Une greffe fécale pour assurer la survie des koalas ?

Le microbiote intestinal du koala peut être modifié via une transplantation fécale ; son régime alimentaire s’ouvre alors à un plus grand nombre d’espèces d’eucalyptus. Une diversification facilitant sa survie en cas de raréfaction de ses feuilles favorites.

La transplantation fécale
Actu GP : Une greffe fécale pour assurer la survie des koalas ?

Le koala est fin gourmet. Un peu trop, puisque de nombreux individus ne tolèrent que les feuilles de gommier blanc (Eucalyptus viminalis). Si bien qu’ils s’exposent à mourir de faim en cas de pénurie. Pourtant, certains de leurs congénères peuvent se nourrir sur d’autres espèces d’eucalyptus, notamment le messmate (Eucalyptus obliqua), plus fibreux et moins nutritif, mais très répandu. Cette différence a incité des chercheurs australiens à étudier un éventuel rapport entre la composition du microbiote intestinal des marsupiaux et leur faculté à digérer les composants des feuilles de ces deux arbres.

Un lien microbiote-alimentation

Comparer le microbiote intestinal de koalas amateurs de gommier blanc exclusivement ou du seul messmate confirme une différence de composition de flore intestinale : les seconds présentent notamment un enrichissement en espèces appartenant aux familles des Lachnospiraceae et en Ruminococcaceae, des bactéries connues pour faciliter la dégradation de la cellulose, plus présente dans les intestins du koala friand de messmate.

Un microbiote inchangé

Des koalas « pro gommier blanc » en captivité se sont vu proposer en alternance des feuilles des deux espèces d’eucalyptus. L’objectif ? Voir si une modification de l’alimentation entraînait un changement dans la composition du microbiote intestinal. Ce phénomène, fréquent chez de nombreuses espèces animales, et chez l’homme, n’a pas été observé ici. Preuve que le koala possède une faible adaptabilité microbienne au changement d’alimentation, susceptible d’expliquer son rejet de certaines feuilles.

Vers un probiotique pour la survie de l’espèce ?

En revanche, l’administration de gélules de matière fécale issue de koalas sauvages consommateurs de messmate chez des koalas se nourrissant exclusivement de feuilles de gommier blanc a modifié le microbiote intestinal des receveurs et leur a permis de consommer d’autres espèces d’eucalyptus. Une évolution du comportement alimentaire a alors été observée au fil de temps : plus le microbiote intestinal se rapproche de celui des donneurs, plus les marsupiaux mangent de feuilles de messmate. Une approche probiotique par greffe fécale représenterait donc un moyen d’aider les koalas à s'adapter à un nouvel environnement ou à une raréfaction de leur espèce favorite de feuilles et d’assurer leur survie.

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Sources :

M. Blyton, R. Soo, D. Whisson, et al. Faecal inoculations alter the gastrointestinal microbiome and allow dietary expansion in a wild specialist herbivore, the koala. Animal Microbiome.1:6 ; 2019 ; 

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Comment le microbiote intestinal télécontrôle le thymus

Le microbiote intestinal contrôlerait à distance, via des métabolites microbiens, la multiplication et la maturation de certains lymphocytes T dans le thymus. Ces derniers, en retour, influenceraient l’homéostasie de la barrière intestinale.

Le microbiote intestinal Greffe de poumon : le microbiote pulmonaire, un indicateur fiable pour prédire le rejet ? Les deux visages des antibiotiques : sauveurs de vie, perturbateurs de microbiotes
Photo : How does the gut microbiota remotely control the thymus?

 

Comment le microbiote intestinal module-t-il les fonctions immunitaires ? Une question à laquelle la science a encore du mal à répondre, mais qui pourrait impliquer une sous-population des cellules T : les lymphocytes MAIT, pour Mucosal-associated invariant T (cellules T invariantes associées aux muqueuses), qui participent à l'homéostasie de la muqueuse intestinale. Ces cellules MAIT sont des lymphocytes T non conventionnels à fonction innée, localisés préférentiellement dans les muqueuses intestinales : elles possèdent un récepteur invariant de reconnaissance des métabolites d’origine bactérienne.

Le mécanisme proposé

Dans un article publié dans Sciences, des équipes françaises résument leurs différents travaux qui tendent à montrer, chez la souris, que les bactéries intestinales régiraient le développement des cellules MAIT au niveau du thymus, siège de la maturation des lymphocytes T. Le mécanisme proposé, au regard des résultats d’expérimentations in vitro et in vivo, est le suivant : les bactéries intestinales sécrèteraient un métabolite de la voie de biosynthèse de la vitamine B2, le 5-OP-RU. Celui-ci traverserait rapidement la muqueuse intestinale et voyagerait jusqu’au thymus, où il serait reconnu par les récepteurs des cellules MAIT immatures. Cette reconnaissance induirait une multiplication des précurseurs de cellules MAIT et leur maturation. Les cellules MAIT matures quitteraient le thymus pour rejoindre les muqueuses, notamment intestinales, où elles renforceraient la barrière épithéliale, endigueraient le développement des populations bactériennes et participeraient à la défense contre les pathogènes. A noter que le 5-OP-RU n’est sans doute pas le seul métabolite bactérien impliqué : les chercheurs suspectent en effet le rôle d’autres médiateurs induits par le microbiote intestinal dans la multiplication et le maintien des cellules MAIT.

Le microbiote, partie intégrante du Soi ?

En proposant un nouveau mécanisme expliquant comment le microbiote intestinal peut influencer à distance des organes de l’hôte, cette publication participe également à décoder le dialogue complexe qui s’établit entre le microbiote et le système immunitaire. Et plus précisément entre le microbiote intestinal et le thymus, considéré comme le lieu de distinction du Soi (par élimination des lymphocytes reconnaissant le Soi, permettant d’éviter les maladies auto-immunes) et du Non Soi (sélection positive des lymphocytes reconnaissant des éléments étrangers). Mais dans le mécanisme proposé, la maturation au sein du thymus des lymphocytes MAIT a la particularité de reposer sur des métabolites du microbiote. De quoi suggérer que le microbiote intestinal pourrait faire partie intégrante du Soi immunitaire.

 

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Que fait le vin rouge à notre microbiote intestinal ?

Grâce à leurs propriétés antioxydantes, les polyphénols contenus dans le vin rouge augmenteraient la diversité du microbiote intestinal, un facteur qui contribue à une bonne santé. La nouvelle devrait ravir les viticulteurs et les amateurs de « nectar des dieux » !

Le microbiote intestinal Quels aliments pour un microbiote équilibré ?
Actu GP : Que fait le vin rouge à notre microbiote intestinal ?

 

Les bienfaits du vin rouge sur notre santé - à condition qu’il soit consommé avec modération - seraient principalement dus aux polyphénols qu’il contient. Des composants naturels que l’on trouve essentiellement dans la peau des raisins rouges et dont le pouvoir antimicrobien aurait des effets bénéfiques sur le microbiote intestinal, selon des études menées chez l’animal. Observe-t-on le même effet chez l’Homme ? Et qu’en est-il des autres types d’alcool ?

Un microbiote intestinal plus diversifié

Pour répondre à ces questions, des chercheurs londoniens ont étudié les effets de la bière, du cidre, du vin rouge, du vin blanc et des spiritueux sur le microbiote intestinal de 916 jumelles britanniques. Après analyse, ils ont constaté que le microbiote intestinal des femmes consommant du vin rouge était nettement plus varié que celui de celles qui buvaient un autre type d’alcool. Or une grande diversité bactérienne est l’un des signes d’un bon état de santé. Les résultats ont été confirmés dans deux autres cohortes (américaine et hollandaise) portant chacune sur environ un millier de participantes.

Polyphénols à l’honneur

La plus grande diversité microbienne, qui n’a été retrouvée qu’avec le vin rouge, s’expliquerait par la forte teneur de cette boisson alcoolisée en polyphénols : elle est 6 à 7 fois supérieure à celle du vin blanc notamment. En outre, il suffirait d’une très faible consommation pour l’observer, soulignent les auteurs. Autre résultat à première vue surprenant : les amatrices de vin rouge avaient généralement un indice de masse corporel moins élevé, toutes cohortes confondues.

Le « French Paradox » bientôt résolu ?

D’après les auteurs, l’accroissement de la diversité bactérienne pourrait contribuer en partie aux bienfaits conférés par une consommation modérée de vin rouge en améliorant le métabolisme du cholestérol ou en réduisant le taux de graisse. Une découverte qui devrait faire couler… beaucoup d’encre et alimenter le débat, très controversé, sur les bienfaits du vin rouge. Et peut-être permettre de résoudre enfin le « French Paradox » ?

 

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Sources :

Le Roy CI, Wells PM, Si J et al. Red Wine Consumption Associated With Increased Gut Microbiotaα-diversity in 3 Independent Cohorts. Gastroenterology. 2019 ; doi: https://doi.org/10.1053/j.gastro.2019.08.024.

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Cancer du pancréas : le rôle majeur des bactéries de la tumeur

La composition du microbiote des tumeurs pancréatiques, elle-même influencée par le microbiote intestinal, modulerait la réponse immunitaire du patient et la croissance de l’adénocarcinome. De quoi relancer l’intérêt des transplantations fécales ?

Le microbiote intestinal Cancer du pancreas : le liquide duodenal, un miroir du risque ? Le microbiote de la langue, biomarqueur du cancer pancréatique ? Antibiotiques et microbiote intestinal : quels impacts sur le long terme ?
Actu PRO : Cancer du pancréas : le rôle majeur des bactéries de la tumeur

 

L’adénocarcinome canalaire pancréatique (PDAC, pour pancreatic ductal adenocarcinoma) est un cancer redouté : généralement détecté tardivement, son pronostic est sombre, avec une survie globale à 5 ans de 9 %. Une survie dans laquelle le microbiote tumoral jouerait un rôle, au regard des foisonnants résultats publiés dans Cell par 31 chercheurs, majoritairement américains.

Plus de diversité, plus de survie

Pour comprendre le rôle du microbiote tumoral et du système immunitaire sur la survie à long terme, ces chercheurs ont analysé la composition du microbiote de tumeurs réséquées chez 68 patients PDAC divisés en deux groupes : 36 patients ayant survécu plus de 5 ans (en moyenne 10,1 ans) et 32 malades décédés moins de 5 ans après l’intervention (en moyenne après 1,6 an). Leurs résultats mettent en avant une plus grande diversité des espèces bactériennes présentes dans le microbiote tumoral des patients ayant survécu plus de 5 ans. Des résultats que les chercheurs ont validé auprès d’une deuxième cohorte.

Une modulation immunitaire

Par ailleurs, les auteurs ont mis en évidence que les deux groupes de patients présentent chacun une signature du microbiote intra-tumoral spécifique : la présence et l'abondance de 3 genres bactériens (Pseudoxanthomonas, Streptomyces, Saccharopolyspora) et de Bacillus clausii permettent de prédire la survie dans 97,51 à 99,17 % des cas (selon la cohorte). Des analyses immuno-histologiques complémentaires laissent entrevoir que la composition du microbiote tumoral pourrait influencer la progression du cancer en modulant la réponse immunitaire anti-tumorale via le recrutement et l’activation de lymphocytes T CD8.

De l’intestin à la tumeur

En parallèle, l’analyse des selles, des tissus tumoraux réséqués et des tissus non-cancéreux adjacents de trois patients a montré que le microbiote intestinal représente environ 25 % du microbiote tumoral, alors qu’il est absent des tissus adjacents : le microbiote tumoral pourrait donc être colonisé par le microbiote intestinal. Enfin, des transplantations de microbiote fécal (TMF) issus de trois types de patients (survie longue, courte ou témoin) ont été réalisées chez des souris. Ces travaux ont confirmé la capacité du microbiote intestinal à coloniser les tumeurs pancréatiques. Ils suggèrent par ailleurs sa capacité à modifier la composition bactérienne de la tumeur et à moduler ainsi la fonction immunitaire, affectant in fine la trajectoire du cancer et la survie du patient. Outre la possibilité d’un pronostic reposant sur le microbiote tumoral, les résultats des TMF laissent espérer de pouvoir un jour manipuler ce microbiote afin d’améliorer l’espérance de vie des patients PDAC, pour lesquels peu d'options thérapeutiques existent à l’heure actuelle.

 

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Une gélule high-tech pour prélever le microbiote intestinal

Quelles bactéries habitent dans votre intestin grêle ? Quelles autres colonisent votre côlon ? Pour tout savoir des différentes populations hébergées dans notre tube digestif, il pourrait bientôt suffire d’avaler une gélule bourrée de technologie.

Le microbiote intestinal Quels aliments pour un microbiote équilibré ?

 

Pour connaître les bactéries qui vivent dans nos intestins, la méthode la plus souvent utilisée consiste à récolter des selles. Si cette technique offre l’indéniable avantage d’être simple et non invasive, elle présente une limite évidente : celle de n’offrir qu’une vision résiduelle du microbiote intestinal, sans rendre compte des populations très différentes vivant tout au long de notre tube digestif.

Un prélèvement ciblé

Mais les choses vont peut-être bientôt changer. En juillet 2019, une équipe américaine a annoncé la mise au point d’une gélule imprimable en 3D, qu’il suffirait d’ingérer pour tout connaître de son microbiote intestinal, ou plutôt des différentes populations bactériennes intestinales. Après dissolution d’une couche protectrice dans le petit intestin, ce petit laboratoire encapsulé prélève les bactéries présentes autour de lui via un système fonctionnant sans pile. La gélule se déplace comme les aliments, entraînée par les mouvements naturels de l’intestin, mais un aimant permet de la positionner avec précision dans une région spécifique à étudier. Et pour ne pas risquer perdre ce bijou technologique « à la sortie », un colorant qui le rend fluorescent sous lampe UV a été prévu.

Bientôt des essais cliniques chez l’homme

La gélule a bien entendu été étudiée sous toutes les coutures, d’abord en éprouvettes (in vitro) puis sur des porcs et des primates (in vivo), afin de valider qu’elle permettait d’identifier les différentes populations bactériennes dans les différents segments digestifs et leur abondance relative. Il ne reste donc plus qu’à mener des essais cliniques pour déterminer si la pilule peut également être utilisée chez l'homme en vue de soins cliniques.

Comprendre la répartition du microbiote

« Nous en savons de plus en plus sur le rôle du microbiote intestinal sur la santé et la maladie, explique Sameer Sonkusale, professeur d’ingénierie électrique et informatique au sein de l’Université de Tufts et co-auteur de l’étude. Cependant, nous connaissons très peu sa biogéographie », à savoir sa répartition tout au long du tube digestif. "Cette pilule permettra de mieux comprendre le rôle de la distribution spatiale des populations bactériennes au sein du microbiote intestinal afin de faire progresser de nouveaux traitements et thérapies."

 

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Nejad HR, Oliveira BCM, Sadeqi A et al. Ingestible osmotic pill for in-vivo sampling of gut microbiome. Advanced Intelligent Systems. 2019

Crédit photo : Nano Lab, Tufts University

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Crohn : le microbiote ileal, facteur prédictif de récidive ?

Prédire la récidive post-opératoire en cas de maladie de Crohn grâce au microbiote intestinal : telle est la perspective ouverte par une étude réalisée par une équipe française chez des patients ayant subi une résection intestinale.

Le microbiote intestinal Maladie de Crohn infantile : dysbiose confirmée Crohn : Le microbiote intestinal prédictif des récidives ?
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Alors que 50 à 75 % des patients atteints de la maladie de Crohn nécessiteront au moins une résection intestinale au cours de leur vie, une récidive est constatée chez environ 50 % d’entre eux 5 ans après l’intervention. L’endoscopie constitue la méthode Gold Standard pour diagnostiquer la récidive. Toutefois, celle-ci ne peut avoir lieu que plusieurs mois après l’opération, retardant une intervention thérapeutique précoce potentiellement nécessaire. L’identification de facteurs prédictifs précoces de la récidive présente donc un intérêt majeur.

Une dysbiose persistante

Selon une étude multicentrique publiée dans Gut et pilotée par l’équipe du Pr Harry Sokol, le microbiote présent au niveau de la muqueuse iléale pourrait bien être l’un de ces facteurs. Pour parvenir à cette conclusion, les chercheurs ont analysé la composition du microbiote prélevé au moment de la chirurgie de résection intestinale (Tr), puis au moment de l’endoscopie de suivi (Ts), chez 201 patients. Résultat ? La résection intestinale provoquait une modification conséquente du microbiote chez tous les patients et améliorait la dysbiose initiale, mais de façon moins marquée chez ceux développant une récidive. En effet, chez ces derniers, on observait entre Tr et Ts une réduction de la diversité alpha, une augmentation plus marquée de plusieurs espèces appartenant à la classe des Alphaprotéobactéries et une moindre augmentation de certaines espèces de l’embranchement des Firmicutes et appartenant aux familles Lachnospiraceae et Ruminococcaceae, considérées comme des marqueurs de la santé intestinale.

Prédire la récidive grâce au microbiote

Dans des travaux de modélisation (prenant en compte ou non, selon les modèles, l’ensemble des facteurs modulant le risque de récidive : résection antérieure, tabagisme et sexe masculin pour les facteurs aggravants, prise d’anti-TNF* comme facteur protecteur), les chercheurs sont allés plus loin en identifiant plusieurs taxons présents en abondance au moment de la résection et pouvant constituer des marqueurs significatifs de récidive : la surabondance de bactéries appartenant à la classe des Gammaproteobacteria, Ruminococcus gnavus group et le genre Corynebacterium. Malgré certaines limites, cette étude suggère donc que la composition du microbiote au moment de la résection intestinale pourrait prédire la survenue d’une récidive et orienter la démarche thérapeutique post-opératoire. Des freins au déploiement d’une telle approche devront toutefois être levés, en particulier la prise pré-opératoire fréquente d’antibiotiques, qui altère le microbiote et compromet son utilisation en tant qu’outil prédictif.

 

*les anti-TNF (Tumor Necrosis Factor) sont des médicaments permettant de contrôler l'inflammation.

 

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Parkinson et microbiote intestinal : un lien ?

La maladie de Parkinson ne serait pas seulement due à une perte de certains neurones ; elle pourrait aussi être influencée par le microbiote intestinal, notre 2ème cerveau. Une équipe italienne a tenté d’identifier les bactéries susceptibles d’être impliquées.

Le microbiote intestinal Maladie de Parkinson
Actu GP : Parkinson et microbiote intestinal : un lien ?

Touchant plus de 1 % de la population de plus de 60 ans, la maladie de Parkinson est la 2ème pathologie neurodégénérative la plus fréquente dans le monde. De précédentes études ont établi un lien entre une altération du microbiote intestinal ( (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) ) et le développement de cette affection via l’axe intestin-cerveau, mais aucune ne s’accorde sur la composition bactérienne qui lui serait associée.

Une dysbiose chez les malades

Dans de récents travaux menés sur 80 patients parkinsoniens atteints à des degrés divers, le microbiote intestinal a été comparé à celui de 72 personnes en bonne santé. Ils mettent en évidence une dysbiose : enrichie en espèces bactériennes appartenant aux familles des Lactobacillaceae, Enterobacteriaceae et Enterococcaceae, la flore intestinale des patients était en revanche appauvrie en Lachnospiraceae. Une différence d’autant plus marquée pour Enterobacteriaceae et Lachnospiraceae que la maladie de Parkinson était sévère et les troubles moteurs importants, ce qui laisse penser que ces deux familles bactériennes seraient corrélées à la progression de la maladie.

Une inflammation toxique pour les neurones

Chez les patients étudiés, la composition du microbiote intestinal est affectée par divers paramètres associés à la maladie (durée, stade de développement, prise de médicaments antiparkinsoniens), qui n’agissent toutefois pas sur une famille bactérienne en particulier. Les malades présentent également une perturbation de l’activité des neuromédiateurs, des molécules impliquées dans la régulation de l’humeur (sérotonine, dopamine et norépinéphrine) ; ils produisent par ailleurs davantage de lipopolysaccharides, des substances générant une inflammation susceptible d’endommager les neurones lorsqu’elle franchit les barrières intestinale et hémato-méningée (qui protège le cerveau du sang environnant). Si l’avancée scientifique est indéniable, elle mérite toutefois d’être approfondie (lien entre dysbiose et inflammation digestive, rôle des neuromédiateurs dans la communication intestin-cerveau…).

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Petrucci D, Cerroni R, Unida V et al. Dysbiosis of gut microbiota in a selected population of Parkinson's patients. Parkinsonism Related Disord. 2019

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Microbiote intestinal et cancer colorectal : les liens se confirment

Des chercheurs japonais ont analysé les caractéristiques taxonomiques et fonctionnelles du microbiote intestinal de patients ayant subi une coloscopie. Leurs résultats indiquent que la flore est impliquée dès la survenue du cancer colorectal et évolue progressivement avec la maladie.

Le microbiote intestinal E. coli signe son rôle dans le cancer colorectal Cancer colorectal : de la dysbiose à l’altération ADN Antibiotiques et microbiote intestinal : quels impacts sur le long terme ?

 

La formation de tumeurs en cas de cancer colorectal (CCR) est un processus long, qui explique que les signes cliniques n’apparaissent qu’à un stade avancé de la maladie, pourtant curable si prise à temps. Or il existe de fortes présomptions d’implication du microbiote intestinal dans ce processus, fondées à la fois sur des données génomiques et métabolomiques*. Mieux comprendre son rôle s’avère donc important, tant sur le plan étiologique que diagnostique. C’est pourquoi une équipe japonaise a réalisé des analyses métagénomiques (N = 616) et métabolomiques (N = 406) sur des échantillons fécaux de patients à différents stades de néoplasie colorectale et ayant subi une coloscopie. Neuf groupes ont été constitués, depuis le groupe témoin jusqu’au stade IV de CCR, en passant par les stades précoces - polypes adénomateux multiples et carcinome intra-muqueux (stade 0).

Un microbiote modifié dès les premiers stades

Grâce à une méthode de séquençage poussée (shotgun), les résultats mettent en évidence des modifications du microbiote et du métabolome, non seulement chez les patients présentant des lésions avancées, mais aussi dès les stades précoces. Deux modifications significatives de composition du microbiote sont observées lors du développement d’un CCR : d’une part une augmentation progressive de l’abondance relative de certaines espèces (e.g. Fusobacterium nucleatum spp., Solobacterium moorei…), quel que soit le stade ; et d’autre part une coexistence et une augmentation d’autres espèces (e.g. Actinomyces odontolyticus), uniquement chez les patients à un stade précoce. En outre, des augmentations de l’abondance d’autres espèces permettent de caractériser le degré d’avancement du CCR, comme Parvimonas micra à partir du stade I et Bilophila wadsworthia aux stades III/IV.

Le rôle des acides biliaires fécaux confirmé

Des différences significatives au niveau des métabolomes ont également été trouvées entre les groupes, permettant de distinguer les patients sains de ceux présentant un risque élevé de CCR. Ainsi, chez ceux présentant des carcinomes intra-muqueux, ont été constatés des taux significativement plus élevés d’acides aminés à chaîne ramifiée (isoleucine, leucine et valine), de phénylalanine, tyrosine et glycine. Les acides biliaires, dont l’acide désoxycholique, étaient quant à eux significativement plus élevés chez tous les patients à un stade précoce, confirmant la corrélation positive déjà rapportée entre concentration fécale en acides biliaires secondaires désoxycholiques et risque accru de CCR. L’ensemble de ces résultats, obtenus sur une large cohorte, démontrent que des changements s’opèrent au niveau du microbiote intestinal dès les signes avant-coureurs du cancer colorectal, engendrant des modifications des concentrations fécales en certains métabolites.

 

*La métabolomique est l’étude des métabolites issus de l’organisme ou provenant de l’environnement et se situe en aval, entre autres, de la génomique (étude de l’ensemble des gènes).

 

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Eczéma + staphylocoque doré = risque accru d’allergies alimentaires ?

L’infection à staphylocoque doré serait associée à un plus grand risque d’allergies alimentaires chez les jeunes enfants atteints d'eczéma sévère, selon une étude internationale qui ouvre la voie au développement de nouvelles approches dans la prévention des allergies alimentaires.

Le microbiote intestinal Allergies alimentaires Quels aliments pour un microbiote équilibré ?
Actu GP : Eczéma + staphylocoque doré = risque accru d’allergies alimentaires ?

 

Naturellement présente dans le nez et la peau d'individus en bonne santé, Staphylococcus aureus (ou staphylocoque doré) est une bactérie que l’on retrouve en plus grande quantité chez les enfants souffrant d'eczéma, en particulier s’il est sévère. Ce trouble cutané constitue par ailleurs un facteur de risque d’allergies alimentaires. Dès lors, on pourrait imaginer que l’association entre l’infection à staphylocoque doré et les allergies alimentaires chez les personnes souffrant d’eczéma serait liée à la sévérité de cette affection.

Une étude en plusieurs étapes

Cette hypothèse, une équipe de chercheurs l’a testée à partir des données recueillies lors de l’étude (sidenote: LEAP Learning Early About Peanut Allergy ) , qui suivait 640 bambins à risque élevé d’allergie aux arachides (en raison d’une allergie aux œufs ou d’un eczéma grave, ou des deux à la fois) de la prime enfance jusqu’à l’âge de 5 ans. Les résultats, publiés en 2015, avaient alors montré que la prévention du risque d’allergie aux arachides passait, paradoxalement, par l’introduction précoce de cet aliment chez les bébés à haut risque.

S. aureus, coupable identifié ?

Dans ce nouveau volet de l’étude LEAP, l’analyse des microbiotes du nez et de la peau des jeunes participants montre que plus la colonisation par les staphylocoques dorés est importante, plus l’eczéma est sévère et s’aggrave avec le temps. Et l’association de ces deux affections (infection à staphylocoque doré + eczéma, quelle qu’en soit la sévérité) s’accompagne d’une production accrue de (sidenote: IgE : les immunoglobulines E sont des molécules sécrétées par l’organisme lors d’une réaction allergique )  produites en réaction allergique aux cacahuètes, aux blancs d’œufs de poule et au lait. Alors qu’elle s’atténue généralement avec l’âge, l’allergie aux œufs a tendance à perdurer chez environ 40 % des enfants étudiés ; celle aux cacahuètes survient même chez les enfants exposés préventivement très jeunes à cet aliment. La présence du staphylocoque doré au niveau du nez et de la peau entraînerait donc bien une réaction allergique à certains aliments.

Vers un espoir thérapeutique ?

D’après les chercheurs, S. aureus empêcherait le développement d’une tolérance naturelle aux œufs et à l’arachide, ce qui déclencherait alors l’allergie. Son éradication chez les enfants souffrant d’eczéma pourrait par conséquent prévenir les allergies alimentaires, suggèrent-ils, plaidant pour la poursuite de travaux afin de préciser le rôle de cette bactérie dans le développement de ces deux affections. 

 

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Olympia Tsilochristou, du Toit G, Sayer PH et al. Association of Staphylococcus aureus colonization with food allergy occurs independently of eczema severity. J Allergy Clin Immunol, 2019

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Pr. Olivier Goulet : Troubles gastro-intestinaux infantiles, agir est une nécessité

Le Pr. Olivier Goulet dirige le service de Gastroentérologie-Hépatologie-Nutrition de l’hôpital Necker Enfants Malades. Son approche scientifique concerne, entre autres, la mise en place du microbiote intestinal chez l’enfant dès la naissance. Un domaine de recherche qui permet d’identifier les paramètres susceptibles de modifier ou perturber cette colonisation précoce et d’en étudier l’impact sur la survenue de certaines pathologies.

Le microbiote intestinal Microbiote infantile : le mode d’allaitement maternel compte La transplantation fécale pour restaurer le microbiote des bébés nés par césarienne ?
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TROUBLES GASTRO-INTESTINAUX INFANTILES : AGIR EST UNE NECESSITE

Quels sont les principaux troubles gastro-intestinaux infantiles impliquant le microbiote ?

J’en distingue cinq. Les deux premiers sont les pathologies infectieuses (ou post-infectieuses) liées à une infestation par des pathogènes et les maladies inflammatoires de l’intestin, qui correspondent à un conflit entre système immunitaire et bactéries commensales. Mais le microbiote intestinal est également impliqué dans les allergies alimentaires, les troubles fonctionnels (côlon irritable, constipation), ainsi que dans l’obésité. Reste à savoir si les dysbioses intestinales sont cause ou conséquence des pathologies évoquées. Toute modification du microbiote est susceptible d’entraîner des modifications fonctionnelles, voire des altérations organiques, et inversement. De façon schématique, on estime que les infections peuvent entraîner une dysbiose et que les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin se conçoivent dans les deux sens. Les mécanismes sont peu clairs dans l’allergie mais pourraient être précoces au stade de maturation du système immunitaire, tandis que des modifications plus tardives et/ou prolongées seraient à l’œuvre dans les troubles fonctionnels intestinaux ou l’obésité.

La France est-elle particulièrement exposée à ce type de pathologies ?

Le constat est clair mais n’est pas propre à la France. S’agissant des pathologies évoquées précédemment, l’augmentation de leur incidence observée depuis une vingtaine d’années pourrait, à mon sens, être qualifiée « d’épidémie ». Qu’est-ce qui a changé ? L’augmentation du nombre de césariennes, de prescriptions d’antibiotiques et de molécules anti-acides. Nos comportements alimentaires et la composition de notre nourriture, notamment en matière de conservateurs, jouent également un rôle. Autant d’éléments qui participent à une altération du microbiote intestinal. Gardons-nous des déductions simplistes, mais un faisceau d’arguments et d’études corrèlent ces changements à l’augmentation significative de certaines pathologies chez l’enfant. L’enjeu est d’autant plus important en pédiatrie car les événements survenant à la naissance ou dans la prime enfance sont de nature à influencer durablement la composition du microbiote et à avoir des conséquences sur la santé à long terme.

«nous devons adopter une véritable "culture de la prévention" intégrant la protection du microbiote intestinal»

Comment remédier à la situation et mieux prendre en charge les malades ?

Pour les professionnels de santé, l’urgence est d’obtenir un accès facilité et moins coûteux aux méthodes d’analyse métagénomique du microbiote intestinal. Cela permettrait de comparer de façon qualitative la composition du microbiote d’un même individu en fonction des situations. Identifier les variations entre « microbiote de référence » et celui observé au cours de la maladie, permettrait d’identifier des mécanismes physiopathologiques et de développer des réponses thérapeutiques personnalisées ou ciblées. A cet égard, la piste probiotique semble efficace dans certains troubles intestinaux et mérite d’être poursuivie. Certains pays commencent à s’intéresser au sujet, mais la France ne doit prendre aucun retard, notamment au sein de l’Union Européenne. Par ailleurs, nous devons adopter une véritable "culture de la prévention" soutenue par les pouvoirs publics et intégrant la protection du microbiote intestinal. Cela contribuerait à limiter l’exposition aux facteurs de risque susceptibles d’induire des dysbioses (césarienne, prise d’antibiotiques, anti-acides, alimentation inadaptée…) et à faire diminuer l’incidence de certaines pathologies observées dès l’âge pédiatrique.

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Parole d’expert Pédiatrie Gastroentérologie