Efficacité vaccinale contre le SARS-CoV-2

Les vaccins sont administrés dans le but de stimuler à la fois le système immunitaire inné et le système immunitaire adaptatif. Un biomarqueur fréquent d’immunité et de protection durables contre le SARSCoV- 2 est la réponse anticorps. Pour des raisons encore mal comprises, les réponses anticorps à la vaccination contre le SARS-CoV-2 sont très variables entre les différentes personnes [1]. Sur la base des résultats des essais cliniques, l’efficacité des vaccins autorisés est comprise entre 60 et 92 % contre les souches originales de SARS-CoV-2, mais la protection induite par le vaccin contre les variants préoccupants du SARS-CoV-2 (c’est-à-dire, alpha, bêta, delta et gamma) semble inférieure [2]. L’hétérogénéité des réponses vaccinales entre les personnes, la réduction de l’efficacité du vaccin avec les variants préoccupants et la décroissance potentielle de l’efficacité vaccinale avec le temps mettent tous en péril les efforts continus déployés pour contrôler la propagation du SARS-CoV-2. Par conséquent, mieux comprendre les facteurs déterminant les variations d’efficacité du vaccin contre le SARS-CoV-2 à court et à long terme est fondamental.

Facteurs impactant l'immunogénicité du vaccin

Les réponses immunitaires variant considérablement alors que chacun reçoit la même dose normalisée de vaccin, il est très probable que des facteurs autres que le type de vaccin influent sur l’efficacité vaccinale. Des données de plus en plus nombreuses tendent à indiquer que des facteurs comme l’âge, les maladies chroniques, les comportements inadaptés sur le plan de la santé, la dépression et le stress ont un impact sur la capacité du système immunitaire à répondre aux vaccins (Figure 1) [3-5]. Ces constatations ont été faites à travers plusieurs types de vaccins et il est donc probable qu’elles soient applicables aux vaccins contre le SARS-CoV-2. Il est intéressant de noter qu’il a également été montré que la plupart des facteurs mentionnés ci-dessus ont un impact sur la composition et la capacité fonctionnelle du microbiome intestinal. Il est donc plausible qu’une dysbiose du microbiome intestinal déterminée par des facteurs liés à l’hôte soit impliquée dans les divergences de réponses vaccinales observées.

Cibler le microbiome intestinal pour accroître l'efficacité vaccinale ?

Le microbiote intestinal est un ensemble de bactéries, de champignons, de virus et d’archées qui résident dans le tractus gastro-intestinal et ont évolué conjointement avec leur hôte au fil du temps. Ces microbes accomplissent de nombreuses fonctions importantes, dont l’une est de réguler les réponses immunitaires locales et systémiques. Il est intéressant de souligner que certains profils du microbiote intestinal (c’est-à-dire, abondance supérieure d’actinobactéries, de Clostridium cluster XI et de protéobactéries) ont été associés à une immunogénicité vaccinale supérieure contre des infections virales telles que le VIH, la grippe et le rotavirus [6-8]. Une étude récente a indiqué qu’une perturbation spécifique des antibiotiques du microbiome intestinal (c’est-à-dire, dysbiose) conduisait à une altération de la neutralisation des anticorps induits par le vaccin antigrippal, ainsi qu’à des concentrations plus faibles de réponses anticorps induites par le vaccin [9]. Une autre étude utilisant un traitement antibiotique et des souris exemptes de germes a démontré que la détection d’un composant de motilité bactérienne (la flagelline) par un récepteur situé sur les cellules immunitaires (toll-like receptor 5 [TLR5]) était nécessaire pour déclencher une réponse vaccinale robuste [8]. Cette étude, ainsi que d’autres études similaires [10], démontrent le rôle important joué par le microbiote intestinal dans l’efficacité vaccinale (Figure 1). Toutefois, aucune étude menée jusqu’à maintenant n’a évalué l’impact du microbiote intestinal sur l’efficacité du vaccin contre le SARS-CoV-2. Par conséquent, de futures recherches déterminant si des signatures spécifiques du microbiote intestinal ont un impact sur l’efficacité du vaccin contre le SARS-CoV-2, sont essentielles. En outre, des traitements ciblant le microbiome, c’est-à-dire par prébiotiques et probiotiques [11], pourraient être utilisés en tant qu’adjuvant vaccinal (un agent utilisé pour accélérer, stimuler et/ou prolonger des réponses immunitaires spécifiques d’un anticorps) afin d’accroître l’immunogénicité du vaccin contre le SARS-CoV-2. Spécifiquement, il a été montré que l’administration intra-nasale de bactéries à acide lactique (par exemple, Bifidobacterium et Lactobacillus) accroît la résistance aux infections virales et améliore l’efficacité du vaccin antigrippal [12, 13] ; par conséquent, des bactéries vivantes (probiotiques) pourraient stimuler les réponses immunitaires spécifiques du vaccin de rappel lorsqu’elles sont administrées simultanément avec les vaccins contre le SARS-CoV-2.

INTRODUCTION

L’affection intestinale fonctionnelle la plus fréquente, le syndrome de l’intestin irritable (SII), est caractérisée par une douleur ou une gêne abdominale et elle est associée à des modifications de la fréquence et/ou de la consistance des selles, sans anomalies structurelles ou biochimiques identifiables indiquant une maladie organique lors des examens de routine [1, 2]. Mis à part la douleur abdominale, les patients indiquent également d’autres symptômes gastro-intestinaux comme des ballonnements, une distension abdominale et une flatulence. Le SII peut être divisé en différents soustypes, sur la base de la consistance dominante des selles : SII -C (constipation prédominante), SII-D (diarrhée prédominante) et SII-M (mixte avec alternance de diarrhée et de constipation). Du point de vue physiopathologique, le SII est considéré comme une affection hétérogène et différents mécanismes ont été impliqués, notamment une dysmotilité gastro-intestinale, une hypersensibilité viscérale, une dysfonction de l’axe cerveau-intestin et, plus récemment, des modifications de la composition et de la gestion des sels biliaires, une inflammation de bas grade, une activation immunitaire de la muqueuse et une altération du microbiote intestinal [3].

Au cours de la dernière décennie, l’intérêt pour le rôle du microbiote intestinal dans le SII a connu une hausse majeure. La communauté microbienne de l’intestin accomplit un certain nombre de fonctions, intervenant notamment dans le métabolisme des polysaccharides non digestibles, l’absorption de certains nutriments et ions, la capture et le dépôt des lipides alimentaires, la régulation du métabolisme de l’acide biliaire et la production de vitamines tels que les folates, la biotine et la vitamine K [3, 4]. En compétition avec les agents pathogènes microbiens, elle renforce la protection de la barrière gastro-intestinale. Tout en interagissant intensément avec la muqueuse, le microbiote intestinal affecte également le système immunitaire et la signalisation intestin-cerveau de l’hôte [5]. Ces propriétés variées identifient le microbiote intestinal comme un facteur contributif majeur potentiel à la physiopathologie et comme une cible intéressante pour le traitement du SII.

En effet, de nombreux mécanismes associés à l’écosystème microbien intestinal ont été identifiés dans les études sur la physiopathologie du SII. Ils ont conduit à des arguments et des observations variables pour soutenir la pertinence de ces candidats mécanismes individuels. Afin de progresser dans ce secteur, il est nécessaire d’identifier le niveau de pertinence de ces processus physiopathologiques supposés, car cela améliorerait les connaissances et pourrait permettre d’établir la priorité des cibles pour l’innovation ou l’optimisation thérapeutique. Il y a quelques années, un groupe d’experts internationaux a développé cinq critères de plausibilité pour les mécanismes dans les affections gastro-intestinales fonctionnelles comme le SSI [6]. Ils reposent sur des aspects tels que la présence, l’association temporelle, la corrélation entre le niveau d’altération et la sévérité des symptômes, l’induction chez les sujets sains et la réponse au traitement (ou antécédents naturels congruents, si aucun traitement n’est possible) (Figure 1). Les sections qui suivent évalueront l’hypothèse avancée impliquant une modification du microbiote intestinal en tant que mécanisme dans la génération et la présentation des symptômes de SSI (Tableau 1). Les connaissances actuelles concernant le microbiote intestinal dans le SII sont résumées et des domaines de recherche pour l’avenir sont identifiés.

^{Figure 1
Critères de plausibilité pour les mécanismes physiopathologiques dans les troubles associés au SSI sur la base d’une publication consensus [6], pouvant être appliqués pour le rôle des mécanismes microbiens intestinaux dans la pathogenèse des symptômes du SII.}

Plausibilité d'un rôle physiopathologique du microbiote intestinal dans le SII

Présence d'un microbiote intestinal altéré dans le SII (A)

Le premier critère de plausibilité est que des modifications du microbiote intestinal sont trouvées dans au moins un sous-ensemble de patients présentant un SII [6]. Plusieurs études ont évalué la présence et le type des altérations du microbiote intestinal dans le SII par rapport à des contrôles sains. Pittayanon et ses collègues ont publié en 2019 une revue systématique de 24 études tirées de 22 publications comparant le microbiote intestinal de patients avec SII (principalement adultes) avec le microbiote d’individus sains [7]. Ils ont conclu que la famille Enterobacteriaceae, la famille Lactobacillaceae et le genre Bacteroides teroides étaient augmentés, tandis que Clostridiales I, le genre Faecalibacterium et le genre Bifidobacterium étaient diminués chez les patients avec SII par rapport aux contrôles [7]. Si ces observations plaident en faveur d’un microbiote altéré dans le SII, les observations présentent une hétérogénéité majeure entre les différentes études, les tailles d’échantillon sont généralement petites et la plupart des études ont eu lieu dans des services de soins spécialisés. En outre, dans un grand nombre d’études, les statistiques ne comportaient pas de correction pour les multiples et ne tenaient pas compte des facteurs alimentaires et de la précédente utilisation de probiotiques ou d’antibiotiques. En outre, il n’a pas été observé de différences constantes entre les sous-types de selles dans le SII [7]. La proportion de patients atteints de SSI chez qui une composition altérée du microbiote intestinal peut être identifiée n’est pas claire.

Association temporelle du microbiote intestinal altéré avec les symptômes de SSI (B)

La meilleure preuve d’une association temporelle entre les modifications du microbiote intestinal et les symptômes de SSI peut être dérivée de l’entité clinique de SII post-infection (PI) [8]. Environ 10 % of des patients présentant une entérite infectieuse développent un SSI-PI, avec pour facteurs de risque le sexe féminin, un jeune âge, une détresse psychologique au moment de la gastro-entérite et la sévérité de l’infection aiguë. Le développement d’un SII-PI est associé à des modifications du microbiome intestinal, ainsi qu’à des altérations de la muqueuse (inflammation de bas grade, hyperplasie cellulaire entéro-endocrine) [8]. Toutefois, les modifications du microbiote dans le SII-PI semblent différer de celles décrites chez les patients présentant un SII en général.

Corrélation entre le niveau de modification du microbiote intestinal et la sévérité des symptômes de SSI (C)

Très peu d’études ont essayé de corréler la sévérité des symptômes de SSI avec le degré de modification de la composition du microbiote intestinal, également désignée par « dysbiose ». La plupart d’entre elles n’ont pas réussi à identifier de corrélations significatives entre les différences d’abondance ou de composition du microbiote fécal et la sévérité des symptômes de SSI [7, 9]. Dans un large ensemble de données de patients présentant un SSI, le groupe Gothenburg a utilisé l’apprentissage machine pour identifier une signature microbienne intestinale capable de prédire la sévérité des symptômes de SSI [9], suggérant une relation quantitative entre les altérations du microbiote intestinal et la sévérité du SSI. Toutefois, une confirmation est nécessaire à travers d’autres études, qui devraient peut-être inclure des échantillons de patients de soins non tertiaires, où la variation de la sévérité des symptômes pourrait être supérieure.

Induction de symptômes de SII chez des sujets sains à travers des modifications du microbiote intestinal (D)

Le quatrième critère de plausibilité, tel que décrit dans le manuscrit initial [6], est l’un des plus difficiles à remplir. Il existe très peu de données adaptées pour les différents candidats mécanismes physiopathologiques, et cela s’applique également aux altérations du microbiote intestinal en tant que mécanisme. L’observation soutenant le plus ce critère est probablement dérivée du développement du SSI après traitement d’une infection non gastro-intestinale par des antibiotiques systémiques [10]. La nature de la perturbation du microbiote intestinal après l’administration d’antibiotiques, et le degré de similarité avec le microbiote intestinal dans le SSI, sont toujours inconnus.

Réponse au traitement ciblant la composition du microbiote intestinal (E)

Cette section est la plus largement étudiée en ce qui concerne les critères de plausibilité de la composition altérée du microbiote intestinal en tant que mécanisme physiopathologique dans le SSI. Un élément de preuve est l’effet thérapeutique bénéfique des antibiotiques peu absorbables, ciblant clairement le microbiote intestinal [11, 12]. Deux études menées avec la néomycine et cinq essais avec la rifaximine ont montré l’efficacité de ces antibiotiques à large spectre peu absorbables chez des patients atteints de SII non constipés [11-14]. En outre, un essai évaluant la sécurité et l’efficacité du traitement répété par rifaximine a confirmé également la faisabilité de ce traitement en cas de récidive des symptômes [15].

Les probiotiques sont définis comme des préparations de microorganismes vivants conférant un bénéfice à l’hôte en termes de santé lorsqu’ils sont administrés en quantités adéquates. Plusieurs méta-analyses ont confirmé l’efficacité des probiotiques, en tant que groupe, pour améliorer les symptômes de SII [11, 16]. Toutefois, l’hétérogénéité des plans d’étude et des critères d’évaluation, et la rareté relative des études utilisant des types de probiotiques spécifiques, empêchent de tirer des conclusions robustes au niveau des préparations individuelles. En revanche, les prébiotiques, des substrats qui sont utilisés de manière sélective par les micro-organismes de l’hôte et lui confèrent bénéfice sanitaire, n’ont pas montré d’efficacité pour améliorer les symptômes de SII sur la base des récentes méta-analyses [11, 17].

La transplantation de microbiote fécal est probablement le moyen le plus direct de cibler le microbiote intestinal pour le contrôle des symptômes dans le SII [18]. Les études menées jusqu’à maintenant ont conduit à des résultats très variables, d’une absence d’effet à un bénéfice symptomatique, mais aussi à une aggravation des symptômes, générant des conclusions contradictoires dans les méta-analyses [19, 20]. Toutefois, les études récentes ont montré des modifications induites par la TMF de la composition du microbiote intestinal associées avec un bénéfice symptomatique (transitoire) et ont impliqué la sélection du donneur en tant qu’aspect critique [21, 22].

^{TABLEAU 1
Résumé du respect des critères de plausibilité pour le microbiote intestinal altéré dans le SSI.}

Problèmes non résolus et futures études

Ensemble, les modifications de la composition du microbiote intestinal semblent remplir les critères de plausibilité en termes de pertinence physiopathologique dans le syndrome de l’intestin irritable [6]. Les observations sont résumées dans la Figure 2. Toutefois, il existe un besoin clair de connaissances et de recherches supplémentaires. D’autres études quantitatives et mieux contrôlées caractérisant le microbiote intestinal dans le SII, incluant de préférence de larges cohortes de patients issus également de soins primaires. Cela permettra une meilleure compréhension des modifications du microbiote intestinal dans le SII à tous les niveaux de soins et potentiellement de confirmer une corrélation entre l’ampleur des modifications de la composition du microbiote intestinal et la sévérité des symptômes de SSI. En outre, des études longitudinales sur le SII devront établir la relation temporelle entre les modifications du microbiote intestinal et les caractéristiques et la sévérité des symptômes avec le temps, dans le cadre d’un essai thérapeutique ou en dehors.

Il existe un besoin continu d’essais de qualité supérieure sur les probiotiques dans le SSI, utilisant des durées de traitement appropriées et des critères d’évaluation validés, similaires à ceux conduits pour les agents pharmacologiques. Enfin, de nombreuses données nouvelles sur l’utilisation de la TMF dans le SSI sont attendues, avec le potentiel de clarifier les meilleurs modalités et l’efficacité de cette option de traitement.

^{Figure 2
Importance physiopathologique des modifications du microbiote intestinal dans le syndrome de l’intestin irritable.
La composition normale du microbiote intestinal reflète l’état de santé, sans symptômes du SII. Des événements aigus, tels qu’une gastro-entérite aiguë ou la prise d’antibiotiques systémiques, peuvent altérer la composition du microbiote intestinal, entraînant des symptômes de SII les symptômes du SII. Ce phénomène peut être corrigé par l’utilisation d’antibiotiques non absorbables, de probiotiques ou par une transplantation de microbiote fécal.}

Cause majeure de cécité, d’insuffisance rénale, d’accidents cardiovasculaires, et d’amputation¹, le diabète est une maladie grave qui apparaît lorsque le pancréas ne produit pas suffisamment d’insuline (diabète de type 1²), ou, dans la majorité des cas, quand l’organisme développe une résistance à cette hormone (diabète de type 2, DT2³). Alors que le nombre de cas de diabète a quadruplé ces 40 dernières années, touchant désormais plus de 420 millions de personnes dans le monde¹, pouvoirs publics et organisations internationales se mobilisent pour améliorer l’accès aux soins. Une journée mondiale se tient tous les 14 novembre depuis 1991 pour sensibiliser les populations à la maladie.

Un microbiote spécifique en cas de DT2…

Dans ce contexte, les chercheurs se démènent pour identifier aussi bien les facteurs en cause que ceux à même de prévenir la maladie. Parmi ces facteurs, le microbiote intestinal reçoit de plus en plus d’attention. Et pour cause : sa composition a été associée au risque de DT2 dans plusieurs études. Dans la dernière en date, des chercheurs ont sorti l’artillerie lourde et sont parvenus à réunir plus de 2 000 participants (contre quelques centaines au plus dans les précédentes études) afin de comparer le microbiote des sujets atteints à celui des sujets non atteints.

… déjà modifié aux stades précoces

Les résultats sont édifiants : on observe moins de cas de DT2 chez les personnes dont le microbiote est diversifié et riche en certaines bactéries, capables de produire un acide gras à chaîne courte particulier, le butyrate (sidenote: AGCC Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu. Ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Sources:
Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. ) , un composé aux effets bénéfiques sur le métabolisme, l’activité des cellules et aux propriétés anti-inflammatoires. Les chercheurs ont fait encore plus fort, puisqu’ils ont montré, pour la première fois, que ces personnes sont aussi moins concernées par l’insulino-résistance (sidenote: Résistance à l’insuline Réponse altérée des cellules à l’action de l’insuline (hormone qui aide le corps à utiliser le sucre comme énergie), l’insulino-résistance se traduit par une mauvaise régulation du taux de sucre dans le sang. Sources :
Inserm. La résistance à l’insuline, une histoire de communication. 2018. 
Centers for disease control and prevention. Diabetes - Resources and Publications -Glossary  ) , un phénomène qui apparaît de façon très précoce au cours du développement du DT2. Plus concrètement ? Le microbiote a déjà des caractéristiques spécifiques aux stades précoces du développement de la maladie.

Ces résultats particulièrement encourageants apportent une nouvelle pierre à l’édifice dans la compréhension des facteurs impliqués dans le développement de la maladie. Mieux, ils pourraient ouvrir la voie à de nouveaux traitements ciblés, pour des patients toujours plus nombreux.

Si des études ont déjà rapporté des associations entre le microbiote intestinal et le diabète de type 2 (DT2), elles n’ont porté que sur des échantillons limités et les taxons impliqués restent encore sujets à débat (résultats pas toujours reproduits, manque de puissance, etc.). C’est pourquoi des chercheurs ont entrepris une étude d’ampleur, réunissant 2 166 sujets issus de 2 cohortes néerlandaises, sur les associations entre la composition du microbiote intestinal – analysée par amplification et séquençage de l’ARN 16s bactérien présent dans les selles – et le DT2 – cas objectivés par 2 médecins à partir des critères de l’OMS (glycémie, prise de médicament anti-diabète…).

Bien que transversales (i.e. données sur le microbiote et le DT2 recueillies en même temps), les analyses ont été ajustées sur de nombreux facteurs de confusion : apport énergétique, indice de masse corporelle, niveau d’éducation... Autre force et aspect novateur de l’étude : mesurer les associations entre le microbiote et l’insulino-résistance (IR), établie à partir de la glycémie et de l’insulinémie à jeun, un marqueur subclinique signant une étape précoce de la pathogénèse du DT2.

La diversité du microbiote, facteur protecteur ?

Plusieurs index mesurant la diversité α (sidenote: Diversité α Une mesure indiquant la diversité d'un échantillon unique, soit le nombre d’espèces différentes présentes chez un individu. Hamady M, Lozupone C, Knight R. Fast UniFrac: facilitating high-throughput phylogenetic analyses of microbial communities including analysis of pyrosequencing and PhyloChip data. ISME J. 2010;4:17-27. https://www.nature.com/articles/ismej200997 )  du microbiote étaient associés à une moindre IR ainsi qu’à une prévalence réduite de DT2. La diversité β (sidenote: Diversité β Une mesure indiquant la diversité des espèces entre les échantillons, elle permet d’évaluer la variabilité de la diversité du microbiote entre les sujets. Hamady M, Lozupone C, Knight R. Fast UniFrac: facilitating high-throughput phylogenetic analyses of microbial communities including analysis of pyrosequencing and PhyloChip data. ISME J. 2010;4:17-27. https://www.nature.com/articles/ismej20099 )  était quant à elle associée à l’IR. Enfin, l’abondance de 7 taxons – appartenant aux familles des Christensenellaceae et des Ruminococcaceae ou au genre Marvinbryantia – était associée à un risque réduit d’IR et l’abondance de 5 autres taxons – familles des Clostridiaceae, Peptostreptococcaceae, ou genres Clostridium sensu stricto, Intestinibacter et Romboutsia – à un moindre risque de DT2.

Des taxons producteurs de butyrate qui réduisent les risques de DT2

Ces 12 taxons, dont 10 sont associés pour la première fois à un risque réduit de DT2 ou d’IR, sont connus pour produire du butyrate, un acide gras à chaîne courte issu de la dégradation des fibres alimentaires par les bactéries. Augmentation de l’activité mitochondriale, amélioration du métabolisme énergétique, réduction de l’endotoxémie et de l’inflammation sont autant de mécanismes avancés pour expliquer ses effets. Toutefois, son rôle dans le métabolisme du glucose et la prévention du diabète reste à valider par des études ad hoc.

Ainsi, les associations mises en évidence entre, d’une part, la diversité du microbiote et l’abondance de bactéries produisant du butyrate, et d’autre part, des risques plus faibles d’IR et de DT2, apportent un nouvel éclairage dans l’étude de l’étiologie, de la pathogénèse, et du traitement du DT2.

Dès lors que l’on plonge dans l’infiniment petit qui peuple notre corps, il est des mots de vocabulaire qui pointent invariablement le bout de leur nez sans forcément être clairement définis… ou utilisés de manière idoine. Quelques définitions s’imposent donc.

De l’ancêtre flore…

Le terme de flore est sans doute le plus ancien. Il se référait d’ailleurs en général au système digestif (on parlait de flore intestinale) et désignait, selon les termes du Larousse médical, l’« ensemble de germes qui existent normalement dans l'intestin ». A cette époque, on pensait que cette flore contenait surtout des bactéries¹. Donc lorsque l’on écrivait « flore », on se référait en général à la population bactérienne nichant dans nos entrailles.

… au microbiote contemporain

La science progressant, cette vision de la « flore » s’est avérée bien trop simpliste. D’une part, notre système digestif est loin de n’héberger que des bactéries : y vivent aussi des virus, des champignons (dont les levures), des parasites²….

(et non, le pipi n’est pas stérile !) -pour ne citer qu’eux- disposent chacun d’une « flore »³…

Petit à petit, s’est donc imposé un autre terme : celui de « microbiote » qui désigne sans ambiguïté toutes les communautés de micro-organismes (et pas seulement les bactéries). Sachant qu’on lui adjoint toujours un adjectif précisant sa localisation (microbiote cutané, buccal, etc.). Car, évidemment, chacun de ces microbiotes à ses propres caractéristiques en termes de micro-organismes présents.

Et le microbiome ?

Parfois, la différence ne tient qu’à un fil, ou plutôt une lettre. Ainsi, seule une lettre sépare le « microbiote » du « microbiome ». Et pourtant, ces deux termes sont de faux amis. Si le premier désigne la population installée dans une zone spécifique de notre organisme (telles bactéries, tels virus…), le second recouvre une toute autre réalité : le matériel génétique de cette communauté prise dans son ensemble, autrement dit tout ce que ses microorganismes savent faire (produire telles molécules, fabriquer tels types de membranes). Un peu comme si on mettait tous les organismes d’un microbiote dans un mixeur pour oublier chaque individualité et ne considérer que le matériel génétique de cette soupe de micro-organismes. Si l’on devait faire une comparaison avec un village, le microbiote serait la liste des habitants et le microbiome la liste de ce que tous les individus collectivement savent faire (fabriquer du pain, construire une maison…).

Une dysbiose cutanée et intestinale, ainsi qu’un dérèglement du système immunitaire, ont été observés au cours du développement de la dermatite atopique, une maladie complexe et multifactorielle⁸.

L’axe de communication bidirectionnel entre l’intestin et les poumons, appelé « axe intestin-poumon » exerce une influence sur l'état immunitaire des deux organes.

Les microbiotes pulmonaire et intestinal exercent l’un sur l’autre une influence mutuelle et peuvent avoir un impact sur les maladies respiratoires⁴.

Le microbiote joue un rôle critique dans le développement et l’éducation des différents éléments des systèmes immunitaires inné et adaptatif de l'hôte. De son côté, le système immunitaire régule le fonctionnement de la symbiose entre hôte et microbiote. Il est essentiel de maintenir l’homéostasie entre le microbiote intestinal et le système immunitaire car certains facteurs déterminants qui interfèrent avec l’établissement du microbiote intestinal du nouveau-né (antibiotiques...) peuvent avoir des conséquences néfastes pour la santé¹.

Quels sont les facteurs qui déclenchent les poussées inflammatoires ? 

Les poussées inflammatoires peuvent être déclenchées par de multiples facteurs: le stress, la pollution, le froid, l’humidité, certains allergènes (pollen), certains médicaments, les vêtements en laine, ainsi que certains cosmétiques à base de plantes ou d’huiles essentielles.

Que savons-nous des liens entre la dermatite atopique, le microbiote et l'immunité ?

Sur le plan physiopathologique, la DA se caractérise par une altération de la barrière cutanée, une dysbiose cutanée et intestinale, ainsi qu’un dérèglement du système immunitaire accompagné d’une activation des lymphocytes Th2. Ce dérèglement du système immunitaire entraîne un déferlement de cytokines qui provoque à son tour les réactions inflammatoires².

Une altération de la barrière cutanée est le point de départ d’une dysbiose du microbiote cutané caractérisée par une réduction de la diversité bactérienne et la prolifération de Staphylococcus aureus. La pénétration des allergènes donne lieu à l’activation des kératinocytes et à la production d’interleukines (IL-33, IL-25, TSLP) ayant pour conséquence la différenciation des lymphocytes Th2. Ceux-ci vont sécréter à leur tour des cytokines pro-inflammatoires (IL-4, IL-5 et IL-13) caractéristiques d’une inflammation de type 2 (Fig 9). Ces cytokines activent directement les nerfs sensoriels, déclenchant ainsi le prurit.

Dans le cas de lésions chroniques, la barrière cutanée se répare mal et s’épaissit sous l’effet de chronique. On observe également une augmentation progressive des cytokines et des lymphocytes Th (Th1, Th2, Th22) qui sécrètent des cytokines contribuant à la destruction des kératinocytes. Enfin, une dysbiose intestinale interviendrait dans le mécanisme physiopathologique de la maladie³. 

Que vous ont apporté les récentes découvertes sur le microbiote ?  Votre pratique a-t-elle évolué ?

Les récentes découvertes sur le microbiote m’ont amené à mieux saisir l’importance de maintenir ou réparer la barrière cutanée pour contrôler l’inflammation. En cas de traitement systémique, je propose à mes patients d’utiliser du gel nettoyant qui respecte le pH de la peau (pH ~ ~5, éviter les produits ayant un pH basique), d’utiliser une crème hydratante et des produits cosmétologiques adaptés. La recherche aide également à mieux comprendre le système immunologique cutanée qui respecte la biologie de la peau.

Que pensez-vous de l'utilsiation de probiotiques pour le traitement de la DA ou la prévention des rechutes ? 

Il existe de nombreuses façons de rééquilibrer le microbiote cutané en cas de DA (probiotiques, prébiotiques, symbiotiques, etc.)⁵ mais c’est l’approche post-biotique qui me semble être la plus intéressante. Il s’agit d’une préparation de micro-organismes inanimés et/ou de leurs composants qui confère un avantage pour la santé de l'hôte⁶. Ils peuvent être utilisés pour restaurer la barrière cutanée, ils exercent une action anti-inflammatoire pour permettre aux bactéries de recoloniser : il s’agit donc d’une action de fond sur le microbiote. L’approche des probiotiques ou prébiotiques par voie orale est également intéressante pour réguler le système intestinal, celui-ci étant un immunomodulateur global du système immunitaire⁷.

Depuis le début de la pandémie de COVID-19, jamais le besoin d’une immunité solide et durable induite par les vaccins n’avait été si évident²⁰. Pourtant, les réponses immunitaires induites par les vaccins sont extrêmement variables d’un individu à un autre et de nombreuses hypothèses concernant les facteurs pouvant altérer l’immunogénicité et l’efficacité des vaccins ont été avancées (Fig 8)²¹. C’est pourquoi il est important de mieux comprendre les facteurs pouvant impacter l'efficacité des vaccins.

Le microbiote intestinal serait un des facteurs pouvant impacter l'efficacité des vaccins ²¹. Certaines signatures du microbiote intestinal (abondance accrue de Actinobacteria, Clostridium cluster XI et Proteobacteria) sont associées à des réponses plus fortes aux vaccins contre d’autres infections virales telles que le VIH et le rotavirus^22-26. Par ailleurs, une étude récente indique que la dysbiose intestinale induite par la prise d’antibiotiques provoque une altération des réponses vaccinales contre la grippe, par exemple, une réduction de la neutralisation du virus par les anticorps et la diminution des titres d’anticorps produits en réponse à la vaccination²⁷. Cette étude et d’autres similaires apportent la preuve du rôle important que joue le microbiote intestinal dans l’efficacité des vaccins^23,28.

À ce jour, aucune étude ne s’est intéressée à l’impact éventuel du microbiote intestinal sur l’efficacité des vaccins contre le SARS-CoV-2. Les individus présentant une dysbiose intestinale semblent toutefois être exposés à un risque accru de développer des réponses relativement faibles aux vaccins. Les recherches futures visant à déterminer si des signatures spécifiques du microbiote intestinal affectent l’efficacité des vaccins contre le SARS-CoV-2 revêtiront donc une importance capitale.