C’est un régime aujourd’hui unanimement préconisé par les sociétés savantes internationales de cardiologie et de diabétologie^2,3,4. Etudes épidémiologiques à l’appui, le régime méditerranéen est associé à une meilleure santé générale et une réduction significative des risques cardiométaboliques.  Des travaux récents vont plus loin et suggèrent un bénéfice supplémentaire sur la morbi-mortalité de la diminution des protéines et graisses animales au profit de leurs équivalents végétaux (noix, graines, huile d’olive…) dans le régime méditerranéen.

Green-Med, un régime tablant sur les végétaux et leurs polyphénols

Des chercheurs ont réalisé une étude corroborant ces résultats tout en apportant une meilleure compréhension du rôle du microbiote dans ces effets. Ils ont randomisé 294 participants issus de la cohorte DIRECT-PLUS⁵ de plus de 30 ans (88 % d’hommes) présentant une obésité abdominale et/ou une dyslipidémie en trois groupes : recommandations d’alimentation saine standard, régime méditerranéen et « Green-Med », un régime méditerranéen « optimisé ». Le Green-Med intègre de la lentille d’eau Mankai (100 g par jour), une plante asiatique riche en fibres et en protéines végétales permettant de diminuer la part des viandes, et du thé vert (3 à 4 tasses par jour). Les auteurs ont mis en avant la teneur élevée de ces aliments en polyphénols, capables de modifier la structure taxonomique du microbiote intestinal et d’intervenir sur le métabolisme des graisses⁶. Tous deux supplémentés en noix (28g par jour), les deux régimes méditerranéens étaient isocaloriques et restrictifs (1500 à 1800 kcal pour les hommes et 1200 à 1400 kcal pour les femmes). Les trois groupes ont associé le régime à la pratique d’une activité physique modérée.

Des modifications dans la structure et l’activité enzymatique du microbiote

Des échantillons fécaux des participants ont été collectés et analysés par séquençage à l’inclusion et à 6 mois. Tous les sujets présentaient des modifications de la structure de leur microbiote intestinal. Le Green-Med a conduit à des changements encore plus substantiels, principalement dans ses espèces rares (<50 %), propres à chaque personne et influencées par l’alimentation. Il a engendré spécifiquement une augmentation des Prevotella, signant l’adhésion à une diète « végétarienne », et une diminution des Bifidobacteria, reconnue pour améliorer l’index glycémique alimentaire et faciliter la perte de poids. Les chercheurs ont également constaté une réduction de la biosynthèse des acides aminés branchés (ou ramifiés), des métabolites impliqués dans l’obésité et la résistance à l’insuline. 

Des résultats supérieurs sur le poids et les marqueurs cardiométaboliques

Le Green-Med s’est montré plus efficace en termes de perte de poids (-6,5 % vs -5,4 % pour le régime méditerranéen et -1,58 % pour le régime standard). De plus, des améliorations suivant une tendance similaire ont été observées sur des marqueurs du risque cardiovasculaire, avec une diminution du score de Framingham, du tour de taille, de la pression artérielle moyenne, de résistance à l’insuline et du taux plasmatique de leptine.

Selon les modélisations des chercheurs, ces bénéfices sont en partie liés à l’impact des changements du microbiote engendrés par le Green-Med, contribuant par exemple à 12% de la perte de poids et à 18% dans la réduction du score de Framingham.

Qu’est-ce que la bourse nationale vous a permis de découvrir dans votre domaine de recherche sur le microbiote?

En utilisant un modèle de stress postnatal chez des animaux « contaminés », qui permet une approche de l’étude de l’axe microbiote-intestin-cerveau plus pertinente du point de vue translationnel, nous avons pu déterminer que la greffe fécale chez des animaux adultes parvient à inverser les conséquences comportementales, métaboliques et neuroendocriniennes du stress auquel ils ont été exposés dans leur jeune âge.

Quelles sont les conséquences de cette découverte pour le patient ? 

À notre connaissance, il s’agit là de la première étude visant à concevoir des traitements centrés sur le microbiote et destinés à des adultes déjà atteints de maladies mentales, métaboliques et neuroendocriniennes en raison du stress subi au cours de l’enfance. Bien que l’importance des traitements préventifs comme les probiotiques chez les enfants soit indéniable, ces interventions ne sont guère pertinentes dans les pays en développement qui sont déjà en proie aux effets dévastateurs du stress auquel les personnes ont été exposées plusieurs dizaines d’années auparavant. Des données recueillies récemment au sein de notre laboratoire montrent qu’au Mexique, 90% des personnes de 35 à 65 ans soignés dans les établissements publics ont connu des expériences traumatisantes au cours de leur enfance. Il existe un lien entre celles-ci et la forte prévalence de dépression et de maladies métaboliques que nous observons au cours de notre pratique clinique. C’est pourquoi l’évaluation de l’efficacité de la greffe fécale sur des modèles animaux cliniquement pertinents, par exemple, des animaux « contaminés », nous permettra de définir et d’affiner de nouvelles stratégies ayant un potentiel translationnel pour le traitement de la dépression et des maladies métaboliques chez l’adulte. 

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À votre avis, quel est la principale avancée scientifique de ces dernières années en lien avec le microbiote ? 

Selon moi, l’avancée la plus importante dans le domaine de la recherche sur le microbiote au cours des dernières années est la reconnaissance du rôle du microbiote intestinal dans un certain nombre de domaines très différents de notre santé, y compris la santé mentale. La découverte du fait que l’équilibre ou le déséquilibre du microbiote est un facteur déterminant de la santé ou de la maladie au niveau systémique et pas seulement dans l’intestin humain constitue une avancée majeure de la science moderne.

Pensez-vous que l’on assiste récemment à un regain d’intérêt pour le microbiote ? 

Cela ne fait aucun doute. Le microbiote humain et la recherche sur le microbiote sont des questions qui suscitent un grand intérêt aussi bien parmi le public en général qu’au sein de la communauté scientifique. 

Quel conseil pourriez-vous nous donner pour prendre soin de notre microbiote ? 

Mon conseil serait de préserver l’équilibre et la diversité du microbiote en consommant régulièrement des aliments fermentés tels que des yaourts, du vin, de la bière, du thé kombucha, des cornichons, entre autres. 

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Qu’est-ce que la bourse nationale vous a permis de découvrir dans votre domaine de recherche sur le microbiote?

Créer un modèle microphysiologique permettant d’étudier les interactions entre les cellules épithéliales digestives et le microbiote anaérobie provenant d’échantillons de patients.

Quelles sont les conséquences de cette découverte pour le patient ?

Pour le moment, le modèle permet aux chercheurs de mieux comprendre la physiopathologie de l’inflammation intestinale et de reproduire ex vivo les interactions spécifiques entre les cellules eucaryotes et les bactéries. À terme, ce modèle permettra aux médecins de personnaliser le traitement des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin.

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Qu’est-ce que la bourse nationale vous a permis de découvrir dans votre domaine de recherche sur le microbiote?

Étudier le microbiote gastrique chez des patients atteints d’un lymphome MALT gastrique, ce qui n’avait jamais été fait jusqu’à présent.

Quelles sont les conséquences de cette découverte pour le patient ?

Proposer systématiquement des antibiotiques aux patients atteints d’un lymphome malin gastrique, même s’ils n’ont pas d’infection à Helicobacter pylori.

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Qu’est-ce que la bourse nationale vous a permis de découvrir dans votre domaine de recherche sur le microbiote ?

Nous avons pu, par exemple, étendre notre dépistage au virus SARS-CoV-2 , sans quoi il aurait été impossible de continuer à travailler dans des circonstances rendues extrêmement difficiles par la pandémie. La sécurité est le principal problème de notre méthodologie et la bourse nationale nous a permis de maintenir un niveau de sécurité maximal.

Quelles sont les conséquences de cette découverte pour le patient ?

Nous sommes parvenus à minimiser les risques liés à la greffe, comme en témoigne l’absence d’effets indésirables.

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Qu’est-ce que la bourse nationale vous a permis de découvrir dans votre domaine de recherche sur le microbiote?

Nous avons confirmé l’opinion qui circule actuellement selon laquelle le microbiote est un organe de plus du corps humain demandant une attention spéciale. L’étude du microbiote intestinal est un processus complexe qui exige non seulement une évaluation objective et normalisée des résultats, mais aussi la mise au point de méthodes de recherche, y compris des méthodes génétiques, permettant d’isoler et de différencier à la fois les souches de micro-organismes et leurs produits métaboliques. L’un des problèmes les plus délicats reste le recours à la greffe fécale pour le traitement ciblé de certaines maladies.

Quelles sont les conséquences de cette découverte pour le patient ?

L’étude du microbiote intestinal et de ses produits permettra à l’avenir d’utiliser des méthodes ciblées pour le corriger et optimiser le traitement de différentes maladies.

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Qu’est-ce que la bourse nationale vous a permis de découvrir dans votre domaine de recherche sur le microbiote?

La bourse nationale nous a permis d’étudier dans le détail les effets de l’antibiothérapie sur les changements qualitatifs et quantitatifs de la composition du microbiote intestinal, ainsi que sur la concentration et le spectre de métabolites bactériens et d’acides gras à chaîne courte. C'est d’ailleurs la première fois que sont étudiés les effets de l’antibiothérapie sur la perméabilité intestinale sélective. Un lien a été mis en évidence entre l’antibiothérapie et l’apparition de symptômes caractéristiques de maladies fonctionnelles de l’appareil digestif.

Quelles sont les conséquences de cette découverte pour le patient ?

Nous espérons que les résultats du projet permettront de découvrir un mécanisme pathogénique supplémentaire pouvant expliquer l’apparition des maladies digestives fonctionnelles et qu’ils serviront de base au développement de méthodes de prévention optimales.

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Qu’est-ce que la bourse nationale vous a permis de découvrir dans votre domaine de recherche sur le microbiote?

Cette bourse nous a permis de mieux comprendre la pathogénèse de la cirrhose et l’impact potentiel des probiotiques sur certains liens propres à cette maladie.^1,2

Quelles sont les conséquences de cette découverte pour le patient ?

Les résultats de notre étude pourraient mettre en évidence les bénéfices de l’utilisation de probiotiques dans le traitement de la cirrhose, ce qui pourrait améliorer la qualité de vie et le pronostic de ces patients.

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Qu’est-ce que la bourse nationale vous a permis de découvrir dans votre domaine de recherche sur le microbiote?

La spondyloarthrite (SpA) et la polyarthrite rhumatoïde (PR) font partie des rhumatismes inflammatoires chroniques les plus fréquents et leur évolution peut conduire à des lésions articulaires et osseuses irréversibles. La SpA et la PR constituent des causes importantes d’incapacité fonctionnelle et ont de graves répercussions sur les activités quotidiennes, la santé mentale et la qualité de vie du patient.
L’introduction d’anti-rhumatismaux biologiques modificateurs de la maladie (bDMARD), tels que les inhibiteurs du TNF, marque le début d’une nouvelle ère dans le traitement de la SpA et de la PR grâce à leur efficacité remarquable. Il n’en demeure pas moins qu’un pourcentage non négligeable de patients présentent des effets indésirables, ne répondent pas à ces traitements coûteux ou n’y répondent que partiellement. La bourse de Biocodex nous permet de caractériser le microbiote du patient au début du traitement par bDMARD puis au bout de 14 jours, ce qui offre la possibilité d’identifier dès le départ des biomarqueurs susceptibles d’aider à identifier les patients ayant le plus de chances de répondre au traitement par les inhibiteurs du TNF.

Quelles sont les conséquences de cette découverte pour le patient ?

Pour guider la prise de décision thérapeutique, il est essentiel d’identifier, dès avant le traitement, les signatures du microbiote pouvant être associées à l’efficacité thérapeutique des bDMARD. Les patients bénéficieront ainsi d’un traitement mieux ciblé. Dans un futur proche, nous espérons promouvoir des actions correctives visant le microbiote, grâce auxquelles nous serons en mesure d’améliorer l’efficacité thérapeutique des bDMARD.

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