Initié par l’Inrae en partenariat avec des acteurs publics (APHP, Inserm…) et privés impliqués dans le domaine du microbiote, Le French Gut s’inscrit dans un vaste projet international, le « Million Microbiome of Humans Project » (MMHP). Objectif ? Constituer la plus grande base mondiale de données sur les microbiotes humains, en collectant un million d’échantillons microbiens provenant des intestins, de la bouche, de la peau ou de l’appareil reproducteur de sujets volontaires. Le French Gut contribue à l’élaboration de cette base de données internationale par la collecte de 100 000 métagénomes intestinaux français.

French Gut : le Biocodex Microbiota Institute s’engage… et recrute !

Le Biocodex Microbiota Institute participe activement à cette campagne en relayant les messages du French Gut pour recruter des volontaires. L’Institut propose sur son site et ses réseaux sociaux (Facebook, Twitter, LinkedIn…) des contenus exclusifs pour approfondir les connaissances sur les liens entre microbiote intestinal, alimentation, santé et mode de vie. 

En participant, vous aidez la recherche à explorer des thérapies innovantes et personnalisées dans le cadre des maladies chroniques (diabète, obésité, cancer…), troubles neurodéveloppementaux (autisme...) et maladies neurologiques (parkinson, Alzheimer...). Vous souhaitez participer ? Si vous êtes majeur, résidant en France métropolitaine, rendez-vous ici.

La consommation excessive de boissons alcoolisées est responsable de 3 millions de morts chaque année et serait l’élément déclencheur de plus de 200 maladies¹.  En revanche, consommée avec modération (sidenote: Modération Pour les adultes en âge légal de boire, les recommandations nutritionnelles américaines préconisent de limiter la consommation quotidienne à 2 verres par jour pour un homme et à 1 verre par jour pour une femme. Même à faible dose, l’alcool peut être dangereux.  https://www.niaaa.nih.gov/alcohol-health/overview-alcohol-consumption/moderate-binge-drinking ) , la bière aurait des bénéfices sur la santé (prévention des risques cardiovasculaires notamment). Des effets bénéfiques observés depuis des lustres aussi bien avec le vin et la bière, mais dont on ignore s’ils sont dus à une consommation modérée ou aux composés contenus dans ces boissons comme les polyphénols (sidenote: Polyphénol Molécule organique présente dans les matières végétales. https://www.medicalnewstoday.com/articles/319728 ) que l’on trouve en grande quantité dans la bière.

Un effet bénéfique… avec ou sans alcool ?

Pour lever le doute, une équipe de chercheurs portugais² a mené une étude comparant les effets de la bière avec et sans alcool sur le microbiote intestinal et sur les marqueurs de la santé cardiométabolique (poids, taux de masse grasse, taux de cholestérol, résistance à l’insuline...)

^{Sources (sidenote: https://worldpopulationreview.com/country-rankings/beer-consumption-by-country )}

Tout en conservant leurs habitudes alimentaires, 10 hommes ont bu à chaque diner pendant quatre semaines 33 cl de Lager (bière blonde avec une teneur en alcool de 5,2 %), tandis que 9 autres buvaient une bière sans alcool.

Un microbiote intestinal plus diversifié

C’est la bonne (et surprenante) nouvelle pour les amateurs de bière : aucune prise de poids et aucune hausse des enzymes hépatiques n’ont été enregistrées. A noter également, aucune variation majeure des marqueurs de santé cardiométabolique. Quant aux analyses de selles, elles ont révélé une plus grande diversité des microorganismes au sein du microbiote intestinal (gage de bonne santé), mais aussi une tendance à la hausse de l’activité de la phosphatase alcaline fécale, un marqueur de la fonction barrière intestinale, quel que soit le type de bière consommé. Ainsi les composés présents dans la bière semblent surpasser les effets nocifs de l’alcool sur la flore intestinale.

Des bienfaits liés aux polyphénols

Selon les scientifiques, ces bienfaits seraient attribuables aux polyphénols ainsi qu’à l’isoxanthohumol, une substance antioxydante qui diminue le risque de maladies chroniques et dont la bière est une importante pourvoyeuse. Des composés que l’on retrouve en plus grandes quantités dans les bières non filtrées, lesquelles pourraient avoir un impact encore plus important sur la santé de notre flore intestinale, suggèrent les chercheurs.

D’autres travaux s'avèrent nécessaires pour confirmer ces résultats. En attendant, optez pour la modération.

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Le French Gut s’inscrit dans un vaste projet international, le « Million Microbiome of Humans Project » (MMHP) qui réunit plusieurs instituts de recherche à travers le monde. Le MMHP nourrit une ambition forte : constituer la plus grande base mondiale de données sur les microbiotes humains, en collectant un million d’échantillons microbiens provenant des intestins, de la bouche, de la peau ou de l’appareil reproducteur de sujets volontaires. Le French Gut, porté par INRAE en partenariat avec des acteurs publics et privés impliqués dans le domaine du microbiote, contribuera significativement à l’élaboration de cette base de données internationale par la collecte de 100 000 métagénomes intestinaux français.

Le French Gut peut compter sur le solide soutien du Biocodex Microbiota Institute. Les objectifs de ce projet consistent à recruter 100 000 participants, sensibiliser le grand public dont les professionnels de santé sur les pouvoirs fascinants du microbiote intestinal, notamment son rôle dans la survenue d'un certain nombre de pathologies.

Un objectif partagé : mettre en lumière l’importance des effets du microbiote intestinal sur notre santé

Le Biocodex Microbiota Institute partage la même ambition que Le French Gut : sensibiliser le grand public et former les professionnels de santé à l’importance majeure du microbiote notamment à l’impact d’une dysbiose sur notre santé. Depuis 2017, le Biocodex Microbiota Institute :

Contacts : 

Biocodex Microbiota Institute 
Olivier VALCKE,
Responsable Editorial & Relation Presse
Tél. : +33 06 43 61 32 58
o.valcke@biocodex.com 

Le French Gut 
frenchgut-presse@inrae.fr 
presse@inrae.fr 

^{BMI 22.46}

Contrairement aux idées reçues, l’eau potable n’est pas stérile : on y trouve de l’ordre de 10 à 100 millions de micro-organismes (sidenote: Micro-organismes Organismes vivants qui sont trop petits pour être vus à l'œil nu. Ils incluent les bactéries, les virus, les champignons, les archées, les protozoaires, etc… et sont communément appelés "microbes". What is microbiology? Microbiology Society.   ) par litre ! Mais pas de quoi s’inquiéter pour autant, bien au contraire : la présence de ces bactéries semble nourrir notre microbiote intestinal, comme l’avait déjà montré une précédente étude anglo-saxonne. Cette fois, ce sont des scientifiques italiens qui ont parcouru la ville de Parme pour prélever des échantillons d'eau issus de fontaines publiques et de robinets domestiques. Objectif : explorer la biodiversité microbienne des échantillons d'eau de leur cité, et ses effets sur le microbiote intestinal de ses habitants.

L’eau, véhicule d’une grande diversité bactérienne

En scrutant ces échantillons, les chercheurs ont découvert que 5 bactéries étaient plus largement représentées, avec néanmoins une grande variabilité d’un échantillon à l’autre : dans une fontaine, Acidovorax delafieldii représentait ainsi plus d’une bactérie sur 2 ; dans une autre fontaine, la bactérie dominante s’appelait Sphingomonas ursincola et comptait pour un quart des bactéries présentes. La variabilité était toute aussi forte dans l’eau du robinet. Les 5 espèces dominantes n’avaient rien de surprenant : elles sont connues pour être souvent présentes dans l’eau potable. Plus étonnant en revanche : une grande part des bactéries présentes dans l’eau potable, qu’il s’agisse des fontaines ou du robinet, étaient encore inconnues. Une « boîte noire » que les scientifiques vont devoir explorer.

Du verre d’eau au microbiote intestinal

Sachant que l’on boit de l’ordre de 2 litres d’eau par jour, ces bactéries ont-elles un impact sur le microbiote intestinal ? Oui, répondent les chercheurs, qui détectent les bactéries bues dans les selles des consommateurs réguliers, avec des profils de présence à l’image de la composition de l’eau consommée. Autrement dit, année après année, l’eau du robinet participe à forger notre microbiote intestinal. Les chercheurs ont même montré que certaines bactéries semblent s’installer durablement (et rester même si l’on se met à boire de l’eau en bouteille) tandis que la présence d’autres semble intimement liée à une consommation régulière (elles disparaissent lorsque l’on boit plusieurs jours de l’eau en bouteille).

Certes, ces premiers résultats demeurent parcellaires. Mais ils ouvrent deux champs de recherche encore peu explorés : quelles sont les bactéries présentes dans l’eau potable ? Quelle est l’influence de l’eau que nous buvons sur notre microbiote intestinal et notre santé ? L'eau n'a pas encore livré tous ses secrets...

Qu'est-ce que le microbiote intestinal ? Pourquoi les 1000 premiers jours de vie sont décisifs pour son bon développement  ? Quel lien avec l’immunité ? Pourquoi est-il un acteur clé de notre santé ? Comment évolue-t-il au cours de notre vie ?

Vous souhaitez en savoir plus ? Venez consulter nos articles dédiés.

Les 1000 premiers jours de vie : définition

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BMI 22.45

Au cours des décennies, l’urbanisation et ses infrastructures modernes ont diminué notre exposition aux micro-organismes de l’environnement. Avec l’amélioration de nos conditions d’hygiène, elle nous a permis de nous protéger de nombre de maladies infectieuses.

Mais notre microbiote s’étiole sans contact avec les écosystèmes bactériens naturels issus des plantes, du sol, de l’eau... Et cette absence de végétaux a des conséquences sur notre santé : selon les scientifiques, le mode de vie citadin (métro, boulot, dodo) favoriserait les allergies et les maladies à composante auto-immune. Notre peau n’est pas épargnée : l’urbanisation modifie l’équilibre microbien cutané.

Pourtant, un peu de verdure peut contribuer à l’équilibrer :  notre microbiote cutané s’enrichit lorsqu’on se promène dans des espaces verts urbains et celui de nos enfants se diversifie s’ils fréquentent des garderies végétalisées. Mais comment profiter des bienfaits des plantes si nous sommes enfermé(e)s 8 heures par jour dans un bureau ?

Mur végétal : un microbiote cutané réensemencé…

Des chercheurs finlandais¹ ont installé dans des bureaux d’université des murs végétalisés à circulation d’air. Le principe : l’air intérieur est brassé à travers des plantes vertes (philodendrons, Dracaena, fougères et autres végétaux) grâce à des ventilateurs. Ils ont comparé des échantillons de peau et de sang de personnels travaillant dans ces bureaux végétalisés en les comparant à ceux des employés travaillant dans des pièces non végétalisées.

Résultats : l’abondance des lactobacilles et la diversité des protéobactéries de la peau, connues pour participer à l’équilibre du microbiote cutané et la protection contre les germes néfastes, ont rapidement augmenté chez les sujets bénéficiant des locaux « verts ». Les scientifiques ont également constaté dans le sang de ces employés une baisse du taux d’une cytokine (sidenote: Cytokine Petite protéine impliquée dans les communications entre les cellules, en particulier du système immunitaire.  Cytokines: Introduction_British Society for Immunology   ) pro-inflammatoire et une augmentation du taux d’une cytokine intervenant dans la régulation de la réponse immunitaire.

...pour une vie au travail de meilleure qualité

Les murs végétalisés à circulation d’air équilibrent l’humidité de l’air et libèrent des spores ou bactéries des plantes (dont des protéobactéries) qui se déposent sur la peau, selon les auteurs de l’étude. La capacité des plantes à filtrer des polluants atmosphériques aurait également un effet positif sur le microbiote cutané. Quoiqu’il en soit, le mur végétal se révèle aussi plaisant à regarder que potentiellement bénéfique à notre santé. En attendant de nouveaux résultats d’étude, devrait-on apporter ses plantes en pot favorites sur son lieu de travail ?

À suivre…

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C’est toute la limite de la recherche médicale sur l'impact des antibiotiques : les études sont en général réalisées auprès de patients malades et hospitalisées poly médicamentés. Conséquence directe : divers facteurs confondants (infection, médicaments, environnement hospitalier, immunodépression potentielle) entachent les observations.

Seule solution : mener des études prospectives auprès d’adultes en bonne santé et non hospitalisés, comme celle-ci. Des chercheurs américains y ont mesuré l'impact de 4 traitements antibiotiques (azithromycine AZM, lévofloxacine LVX, cefpodoxime CPD ou une combinaison CPD + AZM) sur le microbiote intestinal de 20 volontaires sains randomisés en 4 groupes en recueillant leurs selles avant, pendant, 2 mois après la fin du traitement (15 points de collecte en tout).

Des dysbioses intestinales spécifiques de l’antibiotique 

Premier enseignement : les antibiotiques diminuent la charge et la richesse bactériennes. Selon le traitement reçu, l’évolution de l’abondance différait :

• enrichissement en Bacteroidetes et Clostridium pour les patients recevant du CPD ou CPD + AZM au jour 6;
• enrichissement en Firmicutes, tels que Eubacterium, Ruminococcus et Anaerostipes, pour ceux recevant du LVX ou de l'AZM.

Par ailleurs, l’AZM (seul ou en combinaison), longtemps biodisponible dans l’organisme, retarde le rétablissement de la richesse bactérienne, de 8 espèces bactériennes et de certaines voies métaboliques associées par rapport aux autres antibiotiques.

Un réservoir de gènes de résistance

Autre effet des antibiotiques : la formation d’un réservoir durable de gènes de résistance chez les volontaires recevant les traitements CPD, AZM et CPD+ AZM, contrairement à ceux recevant le LVX. Mais surtout, le remodelage de leur résistome entraînerait une augmentation de 3 gènes (tetO, cfxA, et tet40), dont 2 ne transmettant pourtant pas de résistance aux antibiotiques administrés. Ainsi, la perturbation antibiotique semble-t-elle créer des opportunités pour des bactéries dotées d’une résistance large. Par exemple, les Bacteroides survivant au traitement CPD, probablement par l'intermédiaire d’un gène cfxA de résistance aux ß-lactamines, créeraient un environnement à faible diversité bactérienne et à forte teneur en Bacteroides, propice à des pathogènes tels que Enterobacter. De courtes périodes d'antibiotiques pourraient ainsi déclencher l'acquisition, voire l'enracinement, de divers gènes de résistance.

On savait que les bactéries intestinales faisaient les frais des traitements antibiotiques. Il semble qu’elles ne soient pas les seules. Si la majorité des études se focalisent sur l’impact des antibiotiques sur les bactéries, rares sont celles qui évaluent l’effet sur les autres microorganismes, champignons par exemple dont le rôle ne doit pas être sous-estimé. Une dysbiose du microbiote fongique, (ou mycobiote), a été associé à différentes pathologies (MICI, maladie cœliaque ou cancer colorectal). Or, ce mycobiote se construit progressivement dans les premières années de vie au même titre que la colonisation bactérienne en fonction du mode d’accouchement, du régime alimentaire ou encore d’éventuels traitements antibiotiques.

Une étude sur 37 nourrissons naïfs d’antibiotiques

Pour en savoir plus, des chercheurs ont suivi pendant 9,5 mois 37 enfants âgés de 2 mois en moyenne, n’ayant jamais reçu d’antibiotiques. Ces nourrissons étaient hospitalisés en raison d'une infection par le virus respiratoire syncytial (VRS). Des échantillons de selles ont été prélevés avant, pendant et après les 1 à 4 traitements antibiotiques (amoxicilline, macrolides) qui ont été prescrits à 21 d’entre eux en raison de complications (otite, etc.). Les 16 autres enfants, non traités, ont servi de contrôles.

Au moment de leur hospitalisation (donc avant traitement), le mycobiote des 37 enfants étaient très largement dominés par Saccharomyces, et dans une bien moindre mesure par Malassezia, Candida et Cladosporium.

Plus de Candida, plus de diversité et de richesse

Un à 2 jours après le démarrage du traitement antibiotique, l’abondance des Candida a largement augmenté chez les nourrissons sous amoxicilline, au détriment des Saccharomyces. Une sur-abondance des Candida était toujours observée plus de 6 semaines après le début du traitement.

De plus, les antibiotiques, connus pour induire un effondrement de la diversité et de la richesse du microbiote bactérien, allaient de pair avec une plus grande richesse et une plus grande diversité du mycobiote, qui apparaissaient dans les 3 à 5 jours suivant le démarrage du traitement et persistaient bien au-delà (> 6 semaines) ; la différence était plus marquée dans le groupe traité aux macrolides.

Des bactéries régulatrices ?

Ces résultats suggèrent fortement une régulation permanente du mycobiote par les bactéries intestinales. Cette régulation prend la forme d’une compétition pour les sources de nutriments via la production de composés antifongiques par les bactéries et, inversement, de composés antibactériens par les champignons. Dès lors que les bactéries subiraient les effets d’un antibiotique, leur rôle régulatoire serait altéré et certains champignons, notamment Candida, auraient le champ libre pour se développer. Ainsi, une dysbiose du mycobiote intestinal après un seul traitement antibiotique pourrait, avec une altération des bactéries intestinales, être à l'origine des effets à long terme des antibiotiques sur la santé humaine.

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Le Syndrome de l’Intestin Irritable (SII) est un trouble fonctionnel gastrointestinal dont l’une des comorbidités psychiatriques les plus fréquentes est la dépression. Une étude multi-omique a récemment mis en lumière le rôle du microbiote intestinal et de ses métabolites sur le SII et la dépression associée.

Cette étude³ porte sur 431 patients issus de 2 cohortes :

• l’une de découverte (n=330 patients, 264 souffrant de SSI et 66 individus contrôles)
• et l’autre de validation (n=101 patients dont 86 SII et 15 contrôles),

Des analyses métagénomiques et métabolomiques ont ensuite été conduites sur des échantillons de selle et de sérum afin d’identifier de potentiels biomarqueurs de la maladie.

Les métabolites sériques comme potentiels marqueurs du SII

L’analyse des selles n'a révélé qu’une dysbiose modérée. La composition du microbiote fécal de même que les métabolites fécaux ne semblent pas pouvoir discriminer les patients SII des individus sains. 

En revanche, les métabolites sériques identifiés chez les patients permettent de les distinguer avec un fort pouvoir discriminant des individus sains. Au total, 726 métabolites sériques sont ainsi identifiés (contre seulement 8 métabolites fécaux), parmi ceux-ci un cluster d’acides gras acyl coA enrichi en cas de SII

_{^{Sources (sidenote: Black CJ, Ford AC. Global burden of irritable bowel syndrome: trends, predictions and risk factors. Nat Rev Gastroenterol Hepatol 2020; 17: 473-86. )}}

Des bactéries intestinales fortement associées aux métabolites fécaux

De nombreuses associations (522) entre des métabolites fécaux et des bactéries intestinales ont également été découvertes. En particulier, 3 espèces (Odoribacter splanchnicus, Escherichia coli et Ruminococcus gnavus) sont très fortement associées à une faible abondance d'acide dihydroptéroique, un intermédiaire de l’acide folique, lui-même présent en très faible quantité chez les patients SII. De plus, parmi les marqueurs sériques les plus significatifs chez les patients SII figurent les fatty acyl CoA, ce qui suggère une dérégulation du métabolisme des acides gras chez les individus souffrant de SII.

Le métabolisme dérégulé du tryptophane et de la sérotonine est corrélé à la sévérité de la dépression 

Les résultats suggèrent une corrélation entre le métabolisme du tryptophane et de la sérotonine et la comorbidité de la dépression en cas de SII. Certaines espèces, telles que Clostridium nexile ou Roseburia inulinivorans sont sur-représentées chez les patients SII souffrant de dépression, et associées à la présence dans le sérum de certains métabolites du tryptophane. La voie de synthèse du L-tryptophane est également fortement associée à la sévérité de la dépression.