Ces dernières années, le lien entre dysbiose intestinale et certaines maladies comme le syndrome métabolique, l’obésité, le diabète, est devenu évident. Parmi les solutions envisagées la transplantation de microbiote fécal (TMF)¹, aurait un potentiel thérapeutique contre ces pathologies. Plus récemment, la transplantation de virome fécale (TVF) - communauté virale du microbiote - s’est montrée efficace pour éliminer les symptômes des patients atteints d’une infection récurrente à Clostridioides difficile. En effet, la communauté virale intestinale, dominée par les bactériophages, aurait un rôle clé sur la structure du microbiote.

La TVF pour normaliser poids et métabolisme

Afin d’évaluer le potentiel de la TVF pour restaurer un phénotype mince initialement obèse, certains paramètres physiologiques (poids, glycémie) et l’expression de gènes clés du métabolisme ont été mesurés chez des souris minces (LF)² et des souris recevant un régime gras (HF)² pendant 14 semaines. Résultats : La TVF provenant d'un donneur LF a diminué la prise de poids, a normalisé la glycémie et l'homéostasie énergétique chez les souris HF. En particulier 7 gènes, impliqués, entre autres, dans les voies de signalisation de la leptine, le métabolisme du glucose et la lipolyse, ont été impactés, suggérant aussi un effet bénéfique de la TVF sur le poids et le métabolisme.

Un bénéfice via une modulation intestinal

Un traitement préalable à l’ampicilline (Amp)² chez les souris HF a rendu inefficace la TVF, laissant penser que le bénéfice de la TVF passerait par une modulation du microbiote intestinal. En effet, les différents traitements (TVF ou TVF + Amp), ont modifié l’indice de diversité Shannon viral et bactérien des souris HF. Sans surprise, l’Amp et/ou le régime HF induisent une baisse de la diversité bactérienne, qui est restaurée avec une TVF vers un niveau similaire aux souris LF. Quant à la diversité virale, elle semble peu impactée par le régime HF mais a été fortement augmentée avec l’Amp, qu’elle ait été suivie ou non par une TVF. La prise d’Amp aurait pour conséquence l’induction de prophages³ modifiant profondément les communautés bactériennes et virales, qui ne seraient que partiellement restaurées par la TVF.

Microbiote et métabolome impactés

La TVF influencerait fortement la composition bactérienne et virale du microbiote intestinal des souris receveuses. En effet, le profil microbien du groupe HF+TVF était significativement différent de celui des deux groupes HF et LF. En cause, la grande diversité virale au sein des groupes LF et des régimes alimentaires distincts, LF vs HF. Même constat pour le profil de certains métabolites circulants associés à l’obésité, où des différences significatives entre les groupes HF+TVF et HF et LF ont été observées. Ainsi, les virus transférés moduleraient la composition du microbiote entrainant ainsi un changement vers un phénotype plus proche des souris minces. Cette preuve de concept souligne l’intérêt de poursuivre chez l’Homme l’évaluation de la TVF pour traiter les maladies associées à une dysbiose du microbiote.

^{1) La TMF est utilisée pour l’heure uniquement contre les infections récurrentes à Clostridioides difficile (anciennement appelé Clostridium difficile).}

^{2) Cinq groupes traitements : LF « Low Fat » : groupe contrôle, souris minces recevant un régime normal ; HF « High Fat » : souris recevant un régime riche en graisses pendant 14 semaines ; HF + ampicilline (Amp) ; HF + Amp + TVF; HF + TVF ; traitement Amp : 24h avant le traitement TVF ; traitement TVF : au cours des semaines 6 et 7.}

^{3) Le prophage correspond à la forme du bactériophage lorsqu'il est inséré dans le génome de la bactérie infectée}

Lorsque l’on vous dit « lactobacilles », vous pensez peut-être au yaourt, riche en ces bactéries, ou à votre microbiote intestinal. Mais saviez-vous que ces micro-organismes en forme de bâtonnets, qui produisent de l’acide lactique (d’où leur nom), sont également présents dans vos voies nasales ?

Davantage de lactobacilles dans les nez sans sinusite

La comparaison du microbiote des voies respiratoires supérieures d’une centaine de personnes saines avec celui de plus de 200 patients souffrant de rhinosinusite chronique le montre : les lactobacilles (sidenote: Lactobacilles Bactérie en forme de batônnet, dont la caractéristique principale est de produire de l’acide lactique. C’est pour cela que l’on parle de « bactéries lactiques ».  Ces bactéries sont présentes chez l’homme au niveau des microbiotes oral, vaginal, intestinal, mais aussi sur les plantes ou chez les animaux. On peut les consommer dans les produits fermentés : produits laitiers comme certains fromages et yaourts, mais aussi des d’autres types d’aliments fermentés : les cornichons, la choucroute etc.. Les lactobacillus sont aussi consommés dans les probiotiques, certaines espèces étant reconnues pour leurs propriétés bénéfiques.     W. H. Holzapfel et B. J. Wood, The Genera of Lactic Acid Bacteria, 2, Springer-Verlag, 1st ed. 1995 (2012), 411 p. « The genus Lactobacillus par W. P. Hammes, R. F. Vogel Tannock GW. A special fondness for lactobacilli. Appl Environ Microbiol. 2004 Jun;70(6):3189-94. Smith TJ, Rigassio-Radler D, Denmark R, et al. Effect of Lactobacillus rhamnosus LGG® and Bifidobacterium animalis ssp. lactis BB-12® on health-related quality of life in college students affected by upper respiratory infections. Br J Nutr. 2013 Jun;109(11):1999-2007. ) sont plus nombreux dans les cavités nasales (nez et nasopharynx) des personnes saines que chez celles souffrant de rhinosinusite chronique. En les observant de plus près dans des « nez sains », les chercheurs se sont rendus compte de quelques spécificités qui les rendent particulièrement adaptées aux voies aériennes supérieures. À commencer par leur capacité à vivre dans un milieu riche en oxygène (le nez), plutôt qu’au fond d’un yaourt (sans oxygène), grâce à l’acquisition d’outils leur permettant de résister à cet environnement.

Quand la colonisation tient à quelques poils

Mais surtout, certains types de Lactobacillus casei (une espèce de lactobacilles) isolés dans les nez sains, arborent de multiples poils qui leur permettent d’adhérer fortement aux parois nasales. Tel Spider-Man se lançant à l’assaut d’un immeuble, ces lactobacilles spécifiques peuvent escalader nos cavités nasales contre vents (éternuements) et marées (écoulements). Une fois en place, L. casei inhibera les agents infectieux qui ne pourront s’installer en terrain déjà conquis, et dont la croissance sera entravée par l’acide lactique produit par ces lactobacilles.

Bientôt un spray probiotique ?

Ces premiers résultats ont poussé les chercheurs à tester un spray contenant ces « lactobacilles à poils » auprès de 20 volontaires sains. Il en ressort que les bactéries semblent parvenir à s’implanter, au moins temporairement, dans les cavités nasales. Ainsi, le rôle bénéfique des lactobacilles serait loin de se cantonner aux seuls microbiotes intestinal et vaginal. Leur effet sur les voies respiratoires, jusque-là largement méconnu, offre de nouvelles pistes de traitement dans les affections respiratoires chroniques.

La maladie d’Alzheimer est la plus fréquente des pathologies neurodégénératives. On en ignore encore les mécanismes exacts, mais il semble désormais certain que le microbiote intestinal participe à son développement. Lui-même étant influencé par ce que nous mangeons, l’idée de prévenir cette maladie par notre alimentation fait son chemin. Le régime méditerranéen et le régime cétogène - connu pour son action sur le microbiote intestinal et sur le cerveau - seraient particulièrement indiqués. Encore faut-il comprendre comment ils agissent sur la progression de la maladie...

Un régime combiné

Des chercheurs américains ont donc tenté d’identifier des marqueurs microbiens et cérébraux des premiers stades de la maladie, afin d’observer l’impact de l’alimentation sur son développement. Pour cela, ils ont recruté 17 individus - 11 patients présentant un trouble cognitif modéré (stade précoce de la maladie), et 6 personnes en bonne santé - qu’ils ont soumis alternativement à deux sortes d’alimentation : l’une combinant les principes du régime méditerranéen à celui du régime cétogène, l’autre pauvre en graisses et riche en glucides. Ils ont également comparé leur microbiote intestinal, avant et après ces régimes.

Des « signatures » bactériennes du déclin cognitif

Malgré une diversité microbienne relativement comparable entre individus sains et malades avant et après l’adoption de l’un des deux régimes, les chercheurs ont identifié chez les patients plusieurs marqueurs (dont l’activité de certaines bactériennes intestinales) qui pourraient servir à détecter un déclin cognitif modéré. Ils ont par ailleurs constaté que les deux régimes modifiaient le microbiote intestinal des participants, mais avec des effets très différents selon le type de régime et selon l’état cognitif des participants. Ces résultats ouvrent la voie à la mise en place de nouvelles études pour définir les nouveaux marqueurs du déclin cognitif liés au le microbiote intestinal et comprendre comment ces interactions avec l’alimentation pourraient améliorer l’état des patients à haut risque, concluent les scientifiques.

La maladie rénale chronique (MRC) est associée à des modifications spécifiques du microbiote intestinal et de métabolites circulants. Pourtant, les fonctions du microbiote et sa relation complexe avec le métabolisme de l'hôte durant la progression de la MRC demeurent peu comprises. D’où cette étude auprès de 72 patients atteints de MRC à différents stades de sévérité (26 cas légers, 26 modérés et 20 avancés) et 20 témoins ayant une fonction rénale intacte. Un séquençage en shotgun (sidenote: Technique de séquençage d’ADN haut débit, dite de « séquençage aléatoire » qui permet de séquencer de grandes quantités d’ADN en des temps records. Cette méthode peut être utilisée pour séquencer des génomes entiers par exemple )  des fèces a été réalisé ainsi qu’un profilage des métabolites sanguins ciblant les acides biliaires (AB), les acides gras à chaînes courtes et moyennes et les toxines urémiques.

Une signature bactérienne et métabolique

Treize espèces bactériennes et 6 métabolites circulants étaient significativement modifiées (hausse ou baisse) des stades précoces à avancés, ou seulement à un (ou des) stade(s) particulier(s). Ainsi, Bacteroides eggerthii permettait de différencier les témoins des patients aux stades précoces de la MRC tandis que Prevotella sp. 885 était corrélée avec l'excrétion d'urée et reflétait la progression de la maladie. Certaines bactéries intestinales seraient donc des biomarqueurs utiles pour le diagnostic précoce et le suivi de la MRC. Côté métabolites, l'acide propionique diminuait de manière significative aux stades tardifs et discriminait fortement les patients à un stade avancé.

Des pistes étiologiques

Les gènes bactériens liés à la biosynthèse des AB secondaires s’avéraient plus présents au stade précoce, indiquant que la conversion des AB primaires en AB secondaires par les bactéries intestinales aurait lieu au début du déclin de la fonction rénale. Aux stades avancés, les voies liées :

- d’une part au métabolisme de lipides (sidenote: Stéroïdes, étherlipides, acides gras polyinsaturés ) , probablement impliqués dans le syndrome métabolique – syndrome souvent associé à une dyslipidémie, connu pour être un facteur étiologique de la MRC -,

- et d’autre part à la biosynthèse des lipopolysaccharides (LPS, endotoxines inflammatoires) étaient enrichies. Ainsi, les modifications du métabolisme du microbiote et l'inflammation de l'hôte contribueraient à la santé rénale.

Des associations bactéries-métabolites

Enfin, l’équipe a identifié des bactéries intestinales liées aux changements des métabolites circulants, suggérant une implication potentielle du microbiote intestinal dans la pathogenèse des MRC. Ainsi, la nette diminution chez les patients atteints de MRC de B. eggerthii était corrélée à la synthèse des AB secondaires à un stade précoce. De même, la synthèse accrue des LPS aux stades avancés serait en partie attribuée à une augmentation d'Escherichia coli et d'autres Enterobacteriaceae. Ces associations bactéries-métabolites pourraient indiquer soit que l'espèce produit ce métabolite, soit que le métabolite favorise/inhibe la croissance de cette espèce. Ainsi, cette meilleure compréhension de la relation entre les espèces intestinales et le métabolisme de l'hôte à différents stades de la MRC, offre des pistes potentielles d’étiologie et de diagnostic de la maladie.

L'hypercholestérolémie, c'est-à-dire un taux de cholestérol circulant élevé, est fortement associée au développement et à la progression des maladies cardiovasculaires, qui sont à l'origine d'un décès sur quatre dans les pays industrialisés (sidenote: Source: Goldstein, J.L., and Brown, M.S. (2015). A century of cholesterol and coronaries: from plaques to genes to statins. Cell 161, 161–172. ) . Les médicaments tels que les statines sont des stratégies permettant d’abaisser le taux de cholestérol sanguin. Malheureusement, ces molécules n’agissent pas sur le cholestérol apporté par l’alimentation et peuvent avoir de nombreux effets secondaires. Et si une nouvelle piste pour la prise en charge de l’hypercholestérolémie se trouvait au fond de nos intestins ?

Mise à nu du mécanisme en jeu chez l’homme

Des chercheurs viennent d’identifier au sein du microbiote intestinal le mécanisme de dégradation du cholestérol dans l'intestin par certaines bactéries, diminuant ainsi son taux fécal et sanguin. L'idée que des bactéries intestinales peuvent dégrader le cholestérol n'est pas nouvelle car cette activité bactérienne était déjà bien connue depuis une centaine d’année. Mais le fonctionnement précis n’avait jamais pu être identifié chez l’homme, car la plupart des bactéries sont difficiles à cultiver dans des boîtes de pétri en laboratoire, rendant leur étude très compliquée.

L’acteur clé, le gène IsmA

A l’aide de multiples méthodes d’analyses, les chercheurs ont identifié au sein de ces bactéries le gène « IsmA » (le gène du métabolisme stéroïde intestinal A) qui serait impliqué dans la dégradation du cholestérol au niveau intestinal. Ainsi, les personnes porteuses de ce gène au sein de leur microbiote intestinal avaient des quantités réduites (55 à 75%) de cholestérol dans leurs selles vs les personnes non-porteuses. Le taux de cholestérol sanguin était également réduit chez les personnes porteuses.

Vers de nouvelles stratégies thérapeutiques ?

Ces nouvelles recherches prometteuses laissent imaginer de nouvelles stratégies ciblant le microbiote intestinal : en introduisant ces bactéries qui dégradent le cholestérol dans le microbiote intestinal ou en augmentant leur abondance à l’aide de prébiotiques, il pourrait être possible de lutter contre un taux de cholestérol sanguin élevé.

Face aux troubles dépressifs majeurs, l’efficacité des traitements actuels, comme la fluoxétine, un inhibiteur sélectif de la recapture de la sérotonine, demeure partielle. Si le microbiote intestinal, sensible au stress chronique, représente une cible thérapeutique dans le traitement de la dépression, aucune étude n'avait évalué s’il pouvait affecter l'efficacité des antidépresseurs. C’est désormais chose faite grâce aux travaux d’une équipe française. Leur objectif : la dysbiose intestinale induite par le stress répété pourrait-elle être responsable de changements métaboliques ayant un impact sur le comportement émotionnel et sur la réponse aux médicaments sérotoninergiques ?

Transférer la dépression par transplantation fécale

Pour savoir si la dépression est transmissible, les chercheurs ont transplanté le microbiote intestinal provenant d’un modèle murin de stress chronique modéré, à des souris receveuses saines préalablement traitées aux antibiotiques. Ils leur ont ainsi transféré la plupart des éléments de leur dysbiose. Chez les receveuses, on observait alors un comportement semblable à une dépression : une réduction de la neurogénèse dans l'hippocampe et des taux de sérotonine (limitation de sa synthèse et de sa recapture, stimulation de sa dégradation). Le tryptophane, acide aminé alimentaire précurseur de la sérotonine dont le métabolisme pourrait être modifié par la dysbiose, semble impliqué, ses teneurs sériques étant inférieures chez les receveuses. Enfin, les perturbations décrites sont exacerbées par la transplantation, les souris receveuses étant plus affectées que les donneuses ; cet écart pourrait s'expliquer par la diminution d'un cluster bactérien, en corrélation avec les niveaux de tryptophane.

Une résistance aux antidépresseurs

Autre effet notable du transfert fécal : l’altération des effets antidépresseurs et neurogènes de la fluoxétine chez les souris transplantées (mais pas chez les donneuses). Les taux de sérotonine dans l’hippocampe n’étaient pas augmentés par l’antidépresseur qui ne parvenait à restaurer ni des niveaux normaux de synthèse, ni de recapture, ni de dégradation du neurotransmetteur. Un traitement avec un précurseur immédiat de la sérotonine (le 5-HTP¹, dérivé hydroxylé du tryptophane) rétablissait en revanche les niveaux de sérotonine dans l'hippocampe, améliorait la neurogénèse et soulageait la dépression.

Un mécanisme, une thérapie et un biomarqueur

Une dysbiose intestinale pourrait donc expliquer la pathogénèse de certaines formes dedépression et le manque d'efficacité de la fluoxétine via des altérations de la voie sérotoninergique du métabolisme du tryptophane. Selon les auteurs, la modulation des micro-organismes impliqués dans le catabolisme du tryptophane représenterait une stratégie thérapeutique envisageable. Et les niveaux plasmatiques de tryptophane pourraient orienter, en tant que biomarqueur, les choix thérapeutiques. Néanmoins, ces travaux restent à valider chez l’homme.

Les hypertendus le savent : ils présentent un risque accru d’accident vasculaire cérébral, de crise cardiaque et d’insuffisance cardiaque ; et ils doivent surveiller leur régime alimentaire, en particulier leur consommation de sel. En effet, sel et hypertension ne font pas bon ménage. Et au regard de travaux menés sur des souris, le mécanisme reliant les deux pourrait trouver son origine dans nos entrailles. D’ailleurs, puisque toute notre alimentation influe sur notre microbiote, pourquoi pas le sel ?

Un microbiote sensible au sel

Des chercheurs britanniques se sont ainsi demandé si un régime riche en sel pouvait moduler notre microbiote intestinal. Et l’expérience qu’ils ont menée auprès de 145 sujets hypertendus non traités semble leur donner raison : une réduction de la consommation de sel, même modeste, a modifié les types de bactéries qui élisaient domicile dans leurs intestins. Leur microbiote intestinal ainsi modifié produisait davantage d’acides gras à chaîne courte (AGCC) (sidenote: Acides gras à chaîne courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau.   Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. ) *, substances qui passent dans le système sanguin des patients et activent des récepteurs vasculaires. Et ce pour le plus grand bénéfice de ces hypertendus : l’augmentation des AGCC circulant dans leur sang semblait en effet aller de pair avec une baisse de leur pression artérielle et de leur « onde de pouls », qui mesure la rigidité de leurs artères. Cet effet bénéfique pourrait être lié aux propriétés anti-inflammatoires que l’on prête à ces acides gras d’origine bactérienne.

Uniquement chez les femmes hypertendues

Autre enseignement de l’étude : les mécanismes en jeu seraient différents entre les femmes et les hommes. En y regardant de plus près, la modification des AGCC sanguins sous l’effet d’une alimentation pauvre en sel n’était en fait réellement prouvée que chez les femmes, sans que l’on sache encore pourquoi. Quoiqu’il en soit, les cuisiniers comme les cuisinières devront veiller à ne pas trop saler leurs plats, d’autant plus si un hypertendu (homme ou femme) prend place à table : la consommation de sel reste en effet trop élevée dans tous les pays du monde, et sa réduction recommandée pour toutes et tous, en particulier celles et ceux qui sont hypertendus.

Le syndrome de l’intestin irritable (SII), le plus courant des TFI

Les TFI englobent un ensemble de syndromes tels que le SII, la constipation, la diarrhée, les ballonnements fonctionnels et les TFI non spécifiques.

Le SII touche à lui seul 10% de la population et se démarque des autres TFI par une douleur abdominale, associée à une constipation, une diarrhée ou l'alternance des deux. Il s’accompagne souvent d’un ballonnement abdominal et d’un niveau de stress plus élevé que dans la population générale.

Les TFI n’épargnent pas les enfants

Chez les tous-petits, les TFI représentent la cause la plus fréquente de consultation en gastro-entérologie pédiatrique. On retrouve les coliques du nourrisson avec des troubles de régurgitations et de constipation, le SII, ainsi que d’autres troubles fonctionnels moins bien caractérisés. Douleurs au ventre, ballonnements, diarrhées, constipation sont fréquemment associés aux TFI et peuvent avoir des conséquences majeures sur la vie quotidienne de l’enfant. Le stress et l’anxiété peuvent ensuite favoriser ou entretenir certains symptômes et notamment les douleurs.

La communication entre l’intestin et le cerveau perturbée

Les causes du SII sont encore mal comprises. Le risque de développer un SII serait multiplié par cinq après une infection bactérienne causant une diarrhée aiguë. Un dysfonctionnement de la communication entre le cerveau et l’intestin en lien avec un déséquilibre de la flore intestinale est évoqué. Dans la plupart des cas, il a été observé une perte de la diversité (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) des espèces bactériennes composant le microbiote, avec moins de bactéries favorables et plus de bactéries néfastes. Ces dysfonctionnements seraient à l’origine de troubles moteurs de l’intestin : le transit est ralenti, la barrière intestinale modifiée et une inflammation légère se développe. Ils entraînent une hypersensibilité de la muqueuse qui rend douloureux des phénomènes habituellement normaux comme les mouvements de gaz intestinaux.

Des données prometteuses pour les probiotiques

Pour l’adulte, les options thérapeutiques comprennent, en plus d’une alimentation controlée, les antispasmodiques, laxatifs ou antidiarrhéiques. Chez l’enfant on opte pour des techniques de relaxation et d’hypnose qui peuvent amener un soulagement des maux. Parfois des antispasmodiques peuvent être aussi prescrits. Pour agir sur le microbiote, des données prometteuses sont actuellement disponibles concernant des probiotiques, en particulier les bifidobactéries (sidenote: Bifidobactéries Bactéries, en forme de batônnet, en Y. La plupart des espèces sont bénéfiques pour l’homme. Elles sont retrouvées dans les intestins de l’homme, mais également certains yaourts.  Ces bactéries :
- Protègent la barrière intestinale 
- Participent au développement du système immunitaire, aident à lutter contre l’inflammation 
- Favorisent la digestion, améliorent les symptômes gastro intestinaux Sung V, D'Amico F, Cabana MD, et al. Lactobacillus reuteri to Treat Infant Colic: A Meta-analysis. Pediatrics. 2018 Jan;141(1):e20171811.  O'Callaghan A, van Sinderen D. Bifidobacteria and Their Role as Members of the Human Gut Microbiota. Front Microbiol. 2016 Jun 15;7:925. Ruiz L, Delgado S, Ruas-Madiedo P, et al. Bifidobacteria and Their Molecular Communication with the Immune System. Front Microbiol. 2017 Dec 4;8:2345. ) et les lactobacilles (sidenote: Lactobacilles Bactérie en forme de batônnet, dont la caractéristique principale est de produire de l’acide lactique. C’est pour cela que l’on parle de « bactéries lactiques ».  Ces bactéries sont présentes chez l’homme au niveau des microbiotes oral, vaginal, intestinal, mais aussi sur les plantes ou chez les animaux. On peut les consommer dans les produits fermentés : produits laitiers comme certains fromages et yaourts, mais aussi des d’autres types d’aliments fermentés : les cornichons, la choucroute etc.. Les lactobacillus sont aussi consommés dans les probiotiques, certaines espèces étant reconnues pour leurs propriétés bénéfiques.     W. H. Holzapfel et B. J. Wood, The Genera of Lactic Acid Bacteria, 2, Springer-Verlag, 1st ed. 1995 (2012), 411 p. « The genus Lactobacillus par W. P. Hammes, R. F. Vogel Tannock GW. A special fondness for lactobacilli. Appl Environ Microbiol. 2004 Jun;70(6):3189-94. Smith TJ, Rigassio-Radler D, Denmark R, et al. Effect of Lactobacillus rhamnosus LGG® and Bifidobacterium animalis ssp. lactis BB-12® on health-related quality of life in college students affected by upper respiratory infections. Br J Nutr. 2013 Jun;109(11):1999-2007. ) ainsi que la transplantation fécale. Néanmoins, des essais cliniques à grande échelle doivent encore être menés pour confirmer chacune de ces options.

Est-on condamné à garder ses kilos en trop ?

De manière générale, croire en un remède miracle est un leurre ; aucun traitement ne peut venir à bout de l’obésité sans participation active des sujets (alimentation, activité physique…) ni approche intégrée et personnalisée de la prise en charge. Car l’obésité est un processus complexe, long, et qui dépend de facteurs associés multiples, et le microbiote intestinal en fait partie. Cela dit, prétendre que le déséquilibre (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) de l’écosystème microbien conduit inévitablement à l’obésité (ou au contraire que son équilibre garantit un poids normal) est une erreur. Essayer de rééquilibrer son microbiote est pourtant une bonne initiative, qui s’inscrit dans une thérapie globale et personnalisée des patients.

Agir seul sur son microbiote est-il risqué ?

D’un point de vue strictement médical, la démarche est relativement sûre, sous réserve de s’en tenir aux probiotiques¹⁷ dont les effets avancés reposent sur des preuves scientifiques et dont la composition bactérienne est connue (Lactobacilles (sidenote: Lactobacilles Bactérie en forme de batônnet, dont la caractéristique principale est de produire de l’acide lactique. C’est pour cela que l’on parle de « bactéries lactiques ».  Ces bactéries sont présentes chez l’homme au niveau des microbiotes oral, vaginal, intestinal, mais aussi sur les plantes ou chez les animaux. On peut les consommer dans les produits fermentés : produits laitiers comme certains fromages et yaourts, mais aussi des d’autres types d’aliments fermentés : les cornichons, la choucroute etc.. Les lactobacillus sont aussi consommés dans les probiotiques, certaines espèces étant reconnues pour leurs propriétés bénéfiques.     W. H. Holzapfel et B. J. Wood, The Genera of Lactic Acid Bacteria, 2, Springer-Verlag, 1st ed. 1995 (2012), 411 p. « The genus Lactobacillus par W. P. Hammes, R. F. Vogel Tannock GW. A special fondness for lactobacilli. Appl Environ Microbiol. 2004 Jun;70(6):3189-94. Smith TJ, Rigassio-Radler D, Denmark R, et al. Effect of Lactobacillus rhamnosus LGG® and Bifidobacterium animalis ssp. lactis BB-12® on health-related quality of life in college students affected by upper respiratory infections. Br J Nutr. 2013 Jun;109(11):1999-2007. ) et Bifidobactéries (sidenote: Bifidobactéries Bactéries, en forme de batônnet, en Y. La plupart des espèces sont bénéfiques pour l’homme. Elles sont retrouvées dans les intestins de l’homme, mais également certains yaourts.  Ces bactéries :
- Protègent la barrière intestinale 
- Participent au développement du système immunitaire, aident à lutter contre l’inflammation 
- Favorisent la digestion, améliorent les symptômes gastro intestinaux Sung V, D'Amico F, Cabana MD, et al. Lactobacillus reuteri to Treat Infant Colic: A Meta-analysis. Pediatrics. 2018 Jan;141(1):e20171811.  O'Callaghan A, van Sinderen D. Bifidobacteria and Their Role as Members of the Human Gut Microbiota. Front Microbiol. 2016 Jun 15;7:925. Ruiz L, Delgado S, Ruas-Madiedo P, et al. Bifidobacteria and Their Molecular Communication with the Immune System. Front Microbiol. 2017 Dec 4;8:2345. ) par exemple). Car considérer que tous les probiotiques se valent est erroné ; la spécificité de la ou des bactéries utilisées joue un rôle primordial sur leur action. Enfin, il faut favoriser aussi la consommation de prébiotiques¹⁸, mais surtout éviter des doses trop élevées si vous n’êtes pas habitués, au risque de développer des effets secondaires désagréables (ballonnements, diarrhées, douleurs intestinales…). En réalité, le plus grand risque est psychologique : celui d’être déçu en cas de promesses non tenues !

Greffe de microbiote intestinal : une surpromesse ?

Les travaux actuellement en cours sur le sujet sont nombreux. Certains d’entre eux montrent que la transplantation de microbiote n’aurait aucun effet sur l’obésité, ou qu’elle favoriserait une amélioration passagère de la capacité à stabiliser le taux de sucre sanguin. Des résultats a priori décevants, pourtant riches d’enseignements : on sait maintenant qu’il est nécessaire que le microbiote du donneur soit compatible avec celui du receveur ; on sait aussi que certains individus sont plus réceptifs que d’autres à la greffe (de même qu’au changement de régime alimentaire) en fonction de la composition initiale de leur microbiote. En tous cas, améliorer notre santé en ciblant le microbiote intestinal est une piste de choix, à condition d’agir de façon raisonnée et d’observer des recommandations médicales et nutritionnelles. Personnellement, j’en suis convaincu car ma devise est « In gut we trust ».

Autre méthode, qui pourrait bien s’avérer prometteuse : la transplantation de microbiote fécal (TMF), ou greffe de selles¹⁶. Réservée pour l’heure à une seule indication très éloignée de l’obésité (l’infection récidivante à Clostridium difficile), elle consiste en l’occurrence à transférer les micro-organismes (sidenote: Micro-organismes Organismes vivants qui sont trop petits pour être vus à l'œil nu. Ils incluent les bactéries, les virus, les champignons, les archées, les protozoaires, etc… et sont communément appelés "microbes". What is microbiology? Microbiology Society.   ) contenus dans les selles d’un donneur affichant un IMC normal chez un receveur obèse pour « corriger » sa flore¹⁷.

L’intérêt de la démarche est actuellement étudié par plusieurs équipes de recherche, qui scrutent à la loupe ses effets sur le rééquilibrage du microbiote intestinal, le comportement alimentaire et la bonne utilisation des ressources énergétiques au regard des calories ingurgitées¹⁷.