Douleurs, crampes, ballonnements, diarrhées, constipations... Le syndrome du côlon irritable est une maladie qui se manifeste par un ensemble de symptômes abdominaux qui vont et viennent au cours de la vie du patient. Ces symptômes peuvent être exacerbés par le stress, les changements émotionnels ou certains aliments… et altérés considérablement la qualité de vie du patient. S’il n’existe pas de problème anatomique ou structurel de l'intestin des personnes souffrant de ce syndrome, le microbiote intestinal, en revanche, est souvent mis en cause.

Un donneur unique avec un super microbiote ?

Les chercheurs de cette étude ont testé dans un essai clinique l'efficacité d’une transplantation de microbiote fécal en utilisant des échantillons de selles d'un seul homme caucasien âgé de 36 ans¹ qui cochait toutes les cases du « super donneur » : en bonne santé, IMC normal, faisant régulièrement de l'exercice, né par voie vaginale et ayant été allaité. Mieux, il ne prenait aucun médicament, n'avait reçu que trois traitements antibiotiques au cours de sa vie et prenait régulièrement des compléments alimentaires. Dans cet essai clinique, la transplantation de microbiote fécal s'est avérée efficace chez des patients souffrant du syndrome du côlon irritable. Cependant, ces résultats n'ont été observés que 3 mois après la transplantation, et plusieurs questions restent à résoudre, notamment celle de savoir si l'effet clinique de la transplantation se maintient à long terme. Lors d’une présente étude, les chercheurs ont continué le suivi de ces patients pendant un an. 

Des bénéfices toujours présents après 1 an 

La plupart des patients qui avaient répondu à la transplantation de microbiote fécal après 3 mois ont maintenu leur réponse après 1 an. Autre résultat encourageant, leurs symptômes abdominaux, leur fatigue et leur qualité de vie s'étaient nettement améliorés par rapport à trois mois après la transplantation. Encore mieux, entre 32 et 45% des patients, selon les groupes, ont connus une rémission complète au cours de l’année de suivi. L’analyse complète du microbiote intestinal des patient a montré des changements dans le profil bactérien intestinal et une diminution significative de l’indice de dysbiose.

En conclusion, la transplantation de microbiote fécal à partir d’un « super-donneur » permettrait de rétablir le microbiote intestinal et diminuer les symptômes des patients souffrants du syndrome du côlon irritable. 

^{1. El- Salhy M, Hatlebakk JG, Gilja OH, et al. Efficacy of faecal microbiota transplantation for patients with irritable bowel syndrome in a randomised, double- blind, placebo- controlled study. Gut. 2020;69(5):856- 867.}

Sources 

^{El-Salhy M, Kristoffersen AB, Valeur J, et al. Long-term effects of fecal microbiota transplantation (FMT) in patients with irritable bowel syndrome. Neurogastroenterol Motil. 2021;e14200.}

Une dysbiose sur le grill : le microbiote intestinal 

Le microbiote intestinal est le principal microbiote du corps humain ². Il abrite au moins 1000 espèces différentes³ de microorganismes : des bactéries, mais aussi des champignons, des virus… Les groupes des Firmicutes (qui comprennent les lactobacilles, ces « bonnes bactéries » bien connues) et des Bacteroidetes représentent à eux deux pour 70% à 90% de la communauté bactérienne de notre intestin ^2,4. Notre microbiote contient également des Actinobacteria, auxquelles appartiennent les bifidobactéries, réputées pour leurs bienfaits. D’autres micro-organismes de notre microbiote pourraient nous rendre malades, ils sont dits potentiellement pathogènes (sidenote: pathogènes Un pathogène est un microorganisme qui cause, ou peut causer, une maladie Pirofski LA, Casadevall A. Q and A: What is a pathogen? A question that begs the point. BMC Biol. 2012 Jan 31;10:6. ) , mais sont minoritaires^2. Une dysbiose se traduit par un ou plusieurs de ces phénomènes :

• Les proportions entre ces grandes familles bactériennes se modifient de façon importante, avec notamment une perte de lactobacilles et de bifidobactéries⁵;
• Des micro-organismes utiles qui vivent normalement dans notre microbiote (dits « commensaux ») diminuent ou disparaissent¹ ;
• La diversité des micro-organismes présents dans le microbiote s’appauvrit : il y a moins d’espèces différentes⁵;
• Les micro-organismes potentiellement pathogènes du microbiote prolifèrent^1,5. 

Conséquences : notre microbiote se fragilise et les « mauvaises » bactéries prennent le dessus sur les « bonnes »². Il protège moins facilement notre organisme des agressions et assure moins efficacement ses rôles essentiels pour notre forme et notre santé^1,6.

Qu’est-ce que la dysbiose ?

Bien que la dysbiose ne soit pas considérée comme une maladie, elle est associée à différents problèmes de santé et peut contribuer au développement ou à l’exacerbation de certaines pathologies.

Un déséquilibre du microbiote propre à chacun

Cependant, la dysbiose n’est pas un terme universel qui peut s’appliquer à tous et dans toutes les circonstances^₁! En effet, influencée par nos gènes et les micro-organismes (déf : organismes vivants qui sont trop petits pour être vus à l'œil nu. Ils incluent les bactéries, les virus, les champignons, les archées, les protozoaires, etc… et sont communément appelés "microbes (sidenote: https://microbiologysociety.org/why-microbiology-matters/what-is-microbiology.html ) ") qui ont colonisé notre corps dans nos premières années de vie, la composition de notre microbiote est personnelle. Elle varie si considérablement entre les individus qu’elle pourrait être aussi propre à chacun qu’une empreinte digitale⁷. Mais elle peut aussi évoluer selon notre âge, notre état de santé, la survenue d’un stress, notre alimentation, notre lieu de vie, les médicaments que nous prenons…⁸. Ainsi, chacun de nous peut avoir « sa » dysbiose quand notre microbiote se déséquilibre et ne fonctionne plus correctement au sein de notre organisme¹. 

Qu’est ce qui provoque une dysbiose ?

Comme l’indique sa définition, une dysbiose apparaît sous l’influence de nombreux facteurs très différents, souvent intriqués⁵. On peut toutefois distinguer :

Ceux qui sont liés à l’individu lui-même, comme : 

• la génétique¹; 
• l’âge¹¹;
• certaines pathologies et blessures¹ ; 

Ceux qui sont liés à son environnement, comme :

• la prise de médicaments : antibiotiques, anti-inflammatoires…^2,5, 
• les infections¹²;
• le mode de vie : alimentation déséquilibrée ou changements d’alimentation, stress, tabagisme, hygiène inadaptée…^{1, 5,8} ;
• la pollution ⁸

Quelques causes de la dysbiose

A chaque microbiote, sa dysbiose et ses pathologies

La dysbiose : cause ou conséquence d’une maladie ?

De nombreuses études comparant les microbiotes de personnes saines et malades ont montré qu’une dysbiose était associée à diverses pathologies chroniques : des maladies intestinales comme le syndrome du côlon irritable ou la maladie de Crohn, mais aussi l’obésité, les allergies, l’asthme et certains cancers...¹ Mais est-ce la dysbiose qui provoque la maladie ou la maladie qui provoque la dysbiose ? Pour les scientifiques, la réponse n’est pas toujours évidente mais fait actuellement l’objet de nombreuses recherches.

Pour y voir plus clair, des chercheurs ont lancé en 2019 Homo symbiosus, un grand projet de recherche qui vise à mieux déterminer pourquoi et comment tant de maladies chroniques sont associées à une dysbiose intestinale. Les chercheurs ont émis l’hypothèse que tous « ces phénomènes de dysbiose intestinale, de prolifération microbienne, d’inflammation et de fragilisation de la paroi intestinale » s’entretiennent mutuellement¹⁰.

Une dysbiose du microbiote intestinal est impliquée dans des maladies variées : digestives, mais aussi métaboliques²², allergiques²³ et même mentales²⁴. Mais le corps humain abrite également des écosystèmes microbiens spécifiques au niveau de la peau²⁵, des voies urinaires²⁶, dans le vagin²⁷ ou encore dans la bouche²⁸ et nos poumons²⁹… dont la composition peut se déséquilibrer et être associée à des maladies spécifiques. 

Comment le microbiote retrouve-t-il son équilibre ?

Normalement, après un épisode de dysbiose, le microbiote est capable de retrouver naturellement son équilibre initial (bien qu’on ne retrouve jamais totalement la composition de départ) : on dit qu’il est « résilient » ³⁰. Mais parfois, cette « re-biose », autrement dit le retour à l’équilibre microbien, peut prendre du temps : par exemple, même chez un adulte en bonne santé, elle peut prendre six mois après la prise d’un antibiotique ³¹. Il arrive enfin que la dysbiose entraîne un état de déséquilibre qui va se prolonger et s’auto-entretenir durablement sans réussir à se rétablir complètement, ce qui peut être dommageable pour la santé ¹.

Face à une dysbiose, que faire ? Plusieurs solutions s’offrent à nous pour rétablir l’équilibre d’un microbiote et retrouver une meilleure santé.

BMI-21.48

Comme chaque année depuis 2015, la Semaine mondiale de sensibilisation à la résistance aux antimicrobiens (WAAW) nous sensibilise à l’accroissement de la résistance aux antibiotiques (sidenote: Antibiorésistance On parle de résistance aux antimicrobiens lorsque les bactéries, les virus, les champignons et les parasites ne répondent plus aux médicaments du fait de leur évolution dans le temps. Les antibiotiques et autres médicaments antimicrobiens perdent leur efficacité et les infections deviennent de plus en plus difficiles voire impossibles à traiter. Cette résistance aux microbiens augmente le risque de propagation, de forme grave de la maladie voire de décès. L’antibiorésistance correspond à la résistance des antibiotiques aux bactéries. Source : Résistance aux antimicrobiens. 26 Octobre 2020.  )  (également appelée antibiorésistance). Ce phénomène, lié au mauvais usage ou à une consommation excessive d’antibiotiques, désigne la capacité d’une bactérie à résister à l’action d’un antibiotique. Depuis 2020, la WAAW a élargi la portée de sa campagne aux antimicrobiens (sidenote: Antimicrobiens Médicaments – comme les antibiotiques, les antiviraux, les antifongiques et les antiparasitaires – utilisés pour prévenir et traiter les infections chez les êtres humains, les animaux et les végétaux. WHO Antimicrobial Resistance; Nov 2023 )  : antiviraux, antifongiques, antiparasitaires…c’est à dire des médicaments indispensables pour lutter contre les microorganismes (sidenote: Microorganismes Organismes vivants qui sont trop petits pour être vus à l'oeil nu. Ils incluent les bactéries, les virus, les champignons, les archées, les protozoaires, etc… et sont communément appelés "microbes". Source : What is microbiology? Microbiology Society.
  )  pathogènes (sidenote: pathogènes Un pathogène est un microorganisme qui cause, ou peut causer, une maladie Pirofski LA, Casadevall A. Q and A: What is a pathogen? A question that begs the point. BMC Biol. 2012 Jan 31;10:6. )  - En réduisant les possibilités de traitement des infections, l’antibiorésistance menace notre santé à tous². De nombreuses recherches s’attachent donc à comprendre son expansion pour mieux la contrôler voire la stopper.

Une antibiorésistance qui passe sous les radars

Nous savons aujourd’hui que l’antibiorésistance est principalement due à l’utilisation excessive des antibiotiques en médecine humaine, mais aussi dans l’élevage et l’agriculture². Une récente étude nous révèle toutefois un mécanisme de propagation inattendu : nos vacances et nos déplacements professionnels dans des pays exotiques ! En effet, les voyages internationaux favoriseraient la propagation des gènes (sidenote: Gène Un gène est l'unité physique et fonctionnelle de base de l'hérédité. Les gènes sont constitués d'ADN. Source : What is a gene?MedlinePlus.gov. 
  )  de résistance aux antimicrobiens au niveau intestinal. Des chercheurs ont réuni 190 voyageurs néerlandais, répartis-en 4 sous-groupes en fonction de leur destination. Les lieux de séjour ont été choisis dans des zones fortement touchées par l’antibiorésistance : Asie du Sud-Est, Asie du Sud, Afrique du Nord et Afrique de l’Est. Ces chercheurs ont cherché à déterminer si les déplacements internationaux vers ces régions pouvaient faciliter leur dissémination vers des régions plus épargnées. Ainsi, pour évaluer le portage de ces gènes au niveau intestinal, un échantillon de selles a donc été prélevé chez chaque participant avant et après le voyage.

Une valise diplomatique de l’antibiorésistance au niveau intestinal ?

Grâce à l’utilisation d’une technique de pointe (la métagénomique (sidenote: Métagénomique Méthode d'étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes (intestin, océan, sols, air, etc.) prélevés dans la nature (par opposition à des échantillons cultivés en laboratoire). Cette approche permet une description des gènes qui sont contenus dans l'échantillon, mais aussi un aperçu du potentiel fonctionnel d'un environnement. Source : Riesenfeld CS, Schloss PD, Handelsman J. Metagenomics: genomic analysis of microbial communities. Annu Rev Genet. 2004;38:525-52.
  ) ), l’équipe a ainsi constaté une hausse du nombre de gènes de résistance aux antibiotiques entre le départ et le retour, en particulier chez les voyageurs revenant d’Asie du Sud-Est. Au total, une cinquantaine de gènes de résistance aux antibiotiques ont été détectés au cours des voyages. Parmi eux, des gènes de résistances classiques et bien connus aux antibiotiques (dont la famille des β-lactamines, des tétracyclines fluoroquinolones entre autres), mais aussi des nouveaux gènes jamais identifiés auparavant.

Voyager : un enjeu de santé publique ?

Les résultats de cette étude sont sans appel : les voyageurs internationaux, colonisés par des gènes de résistance au cours de leurs voyages, pourraient à leur insu rapporter dans leur valise des bactéries résistances aux antibiotiques.  Face au risque de propagation, les auteurs tirent la sonnette d’alarme et soulignent l’importance d’engager rapidement des actions dans les pays particulièrement touchés par l’antibiorésistance. Un appel qui fait écho avec la campagne de l’OMS.

1. Les antibiotiques sauvent des vies

Depuis la découverte de la pénicilline en 1928, l’utilisation généralisée des antibiotiques a permis de sauver plusieurs millions de vies. Principale arme dans la lutte contre les infections bactériennes, les antibiotiques ont permis de gagner près de 20 ans d’espérance de vie parallèlement aux vaccinations¹.

2. Les antibiotiques détruisent les espèces responsables des infections mais aussi les bonnes bactéries

Intestin, vagin, poumon, peau… Plusieurs parties de notre corps abritent des micro-organismes (bactéries, champignons, virus). On les appelle les microbiotes². Les antibiotiques, s'ils éradiquent les germes pathogènes responsables de notre infection, peuvent également détruire certaines bactéries bénéfiques au sein de notre microbiote et provoquer un déséquilibre plus ou moins important au sein de cet écosystème. C’est ce que l’on appelle une dysbiose (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) ³. Tous les microbiotes du corps sont concernés : le microbiote intestinal mais également le microbiote cutané⁴, pulmonaire⁵, ORL⁶, urinaire⁷ et vaginal⁸.

3. Les antibiotiques peuvent engendrer des effets secondaires 

En induisant une dysbiose, les antibiotiques peuvent entrainer des conséquences néfastes pour la santé. La principale complication à court terme est la modification du transit chez certains patients. Celle-ci se traduit le plus souvent par une diarrhée, le microbiote intestinal étant moins apte à remplir ses fonctions protectrices. Cette diarrhée associée aux antibiotiques est généralement d'intensité légère à modérée et son incidence varie selon l’âge, le type d’antibiotiques, le contexte… Elle peut toucher jusqu’à 35%^9,10,11 des patients et chez les enfants, ce pourcentage peut atteindre jusqu'à 80%⁹. Dans 10 à 20% des cas, la diarrhée résulte d'une infection par Clostridioides difficile (C. difficile)¹¹ : cette bactérie colonise le microbiote intestinal et va devenir pathogène sous l’influence de certains facteurs (une prise d’antibiotiques par exemple). Les conséquences cliniques sont variables, allant d’une diarrhée modérée à des symptômes beaucoup plus graves, voire la mort¹¹.

4. Les antibiotiques peuvent engendrer des effets secondaires à plus long terme

La diarrhée associée aux antibiotiques n’est pas la seule manifestation de la dysbiose associée aux antibiotiques. Cette dernière serait responsable d’effets à plus long terme lorsqu’elle survient très tôt dans la vie. En effet, la période périnatale, qui se caractérise par le développement du microbiote intestinal et la maturation du système immunitaire, constitue une période particulièrement sensible¹² : la dysbiose induite par la prise d’antibiotiques durant cette phase semble être un facteur de risque dans la survenue de maladies chroniques (obésité, diabète, asthme, maladies inflammatoires chroniques de l’intestin)¹³.

5. L’usage inadapté des antibiotiques est responsable de la résistance aux antibiotiques 

La résistance aux antibiotiques - ou antibiorésistance – correspond au fait qu’un traitement antibiotique ne soit plus efficace sur une infection bactérienne¹. A quoi est-ce dû ? Les antibiotiques ne sont efficaces que sur les bactéries, et n’ont aucune action sur les virus (la grippe par exemple)¹⁴. Leur utilisation inadaptée (en cas d’infection virale par exemple) ou excessive - chez l’homme ou l’animal - accélère ce phénomène. La résistance aux antibiotiques entraine des hospitalisations plus longues, une hausse des dépenses de santé et une augmentation des décès. C’est pourquoi celle-ci constitue, à l’échelle mondiale, un enjeu majeur de santé publique¹.

6. Il existe, chaque année, une Semaine mondiale pour favoriser le bon usage des antibiotiques 

Chaque année, du 18 au 24 novembre, l’OMS organise la Semaine mondiale de sensibilisation à la résistance aux antimicrobiens qui vise à mieux faire connaître le phénomène de résistance aux antimicrobiens (sidenote: Antimicrobiens Catégories de médicaments regroupant les antibiotiques (action contre les bactéries), antiviraux (contre les virus), antiparasitaires (contre les parasites) et antifongiques (contre les champignons)   WHO Antimicrobial Resistance; Oct 2020 ) et d’encourager le grand public, les professionnels de santé et les responsables politiques à adopter de meilleures pratiques pour lutter contre l’émergence et la propagation des résistances. En tant qu’expert des microbiotes, le Biocodex Microbiota Institute se joint à cette initiative.

1. Les antibiotiques sauvent des vies

Depuis la découverte de la pénicilline en 1928, l’utilisation généralisée des antibiotiques a permis de sauver plusieurs millions de vies. Principale arme dans la lutte contre les infections bactériennes, les antibiotiques ont permis de gagner près de 20 ans d’espérance de vie parallèlement aux vaccinations¹.

2. Les antibiotiques détruisent les espèces responsables des infections mais aussi les bonnes bactéries

Intestin, vagin, poumon, peau… Plusieurs parties de notre corps abritent des micro-organismes (sidenote: Micro-organismes Organismes vivants qui sont trop petits pour être vus à l'œil nu. Ils incluent les bactéries, les virus, les champignons, les archées, les protozoaires, etc… et sont communément appelés "microbes". What is microbiology? Microbiology Society.   ) (bactéries, champignons, virus). On les appelle les microbiotes². Les antibiotiques, s'ils éradiquent les germes pathogènes responsables de notre infection, peuvent également détruire certaines bactéries bénéfiques au sein de notre microbiote et provoquer un déséquilibre plus ou moins important au sein de cet écosystème. C’est ce que l’on appelle une dysbiose (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) ³.

Tous les microbiotes du corps sont concernés :

• le microbiote intestinal,
• le microbiote cutané,⁴ 
• le microbiote pulmonaire,⁵ 
• le microbiote ORL,⁶ 
• le microbiote urinaire,⁷ 
• et le microbiote vaginal.⁸ 

3. Les antibiotiques peuvent engendrer des effets secondaires 

En induisant une dysbiose, les antibiotiques peuvent entrainer des conséquences néfastes pour la santé. La principale complication à court terme est la modification du transit chez certains patients. Celle-ci se traduit le plus souvent par une diarrhée, le microbiote intestinal étant moins apte à remplir ses fonctions protectrices. Cette diarrhée associée aux antibiotiques est généralement d'intensité légère à modérée et son incidence varie selon l’âge, le type d’antibiotiques, le contexte… Elle peut toucher jusqu’à 35%^9,10,11 des patients et chez les enfants, ce pourcentage peut atteindre jusqu'à 80%⁹. Dans 10 à 20% des cas, la diarrhée résulte d'une infection par Clostridioides difficile (C. difficile)¹¹ : cette bactérie colonise le microbiote intestinal et va devenir pathogène sous l’influence de certains facteurs (une prise d’antibiotiques par exemple). Les conséquences cliniques sont variables, allant d’une diarrhée modérée à des symptômes beaucoup plus graves, voire la mort¹¹.

4. Les antibiotiques peuvent engendrer des effets secondaires à plus long terme

La diarrhée associée aux antibiotiques n’est pas la seule manifestation de la dysbiose associée aux antibiotiques. Cette dernière serait responsable d’effets à plus long terme lorsqu’elle survient très tôt dans la vie. En effet, la période périnatale, qui se caractérise par le développement du microbiote intestinal et la maturation du système immunitaire, constitue une période particulièrement sensible¹² : la dysbiose induite par la prise d’antibiotiques durant cette phase semble être un facteur de risque dans la survenue de maladies chroniques (obésité, diabète, asthme, maladies inflammatoires chroniques de l’intestin)¹³.

5. L’usage inadapté des antibiotiques est responsable de la résistance aux antibiotiques 

La résistance aux antibiotiques - ou antibiorésistance – correspond au fait qu’un traitement antibiotique ne soit plus efficace sur une infection bactérienne¹. A quoi est-ce dû ? Les antibiotiques ne sont efficaces que sur les bactéries, et n’ont aucune action sur les virus (la grippe par exemple)¹⁴. Leur utilisation inadaptée (en cas d’infection virale par exemple) ou excessive - chez l’homme ou l’animal - accélère ce phénomène. La résistance aux antibiotiques entraine des hospitalisations plus longues, une hausse des dépenses de santé et une augmentation des décès. C’est pourquoi celle-ci constitue, à l’échelle mondiale, un enjeu majeur de santé publique¹.

6. Il existe, chaque année, une Semaine mondiale de sensibilisation à la résistance aux antimicrobiens 

Chaque année, du 18 au 24 novembre, l’OMS organise la Semaine mondiale de sensibilisation à la résistance aux antimicrobiens qui vise à mieux faire connaître le phénomène de résistance aux antimicrobiens (sidenote: Antimicrobiens Catégories de médicaments regroupant les antibiotiques (action contre les bactéries), antiviraux (contre les virus), antiparasitaires (contre les parasites) et antifongiques (contre les champignons)   WHO Antimicrobial Resistance; Oct 2020 ) et d’encourager le grand public, les professionnels de santé et les responsables politiques à adopter de meilleures pratiques pour lutter contre l’émergence et la propagation des résistances. En tant qu’expert des microbiotes, le Biocodex Microbiota Institute se joint à cette initiative.

Côté pile, une extraordinaire découverte scientifique qui permet de sauver des millions de vies. Côté face, un usage excessif et parfois inadapté qui peut faire émerger de nombreuses résistances chez les microorganismes (que ce soit les bactéries, virus, parasites, champignons). Conséquence, les antimicrobiens, conçus pour guérir, sont de moins en moins efficaces et à terme, si aucune mesure n’est engagée, risque de ne plus parvenir à nous soigner contre les infections. 

Les résistances aux antimicrobiens seraient ainsi responsables, chaque année, de près de 700 000 décès dans le monde².  Si rien ne change, les maladies infectieuses pourraient devenir, en 2050, une des premières causes de mortalité dans le monde, en provoquant jusqu’à 10 millions de morts².

Véritable carrefour de connaissances dédié au microbiote, l’Institut du Microbiote est un partenaire actif de l’événement depuis 2020. Tout au long du mois de novembre, l’Institut vous invite, via des articles, actualités mais aussi vidéos d’experts et dossiers thématiques à approfondir vos connaissances et à découvrir les conséquences à moyen, long terme des antibiotiques sur le microbiote humain. Un exemple ? Malgré leur efficacité reconnue contre les bactéries (et inutiles en cas d’infection virale)³, ils entrainent souvent une dysbiose. Celle-ci est associé à certains troubles bien connus, tels que la diarrhée associée aux antibiotiques.

Mais ce n’est pas tout ! La prise d’antibiotiques est également soupçonnée d'augmenter le risque de plusieurs maladies chroniques⁴ (allergies, asthme, obésité, maladies inflammatoires chroniques de l’intestin…), et ceci particulièrement s’ils sont prescrits tôt dans l’enfance. Peut-on y remédier ? Oui ! En favorisant une prescription pertinente pour garantir le bon usage des antibiotiques ! Mais aussi en accompagnant le patient sur les risques de dysbiose associés à un usage excessif et inadapté des antibiotiques. Tous responsables, tous mobilisés pour réduire la résistance aux antimicrobiens ! 

Côté pile, une extraordinaire découverte scientifique qui permet de sauver des millions de vies. Côté face, un usage excessif et parfois inadapté qui peut faire émerger de nombreuses résistances chez les microorganismes (que ce soit les bactéries, virus, parasites, champignons). Conséquence, les antimicrobiens, conçus pour guérir, sont de moins en moins efficaces et à terme, si aucune mesure n’est engagée, risque de ne plus parvenir à nous soigner contre les infections. 

Les résistances aux antimicrobiens seraient ainsi responsables, chaque année, de près de 700 000 décès dans le monde².  Si rien ne change, les maladies infectieuses pourraient devenir, en 2050, une des premières causes de mortalité dans le monde, en provoquant jusqu’à 10 millions de morts².

Véritable carrefour de connaissances dédié au microbiote, l’Institut du Microbiote est un partenaire actif de l’événement depuis 2020. Tout au long du mois de novembre, l’Institut vous invite, via des articles, actualités mais aussi vidéos d’experts, à découvrir les conséquences à moyen, long terme des antibiotiques sur le microbiote humain. Un exemple ? Prenez les antibiotiques. Malgré leur efficacité reconnue contre les bactéries (et inutiles en cas d’infection virale)³, ils perturbent l’équilibre au sein de notre microbiote intestinal. Ce déséquilibre, plus connu sous le nom de dysbiose (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) , est associé à certains troubles bien connus, tels que la diarrhée associée aux antibiotiques. Mais ce n’est pas tout ! La prise d’antibiotiques est également soupçonnée d'augmenter le risque de plusieurs maladies chroniques (allergies, asthme, obésité, maladies inflammatoires chroniques de l’intestin…), et ceci particulièrement s’ils sont prescrits tôt dans l’enfance.

Peut-on y remédier ? Oui ! D’abord en privilégiant un usage juste et approprié. Ne prenez pas ces médicaments sans prescription d’un professionnel de santé. Respectez la dose, la posologie, la durée de votre traitement et ne le partagez pas avec une autre personne.⁴

Et gardez en tête que les antibiotiques ce n’est pas automatique © !

Recommandé par notre communauté

Microbiote du cuir chevelu : mets de l'huile (de coco) !

^{Saxena R, Mittal P, Clavaud C. et al. Longitudinal study of the scalp microbiome suggests coconut oil to enrich healthy scalp commensals. Sci Rep 2021; 11: 7220.}

Une étude récente montre que l’huile de noix de coco aide au maintien d’un cuir chevelu sain en agissant favorablement sur son microbiote. Les chercheurs ont comparé l’impact d’une application d’huile de coco versus un shampoing neutre sur le microbiote bactérien et fongique du cuir chevelu de 140 femmes avec ou sans pellicules. Dans le cuir chevelu des femmes avec des pellicules, on retrouvait des populations beaucoup plus importantes de champignons Malassezia, qui accélèreraient le développement des pellicules et de l’inflammation. A contrario, une autre espèce de champignons, M. globosa, colonisait en abondance le cuir chevelu des femmes qui ne présentaient ni pellicules ni démangeaisons. Le traitement à l’huile de noix de coco a permis d’augmenter la proportion de M. globosa par rapport aux autres groupes de Malassezia, vers un ratio similaire aux cuirs chevelus en bonne santé. Bien qu’aucune différence significative n’ait été observée entre le microbiote bactérien du groupe sain et celui présentant des pellicules, le traitement à l’huile de coco a permis, dans les deux groupes, une augmentation des bactéries impliquées dans le métabolisme de la biotine. Cette vitamine B est essentielle au maintien d’une peau et d’un cuir chevelu en bonne santé. Elle est également connue pour réduire l’inflammation. Des études complémentaires s’avèrent nécessaires pour comprendre les mécanismes sous-jacents mais, pour les chercheurs, l’effet positif de l’huile de coco sur la composition et la fonction des communautés microbiennes serait la première étape vers une restauration à plus long terme d’un cuir chevelu sain.

Des endolysines recombinantes contre la vaginose bactérienne

^{Landlinger C, Tisakova L, Oberbauer V. Engineered phage endolysin eliminates gardnerella biofilm without damaging beneficial bacteria in bacterial vaginosis ex vivo. Pathogens 2021; 10: 54.}

Une étude montre que grâce à des endolysines recombinantes du type 1,4-bêta- N-acétylmuramidase, provenant de prophages au sein du génome de Gardnerella, il est possible d’éliminer le biofilm bactérien responsable de la vaginose bactérienne, sans endommager les bactéries bénéfiques du microbiote vaginal. Pour cela, les auteurs ont créé plusieurs endolysines - des enzymes des bactériophages, qui lysent la paroi des bactéries - modifiées par réarrangement de domaine. Ils ont testé leur activité bactéricide sur des souches de Gardnerella par rapport aux endolysines sauvages. Les endolysines recombinantes avaient une activité bactéricide 10 fois plus élevée que celles de type sauvage. La plus active d’entre elles, baptisée PM-477, a été testée contre un panel de 20 souches de Gardnerella au sein de 4 espèces (G. vaginalis, G. leopoldii, G. piotii et G. swidsinski) et a montré une efficacité supérieure par rapport aux antibiotiques testés (métronidazole, tinidazole, clindamycine). En revanche, PM-477 n’a eu aucun effet sur les lactobacilles bénéfiques ou d’autres espèces de bactéries vaginales. Les auteurs en ont déduit que l’endolysine PM-477 était hautement sélective envers Gardnerella et tuait les souches de chacune des quatre principales espèces, sans toucher les lactobacilles bénéfiques ou autres espèces typiques du microbiote vaginal. Ils ont confirmé cette observation par microscopie, dans des co-cultures de Gardnerella et lactobacilles. Pour aller plus loin et analyser l’efficacité de PM-477 dans un environnement physiologique proche de la situation in vivo, les chercheurs ont traité les prélèvements vaginaux de 15 patientes atteintes de vaginose bactérienne et les ont analysés par hybridation in situ en fluorescence (FISH). Ils ont montré que dans 13 cas sur 15, PM-477 tuait la bactérie Gardnerella et dissolvait physiquement les biofilms sans affecter le microbiote vaginal. Pour les auteurs, l’utilisation d’endolysines serait une option thérapeutique prometteuse pour lutter contre la vaginose bactérienne et se passer des antibiotiques.