Les troubles de l'humeur sont fréquents : 300 millions de personnes dans le monde souffrent de dépression et 60 millions de troubles bipolaires.Ces troubles sont responsablesd'une souffrance morale souvent sévère, pouvant conduire au suicide, et ils constituent la première cause d'incapacités professionnelle et sociale.

Des réponses inadaptées au stress

Il existe une vulnérabilité individuelle à la dépression ou aux troubles bipolaires, qui serait en partie génétique.Ainsi, lors d’événements de vie douloureux, certaines personnes vivent une réponse excessive avec des sécrétions trop élevées de cortisol et d’adrénaline, hormones du stress. Cette situation peut conduire à un épuisement nerveux et favoriser la survenue d'un état dépressif. Des recherches récentes ont aussi mis en évidence le rôle de la flore intestinale (microbiote) dans ces réponses inadaptées au stress. En effet, chez l'animal, le microbiote participe à la régulation des émotions par le biais d'une communication entre l'intestin et le cerveau. En cas de dysbiose (perturbations dans la composition du microbiote), cette régulation serait moins efficace et favoriserait la survenue de troubles de l'humeur.

Une nouvelle piste pour les traitements

Au-delà des traitements classiques (antidépresseurs, régulateur de l'humeur, psychothérapie...), une nouvelle piste se dessine : rééquilibrer le microbiote pour influencer l'humeur. Une étude récente a ainsi montré que la prise quotidienne de probiotiques, une association de lactobacilles et bifidobactéries, améliorait l’humeur et diminuait le niveau d'anxiété de sujets sains.

Regroupant phobies, troubles anxieux généralisés, troubles obsessionnels compulsifs, stress post traumatique... les troubles anxieux se caractérisent par des symptômes à la fois physiques (tremblements, palpitations, spasmes digestifs...) et psychiques (anticipations anxieuses, hypervigilance...). 14% de la population européenne est concernée par cette pathologie.

L'activité du microbiote comme régulateur

Au travers de l’axe microbiote-intestin-cerveau, le microbiote intestinal jouerait un rôle de régulation des symptômes anxieux lié au stress. Des données récentes sur des humains en bonne santé confirmeraient ces hypothèses émises chez la souris, suggérant que le microbiote exerce une influence sur le moral et l’anxiété.

Les voies des interactions ventre-cerveau

Les interactions microbiote intestinal-cerveau impliqueraient, d’une part la voie neurologique par l'activation du nerf vague et la survenue de signes anxieux (boule au ventre), et d’autre part la voie sanguine par le transport de molécules de l’intestin au cerveau. Les molécules concernées auraient plusieurs origines : molécules bactériennes capables de traverser l'enveloppe du cerveau (méninges), molécules sécrétées par les cellules intestinales (neuropeptides) et molécules anti- ou pro- inflammatoires (cytokines) produites par le système de défense de l'intestin.

De nouvelles pistes de traitement

Au-delà des traitements habituels des troubles anxieux (psychothérapie, phytothérapie, anxiolytiques...), les liens entre microbiote intestinal et le cerveau ouvrent de nouvelles pistes de traitement comme celles des probiotiques, visant à modifier la composition du microbiote. Mais il reste à en démontrer l'efficacité clinique.

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L'autisme bien sûr, mais aussi le syndrome d'Asperger, le syndrome de Landau-Kleffner ou encore le TED-NS (trouble envahissant du développement non spécifié) font partie des TSA.

Les garçons 4 fois plus touchés que les filles

Dans le monde, les troubles du spectre autistique affectent environ un enfant sur 1602, dont 4 fois plus de garçons que de filles.
Malgré la diversité des troubles, les TSA présentent des caractéristiques communes : problèmes de communication, altération des relations sociales, intérêts restreints, troubles du comportement.

Des signes évocateurs à surveiller

Certains signes évocateurs doivent amener à consulter : un enfant indifférent au monde sonore, qui ne pointe pas du doigt, qui évite le regard, qui ne sourit pas, qui réagit peu aux séparations ou retrouvailles, dont les activités motrices sont limitées et répétitives... Seul un spécialiste pourra poser ou écarter un diagnostic de TSA et vous proposer une prise en charge adaptée.

Des causes encore méconnues

Si les causes des troubles du spectre autistique restent méconnues, les chercheurs étudient avec attention celles liées à des facteurs génétiques ou environnementaux. Des études cliniques ont, par ailleurs, montré l'existence de dysbioses chez des enfants autistes, associées à une modification de l'activité métabolique du microbiote intestinal

Aucun traitement à ce jour

Cette découverte laisse penser qu'une correction des déséquilibres de l'écosystème digestif pourrait améliorer les anomalies comportementales des TSA, ouvrant de nouvelles perspectives thérapeutiques. Des études cliniques visant à mieux comprendre les connections biologiques entre l’autisme et le microbiote intestinal sont en cours d’évaluation.
A ce jour, aucun médicament ne guérit les troubles du spectre autistique ; une prise en charge adaptée aux besoins de l’enfant permet toutefois d'améliorer considérablement son mode de vie.

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La maladie de Parkinson concerne 1% des plus de 65 ans, soit 100 000 personnes en France. La substance noire du cerveau, zone de contrôle du mouvement, perd ses neurones produisant la dopamine. Il en résulte des symptômes moteurs évolutifs : une lenteur dans les mouvements, une rigidité des muscles et des tremblements. Tous les Parkinsoniens rencontrent également d’autres problèmes non moteurs, comme des troubles du sommeil, des épisodes dépressifs, et des problèmes gastro-intestinaux invalidants (constipation, ballonnements, douleurs abdominales, nausées).

L’âge en cause

Le principal facteur de risque reste l’âge. Si des susceptibilités génétiques ont pu être montrées, aucune ne suffit à expliquer la maladie. L’environnement est également en cause, avec un rôle prouvé des pesticides

Une communication intestin-cerveau

Le microbiote intestinal participe à la communication entre l’intestin et le cerveau. Certains chercheurs ont émis l’hypothèse qu’une infection chronique de l’intestin par la bactérie Helicobacter pylori serait à l’origine de la maladie de Parkinson. Cependant il n’a pas encore été déterminé si cette infection déclenche la maladie ou si elle est au contraire favorisée par la maladie.

Une dysbiose, à savoir un défaut dans la composition du microbiote, a bien été mise en évidence chez les patients atteints de la maladie de Parkinson, avec moins de bactéries « anti-inflammatoires » et plus de bactéries « pro-inflammatoires » que chez les personnes en bonne santé.

Contrôler la progression et dépister

La prise en charge vise à limiter les symptômes moteurs de la maladie (tremblements, rigidité,…), par l’usage de précurseurs de la dopamine. Ces traitements n’empêchent pas la progression de la maladie et des complications réapparaissent après 5 à 10 ans de traitement. Tout l’enjeu aujourd’hui est de dépister au plus tôt la maladie et de ralentir la dégénérescence des neurones. Agir sur le microbiote est une option étudiée.

La maladie d'Alzheimer, qui touche plus de 35 millions de personnes dans le monde, est associée à des pertes de mémoire, des difficultés de langage et de compréhension, des troubles de l’attention et de la concentration, une apraxie (perte de la dextérité), et parfois une agnosie (difficultés de reconnaissance des objets ou des visages). A ces symptômes cognitifs, qui s'amplifient avec le temps, se greffent des symptômes comportementaux tels qu’anxiété, apathie, irritabilité, troubles du sommeil, désinhibition et agitation.

Des causes encore inconnues

Plusieurs facteurs de risque génétiques mais aussi environnementaux ont été identifiés pour cette maladie : hypertension, hypercholestérolémie, tabagisme, sédentarité, déséquilibres alimentaires, manque de stimulation cognitive… Les lésions au niveau du cerveau qui accompagnent la maladie, en particulier l'accumulation de plaques bêta amyloïdes et la dégénérescence des neurones, sont également bien connues. Mais les causes de la maladie n’ont toujours pas été clairement déterminées.

L’hypothèse du microbiote intestinal

Des chercheurs envisagent l’implication du microbiote intestinal dans la maladie d’Alzheimer : certaines protéines (peptides amyloïdes) produites par des bactéries « défavorables » de la flore intestinale pourraient favoriser le développement de la maladie. A l’inverse, des bactéries « bénéfiques » joueraient un rôle protecteur, en ralentissant la formation des plaques amyloïdes.

Sortir de l’impasse thérapeutique

Le microbiote intestinal pourrait donc constituer une nouvelle voie de recherche thérapeutique, alors qu’il n'existe actuellement aucun traitement curatif de la maladie d’Alzheimer. Seulement quelques médicaments en diminuent les symptômes, mais avec une efficacité très limitée. D’aucuns envisagent donc d’agir à l’avenir sur la maladie via le microbiote, en modifiant l’alimentation ou en ingérant des probiotiques.

Les prostatites affectent environ 10% des hommes. Les symptômes, comme pour la cystite chez les femmes, incluent des brûlures en urinant et des envies fréquentes d’uriner. D’autres symptômes peuvent être présents, comme des douleurs pelviennes, périnéales ou rectales et de la fièvre, ce qui demande alors un traitement d’urgence.

Prostatite aiguë : une origine infectieuse ?

Les principales bactéries responsables, Escherichia coli ou d’autres bactéries de type entérobactéries, proviennent du microbiote intestinal. La bactérie Escherichia coli est impliquée dans 80 % des cas de prostatite aiguë. L’infection débute le plus souvent via l’urètre, à savoir le canal de sortie de la vessie. Des germes sexuellement transmissibles, comme les chlamydias ou les gonocoques, peuvent également être à l’origine de prostatites.

Le microbiote urinaire impliqué dans les formes chroniques

Dans le cas des prostatites chroniques, l’origine est moins claire ; des germes sont moins fréquemment isolés. Des études récentes suggèrent que l’altération du microbiote urinaire pourrait jouer un rôle dans l’apparition de prostatites chroniques. En effet, on a longtemps pensé que les urines étaient stériles, ce qui n’est pas le cas : il existe bien un microbiote urinaire. Or, il y aurait une différence de composition entre le microbiote urinaire de patients atteints de prostatite chronique et celui d’hommes sains. La modification du microbiote urinaire par des traitements antibiotiques pourrait être à l’origine des formes chroniques.

Une prise en charge antibiotique

Le traitement des prostatites aiguës repose sur la prescription d’antibiotique et nécessite parfois une hospitalisation en cas de signes graves. La prise en charge de la prostatite chronique reste plus complexe. Les pistes probiotiques sont encore très préliminaires.

On estime que la mucoviscidose a été diagnostiquée chez 105 000 personnes dans 94 pays. La France a été le premier pays au monde à introduire le dépistage systématique à la naissance.

L'altération de la protéine CFTR en cause

La mucoviscidose est due à une altération de la protéine CFTR (Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator), provoquée par une mutation de son gène. La protéine CFTR normale régule les échanges d’eau et de sels minéraux à travers les membranes cellulaires. Lorsqu’elle est défectueuse, elle va entraîner une augmentation de la viscosité du mucus et son accumulation dans les voies respiratoires et digestives. Cette accumulation fait le lit, au niveau respiratoire, des infections bactériennes et provoque, à terme, une insuffisance respiratoire. Au niveau digestif, la mucoviscidose entraîne une insuffisance pancréatique qui affecte la digestion, l'absorption des nutriments, la croissance et se manifeste par l'alternance de diarrhées et constipations.

Un déséquilibre du microbiote

Par ailleurs, un déséquilibre du microbiote intestinal serait associé aux symptômes respiratoires de la mucoviscidose. Cette dysbiose, observée avant l'apparition des premiers signes, serait aggravée par la maladie et ses traitements antibiotiques. Elle contribuerait à la dénutrition, au retard de croissance et, plus globalement, aux complications digestives et respiratoires des patients.

Réduire les symptômes

La prise en charge des patients est assurée dans des centres spécialisés ; elle vise, notamment, à désencombrer les bronches à l'aide de fluidifiants bronchiques et de bronchodilatateurs, associés à des séances de kinésithérapie respiratoire. Tous les 3 à 4 mois, un traitement antibiotique est prescrit à titre préventif. Les troubles digestifs sont traités par un régime alimentaire hypercalorique, complété par des extraits pancréatiques et des vitamines.

A l'avenir, de nouvelles stratégies thérapeutiques visant à intervenir dans la mise en place des microbiotes dès les premières semaines de vie via l'allaitement ou l'utilisation de probiotiques, pourraient retarder la survenue de l'atteinte respiratoire, renforcer le système immunitaire des patients, et réduire ainsi la morbidité et la mortalité liées à la mucoviscidose

Le plus souvent d'origine virale, les maladies hivernales ont des manifestations cliniques parfois très similaires à celles de la grippe (Virus Influenza), ce qui conduit à les regrouper sous le terme de syndrome grippal ou pseudo-grippal.

Le syndrome grippal, souvent confondu avec la grippe

Le syndrome grippal associe tout ou partie des symptômes suivants : fièvre < 38.5 C, frissons, toux, fatigue, douleurs musculaires, maux de gorge, maux de tête, nez qui coule... Seules des analyses sanguines permettent de le différencier de manière certaine d’une infection par le virus de la grippe.

Un système immunitaire trop sollicité

Les défenses immunitaires intestinales protègent contre les agressions d’agents pathogènes tels que les bactéries ou les virus. Or, en hiver, le système immunitaire est plus souvent agressé. En effet, le confinement est plus important, les pièces sont moins aérées. Par conséquent, la transmission des microbes pathogènes circulant (air expiré, toux, éternuement) est plus importante.

Des cures de probiotiques en étude

L'origine virale des infections respiratoires hivernales exclut d'emblée le recours aux antibiotiques. Le traitement est symptomatique : paracétamol associé à une bonne hydratation et du repos, constituent l’essentiel de l'ordonnance médicale.
La prise de probiotiques a également fait ses preuves dans des études cliniques sur les maladies respiratoires hivernales. Une prise quotidienne de probiotiques pendant plusieurs mois a permis de réduire la fièvre, l’écoulement nasal et la toux. Elle a entraîné également une diminution de la prescription d’antibiotiques et du nombre de jours d’absence dus à la maladie.

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Jusqu'à 70% des patients atteints de la maladie de Crohn nécessitent une résection intestinale, parmi lesquels les deux tiers développent une récidive entrainant une nouvelle opération. Le rôle du microbiote associé à la muqueuse intestinale dans la récidive est assez bien décrit, mais peu de données existent quant à l'environnement luminal après résection intestinale. Des chercheurs ont entrepris une vaste étude prospective longitudinale, randomisée, chez 130 patients atteints de la maladie de Crohn après chirurgie, afin d’étudier l’association entre le microbiote intestinal et le risque de récidive.

Enterobacteriaceae et risque de récidive

Une endoscopie a été réalisée pour détecter la récidive de la maladie, à 6 mois chez les 2/3 des patients et une coloscopie chez tous les patients à 18 mois après la chirurgie. Des échantillons de selles ont été prélevés 2 semaines avant la chirurgie et 6, 12 et 18 mois après afin d’analyser le microbiote intestinal par séquençage du gène de l’ARNr 16S. Les résultats révèlent qu’une forte abondance de la famille des Enterobacteriaceae avant l’opération et 6 mois après était associée à un risque accru de récidive de la maladie à 18 mois, tandis que l’augmentation de bactéries appartenant à la famille des Lachnospiraceae était associée à un risque réduit. Les résultats soulignent également que si l'abondance relative de ces familles est importante, l’augmentation de la diversité des espèces au sein de la famille contribue également au risque de récidive ou non.

Un environnement propice à la récidive

Après une chirurgie, l’environnement intestinal est modifié (exposition à l’oxygène, modification du pH, antibiotiques…), entrainant une diminution de la famille des Lachnospiraceae - anaérobies obligatoires - dont certaines espèces sont productrices de butyrate; cette diminution modifierait la disponibilité et le métabolisme du butyrate au sein des colonocytes, entraînant un « switch métabolique » et une augmentation de l'oxygène. Celle-ci serait responsable de la prolifération des Enterobacteriaceae - anaérobies facultatives - estiment les chercheurs. L’intégration de ces nouvelles données aux changements observés au sein de la muqueuse intestinale après chirurgie (sidenote: De Cruz P, Kamm MA, Hamilton AL, et al. Crohn’s disease management after intestinal resection: a randomised trial. The Lancet. 2015;385(9976):1406–1417 )  permettra de fournir une vision complète de la maladie.

Même si le coronavirus touche en premier lieu les poumons, médecins et chercheurs se sont rapidement penchés sur le rôle du microbiote intestinal. Notamment parce que des symptômes intestinaux (vomissements, nausée, diarrhée) semblent plus fréquents dans les formes sévères : 3 méta-analyses portant sur environ 4.000 à 10.000 patients rapportent des prévalences de 10 à 17,6 %. L'infection déclenche une réaction inflammatoire intestinale, mise en évidence par des taux fécaux élevés d’un biomarqueur, la calprotectine.

Présence du virus dans le système digestif

Le SARS-CoV-2 infecte les cellules en se liant notamment au récepteur ACE2 (sidenote: Receptor angiotensinconverting enzyme II ) , qui participe à l’homéostasie du système rénine-angiotensine-aldostérone, cruciale pour la physiologie et la pathologie de tous les organes. ACE2 est fortement exprimé dans le tissu pulmonaire, d’où sa vulnérabilité, mais il l’est également au niveau du cœur, du foie et de l’intestin. Ainsi, le système digestif pourrait être une porte d'entrée du virus via des aliments contaminés. Une transmission fécale-orale pourrait suivre : de l’ARN viral est présent dans les selles d’un patient Covid sur 2, même en l’absence de virus dans les voies respiratoires. En outre, le virus semble capable de se répliquer dans le tube digestif.

Mécanismes potentiels

Plusieurs mécanismes pourraient être impliqués dans les troubles gastro-intestinaux observés :

• Un affaiblissement de la barrière intestinale, lié à une inflammation locale ou à la réplication du virus.

• Une dérégulation de l'ACE2, dont tout déficit accentue la susceptibilité de l'intestin à l'inflammation. Or, il est probable que le SARS-Cov2, qui réduit l’expression d’ACE2 dans les poumons, la limite également dans l’intestin.

• Une altération de la composition et des fonctions du microbiote, consécutive de l’hypoxie liée à la Covid-19.

• Une implication de l’axe intestin-cerveau, le système nerveux entérique pouvant être affecté soit via une infection virale directe, soit via une réponse immunitaire (sidenote: Cytokines inflammatoires par exemple ) , amplifiant la diarrhée et stimulant éventuellement le nerf vague pour favoriser les vomissements.

Dysbiose du microbiote intestinal

Il a été montré qu’un déficit en ACE2 altère la composition du microbiote chez la souris ; les patients Covid-19 présentent une dysbiose intestinale, avec une perte de diversité et d’abondance bactérienne. Or, cette dysbiose est lourde de conséquences : le microbiote intestinal peut stimuler à distance la réponse de l'hôte aux infections virales respiratoires ; inversement, la dysbiose peut aggraver l'issue de la maladie, une moindre présence de bactéries commensales favorisant la surreprésentation de bactéries pathogènes. Le rôle du microbiote intestinal dans les infections à coronavirus reste donc à définir, afin de déterminer s’il constitue un biomarqueur de la gravité de la maladie voire une stratégie thérapeutique.