L’intensité des UVB dépend de plusieurs paramètres : la latitude, l’altitude, les conditions météorologiques, le moment de la journée et la saison. Le comportement humain et le style de vie interviennent également de manière indirecte. Une étude menée sur des femmes vivant à Vancouver (Canada), exposées de manière artificielle aux UVB, a récemment suggéré que ces derniers augmentaient la diversité et la richesse du microbiote intestinal, contribuant à un bon état de santé.

Le microbiote intestinal modifié par le soleil

Des chercheurs ont reproduit l’étude sur des populations brésiliennes dont le cadre et les conditions de vie étaient très éloignées de celles des Canadiennes. Ils ont comparé le microbiote intestinal de ces citadins à celui de diverses populations de chasseurs-cueilleurs, parmi lesquelles celle des Yanomami : cette ethnie vit dans une région d’Amazonie proche de l’Équateur, très ensoleillée, où les rayons UVB ne sont bloqués ni par la pollution, ni par le port de vêtements, ni par l’application de crème solaire. Le microbiote intestinal des Yanomami semblait, comme celui des Canadiennes, modulé par l’exposition aux UVB ; il présentait les mêmes caractéristiques (plus grande diversité, augmentation de bactéries appartenant aux Firmicutes, réduction de celles appartenant aux Bacteroidetes), qui le distinguaient également de celui des citadins. Et il était, lui aussi, particulièrement riche en protéobactéries, une singularité qui semble mal comprise par les chercheurs…une forte exposition aux UVB, liée à leur mode de vie et aux conditions environnementales uniques dans lesquelles ils vivent pourrait en être responsable, suggèrent-ils.

Les UVB, un facteur à explorer

Les rayons UVB, qu’ils soient d’origine naturelle ou artificielle, méritent d’être considérés comme des facteurs capables d’influencer la composition du microbiote intestinal de l’Homme, estiment les auteurs. Des travaux plus approfondis, tenant compte de la latitude du pays et donc de l’exposition solaire, pourraient apporter un nouvel éclairage sur la relation entre l’hôte, son état de santé, son microbiote intestinal et l’environnement, concluent-ils.

L’air que nous respirons n’intoxique pas seulement nos poumons : les particules fines et les polluants atmosphériques sembleraient aussi perturber le microbiote intestinal. Les mécanismes en jeu sont encore méconnus, mais la science commence à identifier plus précisément les coupables, d’après une récente étude réalisée auprès d’une centaine de jeunes Californiens exposés à certains polluants atmosphériques.

L’ozone pointée du doigt

Après avoir mesuré la qualité de l’air autour du domicile des volontaires et analysé leur microbiote intestinal, les chercheurs ont, en effet, découvert que les oxydes d’azote (le monoxyde et dioxyde d’azote issus du trafic routier ou de la production d’énergie) perturberaient la flore intestinale. Mais il apparaît que les dommages les plus importants soient dus à l’ozone (un polluant formé sous l’effet de réactions entre divers polluants). Il entrainerait une diversité réduite au sein du microbiote intestinal et perturberait son fonctionnement. A en croire les résultats, près de 130 espèces bactériennes seraient influencées par ce polluant, contre 9 pour les oxydes d’azote.

Perturbation du métabolisme

D’importants mécanismes cellulaires seraient impactés par une forte exposition à l’ozone : la croissance cellulaire, la sécrétion d’insuline ou la synthèse et la dégradation des acides gras. Certains de ces processus pourraient d’ailleurs impacter l’intégrité de la barrière intestinale ainsi que le métabolisme. Ainsi, selon les chercheurs, en impactant le microbiote intestinal, les polluants atmosphériques pourraient faire le lit de troubles métaboliques comme le diabète de type 2 ou l’obésité.

Lutter contre la pollution pour protéger son microbiote

Cette hypothèse devrait être examinée dans de futures études épidémiologiques mais aussi chez l’animal afin d’identifier les mécanismes exacts par lesquels la pollution impacte la flore intestinale et favorise l’apparition de maladies chez l’homme. Néanmoins, ces résultats préliminaires rappellent que la pollution est un enjeu majeur de santé publique et qu’il est important de la diminuer.

Le cancer du poumon, souvent diagnostiqué à un stade avancé, est meurtrier. Un diagnostic plus précoce améliorerait largement la prise en charge et les chances de survie. Et si, comme pour de nombreuses maladies y compris d’autres cancers, une dysbiose intestinale signait le cancer du poumon ?

La dysbiose intestinale signe le stade de la tumeur

Le microbiote intestinal de 42 patients atteints de cancer bronchique non à petites cellules (CBNPC) de 3 types différents (sidenote: Adénocarcinome (37 patients), carcinome de l’épithélium pavimenteux (3 patients), carcinome à grandes cellules (2 patients) ) , à un stade précoce (3 patients seulement avec des métastases), ainsi que celui de 65 témoins en bonne santé, a été analysé par séquençage de l’ARN 16S. Une dysbiose intestinale est observée chez les patients souffrant d’un cancer du poumon, comparativement aux témoins, avec notamment la présence accrue d’espèces appartenant aux genres Ruminococcus et aux familles Lachnospiraceae et Enterobacteriaceae, entre autres. Ainsi, la composition du microbiote pourrait évoluer avec le développement du cancer du poumon. Enfin, la composition du microbiote intestinal signait de manière spécifique le stade de la tumeur : certaines bactéries n’étaient présentes que chez les 3 patients avec métastases.

Un outil de diagnostic ?

Afin de proposer un outil de diagnostic non-invasif du cancer du poumon précoce, 13 biomarqueurs, reposant sur les OTU (sidenote: OTU Pour operational taxonomic unit, ou unités taxonomiques opérationnelles, qui désignent des regroupements de bactéries (qui ne sont pas nécessairement identifiées ou répertoriées dans les bases) présentant au moins. ) , ont été identifiés. Ensemble, ils permettent de prédire avec précision (97,6 %) la présence d’un cancer du poumon. Ce modèle a été confirmé dans une seconde cohorte (34 patients et 40 témoins) : son pouvoir prédictif reste élevé (76,4 %), bien qu'inférieur à celui de la cohorte initiale. A partir de ce modèle a pu être construit un "indice de discrimination des patients", simple à utiliser en pratique clinique (score pondéré) pour repérer les patients avec un cancer pulmonaire précoce. Son pouvoir de prédiction dans la cohorte initiale (92,4%) s’avère également supérieur à celui mesuré dans la cohorte de validation (67,7%). Des cohortes plus larges pourraient améliorer le modèle et son pouvoir de prédiction.

Des experts ont la parole

Vous avez forcément déjà entendu parler des microbiotes ! Saviez-vous qu’ils sont essentiels au bon fonctionnement de notre corps ? Cette Journée mondiale les met à l’honneur. Elle vise à sensibiliser le grand public à l’importance de ces micro-organismes en se basant sur les avancées de la recherche. Notre nouvelle série MICROREVEAL s'inscrit dans cet objectif de pédagogie. Le 27 juin puis tout au long de l’année, elle montrera les microbiotes dans leur diversité et sous un nouveau jour. Au fil de ces reportages vidéo, vous pourrez suivre la journaliste Louise Ekland qui interroge des experts sur les pouvoirs des différents microbiotes de notre corps.

Cap sur le microbiote vaginal

Dans ce premier épisode, zoom sur le microbiote vaginal. Comme Julie, vous avez besoin d’en savoir plus sur ce microbiote qui joue un rôle clé dans la santé des femmes ? Louise a interrogé le Docteur Jean-Marc Bohbot, andrologue et spécialiste des infections uro-génitales.

Quelles sont les infections liées à un déséquilibre du microbiote vaginal ? Que faire au quotidien pour le préserver ?

Dans la sphère urogénitale, ne surestime-t-on pas le pouvoir du microbiote ?

Depuis quelques années, le microbiote urogénital est mieux connu : on sait qu’il peut interférer avec des infections, des problèmes urinaires liés à la ménopause voire des tumeurs. Ce microbiote et ses anomalies doivent être pris en compte dans la prise en charge des patients, et les probiotiques faire partie de l’arsenal thérapeutique : ce n’est évidemment pas notre seule arme mais c’est un élément incontournable car les traitements anti-infectieux ne traitent pas la cause des récidives, à savoir la dysbiose.

Aujourd’hui, face aux infections urinaires, quelle peut être selon vous la place des probiotiques ?

Les infections urinaires s’avèrent intimement liées au déséquilibre de 3 microbiotes : le microbiote urinaire, l’urine n’étant pas stérile ; le microbiote vaginal, avec lequel il partage de nombreuses similitudes ; et le microbiote intestinal, d’où proviennent les pathogènes impliqués dans les uropathologies, à l’instar d’E. coli qui transite de l’anus au vestibule vaginal puis à la vessie.

Face à une infection urinaire isolée, un traitement antibiotique classique se justifie. En revanche, en cas d’infection urinaire récidivante (plus de 4 épisodes par an), il est indispensable, après avoir éliminé des étiologies fonctionnelles (tumeur de la vessie, etc.), d’interroger la femme sur de possibles désordres du microbiote intestinal (constipation, etc.) et/ou du microbiote vaginal, qui joue un rôle de sas de protection entre les systèmes digestifs et urinaires. La prévention des récidives passera par la prescription, pendant 3 à 6 mois, de probiotiques intestinaux par voie orale en cas de dysbiose du microbiote intestinal et/ou de probiotiques vaginaux idéalement par voie vaginale. Ces traitements peuvent être associés à de la canneberge qui réduit la fixation des colibacilles dans la vessie.

Et dans les infections vaginales ?

Il existe deux types d’infections vaginales : les infections endogènes liées au développement de micro-organismes (bactéries ou champignons) endogènes ; et les infections exogènes contractées lors de rapports sexuels. Pour les infections endogènes, en cas d’épisode isolé, un ovule antimycosique ou un traitement antibiotique peut suffire. Mais s’il existe un risque de récidive, la dysbiose doit être traitée via la prescription de probiotiques gynécologiques durant plusieurs mois. Les probiotiques trouvent aussi leur place face aux infections exogènes : plus le microbiote vaginal est déséquilibré, plus le risque d’acquérir une IST (Infection sexuellement transmissible) s’accroît, de même que le risque d’une évolution défavorable. Par exemple, le papillomavirus a 4 à 5 fois plus de risque de ne pas être totalement éliminé en cas de dysbiose, et la lésion évolue plus rapidement vers des formes potentiellement cancéreuses. D’où l’importance d’évaluer un possible déséquilibre du microbiote vaginal chez les femmes infectées par simple mesure de l’acidité (le pH doit être compris entre 3,5 et 4,5) puis par prélèvement vaginal si le pH est supérieur à 4,5. En cas de déséquilibre, des probiotiques testés en laboratoire et ayant fait l’objet d’études cliniques doivent être prescrits. Une dysbiose vaginale augmente également le risque de contracter le VIH : alors que l’acidité des lactobacilles détruit le virus, un état inflammatoire multiplie la présence de lymphocytes qui sont au- tant de cellules cibles du virus.

Enfin, que peut-on attendre de la transplantation de microbiote vaginal ?

Un peu plus d’une vingtaine de cas de transplantation vaginale ont été publiés. Si les résultats sont intéressants, ils ne sont pas encore décisifs. L’idée de transplanter un microbiote pour régler une vaginose bactérienne récidivante se heurte encore à la définition des critères de choix pour la donneuse - d’autant que l’absence de symptômes ne signifie pas que sa flore est équilibrée, et d’indications pour la receveuse. D’ici un an ou deux, on saura sans doute si la transplantation vaginale peut être utilisée en dernier recours.

PROBIOTIQUES : INTÉRÊT DES BACTÉRIES ET LEVURES

Un microbiote vaginal dominé par des lactobacilles étant considéré comme optimal, les probiotiques vaginaux contiennent sans surprise des souches de Lactobacillus, variables d’une préparation à l’autre (L. acidophilus, L. crispatus, L. reuteri, L. rhamnosus). Une revue réalisée début 2019 20 sur 22 probiotiques vaginaux à application locale disponibles sur le marché souligne leur caractère prometteur pour le traitement et la prévention de la vaginose bactérienne (VB), mais beaucoup moins pour le traitement et la prévention de la candidose vulvovaginale (CVV). Aucune des études ne signale de problème majeur de sécurité.

La détection vaginale de souches probiotiques n’a jamais dépassé la période d’administration, suggérant qu’elles ne parviennent pas à coloniser durablement le milieu.

Outre les probiotiques à usage local, les probiotiques oraux ont pris une importance considérable. En termes de souches, 4 souches (sur 127 lactobacilles vaginaux étudiés) se distinguent, in vitro, par leur capacité à acidifier le milieu, inhiber la croissance de G. vaginalis et de C. albicans et à survivre au transit gastro-intestinal : L. crispatus ; L. gasseri ; L. jensenii et L. rhamnosus²¹.

Mais qu’en est-il in vivo ? Consommées sous la forme d’un yaourt à boire par des patientes souffrant de VB (2 fois par jour durant 4 semaines), ces 4 mêmes souches permettent 100 % de guérison (score d’Amsel) vs 65 % sous placebo²². Outre les bactéries, certaines levures pourraient également présenter un in- térêt, notamment face à C. albicans : Saccharomyces boulardii, déjà utilisée dans la prévention et le traitement des infections intestinales, secrète naturellement de l’acide caprique qui va modifier la structure de C. albicans ce qui aura pour conséquence de réduire son adhérence, inhiber sa filamentation et sa capacité à former des biofilms²³.

TRANSPLANTATION DE MICROBIOTE VAGINAL : DES PREMIERS ESSAIS ENCOURAGEANTS

En octobre 2019, ont été publiés dans Nature Medicine²⁴ les résultats d’une première étude exploratoire testant la transplantation de microbiote vaginal de donneuses comme alternative thérapeutique chez 5 patientes souffrant de vaginose bactérienne symptomatique, intraitable et récurrente :

4 d’entre elles montrent une rémission complète à long terme (parfois au prix de plusieurs transplantations voire d’un changement de donneuse) jusqu’à la fin du suivi (5 à 21 mois après la transplantation), avec une amélioration marquée des symptômes, des critères d’Amsel, de l’apparence microscopique des liquides vaginaux et la reconstitution d’un microbiote vaginal dominé par les lactobacilles ; une patiente est en rémission incomplète.

Aucun effet indésirable n’est observé. D’où la conclusion des chercheurs quant à la nécessité de nouveaux essais évaluant l’efficacité thérapeutique de la transplantation de microbiote vaginal.

Populaires auprès des patientes, les traitements alternatifs aux antibiotiques ont pour objectif de limiter les rechutes et le développement d’antibiorésistances. Ils vont dans le sens des recommandations des autorités de santé dont la HAS (Haute autorité de santé), qui travaille à « favoriser la prescription appropriée d’antibiotiques, afin de diminuer les résistances bactériennes pouvant conduire à des impasses thérapeutiques »¹⁵. La canneberge peut être proposée en prévention des cystites récidivantes à E. coli, à la dose de 36 mg/jour de proanthocyanidine¹⁶.

L’appauvrissement du microbiote urinaire chez les femmes sensibles aux infections urinaires a soulevé la question de savoir si un apport en micro-organismes via des probiotiques pouvait réduire les taux d’infection urinaire. Sachant qu’un probiotique idéal doit pouvoir adhérer aux cellules, prévenir et réduire l’adhésion des pathogènes, sécréter des acides (par exemple lactiques), du peroxyde d’hydrogène et des bactéricides capables de réduire la croissance des pathogènes, être sans effet indésirable (ni invasif, ni carcinogène, ni pathogène) et capable de former des amas afin de produire une flore normale et équilibrée¹⁷.

Selon la littérature, les probiotiques se sont révélés efficaces dans le traitement et la prévention des infections urogénitales¹⁷. Un effet bénéfique de différents lactobacilles (L. rhamnosus, L. fermentum et L. reuteri) a été démontré dans la prise en charge des infections urinaires¹⁸. In vitro, un effet inhibiteur sur E. coli a été démontré, en particulier certaines souches de lactobacilles (L. rhamnosus et L. plantarum) possèdent une activité antimicrobienne envers E. coli ¹⁹.

Ainsi, de plus en plus de données suggèrent qu’il est possible d’utiliser les probiotiques comme première étape dans la régulation du microbiote urinaire afin de réduire le risque de certaines pathologies urinaires ou pour les traiter. Et ce, d’autant plus qu’ils sont sûrs, mieux tolérés que les antibiotiques et souvent réclamés par les patients¹⁷. Toutefois, d’autres essais cliniques futurs, impliquant un grand nombre de patients, seront nécessaires à l’obtention de preuves précises sur le rôle préventif et curatif des probiotiques dans les infections urinaires¹⁷.

UN MICROBIOTE VAGINAL SAIN : PEU DE DIVERSITÉ ET DOMINÉ PAR DES LACTOBACILLES

Le microbiote vaginal comprend majoritairement des lactobacilles aux effets protecteurs. Malgré une forte variabilité d’une femme à l’autre, généralement 5 types de communautés ont été décrits, selon qu’elles sont dominées par Lactobacillus crispatus, par L. gasseri, par L. iners ou par L. jensenii, ou à l’inverse avec peu ou pas de lactobacilles et une quantité importante de bactéries anaérobies strictes (Megasphera, Prevotella, Gardnerella et Sneathia) connues pour être caractéristiques de la vaginose bactérienne⁸.

Ainsi, alors qu’un nombre élevé de communautés microbiennes signe la bonne santé de nombreux microbiotes (digestifs, etc.), le microbiote vaginal est équilibré lorsque sa diversité est faible et dominée par une ou quelques espèces de lactobacilles au sein de la communauté bactérienne du vagin. Chez la femme en âge de procréer, les hormones favoriseraient la prolifération des lactobacilles : les niveaux d’œstrogènes induisent le dépôt sur les parois vaginales d’importantes quantités de glycogène, principale source d’énergie des lactobacilles⁸. Ainsi, de l’adolescence à la ménopause, les niveaux élevés d’œstrogènes favorisent la colonisation vaginale par les lactobacilles qui métabolisent le glycogène, produisent de l’acide lactique et maintiennent une santé intravaginale en y abaissant le niveau de pH.

VAGINOSE BACTÉRIENNE : QUAND G. VAGINALIS CHASSE LES LACTOBACILLES

Malgré plus de 60 ans de recherche, l’étiologie de la VB reste inconnue. Néanmoins, la piste de la dysbiose semble se dessiner, selon laquelle les lactobacilles dominants seraient remplacés par une flore polymicrobienne issue de nombreux genres bactériens (Gardnerella, Atopobium, Prevotella...) : G. vaginalis est en effet présent chez 90 % des sujets symptomatiques et 45 % des sujets normaux ; à l’inverse, Lactobacillus sp. est présent chez 70 % des sujets manifestement en bonne santé et 40 % des sujets symptomatiques⁹. Ainsi, G. vaginalis a été suspectée d’être l’agent pathogène principal de la VB. Mais la controverse a longtemps subsisté¹⁰ : cette bactérie virulente était aussi retrouvée chez les femmes vierges et des femmes sexuellement actives présentant un microbiote vaginal normal ; sa colonisation ne conduit pas toujours à une VB.

Une voie d’explication récente pourrait mettre fin aux débats : il n’existe pas une mais au moins 13 espèces différentes du genre Gardnerella, dont certaines pourraient être non pathogènes. Un mécanisme de mise en place de la dysbiose a même été suggéré¹⁰ : G. vaginalis, transmis sexuellement, s’insinuerait entre les lactobacilles vaginaux sains, tels que L. crispatus, initiant la formation d’un biofilm, structure qui protège davantage le pathogène de l’H2O2 et de l’acide lactique sécrétés par les lac- tobacilles ; en réduisant le potentiel redox du microbiote vaginal, G. vaginalis réduirait progressivement la population de lactobacilles au profit de bactéries anaérobies strictes comme P. bivia et A. vaginae ; G. vaginalis et P. bivia favoriseraient chacune le développement de l’autre, la première fournissant des acides aminés à la seconde, la seconde de l’ammoniaque à la première ; enfin, les deux pathogènes produiraient une enzyme détruisant le mucus de l’épithélium vaginal, facilitant l’adhésion de différentes bactéries associées à une VB comme A. vaginae et potentiellement une infection polymicrobienne.

CANDIDOSE VULVOVAGINALE : UNE PROLIFÉRATION DES CANDIDA

La candidose vulvovaginale (CVV) pourrait être liée à un déséquilibre du microbiote vaginal accompagné d’une prolifération du champignon Candida, dont C. albicans dans 80 % à 92 % des cas¹¹, et dans une moindre mesure C. glabrata, C. tropicalis, C. parapsilosis et C. krusei¹². Parmi les facteurs déclenchants, l’exposition aux antibiotiques, qu’elle soit locale ou systémique, serait l’une des principales causes de la CVV¹³. La réduction de certaines espèces bactériennes, lactobacilles ou non, contrôlant la réplication et la virulence du champignon pourrait per- mettre aux levures Candida déjà présent au niveau vaginal de se multiplier et d’induire une infection^11,13. De futures études impliquant les nouvelles technologies de séquençage sont nécessaires pour caractériser plus en détail l’interaction entre le microbiote vaginal, ces levures et la survenue de la CVV et de sa récurrence.

UN MICROBIOTE VAGINAL SAIN, REMPART CONTRE LES MST

Le microbiote vaginal joue également un rôle important dans le maintien de la santé vaginale et la protection de l’hôte contre l’acquisition et la transmission de maladies sexuellement transmissibles. Ainsi, alors qu’un microbiote vaginal limité à un nombre restreint de communautés dominées par les lactobacilles (et en particulier Lactobacillus crispatus) est celui le plus associé à la santé vaginale, une augmentation de la diversité semble aller de pair avec une moindre résilience au déséquilibre et une sensibilité accrue aux MST. Et ce, qu’il s’agisse de l’herpès (la vaginose bactérienne augmentant le risque d’herpès et inversement), du papillomavirus (augmentation de la prévalence, des probabilités de contracter le HPV, d’élimination retardée, de sévérité supérieure de la dysplasie intraépithéliale cervicale), du HIV (risques augmentés d’acquisition et de transmission), et d’infections (gonorrhée, chlamydia, trichomonase)¹⁴.

L’URINE N’EST PAS STÉRILE

Historiquement, l’urine a été considérée comme un liquide stérile. Pourtant, les progrès techniques ont récemment démontré qu’il n’en était rien : 562 espèces bactériennes ont été identifiées dans le microbiote urinaire humain⁶. Parmi elles, 352 espèces (62,6 %) ont été associées à au moins une déclaration de cas d’infection humaine, dont 225 (40,0 %) décrites comme agent causal d’infection des voies urinaires. Les 8 bactéries les plus communément impliquées dans les IU sont Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis, et Enterococcus faecalis⁶. A l’inverse, des bactéries sécrétrices d’acide lactique, à savoir des Lactobacillus et des Streptococcus, joueraient un rôle protecteur vis-à-vis des pathogènes⁷ : l’acide lactique abaisse le pH urinaire (pH ≈ 4,5) induisant un micro-environnement défavorable à la majorité des bactéries pathogènes ; les lactobacilles produisent également des métabolites antibactériens (peroxyde d’hydrogène H2O2 et bactériocine).

MICROBIOTE GLOBAL, INTESTINAL ET URINAIRE

QUAND LA DYSBIOSE OUVRE LA PORTE AUX PATHOGÈNES

Les études publiées à ce jour ont démontré un rôle clair du microbiote urinaire dans les infections urinaires et dans la réponse au traitement⁷. Plusieurs mécanismes sont avancés⁶ : les bactéries commensales agissant comme une barrière contre les uropathogènes (sécrétion de molécules inhibitrices ou bactéricides) ; et une perte de diversité du microbiote urinaire représente un facteur de risque d’infection des voies urinaires. Ainsi, alors que la majorité des micro-organismes colonisent le corps humain sans générer d’infection, ils deviendraient pathogènes dans certaines conditions (immuno-suppression, pression antibiotique...). Une infection des voies urinaires pourrait ainsi se développer sous l’action de bactéries commensales, en raison d’une dysbiose. D’autres facteurs sont évoqués : désordres traumatiques (cathéter), biochimiques (acidité, etc.), hormonaux (grossesse), mécaniques (constipation), alimentaires (agent pathogène alimentaire qui, à la sortie du système digestif, rejoint les voies urinaires)⁶, etc. A l’inverse, certaines habitudes alimentaires (consommation de produits laitiers fermentés contenant des bactéries probiotiques ou de jus de cranberries) pourraient participer à réduire le risque d’infection récurrente des voies urinaires en modulant le microbiote^6,7.