Touchant plus de 1 % de la population de plus de 60 ans, la maladie de Parkinson est la 2ème pathologie neurodégénérative la plus fréquente dans le monde. De précédentes études ont établi un lien entre une altération du microbiote intestinal (dysbiose (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) ) et le développement de cette affection via l’axe intestin-cerveau, mais aucune ne s’accorde sur la composition bactérienne qui lui serait associée.

Une dysbiose chez les malades

Dans de récents travaux menés sur 80 patients parkinsoniens atteints à des degrés divers, le microbiote intestinal a été comparé à celui de 72 personnes en bonne santé. Ils mettent en évidence une dysbiose : enrichie en espèces bactériennes appartenant aux familles des Lactobacillaceae, Enterobacteriaceae et Enterococcaceae, la flore intestinale des patients était en revanche appauvrie en Lachnospiraceae. Une différence d’autant plus marquée pour Enterobacteriaceae et Lachnospiraceae que la maladie de Parkinson était sévère et les troubles moteurs importants, ce qui laisse penser que ces deux familles bactériennes seraient corrélées à la progression de la maladie.

Une inflammation toxique pour les neurones

Chez les patients étudiés, la composition du microbiote intestinal est affectée par divers paramètres associés à la maladie (durée, stade de développement, prise de médicaments antiparkinsoniens), qui n’agissent toutefois pas sur une famille bactérienne en particulier. Les malades présentent également une perturbation de l’activité des neuromédiateurs, des molécules impliquées dans la régulation de l’humeur (sérotonine, dopamine et norépinéphrine) ; ils produisent par ailleurs davantage de lipopolysaccharides, des substances générant une inflammation susceptible d’endommager les neurones lorsqu’elle franchit les barrières intestinale et hémato-méningée (qui protège le cerveau du sang environnant). Si l’avancée scientifique est indéniable, elle mérite toutefois d’être approfondie (lien entre dysbiose et inflammation digestive, rôle des neuromédiateurs dans la communication intestin-cerveau…).

La formation de tumeurs en cas de cancer colorectal (CCR) est un processus long, qui explique que les signes cliniques n’apparaissent qu’à un stade avancé de la maladie, pourtant curable si prise à temps. Or il existe de fortes présomptions d’implication du microbiote intestinal dans ce processus, fondées à la fois sur des données génomiques et métabolomiques*. Mieux comprendre son rôle s’avère donc important, tant sur le plan étiologique que diagnostique. C’est pourquoi une équipe japonaise a réalisé des analyses métagénomiques (N = 616) et métabolomiques (N = 406) sur des échantillons fécaux de patients à différents stades de néoplasie colorectale et ayant subi une coloscopie. Neuf groupes ont été constitués, depuis le groupe témoin jusqu’au stade IV de CCR, en passant par les stades précoces - polypes adénomateux multiples et carcinome intra-muqueux (stade 0).

Un microbiote modifié dès les premiers stades

Grâce à une méthode de séquençage poussée (shotgun), les résultats mettent en évidence des modifications du microbiote et du métabolome, non seulement chez les patients présentant des lésions avancées, mais aussi dès les stades précoces. Deux modifications significatives de composition du microbiote sont observées lors du développement d’un CCR : d’une part une augmentation progressive de l’abondance relative de certaines espèces (e.g. Fusobacterium nucleatum spp., Solobacterium moorei…), quel que soit le stade ; et d’autre part une coexistence et une augmentation d’autres espèces (e.g. Actinomyces odontolyticus), uniquement chez les patients à un stade précoce. En outre, des augmentations de l’abondance d’autres espèces permettent de caractériser le degré d’avancement du CCR, comme Parvimonas micra à partir du stade I et Bilophila wadsworthia aux stades III/IV.

Le rôle des acides biliaires fécaux confirmé

Des différences significatives au niveau des métabolomes ont également été trouvées entre les groupes, permettant de distinguer les patients sains de ceux présentant un risque élevé de CCR. Ainsi, chez ceux présentant des carcinomes intra-muqueux, ont été constatés des taux significativement plus élevés d’acides aminés à chaîne ramifiée (isoleucine, leucine et valine), de phénylalanine, tyrosine et glycine. Les acides biliaires, dont l’acide désoxycholique, étaient quant à eux significativement plus élevés chez tous les patients à un stade précoce, confirmant la corrélation positive déjà rapportée entre concentration fécale en acides biliaires secondaires désoxycholiques et risque accru de CCR. L’ensemble de ces résultats, obtenus sur une large cohorte, démontrent que des changements s’opèrent au niveau du microbiote intestinal dès les signes avant-coureurs du cancer colorectal, engendrant des modifications des concentrations fécales en certains métabolites.

^{*La métabolomique est l’étude des métabolites issus de l’organisme ou provenant de l’environnement et se situe en aval, entre autres, de la génomique (étude de l’ensemble des gènes).}

Naturellement présente dans le nez et la peau d'individus en bonne santé, Staphylococcus aureus (ou staphylocoque doré) est une bactérie que l’on retrouve en plus grande quantité chez les enfants souffrant d'eczéma, en particulier s’il est sévère. Ce trouble cutané constitue par ailleurs un facteur de risque d’allergies alimentaires. Dès lors, on pourrait imaginer que l’association entre l’infection à staphylocoque doré et les allergies alimentaires chez les personnes souffrant d’eczéma serait liée à la sévérité de cette affection.

Une étude en plusieurs étapes

Cette hypothèse, une équipe de chercheurs l’a testée à partir des données recueillies lors de l’étude LEAP (sidenote: LEAP Learning Early About Peanut Allergy ) , qui suivait 640 bambins à risque élevé d’allergie aux arachides (en raison d’une allergie aux œufs ou d’un eczéma grave, ou des deux à la fois) de la prime enfance jusqu’à l’âge de 5 ans. Les résultats, publiés en 2015, avaient alors montré que la prévention du risque d’allergie aux arachides passait, paradoxalement, par l’introduction précoce de cet aliment chez les bébés à haut risque.

S. aureus, coupable identifié ?

Dans ce nouveau volet de l’étude LEAP, l’analyse des microbiotes du nez et de la peau des jeunes participants montre que plus la colonisation par les staphylocoques dorés est importante, plus l’eczéma est sévère et s’aggrave avec le temps. Et l’association de ces deux affections (infection à staphylocoque doré + eczéma, quelle qu’en soit la sévérité) s’accompagne d’une production accrue de molécules (sidenote: IgE : les immunoglobulines E sont des molécules sécrétées par l’organisme lors d’une réaction allergique )  produites en réaction allergique aux cacahuètes, aux blancs d’œufs de poule et au lait. Alors qu’elle s’atténue généralement avec l’âge, l’allergie aux œufs a tendance à perdurer chez environ 40 % des enfants étudiés ; celle aux cacahuètes survient même chez les enfants exposés préventivement très jeunes à cet aliment. La présence du staphylocoque doré au niveau du nez et de la peau entraînerait donc bien une réaction allergique à certains aliments.

Vers un espoir thérapeutique ?

D’après les chercheurs, S. aureus empêcherait le développement d’une tolérance naturelle aux œufs et à l’arachide, ce qui déclencherait alors l’allergie. Son éradication chez les enfants souffrant d’eczéma pourrait par conséquent prévenir les allergies alimentaires, suggèrent-ils, plaidant pour la poursuite de travaux afin de préciser le rôle de cette bactérie dans le développement de ces deux affections. 

Quels sont les principaux troubles gastro-intestinaux infantiles impliquant le microbiote ?

J’en distingue cinq. Les deux premiers sont les pathologies infectieuses (ou post-infectieuses) liées à une infestation par des pathogènes et les maladies inflammatoires de l’intestin, qui correspondent à un conflit entre système immunitaire et bactéries commensales. Mais le microbiote intestinal est également impliqué dans les allergies alimentaires, les troubles fonctionnels (côlon irritable, constipation), ainsi que dans l’obésité. Reste à savoir si les dysbioses intestinales sont cause ou conséquence des pathologies évoquées. Toute modification du microbiote est susceptible d’entraîner des modifications fonctionnelles, voire des altérations organiques, et inversement. De façon schématique, on estime que les infections peuvent entraîner une dysbiose et que les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin se conçoivent dans les deux sens. Les mécanismes sont peu clairs dans l’allergie mais pourraient être précoces au stade de maturation du système immunitaire, tandis que des modifications plus tardives et/ou prolongées seraient à l’œuvre dans les troubles fonctionnels intestinaux ou l’obésité.

La France est-elle particulièrement exposée à ce type de pathologies ?

Le constat est clair mais n’est pas propre à la France. S’agissant des pathologies évoquées précédemment, l’augmentation de leur incidence observée depuis une vingtaine d’années pourrait, à mon sens, être qualifiée « d’épidémie ». Qu’est-ce qui a changé ? L’augmentation du nombre de césariennes, de prescriptions d’antibiotiques et de molécules anti-acides. Nos comportements alimentaires et la composition de notre nourriture, notamment en matière de conservateurs, jouent également un rôle. Autant d’éléments qui participent à une altération du microbiote intestinal. Gardons-nous des déductions simplistes, mais un faisceau d’arguments et d’études corrèlent ces changements à l’augmentation significative de certaines pathologies chez l’enfant. L’enjeu est d’autant plus important en pédiatrie car les événements survenant à la naissance ou dans la prime enfance sont de nature à influencer durablement la composition du microbiote et à avoir des conséquences sur la santé à long terme.

Comment remédier à la situation et mieux prendre en charge les malades ?

Pour les professionnels de santé, l’urgence est d’obtenir un accès facilité et moins coûteux aux méthodes d’analyse métagénomique du microbiote intestinal. Cela permettrait de comparer de façon qualitative la composition du microbiote d’un même individu en fonction des situations. Identifier les variations entre « microbiote de référence » et celui observé au cours de la maladie, permettrait d’identifier des mécanismes physiopathologiques et de développer des réponses thérapeutiques personnalisées ou ciblées. A cet égard, la piste probiotique semble efficace dans certains troubles intestinaux et mérite d’être poursuivie. Certains pays commencent à s’intéresser au sujet, mais la France ne doit prendre aucun retard, notamment au sein de l’Union Européenne. Par ailleurs, nous devons adopter une véritable "culture de la prévention" soutenue par les pouvoirs publics et intégrant la protection du microbiote intestinal. Cela contribuerait à limiter l’exposition aux facteurs de risque susceptibles d’induire des dysbioses (césarienne, prise d’antibiotiques, anti-acides, alimentation inadaptée…) et à faire diminuer l’incidence de certaines pathologies observées dès l’âge pédiatrique.

DIARRHÉE PERSISTANTE : ORIGINE INFECTIEUSE…

La diarrhée persistante est une forme particulière de la pathologie, définie comme un épisode d’une durée supérieure à 14 jours (au-delà de 30 jours, on parle de « diarrhée chronique »). La mortalité qui lui est attribuable est chiffrée (54 % de l’ensemble des décès imputables à une diarrhée), mais sa pathogenèse est pour l’heure mal comprise : s’agit-il de l’évolution d’un épisode aigu ou d’une pathologie à part entière ? Une revue de la littérature²⁰ permet de mettre en évidence que la majorité des chercheurs voient dans la diarrhée persistante une maladie infectieuse, accompagnée d’une colonisation intestinale par des bactéries pathogènes, que ce soit suite à un épisode aigu ou de novo. Cette colonisation serait facilitée par la malnutrition et par d’autres facteurs (notamment une exposition à des antibiotiques) susceptibles d’entraîner une dysbiose intestinale. …

OU DYSBIOSE MICROBIENNE ?

Parmi les autres hypothèses étiologiques, la théorie de la pullulation bactérienne prend de l’ampleur. Elle est née du constat qu’une présence abondante de bactéries commensales perturbe l’absorption du lactose, en particulier Escherichia coli. Relier dysbiose intestinale, concentration d’E. Coli et diarrhée persistante présente de nombreuses pistes dans le décryptage de sa pathogénèse. A ce sujet, certains probiotiques ont montré leur efficacité sur la réduction de la durée de la diarrhée aiguë²¹ et de la diarrhée persistante chez l’enfant²².

FACTEURS DE RISQUES IDENTIFIÉS

Une analyse des publications scientifiques permet de structurer une ébauche de modélisation de la pathogénèse de la maladie. Parmi les principales catégories de facteurs de risque, une première regroupe le jeune âge (< 1 an, risque x 3), la malnutrition (risque x 2) et un faible poids à la naissance (risque x 1,8). Une infection au cours du mois précédent double également le risque et des antécédents de diarrhée persistante le multiplient par 3 à 6. La troisième catégorie de facteurs est liée aux habitudes alimentaires (diète, substitut au lait maternel…), qui peuvent parfois quadrupler le risque. D’autres facteurs sont également identifiés, dont l’exposition à des antibiotiques. Etiologies potentielles et facteurs de risque avérés soulignent l’importance d’une collaboration rapprochée entre pédiatres, gastro-entérologues, nutritionnistes et biologistes. L’interdisciplinarité pourrait favoriser l’exploration des relations entre infection, habitudes alimentaires et micro-organismes pathogènes et commensaux.

La lutte contre la diarrhée infectieuse est une priorité des systèmes de santé des pays en voie de développement, la pathologie représentant la seconde cause de mortalité infantile dans ces régions. Caractériser le microbiote intestinal et ses dysbioses participe à cette lutte en favorisant la personnalisation des soins.

RISQUE DIARRHÉIQUE ÉLEVÉ

Les épisodes diarrhéiques répétés ou prolongés accentuent le risque de malnutrition et de retard de croissance. Ils sont également associés à de nombreuses comorbidités : troubles cognitifs, maladies cardiovasculaires, intolérance au glucose… Malgré une baisse régulière, près de 525 000 décès d’enfants de moins de cinq ans sont enregistrés chaque année dans le monde. La compréhension des étiologies de la diarrhée est une priorité sanitaire, mais la diversité des formes et des causes potentielles implique de plus amples explorations, notamment en termes de corrélations avec le microbiote intestinal. Une étude ciblée sur la population vietnamienne vient enrichir le corpus de littérature sur la diarrhée infectieuse, via la caractérisation des populations bactériennes d’enfants atteints (145 malades / 54 contrôles¹⁷).

AGENTS ÉTIOLOGIQUES IDENTIFIÉS

L’analyse des bactéries d’échantillons fécaux a permis de distinguer quatre grandes catégories de dominances microbiennes chez les enfants ma lades : Bifidobacterium, Bacteroides, Streptococcus et Escherichia. Les deux premières catégories, généralement asymptomatiques, sont proches de la composition du microbiote des témoins. La prédominance des Streptococcus et des Escherichia dans le microbiote des enfants présentant les symptômes les plus sévères confirme les recherches antérieures associant ces micro-organismes à un risque plus élevé de troubles gastro-intestinaux. Une déplétion bactérienne est également observée dans toutes les catégories. Dix-neuf taxons sont concernés (appartenant principalement aux ordres des Clostridiales et des Erysipelotrichales) et tout particulièrement Blautia hansenji, connue pour sa faculté à produire des AGCC¹⁸ indispensables à l’homéostasie.

VULNÉRABILITÉS INDIVIDUELLES

L’âge, le statut nutritionnel, la consommation de lait maternel et l’étiologie semblent contribuer à la composition des communautés bactériennes lors de la phase précoce de l’épisode diarrhéique. Streptococcus est ainsi davantage associé aux jeunes enfants (< 2ans) et aux infections bactériennes, tandis qu’Escherichia se retrouve chez les enfants plus âgés et/ou présentant un statut nutritionnel défavorable. Cette caractérisation approfondie participe à l’étude des influences complexes des diarrhées infectieuses sur le microbiote intestinal et oriente la recherche vers de nouvelles approches thérapeutiques.

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ASPIRATION VS. ÉCOUVILLONNAGE

Comme c’est le cas pour la bronchiolite, la caractérisation du microbiote respiratoire prend une importance particulière dans certaines pathologies pulmonaires. La gravité de la maladie est en effet directement corrélée aux populations microbiennes locales. Par conséquent, une identification précise des micro-organismes présents s’avère indispensable et requiert un échantillonnage de qualité. Le protocole classique (aspiration nasopharyngée) offre une bonne efficacité diagnostique et pronostique. Mais le geste, invasif, s’avère délicat à réaliser chez l’enfant, en particulier chez le nourrisson. Plus simple à réaliser et moins traumatisant, l’écouvillonnage nasal est une alternative prometteuse. Son efficacité a été étudiée¹⁶ par comparaison des microbiotes nasopharyngé et nasal de nourrissons souffrant de bronchiolite (composition / capacité à prédire la sévérité de l’épisode inflammatoire). Les deux techniques de prélèvement ont été évaluées sur 815 enfants hospitalisés ; la caractérisation des populations bactériennes réalisée grâce à une amplification génétique de l’ARNr 16S.

DIVERGENCE DE POPULATIONS, MAIS CONVERGENCE DE PRÉDICTIBILITÉ

Les analyses montrent une disparité entre les populations microbiennes des deux sites. Le microbiote nasal se compose principalement des genres Staphylococcus (40,8 %), Corynebacterium (10,4 %), Moraxella (9,3 %), Haemophilus (7,4 %), Dolosigranulum (5,2 %), Streptococcus (5 %) et Enterobacter (4,7 %). Quant à celui du nasopharynx, il est dominé par les genres Moraxella (30,7 %), Streptococcus (30,5 %) et Haemophilus (19,7 %). La discordance mérite toutefois d’être relativisée : la prédominance de Moraxella ou celle d’Haemophilus au niveau nasal se retrouve au niveau du nasopharynx, faisant des deux sites un bon outil de prédictibilité de la sévérité de la bronchiolite. Les enfants de profil Haemophilus dominant présentent en effet un risque accru de passage en unité de soins intensifs ou d’hospitalisation prolongée (≥ 5 jours). En comparaison, les sujets aux profils Moraxella dominant semblent être les moins exposés. Cette capacité prédictive n’est cependant pas applicable aux autres genres bactériens. Présentant de nombreux avantages sur le plan pratique, l’écouvillonnage nasal peut donc être considéré comme une alternative valable à l’aspiration nasopharyngée dans l’évaluation de la sévérité d’une bronchiolite infantile.

Une caractérisation précise du microbiote des voies respiratoires met en évidence la spécificité des populations bactériennes des enfants atteints de mucoviscidose. Une piste vers l’identification de facteurs de risques d’infections pulmonaires et vers une meilleure prise en charge.

UNE TECHNOLOGIE PLUS FINE

Les récents progrès des techniques de criblage moléculaire, de séquençage et d’analyses métagénomiques participent à une caractérisation fine du microbiote des voies respiratoires chez l’Homme. Cette précision croissante s’accompagne d’une meilleure compréhension des relations complexes entre les différentes populations de micro-organismes et le système respiratoire de leur hôte, que ce dernier soit en bonne santé ou non. À cet égard, la mucoviscidose est une bonne illustration. Les infections pulmonaires, qui jouent un rôle déterminant dans la pathogénèse de la maladie, présentent en effet des évolutions au fil du temps. D’infections (relativement) bénignes à Staphylococcus aureus et Haemophilus influenzae dans la petite enfance, elles évoluent vers des infections persistantes à bactéries Gram négatif de type Pseudomonas aeruginosa, dont la sévérité augmente avec l’âge. Une progression qui s’accompagne d’altérations du microbiote des voies respiratoires et suscite une interrogation sousjacente : ces dysbioses sont-elles des conséquences ou contribuent-elles au développement des épisodes infectieux ?

HISTOIRES DE DIVERSITÉ

À défaut d’apporter une réponse aux liens de causalité, une revue de la littérature permet d’identifier les différences entre un microbiote respiratoire sain et un microbiote perturbé par la mucoviscidose¹⁴. Le premier est diversifié et caractérisé par la prédominance d’un ou deux genres bactériens parmi Staphylococcus, Dolosigranulum, Corynebacterium, Haemophilus, Streptococcus et Moraxella ; ces trois derniers exposant à un risque plus élevé de développer des infections respiratoires aiguës. Les enfants atteints de mucoviscidose présentent pour leur part un environnement bactérien moins dense et moins diversifié, marqué par la prédominance de Corynebacterium et Streptococcus. La dysbiose semble s’accentuer avec le temps et la sévérité de la maladie, la phase terminale pouvant ainsi être reliée à la présence d’un ou deux pathogènes seulement.

POUR AMÉLIORER LA PRISE EN CHARGE

Les spécificités et l’évolutivité du microbiote des voies respiratoires des personnes atteintes de mucoviscidose mieux comprises, se pose la question des interactions entre dysbioses et développement structurel et fonctionnel des infections pulmonaires. Un décryptage fin des mécanismes en jeu pourrait permettre d’identifier d’éventuels facteurs pathogéniques ou protecteurs afin de renforcer les approches prophylactiques et thérapeutiques.

NEUROTRANSMISSION TROUBLÉE

Autre classe de neuropathies impliquant possiblement le microbiote humain : les troubles du déficit de l’attention avec hyperactivité (TDAH), associés à des anomalies de neurotransmission dopaminergique et des déficits dans les processus de récompense via les circuits neuraux sous-jacents, en particulier au niveau du striatum ventral. Des altérations auxquelles pourrait contribuer le microbiote par l’intermédiaire de l’axe intestin-cerveau¹⁰. L’hypothèse est explorée à travers la caractérisation du microbiote intestinal d’adolescents et de jeunes adultes souffrant de troubles du déficit de l’attention avec hyperactivité, en complément d’une analyse des réponses cérébrales à la stimulation émotionnelle¹².

PRÉCURSEUR DE LA DOPAMINE EN HAUSSE

L’analyse du microbiote intestinal par séquençage de l’ARNr 16S a permis d’identifier les populations bactériennes des adolescents atteints de TDAH. L’imagerie fonctionnelle a été utilisée pour comparer les populations microbiennes intestinales et les réactions cérébrales à une stimulation des processus de récompense chez certains participants, indépendamment du diagnostic initial. La caractérisation des microbiotes a mis en exergue des variations, en particulier une augmentation des Bifidobacterium chez les sujets TDAH. Prédominantes dans leur intestin, ces bactéries possèdent un gène codant pour la cyclohexadienyl dehydratase, une enzyme impliquée dans la synthèse de la phénylalanine, un précurseur de la dopamine capable de franchir la barrière hémato-encéphalique. Conséquence : une augmentation des concentrations cérébrales en dopamine entraînant un risque accentué de perturbations neurologiques.

CARENCE MOTIVATIONNELLE

Cette augmentation de production de monoamines impulsée par le microbiote intestinal est corrélée à une décroissance des mécanismes neuronaux d’anticipation de la récompense au niveau du striatum ventral, autre marqueur de TDAH. Un lien confirmé par l’imagerie : les sujets présentant une dysbiose intestinale présentent une « intolérance au délai de récompense » (incapacité à supporter de différer une récompense), considérée par de nombreux experts comme le mécanisme fondamental de la pathologie. Le microbiote intestinal apparaît donc comme un nouveau facteur dans l’étiologie des troubles du déficit de l’attention avec hyperactivité, sa composition impactant directement la synthèse de la cyclohexadienyl dehydratase. Une possibilité de dysbiose liée à la présence d’un TDAH n’étant pas exclue, de plus amples explorations sont toutefois requises pour préciser le niveau d’interactions, mais également les effets fonctionnels des microbiotes sur les troubles psychiatriques en général (T.O.C., phobies, troubles anxieux…).

Les enfants autistes présentent une modification des populations intestinales bactériennes et fongiques, ainsi qu’une dysbiose orale. Deux axes de recherche complémentaires, pour articuler approche diagnostique et prise en charge thérapeutique.

SYSTÈME GASTRO-INTESTINAL PERTURBÉ

Pathologie neurodéveloppementale apparaissant généralement dans la petite enfance, le trouble autistique se caractérise par des désordres comportementaux : difficultés à établir des relations sociales, problèmes de communication et T.O.C. (Troubles Obsessionnels Compulsifs). Les mécanismes de la maladie restent obscurs, mais la présence récurrente de problèmes gastro-intestinaux chez les enfants autistes suggérerait un éventuel lien avec le microbiote intestinal. En étudiant cette hypothèse, l’objectif est de compléter une étiologie reposant pour l’heure principalement sur la génétique et les facteurs environnementaux.

ALTÉRATIONS BACTÉRIENNES…

Certains travaux, comme ceux d’une équipe italienne⁷ , ont cherché à valider une hypothèse de dysbiose. Les prélèvements fécaux de 40 enfants souffrant de troubles autistiques sévères et de 40 témoins « neurotypiques » ont mené à une caractérisation des populations bactériennes présentes, par amplification des gènes de l’ARNr 16S. Les analyses confirment la pertinence de l’hypothèse originelle : une augmentation significative du ratio Firmicutes/ Bacteroidetes, traditionnellement associée à un accroissement du risque de développer des troubles inflammatoires, a été observée chez les enfants autistes. À l’échelle des genres, on constate une déplétion des Alistipes, Bilophila, Dialister, Parabacteroides et Veillonella, ainsi qu’une hausse des Collinsella, Corynebacterium, Dorea et Lactobacillus. Chez les sujets autistes souffrant de constipation (symptôme de trouble gastro-intestinal fréquent dans la pathologie) une abondance d’Escherichia, Shigella et Clostridium a également été constatée. …

ET FONGIQUES

L’analyse de la communauté fongique a également mis en évidence des disparités entre sujets autistiques et contrôles, avec une proportion de Candida deux fois supérieure chez les premiers. Une observation à tempérer, ce type de champignon étant naturellement très présent chez l’homme, au point que l’écart ne soit pas très significatif. Une dysbiose fongique semble néanmoins confirmée. Elle pourrait influencer le développement bactérien et réciproquement, les deux communautés évoluant dans le même microbiote.

LE MICROBIOTE ORAL ÉGALEMENT IMPLIQUÉ ?

Le microbiote intestinal n’est pas le seul mis en cause dans le développement de troubles autistiques. La recherche s’intéresse par ailleurs aux populations microbiennes de la sphère ORL, qui contient une grande diversité de taxons (plus de 700 pour la seule cavité buccale) et sert de réservoir infectieux pour d’autres parties du corps, y compris le système nerveux central. Des travaux antérieurs ayant montré des dysbioses orales chez des patients souffrant de la maladie de Parkinson, d’Alzheimer, de SEP ou encore de migraine, des chercheurs ont décidé de caractériser le microbiote oral d’enfants autistes pour caractériser d’éventuelles spécificités microbiennes⁹ .

LA CAVITÉ BUCCALE, UN ENVIRONNEMENT PARTICULIER

La cavité orale présente la particularité de faire cohabiter tissus mous (les muqueuses) et durs (les dents). Une double collecte de salive et de plaque dentaire a permis d’affiner l’identification des populations bactériennes de 111 échantillons issus de 32 enfants autistes et 27 contrôles. A l’instar du microbiote intestinal, de grandes différences sont observées entre les deux typologies de participants. La communauté microbienne buccale des sujets autistes est caractérisée par un appauvrissement global marqué par une hausse de pathogènes tels Haemophilus dans la salive et Streptococcus dans la plaque dentaire, ainsi que par une diminution de plusieurs bactéries commensales aux deux niveaux : Prevotella, Selenomonas, Actinomyces, Porphyromonas et Fusobacterium. La plaque dentaire présente de surcroît une déplétion importante de l’ensemble des Prevotellaceae, famille susceptible d’interagir avec le système immunitaire, et une concentration abondante de Rothia, bactérie fréquemment associée aux maladies dentaires dans la littérature.

LE MICROBIOTE, UNE NOUVELLE APPROCHE DIAGNOSTIQUE ET THÉRAPEUTIQUE EN PSYCHIATRIE ?

Sur la base des populations bactériennes orales identifiées dans le trouble autistique, un modèle diagnostique fondé sur les principaux biomarqueurs buccaux a été développé. Un outil présentant un taux d’efficacité de 96,3 % avec la salive, qui pourrait se révéler particulièrement utile et pertinent en psychiatrie moderne. Cette approche biologique pourrait en effet compléter les critères usuels majoritairement issus du DSM-5 (Manuel Diagnostique des Troubles Mentaux), qui reposent sur un consensus autour de symptômes cliniques difficilement mesurables. De plus amples investigations sur les microbiotes des enfants autistes pourraient permettre de nouvelles approches diagnostiques, ainsi que le développement de stratégies thérapeutiques innovantes.