Il est désormais établi que notre alimentation façonne la composition de notre microbiote et donc notre santé. Alors que de nombreuses études ont démontré que de bonnes habitudes alimentaires influencent positivement la composition du microbiote intestinal, peu d’études ont exploré la relation entre les habitudes alimentaires et le microbiote salivaire. La bouche étant la porte d’entrée de notre alimentation, le microbiote salivaire serait-il le miroir de nos comportements alimentaires et donc de notre état de santé ?

Le comportement alimentaire des ados à la loupe

Pour le savoir, les auteurs ont décortiqué le microbiote salivaire de 842 adolescents finlandais en bonne santé. Les ados ont rempli un questionnaire pour connaître leurs comportements alimentaires, et ont été classés suivants s’ils évitaient les fruits et légumes (sans FL) (42.9%), s’ils adoptaient des repas sains (45.5%) ou de type malbouffe (11.6%) et enfin s’ils prenaient régulièrement leur petit déjeuner (83.1%) et leur diner (82.4%).

Montre-moi ton microbiote salivaire, je te dirai comment tu manges

Effet surprenant, le microbiote salivaire restait similaire aussi bien dans sa diversité que dans sa composition malgré les préférences alimentaires des jeunes (sans FL, repas sain ou malbouffe). En revanche, c’est la régularité des repas qui avait une influence sur la diversité : les ados qui avaient une alimentation régulière avaient une plus grande diversité microbienne que ceux qui sautaient leur repas. Ainsi, les « mangeurs irréguliers » auraient un risque élevé de voir leur diversité diminuée ; or il est généralement admis qu’un microbiote bien divers est bénéfique pour la santé.

Enrichissement en bactéries associé aux mauvaises habitudes alimentaires ?

L’étude montrait également une forte abondance de certaines bactéries dans la salive des ados adoptant une alimentation sans FL et ceux sautant leur repas. Précédemment, la présence de ces bactéries dans la salive a été associée à des maladies buccodentaires et à une mauvaise hygiène de la bouche. Pour les auteurs, la régularité des repas jouerait un rôle plus important dans la composition du microbiote salivaire que les habitudes alimentaires ; certaines bactéries de la salive pourraient servir d’indicateur de mauvaise habitude alimentaire.

Au cours de notre vie, nous avalons de l’ordre de 60 tonnes de nourriture ! ¹
Pour assurer leur digestion, ces aliments parcourent un long périple dans notre appareil digestif, d’une longueur, de la bouche à l’anus, de l’ordre de 5 mètres. ²
Objectif : digérer ces aliments, autrement dit les découper en tout petits morceaux capables d’être absorbés par notre organisme pour lui apporter tous les nutriments, ces petites briques élémentaires dont nous avons besoin pour faire travailler nos muscles, alimenter notre cerveau, entretenir nos os, etc. .

Pour faciliter cette absorption, notre système digestif n’est pas seulement très long, il est également doté d’une très grande surface grâce à de nombreux replis (à l’image d’un carton ondulé). Si on l’étalait au sol et la repassait, la surface des parois du tube digestif représenterait, selon les estimations, entre 32 m2, soit l’équivalent d’un demi terrain de badminton ² et 250-400 m², soit un cours de tennis ! ¹ 

Tout au long de ce trajet, les aliments en cours de digestion croisent les milliers de milliards de microorganismes de notre flore intestinale qui occupent l’espace entre la lumière du tube digestif et le mucus protecteur qui en recouvre les parois. Ce microbiote varie en nombre et en composition selon les zones du tube digestif, avec un gradient croissant entre l’estomac et l’anus.
On dénombrerait ainsi ³: 

• moins de mille bactéries/mL dans l’estomac, milieu trop acide pour de nombreuses espèces ;
• des millions de bactéries/mL dans l’intestin grêle, milieu riche en acide et en oxygène et où le transit est rapide. Y prédominent des bactéries adaptées à ces conditions, se développant rapidement et capables de s’agripper aux parois, comme les Lactobacillaceae ; 
• des milliards de bactéries/g de contenu digestif dans le côlon où vivent, à l’abri de l’oxygène, des bactéries capables de fermenter les fibres non digérées, comme les Prevotellaceae. 

Ces microorganismes nous aident à vivre (nous protègent des pathogènes, régulent notre système immunitaire…) ¹, mais aussi à digérer nos aliments.
Par exemple, nous sommes incapables de digérer les fibres alimentaires qui arrivent donc intactes dans le côlon, au contact des bactéries : contrairement à nous, elles sont équipées pour digérer les fibres c’est-à-dire les utiliser comme substrat pour leur propre métabolisme, et les transformer notamment en petits acides gras.
Notre flore intestinale nous fournit également des nutriments essentiels, comme les vitamine B12 ou K par exemple. ¹  

Nos aliments ne sont pas stériles et c’est tant mieux ! Lorsque nous mordons dans une pomme, une tomate ou tout autre fruit ou légume frais, nous enrichissons notre microbiote intestinal en bactéries et autres microorganismes. Ainsi, croquer dans une pomme apporte des micro-organismes bénéfiques pour la santé (bactéries, virus, champignons), qui viennent coloniser et enrichir de façon transitoire notre microbiote intestinal. ⁵

Les aliments fermentés, sources de bonnes bactéries 

Les aliments fermentés représentent une autre source de bactéries et levures : fromage, yaourts, kéfir et autres laits fermentés, légumes fermentés comme la choucroute en France, la liste est longue ! Ces bactéries et levures, encore vivantes lorsque les aliments ne sont ni cuits, ni pasteurisés, peuvent modifier la composition de notre microbiote intestinal, de manière transitoire (augmentent juste après la consommation puis diminuent progressivement) voire à long terme lorsque la consommation de l’aliment est régulière. ⁶

Parce qu’elles sont vivantes, les bactéries produisent des métabolites divers et variés également présents dans les produits fermentés de notre alimentation : 

• acides organiques (acide lactique du yaourt ou des cornichons),
• peptides bioactifs (bactériocines de la choucroute qui inhibent les bactéries pathogènes concurrentes),
• vitamine (vitamine K du soja fermenté Natto), etc. 

Ces métabolites bactériens peuvent améliorer le fonctionnement de notre microbiote intestinal (renforcement de la barrière intestinale, modulation de l’inflammation, etc), soutenir notre système immunitaire et apporter des bénéfices santé pour l’hôte. ^6,7

Aliment fermentés

L'eau enrichit aussi notre microbiote

N’oublions pas non plus une autre grande source alimentaire de microorganismes : notre boisson !
Eau du puits, du robinet, eau filtrée, eau en bouteille : toutes les eaux ne se valent pas en termes de composition chimique, minérale ou microbienne… et d’effet sur notre microbiote.

Vous buvez principalement de l'eau de puits, qui contient naturellement des communautés microbiennes plus diversifiées ? Votre microbiote intestinal a toutes les chances d’être par ricochet plus diversifié que si vous buviez de l’eau du robinet, de l’eau filtrée ou en bouteille. ⁸

Des fibres pour nourrir notre microbiote intestinal

Mais l’alimentation n’est pas seulement une source de bactéries : elle est aussi une source de nutriments qui nourrissent ces microorganismes, au premier rang desquels les fameuses fibres alimentaires, qui sont des glucides que notre corps ne sait pas digérer… mais dont se délecte notre microbiote intestinal. Résistantes à la digestion, ces fibres finissent par atteindre notre gros intestin où elles nourrissent nos bactéries.
Leur variété est grande ⁹ avec notamment :

• des fibres alimentaires fermentescibles telles que l'inuline (typique de la chicorée ou des topinambours),
• la pectine (pomme, peau de citron),
• les galactooligosaccharides (lait maternel, légumineuses)…
• mais aussi des fibres non fermentescibles comme l’amidon résistant des céréales par exemple. 

La fermentation des fibres fermentescibles par les bactéries aboutit à la production de métabolites, dont des acides gras à chaîne courte (AGCC) comme le butyrate aux incroyables propriétés :

• effets bénéfiques sur la communauté microbienne (inhibition de pathogènes par exemple),
• amélioration de la fonction de barrière intestinale (stimulation de protéines qui permettent de coller-serrer les cellules de la paroi et donc de diminuer la porosité intestinale ; stimulation de la production de mucus protecteur),
• et des effets métaboliques (par exemple sur la satiété) et immunologiques directs sur l'hôte. ¹⁰

Des probiotiques, prébiotiques et postbiotiques pour rééquilibrer le microbiote  

Quand l’alimentation ne suffit plus ou qu’un rééquilibrage s’avère nécessaire (par exemple après un traitement antibiotique), votre professionnel de santé peut vous proposer un petit coup de pouce pour votre microbiote via la prescription de : 

• probiotiques, gélules contenant des micro-organismes vivants bénéfiques à votre santé. Selon les souches, les probiotiques ont des modes d’action différents et un effet bénéfique spécifique ne pourra pas être extrapolable d’une souche à une autre. 
• et/ou prébiotiques, qui « nourrissent » de façon ciblée certains microorganismes bénéfiques du microbiote intestinal. Soit l’équivalent des fibres alimentaires. 
• et/ou postbiotiques, qui comprennent à la fois les petites molécules bénéfiques fabriquées par les probiotiques (comme les acides gras à chaîne courte), mais également les probiotiques morts et leurs fragments. 

Notre alimentation, parce qu’elle nourrit également notre microbiote intestinal, joue un rôle important et central dans sa composition ^1,11 :
plus vous donnez à des bactéries les aliments qu’elles aiment et savent utiliser, plus elles prolifèrent au détriment des autres microorganismes. Il peut également exister des coopérations entre bactéries : les molécules produites par les unes servent de nourriture aux autres. ¹

A l’image d’une empreinte digitale, chaque individu abrite dans ses entrailles une combinaison spécifique de quelques centaines d’espèces bactériennes, piochées parmi les quelque 3000 espèces de bactéries identifiées dans les systèmes digestifs humains. ^12,13

Ce microbiote est le fruit d’années de construction et rééquilibrages, dans lequel l’alimentation joue un rôle essentiel, et ceci dès la naissance :

• les nourrissons allaités développent une large palette de bactéries Bifidobacterium spp. bénéfiques à leur digestion et santé ;
• les nourrissons recevant des préparations affichent une flore différente, plus diversifiée ;
• ceux sous-alimentés présentent un microbiote intestinal immature, déséquilibré (dysbiotique) avec davantage de pathogènes. ^1,12,13

Comment est-ce possible ? 
Le lait maternel, la référence en termes d’alimentation des bébés, contient à la fois quelques microorganismes utiles à la santé de l’enfant mais aussi et surtout des prébiotiques. Ces derniers, appelés oligosaccharides, ne sont pas digérés par le bébé mais nourrissent et favorisent le développement des bifidobactéries bénéfiques  ^13,14 
Ils vont ainsi façonner le microbiote intestinal du bébé, avec des conséquences en termes de santé (immunité, etc.) tout au long de la vie. ¹⁴

À chaque âge de la vie, un microbiote intestinal différent

Durant la petite enfance, la construction du microbiote se poursuit.

• Entre 4 mois et 1 an, la diversification alimentaire va de pair avec l’arrivée et l’installation – ou non – de nouveaux micro-organismes, et la réduction d’autres. Ainsi, les enfants africains consommant des régimes riches en fibres et amidon présentent un microbiote plus diversifié et producteur d’acides gras bénéfiques, tandis que les régimes occidentaux pauvres en fibres réduisent la diversité et ces petits acides gras protecteurs. ¹
• Entre 1 et 3 ans, l’organisation de cette communauté continue de s’enrichir.
• Vers 3-5 ans, le microbiote intestinal n’est pas encore totalement comparable à celui d’un adulte mais commence fortement à y ressembler. ^12,15  
• A l’âge adulte, notre microbiote intestinal est diversifié, et en général prédominé par des firmicutes et bacteroidetes.   
• A partir de 70 ans, la composition du microbiote intestinal peut être affectée par des changements biologiques (moins bonne digestion par exemple) mais aussi des modifications des habitudes alimentaires, souvent moins diversifiées. A la clé : une baisse de la diversité du microbiote intestinal, avec le recul de bactéries comme les bénéfiques Bifidobacterium spp. ¹²

Peau, poumons, vagin : eux aussi influencés par notre alimentation

Pour autant, il serait faux de penser que notre alimentation influence uniquement notre microbiote intestinal. 
Elle pourrait influencer, via la flore intestinale, d’autres microbiotes. Prenons l’exemple de notre microbiote cutané : différentes maladies communes de la peau, telles que l'acné, la dermatite atopique, le psoriasis et la couperose, ont été associées à une dysbiose intestinale. ^16,17  

Dans le cas de l’acné ^17,18: 

• une alimentation riche en sucres, fréquente chez les adolescents des pays développés, pourrait provoquer un déséquilibre de la flore intestinale ;   
• les bactéries intestinales, déboussolées, fabriqueraient des molécules capables de passer dans notre sang, d’accéder à notre peau et d’y modifier diverses fonctions de la peau (inflammation, prolifération cellulaire, métabolisme des lipides, etc.), induisant par ricochet une dysbiose de notre microbiote cutané ; 
• ce déséquilibre de notre microbiote cutané se traduirait par une surproduction de sébum, de graisse et de cellules de la peau, favorisant ainsi l’apparition de l’acné.  

Et cette influence serait bidirectionnelle : le développement de l’acné affecterait en retour la composition du microbiote intestinal. D’où un possible cercle vicieux. ¹⁸ Ainsi, l’intestin et la peau sont étroitement liés via un canal de communication appelé axe intestin-peau. ¹⁷ 

Idem du côté du microbiote pulmonaire, avec un axe bidirectionnel intestin-poumons : 

• le microbiote intestinal participerait aux maladies pulmonaires, une dysbiose intestinale allant souvent de pair avec les infestions respiratoires hivernales  ¹⁹ ou l'asthme ²⁰;  
• inversement, les pathologies pulmonaires influenceraient la composition du microbiote pulmonaire. ¹⁹

L’influence de l’alimentation pourrait aussi se faire sentir du côté du microbiote urinaire : une dysbiose intestinale pourrait augmenter la susceptibilité aux infestions urinaires, même si certains résultats semblent contradictoires.  ²¹

Même constat en ce qui concerne le microbiote vaginal : une consommation réduite d'alcool et de protéines animales, et un apport plus élevé en acide linolénique typique des végétaux peuvent avoir un impact bénéfique sur l'environnement vaginal, grâce au maintien d'un microbiote principalement dominé par des lactobacillus protecteurs. ²²

Dans ces deux cas, les interactions entre les microbiotes sont sans doute avant tout liées à la proximité entre l’anus (microbiote intestinal), l’entrée du vagin (microbiote vaginal) et l’orifice de l’urètre (microbiote urinaire), tant et si bien que des bactéries d’origine intestinale ont peu de chemin à parcourir pour coloniser le vagin ou la vessie. 

Incontestablement, l’alimentation est donc l’un des leviers les plus puissants pour changer la composition et l’activité du microbiote intestinal.
Schématiquement, une alimentation végétale riche en fibres favorise des bactéries protectrices, alors qu’une alimentation riche en sucres, en protéines animales et graisses saturées oriente vers un profil plus inflammatoire. ^16,23,24

Nutriments

Régime méditerranéen : un allié du microbiote intestinal

Aussi, un régime riche en végétaux, ou le fameux régime méditerranéen (qui met à l’honneur les fruits, les légumes, les graines, les légumineuses, le poisson, les fruits à coque et l’huile d’olive, tout en limitant le sucre et la viande), sont autant de bons réflexes.

Et l’expérience scientifique semble le confirmer : une étude a expérimenté pendant un an l’effet d’un régime méditerranéen auprès de seniors européens au Royaume-Uni, en France, aux Pays-Bas, en Italie et en Pologne. Bilan de cette expérimentation : une modification de leur microbiote intestinal, avec davantage de bactéries associées à une moindre fragilité, une meilleure fonction cognitive et moins d’inflammation. ²⁵

Quelles boissons sont bénéfiques pour le microbiote intestinal ? 

Côté boissons, les polyphénols du vin (qui fait d’ailleurs partie du régime méditerranéen)  ²⁶ mais aussi du thé ²⁷ iraient également de pair avec un microbiote plus diversifié et plus sain.

En revanche, avoir un faible pour les boissons sucrées (surtout si leur consommation dépasse 2 verres par jour) s’avère lourd de conséquences pour le microbiote intestinal : leur consommation régulière semble en effet plomber les effectifs de différentes bactéries bénéfiques, comme Bacteroides pectinophilus qui se nourrit de pectine mais qui ne sait quoi faire des sucres des sodas… et voit sa population se réduire en cas de consommation de boissons sucrées. ²⁸

Les maladies liées à une mauvaise alimentation 

Comme vu précédemment, le microbiote intestinal varie beaucoup d’une personne à l’autre selon l’âge, le mode de vie, l’alimentation…
Ces variations sont normales et peuvent aider le corps à s’adapter à son environnement. Mais parfois, la flore intestinale connaît des changements profonds, qui peuvent être la cause et/ou la conséquence de problèmes de santé . ^12,30

Différentes pathologies intestinales ^12,30 semblent liées à cette dysbiose : 

• dans le syndrome de l'intestin irritable (SII), la perte de richesse microbienne affaiblirait les fonctions de la barrière épithéliale et modifierait la réponse inflammatoire, ce qui explique en partie les symptômes. 
• dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), même si le lien de causalité direct n’est pas prouvé, les déséquilibres microbiens (notamment la baisse des bactéries produisant du butyrate) contribueraient à la sévérité de la maladie.
• dans la maladie cœliaque, la dysbiose semble créer un milieu inflammatoire et empêcherait la couche de mucus des intestins de nous protéger contre l'invasion d'antigènes nocifs et de pathogènes. 
• dans le colorectal cancer, une réduction des bactéries bénéfiques productrices de butyrate et une augmentation des pathogènes opportunistes, pourrait contribuer au développement de la tumeur. 

La dysbiose intestinale est également impliquée dans différents troubles métaboliques: ^12,30,31,32

• dans le cas de l'obésité, cette dysbiose augmenterait la capacité du corps à extraire de l'énergie de l'alimentation, favorisant le stockage des graisses et l’inflammation. 
• dans le cas du diabète de type 2, les patients présentent une augmentation des Betaproteobacteria (associée à une hausse du sucre dans le sang) et une diminution des bactéries bénéfiques productrices de butyrate comme Roseburia spp.

L'axe intestin-cerveau est également impacté: ¹²

• dans les maladies d'Alzheimer et de Parkinson, une dysbiose (hausse de Escherichia/Shigella pour Alzheimer par exemple) semble associée à un état inflammatoire périphérique qui pourrait favoriser ces pathologies. 

Adopter de bonnes habitudes pour son microbiote

Si l’alimentation est l’un des plus puissants leviers pour modifier notre microbiote intestinal, il n’est pas le seul, loin de là !
L’activité physique, lorsqu’elle est pratiquée de manière raisonnable (à moins de 50 % de la consommation maximale d'oxygène ou VO2max1), booste le transit intestinal, améliore la qualité de la muqueuse qui tapisse les parois du tube digestif et donne un coup de pouce à notre microbiote intestinal, en favorisant l’installation d’une flore riche et bénéfique. ³³ 
Comme pour tout, le mieux est l’ennemi du bien : 60 minutes d’entraînement d’endurance très intense (à 70 % de la capacité VO2max) entraînent des douleurs abdominales, nausées et diarrhées. ³³
Et s’il fallait finir de vous convaincre : 30 à 50 % des athlètes seraient concernés par des troubles digestifs, voire 90 % de ceux participant à des épreuves d’ultra-endurance. ³⁴

Enfin, les bonnes habitudes passent aussi par une vigilance quant à notre environnement au sens large du terme. Ou plus précisément à l'exposome, ensemble de facteurs environnementaux auxquels nous sommes exposés tout au long de notre vie, et qui influence notre microbiote et notre santé.

Si l’alimentation en fait bien entendu partie, l’exposome est loin de s’y limiter : l’épidémiologiste anglais Christopher P. Wild qui a inventé ce concept le définit comme « une représentation complexe et dynamique des expositions auxquelles une personne est sujette tout au long de sa vie, intégrant l’environnement chimique, microbiologique, physique, récréatif, médicamenteux, le style de vie, l'alimentation, ainsi que les infections. »

Passer le plus de temps possible au contact de la nature, laisser les enfants jouer au contact de la végétation et des animaux, éviter l’automédication - surtout en ce qui concerne les antibiotiques, faire la chasse aux sources de microplastiques: autant de bons réflexes qui, couplés à une alimentation de qualité, bichonneront votre santé intestinale et avec elle votre santé en général. 

Dans la pratique, que font vraiment les gens pour leur microbiote ? 

De la théorie à la pratique, l’écart demeure néanmoins encore grand. Selon l’observatoire 2025 de Biocodex sur le microbiote, si les connaissances progressent, les « bons » comportements peinent à suivre : la connaissance des problèmes de santé liés au microbiote continue de croître, mais le nombre de personnes qui agissent n'augmente pas, et est resté stable cette année.

Ainsi : 

• une grande majorité déclare avoir une alimentation équilibrée et variée (83 %) afin d'éviter un déséquilibre du microbiote ; 
•  environ 3 personnes interrogées sur 4 ont déclaré pratiquer une activité physique (78%) et éviter de fumer (77%) afin de limiter le risque de déséquilibre du microbiote ;
• environ la moitié des personnes interrogées déclarent consommer des probiotiques (50 %), et 40 % des prébiotiques, pour leur microbiote ;
• seules un quart des personnes ont reçu des informations essentielles sur le microbiote après s'être vu prescrire des antibiotiques, malgré l'impact des antibiotiques sur la flore intestinale. 

Comment sensibiliser le grand public à l'importance de maintenir un microbiote équilibré pour être en bonne santé ? Reconnus comme des acteurs de confiance, les professionnels de la santé pourraient être les vecteurs les plus efficaces du changement de comportement.
Affaire à suivre dans nos prochains observatoires ! 

Découvrez toutes nos pages sur les liens entre le microbiote et l'alimentation:

C’est quoi un prébiotique ?

Une première définition « officielle » des prébiotiques a été proposée en 1995. Depuis, elle a évolué en fonction des avancées des connaissances sur le rôle et le fonctionnement du microbiote humain^1,2.

Petite histoire d’une définition

En 1995, les prébiotiques ont été définis pour la première fois par deux scientifiques, Glenn Gibson et Marcel Roberfroid³. Selon eux, ce sont « des composés non digestibles de l’alimentation qui ont un bénéfice sur la santé d’un individu, en stimulant de manière spécifique la croissance et/ou l’activité d’un ou de certains micro-organismes résidant dans le côlon ». Cette définition a ensuite été plusieurs fois mise à jour avant qu’en 2016, un panel d’experts internationaux s’accorde sur « substrat sélectivement utilisé par les microorganismes de l’hôte conférant un avantage pour la santé »⁴.
En clair, les prébiotiques sont des substances qui « nourrissent » de façon ciblée certains microorganismes du microbiote, ceux bénéfiques de notre corps. Et ce faisant, ils améliorent notre santé. Ils ne sont donc pas des substrats (nourritures) qui vont être utilisables par la plupart des microorganismes du microbiote⁵ et encore moins pour des bactéries qui pourraient nous rendre malades comme certaines espèces de clostridies et d’E. coli !⁶.

Ce qui change, ce qui reste : les prébiotiques aujourd’hui et demain

Selon la définition de 1995, seuls certains composés de la famille des glucides pouvaient être considérés comme prébiotiques⁷. Le terme de « substrat », qui a été récemment préféré par les experts, élargit le concept des prébiotiques au-delà de ces glucides à tout ce qui nourrit spécifiquement les bactéries du microbiote en apportant un bénéfice à la santé^8,9. De plus, les prébiotiques peuvent agir dans d’autres zones du corps ayant un microbiote comme les intestins. Ils peuvent agir au niveau de la peau, de la cavité orale ou du vagin¹⁰.
Les microorganismes ciblés par les prébiotiques ne sont pas précisés dans la première et la plus récente définition. Historiquement, il s’agit des bifidobactéries et de lactobacilles, reconnus bénéfiques à la santé et également utilisés comme probiotiques¹¹. Ils sont encore aujourd’hui les genres plus souvent testés et utilisés en tant que cible des prébiotiques. Mais on sait désormais que d’autres métabolisent les prébiotiques et peuvent aussi participer aussi à notre bonne santé¹². Les recherches s’orientent ainsi vers des prébiotiques stimulant des espèces telles que Propionibacterium, Faecalibacterium, Eubacterium, Akkermansia ou Roseburia^13,14.

Les règles pour prétendre au label « prébiotique »

La définition des prébiotiques a beau avoir été élargie¹⁵, on ne peut pas pour autant appeler prébiotique tout et n’importe quoi !

Afin qu’une substance puisse être considérée prébiotique, sa structure chimique doit d’abord être bien décrite. Des études précliniques en laboratoire puis des essais cliniques chez l’homme doivent ensuite être menées pour confirmer :

• sa résistance aux enzymes digestives (par exemple, l’acidité gastrique ou la bile) lui permettant bien d’atteindre intacte le microbiote cible, comme le microbiote intestinal;
• sa sélectivité et son action sur des microorganismes visés ;
• les modifications qu’elle entraîne sur le microbiote et un effet bénéfique mesurable sur la santé ;
• un dosage efficace ne causant pas d’effet secondaire^16,17,18.

Sources, fonctions, mode d’action… : tout savoir sur les prébiotiques

Découvrez à quoi les prébiotiques ressemblent, où on les trouve et comment ils agissent sur nos microorganismes bénéfiques.

Un peu de chimie : que sont les prébiotiques ?

Aujourd’hui, les composés pouvant être considérés prébiotiques font principalement partie de la famille des glucides complexes : des oligosaccharides et des polysaccharides^25,26. Les oligosaccharides sont des assemblages, ou polymères, de plusieurs sucres simples ou monosaccharides (généralement de 3 à 10) : glucose, fructose, galactose, etc. Les polysaccharides en contiennent plus de 20²⁷. Cependant, certains prébiotiques utilisés plus rarement ne comportent que deux sucres : on les appelle disaccharides.

Les principaux prébiotiques sont

Les FOS (dont l’inuline) et les GOS sont les prébiotiques dont les effets sur les microorganismes bénéfiques du microbiote intestinal et sur la santé sont les plus scientifiquement reconnus. Ce sont donc actuellement les « stars » des prébiotiques^32,33. La dose recommandée pour obtenir un effet prébiotique chez l’adulte est de 5 à 8 g de FOS ou GOS par jour³⁴.

Mais d’autres substances sont en phase de test de leur potentiel prébiotique, comme :

• d’autres glucides complexes de type fibre: xylo-oligosaccharides (XOS), isomalto-oligosaccharides (IMO), polydextrose, oligosaccharides de soja (SBOS), bêta-glucanes, pectine… ;
• des dérivés de l’amidon comme des polyols : sorbitol, maltitol… ;
• des acides gras polyinsaturés ;
• des polyphénols : par exemple, du cacao ou du thé^35,36,37,38.

Concrètement, où les trouve-ton ?

Les prébiotiques sont naturellement présents dans de nombreux aliments d’origine végétale et dans le lait maternel. Ils sont également ajoutés dans des aliments comme des biscuits, des céréales, des boissons et des produits laitiers, mais aussi dans les préparations pour nourrissons⁴¹. Enfin, ils sont disponibles sous forme de compléments alimentaires⁴², seuls ou associés à des probiotiques, des vitamines, des minéraux, des extraits de plantes, etc.

Les sources naturelles de prébiotiques

De nombreux fruits, légumes, céréales et autres aliments d’origine naturelle sont des sources de prébiotiques. Citons par exemple :

• l’artichaut, la racine de chicorée, le poireau, l’asperge (qui contiennent de l’inuline) ;
• la banane, l’ail, l’oignon, le miel, le blé (qui contiennent des FOS) ;
• le lait de soja et d’avoine, les noix de cajou, lupins, pois chiches et pistaches (qui contiennent des GOS)…^43,44.

Ces aliments présentant une faible teneur en prébiotiques, leur consommation occasionnelle ne peut pas apporter d’effet significatif sur la santé⁴⁵.

Nos ancêtres chasseurs-cueilleurs consommaient beaucoup d’aliments contenant des prébiotiques naturels et pouvaient bénéficier jusqu’à 135 g par jour d’apport. Ce n’est généralement plus notre cas avec notre alimentation occidentale moderne, qui n’en apporte que de 1 à 4 g par jour aux Etats-Unis et de 3 à 11 g par jour en Europe⁴⁶.

Les prébiotiques sont donc aujourd’hui produits industriellement, soit isolés à partir d’aliments riches en substances prébiotiques, soit synthétisés à partir de sucres comme le fructose, le lactose ou le saccharose^47,48,49.

Comment les prébiotiques sont-ils produits ?

A quoi servent les prébiotiques ?

Si on imagine notre microbiote comme un jardin, on pourrait dire que les prébiotiques servent d’« engrais » favorisant la pousse de ces belles plantes, et pas des mauvaises herbes ! Et tout l’organisme en bénéficie.

Comme tout engrais, les prébiotiques ne sont pas « nécessaires » pour nourrir les microorganismes du microbiote. Mais ils permettent de stimuler la croissance et l’activité de ceux ayant un effet bénéfique sur la santé. Cela signifie qu’ils contribuent à rééquilibrer le microbiote, notamment en augmentant la part de bactéries bénéfiques au détriment des bactéries pathogènes, ce qui permet au microbiote d’assurer correctement ses missions de digestion, d’assimilation des nutriments, de soutien des défenses naturelles, etc^50,51.

Les prébiotiques favorisent également la production par les bactéries, lors du processus de fermentation, de substances participant au bon fonctionnement de l’organisme et à la santé⁵². Il s’agit par exemple du lactate et des acides gras à chaîne courte (AGCC) : acétate, propionate et butyrate, qui agissent au niveau intestinal et se diffusent aussi au reste du corps par la circulation sanguine⁵³. Ils servent de source d’énergie à l’organisme et y jouent des rôles importants pour notre santé, comme le maintien de l’intégrité de la barrière intestinale et la régulation du métabolisme des sucres et des graisses⁵⁴.

Enfin, la production de ces AGCC abaisse le pH (acidifie) le milieu colique, ce qui a également des avantages pour la santé comme une meilleure absorption des nutriments et une protection plus efficace contre les microbes^55,56.

Comment les prébiotiques peuvent-ils améliorer la santé ?

Les prébiotiques étant un sujet scientifique relativement nouveau, les résultats de recherche clinique sur leur effet sur la santé sont moins nombreux que ceux sur les probiotiques⁵⁹. Ils suggèrent toutefois qu’en agissant sur la croissance et le métabolisme des bactéries bénéfiques du microbiote⁶⁰, les prébiotiques participent à plusieurs grandes fonctions de l’organisme essentielles pour mieux lutter contre divers troubles⁶¹.

Une recherche dynamique pour dévoiler de nouveaux bienfaits

Actuellement, d’autres effets bénéfiques potentiels des prébiotiques sur la santé sont encore en cours d’étude, principalement sur l’animal, avec de premiers résultats prometteurs. Les prébiotiques pourraient par exemple lutter contre la transformation maligne des cellules. En effet, leurs produits de fermentation comme le butyrate pourraient avoir un effet protecteur contre le cancer colorectal. Certains prébiotiques pourraient également améliorer la mémoire et la concentration chez les personnes d’âge mûr, voire ralentir le déclin cognitif dans les maladies de type Alzheimer. Même si les preuves des bienfaits de prébiotiques s’accumulent, de nombreux travaux scientifiques doivent être poursuivis avant que davantage de recommandations sur l’utilisation des prébiotiques soient diffusées par les sociétés savantes^85,86.

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Dans la grande majorité des cas, le psoriasis se présente sous forme de plaques rouges recouvertes de squames blanchâtres, localisées principalement au niveau des coudes, des genoux, du cuir chevelu et du bas du dos. Ni grave, ni contagieuse, cette dermatose n'en n'est pas moins une maladie lourde, avec un fort retentissement sur la qualité de vie.

Un microbiote intestinal moins riche

Le mécanisme de l'inflammation qui caractérise le psoriasis est désormais connu : l'épiderme se renouvelle en 4 à 6 jours au lieu des 3 semaines habituelles, conduisant à une accumulation de peaux mortes et des inflammations localisées. En revanche, sa cause reste à élucider. Plusieurs facteurs de risque, génétiques et environnementaux, ont été identifiés, mais il faut désormais comprendre la façon dont ils interagissent. On sait notamment que le stress, certains médicaments (bêtabloquants, antihypertenseurs, interféron alpha...) et certaines infections ORL favorisent les poussées. Le rôle des microbiotes intestinal et cutané a également été pointé du doigt. En effet, un déséquilibre dans la composition du microbiote cutané au niveau des lésions psoriasiques par rapport à une peau saine a été observé, sans que la maladie n'ait été liée à un germe pathogène particulier. De son coté, il semble que le microbiote intestinal contrôle l’inflammation cutanée en altérant la réponse immunitaire. Les mécanismes moléculaires exacts sont encore largement inconnus, cependant on soupçonne les bactéries pro-inflammatoires surreprésentées d’entretenir l’inflammation.

Aucun traitement curatif

Il n'existe, pour l'heure, aucun traitement capable de guérir le psoriasis.
La prise en charge repose sur l'application de produits à base de corticoïdes et d'analogues de la vitamine D3 lors des poussées, associés à des crèmes hydratantes. La photothérapie est indiquée dans les formes étendues, mais son usage doit être limité. Les formes graves bénéficient d'autres traitements qui doivent être parfaitement encadrés. Des recherches sont en cours pour évaluer l’impact des probiotiques sur l'inflammation cutanée locale et sur la dysbiose.

Si elles touchent le visage dans 95 % des cas, les lésions d’acné peuvent s’observer sur le dos, le cou ou sur l’avant du thorax. Un quart des adultes, en particulier les femmes, sont touchés.

Des lésions diverses

L'acné est une maladie des follicules pilo-sébacés, associant le poil à une glande productrice de sébum. Cette dermatose se manifeste par différents types de lésions, selon son stade d'évolution : points noirs et points blancs correspondent au premier stade de l'acné, papules et pustules correspondant au stade inflammatoire.

Le rôle du microbiote cutané

Génétique, hormones, hygiène. Les causes de l'acné sont multiples, mais toutes ont en commun : l'implication de la bactérie Propionibacterium acnes dans son développement. Ce germe, naturellement présent sur la peau, se multiplie sous l'effet de l’excès de sébum et induit un déséquilibre du microbiote cutané. La peau réagit à cette dysbiose locale en créant un état inflammatoire. Il est maintenant bien reconnu que les maladies chroniques de la peau sont souvent associée à d’autres troubles. C’est le cas pour l’acné où l’on observe une forte prévalence de stress, anxiété et dépression associée à des troubles fonctionnels intestinaux chez les personnes touchées. L’hypothèse actuelle pointe du doigt des interactions altérées au sein de l’axe « intestin-cerveau-peau » qui entretiendraient dysbioses et inflammations au niveau locale et systémique.

Un traitement sur-mesure

La prise en charge de l'acné dépend de sa sévérité et de son impact psychologique. Les traitements locaux et/ou les traitements par voie orale (antibiotiques ou isotrétinoïne), associés à une bonne hygiène de vie, donnent généralement de bons résultats. Cependant, avec l'émergence des résistances aux antibiotiques, la recherche d’alternative sûre et efficace est devenue nécessaire. Depuis quelques années, les probiotiques (application locale ou par voie orale) font l'objet d'études à visée thérapeutique. Certaines ont notamment montré les bénéfices de quelques souches de lactobacilles (Lactobacillus acidophilus et Lactobacillus paracasei) sur la barrière cutanée, la sensibilité de la peau, l’hydratation et les fonctions de l’épiderme.

Le nombre de personnes touchées par un lupus est difficile à évaluer. On estime que sa prévalence mondiale varie de 10 à 150 cas pour 100 000 habitants, dont la majorité sont des femmes (85 %).

Quand le système immunitaire s'attaque à ses propres cellules

Pour une raison encore inconnue, le système immunitaire des personnes atteintes de lupus produit des auto-anticorps qui provoquent des réactions inflammatoires et des lésions pouvant toucher tous les tissus. En résulte toute une palette de symptômes : fatigue, éruptions cutanées, douleurs articulaires, sécheresse oculaire, perte de cheveux, thrombose, fièvre, pleurésie ou péricardite. La maladie évolue par poussées, de durée et d'intensité variables, qui alternent avec des phases de rémission. Le diagnostic du lupus est confirmé par un bilan sanguin, tandis que l'étendue de l'atteinte est mesurée par des examens d'imagerie.

Des facteurs de prédisposition mais pas de cause connue

Si les causes du lupus restent mystérieuses, plusieurs facteurs de prédisposition ont été identifiés : les estrogènes, un terrain génétique, certains médicaments, les rayons UV, le stress, certains virus(virus d’Epstein-Barr). Des travaux examinent également le rôle du microbiote intestinal.En effet, un déséquilibre (dysbiose) a été observé chez des patients atteints de lupus lors d’une phase de rémission. Par ailleurs, le microbiote pourrait être impliqué dans la production d'auto-anticorps.

Réduire et espacer les poussées

Aucun médicament ne permet de guérir du lupus. Mais l'association de plusieurs molécules (anti-inflammatoires non stéroïdiens, antipaludéens, corticoïdes, immunosuppresseurs, anticorps monoclonaux - suivant la sévérité de la maladie) atténue les poussées, limite les complications et allonge les périodes de rémission. Parallèlement, un traitement de fond, plus léger, prévient les rechutes.

Si le rôle du microbiote est confirmé, sa modulation, via l'alimentation ou des probiotiques, pourrait devenir une piste thérapeutique prometteuse.

Environ 1 % de la population adulte souffre de polyarthrite rhumatoïde (PR), les femmes étant plus fréquemment touchées que les hommes.

Une maladie auto-immune évoluant par poussées

La PR est une maladie auto-immune évoluant par poussées, qui provoque une inflammation persistante des articulations, principalement des pieds et des mains. Gonflement, douleur et raideur des articulations sont les principaux symptômes. Sans prise en charge médicale, la PR s'étend à de nouvelles articulations et entraîne leur déformation voire leur destruction progressive.

Une prédisposition génétique associée à un déséquilibre du microbiote

S'il existe des gènes de prédisposition à la PR, ceux-ci ne suffisent pas à déclencher la maladie ; ils interagissent avec des facteurs environnementaux, parmi lesquels les microbiotes intestinal et buccal suscitent un intérêt croissant. En effet, les patients présentent des déséquilibres microbiens (dysbioses) très proches de ceux observés chez les patients atteints de maladies inflammatoires de l’intestin et qui s'atténuent avec le traitement.

Les probiotiques en thérapie adjuvante

Aucun traitement ne permet aujourd'hui de guérir la PR, mais il existe des moyens pour ralentir son évolution et soulager les symptômes : médicaments antidouleur, traitement de fond (immunosuppresseur ou biothérapie), rééducation (kinésithérapie, ergothérapie, balnéothérapie...) Depuis peu, le recours aux probiotiques comme thérapie complémentaire est considérée comme une approche prometteuse.

Alimentation, sédentarité et microbiote en cause

En 2012, la maladie coronarienne a provoqué 7,4 millions de décès selon l'OMS. Elle est le plus souvent une complication de l'athérosclérose. Il s’agit d’un dépôt progressif de graisses sur la paroi des coronaires, artères apportant le sang au muscle cardiaque. Ce dépôt forme peu à peu une plaque d’athérome qui rétrécit le diamètre des artères et diminue le flux sanguin. L’athérosclérose est due à divers facteurs dont une alimentation déséquilibrée et un manque d’activité physique.

La gravité de la maladie coronarienne dépend de l’étendue de la zone privée d’oxygène et de l'importance du rétrécissement artériel. On distingue ainsi : l'angine de poitrine, l'infarctus du myocarde et la mort subite.

Cœur et microbiote : un lien ?

La maladie coronarienne serait également liée à la nature du microbiote. Certaines bactéries intestinales produisent du TMA (trimethylamine ), une substance dont l'oxydation dans le foie favorise la formation de caillots capables de boucher les artères les plus fines, telles que les coronaires qui irriguent le cœur.

Revasculariser le muscle cardiaque

En phase aiguë (infarctus du myocarde), l'objectif du traitement est de déboucher l’artère touchée afin d’apporter de l’oxygène au muscle cardiaque. En prévention, l'implication du microbiote intestinal dans le développement de la maladie coronarienne laisse imaginer plusieurs applications thérapeutiques : l'enrichissement de la flore intestinale en bactéries non productrices de TMA via des probiotiques, l'élimination des bactéries productrices de TMA, ou, plus radical, la transplantation d’un microbiote fécal faiblement producteur de TMA.

Les plaques d’athérome, ou plaques de lipides constituées notamment de cholestérol, sont très fréquentes ; tous les adultes en sont porteurs. Leur épaississement peut obstruer la circulation sanguine, les organes ne sont plus suffisamment irrigués ce qui provoque des douleurs et des modifications du rythme cardiaque. Une réaction inflammatoire locale peut aboutir à la rupture de la plaque. Quand les plaques deviennent instables et se fissurent, les conséquences sont dramatiques : 80% des cas de mort subite en découlent. La rupture d’une plaque peut ainsi déclencher un infarctus du myocarde ou un accident vasculaire cérébral (AVC). S’il semble exister une susceptibilité génétique, des facteurs de risque ont été identifiés : l’excès de cholestérol et le tabac.

Les bactéries et l’alimentation en cause

Le microbiote intestinal pourrait contribuer à l’instabilité des plaques et donc à leur rupture. Certaines bactéries ainsi que les composés qu’elles libèrent provoqueraient une réaction inflammatoire qui causerait à terme la rupture de la plaque d’athérome. Une dysbiose, à savoir un déséquilibre de composition du microbiote, pourrait aussi augmenter le risque d’athérosclérose en cas de régime riche en lipides. Les bactéries semblent bien jouer un rôle important car il a même été montré que les infections et en particulier des infections des gencives (parodontites), sont des facteurs de risque d’athérosclérose.

De la prévention aux probiotiques

La prévention est cruciale : alimentation, perte de poids, arrêt du tabac… Par ailleurs, certains médicaments peuvent avoir une action bénéfique chez les personnes à haut risque souffrant d’athérosclérose. Des études sont menées pour savoir si des aliments ou des probiotiques, pourraient réduire le risque d’athérosclérose. Le régime méditerranéen est ainsi très bénéfique. Une nouvelle ère thérapeutique pourrait directement cibler l’intestin afin de contrôler le développement de la plaque d’athérome.

La schizophrénie touche environ 0,7 % de la population mondiale. Cette maladie psychiatrique se caractérise par la survenue de délires et d’hallucinations, un isolement social et des perturbations au niveau de la vie psychique. Elle se déclare le plus souvent chez l'adolescent et le jeune adulte entre 15 et 25 ans.

Implication de l’axe intestin-cerveau ?

La schizophrénie s’accompagne bien souvent de troubles gastro-intestinaux. En effet, le risque de survenue de maladies psychiatriques comme la schizophrénie serait associé à une inflammation chronique de l’intestin impliquant le système immunitaire. Son origine pourrait se trouver au niveau d’un déséquilibre du microbiote instestinal (flore intestinale) qui favoriserait cette inflammation. Des perturbations du microbiote ont été retrouvées chez des patients schizophrènes, associées aussi à une augmentation de la perméabilité de l'intestin (bactéries et autres substances qui passent dans la circulation sanguine au niveau de la paroi de l'intestin). Ces études laissent supposer l’existence d’un rôle-clé de l’axe intestin-cerveau dans le développement de la maladie.

Agir sur la composition du microbiote

A travers ces résultats, se dessinent des pistes de prévention et de traitement : rééquilibrer le microbiote afin de réduire l'inflammation chronique. Des études ont montré que l’administration de probiotiques pouvait avoir des propriétés anti-inflammatoires en jouant sur la réaction immunitaire sans qu'aucun traitement de ce type n'ait pu démontrer, à ce jour, leur efficacité sur la schizophrénie.