Pathologie inflammatoire qui se caractérise par la présence de tissu endométrial à l'extérieur de la cavité utérine, l'endométriose (EM) toucherait, selon les études, 6 à 15 % des femmes en âge de procréer. Elle peut provoquer une dysménorrhée primaire sévère, une baisse de fertilité et une masse pelvienne, affectant sérieusement la qualité de vie des femmes. Si la pathogénèse de l’EM est encore mal comprise, le microbiote pourrait être impliqué. Ainsi, certaines hypothèses évoquent des endotoxines inflammatoires, dont le lipopolysaccharide (LPS) bactérien, retrouvées dans la cavité péritonéale. Ces endotoxines inflammatoires interviendraient dans la réaction pro-inflammatoire et favoriseraient la croissance de l'endométriose¹.

Lactobacillus vaginaux en berne

Afin d’approfondir "l'hypothèse de la contamination bactérienne", une équipe a prélevé le microbiote le long du tractus reproducteur de 36 femmes atteintes d'endométriose (et 14 témoins) opérées d'une tumeur bénigne gynécologique. Les résultats ? Une dysbiose de plus en plus prononcée en remontant l’appareil reproducteur, une diminution de Lactobacillus dans la flore vaginale qui s’accroit en remontant vers l’endomètre, des OTU (sidenote: OTU Pour operational taxonomic unit, ou unités taxonomiques opérationnelles, qui désignent des regroupements de bactéries (qui ne sont pas nécessairement identifiées ou répertoriées dans les bases) présentant au moins. )  spécifiques dès le mucus cervical qui se renforcent dans le tractus génital supérieur (échantillons d’endomètre et liquide péritonéal). Cette altération du microbiote le long de l’appareil reproducteur évoque une possible participation de certaines bactéries dans la pathogenèse de l’EM.

Quel rôle du microbiote intestinal ?

Mais l’EM est loin de se limiter aux seuls symptômes gynécologiques : jusqu'à 90 % des patients atteints d'endométriose présenteraient également des symptômes gastro-intestinaux². Deux études, l’une menée en Suède² (66 patientes EM, 198 témoins appariés) et l’autre à Shangaï³ (12 patientes EM atteintes de formes modérées à sévères, 12 témoins), se sont penchées sur le lien entre le microbiote intestinal et l’EM : la diversité alpha (sidenote: Diversité alpha Nombre d'espèces coexistant dans un milieu donné. ) , et dans une moindre mesure beta (sidenote: Diversité beta Taux de variation en composition d’espèces, calculé en comparant le nombre de taxons uniques dans chaque écosystème.  ) , des flores des patientes se révélait inférieure à celle des témoins. Les abondances des taxons bactériens différaient. Ainsi, dans l’étude chinoise, Prevotella dominait parmi les malades, tandis que Coprococcus s’imposait chez les témoins ; certaines fonctions microbiennes (traitement de l'information environnementale, système endocrinien et système immunitaire) étaient exacerbées chez les patientes EM. Les taux sériques d’hormones, et notamment d'œstradiol, et de facteurs inflammatoires (en particulier d'IL-8) étaient significativement plus élevés chez les femmes souffrant d’EM^c. Enfin, des corrélations étaient détectées entre l'abondance de Blautia et Dorea et le niveau d'œstradiol, et entre l'abondance de Subdoligranulum et le niveau d'IL-8.^c Il existerait donc des associations entre le microbiote intestinal, les hormones sériques et les facteurs inflammatoires en cas d’EM.

Œstrogènes ou piste inflammatoire ?

L’EM est une maladie œstrogéno-dépendante², les patientes atteintes d’EM affichent généralement des taux d'œstrogènes sériques élevés³. Or, le microbiote intestinal, et notamment les Ruminococcaceae et les Clostridia, pourrait affecter les taux d'œstrogènes sériques, en modulant la réabsorption des œstrogènes excrétés dans la bile qui finissent par pénétrer dans l'intestin³. D’autres auteurs évoquent le rôle régulateur du microbiote intestinal dans les processus inflammatoires en dehors du tractus gastro-intestinal². Autrement dit, si des corrélations sont observées et des hypothèses suggérées, les mécanismes réellement en jeu n’ont pas encore été élucidés. Il n’en demeure pas moins que ces 3 études soulignent l’implication des microbiotes des tractus reproducteur et digestif dans l’EM… ce qui laisse espérer une amélioration du diagnostic et de la prise des femmes atteintes.

La colonisation du microbiote intestinal (MI) commence à la naissance, par contact avec les micro-organismes de la flore vaginale de la mère en cas d’accouchement par voie basse, ou avec les germes cutanés de la mère et l’environnement en cas de césarienne. Elle se poursuit progressivement jusqu’à 2-3 ans en composant, selon différentes études, une communauté microbienne stabilisée de type « adulte ». Mais dès lors, le MI a-t-il véritablement achevé sa maturation ? Des chercheurs suédois ont étudié la dynamique de la constitution du MI pendant les 5 premières années de vie sur une cohorte de naissance de 471 enfants (302 nés par voie naturelle, 169 par césarienne). Le profil de leur MI a été établi par séquençage du gène de l'ARNr 16S sur des échantillons fécaux prélevés durant la première semaine de vie, à 4 mois, à 12 mois, à 3 ans et à 5 ans. Il a été comparé à celui des mères et d’adultes en bonne santé. Principal résultat : la diversité alpha (des espèces) des échantillons des enfants, représentative de la richesse de leur MI, est à 5 ans toujours inférieure à celle des adultes.

Une maturation par paliers qui se poursuit dans l’enfance

En mesurant la prévalence et la proportion des principaux taxons à chaque âge étudié, les auteurs ont pu observer que le MI se développait à des vitesses différentes selon les enfants mais sur des trajectoires relativement similaires. C’est entre 4 et 12 mois, au moment de la diversification alimentaire, que sa composition change le plus fortement. Il est notamment colonisé par Ruminococcus gnavus, dont la part diminue progressivement à partir de 12 mois. Certaines archées comme Methanobrevibacter et des bactéries appartenant aux Christensenellaceae, typiques du MI adulte, apparaissent à partir de 12 mois seulement et continuent à augmenter entre 3 et 5 ans. Cette dynamique semble essentielle à la maturation du MI : plus le MI est diversifié chez les enfants, plus il contient ces taxons « tardifs » et moins il contient de R. gnavus. Or des études ont déjà montré qu’un MI peu riche et un excès de R. gnavus étaient liés à diverses pathologies (syndrome métabolique, maladies cardiovasculaires, maladies inflammatoires chroniques de l’intestin) et que l’abondance de Methanobrevibacter et Christensenellaceae, entre autres, était associée à la santé métabolique et à un Indice de Masse Corporel plus bas.

Un équilibre à préserver des perturbations

Sans établir de recommandations à ce stade, les auteurs de cette étude largement relayée dans la presse soulignent donc la probable grande sensibilité du MI aux perturbations pendant sa constitution, avec des effets profonds sur la santé. Certaines de leurs constatations sur l’impact de facteurs précoces sur le développement du MI sont toutefois étonnantes. La prise d’antibiotiques, pendant la grossesse de la mère et la première année de vie du nourrisson, n’affecte ainsi pas la diversité du MI au cours du temps.Quant au mode de naissance, il semble jouer un rôle limité : la diversité du MI des enfants nés par césarienne est certes plus faible à 4 mois que chez les enfants nés par voie basse, mais elle se normalise à l’âge de 3 ans. Le développement harmonieux du microbiote intestinal devrait donc être au maximum préservé, sans doute au-delà de 5 ans, afin de donner aux enfants tous les atouts pour un avenir en bonne santé.

C’est une vérité scientifique gravée dans le marbre des manuels de biologie. Dans le ventre de sa mère, le bébé n’a pas de microbiote intestinal : son système digestif est encore stérile ! C’est à partir de la naissance que le microbiote commence à se constituer, par contact avec tous les micro-organismes de la mère lors de l’accouchement et de son environnement. Peu à peu, il devient de plus en plus riche et plus fort en bactéries « amies » jusqu’à ressembler à celui d’un adulte vers l’âge de 2 ou 3 ans, estimaient jusqu’à présent les scientifiques. Récemment, certaines équipes de recherche ont démontré que ce développement pouvait être plus long, et une nouvelle étude suédoise sur plus de 470 enfants de la naissance à 5 ans vient appuyer cette dynamique.

Le microbiote intestinal, « adulte » à 5 ans ? Pas tout à fait !

Les chercheurs ont analysé les micro-organismes présents dans les selles des enfants à différentes étapes (à la naissance, à 4 mois, à 12 mois, à 3 mois et à 5 ans) et les ont comparés avec celui de leurs mères et d’autres adultes., Ils ont d’abord étudié la diversité dans les échantillons. Première découverte : seule une toute petite minorité (3,5%) des enfants de 5 ans avaient un microbiote intestinal aussi mature que celui des adultes.

Ils ont ensuite observé comment ces micro-organismes colonisaient l’intestin chez les enfants. Schématiquement, de la naissance à 4 mois, le microbiote intestinal contient principalement des bactéries lactiques ainsi que des bifidobactéries. De 4 mois à 1 an, avec la diversification alimentaire, c’est le grand chambardement : beaucoup de nouveaux micro-organismes arrivent et s’installent, certains se multiplient quand d’autres se réduisent. Entre 1 et 3 ans, l’organisation de cette petite communauté vers un microbiote intestinal « de grand » se stabilise. Cependant, certains micro-organismes qu’on sait très importants pour une bonne santé n’apparaissent qu’à partir d’1 an et continuent à augmenter au-delà de 3 ans. Et même à 5 ans, ils n’atteignent pas encore leur niveau adulte.

Un développement à protéger pour une meilleure santé

Les auteurs de l’étude le soulignent : le microbiote intestinal est sans doute sensible aux perturbations durant toute sa constitution. On sait d’ailleurs aujourd’hui qu’un déséquilibre du microbiote intestinal (dysbiose) chez le tout-petit, par exemple provoquée par des antibiotiques, peut avoir des répercussions sur la santé plus tard : troubles digestifs, surpoids, allergies^2,3,4, etc. On sait aussi qu’une alimentation saine lors de la diversification contribue à la construction d’un microbiote intestinal sain⁵. Le développement harmonieux du microbiote intestinal devrait donc être au maximum préservé, sans doute au-delà de 5 ans, afin de donner aux enfants tous les atouts pour un avenir en bonne santé !

Face aux règles douloureuses, nous ne sommes pas toutes logées à la même enseigne. Il existe un haut degré de variabilité interindividuelle dans l'intensité des douleurs menstruelles, le nombre de zones douloureuses ou les symptômes gastro-intestinaux concomitants. Les causes biologiques de cette variabilité demeurent encore aujourd’hui peu connues. Le microbiote vaginal est aujourd’hui dans la ligne de mire des chercheurs. En effet, les symptômes/intensité de la douleur de la dysménorrhée (sidenote: Dysménorrhée La dysménorrhée est le terme médical désignant les douleurs liées aux règles (menstruations) ou les crampes menstruelles. )  pourraient être exacerbés par une inflammation provoquée par un microbiote vaginal altéré. Bien qu’il ait été étudié dans plusieurs contextes gynécologiques (vaginose, fausse couche ou endométriose), cette étude est la première à s’intéresser au lien entre la composition du microbiote vaginal au moment des menstruations et l’intensité des douleurs.

Des microbiotes vaginaux hétérogènes

20 femmes ont participé à une étude pilote. Après avoir rempli des questionnaires, elles ont été classées en trois groupes en fonction des douleurs ressenties pendant leur règles : "douleurs localisées légères", "douleurs localisées sévères" et "symptômes sévères multiples". Le microbiote vaginal a été analysé à deux périodes du cycle soit pendant les règles et en dehors des règles. Les résultats montrent une variabilité interindividuelle de la stabilité du microbiote vaginal, c’est-à-dire que sa composition peut être très variable d’une femme à une autre et au cours du cycle. Cependant, des différences de composition sont observées pendant les règles en fonctions de l’intensité de la douleur. En particulier, les femmes présentant des symptômes de dysménorrhée plus sévères avaient un profil microbien vaginal avec des proportions plus faibles de lactobacilles et des proportions plus élevées de bactéries potentiellement pro-inflammatoires pendant les règles.

Un espoir pour les femmes qui souffrent

Cette étude pilote bien que limitée en taille, en âge et en diversité ethnique, est un premier pas pour soutenir des études plus larges sur l’association entre l’intensité des douleurs pendant les règles et la composition du microbiote vaginal. L’hypothèse des chercheurs est la suivante : pendant les règles, la dégradation des tissus de l'endomètre libérerait des molécules (prostaglandines) capables de provoquer des contractions musculaires utérines et une sensibilité accrue contribuant aux douleurs menstruelles. Certaines bactéries du microbiote vaginal pourraient favoriser la libération de ses molécules et stimuler la libération de cytokines pro-inflammatoires amplifiant les symptômes de la dysménorrhée. Si ces hypothèses doivent être confirmées, cette étude pilote souligne l’importance de prendre en compte la dynamique du microbiote vaginal au cours du cycle et des différences interindividuelles. Ces connaissances pourraient contribuer au développement d'interventions personnalisées et/ou à des biomarqueurs pour prévenir la dysménorrhée et in fine améliorer la qualité de vie des femmes.

L'observation d’une dysbiose intestinale et de désordres gastro-intestinaux est fréquente chez les enfants souffrant de troubles du spectre de l’autisme (TSA). De plus, des preuves de plus en plus nombreuses émergent, étayant le rôle du microbiote intestinal dans la modulation de la signalisation cérébrale, ce que l’on appelle communément l’axe intestin-cerveau. Néanmoins les travaux de recherche portant sur la relation entre composition microbienne et TSA ont abouti à des résultats contradictoires soulignant la complexité de cette pathologie et la mise en place de protocole d’étude plus sophistiqué. C’est dans cet objectif que des chercheurs américains ont :

• Comparé la composition du microbiote intestinal de jeunes patients souffrant de TSA, par rapport à des contrôles en Arizona et au Colorado, afin de comprendre si les différentes localisations géographiques pouvaient avoir un impact sur le microbiote intestinal.
• Effectué une étude longitudinale (sidenote: Les individus venant d’Arizona n’ont pas participé à l’étude longitudinale. )  pour évaluer les liens entre les symptômes gastro-intestinaux, l’alimentation, la composition du microbiote intestinal et la sévérité des symptômes comportementaux.

Impact de la localisation géographique sur le microbiote

Les chercheurs ont montré que la composition du microbiote intestinal différait entre les patients d’Arizona et du Colorado : les enfants d’Arizona montraient une plus grande diversité que ceux du Colorado. Une surprise pour les chercheurs qui avaient utilisé les mêmes méthodes de collecte de selles, d’extraction d’ADN et de séquençage. Par une ré-analyse croisée d’échantillons du Colorado en Arizona, ils ont montré et confirmé que le site d’extraction de l’ADN n’avait pas d’influence sur la diversité microbienne. Les chercheurs ont aussi montré que les symptômes gastro-intestinaux étaient plus importants chez les patients TSA par rapport aux contrôles en Arizona, mais pas au Colorado. Pour les chercheurs, cela confirme l'importance de la localisation du site de l’étude dans la composition du microbiote intestinal et montre que ces différences de symptômes gastro-intestinaux dans les TSA peuvent contribuer à des résultats incohérents dans la littérature.

Aggravation du langage corrélée à la diversité du microbiote

L’analyse longitudinale a révélé une association entre l’augmentation de la sévérité des troubles du comportement et les modulations du microbiote intestinal. En particulier, une diminution de la diversité du microbiote intestinal au cours du temps est liée à une augmentation de la sévérité des altérations comportementales : aggravation du langage, léthargie, retrait social chez les individus souffrant de TSA… En revanche, les auteurs n’ont trouvé aucun lien significatif entre les comportements associés aux TSA et des symptômes gastro-intestinaux ou le régime alimentaire. Pour les auteurs, des études multicentriques et longitudinales complémentaires sont nécessaires, avec davantage de participants afin de caractériser les relations entre TSA et microbiote intestinal.

L'interaction étroitement régulée entre le microbiote intestinal (MI) et l'hôte influence de nombreuses fonctions physiologiques dont l'homéostasie immunitaire. Un ensemble de données précliniques et cliniques montre que la composition du microbiote intestinal est modifiée de façon transitoire dans le contexte d'une infection respiratoire virale aiguë. Dans le contexte de la COVID-19, l’étude du microbiote intestinal durant l’infection est d’autant plus pertinente que le SARS-CoV-2 a des récepteurs ACE2 également au niveau intestinal, que le virus est retrouvé chez plus de 25 % des patients infectés, et que les altérations du microbiote intestinal associées aux atteintes pulmonaires sont susceptibles d'influencer la gravité de la maladie. Cette étude préclinique est la première à s’intéresser à la cinétique de l'infection par le SARS-CoV-2 sur les changements dynamiques au sein du microbiote intestinal de macaques.

Le macaque : un bon modèle d’infection au SARS-CoV-2

Les données humaines dont nous disposons actuellement sont très importantes mais ne permettent pas de suivre l'évolution complète de l'infection (c'est-à-dire d'avant la contamination jusqu'après la résolution). Les chercheurs ont complété certaines pièces manquantes du puzzle de l’infection à l’aide de deux espèces de macaques (Macaca fascicularis et Macaca mulatta). Ces primates non humains sont un modèle pertinent pour l’étude de la COVID-19 : le virus se répliquent dans les voies respiratoires hautes et basses, induit une pathologie pulmonaire et respiratoire sans provoquer de symptômes. Deux macaques de chaque espèce ont été infectés par voie intranasale et intratrachéale. Des échantillons sanguins (mesure des cytokines) et des selles ont été récoltés 9 jours avant l'infection et à J0, puis J3, J5, 7, J10, J13, J20 et J26 post-infection. Deux macaques ont eu des diarrhées transitoires à J4.

COVID-19 : une dysbiose persistante même après l’infection…

L’analyse par séquençage du gène de l’ARNr16S révèle des changements significatifs dans la composition du microbiote intestinal, avec un pic à 10-13 jours post-infection. Certaines altérations du microbiote pouvaient persister après l’élimination du SARS-CoV-2 des voies respiratoires supérieures (virus indétectable dans le nasopharynx et la trachée à J20, mais détectable dans les selles chez 2 macaques) et ce jusqu’au 26ème jour. Un grand nombre de changements dans l'abondance des taxons bactériens est observé durant l'infection, en particulier à J13. L'abondance relative des Acinetobacter et de certains genres de la famille des Ruminococcaceae était notamment positivement corrélée à la présence du virus dans les voies respiratoires supérieures.

…Et un microbiote intestinal avec une activité fonctionnelle altérée

Une approche métabolomique a été utilisée pour évaluer les conséquences fonctionnelles des modifications au sein du microbiote intestinal associées à l'infection. Objectif ? Quantifier trois des plus importantes catégories de métabolites dérivés du microbiote : les acides gras à chaînes courtes (AGCC), les acides biliaires et les métabolites du tryptophane. Les niveaux d'AGCC étaient modifiés pendant l'infection, en particulier entre le 2e et le 13e jour. De plus, des changements de plusieurs acides biliaires et métabolites du tryptophane ont été identifiés chez les animaux infectés. L'abondance relative de plusieurs taxons connus pour être des producteurs d'AGCCs (principalement de la famille des Ruminococcaceae) était négativement corrélée avec certains marqueurs inflammatoires systémiques, tandis que plusieurs membres du genre Streptococcus corrélaient quant à eux fortement avec ces marqueurs. Cette étude montre qu'une infection expérimentale chez le macaque par le SARS-CoV-2 favorise la dysbiose intestinale en termes de composition et d'activité fonctionnelle. La persistance de la dysbiose après la résolution de l'infection pourrait jouer un rôle dans les formes longues de la COVID-19 qui sont actuellement signalées chez l'homme.

A peine époussetées, elles reviennent aussitôt. Qui ? Les pellicules pardi ! Affection cutanée caractérisée par une desquamation excessive du cuir chevelu, avec ou sans démangeaisons, les pellicules impliquent plusieurs facteurs : une susceptibilité génétique, la composition du sébum et le microbiote du cuir chevelu. C’est un champignon nommé Malassezia qui accélèrerait le développement des pellicules et de l’inflammation. Bien qu’efficaces contre ce champignon, les antifongiques n’empêchent pas la réapparition des pellicules après l’arrêt du traitement. Dans les pays d'Afrique et d'Asie, notamment en Inde, on utilise l'huile de coco est pour maintenir la santé du cuir chevelu, hydrater la peau et renforcer sa fonction barrière. Dans cette étude, les chercheurs ont comparé l’impact d’une application d'huile de coco versus un shampoing neutre sur le microbiote bactérien et fongique du cuir chevelu de 140 femmes avec ou sans pellicules.

Pellicules : un champignon spécifique sur la tête ?

Dans le cuir chevelu des femmes avec des pellicules, on retrouvait des populations de champignons Malassezia beaucoup plus importantes. A contrario, une autre espèce de champignons, M. globosa, colonisait en abondance le cuir chevelu des femmes qui ne présentaient ni pellicules ni démangeaisons. Le traitement à l'huile de noix de coco a permis d’augmenter la proportion M. globosa par rapport aux autres groupes de Malassezia, vers un ratio similaire aux cuirs chevelus en bonne santé.

De l’huile de coco dans le moteur de votre cuir chevelu ?

Bien qu’aucune différence significative n'ait été observée entre le microbiote bactérien du groupe sain et celui présentant des pellicules, le traitement à l’huile de coco a permis, dans les deux groupes, une augmentation des bactéries impliquées dans le métabolisme de la biotine. Cette vitamine B est essentielle au maintien d’une peau et d'un cuir chevelu en bonne santé. Elle est également connue pour réduire l’inflammation. Des études complémentaires s’avèrent nécessaires pour comprendre les mécanismes sous-jacents mais pour les chercheurs l’effet positif de l'huile de coco sur la composition et la fonction des communautés microbiennes serait la première étape vers une restauration à plus long d'un cuir chevelu sain.

Tous les propriétaires de chiens le savent : leurs toutous mettent à rude épreuve les adeptes des maisons impeccables, semant des poils un peu partout. Médor rapporte de ses promenades extérieures de nombreux micro-organismes au sein du foyer. Leur présence modifierait le microbiote de la poussière de nos maisonnées… Ce qui expliquerait potentiellement « l’effet chien » pour se protéger de l’asthme.

De l’influence de Médor sur le microbiote de la poussière…

Des chercheurs ont ainsi passé au peigne fin la poussière de 182 maisons finlandaises (dont 56 avec un chien) et de 284 habitats urbains d’Allemagne (dont 18 avec un chien). Les résultats sont sans appel : la présence de Médor va de pair avec une surabondance de certaines bactéries et une plus grande diversité de celles-ci dans les poussières des maisonnées. Sept genres bactériens s’avèrent ainsi bien plus fréquents dans les foyers où vit un chien. D’autre part, l’effet de Médor s’avère plus limité sur les champignons microscopiques de la poussière : seule une levure, classiquement présente dans l’eau et dans la terre, est davantage présente dans les foyers où vit un chien.

… et le risque d’asthme ?

A l’inverse, les bactéries typiquement associées à l’homme sont réduites d’un tiers lorsqu’un compagnon canin vit au domicile. Et c’est tant mieux ! En effet, une forte abondance de microbes associés à l'homme rime potentiellement avec davantage d’agents pathogènes humains et un risque accru de développer de l’asthme. Ainsi, selon les chercheurs cette réduction relative des bactéries « humaines » et/ou l'augmentation des bactéries « canines » pourraient expliquer le risque réduit d'infections respiratoires et d'asthme chez les enfants qui grandissent avec un ou plusieurs animaux de compagnie. Un argument de plus pour ceux qui rêvent d’adopter un compagnon à 4 pattes… et de lever le pied sur le ménage ?

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Véritable enjeu de santé publique, la dépression gériatrique pourrait toucher jusqu’à 25 % des personnes âgées, avec des taux de rémission plus faibles et des taux de rechutes plus élevés que chez les adultes plus jeunes. D’où la recherche de biomarqueurs capables de prédire la réponse aux antidépresseurs. Cette recherche jusqu’à présent infructueuse connait actuellement un tournant : les interactions cerveau-intestin-microbiote modulant les troubles de l'humeur et une dysbiose intestinale apparaissant en fin de vie, des chercheurs ont émis l'hypothèse que le microbiote intestinal pourrait prédire la réponse aux traitements antidépresseurs, dans la dépression gériatrique. L’analyse secondaire d’un essai randomisé contrôlé (12 semaines de Lévomilacipran (LVM) vs placebo) mené en Californie auprès de seniors présentant un trouble dépressif majeur semble leur donner raison.

Des genres bactériens capables de prédire la rémission

Faute d’observer des différences entre le groupe sous LVM et le groupe placebo dans le taux de rémission, l’analyse a combiné les 4 patients traités et les 8 témoins. Sur ces 12 seniors, 5 sont sortis de leur dépression (score ≤ 6 sur l’échelle de Hamilton) : ils étaient plus jeunes (67 vs 74 ans), tous des hommes mais leur microbiote intestinal avant traitement ne montrait aucune différence en termes de diversité α ou β. En revanche, 9 genres bactériens permettaient de prédire avec précision la rémission : un microbiote intestinal initial enrichi en Faecalibacterium, et dans une moindre mesure en Agathobacter et Roseburia, laissait ainsi présager une sortie de la dépression.

Un microbiote intestinal qui évolue en cas de rémission

L’étude a également montré que le microbiote intestinal des patients en rémission (mais pas celui des patients demeurant dépressifs) se modifie durant leur sortie de dépression. Ainsi, les chercheurs observent l’augmentation de certains taxons, dont notamment Flavonifractor et DTU089. Selon les auteurs, la présence accrue de ces bactéries, sans effets antidépresseurs connus, pourrait être la conséquence de la sortie de dépression (amélioration de l'alimentation, augmentation des activités physiques, restauration du sommeil, moindre stress…).

Bientôt une médecine personnalisée pour traiter la dépression gériatrique ?

La relation entre le microbiote intestinal et la dépression au cours du vieillissement demeure toutefois mal comprise : un lent déclin du système immunitaire (immunosénescence) entraîne-t-il une augmentation progressive de l'inflammation chronique ? Cette augmentation altère-t-elle le microbiote intestinal (perte de diversité) ? Si des questions demeurent, cette étude montre pour la première fois que le rôle du microbiote intestinal dans la prédiction de la réponse au traitement de la dépression gériatrique, y compris par effet placebo. Si ces résultats doivent être confirmés par des études prospectives de plus grande envergure, ils pourraient ouvrir la voie à une médecine personnalisée capable de choisir le bon antidépresseur en fonction du microbiote et de l’efficacité prédite par celui-ci, voire de traiter la dépression en renforçant certains taxons bénéfiques.

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Première option thérapeutique pour les femmes atteintes d’un cancer du sein HER2 positif, le trastuzumab est utilisé pour bloquer le récepteur HER2. Des études récentes ont aussi révélé qu’il possédait des propriétés immunomodulatrices. Bien qu’efficace contre ce cancer, un grand nombre de patientes présentent ou développent une résistance à ce traitement. Pour comprendre ce phénomène, les auteurs se sont intéressés au microbiote intestinal qui a été impliqué dans l'efficacité de la chimiothérapie et de l'immunothérapie via la modulation de l'immunité de l'hôte pour d’autres cancer. L’étude a été réalisée dans des modèles expérimentaux et chez 24 femmes avec un cancer du sein HER2-positif.

Une efficacité médiée par le microbiote…

Dans un premier temps, via des modèles murins, les chercheurs ont démontré que l’efficacité du traitement est dépendante du microbiote intestinal. En effet, que les souris soient traitées par antibiotiques ou que l’on transfert le microbiote intestinal (transplantation microbienne fécale) issu de souris ayant reçu un traitement ATB, la prise d’ATB a entraîné la suppression complète de l'inhibition de la croissance tumorale par le trastuzumab. D’autre part, l’antibiothérapie a non seulement induit des changements dans le microenvironnement immunitaire des tumeurs, mais a aussi provoqué une altération du microbiote intestinal. Plus précisément, l’étude montre que la modification du microbiote intestinal a eu un impact sur l'immunité de la muqueuse intestinale et les cytokines systémiques (altération du recrutement de cellules T CD4+ et GZMB+ dans les tumeurs). Pour les auteurs tout est lié : les modifications du microenvironnement immunitaire des tumeurs induites par l'altération du microbiote intestinal, serait ainsi responsable de la baisse de l’efficacité du traitement.

…confirmée chez les patientes avec un cancer du sein HER2-positif

L’étude c’est ensuite porté sur 24 patientes avec un cancer du sein HER2-positif et traité au trastuzumab. L’analyse de leur microbiote intestinal a révélé une plus faible α-diversité et une moindre abondance de certaines bactéries chez les non répondeuses (NR), par rapport aux répondeuses (R), comme chez les souris traitées aux antibiotiques. En outre, le transfert du microbiote fécal provenant de patientes R et NR à des souris receveuses a reflété la réponse au trastuzumab constatée chez les donneuses. Enfin, la β-diversité du microbiote fécal a permis de distinguer les patientes en fonction de leur réponse au traitement et ce quel que soit les sous-types intrinsèques des tumeurs. Pour les auteurs, l'implication directe du microbiote intestinal offre des pistes thérapeutiques prometteuses, via sa modulation pour améliorer l'efficacité du traitement anti- HER2, mais aussi pour l’exploiter en tant que biomarqueur de la réponse au traitement.