Naissance par voie basse, présence de frères et sœurs, d’animaux, vie en milieu rural : autant d’expositions précoces qui façonnent le développement du système immunitaire. Tout se jouerait ainsi très tôt : la présence dans le sang des nourrissons d’IgE spécifiques d’une sensibilité alimentaire serait un indicateur précoce d’une tolérance immunitaire altérée, et d’un développement ultérieur d’affections allergiques. Et si le microbiote intestinal jouait un rôle clé ?

Des Bifidobacterium aldh+ typiques des nourrissons

Des chercheurs ont examiné les changements dans la flore intestinale de 56 nourrissons suédois nés à terme et suivis jusqu’à leurs 5 ans, issus de la cohorte Alladdin ¹.
Tant qu’ils sont allaités, leurs microbiotes sont largement dominés par des Bifidobacterium dotés du gène de la déshydrogénase des lactates aromatiques (aldh), notamment B. bifidum et B. longum, ainsi que B. infantis et B. breve. L’enzyme aldh catalyse la dernière étape de la conversion d’acides aminés aromatiques en lactates aromatiques (dont le 4-hydroxyphényllactate 4-OH-PLA). Ces lactates aromatiques modulent l’immunité de l’hôte, sans que l’on sache s’ils participent à la régulation des IgE.

Un lien entre bifidobactéries et IgE

D’où la question suivante de l’équipe : cette abondance précoce de bifidobactéries aldh+ est-elle associée à la sensibilisation allergique et aux IgE circulantes ?
Les données de 146 enfants de la même cohorte montrent que les bifidobactéries aldh+ sont plus abondantes chez les enfants ne présentant pas d’IgE spécifiques des allergènes alimentaires.
A l’inverse, les bifidobactéries aldh− sont plus abondantes chez les enfants avec de telles IgE. Cette association est confirmée dans la cohorte allemande PAPS ².
Ainsi, les niveaux de lactates aromatiques produits par les bifidobactéries intestinales aldh+ pendant la phase d’allaitement sont inversement associés aux IgE circulantes spécifiques des allergènes au cours de la petite enfance. Mais aussi à la dermatite atopique à 2 ans.

Effet protecteur d’un métabolite bifidobactérien

Le métabolite microbien 4-OH-PLA, qui inhibe spécifiquement la production d’IgE (sans effet sur les IgG) expliquerait 40 % de l’association inverse entre la présence de bifidobactéries aldh+ et les niveaux circulants d’IgE.
L’association protectrice semble néanmoins limitée à une fenêtre immunologique précoce (avant les 5 mois de l’enfant), période où le 4-OH-PLA est le plus abondant dans l’intestin du nourrisson. Avec l’introduction d’aliments solides, ses niveaux diminuent fortement.

Ainsi, un axe précoce microbiote intestinal–métabolites bactériens–immunité, confortant l’enjeu des 1000 premiers jours, semble jouer sur la sensibilité allergique. A ce titre, un accouchement par voie basse, la présence d’une fratrie et l’allaitement exclusif étaient chacun associés à des niveaux plus élevés de 4-OH-PLA dans les selles à 2 mois de vie, tandis que l’introduction précoce de lait maternisé les réduit. Un argument de plus en faveur de l’allaitement, lorsqu’il est possible.

Les maladies allergiques (eczéma, asthme, allergies alimentaires) apparaissent souvent très tôt dans la vie et sont en forte augmentation. Elles soulèvent donc une question cruciale : quels sont les mécanismes qui expliquent la mise en place de ces terrains allergiques ? Et comment les contrer ?

Une question de bifidobactéries

Une étude ¹ publiée début 2026 dans la revue Nature microbiology considère qu’une partie de l’histoire se joue très tôt, dans l’intestin du nourrisson, via les bactéries qui s’y installent.
En particulier, certaines bifidobactéries sont dotées d’un super gène particulier (aldh), qui leur donne le pouvoir de transformer des acides aminés aromatiques du lait maternel en leurs lactates aromatiques respectifs. 

Or ces lactates ont un effet bénéfique sur le système immunitaire en construction de l’enfant. Notamment l’un d’entre eux, le 4-OH-PLA : ce lactate aromatique semble réduire la production d’anticorps appelés IgE (immunoglobines E), qui sont impliqués dans le développement des allergies. Il va aussi de pair avec moins de dermatite atopique à deux ans.

Une fenêtre de temps très courte

Ces processus sont aussi précoces que fugaces : l’effet protecteur des bifidobactéries aldh+ du microbiote intestinal n’existerait que pendant une période très limitée, jusqu’aux 5-6 mois de l’enfant. C’est durant cette période, qui correspond en général à l’allaitement, que les bifidobactéries sont les plus présentes dans son système digestif et que la production du 4-OH-PLA est maximale. La diversification de l’alimentation (introduction des aliments solides) vient ensuite tout chambouler.
Ainsi, il existerait une “fenêtre critique” du développement immunitaire du nourrisson, pendant laquelle un microbiote intestinal riche en bifidobactéries aldh+ peut influencer durablement le risque d’allergie de l’enfant et de l’adulte en devenir.

Ce qui favorise ce mécanisme protecteur

Au regard de l’étude, plusieurs facteurs précoces semblent associés à une meilleure installation de ces bactéries bénéfiques et donc à des niveaux plus élevés de 4-OH-PLA : 

• la naissance par voie vaginale, qui permet à l’enfant de récupérer une partie du microbiote de sa mère, dont des bifidobactéries ;
• la présence de frères et sœurs plus âgés, également sources de joyeux (et bénéfiques !) échanges de bactéries ;
• et surtout l’allaitement maternel exclusif les deux premiers mois, qui favorise la mise en place de ces mécanismes naturels de protection contre les allergies. 

Synopsis du cours

Cette session accréditée de FMC explore le rôle essentiel du microbiote intestinal dans la réponse et la résistance aux inhibiteurs de points de contrôle immunitaire chez les patients atteints de tumeurs solides. Elle examine l’impact de l’utilisation des antibiotiques sur les résultats des traitements, en mettant en lumière les mécanismes de résistance induite et l’importance d’une utilisation raisonnée des antimicrobiens en oncologie. La session présente également des stratégies émergentes visant à moduler le microbiote intestinal, notamment des approches expérimentales actuellement étudiées dans des essais cliniques. Les participants comprendront comment les interventions ciblant le microbiote peuvent améliorer l’efficacité de l’immunothérapie et orienter les pratiques cliniques futures.

Qui est Arielle Elkrief ?

Le Dr Arielle Elkrief est oncologue médicale et clinicienne-chercheuse au Centre hospitalier de l’Université de Montréal, ainsi que professeure adjointe à l’Université de Montréal. Elle co-dirige le Centre du microbiome du CHUM, où ses recherches portent sur le rôle du microbiote intestinal et tumoral dans l’immunothérapie du cancer et sur le développement de stratégies thérapeutiques basées sur le microbiote.

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Ces dernières années, une attention croissante a été accordée aux troubles immunitaires dans l'endométriose, une pathologie qui touche environ 1 femme sur 10.

En effet, ces femmes présentent de nombreuses perturbations de l'immunité innée (rapide, non spécifique, sans mémoire immunologique) et adaptative (spécifique à un antigène). D’où l’intérêt de cette synthèse narrative, qui s’appuie sur 198 publications afin de synthétiser les données actuelles sur l'immunopathogenèse de l'endométriose. ¹

Des perturbations de l’immunité innée et adaptative

La littérature confirme que la pathogenèse de l'endométriose semble déterminée par des perturbations concernant à la fois l'immunité innée (macrophages, neutrophiles, cellules NK, complément) et l'immunité adaptative (lymphocytes T et B). Et ce, à tous les stades de développement et pour toutes les formes (ovarienne, infiltrante profonde, extra-génitales ou encore adénomyose) de la maladie.

Les cellules immunitaires innées forment un microenvironnement inflammatoire assurant la survie des cellules endométriales ectopiques, tandis que le dysfonctionnement de l'immunité adaptative (activité cytotoxique réduite des cellules T, tolérance immunologique via Treg) permet à ces cellules d'éviter l'élimination une fois implantées.

Ces deux processus contribuent ainsi à l'implantation de lésions endométriosiques, à leur croissance, à l'angiogenèse et aux dommages tissulaires progressifs, avec un cercle vicieux inflammatoire.

Quel rôle du microbiote endométrial ? 

Chez les femmes atteintes d'endométriose, une dysbiose du microbiote endométrial est observée : augmentation de bactéries pathogènes telles que Escherichia coli, Shigella et Streptococcus, diminution des Lactobacillus protectrices.

Cette dysbiose est associée à l'activation du système du complément, ce qui renforcerait l'inflammation locale et faciliterait l'attachement des cellules endométriales au mésothélium péritonéal.

Du fait de l’inflammation chronique, les macrophages, qui devraient être en mode « destruction » (phénotype M1), basculent en mode anti-inflammatoire et cicatrisation (type M2) : au lieu d’éliminer les cellules de l’endomètre délocalisées, ils « calment » la réponse immunitaire, favorisent la réparation tissulaire et la survie des lésions.

Les pistes thérapeutiques

Au-delà de la simple connaissance, le décryptage des mécanismes de l'immunopathogénèse de l'endométriose ouvre la voie à une immunothérapie ciblée. Objectif : moduler directement les composants immunitaires dysfonctionnels.

Au rang des stratégies étudiées : immunomodulateurs, inhibiteurs de cytokines/chimiokines, thérapie génique et nanotechnologie, ciblage des points de contrôle immunitaire (PD-1/PD-L1, CTLA-4) et thérapies dirigées par les macrophages et cellules NK. Les probiotiques pourraient également jouer un rôle important : l’administration orale de Lactobacillus gasseri active des cellules NK et réduit la taille des lésions dans un modèle murin.

Des travaux à suivre !

Axe intestin-cerveau bassin : nouvelles perspectives issues de la science du microbiote

Alors qu’elles ont déjà à subir la chirurgie, les hormones et le stade de la tumeur, les femmes atteintes d’un cancer de l’endomètre présentent souvent des symptômes persistants qui affectent leur santé mentale, leur confort gastro-intestinal et leur bien-être sexuel. Une étude récente de l’université d’Oklahoma suggère que le microbiote intestinal et vaginal pourrait être lié à ces thématiques. Les chercheurs ont suivi 140 femmes devant subir une hystérectomie, parmi lesquelles des patientes atteintes d’un cancer de l’endomètre et des femmes présentant des affections gynécologiques bénignes. Avant l’intervention chirurgicale, les participantes ont rempli des questionnaires validés évaluant leur santé physique et mentale, leur niveau de stress, leurs symptômes gastro-intestinaux
et leur fonction sexuelle. Des échantillons vaginaux et rectaux ont été prélevés pour analyse du microbiome, ce qui a permis d’établir des corrélations entre les profils microbiens et les résultats rapportés par les patientes. Les femmes atteintes d’un cancer de l’endomètre présentaient une plus grande diversité microbienne vaginale, un phénomène généralement considéré comme défavorable dans d’autres contextes cliniques. Une plus grande diversité était associée à une sécheresse et une irritation vaginales accrues. Plusieurs espèces bactériennes, notamment Lactobacillus iners, Lactobacillus gasseri et Streptococcus agalactiae, étaient plus abondants chez les femmes signalant des symptômes vaginaux plus graves, ce qui suggère que les affections oncologiques peuvent modifier la dynamique de l’écosystème vaginal.

Le microbiote intestinal a également montré des corrélations significatives. Chez les patientes atteintes d’un cancer de l’endomètre, certaines taxons bactériens étaient corrélés à un meilleur bien-être mental, à des niveaux de stress plus faibles et à moins de troubles gastro-intestinaux, tandis que d’autres étaient liés à des ballonnements, à une gêne ou à une baisse de la libido. Ces résultats renforcent le concept d’un axe intestin-esprit-bassin reliant les écosystèmes microbiens à la santé psychologique et pelvienne.

D’un point de vue clinique, ces travaux ouvrent de nouvelles perspectives pour des interventions ciblées sur le microbiome, allant des probiotiques aux stratégies alimentaires dans le cadre des soins de soutien aux patients atteints de cancer. Le profilage du microbiome pourrait aider à identifier les patients présentant un risque de symptômes persistants et orienter des interventions personnalisées,
notamment des régimes alimentaires, des interventions sur le mode de vie ou une modulation ciblée du microbiote, dans le but d’améliorer la qualité de vie parallèlement aux traitements oncologiques standards.

Gautam NJ, Jimenez NR, Łaniewski P, et al. Microbiome impacts quality of life in patients with endometrial cancer and benign gynecological conditions. Qual Life Res 2025 ; 34: 2935-48.

Un métabolite du microbiote induit par l’activité physique renforce l’immunité antitumorale lymphocytaire T CD8 favorisant l’efficacité de l’immunothérapie

La sédentarité augmente le risque de cancer et l’activité physique renforce l’efficacité des inhibiteurs de points de contrôle immunitaire, mais les mécanismes à l’oeuvre dans ces phénomènes restent largement méconnus. Le microbiote intestinal stimule l’immunité antitumorale et l’activité physique module le microbiote intestinal, mais les liens entre ces facteurs n’ont pas été étudiés. Phelps et al. ont utilisé des modèles de cancer précliniques afin d’explorer les connexions éventuelles. Ils ont découvert que l’activité physique
prolongée limitait la croissance tumorale du mélanome sans affecter le poids corporel. L’activité physique a également stimulé les lymphocytes T CD4 et CD8 dans les ganglions lymphatiques drainant la tumeur. Point important, cet effet a nécessité l’intervention du microbiote intestinal, qui était impliqué dans l’activité antitumorale induite par l’exercice physique. Pour établir le lien de causalité, les
auteurs ont réalisé des transplantations de microbiote fécal (TMF) chez des souris sous antibiotiques en utilisant des selles provenant d’animaux donneurs sédentaires et ayant suivi un programme d’exercice physique. La TMF utilisant les selles provenant de souris entraînées a inhibé la croissance tumorale, a prolongé la survie et a renforcé l’immunité antitumorale. Même si l’on sait que des composants de la paroi cellulaire bactérienne augmentent les réponses immunitaires, l’effet de cette TMF semblait dépendant des métabolites issus du microbiote. En effet, l’administration par voie orale de métabolites microbiens provenant des selles de souris entraînées a limité la croissance tumorale du mélanome.

Pour comprendre le rôle des métabolites, les auteurs ont utilisé une métabolomique ciblée des métabolites monocarbonés (1C) et ont constaté que ce sont principalement les précurseurs de la voie 1C folate-dépendante qui étaient diminués chez les souris entraînées. D’autres expériences ont montré que des taux élevés de formiate stimulaient l’immunité antitumorale et limitaient la croissance tumorale, et que l’activité physique augmentait spécifiquement le formiate. En plus du mélanome, ces effets ont été observés dans des modèles d’adénocarcinome et de lymphome. Le formiate a aussi considérablement réduit les métastases pulmonaires. L’effet du formiate sur l’immunité antitumorale était médié via le Nrf2 (nuclear factor erythroid 2-related factor-2). En définitive, ils apportent des
preuves translationnelles montrant que le microbiote humain produisant des quantités élevées de formiate est associé à un renforcement de l’immunité et de l’inhibition tumorale.

Phelps CM, Willis NB, Duan T, et al. Exercise-induced microbiota metabolite enhances CD8 T cell antitumor immunity promoting immunotherapy efficacy. Cell 2025; 188: 5680-700.

Dynamique temporelle et interactions microbiennes façonnant le résistome intestinal dans la petite enfance

La résistance aux antibiotiques est liée aux gènes de résistance aux antibiotiques (GRA), qui permettent aux bactéries de résister aux antibiotiques. Les GRA existaient avant l’introduction des antibiotiques dans la médecine humaine, mais leur utilisation excessive actuelle en a amplifié la prévalence à l’échelle mondiale. Lorsque la résistance atteint des micro-organismes pathogènes, elle menace la santé publique en affaiblissant l’efficacité des antibiotiques. Cependant, davantage d’études doivent être menées, en particulier chez l’enfant, afin de comprendre le rôle du résistome intestinal dans la diffusion de la résistance aux antimicrobiens (RAM)

Cette étude a exploré la dynamique du résistome intestinal dans une cohorte de naissance à l’aide d’échantillons de selles recueillis de manière longitudinale à 8 reprises de la naissance jusqu’à l’âge de 5 ans. Chez les nouveau-nés (3–6 jours à 2 mois), la richesse en GRA présentait un profil bimodal qui a disparu à 6 mois, âge auquel la plupart des enfants affichaient un nombre élevé de GRA. À 12 mois, la bimodalité a réapparu, suivie d’un déclin des GRA à 60 mois. L’abondance des GRA par rapport au total des gènes était
maximale au cours des 6 premiers mois et a chuté après 12 mois. L’abondance absolue des GRA variait fortement entre les enfants au cours des 2 premiers mois de vie, elle a atteint un pic à 6 mois puis a chuté à 12 mois. Il a en outre été observé que les GRA conférant une résistance aux tétracyclines, aux fluoroquinolones, aux pénicillines et aux céphalosporines étaient les plus fréquents et les plus abondants jusqu’à l’âge de 6 mois. Les GRA dirigés contre les tétracyclines et les fluoroquinolones restaient les plus fréquents à tous les âges. L’abondance relative et absolue des GRA n’a pas différé entre les enfants naïfs d’antibiotiques et ceux qui y avaient été exposés avant le recueil du 1er échantillon à 3–6 jours de vie. Il est intéressant de noter que la composition microbienne et le mode d’accouchement semblent influer sur la diversité des GRA, tandis que seuls quelques taxa bactériens présentent un nombre élevé de
GRA..

Pour conclure, cette étude a mis en évidence des profils temporels et des interactions microbiennes clés qui façonnent le résistome intestinal dans la petite enfance, suggérant des opportunités pour des stratégies ciblées visant à limiter la RAM au cours de cette phase critique du développement.

Chatzigiannidou I, Johansen PL, Dehli RK, et al. Temporal dynamics and microbial interactions shaping the gut resistome in early infancy. Nat Commun 2025; 16: 8139

Quantification de la variation des produits de fermentation issus du microbiote intestinal humain

Le microbiote intestinal influe sur l’hôte en grande partie par l’échange de produits de fermentation, principalement des acides gras à chaîne courte produits par les micro-organismes dans le gros intestin. Les micro-organismes métabolisent les glucides complexes issus des aliments végétaux ainsi que les protéines alimentaires qui échappent à la digestion dans l’intestin grêle. Bien que la métabolomique
soit capable d’identifier une grande variété de composés, elle ne fournit qu’une image instantanée et ne donne que peu d’informations sur le flux global des produits de fermentation synthétisés par les micro-organismes et absorbés par l’hôte. Pour pallier cette insuffisance, cette étude a développé des approches orthogonales pour quantifier ce flux, intégrant des données sur le métabolisme
bactérien, la physiologie digestive et la métagénomique.

Ce cadre a permis de faire de nombreuses observations importantes. Par exemple, la majeure partie du carbone présent dans les glucides accessibles au microbiote (90 %) se retrouvait dans les produits de fermentation, qui ont essentiellement été absorbés par l’hôte. Les différences d’alimentation ont en grande partie déterminé le rendement total en produits de fermentation. De faibles rendements peuvent être observés lorsque l’alimentation est riche en aliments hautement transformés pauvres en glucides complexes ou lorsqu’elle contient des glucides qui résistent à la digestion et traversent le tube digestif sans être modifiés. De manière assez surprenante, les micro-organismes eux-mêmes ont eu moins d’impact sur la quantité totale quotidienne de produits de fermentation
obtenue, à l’exclusion de certains produits de fermentation spécifiques tels que le butyrate et le lactate.

Même s’il ne s’agissait pas de l’objectif principal de l’étude, celle-ci a montré que les souris obtiennent une quantité de produits de fermentation par unité de poids corporel bien plus élevée que les humains (≈ 400 mmol/kg/jour vs 7 mmol/ kg/jour), contribuant à plus de 21 % de leurs besoins énergétiques quotidiens contre 1,7 à 12,1 % chez l’être humain. Cette disparité, associée aux différences de composition du microbiote et d’anatomie du tube digestif, doit être prise en compte lors de l’extrapolation des données de la souris aux effets systémiques chez l’être humain. Les auteurs concluent qu’en raison du caractère dynamique et en mouvement de l’environnement intestinal, le développement de ce type de cadre est essentiel pour passer d’hypothèses basées sur des mesures ponctuelles des métabolites à un modèle intégré des fonctions de l’hôte et du microbiote dans la santé et la maladie.

Arnoldini M, Sharma R, Moresi C, et al. Quantifying the varying harvest of fermentation products from the human gut microbiota. Cell 2025 ; 188 : 5332-42.

Les affirmations des réseaux sociaux sont-elles fondées ?

En laboratoire, dans des conditions expérimentales bien spécifiques, certaines bactéries du microbiote intestinal ¹ ou des bactéries lactiques ² (souvent utilisées comme probiotiques) peuvent bioaccumuler des PFAS ou les « séquestrer » à leur surface, suggérant une possible « détoxication ». En pratique, les PFAS ingérés sont presque entièrement absorbés au niveau de l’intestin grêle et passent rapidement dans la circulation sanguine. Le microbiote intestinal se situe principalement dans le côlon, un compartiment très peu atteint par les PFAS, bien qu’une fraction minoritaire du microbiote, localisée dans l’intestin grêle, soit directement exposée. Ainsi, le contact direct entre PFAS et bactéries intestinales reste marginal par rapport à la quantité totale de PFAS déjà accumulée dans le corps. En l’état des connaissances, il est donc difficile de conclure à un rôle majeur du microbiote et/ou de la prise de probiotiques, comme suggéré dans les médias, dans la détoxication des PFAS totaux de l’organisme par voie microbienne.

Quels impacts sur le microbiote ?

Par ailleurs, ce contact limité pourrait participer aux effets de plus en plus documentés des PFAS sur le microbiote intestinal. Des études chez le rongeur montrent qu’une exposition aux PFAS peut modifier la composition du microbiote et perturber certaines de ses fonctions, notamment la production de métabolites ou ses interactions avec le système immunitaire ^{3, 4}.

Or, ces altérations sont démontrées comme pouvant perturber l’équilibre de l’écosystème digestif et la santé intestinale.

Y a-t-il des limites importantes à garder en tête ?

La majorité des données scientifiques disponibles provient de modèles animaux exposés à des doses généralement supérieures à celles représentatives de l’exposition humaine, et concerne un nombre très limité de PFAS, souvent considérés isolément. Chez l’humain, les études sont encore rares, principalement observationnelles et influencées par de nombreux facteurs confondants (alimentation, âge, sexe). Le champ de recherche PFAS-microbiote reste donc encore émergent.

Quelles implications pour les professionnels de santé et que répondre aux patients ?

Face à la médiatisation du sujet et aux inquiétudes des patients, une communication fondée sur les preuves scientifiques est essentielle, sans extrapolations excessives. Il convient d’expliquer qu’il n’existe pas de solution de détoxication « miracle » des PFAS, notamment via les probiotiques.

En pratique, on peut conseiller de limiter les sources connues d’exposition aux PFAS (emballages alimentaires, ustensiles de cuisine antiadhésifs) et de privilégier une alimentation variée, peu transformée, riche en fruits, légumes et céréales complètes pour renforcer son microbiote dans sa fonction de protection.

Diarrhée infectieuse aiguë

Les recommandations actuelles préconisent l’utilisation de certaines souches de Saccharomyces et Lacticaseibacillus, les mieux documentées pour le traitement de la gastro-entérite aiguë et la prévention de la diarrhée associée aux antibiotiques chez l’enfant ^1-4. Les essais randomisés et contrôlés et les méta-analyses démontrent systématiquement une réduction cliniquement pertinente de la durée de
la maladie et de la fréquence des selles lorsque ces probiotiques sont utilisés en association avec une réhydratation orale. Ces deux souches présentent des preuves de qualité modérée et des profils de tolérance favorables dans la diarrhée associée aux antibiotiques, constituant les options les plus fiables dans la prise en charge pédiatrique de routine. Certaines Limosilactobacillus peuvent également être envisagées dans la diarrhée aiguë et les coliques du nourrisson, ce qui reflète la reconnaissance croissante du rôle de la modulation microbienne au début de la vie dans la tolérance immunitaire et la maturation de la barrière intestinale ⁵. Au-delà des probiotiques seuls, de nouvelles études présentées au congrès de la Laspghan ont analysé comment des associations avec des substrats prébiotiques pouvaient accélérer la restauration de la diversité du microbiote après une infection ou une exposition aux antibiotiques. Cette approche « biotique » synergique pourrait offrir de nouveaux horizons pour prévenir les récidives et améliorer la récupération intestinale chez l’enfant.

Troubles fonctionnels gastro-intestinaux et coliques

Au-delà des situations aiguës, le rôle des probiotiques dans les troubles gastro-intestinaux fonctionnels est défini avec davantage de prudence. Certaines souches de Lacticaseibacillus ont montré qu’elles étaient à même de réduire la fréquence des douleurs abdominales et d’améliorer la qualité de vie dans les douleurs abdominales fonctionnelles et le syndrome de l’intestin irritable lorsqu’elles étaient associées à des mesures alimentaires et comportementales ^{1, 3}. La force globale des preuves reste modeste, mais de nouvelles données suggèrent que des souches spécifiques pourraient jouer un rôle d’adjuvants dans le cadre d’une approche de prise en charge multimodale. Dans la constipation fonctionnelle, les Lacticaseibacillus peuvent également être utilisées en complément du traitement de référence, et elles restent les souches les plus systématiquement recommandées dans les coliques du nourrisson. L’utilisation préventive de Lacticaseibacillus de la naissance à quatre mois a été associée à une incidence plus faible des coliques chez les nourrissons à haut risque ². Pour choisir la souche la mieux adaptée, il faut toujours prendre en compte le phénotype du patient, ses symptômes ainsi que les interventions concomitantes, telles que l’apport de fibres ou la thérapie comportementale. L’intégration des probiotiques ou synbiotiques dans le cadre d’une stratégie de prise en charge holistique – plutôt que de les utiliser en compléments isolés – devient un principe clé pour optimiser les résultats dans les troubles gastro-intestinaux fonctionnels.

Allergie alimentaire et immunité muqueuse

Les interactions entre microbiote et développement immunitaire font l’objet d’une attention croissante. L’administration de Lacticaseibacillus pendant au moins trois mois peut aider à favoriser la tolérance et l’amélioration clinique dans l’allergie aux protéines de lait de vache ^{1 ,2}. Ces résultats sont biologiquement plausibles compte tenu des propriétés immunomodulatrices de la souche et de sa capacité à influer sur les réponses épithéliales et cytokiniques. D’autres études doivent néanmoins être menées afin de valider l’ampleur et la durabilité de ces effets sur les paramètres allergiques à long terme.

Prévention de l’entérocolite nécrosante

L’utilisation prophylactique de certaines souches de Lacticaseibacillus pendant plus de 30 jours reste recommandée pour réduire l’entérocolite nécrosante et la mortalité associée, à condition de garantir la qualité du produit, l’identité de la souche et la surveillance clinique du prématuré ¹. Le bénéfice semblant dépendre de la souche, il est nécessaire d’utiliser des formulations standardisées et de garantir la traçabilité microbiologique dans la prise en charge des nouveau-nés. Des données récentes montrent comment l’exposition
microbienne précoce – par l’accouchement par voie basse, l’allaitement et la diversification alimentaire – module l’immunité muqueuse et la tolérance orale. Les « 1 000 premiers jours » restent une fenêtre d’intervention cruciale pour prévenir les maladies allergiques et inflammatoires. Un nombre croissant de données sur les postbiotiques, des produits microbiens non viables à même de jouer un rôle de signalisation et anti-inflammatoire, ouvre de nouvelles perspectives thérapeutiques dans la prévention des allergies et l’éducation immunitaire..

Que sait-on déjà à ce sujet ?

Les troubles de l’attention avec ou sans hyperactivité (TDAH) sont fréquents en pédiatrie, avec une prévalence de 3 à 5 %. Des facteurs environnementaux sont impliqués dans le développement des TDAH, comme des facteurs périnataux, socio-émotionnels et nutritionnels. Ces facteurs de risque influencent également le microbiote intestinal (MI). Des modifications précoces peuvent perturber le développement neurologique. Ces effets pourraient être médiés par l’axe microbiote- intestin-cerveau, à travers trois voies (immunitaire, neuronale et endocrinienne/systémique).

Figure 1 - Différences spécifiques des taxas bactériens entre chacun des groupes de TDAH.

Quels sont les principaux résultats apportés par cette étude ?

Cent quatre-vingt-huit enfants ont été inclus dans une étude chinoise monocentrique, dont 94 enfants avec TDAH qui étaient répartis en trois sous-groupes, 56 avec inattention prédominant (groupe IA), 9 avec hyperactivité-impulsivité prédominant (groupe HA) et 29 avec des
symptômes combinés (groupe C), et 94 témoins (groupe TD).

L’analyse du MI ne retrouvait pas de différence entre ces trois groupes concernant la richesse et la diversité bactérienne, l’abondance relative des 10 genres principaux et le rapport Firmicutes/Bacteroidetes. Cependant des taxas spécifiques étaient associés aux sous-types de TDAH (figure 1).

La famille des Lactobacillaceae et l’espèce Lactobacillus sanfranciscencis étaient enrichies dans le groupe TD. Le groupe TD avait plus de Bifidobacteriales que le groupe C. Dans les groupes IA et C (symptômes d’inattention), le genre Streptococcus et l'espèce Streptococcus salivarus étaient délétères et la famille Flavobacteriaceae, les genres Paraprevotella, Fructilactobacillus, les espèces
Paraprevotella xylaniphila et Phocaeicola salanitronis étaient bénéfiques. Dans les groupes HA et C (symptômes d’hyperactivité-
impulsivité), la famille Lactobacillaceae et l’espèce Lactobacillus sanfranciscencis étaient bénéfiques (figure 1).

La famille des Lactobacillaceae et l’espèce Lactobacillus sanfranciscencis étaient enrichies dans le groupe TD. Le groupe TD avait plus de Bifidobacteriales que le groupe C. Dans les groupes IA et C (symptômes d’inattention), le genre Streptococcus et l’espèce Streptococcus
salivarus étaient délétères et la famille Flavobacteriaceae, les genres Paraprevotella, Fructilactobacillus, les espèces Paraprevotella xylaniphila et Phocaeicola salanitronis étaient bénéfiques. Dans les groupes HA et C (symptômes d’hyperactivité- impulsivité), la famille Lactobacillaceae et l’espèce Lactobacillus sanfranciscencis étaient bénéfiques (figure 1).

Les profils métabolomiques des enfants TDAH ont montré des perturbations dans la synthèse des acides gras, avec une diminution significative de la synthèse des acides gras insaturés et de l’acide linoléique, ainsi que dans le métabolisme des acides aminés (figure 2). Les différents symptômes, inattention, hyperactivité et impulsivité, étaient corrélés négativement à des métabolites différents, acide imidazole acétique et inattention (p < 0,001). Ainsi, le Lactobacillus sanfranciscencis avait un effet direct et un effet médié par l’acide imidazole acétique sur l’inattention. Une expérience avec trois cycles de transfert de microbiote fécal (FMT) d'enfant TDAH avec une faible abondance de bactéries bénéfiques Lactobacillus sanfranciscencis (groupe FMT-A) et de témoins (groupe FMT-H) a été réalisée chez des souris males C57BL/6J âgés de 4 semaines. Puis les souris ont reçu soit du Lactobacillus sanfranciscencis (1 x 108 organisme/souris/j, groupe FMT-A-R1), ou 150 mmol/L d’acétate de sodium (groupe FMT-A-R2) ou du PBS pour les contrôles (groupe FMT-A-C). Le groupe FMT-A-R1 avait une amélioration significative des symptômes d’hyperactivité mais pas le groupe FMT-A-R2, alors que les symptômes
d’inattention étaient améliorés dans les deux groupes. Enfin, la synthèse des acides gras et des acides gras insaturés étaient améliorées dans les groupes FMTA- R1 et FMT-A-R2 par rapport à FMT-A-C (figure 3).

Figure 2 - Modification des différentes voies métaboliques, la taille des cercles correspondant au nombre de gènes impliqués.

Figure 3 - La transplantation fécale avec des selles d’enfants TDAH diminue la synthèse des acides gras, qui est corrigée par traitement avec Lactobacillus sanfranciscencis ou acétate de sodium.

Quelles sont les conséquences en pratique ?

Cette étude montre que les modifications du MI des enfants TDAH dépend du type de symptôme. L’analyse en sousgroupe montre que l’espèce Lactobacillus sanfranciscencis est enrichie dans le groupe TD. En outre, après transplantation fécale avec des selles TDAH, un
traitement avec Lactobacillus sanfranciscencis permet une amélioration des symptômes.

La synthèse des acides gras et des acides gras insaturés est diminuées chez les enfants TDAH. De même, après transplantation fécale avec des selles TDAH, un traitement avec un acide gras à chaîne courte (acide imidazole acétique) permet une amélioration des symptômes.

Que sait-on déjà à ce sujet ?

Le cancer colorectal (CCR) est le troisième cancer le plus fréquent et le deuxième le plus létal dans le monde ². Le CCR prend naissance dans la couche épithéliale du côlon proximal (colon droit) ou distal et du rectum (colon gauche). La progression d’une lésion précancéreuse
bénigne (adénome) vers une tumeur maligne (carcinome), peut prendre plusieurs années et se caractérise par une accumulation de mutations dans les cellules tumorales, une altération de la barrière muqueuse intestinale et une inflammation intestinale.

Le microbiote intestinal est proposé comme un des acteurs importants du cancer. Certains microbes ont été avancés comme contributeurs majeurs de la carcinogenèse, en particulier Escherichia coli pks+ et Fusobacterium nucleatum ³. Plusieurs études ont observé des signatures microbiotiques distinctes chez les patients atteints de CCR par rapport aux patients porteurs d’adénomes ou aux témoins sains ⁴. Quelques études métagénomiques ont également examiné les modifications du microbiote le long de la séquence adénome-carcinome et selon la localisation de la néoplasie primitive, et des liens entre CCR et espèces orales ont été suggérés. D’autres données indiquent
un enrichissement de microbes typiquement oraux et d’espèces formant des biofilms oraux dans les métagénomes intestinaux de patients atteints de CCR proximal. Cependant, aucune étude métagénomique n’est allée au-delà de la caractérisation de facteurs de souche déjà bien connus influençant le risque de CCR, et il n’existe pas de recherches non ciblées sur les associations génomiques au niveau sous-espèce/souche avec les phénotypes de CCR.

Quels sont les principaux résultats apportés par cette étude ?

En exploitant 3 741 échantillons issus de 18 cohortes et en appliquant de nouvelles méthodologies informatiques au niveau de la souche, les auteurs ont exploré les liens entre le microbiote fécal et le CCR. Ils ont amélioré la précision de la prédiction du CCR fondée uniquement sur la métagénomique intestinale, avec une aire sous la courbe (AUC) moyenne = 0,85. Les cinq SGB (Species-level Genome Bins) rattachés à l’espèce Fusobacterium nucleatum étaient plus abondants dans le CCR que chez les témoins : F. nucleatum subsp. animalis, vincentii, nucleatum, polymorphum. Cela s’ajoutait à d’autres microbes bien caractérisés associés au CCR tels que Parvimonas micra et
Bacteroides fragilis. Les auteurs ont également identifié 19 SGB supplémentaires non caractérisés, sans souches cultivées ni espèces définies taxonomiquement, ce qui met en évidence une signature microbienne associée au CCR plus complexe qu’on ne l’appréciait jusqu’ici.

Bien que les variations du microbiote entre les stades au cours de la progression du CCR ne soient pas aussi marquées que celles observées entre CCR et témoins, les auteurs ont trouvé plusieurs biomarqueurs des CCR avancés et métastatiques, ainsi que plusieurs espèces microbiennes augmentant (ou diminuant) de manière monotone du témoin vers le cancer ou la maladie avancée. En particulier,
les CCR à un stade tardif étaient enrichis en espèces d’origine orale, telles que P. micra, déjà impliquée dans la stimulation de voies d’invasion tissulaire, et Hungatella hathewayi, qui favorise la prolifération des cellules intestinales dans des expériences in vitro (figure 1). Par rapport aux autres stades, les CCR métastatiques présentaient une abondance plus élevée de Methanobrevibacter smithii, étayant
des résultats antérieurs reliant les producteurs de méthane au CCR de stade IV. Les échantillons de selles de patients avec CCR du côlon droit ou transverse étaient également enrichis en espèces orales.

Ces résultats renforcent non seulement l’idée que le nombre et l’abondance cumulée des espèces d’origine orale sont significativement plus élevés dans les échantillons de CCR que chez les témoins et les adénomes, mais montrent aussi que les stades tardifs du CCR sont particulièrement enrichis en espèces orales. Cependant, de nombreuses bactéries non orales étaient également associées au CCR, y compris des espèces auparavant liées à un risque cardiométabolique élevé. Fait intéressant, les adénomes comme les stades tardifs du cancer étaient enrichis en espèces associées à une mauvaise santé cardiométabolique et à des maladies à médiation immunitaire.

Figure 1 : Signature microbienne selon le stade du CCR et la localisation de la tumeur primitive.

Quelles sont les conséquences en pratique ?

Cette étude est la plus large et la plus précise jamais menée à ce jour sur le microbiote fécal associé au CCR. Une signature basée uniquement sur le microbiote fécal permet une prédiction relativement bonne. D’autre part, des différences entre stades précoces et stades
tardifs sont mises en évidence. On peut noter néanmoins que l’étude ne permet pas d’identifier des marqueurs suffisamment précis pour le diagnostic de lésions préneoplasiques (adénome). Ce travail ouvre la porte à des tests basés sur le microbiote pour diagnostiquer le CCR,
mais l’utilisation en pratique clinique nécessite encore des validations et surtout une amélioration dans la détection des lesions préneoplasiques.