il peut préserver ou altérer la longévité, comme le montre l’étude sur le microbiote des centenaires.

Découvrez comment chaque étape de la vie dialogue avec l’exposome.

Vers un exposome plus favorable

Si nous ne maîtrisons pas tout, nous pouvons néanmoins agir ! Un exposome bénéfique est possible : alimentation riche en fibres, activité physique, vie au contact de la nature, hygiène douce, réduction des perturbateurs… autant de leviers simples pour protéger nos microbiotes et prévenir les maladies. Le régime méditerranéen ou un environnement microbien riche en sont les preuves vivantes.

Découvrez des gestes concrets pour cultiver un environnement sain.

Les microbiotes sont les sentinelles de notre environnement. Interfaces vivantes entre notre corps et le monde extérieur, les microbiotes sont le reflet fidèle de notre environnement. Comprendre l’exposome, c’est identifier les leviers pour mieux vivre, mieux vieillir et prévenir les maladies de demain. L’approche exposomique éclaire d’un nouveau jour notre rapport à la santé publique, à l’écologie et aux comportements du quotidien.

Quand on est atteint de maladie cœliaque (sidenote: Maladie cœliaque trouble auto-immun qui affecte principalement l’intestin grêle et qui est déclenché par l’ingestion de gluten chez des personnes génétiquement prédisposées. ) , le traitement est sans appel : exit le gluten (sidenote: Gluten (du latin glue qui signifie colle) : substance azotée visqueuse qui se forme après hydratation de la farine, à partir de certaines protéines (gluténines et gliadines) des céréales, principalement du blé. ) Mais que se passe-t-il vraiment dans les intestins des patients, après un an d’un tel régime? Quels impacts sur le microbiote intestinal? Les symptômes sont-ils toujours présents ? Une récente étude britannique s’est penchée sur cette question. ¹

Avant le sans-gluten, les patients et les intestins souffrent

Avant de commencer leur régime sans gluten, les personnes souffrant de la maladie cœliaque présentent déjà des différences notables :  moral en berne, symptômes digestifs, selles moins hydratées alors que la teneur en eau dans l’intestin grêle est au contraire excessive, et surtout, un transit intestinal beaucoup plus lent. En cause ? Les lésions dans la paroi de l’intestin, qui modifient l’absorption et la sécrétion d’eau, mais sans doute aussi une inflammation chronique et un déséquilibre de certaines hormones digestives.

Un an sans gluten : mieux, mais pas parfait

Bonne nouvelle ! Après un an de régime sans gluten, les patients se sentent globalement mieux, sont moins anxieux et leur transit s’est un peu accéléré. Mais ce n’est pas non plus la panacée : leur bien-être reste inférieur à celui de personnes ne souffrant pas de maladie cœliaque et certains des patients présentent toujours des symptômes liés à cette maladie.

Reste que ce régime pèse sur le microbiote, c’est-à-dire l’ensemble des bactéries qui peuplent nos intestins. L’éviction du blé – et de tous ses produits dérivés, du pain aux biscuits en passant par les pâtes – supprime certes le gluten mais aussi les fibres issues de cette céréale, et avec elles, les bénéfiques bifidobactéries qui étaient friandes de ces fibres. A l’inverse, le régime semble booster des bactéries liées à la dégradation des protéines dont on se serait bien passé, comme E. coli ou Peptostreptococcus.

Maladie cœliaque, allergie au blé, hypersensibilité au gluten : ne pas confondre ! ^6,7

Le gluten n’est pas « toxique » pour l’Homme : il est bien toléré par la majorité des consommateurs. Il est cependant impliqué dans deux maladies très différentes :

• La maladie cœliaque, une maladie auto-immune (l’organisme s’auto-attaque) qui se produit plusieurs semaines ou années après l’exposition au gluten et se manifeste par des lésions de la paroi de l’intestin grêle. Son diagnostic est confirmé par la présence d’auto-anticorps dans le sang ;
• L’allergie au blé, qui se produit dans les minutes ou heures suivant le contact avec le gluten ou d’autres protéines du blé. Elle déclenche une réponse immunologique de l’organisme et la libération d’histamine. Sa prévalence varie selon les études de 0,5 à 9 % chez l’enfant et de 0,4 à 1 % chez l’adulte.

Et si le régime ne suffisait pas ?

Autre découverte importante : 1 patient sur 3 rapporte des symptômes gastro-intestinaux persistants voire aggravés, malgré l’éviction du gluten. Certains acides gras spécifiques et la présence de certaines bactéries dans le microbiote intestinal pourraient expliquer cette persistance des symptômes.

Lorsque le diagnostic d’une maladie cœliaque (sidenote: Maladie cœliaque trouble auto-immun qui affecte principalement l’intestin grêle et qui est déclenché par l’ingestion de gluten chez des personnes génétiquement prédisposées. )  tombe, les patients se voient contraints de suivre un régime sans gluten (sidenote: Gluten (du latin glue qui signifie colle) : substance azotée visqueuse qui se forme après hydratation de la farine, à partir de certaines protéines (gluténines et gliadines) des céréales, principalement du blé. ) à vie. Et pourtant, on en connaît mal les conséquences sur le fonctionnement de l’intestin et le microbiote qu’il abrite. D’où l’intérêt de cette étude observationnelle qui évalue la fonction intestinale et le microbiote de 36 patients cœliaques avant et après un an de régime sans gluten, comparés à 36 témoins sains suivant une alimentation standard.

Avant le sans gluten

Les patients nouvellement diagnostiqués – qui n’ont pas encore démarré leur régime sans gluten-, se distinguent de volontaires sains : davantage de somatisation, de dépression, d’anxiété, de symptômes gastro-intestinaux, des selles moins riches en eau (-5 %). L’équipe rapporte également :

• Une teneur en eau du contenu de l’intestin grêle significativement plus élevée (+ 57 %) qui pourrait être liée à l’effet combiné d’une absorption altérée (atrophie des villosités), de sécrétions accrues (hyperplasie des cryptes) et d’un trouble de la motricité intestinale ;
• Et un transit plus lent (+ 83 %) qui pourrait s’expliquer par des lésions des muqueuses, une inflammation affectant la motilité, une malabsorption et un déséquilibre des hormones intestinales.

A défaut d’identifier une signature spécifique du microbiote intestinal dans la maladie cœliaque, l’équipe montre des différences au niveau de certains taxons bactériens, dont certaines pourraient s’expliquer par l’altération de la fonction intestinale : la moindre abondance de l'espèce Blautia pourrait par exemple être liée au transit lent et aux volumes coliques élevés.

Un régime qui pèse sur le microbiote

Après 12 mois d’éviction du gluten, le bien-être des patients semble amélioré (moindre somatisation, moindre anxiété, petite amélioration du transit, moindres symptômes…), sans néanmoins leur permettre de retrouver des niveaux comparables à ceux des témoins non atteint de la maladie coeliaque. Ce constat suggère que l’éviction du gluten, bien qu’important, n’est pas un traitement suffisant à lui seul.

Un an de régime, qui élimine le blé mais aussi ses fibres (amidon résistant et arabinoxylane), a en revanche un impact plutôt négatif sur le microbiote et les voies métaboliques : moindre abondance des bifidobactéries et donc des enzymes impliquées dans la dégradation de l’amidon et des arabinoxylanes ; présence accrue de E. coli, Enterobacter et Peptostreptococcus induisant une hausse des fonctions protéolytiques associées.

Persistance des symptômes

Mais surtout, 1 patient sur 3 rapporte des symptômes gastro-intestinaux persistants voire aggravés par le régime sans gluten.

Les acides gras à chaîne ramifiée (sidenote: Acides gras à chaîne ramifiée Acides gras généralement saturés présentant une (ou plusieurs) branche méthyle sur la chaîne carbonée. Composants majeurs des membranes bactériennes de nombreux genres et espèces, ces acides gras ramifiés sont rares dans les tissus humains internes mais sont présents à des concentrations élevées dans la peau et le vernix (substance blanche cireuse) des nouveau-nés. Aux États-Unis, le régime alimentaire, et notamment le fromage et les produits à base de viande bovine, induiraient des apports d'environ 500 mg/jour. ) semblent corrélés aux symptômes, et la composition du microbiote (notamment les genres Bifidobacterium, Alistipes et Ruminococcus) avec leur persistance.

Bien qu’il s’agisse du seul traitement actuellement existant en cas de maladie cœliaque, le régime sans gluten altère le microbiote et ne corrige pas tous les symptômes. Aussi, les auteurs envisagent de l’associer à des prébiotiques et/ou symbiotiques ciblés, afin d’en contrer les effets négatifs.

Le microbiote vaginal s’avère essentiel à la santé gynécologique des femmes. Avec une spécificité : alors que de nombreux microbiotes sont considérés comme sains lorsqu’ils sont diversifiés, une large prédominance des Lactobacilles est (pour le moment) considérée comme « l’étalon or » d’une flore vaginale en bonne santé. 

Néanmoins, comme le rappellent plusieurs sommités internationales dans un article d’opinion dédié à la santé vaginale des femmes, l’actuelle classification en 5 CST (sidenote: Five community state types (CST) - CST I dominée par Lactobacillus crispatus, 
- CST II par L. gasseri,
- CST III par L. iners 
- CST V par L. jensenii
- et CST IV, plus diversifié, qui n'est pas dominé par des Lactobacillus mais par un ensemble de bactéries anaérobies comme Gardnerella, Atopobium, Prevotella, et Finegoldia. ) présente des limites : elle ne reflète pas l'ensemble de la biologie et de la fonctionnalité du microbiome vaginal. les auteurs citent l'étude belge Isala, où 10,4 % des participantes présentaient une co-dominance de L. crispatus (CST I) et de L. iners (CST III), révélant la possibilité de CST co-existants chez certaines femmes. Autre limite : le rôle des champignons, eucaryotes, archées et virus est largement sous-exploré.

Des données principalement dans les pays riches

Pour illustrer leur raisonnement, les auteurs reviennent sur la vaginose bactérienne, diagnostiquée par le score de Nugent (sidenote: Score de Nugent Système de notation diagnostique permettant d'évaluer la vaginose bactérienne en fonction de la présence et des proportions de certaines bactéries par coloration de Gram dans un échantillon vaginal. ) ou les critères d'Amsel (sidenote: Critères d'Amsel Diagnostic clinique reposant sur quatre signes : pH des sécrétions vaginales supérieur à 4,5, test d'odeur positif (odeur de poisson avarié après ajout de 10 % de potasse (KOH), présence de cellules «  indicatrices » (grandes cellules épithéliales tapissées de bactéries) et pertes vaginales anormales. Au moins trois de ces signes doivent être présents pour qu’une VB soit diagnostiquée. ) , Un diagnostic qui souffre de biais, notamment géographiques.

La moindre présence des lactobacilles et la plus grande fréquence de la vaginose chez les femmes noires et latino-américaines (vs femmes d'origine asiatique ou européenne) vivant aux États-Unis est-elle réelle ou liée à des limites méthodologiques ? Les inégalités socio-économiques entre populations pourraient-elles expliquer certaines différences ? Quid des comportements différents, comme la douche vaginale, facteur de risque reconnu de la dysbiose vaginale ? Quid également des nombreuses Américaines classées comme afro-américaines même si (plus de) la moitié de leurs ancêtres sont des Européens blancs ?

Au final, que sait-on réellement de la composition du microbiote vaginal « sain » et équilibré des femmes d'origines géographiques et ethniques différentes 

Des projets sur tous les continents

Les auteurs mettent en avant le manque d’études dans des pays à niveau de revenu faible ou intermédiaire, malgré un nombre croissant d'initiatives qui tentent de combler ce manque :

• Le Vaginal Human Microbiome Project (VaHMP) cartographie les données sur la flore vaginale de femmes de différentes origines ethniques vivant aux États-Unis ;
• La base de données VIRGO complète les données américaines des données issues de six pays de différents continents ;
• La Vaginal Microbial Genome Collection (VMGC) contient les données de 14 pays ; 
• Le Vaginal Microbiome Research Consortium comporte une partie spécifique pour l'Afrique et le Bangladesh.

Autre approche : la science citoyenne (contribution des citoyens à la recherche sur le microbiome vaginal à travers le monde dans une approche ascendante et locale), à l’image du projet Isala des auteurs sur la flore vaginal. Après son succès en Belgique (plus de 6 000 candidatures pour 200 femmes recherchées), l’initiative a été étendue à un réseau mondial de partenaires sur différents continents (Amérique, Afrique, Asie et Europe), en favorisant la collaboration entre équipes.

Autant d’initiatives que les auteurs jugent nécessaires à une compréhension plus complète d'un microbiome vaginal « sain ».

Ces avancées pourraient également permettre de mieux cerner les conditions qui favorisent l’équilibre de ce microbiote, notamment en approfondissant le rôle protecteur de certaines espèces comme Lactobacillus crispatus, et en évaluant de manière rigoureuse l’intérêt des probiotiques dans cette dynamique.

Les sodas et autres boissons sucrées sont la bête noire des politiques de santé publique. Au rang des effets délétères associés à leur consommation excessive : le diabète (sidenote: Diabète Maladie chronique qui se déclare lorsque le pancréas ne produit pas suffisamment d’insuline, ou lorsque l’organisme n’est pas capable d’utiliser efficacement l’insuline qu’il produit. Avec le temps, le diabète peut causer des lésions vasculaires dans le cœur, les yeux, les reins et les nerfs. ) , et plus particulièrement de diabète de type 2 Comment ? Sans doute via une prise de poids, une résistance à l’insuline (sidenote: Résistance à l’insuline Réponse altérée des cellules à l’action de l’insuline (hormone qui aide le corps à utiliser le sucre comme énergie), l’insulino-résistance se traduit par une mauvaise régulation du taux de sucre dans le sang. Sources :
Inserm. La résistance à l’insuline, une histoire de communication. 2018. 
Centers for disease control and prevention. Diabetes - Resources and Publications -Glossary  )  , une inflammation et une dyslipidémie. Mais des travaux menés chez des Latino- et Hispano-Américains montrent que notre microbiote intestinal jouerait également un rôle.

plus de sodas, plus de mauvaises bactéries

Avoir un faible pour les boissons sucrées (surtout si leur consommation dépasse 2 verres par jour) s’avère lourd de conséquences pour le microbiote intestinal. Leur consommation régulière semble en effet plomber les effectifs de différentes bactéries considérées comme bénéfiques, car produisant des acides gras à chaîne courte (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. )  (AGCC) reconnus pour leurs effets protecteurs.

Par exemple, Bacteroides pectinophilus, qui se nourrit de pectine mais qui ne sait quoi faire des sucres des sodas, décline en cas de consommation de sodas. Le malheur des uns faisant le bonheur des autres, des bactéries friandes de fructose et glucose, deux sucres présents à haute dose dans les boissons sucrées, se multiplient comme des petits pains.

Des métabolites bactériens pro-diabète  

Conséquence directe de ce chamboulement bactérien : notre microbiote étant modifié, il ne fabrique plus les mêmes métabolites (sidenote: Métabolites Petites molécules produites au cours du métabolisme cellulaire ou bactérien. Les acides gras à chaine courte sont par exemple des métabolites produits par le microbiote intestinal lors de la fermentation de sucres complexes non digestibles (fibres…).  Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25.  Lamichhane S, Sen P, Dickens AM, et al An overview of metabolomics data analysis: current tools and future perspectives. Comprehensive analytical chemistry. 2018 ; 82: 387-413 )  et n’agit plus de la même manière sur notre santé. Avec les sodas, exit les bons AGCC qui bichonnent notre organisme ! Au contraire, les molécules produites par la flore intestinale des addicts aux boissons sucrées sont impliquées dans des perturbations de la glycémie (taux de sucre dans le sang) et le risque de diabète. Et plus la consommation de sodas et boissons sucrées est élevée, plus ces molécules délétères sont présentes dans le sang, avec à la clé un risque accru de devenir diabétique. 

A noter : le surpoids pourrait jouer un rôle dans cette histoire. Une partie du lien entre les boissons sucrées, les métabolites et le diabète semblant passer par des kilos en plus.

Lever le pied sur les sodas

Ces résultats suggèrent un rôle potentiel du microbiote intestinal et des métabolites bactériens dans le lien entre la consommation de boissons sucrées et le risque accru de diabète Certes, d’autres études portant sur d'autres populations sont encore nécessaires pour mieux comprendre ce lien. Mais dans l’attente, cette étude doit être vue comme une raison de plus de lever le pied sur les sodas ! A la place, quid d’un verre d’horchata, qui booste les bonnes bactéries ?

En matière de nutrition, les jus de fruits et légumes, apportent leur boost de vitamines, de minéraux et d’antioxydants. Mais pour les « cures de jus détox » ou pour atteindre les « 5 fruits et légumes par jour », ce ne serait pas la meilleure option, si on en croit les résultats d’un essai clinique publié dans la revue Nutrients. ¹

Des étudiants mis à la diète

Les auteurs ont soumis 14 étudiants à trois types de régimes durant trois jours :

• cinq ont suivi une alimentation exclusivement basée sur des jus de fruits et légumes pressés à froid (8 à 900 kcal/jour, soit environ 10 verres par jour) ;
• quatre ont suivi une alimentation « normale » accompagnée de jus de fruits et légumes ;
• cinq ont suivi une alimentation hypocalorique riche en végétaux « entiers » contenant les fibres (8 à 900 kcal).

Avant d’entamer leurs régimes respectifs, les participants ont tous suivi 3 journées de « régime d’élimination » composé de fruits bio, légumes, céréales complètes, œufs, sans ou avec très peu de viande rouge, produits laitiers, produits transformés, gluten, alcool, café et sucre, afin d’évaluer l’influence des différents aliments sur la composition microbienne.

Pour analyser l’impact des différents régimes sur les microorganismes des microbiotes intestinal, buccal et salivaire des volontaires, les chercheurs ont recueilli leurs selles, leur salive et des prélèvements de l’intérieur des joues, avant l’expérimentation, entre les deux régimes et après.

Plus de risque de parodontites et de caries

Les résultats montrent que les jus de fruits et légumes, qu’ils soient consommés de manière exclusive ou avec des aliments, modifient significativement le microbiote buccal en augmentant les bactéries pro-inflammatoires, même si les changements sont transitoires. 

Les chercheurs notent une réduction des Veillonellaceae, une bactérie capable de transformer les nitrates salivaires en nitrites. Le problème c’est que moins de nitrites, c’est une moins bonne inhibition des bactéries responsables de la parodontite et une augmentation du risque de carie.

Côté microbiote intestinal, l’impact des jus était moins marqué, mais les chercheurs notent une augmentation de bactéries associées à l’inflammation, à la perméabilité intestinale et au déclin cognitif.

Trop de sucre, trop peu de fibres

Pour les auteurs, par rapport aux fruits et légumes entiers, les jus sont plus riches en sucre et en glucides et plus pauvres en fibres, ce qui impacte négativement la flore microbienne autant buccale qu’intestinale.

C’est en effet le régime d’élimination qui a eu le plus d’impact positif sur le microbiote intestinal : en apportant davantage de fibres, il a favorisé la prolifération des bactéries productrices des précieux acides gras à chaine courte (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. )  (AGCC), comme le butyrate. 

Même si la portée de cette étude est limitée en raison de sa petite taille et de sa courte durée, elle confirme que, pour la santé du microbiote, la priorité serait de manger des fruits et légumes entiers afin de bénéficer pleinement de leurs fibres. 

Le cancer du côlon se caractérise par une dynamique intratumorale complexe à laquelle participent le microbiote, le métabolisme des acides gras (sidenote: Métabolisme des acides gras Processus cellulaire impliqué dans la décomposition et la synthèse des graisses, qui exerce une influence sur la croissance et la progression des tumeurs. ) , et le micro-environnement tumoral (sidenote: Micro-environnement tumoral Milieu environnant d’une tumeur, y compris les cellules immunitaires, les vaisseaux sanguins et les molécules de signalisation ayant un impact sur le développement du cancer. ) . Une étude récente¹ s'est penchée sur le rôle encore méconnu de ce trio dans l’adénocarcinome du côlon (ADCO) (sidenote: Adénocarcinome du côlon (ADCO) Type de cancer du côlon dont l’origine se situe au niveau des cellules glandulaires du côlon. ) . En s'appuyant sur les données d’une vaste cohorte de patients provenant de The Cancer Genome Atlas (TCGA) et en appliquant des techniques sophistiquées de bioinformatique et d’analyse d’images pathologiques, les scientifiques se sont mis en quête de nouvelles pistes diagnostiques et thérapeutiques pour ce cancer agressif.

Connexions entre microbiote et métabolisme

L’équipe de scientifiques a commencé par analyser les données complètes de 420 patients atteints d’un ADCO. L’une des étapes essentielles de la méthode utilisée a consisté à classer ces patients en deux sous-groupes distincts : 

• Ayant une forte capacité (groupe FAM_high).
• Une faible capacité (groupe FAM-low) à métaboliser les acides gras.

Cette stratification a été effectuée sur la base du score Gene Set Variation Analysis (GSVA) (sidenote: Gene Set Variation Analysis (GSVA, Analyse des variations d’un ensemble de gènes) Méthode informatique permettant de déterminer l’activité de voies génétiques spécifiques dans des échantillons provenant de malades, et utilisée comme aide au sous-typage métabolique et au diagnostic. ) calculé pour les gènes du métabolisme des acides gras.

À la grande surprise des chercheurs, bien que la diversité alpha globale du microbiote (une mesure de la diversité intra-échantillon) semble similaire entre les deux groupes, une analyse approfondie de la diversité bêta microbienne (une mesure de la diversité inter-échantillon) a révélé des compositions bactériennes clairement distinctes et étroitement corrélées aux profils métaboliques sous-jacents.

En effet, les chercheurs ont observé que les patients du groupe FAM_low avaient une survie globale (SG) significativement meilleure que leurs homologues du groupe FAM_high. L’identification de quatre gènes spécifiques (ADIPOR2, HAO2, ALAD, HPGD) dont les niveaux d’expression montraient une corrélation significative avec la survie des patients a permis de confirmer le rôle critique du métabolisme des acides gras dans le pronostic de l’ADCO. 

Des signatures métaboliques utilisées comme outils de prédiction

Au-delà du diagnostic et du pronostic, l’analyse complète de la sensibilité aux médicaments réalisée dans le cadre de l’étude a mis en évidence des différences considérables et potentiellement exploitables au niveau clinique dans la manière dont les deux sous-types définis par le métabolisme des acides gras réagissent à un large éventail d’agents thérapeutiques.

En calculant les valeurs de CI50 (concentration de médicament nécessaire pour inhiber 50 % des cellules) d’un ensemble très large de 195 candidats-médicaments, les chercheurs ont découvert que les groupes FAM_high et FAM_low présentaient des sensibilités significativement différentes à 120 de ces molécules, soit un nombre tout à fait remarquable. Par exemple, le groupe FAM_high présente une sensibilité réduite à des médicaments comme le JQ1, ce qui suggère que ces agents pourraient être moins efficaces dans ce contexte métabolique. De telles informations pourraient contribuer à la mise au point de stratégies plus personnalisées dans le traitement du cancer.