Comprendre les microbiotes

Saviez-vous que notre corps abritait plusieurs milliards de (sidenote: Microorganismes Organismes vivants qui sont trop petits pour être vus à l'œil nu. Ils incluent les bactéries, les virus, les champignons, les archées, les protozoaires, etc… et sont communément appelés "microbes". What is microbiology? Microbiology Society.   ) , notamment des bactéries, des virus et des champignons1 ?

Le microbiote humain joue un rôle essentiel dans notre santé : un microbiote équilibré contribue à rester en bonne santé. 
Vous avez sûrement déjà entendu parler du microbiote intestinal, ou « flore intestinale » ; c'est le plus connu.

Mais saviez-vous que d'autres microbiotes vivaient également dans votre corps ? Il y en a dans votre peau2, votre appareil urinaire3, votre vagin4, votre bouche5, vos oreilles6, etc.

Découvrez ces différents microbiotes!

en_view en_sources

    6 description de 6 microbiotes

    milliards le microbiote humain se compose de plusieurs milliards de micro-organismes (1)

    Qu'est-ce que le microbiote ?

    Le microbiote humain correspond à l'ensemble des (sidenote: Microorganismes Organismes vivants qui sont trop petits pour être vus à l'œil nu. Ils incluent les bactéries, les virus, les champignons, les archées, les protozoaires, etc… et sont communément appelés "microbes". What is microbiology? Microbiology Society.   ) qui ont colonisé votre corps et avec lesquels vous cohabitez : des bactéries pour l'essentiel, mais également des virus, des champignons, des levures et des protozoaires. Sa composition diffère selon les surfaces colonisées : on distingue ainsi le microbiote cutané, le microbiote vaginal, le microbiote urinaire, le microbiote respiratoire, le microbiote ORL et le microbiote intestinal, autrefois appelé flore intestinale, de loin le plus important avec ses 100 000 milliards1 de germes.

    Approfondir

    Quels sont les microbiotes de notre corps ?

    Notre intestin est peuplé de trillions7 de bactéries qui exercent des pouvoirs fascinants sur le corps humain. Essayons de mieux comprendre comment fonctionne le microbiote intestinal et pourquoi il faut en prendre soin !

    L'essentiel

    • Il est composé de trillionsde (sidenote: Microorganismes Organismes vivants qui sont trop petits pour être vus à l'œil nu. Ils incluent les bactéries, les virus, les champignons, les archées, les protozoaires, etc… et sont communément appelés "microbes". What is microbiology? Microbiology Society.   ) qui peuplent notre intestin, tels que des bactéries, des virus, des champignons (y compris des levures) et même des parasites.
    • Chacun de nous possède un microbiote unique, un peu comme une empreinte digitale7.
    • Le microbiote intestinal peut être considéré comme un organe fonctionnel du corps humain qui travaille en étroite collaboration avec les intestins.
    • Certains des troubles associés à une (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) intestinale sont : diarrhée post-antibiotiques8, coliques du nourrisson9, gastro-entérite10, maladies inflammatoires de l’intestin11 (syndrome de l’intestin irritable)…
    •  Il y a plusieurs façons d’exercer une influence positive sur l’équilibre et la diversité du microbiote intestinal: alimentation, probiotiques, prébiotiques, transplantation...

    Le vagin abrite des centaines de bactéries4. Penchons-nous sur leur fonctionnement et voyons pourquoi il est important de prendre soin de son microbiote !

    L'essentiel

    • Le microbiote vaginal est équilibré lorsqu’il montre une faible diversité4.
    • Toutes les femmes ont un microbiote vaginal, mais aucune n’a le même.
    • Le corps évolue tout au long de la vie et le microbiote vaginal ne fait pas figure d’exception.
    • Il est essentiel de prendre soin de son microbiote vaginal. L’hygiène intime quotidienne est primordiale pour éviter les (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) .

    Le microbiote cutané est un écosystème très complexe, composé d'un ensemble de (sidenote: Microorganismes Organismes vivants qui sont trop petits pour être vus à l'œil nu. Ils incluent les bactéries, les virus, les champignons, les archées, les protozoaires, etc… et sont communément appelés "microbes". What is microbiology? Microbiology Society.   ) vivants (bactéries, champignons, virus et parasites), qui participe à la signature olfactive de la peau humaine.

    L'essentiel

    • La peau agit comme une triple barrière de protection4,12.
    • Le microbiote cutané est relativement stable au cours du temps4,13 et ne subit des changements que lors des grandes étapes de la vie. 
    • Le microbiote cutané intervient également dans l’immunité : il stimule les mécanismes de défense immunitaire de l’épiderme et du corps tout entier et il calme l’inflammation lorsque cela s’avère nécessaire14.
    • Une (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) est souvent associée à des troubles pathologiques de la peau tels que l’acné15, la dermatite atopique16, le psoriasis17, la dermatite séborrhéique18, la couperose19 ou encore le cancer de la peau20.

    On a longtemps cru que les poumons sains ne contenaient pas de (sidenote: Microorganismes Organismes vivants qui sont trop petits pour être vus à l'œil nu. Ils incluent les bactéries, les virus, les champignons, les archées, les protozoaires, etc… et sont communément appelés "microbes". What is microbiology? Microbiology Society.   ) , ceci est remis en question depuis la découverte récente du microbiote pulmonaire.

    L'essentiel

    • La composition du microbiote pulmonaire est façonnée principalement par l'environnement.
    • De multiples facteurs peuvent appauvrir la diversité bactérienne et engendrer un déséquilibre du microbiote respiratoire.

    L’appareil urinaire humain abrite de nombreux (sidenote: Microorganismes Organismes vivants qui sont trop petits pour être vus à l'œil nu. Ils incluent les bactéries, les virus, les champignons, les archées, les protozoaires, etc… et sont communément appelés "microbes". What is microbiology? Microbiology Society.   ) qui peuvent jouer un rôle protecteur pour notre santé21. Toute diminution de la diversité de la flore urinaire peut augmenter le risque de maladie22. Si l’on a longtemps cru que l’urine était stérile, les recherches scientifiques récentes ont montré qu’il n’en est rien22.

    L'essentiel

    Le microbiote ORL (oreille, nez, gorge) est constitué de trois flores bactériennes distinctes : le microbiote oral, le microbiote auriculaire, et le microbiote nasopharyngé.

    L'essentiel

    • Le microbiote oral fait cohabiter plus de 700 espèces bactériennes, qui contribuent à la bonne santé de la bouche (dents, gencives, langue...), et, plus globalement, de l'organisme.
    • Au niveau du conduit auditif externe, la composition du microbiote auriculaire est voisine de celle de la peau.
    • Bien que proche du microbiote oral, le microbiote nasopharyngé, qui tapisse les voies nasales et le pharynx, est composé de germes très différents.
    Sources

    Kho ZY, Lal SK. The Human Gut Microbiome - A Potential Controller of Wellness and Disease. Front Microbiol. 2018 Aug 14;9:1835

    Bay L, Barnes CJ, Fritz BG, et al. Universal Dermal Microbiome in Human Skin. mBio. 2020 Feb 11;11(1):e02945-19.

    Neugent ML, Hulyalkar NV, Nguyen VH, et al. Advances in Understanding the Human Urinary Microbiome and Its Potential Role in Urinary Tract Infection. mBio. 2020 Apr 28;11(2):e00218-20.

    Greenbaum S, Greenbaum G, Moran-Gilad J, et al. Ecological dynamics of the vaginal microbiome in relation to health and disease. Am J Obstet Gynecol. 2019 Apr;220(4):324-335.

    Radaic A, Kapila YL. The oralome and its dysbiosis: New insights into oral microbiome-host interactions. Comput Struct Biotechnol J. 2021 Feb 27;19:1335-1360.

    Xu Q, Gill S, Xu L, et al. Comparative Analysis of Microbiome in Nasopharynx and Middle Ear in Young Children With Acute Otitis Media. Front Genet. 2019;10:1176.

    Ley RE, Peterson DA, Gordon JI. Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in the human intestine. Cell. 2006 Feb 24;124(4):837-48.

    8 McFarland LV. Antibiotic-associated Diarrhea: Epidemiology, Trends and Treatment. Future Microbiol. 2008 Oct;3(5):563-78.

    9 Perceval C, Szajewska H, Indrio F, et al. Prophylactic use of probiotics for gastrointestinal disorders in children. Lancet Child Adolesc Health. 2019 Sep;3(9):655-662

    10 Stuempfig ND, Seroy J. Viral Gastroenteritis. [Updated 2020 Nov 19]. In: StatPearls [Internet]. Treasure Island (FL): StatPearls Publishing; 2021 Jan-

    11 Oka P, Parr H, Barberio B, et al. Global prevalence of irritable bowel syndrome according to Rome III or IV criteria: a systematic review and meta-analysis. Lancet Gastroenterol Hepatol. 2020 Oct;5(10):908-917

    12 Petrova MI, Lievens E, Malik S, et al. Lactobacillus species as biomarkers and agents that can promote various aspects of vaginal health. Front Physiol. 2015 Mar 25;6:81.

    13 Reid G, Bruce AW, Fraser N, et al. Oral probiotics can resolve urogenital infections. FEMS Immunol Med Microbiol 2001;30: 49–52.

    14 Petricevic L, Domig KJ, Nierscher FJ, et al. Characterisation of the oral, vaginal and rectal Lactobacillus flora in healthy pregnant and postmenopausal women. Eur J Obstet Gynecol Reprod Biol 2012;160:93–9.

    15 Gupta P, Singh MP, Goyal K. Diversity of Vaginal Microbiome in Pregnancy: Deciphering the Obscurity. Front Public Health. 2020 Jul 24;8:326.

    16 Petrova MI, van den Broek M, Balzarini J, et al. Vaginal microbiota and its role in HIV transmission and infection. FEMS Microbiol Rev. 2013;37(5):762-792.

    17 Younes JA, Lievens E, Hummelen R, et al. Women and Their Microbes: The Unexpected Friendship. Trends Microbiol. 2018 Jan;26(1):16-32.

    18 Kovachev S. Defence factors of vaginal lactobacilli. Crit Rev Microbiol. 2018 Feb;44(1):31-39.

    19 Riepl M. Compounding to Prevent and Treat Dysbiosis of the Human Vaginal Microbiome. Int J Pharm Compd. 2018 Nov-Dec;22(6):456-465.

    20 Torcia MG. Interplay among Vaginal Microbiome, Immune Response and Sexually Transmitted Viral Infections. Int J Mol Sci. 2019;20(2):266.

    21 Whiteside SA, Razvi H, Dave S, et al. The microbiome of the urinary tract--a role beyond infection. Nat Rev Urol. 2015 Feb;12(2):81-90.

    22 Morand A, Cornu F, Dufour JC, et al. Human Bacterial Repertoire of the Urinary Tract: a Potential Paradigm Shift. J Clin Microbiol. 2019 Feb 27;57(3).

    23 Lewis DA, Brown R, Williams J, et al. The human urinary microbiome; bacterial DNA in voided urine of asymptomatic adults. Front Cell Infect Microbiol. 2013 Aug 15;3:41.

    24 Aragón IM, Herrera-Imbroda B, Queipo-Ortuño MI, et al. The Urinary Tract Microbiome in Health and Disease. Eur Urol Focus. 2018 Jan;4(1):128-138.

    25 Antunes-Lopes T, Vale L, Coelho AM, et al. The Role of Urinary Microbiota in Lower Urinary Tract Dysfunction: A Systematic Review. Eur Urol Focus. 2020 Mar 15;6(2):361-369.