L'observation d’une dysbiose intestinale et de désordres gastro-intestinaux est fréquente chez les enfants souffrant de troubles du spectre de l’autisme (TSA). De plus, des preuves de plus en plus nombreuses émergent, étayant le rôle du microbiote intestinal dans la modulation de la signalisation cérébrale, ce que l’on appelle communément l’axe intestin-cerveau. Néanmoins les travaux de recherche portant sur la relation entre composition microbienne et TSA ont abouti à des résultats contradictoires soulignant la complexité de cette pathologie et la mise en place de protocole d’étude plus sophistiqué. C’est dans cet objectif que des chercheurs américains ont :

• Comparé la composition du microbiote intestinal de jeunes patients souffrant de TSA, par rapport à des contrôles en Arizona et au Colorado, afin de comprendre si les différentes localisations géographiques pouvaient avoir un impact sur le microbiote intestinal.
• Effectué une étude longitudinale (sidenote: Les individus venant d’Arizona n’ont pas participé à l’étude longitudinale. )  pour évaluer les liens entre les symptômes gastro-intestinaux, l’alimentation, la composition du microbiote intestinal et la sévérité des symptômes comportementaux.

Impact de la localisation géographique sur le microbiote

Les chercheurs ont montré que la composition du microbiote intestinal différait entre les patients d’Arizona et du Colorado : les enfants d’Arizona montraient une plus grande diversité que ceux du Colorado. Une surprise pour les chercheurs qui avaient utilisé les mêmes méthodes de collecte de selles, d’extraction d’ADN et de séquençage. Par une ré-analyse croisée d’échantillons du Colorado en Arizona, ils ont montré et confirmé que le site d’extraction de l’ADN n’avait pas d’influence sur la diversité microbienne. Les chercheurs ont aussi montré que les symptômes gastro-intestinaux étaient plus importants chez les patients TSA par rapport aux contrôles en Arizona, mais pas au Colorado. Pour les chercheurs, cela confirme l'importance de la localisation du site de l’étude dans la composition du microbiote intestinal et montre que ces différences de symptômes gastro-intestinaux dans les TSA peuvent contribuer à des résultats incohérents dans la littérature.

Aggravation du langage corrélée à la diversité du microbiote

L’analyse longitudinale a révélé une association entre l’augmentation de la sévérité des troubles du comportement et les modulations du microbiote intestinal. En particulier, une diminution de la diversité du microbiote intestinal au cours du temps est liée à une augmentation de la sévérité des altérations comportementales : aggravation du langage, léthargie, retrait social chez les individus souffrant de TSA… En revanche, les auteurs n’ont trouvé aucun lien significatif entre les comportements associés aux TSA et des symptômes gastro-intestinaux ou le régime alimentaire. Pour les auteurs, des études multicentriques et longitudinales complémentaires sont nécessaires, avec davantage de participants afin de caractériser les relations entre TSA et microbiote intestinal.

L'interaction étroitement régulée entre le microbiote intestinal (MI) et l'hôte influence de nombreuses fonctions physiologiques dont l'homéostasie immunitaire. Un ensemble de données précliniques et cliniques montre que la composition du microbiote intestinal est modifiée de façon transitoire dans le contexte d'une infection respiratoire virale aiguë. Dans le contexte de la COVID-19, l’étude du microbiote intestinal durant l’infection est d’autant plus pertinente que le SARS-CoV-2 a des récepteurs ACE2 également au niveau intestinal, que le virus est retrouvé chez plus de 25 % des patients infectés, et que les altérations du microbiote intestinal associées aux atteintes pulmonaires sont susceptibles d'influencer la gravité de la maladie. Cette étude préclinique est la première à s’intéresser à la cinétique de l'infection par le SARS-CoV-2 sur les changements dynamiques au sein du microbiote intestinal de macaques.

Le macaque : un bon modèle d’infection au SARS-CoV-2

Les données humaines dont nous disposons actuellement sont très importantes mais ne permettent pas de suivre l'évolution complète de l'infection (c'est-à-dire d'avant la contamination jusqu'après la résolution). Les chercheurs ont complété certaines pièces manquantes du puzzle de l’infection à l’aide de deux espèces de macaques (Macaca fascicularis et Macaca mulatta). Ces primates non humains sont un modèle pertinent pour l’étude de la COVID-19 : le virus se répliquent dans les voies respiratoires hautes et basses, induit une pathologie pulmonaire et respiratoire sans provoquer de symptômes. Deux macaques de chaque espèce ont été infectés par voie intranasale et intratrachéale. Des échantillons sanguins (mesure des cytokines) et des selles ont été récoltés 9 jours avant l'infection et à J0, puis J3, J5, 7, J10, J13, J20 et J26 post-infection. Deux macaques ont eu des diarrhées transitoires à J4.

COVID-19 : une dysbiose persistante même après l’infection…

L’analyse par séquençage du gène de l’ARNr16S révèle des changements significatifs dans la composition du microbiote intestinal, avec un pic à 10-13 jours post-infection. Certaines altérations du microbiote pouvaient persister après l’élimination du SARS-CoV-2 des voies respiratoires supérieures (virus indétectable dans le nasopharynx et la trachée à J20, mais détectable dans les selles chez 2 macaques) et ce jusqu’au 26ème jour. Un grand nombre de changements dans l'abondance des taxons bactériens est observé durant l'infection, en particulier à J13. L'abondance relative des Acinetobacter et de certains genres de la famille des Ruminococcaceae était notamment positivement corrélée à la présence du virus dans les voies respiratoires supérieures.

…Et un microbiote intestinal avec une activité fonctionnelle altérée

Une approche métabolomique a été utilisée pour évaluer les conséquences fonctionnelles des modifications au sein du microbiote intestinal associées à l'infection. Objectif ? Quantifier trois des plus importantes catégories de métabolites dérivés du microbiote : les acides gras à chaînes courtes (AGCC), les acides biliaires et les métabolites du tryptophane. Les niveaux d'AGCC étaient modifiés pendant l'infection, en particulier entre le 2e et le 13e jour. De plus, des changements de plusieurs acides biliaires et métabolites du tryptophane ont été identifiés chez les animaux infectés. L'abondance relative de plusieurs taxons connus pour être des producteurs d'AGCCs (principalement de la famille des Ruminococcaceae) était négativement corrélée avec certains marqueurs inflammatoires systémiques, tandis que plusieurs membres du genre Streptococcus corrélaient quant à eux fortement avec ces marqueurs. Cette étude montre qu'une infection expérimentale chez le macaque par le SARS-CoV-2 favorise la dysbiose intestinale en termes de composition et d'activité fonctionnelle. La persistance de la dysbiose après la résolution de l'infection pourrait jouer un rôle dans les formes longues de la COVID-19 qui sont actuellement signalées chez l'homme.

A peine époussetées, elles reviennent aussitôt. Qui ? Les pellicules pardi ! Affection cutanée caractérisée par une desquamation excessive du cuir chevelu, avec ou sans démangeaisons, les pellicules impliquent plusieurs facteurs : une susceptibilité génétique, la composition du sébum et le microbiote du cuir chevelu. C’est un champignon nommé Malassezia qui accélèrerait le développement des pellicules et de l’inflammation. Bien qu’efficaces contre ce champignon, les antifongiques n’empêchent pas la réapparition des pellicules après l’arrêt du traitement. Dans les pays d'Afrique et d'Asie, notamment en Inde, on utilise l'huile de coco est pour maintenir la santé du cuir chevelu, hydrater la peau et renforcer sa fonction barrière. Dans cette étude, les chercheurs ont comparé l’impact d’une application d'huile de coco versus un shampoing neutre sur le microbiote bactérien et fongique du cuir chevelu de 140 femmes avec ou sans pellicules.

Pellicules : un champignon spécifique sur la tête ?

Dans le cuir chevelu des femmes avec des pellicules, on retrouvait des populations de champignons Malassezia beaucoup plus importantes. A contrario, une autre espèce de champignons, M. globosa, colonisait en abondance le cuir chevelu des femmes qui ne présentaient ni pellicules ni démangeaisons. Le traitement à l'huile de noix de coco a permis d’augmenter la proportion M. globosa par rapport aux autres groupes de Malassezia, vers un ratio similaire aux cuirs chevelus en bonne santé.

De l’huile de coco dans le moteur de votre cuir chevelu ?

Bien qu’aucune différence significative n'ait été observée entre le microbiote bactérien du groupe sain et celui présentant des pellicules, le traitement à l’huile de coco a permis, dans les deux groupes, une augmentation des bactéries impliquées dans le métabolisme de la biotine. Cette vitamine B est essentielle au maintien d’une peau et d'un cuir chevelu en bonne santé. Elle est également connue pour réduire l’inflammation. Des études complémentaires s’avèrent nécessaires pour comprendre les mécanismes sous-jacents mais pour les chercheurs l’effet positif de l'huile de coco sur la composition et la fonction des communautés microbiennes serait la première étape vers une restauration à plus long d'un cuir chevelu sain.

Tous les propriétaires de chiens le savent : leurs toutous mettent à rude épreuve les adeptes des maisons impeccables, semant des poils un peu partout. Médor rapporte de ses promenades extérieures de nombreux micro-organismes au sein du foyer. Leur présence modifierait le microbiote de la poussière de nos maisonnées… Ce qui expliquerait potentiellement « l’effet chien » pour se protéger de l’asthme.

De l’influence de Médor sur le microbiote de la poussière…

Des chercheurs ont ainsi passé au peigne fin la poussière de 182 maisons finlandaises (dont 56 avec un chien) et de 284 habitats urbains d’Allemagne (dont 18 avec un chien). Les résultats sont sans appel : la présence de Médor va de pair avec une surabondance de certaines bactéries et une plus grande diversité de celles-ci dans les poussières des maisonnées. Sept genres bactériens s’avèrent ainsi bien plus fréquents dans les foyers où vit un chien. D’autre part, l’effet de Médor s’avère plus limité sur les champignons microscopiques de la poussière : seule une levure, classiquement présente dans l’eau et dans la terre, est davantage présente dans les foyers où vit un chien.

… et le risque d’asthme ?

A l’inverse, les bactéries typiquement associées à l’homme sont réduites d’un tiers lorsqu’un compagnon canin vit au domicile. Et c’est tant mieux ! En effet, une forte abondance de microbes associés à l'homme rime potentiellement avec davantage d’agents pathogènes humains et un risque accru de développer de l’asthme. Ainsi, selon les chercheurs cette réduction relative des bactéries « humaines » et/ou l'augmentation des bactéries « canines » pourraient expliquer le risque réduit d'infections respiratoires et d'asthme chez les enfants qui grandissent avec un ou plusieurs animaux de compagnie. Un argument de plus pour ceux qui rêvent d’adopter un compagnon à 4 pattes… et de lever le pied sur le ménage ?

Recommandé par notre communauté

Véritable enjeu de santé publique, la dépression gériatrique pourrait toucher jusqu’à 25 % des personnes âgées, avec des taux de rémission plus faibles et des taux de rechutes plus élevés que chez les adultes plus jeunes. D’où la recherche de biomarqueurs capables de prédire la réponse aux antidépresseurs. Cette recherche jusqu’à présent infructueuse connait actuellement un tournant : les interactions cerveau-intestin-microbiote modulant les troubles de l'humeur et une dysbiose intestinale apparaissant en fin de vie, des chercheurs ont émis l'hypothèse que le microbiote intestinal pourrait prédire la réponse aux traitements antidépresseurs, dans la dépression gériatrique. L’analyse secondaire d’un essai randomisé contrôlé (12 semaines de Lévomilacipran (LVM) vs placebo) mené en Californie auprès de seniors présentant un trouble dépressif majeur semble leur donner raison.

Des genres bactériens capables de prédire la rémission

Faute d’observer des différences entre le groupe sous LVM et le groupe placebo dans le taux de rémission, l’analyse a combiné les 4 patients traités et les 8 témoins. Sur ces 12 seniors, 5 sont sortis de leur dépression (score ≤ 6 sur l’échelle de Hamilton) : ils étaient plus jeunes (67 vs 74 ans), tous des hommes mais leur microbiote intestinal avant traitement ne montrait aucune différence en termes de diversité α ou β. En revanche, 9 genres bactériens permettaient de prédire avec précision la rémission : un microbiote intestinal initial enrichi en Faecalibacterium, et dans une moindre mesure en Agathobacter et Roseburia, laissait ainsi présager une sortie de la dépression.

Un microbiote intestinal qui évolue en cas de rémission

L’étude a également montré que le microbiote intestinal des patients en rémission (mais pas celui des patients demeurant dépressifs) se modifie durant leur sortie de dépression. Ainsi, les chercheurs observent l’augmentation de certains taxons, dont notamment Flavonifractor et DTU089. Selon les auteurs, la présence accrue de ces bactéries, sans effets antidépresseurs connus, pourrait être la conséquence de la sortie de dépression (amélioration de l'alimentation, augmentation des activités physiques, restauration du sommeil, moindre stress…).

Bientôt une médecine personnalisée pour traiter la dépression gériatrique ?

La relation entre le microbiote intestinal et la dépression au cours du vieillissement demeure toutefois mal comprise : un lent déclin du système immunitaire (immunosénescence) entraîne-t-il une augmentation progressive de l'inflammation chronique ? Cette augmentation altère-t-elle le microbiote intestinal (perte de diversité) ? Si des questions demeurent, cette étude montre pour la première fois que le rôle du microbiote intestinal dans la prédiction de la réponse au traitement de la dépression gériatrique, y compris par effet placebo. Si ces résultats doivent être confirmés par des études prospectives de plus grande envergure, ils pourraient ouvrir la voie à une médecine personnalisée capable de choisir le bon antidépresseur en fonction du microbiote et de l’efficacité prédite par celui-ci, voire de traiter la dépression en renforçant certains taxons bénéfiques.

Recommandé par notre communauté

Première option thérapeutique pour les femmes atteintes d’un cancer du sein HER2 positif, le trastuzumab est utilisé pour bloquer le récepteur HER2. Des études récentes ont aussi révélé qu’il possédait des propriétés immunomodulatrices. Bien qu’efficace contre ce cancer, un grand nombre de patientes présentent ou développent une résistance à ce traitement. Pour comprendre ce phénomène, les auteurs se sont intéressés au microbiote intestinal qui a été impliqué dans l'efficacité de la chimiothérapie et de l'immunothérapie via la modulation de l'immunité de l'hôte pour d’autres cancer. L’étude a été réalisée dans des modèles expérimentaux et chez 24 femmes avec un cancer du sein HER2-positif.

Une efficacité médiée par le microbiote…

Dans un premier temps, via des modèles murins, les chercheurs ont démontré que l’efficacité du traitement est dépendante du microbiote intestinal. En effet, que les souris soient traitées par antibiotiques ou que l’on transfert le microbiote intestinal (transplantation microbienne fécale) issu de souris ayant reçu un traitement ATB, la prise d’ATB a entraîné la suppression complète de l'inhibition de la croissance tumorale par le trastuzumab. D’autre part, l’antibiothérapie a non seulement induit des changements dans le microenvironnement immunitaire des tumeurs, mais a aussi provoqué une altération du microbiote intestinal. Plus précisément, l’étude montre que la modification du microbiote intestinal a eu un impact sur l'immunité de la muqueuse intestinale et les cytokines systémiques (altération du recrutement de cellules T CD4+ et GZMB+ dans les tumeurs). Pour les auteurs tout est lié : les modifications du microenvironnement immunitaire des tumeurs induites par l'altération du microbiote intestinal, serait ainsi responsable de la baisse de l’efficacité du traitement.

…confirmée chez les patientes avec un cancer du sein HER2-positif

L’étude c’est ensuite porté sur 24 patientes avec un cancer du sein HER2-positif et traité au trastuzumab. L’analyse de leur microbiote intestinal a révélé une plus faible α-diversité et une moindre abondance de certaines bactéries chez les non répondeuses (NR), par rapport aux répondeuses (R), comme chez les souris traitées aux antibiotiques. En outre, le transfert du microbiote fécal provenant de patientes R et NR à des souris receveuses a reflété la réponse au trastuzumab constatée chez les donneuses. Enfin, la β-diversité du microbiote fécal a permis de distinguer les patientes en fonction de leur réponse au traitement et ce quel que soit les sous-types intrinsèques des tumeurs. Pour les auteurs, l'implication directe du microbiote intestinal offre des pistes thérapeutiques prometteuses, via sa modulation pour améliorer l'efficacité du traitement anti- HER2, mais aussi pour l’exploiter en tant que biomarqueur de la réponse au traitement.

Dans l’Antiquité, l’haruspice (sidenote: Haruspice Prêtre et devin chargé de prédire l'avenir et d'interpréter la volonté des dieux par l'examen des entrailles de certains animaux. ) lisait l’avenir dans les entrailles d’un animal sacrifié. Dans un futur proche, sera-t-on capable de prédire notre longévité en analysant les nôtres ? C’est en tout cas ce que suggère une récente publication qui s’est penchée sur les micro-organismes vivants dans les intestins de plus de 9 000 individus âgés de 18 à 101 ans.

Un microbiote intestinal de plus en plus unique

Premier enseignement de cette étude : le microbiote intestinal de chaque être humain semble se singulariser à compter de la quarantaine. Et cette singularité va de pair avec des marqueurs microbiens reconnus bénéfiques en termes d’immunité, d'inflammation, de vieillissement et de longévité. On note d’ailleurs, chez les 80 ans et plus, qui gardent une forte abondance de bactéries du genre Bacteroides et/ou qui ont une communauté microbienne intestinale hétérogène, une espérance de vie diminuée de 4 ans. Ces résultats s’avèrent d’autant plus solides qu’ils sont observés dans 3 groupes d’études distincts démographiquement.

Des composés qui allongent l’espérance de vie ?

Deuxième enseignement de l’étude : la signature intestinale des personnes vieillissant en bonne santé est associée à des métabolites sanguins produites par les bactéries du microbiote intestinal. Par exemple, des produits de dégradation d’acides aminés spécifiques, tryptophane et phénylalanine ont été identifiés. D’une manière intéressante, certains métabolites avaient déjà été observés dans le sang de centenaires comparativement à des individus jeunes en bonne santé. Et d’autres, comme l’indole, avaient déjà démontré leur action sur l’allongement de l’espérance de vie dans de nombreux modèles d’animaux. Ainsi, le vieillissement se caractériserait par une modification de l’activité de la flore intestinale qui ne produirait plus que des molécules spécifiques. On ne le répétera jamais assez : prendre grand soin de son microbiote intestinal à chaque âge de sa vie, augmenterait la durée de vie de l'hôte qui l’héberge et contribuerait à vivre plus longtemps et en meilleur santé. A bon entendeur.

C’est une injustice « métabolique » trop souvent vécue… Quand certain(e)s perdent leurs kilos en trop sans problème, d’autres, malgré leurs efforts, ne voient pas leur courbe de poids s’infléchir, voire pire, la voient croître. Comment expliquer de telles différences : par des choix nutritionnels plus avisés pour certains ? Des longueurs de piscine en plus pour d’autres ? Un meilleur tirage au loto de la génétique ?

Nutrition, sport, génétique…

La réponse pourrait être tout autre et trouver son origine dans le microbiote intestinal. C’est en effet l’hypothèse retenue par des chercheurs qui ont suivi pendant 6 mois 83 adultes chinois (dont 72 en surpoids ou obèses) ayant intégré un programme de perte de poids : menus recommandés, échanges quotidiens avec un diététicien via un smartphone. Objectif visé : une restriction calorique de 30 à 50 %. Les participants renseignaient leurs prises alimentaires plusieurs fois par semaine, portaient un capteur calculant les calories dépensées, et montaient sur la balance tous les samedis. Ils collectaient également leurs selles afin de caractériser leur microbiote et son évolution au cours du régime. Un prélèvement salivaire permettait en outre de déterminer leur prédisposition génétique à l’obésité.

… ou microbiote ?

Résultats ? Loin devant l’alimentation, le niveau d’activité physique ou encore l’héritage génétique, c’est le microbiote intestinal initial qui prédit le mieux la courbe de poids au cours de l’étude. L’abondance de deux bactéries – Blautia wexlerae et Bacteroides dorei – s’avère particulièrement à même d’anticiper la future perte de kilos. L’évolution du poids au cours du régime s’accompagne par ailleurs de modifications dans l’abondance de certaines bactéries : si Ruminococcus gnavus, plus abondante chez les individus obèses, diminue au cours de la perte de poids, Akkermansia muciniphila et Alistipes obesi, plus nombreuses chez les personnes minces, augmentaient au cours du régime. La composition du microbiote permettrait ainsi de prédire la propension individuelle à la perte de poids et ouvrirait la voie à des programmes nutritionnels personnalisés en ciblant mieux le microbiote. La fin des inégalités métaboliques ?

C’est une des grandes avancées thérapeutiques de ces dix dernières années. Le traitement anti-PD-1 procure des avantages cliniques à long terme pour les patients présentant un mélanome avancé. Dans les modèles précliniques et chez les patients atteints de cancer, l’efficacité de cette thérapie est en corrélation avec la composition du microbiote intestinal. L’objectif de cet essai clinique de phase II ? Déterminer si une modification du microbiote intestinal peut vaincre la résistance aux anti-PD-1.

Microbiote fécal et anti-PD1 : une combinaison gagnante ?

Cet essai clinique a pour but d’évaluer l’innocuité et l'efficacité de la TMF en association avec un anti-PD-1 (pembrolizumab), chez des patients atteints de mélanome métastatique, tous réfractaires à cette thérapie préalablement. Quinze patients ont reçu en sus de l’anti-PD1 (administration toutes les 3 semaines jusqu’à évolution), une seule TMF provenant de sept donneurs qui avaient déjà présenté une réponse complète (quatre patients) ou partielle (trois patients) à l'immunothérapie. Des évaluations radiographiques ont été effectuées toutes les 12 semaines.

Le microbiote intestinal des receveurs et des donneurs a été analysé via un séquençage shotgun. Pour chaque receveur, un échantillon pré-TMF (obtenu 7 à 21 jours avant) et tous les échantillons post-TMF (recueillis chaque semaine pendant 12 semaines, puis toutes les 3 semaines) ont été séquencés. L'évolution des patients a été suivie pendant 12 mois en moyenne.

La TMF remanie le microbiote intestinal

Cette combinaison, très bien tolérée, apporte des bénéfices cliniques significatifs chez six patients, avec une régression ou une stabilisation de la tumeur durant plus d’une année. Chez ces patients, les médianes de survie étaient de 14 mois.

La composition du microbiote intestinal des quinze patients transplantés différait après la greffe, qu’ils soient ou non répondeurs à l’immunothérapie. Parmi les six patients répondeurs, la composition du microbiote intestinal devenait plus similaire à celle des donneurs comparativement aux non répondeurs. Celle-ci est devenue notamment plus riche en espèces appartenant aux Firmicutes (Lachnospiraceae et Ruminococcaceae) et Actinobacteria (Bifidobacteriaceae et Coriobacteriaceae) et s’est appauvrie en Bacteroidetes.

La TMF et l’immunothérapie remanient la réponse immunitaire

Chez les six patients répondeurs, des changements immunologiques dans le sang et aux sites tumoraux suggèrent une activation accrue des cellules immunitaires (activation CD8, diminution IL-8). En outre, les répondeurs possédaient différentes signatures protéomiques et métaboliques que le microbiote intestinal semble réguler. Inversement, les non répondeurs à l’immunothérapie pourraient être réfractaires pour de multiples raisons selon les chercheurs, en lien avec leur composition intestinale.

Bien que ces conclusions nécessitent une investigation poussée avec des essais cliniques de plus grande ampleur, cette étude met en évidence qu’une seule transplantation fécale administrée avec un inhibiteur de PD1 suffit à coloniser avec succès le microbiote intestinal des répondeurs, et à reprogrammer le microenvironnement tumoral pour contrer la résistance à l’immunothérapie. La TMF modifie la composition du microbiote favorisant l'efficacité de l’anti-PD-1 pour induire des réponses cliniques chez des patients atteints de mélanome réfractaire à l’immunothérapie.

Seul traitement existant de la maladie pulmonaire en phase terminale, la transplantation pulmonaire affiche des taux de survie très faibles par rapport aux autres transplantations d'organes. On observe également chez ces patients un microbiote respiratoire modifié par rapport aux personnes en bonne santé, comprenant une charge bactérienne accrue et des communautés bactériennes modifiées. L’importance clinique de ces différences dans le microbiote pulmonaire sur les résultats après une greffe pulmonaire restait, à ce jour, indéterminée.

Comprendre l’évolution du microbiote pulmonaire sur la survie post greffe

Les chercheurs ont mené une étude prospective sur 134 patients ayant reçu une allogreffe pulmonaire à l'Université du Michigan d'octobre 2005 à août 2017. Objectif ? Evaluer l’importance clinique des changements dans le microbiote respiratoire après une greffe de poumon, chez les receveurs de transplantation pulmonaire en bonne santé sur la survie ultérieure sans CLAD. Les analyses se sont portées sur des échantillons de liquide broncho-alvéolaire recueillis pendant une bronchoscopie chez des patients asymptomatiques 1 an après la transplantation. Puis, leur fonction pulmonaire était évaluée tous les 3 mois par spirométrie pour surveiller le développement d'un CLAD.

Un facteur de risque associé au nombre de bactéries pulmonaires

Au cours des 500 jours de suivi, 18% des patients ont développé un dysfonctionnement chronique de l'allogreffe pulmonaire (CLAD), 4% sont décédés avant le développement confirmé d’un CLAD et 78% sont restés sans CLAD. Concernant le microbiote pulmonaire, le fait d'avoir un nombre accru de bactéries pulmonaires était associé à un risque plus élevé de développer un rejet chronique et de mourir après une transplantation pulmonaire. Autre enseignement : cette association entre l'augmentation de la charge d'ADN bactérien et le risque de développement de CLAD ne serait pas attribuable à la présence ou à l'abondance relative de Pseudomonas spp, comme avaient pu le suggérer des études précédentes.

Une survie prédite par la composition de communautés bactérienne ?

Il ressort également de cette étude que la composition de la communauté des bactéries pulmonaires est significativement différente chez les patients qui ont survécu et sont restés exempts de CLAD par rapport à ceux qui ont développé un CLAD ou sont décédés. En revanche, aucune association définitive entre les taxons bactériens individuels et les causes de décès ou le développement d'un CLAD n’a été observée. A l’heure de tirer un premier bilan, les chercheurs en ont déduit que la composition pouvait être secondaire par rapport aux différences de charge bactérienne totale, dans la prédiction de la survie sans CLAD. Des études complémentaires s’avèrent toutefois nécessaires pour, d’une part, établir si les bactéries pulmonaires sont modifiables avec des antibiotiques ou d’autres interventions, et d’autre part, voir si les variations du microbiote pulmonaire peuvent expliquer les variations dans les réponses des patients aux thérapies après une greffe pulmonaire.