Une peau sèche source de démangeaisons, des plaques rouges - notamment au niveau des plis - qui apparaissent par poussées : la dermatite atopique (DA) est une maladie inflammatoire de la peau qui toucherait près d’1 nourrisson sur 5. Si les années favorisent une évolution positive, on estime néanmoins qu’1 adulte sur 10 souffrirait de DA dans les pays développés.

Pourquoi mon enfant, pourquoi moi ? La réponse est multiple, impliquant notamment l’hérédité (les enfants d’adultes touchés par la DA risquent davantage d’en souffrir également) et le système immunitaire. Mais pas seulement. Le microbiote cutané, cette communauté complexe de micro-organismes (sidenote: Micro-organismes Organismes vivants qui sont trop petits pour être vus à l'œil nu. Ils incluent les bactéries, les virus, les champignons, les archées, les protozoaires, etc… et sont communément appelés "microbes". What is microbiology? Microbiology Society.   ) (bactéries, champignons, parasites et virus) vivant sur notre peau, est également pointé du doigt.

Malassezia en berne

Chez les patients souffrant de DA, certaines bactéries auraient tendance à être un peu trop présentes, à l’instar de Staphylococcus aureus, tandis que d’autres sont en berne, comme les Cutibacterium. Et qu’en est-il des champignons microscopiques ? La réponse était encore bien floue jusqu’à cette récente étude qui vient de montrer qu’en cas de dermatite sévère, la flore fongique de la peau diffère. Ainsi, le champignon Malassezia, qui prédomine largement lorsque la peau est saine, perd de sa superbe en cas de DA. Sa dominance s’est effritée et d’autres champignons comme Candida ou Debaryomyces en ont profité pour poser leurs valises. Ainsi, en cas de dermatite sévère, Malassezia ne règne plus en maître du royaume des champignons cutanés, ce qui se traduit par une plus grande diversité fongique.

D’ailleurs, il est possible que les évolutions des troupes bactériennes et fongiques soient liées. Ainsi, une plus forte présence de S. aureus pourrait favoriser la prolifération des Candida, ces deux microorganismes étant capables de synergies.

En lien avec la sévérité de la DA

Enfin, le déséquilibre du microbiote (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) cutané semble lié au degré de DA. A quelques exceptions près, le microbiote cutané d’un patient souffrant de DA non sévère se révèle globalement similaire à celui d’une peau saine. En revanche, les chercheurs montrent un clivage fort entre, d’un côté, les patients souffrant de DA sévère et, de l’autre, ceux avec une peau saine ou une DA légère à modérée. Notamment parce que Malassezia a été réduit à peau de chagrin…

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Maladie inflammatoire de la peau, la dermatite atopique (DA) s’avère complexe et multifactorielle, avec des composantes génétiques (anomalies affectant le gène codant pour la filaggrine, qui participe à la barrière cutanée), immunitaires mais également microbiennes. Par exemple, la peau des patients atteints de DA présente en général une abondance accrue de Staphylococcus aureus. Mais qu’en est-il des communautés fongiques ? Une récente étude¹ vient éclaircir cette zone d’ombre.

Moins de Malassezia en cas de dermatite atopique sévère

Des écouvillons de peau ont été prélevés chez 16 patients atteints de DA (9 cas de DA légère à modérée, 7 cas de DA sévère) et 16 individus sains, au niveau de 4 sites cutanés (pli antécubital, cou dorsal, glabelle et vertex). Pour suivre l’évolution par crise de la maladie, les prélèvements ont été réalisés à 3 dates (semaines 0, 2 et 4) pour les patients et 2 dates pour les témoins (semaines 0 et 4).

Bilan de l’analyse des 320 écouvillons : le champignon Malassezia (et notamment les espèces M. restricta et M. globosa) prédomine chez tous les sujets, sains ou malades. Mais chez les patients souffrant de DA sévère, cette dominance s’effrite à la faveur de champignons comme Candida ou Debaryomyces, ce qui se traduit par une plus grande diversité fongique.
Côté bactéries, les Cutibacterium sont en berne, tandis que les Staphylococcus, et en particulier S. aureus et S. epidermidis, se font plus présents. La plus forte présence de S. aureus pourrait favoriser la prolifération des Candida, une activité synergique entre les deux microorganismes ayant précédemment été démontrée.
Enfin, durant les 4 semaines d’observation, les microbiotes fongiques et bactériens n'ont pas évolué, quel que soit le site cutané.

En lien avec la sévérité de la DA

L’étude montre également un lien entre la dysbiose cutanée et le degré de la DA : les communautés bactériennes et fongiques des patients souffrant de DA sévère différaient significativement de celles des patients atteints de formes légères à modérées et des témoins. Les communautés cutanées de ces deux derniers groupes (formes légères à modérées et témoins) se révèlent d’ailleurs globalement similaires, à quelques exceptions bactériennes près (davantage de staphylocoques et moins de cutibactéries dans la DA légère à modérée versus l’absence de DA). Ainsi, une dysbiose prononcée du microbiote s’avère caractéristique des formes sévères, mais pas des formes moins prononcées de dermatite.

Qu’est-ce que la ménopause ? À quel moment se produit-elle ? Quels en sont les principaux symptômes ?

La ménopause est le moment de la vie des femmes qui marque la fin de leur période de fertilité, même si dans la plupart des cas il leur reste de nombreuses années à vivre. La ménopause est définie rétrospectivement : une femme est ménopausée lorsque 12 mois se sont écoulés depuis sa dernière menstruation.

La transition ménopausique se déroule sur une période de plusieurs années et débute à un âge compris entre 40 et 50 ans. Au cours de cette période, encore appelée « périménopause », les ovaires réduisent leur production d’hormones sexuelles féminines, à savoir, l'œstradiol et la progestérone. Après la dernière menstruation, les follicules ovariens sont épuisés et les taux d’hormones sexuelles restent faibles. Il ne faut toutefois pas oublier que, selon leur propre témoignage, de nombreuses femmes considèrent que la meilleure partie de la vie commence après 50 ans car elles peuvent enfin profiter davantage de leur liberté sans avoir à se soucier des règles, des symptômes prémenstruels (sidenote: Symptômes prémenstruels Il s’agit des symptômes que les femmes peuvent ressentir au cours des semaines précédant les règles (seins douloureux, sautes d’humeur, irritabilité, dépression, fatigue…) Gudipally PR, Sharma GK. Premenstrual Syndrome. 2022 Jul 18. In: StatPearls [Internet]. Treasure Island (FL): StatPearls Publishing; 2022 Jan ) ou encore des grossesses.

Comment évolue le microbiote vaginal lors de la ménopause ?

I. S.-K. : Tout au long de la période de fertilité, le microbiote vaginal des femmes en bonne santé est dominé par l’espèce Lactobacillus (sidenote: Lactobacilles Bactérie en forme de batônnet, dont la caractéristique principale est de produire de l’acide lactique. C’est pour cela que l’on parle de « bactéries lactiques ».  Ces bactéries sont présentes chez l’homme au niveau des microbiotes oral, vaginal, intestinal, mais aussi sur les plantes ou chez les animaux. On peut les consommer dans les produits fermentés : produits laitiers comme certains fromages et yaourts, mais aussi des d’autres types d’aliments fermentés : les cornichons, la choucroute etc.. Les lactobacillus sont aussi consommés dans les probiotiques, certaines espèces étant reconnues pour leurs propriétés bénéfiques.     W. H. Holzapfel et B. J. Wood, The Genera of Lactic Acid Bacteria, 2, Springer-Verlag, 1st ed. 1995 (2012), 411 p. « The genus Lactobacillus par W. P. Hammes, R. F. Vogel Tannock GW. A special fondness for lactobacilli. Appl Environ Microbiol. 2004 Jun;70(6):3189-94. Smith TJ, Rigassio-Radler D, Denmark R, et al. Effect of Lactobacillus rhamnosus LGG® and Bifidobacterium animalis ssp. lactis BB-12® on health-related quality of life in college students affected by upper respiratory infections. Br J Nutr. 2013 Jun;109(11):1999-2007. ) qui protège le vagin contre la prolifération d’autres organismes.

La composition du microbiote vaginal dépend de l'œstrogène, qui favorise la prolifération des cellules épithéliales vaginales et augmente le stockage de glycogène, le principal nutriment indispensable au développement des lactobacilles. Avec la baisse des taux d'œstrogène au cours de la transition ménopausique, le microbiote se diversifie et les lactobacilles deviennent moins abondants^1,2.

Les infections urinaires sont fréquentes chez les femmes ménopausées. Quel est le lien avec le microbiote ?

I. S.-K. : Après la ménopause, les femmes contractent fréquemment des infections urinaires. Les données cliniques³ indiquent que l'œstrogène a un impact sur la pathogénèse de ces infections. Les faibles taux d'œstrogène donnent lieu à des modifications structurelles (par ex., augmentation du volume d’urine résiduel), en plus des changements du microbiote vaginal décrits ci-dessus. Ces deux effets constituent des facteurs de risque bien connus d’infections urinaires. L’application locale de suppléments d'œstrogène peut permettre de contrecarrer ces changements, au moins en partie, en restaurant un microbiote vaginal dominé par les lactobacilles et en améliorant la prolifération des cellules épithéliales au sein de l’appareil urinaire⁴.

La ménopause peut-elle affecter le microbiote intestinal ?

I. S.-K. : Dans les revues scientifiques on trouve très peu d’études décrivant les modifications qui se produisent au sein du microbiote intestinal après la transition ménopausique. Jusqu’à présent, les données⁵ correspondant aux échantillons de moins de 200 femmes ont été analysées afin d’étudier les effets de la ménopause sur le microbiote intestinal, et très peu de modifications ont été détectées. Des études de meilleure qualité portant sur des échantillons de milliers de femmes sont nécessaires pour décrire ces effets et pour mieux les comprendre.

Auriez-vous un conseil à donner pour mieux prendre soin de son microbiote (vaginal, intestinal) au cours de cette période ?

I. S.-K. : Je conseille de prendre soin de sa santé en général et d’adopter un mode de vie favorisant la bonne santé du microbiote. Prendre soin du microbiote intestinal aide à maintenir un vagin en bonne santé. Suivez un régime alimentaire varié, riche en fibre et en aliments fermentés, restez physiquement active et profitez de la nature. Ne fumez pas, limitez votre consommation d’alcool et évitez de prendre des antibiotiques dans la mesure du possible.

En ce qui concerne le microbiote vaginal, évitez de vous laver la vulve avec du savon et des antiseptiques et ne vous rincez jamais le vagin avec des parfums ou des détergents puisque celui-ci se nettoie lui-même en permanence avec ses propres sécrétions. Faites votre toilette intime à l’eau tiède ou utilisez des produits d’hygiène ne contenant ni parfum ni savon. Utilisez de l’huile minérale neutre pour lubrifier les muqueuses sensibles de votre vulve. Ayez des rapports sexuels protégés et, si vous souffrez de sécheresse vaginale, utilisez des lubrifiants lors des rapports et pensez à appliquer localement une crème à base d'œstrogène.

L’hormonothérapie sert à traiter les affections et les symptômes liés à la ménopause. Les prébiotiques et les probiotiques sont-ils à même de compléter ce traitement ?

I. S.-K.: Il a été prouvé que le microbiote vaginal des femmes suivant un traitement hormonal substitutif après la ménopause est dominé par les lactobacilles et présente une composition similaire à celui des femmes non ménopausées. En d’autres termes, le traitement hormonal substitutif a un effet positif sur le microbiote vaginal proprement dit.

Les prébiotiques et les probiotiques pourraient aider à restaurer l’état du microbiote vaginal tel qu’il était avant la ménopause. Pour cela, il faudrait utiliser des probiotiques contenant les souches appropriées de Lactobacillus crispatus qui sont associées à une bonne santé vaginale.

Découvrez l'interview du professeur Ina Schuppe Koistinen :

BMI 22.49

Ne manquez pas les autres épisodes

On parle aujourd’hui d’« axe intestin-foie ». Issus de la même couche germinale, le foie et les intestins sont en effet connectés au niveau anatomique et fonctionnel, en particulier par la sécrétion biliaire et le système porte hépatique. De plus, les preuves d’une association entre l’hépatite B et des altérations de la composition du microbiote intestinal s’accumulent. Cependant, aucune étude n’avait exploré ces modifications au fil de la progression de la maladie, de la forme chronique à la cirrhose puis au carcinome hépatocellulaire.

Une équipe a donc mené une méta-analyse systématique sur les résultats de séquençage 16S (provenant de base de données publiques), issues d’échantillons fécaux prélevés chez des patients infectés par le VHB à tous les stades de la maladie hépatique. Les signatures de microbiote éventuellement identifié ont été ensuite validées chez des cohortes indépendantes (23 patients souffrant d’hépatite B chronique, 20 patients cirrhotiques, 22 patients avaient un carcinome hépatocellulaire et 15 contrôles).

^{Sources (sidenote: Hepatitis B WHO (2017) )}

Des signatures de microbiote en fonction de la progression

Les chercheurs ont identifié 13 genres bactériens qui différaient à chacune des étapes de la maladie hépatique, cohérents entre les jeux de données publiques et les cohortes de validation. Si les genres Monoglobus et Colidextribacter étaient plus présents chez les contrôles sains, les espèces appartenant à la famille des Lachnospiraceae étaient spécifiquement augmentés en cas d’hépatite B chronique alors que les Bilophia avaient réduit. Les genres Prevotella et Oscillibacter étaient diminués en cas de cirrhose, Coprococcus et Faecalibacterium dans le carcinome hépatocellulaire. Selon les auteurs, ces résultats indiquent une diminution de taxons clés du microbiote intestinal à chaque stade de la maladie, et une dysbiose de plus en plus prononcée au fur et à mesure que la maladie s’aggrave. 

Leurs analyses corroborent les résultats de précédentes études : Monoglobus, Colidextribacter et Bilophila ont été associés à une protection contre l’inflammation et/ou les lésions hépatiques et Prevotella et Oscillibacter se sont révélés diminués dans les hépatites alcooliques sévères. De plus, Coprococcus et Faecalibacterium produisent du butyrate dont la déplétion altèrerait la perméabilité intestinale et augmenterait la translocation de bactéries favorisant les cancers.

De nouveaux biomarqueurs non invasifs ?

L’utilisation de ces 13 genres bactériens révèle une puissance diagnostique permettant de distinguer tous les stades de la maladie, avec plus ou moins de précision, (confirmé sur les données issues des bases de données, et sur les cohortes indépendantes). Ces signatures microbiennes pourraient servir de biomarqueurs pour le suivi non invasif de l’hépatite B estiment les chercheurs mais aussi contribuer à la mise au point de thérapies basées sur le microbiote intestinal.

Tout au long de notre vie, notre corps se modifie, y compris notre microbiote intestinal, au point que les espèces qui le composent permettraient de définir notre âge. On sait que le microbiote intestinal s’altère avec l’âge en perdant de sa diversité et en se déséquilibrant (ce que l’on appelle la « dysbiose »), ce qui pourrait participer au processus de vieillissement. A contrario, le maintien d’un microbiote équilibré pourrait préserver le bon fonctionnement du métabolisme et du système immunitaire, mais aussi contribuer à la lutte contre l’inflammation et le déclin de la santé cognitive et osseuse.

Détour dans une « zone bleue », paradis de la longévité

Puisque le microbiote intestinal est impliqué dans le vieillissement, ne pourrait-on pas en apprendre beaucoup de celui des personnes qui vivent très longtemps et en bonne santé ? Pour répondre à cette question, des chercheurs italiens¹ se sont rendus dans le sud de la Sardaigne, une région privilégiée pour l’étude des centenaires. Comme dans les autres « zones bleues » du monde, on y retrouve des hommes dont la longévité dépasse la moyenne (alors que les femmes ont une plus longue espérance de vie) tout en restant en bonne condition physique². Leurs objectifs : déterminer des particularités du microbiote intestinal associées à une longévité exceptionnelle, mais aussi évaluer la part d’héritabilité du microbiote à la descendance et l’impact de facteurs environnementaux comme l’alimentation.

La flore intestinale des centenaires dans la fleur de l’âge 

Les chercheurs ont analysé le microbiote intestinal d’un groupe de 46 fringants centenaires et nonagénaires, et l’ont comparé à celui d’un groupe témoin de 46 personnes plus jeunes (40-60 ans) et en bonne santé. Ils ont également comparé le microbiote intestinal de 7 centenaires avec celui de leurs enfants. 

Ils ont découvert que le microbiote intestinal des centenaires se caractérisait par une forte présence de bactéries de la famille des Verrucomicrobia, notamment de l’espèce Akkermansia muciniphila. Cette bactérie est reconnue pour contribuer - entre autre- au maintien de l’intégrité de la barrière intestinale, l’immunité et la santé métabolique. Alors que le microbiote intestinal des plus jeunes était dominé par la famille des Bacteroidetes et en particulier, du genre Bacteroides, celui des nonagénaires était associé aux Actinobacteria, notamment aux bifidobactéries. De plus, le microbiote intestinal des centenaires était plus proche des plus jeunes que celui des nonagénaires.

Selon les chercheurs, le microbiote intestinal des centenaires présente une communauté microbienne harmonieusement équilibrée. Il compte des espèces associées à la santé intestinale qui s’opposent à l’action des pathogènes et ont un effet anti-inflammatoire bénéficiant à tout l’organisme. De plus, sa richesse et sa complexité lui permettent de s’adapter aux perturbations environnementales.

Génétique et mode de vie agissent de concert

L’étude a enfin montré que le microbiote intestinal des centenaires et celui de leurs enfants étaient relativement similaires. Ces derniers pourraient donc hériter de caractéristiques du microbiote, mais aussi d’habitudes de vie familiales en particulier alimentaires, prédisposant à la longévité. Par ailleurs, une corrélation entre les espèces du microbiote intestinal liées à la longévité et l’adhésion à un régime méditerranéen a bien été retrouvée. Encore une démonstration des bienfaits de cette alimentation riche en fibres et anti-oxydants !

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Que pensez-vous des hypothèses des chercheurs suggérant que l’exposition aux microplastiques pourrait être liée à la pathogénie des MICI ou que les MICI exacerbent la rétention des MP ?

Près de 71 % des patients atteints de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) pensent que l’alimentation influence leurs symptômes et 81 % suivent des régimes d’éviction alimentaire lors des phases de rémission. Toutefois, les recommandations alimentaires actuelles sont confuses et contradictoires. Dans cette étude, dirigée par le Dr Yan Zhang, les auteurs ont émis l’hypothèse que les microplastiques (MP) pourraient contribuer au développement des MICI. Les MP sont de petites particules de plastique (diamètre < 5 mm) et sont considérés comme un problème environnemental majeur compte tenu de la surconsommation actuelle de plastiques. Les MP sont largement distribués, facilement ingérés à notre alimentation, voire inhalés, et ils pourraient s’accumuler dans divers organes du fait de leur petite taille et de leur faible taux de dégradation. Même si les études précliniques ont évoqué les effets néfastes des MP sous forme de troubles du métabolisme et d’inflammation, leur impact sur la santé humaine n’a pas encore été entièrement élucidé. Dans cette étude, les auteurs ont recueilli les fèces de volontaires sains et de patients atteints de MICI et ont analysé la concentration de MP. Les auteurs ont montré une concentration de MP fécaux plus élevée chez les patients atteints de MICI que chez les volontaires sains. Il est intéressant de noter que la concentration de MP a montré une corrélation positive avec la sévérité de la maladie, suggérant que les MP pourraient être des facteurs déclenchants de l’activation clinique dans les MICI tout en évoquant un lien possible entre l’alimentation et l’inflammation. De fait, les auteurs ont rapporté que les patients qui avaient une quantité plus importante de MP fécaux consommaient davantage de produits conditionnés en emballages plastiques. Même s’il a été suggéré que les MP pourraient traverser la barrière intestinale pour se retrouver dans la circulation sanguine et avoir un impact potentiel sur la santé, les résultats ne sont que préliminaires et davantage d’informations sont nécessaires avant de pouvoir tirer des conclusions concernant les patients. Indépendamment de l’impact des MP sur le tube digestif, cette étude alerte sur les inquiétudes mondiales concernant l’utilisation actuelle importante de plastiques, sur les implications qu’elle pourrait avoir pour la santé humaine au travers de la chaîne alimentaire mais aussi des matières premières et des produits agricoles et sur la nécessité urgente de réduire l’usage des plastiques.

Que conseilleriez-vous aux patients souffrant de MICI concernant l’exposition aux microplastiques ?

Les résultats doivent être pris avec précaution, et des recherches supplémentaires sont nécessaires pour comprendre l’augmentation rapportée des MP fécaux dans les MICI et les implications en termes de sévérité clinique. Même si la consommation alimentaire semble être l’hypothèse la plus plausible, de nombreux facteurs démographiques, méthodologiques ou cliniques pourraient expliquer cette augmentation. Il serait intéressant de voir si ces observations s’appliquent à d’autres pays que la Chine, où les MICI sont en augmentation. Les patients atteints de MICI présentent également une altération du microbiome intestinal, de l’absorption, de la perméabilité et de la motricité intestinales ainsi qu’une consistance des selles différente, des facteurs qui peuvent tous influencer l’excrétion des MP. En effet, le microbiome intestinal est un écosystème complexe et divers comprenant des microbes capables de digérer différents composants, y compris les MP, et les patients atteints de MICI présentent une altération du microbiome. De plus, les patients consomment fréquemment différents médicaments ou bioproduits (vitamines, probiotiques, etc.) pour traiter leurs symptômes et cela pourrait également avoir un impact indirect sur les MP fécaux. Enfin, l’alimentation influence la symptomatologie des MICI ; or il existe une fausse idée reçue selon laquelle les aliments ultra-propres, qui sont souvent conditionnés en emballages plastiques ou en bouteilles (voir la consommation accrue d’eau en bouteille ces dernières décennies), sont bénéfiques. Les choix alimentaires des patients pourraient ainsi potentiellement inclure davantage d’aliments emballés sous plastique. Je conseillerais aux patients de suivre les régimes alimentaires traditionnels et bien tolérés, de privilégier les aliments faits maison et naturels et d’éviter les aliments à la fois ultra-transformés et conditionnés en emballages plastiques. La réduction du plastique est également bénéfique pour notre planète !

GONORRHÉE CHEZ LA FEMME : UN LIEN ENTRE MICROBIOTE VAGINAL ET SYMPTÔMES ?

^{Lovett A, Seña AC, Macintyre AN, et al. Cervicovaginal Microbiota Predicts Neisseria gonorrhoeae Clinical Presentation. Front Microbiol 2022; 12: 790531.}

Chaque année, près de 90 millions de cas de gonorrhée sont recensés dans le monde. Chez la femme, l’infection du tractus génital inférieur par Neisseria gonorrhoeae a des conséquences très variables, allant de l’absence totale de symptômes à la cervicite. Si l’on ne sait pas quels facteurs expliquent cette variabilité, le microbiote cervico-vaginal pourrait être incriminé. En effet, une équipe a récemment montré que le microbiote cervico- vaginal prédit la présentation clinique de la gonorrhée chez la femme.
Ces résultats sont ceux d’une étude pilote menée aux États-Unis auprès de 19 patientes infectées par N. gonorrhoeae, dont 10 étaient symptomatiques et 9 asymptomatiques. La plupart de ces patientes étaient afro-américaines, une population dont le microbiote est plus fréquemment pauvre en lactobacilles comparativement aux femmes caucasiennes. Chez ces 19 patientes, Neisseria spp. ne représentait que 0,24 % des bactéries présentes, que ce soit chez les patientes symptomatiques ou asymptomatiques. La moitié des patientes de chaque groupe présentaient également des co-infections par Chlamydia trachomatis et/ou Trichomonas vaginalis.
Le microbiote cervico-vaginal des patientes asymptomatiques sans co-infection contenait plus fréquemment des communautés microbiennes dominées par des lactobacilles (92,2 % des bactéries en moyenne) comparativement aux patientes symptomatiques non coinfectées (21,6 %).
En revanche, les femmes symptomatiques présentaient des communautés microbiennes caractérisées par des taxons bactériens plus divers et plus hétérogènes. Elles étaient composées d’un mélange de bactéries anaérobies associées à la vaginose bactérienne (VB) : Prevotella, Sneathia, Mycoplasma hominis et Bacterial Vaginosis-Associated Bacterium- 1 (BVAB1)/Candidatus Lachnocurva vaginae.
Ces résultats ne sont que ceux d’une étude pilote basée sur un petit échantillon. Il s’agit d’une première étape cruciale, mais d’autres études sont nécessaires pour évaluer l’éventuel effet protecteur d’un microbiote vaginal dominé par Lactobacillus contre l’infection à N. gonorrhoeae.

ASSOCIATIONS INTER-COHORTES ENTRE LE MICROBIOME INTESTINAL ET LA RÉPONSE AUX INHIBITEURS DE POINT DE CONTRÔLE IMMUNITAIRE DANS LE MÉLANOME AVANCÉ

^{Lee KA, Thomas AM, Bolte LA, et al. Cross-cohort gut microbiome associations with immune checkpoint inhibitor response in advanced melanoma. Nat Med 2022; 28: 535-44.}

Les inhibiteurs de point de contrôle immunitaire (ICI) ont considérablement amélioré le traitement du mélanome avancé. Toutefois, les patients ne répondent pas tous au traitement, ce qui pourrait être lié au microbiote intestinal. Lee et al. ont réalisé un séquençage métagénomique shotgun d’échantillons fécaux provenant de cinq cohortes européennes naïves d’ICI, comprenant au total 165 patients atteints de mélanome cutané avancé. En raison des différences cliniques et mutationnelles entre les cohortes, celles-ci ont été analysées séparément et n’ont pas été regroupées. Les auteurs ont trouvé une différence significative dans la composition du microbiote intestinal entre les répondeurs et les non-répondeurs dans la cohorte PRIMM-UK, mais pas dans la cohorte PRIMM-Netherland (NL). De plus, en analysant les bases de données accessibles au public (n = 147 échantillons métagénomiques), il est clairement apparu que la reproductibilité des prédictions de réponse entre les cohortes était limitée. Aucune bactérie unique n’était un biomarqueur parfaitement constant de la réponse aux ICI dans tous les ensembles de données. Toutefois, un panel d’espèces microbiennes, incluant Bifidobacterium pseudocatenulatum, Roseburia spp. et Akkermansia muciniphila, a été identifié dans l’étude comme étant associé aux répondeurs. En ce qui concerne les gènes fonctionnels du microbiote, par exemple l’ADN adénine méthylase, ils étaient augmentés chez les répondeurs. En conclusion, bien qu’un panel potentiel de biomarqueurs microbiens montrant la réactivité au traitement par ICI ait été identifié, des études futures sur des cohortes plus vastes sont nécessaires. En outre, plusieurs facteurs cliniques doivent être considérés comme étant des facteurs de confusion lors de l’évaluation des biomarqueurs qui pourraient être utiles pour le diagnostic.

AKKERMANSIA MUCINIPHILA INTESTINAL PRÉDIT LA RÉPONSE CLINIQUE AUX ANTI-PD-1 CHEZ LES PATIENTS ATTEINTS D’UN CANCER DU POUMON NON À PETITES CELLULES AVANCÉ

^{Derosa L, Routy B, Thomas Am et al. Intestinal Akkermansia muciniphila predicts clinical response to PD-1 blockade in patients with advanced non-small-cell lung cancer. Nat Med 2022; 28: 315-24.}

De nombreux patients atteints d’un cancer du poumon non à petites cellules (CPNPC) ne répondent pas au traitement par inhibiteurs de checkpoint (ICI), tels que les anti-PD-1. Des preuves récentes montrent que certains membres du microbiote intestinal, en particulier Akkermansia muciniphila, peuvent influencer l’efficacité des ICI chez les patients atteints de CPNPC. De plus, la résistance au traitement a été associée à un microenvironnement tumoral moins inflammatoire. L’étude prospective multicentrique de Derosa et al. a inclus 338 patients atteints de CPNPC avancé traités par ICI afin de déterminer si les profils métagénomiques du microbiote intestinal pouvaient expliquer la réponse au traitement. Ils ont montré qu’une plus grande abondance d’Akkermansia dans les échantillons fécaux initiaux était associée à un taux de réponse plus élevé au traitement par ICI, lui-même étant associé à un bénéfice clinique (augmentation de la survie). De plus, la présence d’Akkermansia était associée à d’autres modifications du microbiote intestinal potentiellement pertinentes pour le pronostic. Plusieurs gènes tumoraux exprimés de manière différentielle étaient liés à la réponse aux anti-PD-1, ce qui suggère qu’Akkermansia pourrait favoriser la migration des lymphocytes T auxiliaires vers le microenvironnement tumoral. Afin de démontrer avec certitude qu’Akkermansia pourrait surmonter la résistance aux ICI, les auteurs ont inoculé deux souches différentes d’A. muciniphila à des souris qui avaient préalablement bénéficié d’une transplantation de microbiote fécal issu d’un patient résistant aux anti-PD-1. Par rapport aux souris témoins, les deux souches ont permis de restaurer la réponse au traitement. Cette étude est de loin la plus vaste analyse métagénomique prospective ayant validé Akkermansia comme facteur pronostique potentiel pour les patients atteints de CPNPC traités par ICI et démontré le potentiel mécaniste d’Akkermansia.

TRANSPLANTATION DE MICROBIOTE FÉCAL POUR LES TROUBLES BIPOLAIRES : UNE ÉTUDE DE CAS DÉTAILLÉE

^{Parker G, Spoelma MJ, Rhodes N. Faecal microbiota transplantation for bipolar disorder: A detailed case study. Bipolar Disord 2022 (ahead of print).}

La seule indication approuvée de la TMF est l’infection récurrente à Clostridioides difficile. Toutefois, l’implication du microbiote intestinal dans de nombreuses autres maladies (la maladie de Parkinson, par exemple) suggère que les indications de la TMF pourraient bientôt être élargies. Le microbiote intestinal peut également modifier de nombreux processus associés à la dépression, comme l’axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien. Aucun essai publié n’avait jusqu’à présent utilisé la TMF pour traiter des patients souffrant de troubles bipolaires. L’étude longitudinale de Parker et al. présente le cas d’un homme de 28 ans souffrant de troubles bipolaires. À l’âge de 10 ans, il a développé des épisodes dépressifs. Les symptômes comprenaient une humeur sévèrement dépressive, des pensées suicidaires, une anergie, des troubles de la concentration, un retard psychomoteur et une insomnie. Ces symptômes étaient fréquemment associés à de l’irritabilité et de l’anxiété. À l’âge de 15 ans, il a développé son premier épisode hypomaniaque. Pendant des années, il a été traité avec succès par des médicaments, mais les troubles thymiques sont réapparus. Il a volontairement commencé à prendre des probiotiques (souches de Lactobacillus Saccharomyces). Après la prise des probiotiques, il a lui-même signalé un énorme soulagement de ses symptômes. Encouragé par ces améliorations, le patient a lu des articles sur les recherches relatives au microbiome et décidé d’essayer la TMF. Cette procédure a été pratiquée par coloscopie par un gastro-entérologue. Après la TMF, le patient a noté ses états d’humeur pendant 470 jours consécutifs. Il a lui-même signalé que les épisodes thymiques avaient diminué en fréquence et en sévérité au fil des mois. Il a également pu réduire considérablement son traitement médicamenteux. Douze mois après la TMF, il a déclaré avoir des épisodes maniaques distincts, pratiquement aucun symptôme bipolaire et une amélioration des symptômes du trouble du déficit de l’attention avec hyperactivité. Bien qu’il ne s’agisse que d’une étude de cas, la TMF a permis de réduire les symptômes bipolaires, ce qui justifie la nécessité de mener des études sur la TMF dans des cohortes bipolaires plus importantes.

LE VIROME

Le Pr Dennis Sandris Nielsen nous a présenté le virome, un ensemble de virus que nous portons, qui est un domaine de recherche émergent qui semble jouer un rôle important dans la santé et les maladies humaines. L’analyse d’échantillons fécaux montre qu’environ 6 % de l’ADN retrouvé n’est pas d’origine bactérienne, mais d’origine virale. Pour chaque bactérie présente dans le corps humain, un virus lui correspond. Comme le microbiome, le virome est influencé par des facteurs pré-, péri- et post-natals (alimentation, environnement, fratrie, médicaments, etc.). Ces virus sont donc omniprésents dans l’intestin et jouent un rôle clé dans la régulation du microbiome intestinal. Les bactériophages sont un type de virus qui s’attaquent aux bactéries d’une manière spécifique à l’hôte. Deux types différents d’interactions sont décrits : la dynamique « kill the winner (tuer le vainqueur) » et la dynamique « piggyback the winner (sur les épaules du vainqueur) ». Selon la première dynamique, les bactériophages attaquent la bactérie, injectent leur ADN et utilisent la bactérie comme hôte pour créer de nouvelles particules phagiques après la lyse de la cellule. L’orateur fait une analogie avec les lions et les gazelles dans la savane, soit une dynamique de diversité constante, la destruction des concurrents de niche, le shunt ou court-circuit phagique et le renouvellement bactérien et la pression sur l’hôte pour la diversification des récepteurs de phages. Selon la seconde dynamique, le virus accompagne le vainqueur, en intégrant son ADN dans le génome de la bactérie, en modifiant la cellule hôte et en la rendant plus efficace, faisant ainsi du vainqueur un vainqueur. Une étude sur les échantillons fécaux d’une population de nourrissons en bonne santé au Danemark a identifié plus de 10 000 espèces virales appartenant à 248 familles virales. Fait notable, 232 de ces familles n’avaient pas été décrites auparavant, ce qui conforte l’hypothèse selon laquelle seule la partie émergée de l’iceberg a jusqu’à présent été découverte [1]. Les questions posées sont celles de l’implication sur la santé humaine et du rôle éventuel dans la maturation du système immunitaire. Le déséquilibre du virome intestinal pourrait jouer un rôle dans le développement de maladies (comme les MICI à début très précoce, l’ECN, etc.).

CÉSARIENNE ET MICROBIOME

Le mode d’accouchement joue un rôle clé dans la formation précoce du microbiome intestinal. Les bébés nés par voie vaginale sont exposés à des souches bactériennes différentes de celles auxquelles sont exposés les bébés nés par césarienne, avec pour conséquence une colonisation différente. De plus, la réalisation d’une césarienne est le plus souvent due à une urgence foetale. Ces bébés sont plus susceptibles d’avoir un pH du sang ombilical faible, ce qui entraîne une réduction de la perméabilité des jonctions serrées et favorise la dysbiose.

L’allaitement maternel semble contrecarrer l’effet délétère de la césarienne sur le microbiote et reste la référence en matière de nutrition infantile. Toutefois, les femmes qui accouchent par césarienne sont moins susceptibles d’allaiter ou bien elles débutent l’allaitement plus tardivement et les nourrissons sont alors nourris au lait maternisé. C’est pourquoi les chercheurs sont constamment à la recherche du cocktail parfait de pré, pro, syn ou postbiotiques permettant de mimer le microbiome intestinal d’un nourrisson allaité.

Le Dr Eduardo López-Huertas a parlé d’une souche de Lactobacillus fermentum et montré des résultats prometteurs chez des nourrissons nés par césarienne. Dans le cadre d’un essai contrôlé randomisé (ECR), les auteurs ont analysé les échantillons de selles de nourrissons nourris avec une formule symbiotique contenant L. fermentum et des GOS et ils ont trouvé des ressemblances majeures avec les échantillons fécaux de nourrissons allaités (plus de bifidobactéries, pH fécal plus faible) [2]. En outre, une méta- analyse récente (3 essais) a montré que L. fermentum réduisait l’incidence des infections gastro-intestinales de 73 % chez les nourrissons nés par césarienne. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour étudier les avantages possibles dans la prévention de maladies potentielles, comme les infections du tractus gastro-intestinal ou des voies respiratoires, en particulier chez les bébés nés par césarienne, qui ont un microbiome intestinal défavorable [3].

LES HMO DANS LES PRÉPARATIONS POUR NOURRISSONS ET LE MICROBIOME

Le Dr Giles Major nous a fait part de son point de vue sur le lien entre les glycanes et le microbiome intestinal. Les glycanes ou oligosaccharides du lait maternel (human milk oligosaccharides, HMO) affectent la composition globale du microbiome intestinal. Le lait maternel est composé de nombreux HMO différents dont la concentration dans le lait maternel varie en fonction de l’origine ethnique de la mère ainsi qu’au cours de la croissance de l’enfant. En étudiant le microbiome intestinal à un âge précoce, nous constatons une prédominance des bifidobactéries chez les nourrissons allaités par rapport aux nourrissons nourris au lait maternisé. Ces bifidobactéries sont importantes car elles absorbent du carbone et produisent des acides gras à chaîne courte qui modulent la perméabilité de la barrière intestinale. Leur source de carbone sont les HMO et le microbiome joue un rôle dans la digestion de ces HMO au travers de la présence de CAZymes. Ainsi, les CAZymes que vous possédez détermineront les glycanes que vous pourrez digérer et le type de glycanes dont un enfant est nourri orientera la maturation du microbiome au début de la vie.

Un ECR est conduit, dans lequel un groupe témoin de nourrissons nourris au lait maternisé est comparé à un groupe test recevant un mélange 5-HMO. L’essai est toujours en cours, mais les résultats préliminaires montrent que la diversité microbienne intestinale globale était significativement différente dans le groupe témoin par rapport au groupe test, dans lequel la composition du microbiome se rapprochait de celle des nourrissons allaités. L’orateur suggère que cela pourrait être la conséquence de la promotion des bifidobactéries, mais il ne s’agit pour l’instant que d’une hypothèse.