QUE SAIT-ON DÉJÀ À CE SUJET ?

Le microbiote intestinal a été impliqué dans la physiopathologie de certains troubles douloureux chroniques, notamment la douleur associée au syndrome de l’intestin irritable (SII) et à la fibromyalgie [2]. Cette hypothèse repose en grande partie sur des études montrant une association entre le niveau de douleur et les altérations de composition du microbiote intestinal, sur les différences de seuils de douleur entre des souris élevées de manière conventionnelle et des souris axéniques, qui se normalisent après la colonisation bactérienne, ou sur la capacité des bactéries à produire des métabolites neuroactifs in vitro [3]. Cependant, les données démontrant un lien de causalité et les mécanismes précis qui sous-tendent la douleur viscérale induite par le microbiote intestinal, ainsi que l’identification des espèces bactériennes spécifiques impliquées, font défaut. Les auteurs de cert article ont précédemment rapporté que la douleur abdominale chez les patients atteints de SII s’améliorait après une restriction des apports alimentaires en glucides fermentescibles. Cette amélioration était associée à des changements dans les profils du microbiote intestinal et à des concentrations plus faibles d’histamine urinaire [2], un médiateur connu impliqué dans l’hypersensibilité viscérale [4]. Dans le présent article, les auteurs ont étudié les fonctions du microbiote intestinal qui déclenchent la production d’histamine et l’hypersensibilité viscérale en utilisant des souris axéniques colonisées par le microbiote fécal de patients atteints de SII ou d’individus sains.

QUELS SONT LES PRINCIPAUX RÉSULTATS APPORTÉS PAR CETTE ÉTUDE ?

Une corrélation positive était d’abord observée entre la sévérité de la douleur viscérale et la concentration urinaire d’histamine dans une cohorte de patients avec SII.

L’hypersensibilité viscérale et la mécanosensibilité intestinale, évaluée par la mesure du potentiel d’action dans les nerfs afférents du côlon, était plus élevée chez les souris axéniques colonisées avec le microbiote fécal de patients avec SII ayant un taux d’histamine urinaire élevé par rapport celles colonisées par un microbiote associé à un taux d’histamine urinaire faible. Le microbiote était bien responsable de la production d’histamine chez les patients avec SII et niveau urinaire élevé de ce métabolite (Figure 1). De plus, un régime pauvre en glucides fermentescibles réduisait l’hypersensibilité viscérale médiée par l’histamine.

En utilisant une approche de culturomique, la bactérie Klebsiella a ensuite été identifiée comme la productrice principale d’histamine chez les patients avec SII et dont le niveau urinaire de cette molécule était élevé.

Par rapport aux sujets sains, les patients avec SII avaient une prévalence plus élevée de K. aerogenes et une abondance relative plus élevée du gène histidine decarboxylase (hdc) qui est responsable de la production d’histamine. D’un point de vue mécanistique, l’histamine produite par K. aerogenes était impliquée dans le recrutement des mastocytes, jouant un rôle dans le phénotype douloureux chez la souris. L’expression de H4R (récepteur 4 de l’histamine) était augmentée dans le côlon de souris colonisées par le microbiote fécal de patients atteints de SII présentant des taux élevés d’histamine urinaire. In vitro, le blocage de H4R bloquait le chimiotactisme des mastocytes. Finalement, in vivo, le blocage de H4R réduisait les réponses viscéro-motrices à la distension colorectale des souris colonisées avec le microbiote fécal de patients avec SII ayant un taux d’histamine urinaire élevé.

QUELLES SONT LES CONSÉQUENCES EN PRATIQUE ?

Cette étude démontre le rôle spécifique de la production d’histamine par certaines bactéries du microbiote intestinal dans les symptômes douloureux d’un sous-groupe de patients avec SII, dans le contexte d’un régime riche en glucides fermentescibles. Cela suggère que la distension intestinale liée à la production de gaz n’est pas le principal déclencheur nociceptif chez ces patients. L’identification de K. aerogenes, ou d’autres bactéries sources d’histamine, pourrait guider des recommandations diététiques, les thérapies ciblant le microbiote ou l’utilisation d’antagonistes des récepteurs H4 chez un sous-groupe de patients avec SII.

COMPOSITION ET FONCTION DU MICROBIOTE AU DÉBUT DE LA VIE

Le microbiote intestinal du nourrisson commence à se développer à la naissance avec un écosystème très simple, et voit la diversité de ses espèces augmenter pendant environ 2-3 ans (encadré). Ce processus se déroule en plusieurs étapes, avec des profils communs identifiés entre différentes populations humaines (Figure 1). La colonisation démarre avec les espèces pionnières provenant essentiellement du canal vaginal et des selles de la mère ou de sa peau, selon que l’enfant est né par voie basse ou par césarienne, respectivement. Les enfants nés par voie basse ont une abondance plus importante de Lactobacillus, Prevotella et Sneathia, alors que ceux nés par césarienne sont initialement colonisés par des Staphylococcus, Propionibacterium et Corynebacterium. Les enfants allaités présentent une abondance plus grande d’espèces des genres Bifidobacterium et Lactobacillus que les enfants nourris au lait infantile, qui présentent quant à eux une abondance plus importante de Bacteroides, Enterobacteriaceae et Clostridiaceae. Avec l’introduction des aliments solides, le microbiote intestinal se diversifie de plus en plus et passe à un état dominé par les Bacteroidaceae, Lachnospiraceae et Ruminococcaceae, qui persiste jusqu’à l’âge adulte (Figure 1) [1].

L’intestin du nourrisson est une étape de métabolisme important qui contribue à la digestion, au métabolisme énergétique et à l’éducation immunitaire. Par la digestion microbienne des composants du lait maternel, les espèces du genre Bifidobacterium font baisser le pH de la lumière intestinale par la production de lactate et d’acétate, ce qui est considéré comme une stratégie cruciale dans l’augmentation de l’absorption intestinale des nutriments. L’acétate représente la majorité des acide gras à chaîne courte (AGCC) produits dans l’intestin du nourrisson, et il est impliqué dans la prévention des infections par les entéropathogènes [2]. Les bifidobactéries sont également impliquées dans un processus connu sous le nom de « cross-feeding », ou alimentation croisée, dans lequel la production d’acétate et de lactate sert de substrat pour la croissance d’autres espèces, telles que Roseburia, Eubacterium, Faecalibacterium et Anaeroestipes, favorisant ainsi la diversité du microbiote. Les espèces du genre Bacteroides peuvent également fermenter le lait maternel et sont d’importants producteurs de propionate, un AGCC. Les espèces du genre Bacteroides ont une capacité unique à également métaboliser les oligosaccharides dérivés des mucines [3]. Cette plasticité métabolique améliore leur adaptabilité aux fluctuations des conditions intestinales entre les repas, ainsi qu’après le sevrage et l’introduction des aliments solides. Les espèces du genre Bacteroides sont également essentielles à l’éducation immunitaire, constituant une source importante du composant microbien lipopolysaccharide, et favorisant le développement de réponses immunitaires adaptatives tolérogènes dans l’intestin [4]. Compte tenu de leur adaptabilité particulière à l’environnement intestinal du nourrisson, de leur transmissibilité de la mère à l’enfant, de leur dominance dans l’intestin du nourrisson, de leur importance pour les autres membres de cet écosystème microbien et de leurs bénéfices pour l’hôte, les espèces des genres Bacteroides et Bifidobacterium sont probablement des espèces clés du microbiote du nourrisson humain (Figure 2).

LES FACTEURS QUI INFLUENCENT LE MICROBIOTE AU DÉBUT DE LA VIE

Les espèces pionnières peuvent avoir des conséquences durables sur la trajectoire du microbiote intestinal du nourrisson par des effets de priorité. Ce processus écologique implique qu’une arrivée précoce dans un nouvel écosystème joue un rôle fondamental dans l’assemblage de la communauté. Ce processus explique l’influence du mode d’accouchement sur la composition initiale du microbiote du nourrisson. De vastes études de cohorte ont identifié des différences de microbiote liées à l’accouchement par césarienne qui persistent pendant des mois après la naissance, et sont susceptibles d’impacter cette période critique dans le développement de l’hôte [5]. Il s’agit notamment d’une abondance plus faible d’espèces des genres Bacteroides et Bifidobacterium et d’une abondance plus forte d’espèces potentiellement pathogènes.

En plus du mode d’accouchement, la disponibilité et l’abondance de substrats nutritionnels ont un effet déterminant sur le microbiote au début de la vie. Le lait maternel contient plus de 10 g/L d’HMO (human milk oligosaccharides, oligosaccharides du lait maternel), le 2’fucosyl-lactose (2’FL) et le trifucosyllacto-N-hexaose (TF-LNH) étant les plus abondants [6]. La majorité des HMO sont digérés par les espèces des genres Bifidobacterium et Bacteroides en AGCC. Les bifidobactéries possèdent un vaste répertoire de gènes pour la digestion des HMO. Plusieurs sous-espèces de B. longum sont fréquemment retrouvées dans l’intestin du nourrisson, les sousespèces infantis (B. infantis), longum (B. longum) et breve (B. breve) étant souvent isolées dans les selles des enfants allaités en bonne santé, alors que les enfants nourris au lait infantile sont souvent colonisés par B. adolescentis. Parmi ces sous-espèces, B. infantis est celle qui a le plus vaste répertoire de gènes pour digérer l’ensemble des structures HMO dans le lait humain [7]. Le lait maternel influence également la composition du microbiote du nourrisson par le biais de facteurs immunitaires, tels que les composés antimicrobiens (lactoferrine et lysozyme) et les effecteurs immunitaires (IgAs, cellules immunitaires et cytokines), qui sont essentiels pour l’exclusion immunitaire des micro-organismes pathogènes [1]. À noter que comparativement aux bébés allaités, l’abondance plus faible de Bifidobacterium observée chez les bébés nourris au lait infantile est associée à une concentration plus faible de lactate et d’IgAs et à un pH plus élevé au niveau de la lumière intestinale.

En plus du mode d’accouchement et de l’alimentation des enfants, d’autres facteurs tels que le tabagisme de la mère, son indice de masse corporelle, le diabète gestationnel, l’asthme familial et le stress peuvent influencer le microbiote au début de la vie [8]. Les mécanismes sous-tendant les associations entre ces facteurs et le microbiote du nourrisson sont encore peu clairs mais ils impliquent probablement des modifications au niveau du microbiote maternel et une transmission verticale ultérieure à l’enfant, ainsi que le risque accru de césarienne et les taux plus faibles de réussite de l’allaitement liés à beaucoup de ces facteurs. En général, les effets individuels des facteurs tels que le mode d’accouchement, le recours aux antibiotiques et l’allaitement sont relativement bien caractérisés. Cependant, les effets combinés de ces expositions restent mal compris.

DYSBIOSE AU DÉBUT DE LA VIE : UNE CAUSE DE MALADIES NON TRANSMISSIBLES

Le microbiote au début de la vie est un écosystème jeune et il est donc moins résilient par nature. La résilience écologique est la capacité d’un écosystème à retrouver son état d’origine après une perturbation. Le microbiote du nourrisson a donc un risque plus élevé de voir sa trajectoire altérée de manière permanente à un stade critique du développement. Le recours péri- et post-natal aux antibiotiques induit des modifications radicales au niveau de la composition et de la diversité du microbiote du nourrisson, connues sous le nom de « dysbiose », diminuant l’abondance des bifidobactéries et la diversité globale du microbiote et augmentant les espèces pathogènes. Cet effet s’observe même quand les antibiotiques ne sont administrés qu’aux mères lors d’une naissance par voie basse (pour prévenir les infections à streptocoques B) et il est augmenté lorsqu’ils sont administrés aux nourrissons pendant la première année de vie, suivant une relation dose-réponse [9]. À noter que même une seule cure d’amoxicilline administrée à des nourrissons a diminué l’abondance des bifidobactéries pendant plusieurs mois, ce qui montre la sensibilité de ce groupe important de bactéries à ces médicaments couramment utilisés [10].

Une exposition aux antibiotiques pendant la gestation ou avant le sevrage chez le rongeur peut aggraver les réponses immunitaires allergiques (IgE, lymphocytes Th2 et Th17), l’adiposité et l’obésité, les réponses auto-immunes et la colite chronique [1]. Ces réponses systémiques à la dysbiose au début de la vie concordent avec les données épidémiologiques constantes associant le recours aux antibiotiques au début de la vie et plusieurs MNT. Par exemple, une revue systématique et une méta-analyse de 13 études ont identifié une association dose-réponse entre le recours aux antibiotiques et l’obésité, avec un risque accru allant de 11 % pour les nourrissons ne recevant qu’une seule dose à 24 % lors de l’administration de plus d’un traitement [9]. Plus récemment, une revue systématique et une méta-analyse de 160 études, englobant plus de 22 millions d’enfants, ont mis en évidence des associations significatives entre le recours aux antibiotiques chez les enfants et la dermatite atopique, les allergies alimentaires, la rhinoconjonctivite allergique, l’asthme, l’arthrite juvénile, le psoriasis et les troubles du spectre de l’autisme [11].

La directionnalité et la causalité sont très difficiles à établir à partir des études épidémiologiques. Cependant, les résultats combinés des études précliniques et les associations dose-réponse établies entre le recours aux antibiotiques et l’asthme et l’obésité, en particulier, plaident en faveur de l’application de mesures plus strictes en matière de bon usage des antibiotiques. Une récente étude conduite chez des enfants canadiens a rapporté une diminution de l’incidence de l’asthme parallèle à la baisse des prescriptions d’antibiotiques à l’échelle de la population entre les années 2000 et 2014. Point important, la composition du microbiote à l’âge de 1 an a joué un rôle dans l’association entre l’exposition aux antibiotiques et le diagnostic d’asthme à 5 ans [12]. Cette étude importante apporte des preuves solides de l’existence d’une relation de causalité entre le recours aux antibiotiques et l’asthme chez l’être humain et montre la nécessité d’un usage prudent des antibiotiques pour réduire l’incidence de l’asthme.

CORRIGER LA DYSBIOSE : OÙ EN EST-ON ?

Les conséquences délétères de la dysbiose au début de la vie méritent davantage d’études mais également de l’action. La diminution du recours à la césarienne, au lait infantile et aux antibiotiques est un objectif louable mais son potentiel de succès est limité compte tenu des besoins sociétaux. Différentes stratégies de restauration du microbiote ont été tentées, avec des résultats mitigés. Deux méthodes de restauration de l’écosystème ont été testées dans les accouchements programmés par césarienne : l’ensemencement vaginal et la transplantation de microbiote fécal (TMF). L’ensemencement vaginal consiste à imprégner la peau et/ou la cavité buccale d’un nouveau-né avec les sécrétions vaginales de la mère. Les trois essais actuellement publiés sur l’ensemencement vaginal ont montré que cette méthode ne permet pas de restaurer le microbiote après césarienne pour le faire ressembler à un microbiote après naissance par voie basse [8]. Par contre, une TMF mère/enfant (administrée lors du premier biberon) a été suffisante pour corriger le microbiote après césarienne [13]. Cependant, même si les auteurs ont réalisé une recherche d’agents pathogènes dans les échantillons utilisés pour la TMF, cette pratique controversée comporte un risque infectieux significatif et inutile pour un nouveau-né par ailleurs en bonne santé, et ne deviendra probablement pas une option viable.

L’utilisation de pré- et de probiotiques pourrait constituer une approche plus pratique et faisable pour restaurer le microbiote, en particulier à la lumière des études résumées ci-dessus. Une récente étude a montré que la déplétion en bifidobactéries et en gènes utilisant les HMO pouvait être améliorée en combinant l’administration d’une souche de B. infantis et l’allaitement [14]. Cette stratégie a également atténué les réponses pro-inflammatoires induisant l’allergie à 1 an, montrant des mécanismes immunitaires bénéfiques à long terme. Cependant, il n’existe pas suffisamment de preuves montrant que les stratégies actuelles de restauration du microbiote permettront d’infléchir les taux alarmants de MNT pédiatriques.

Difficulté à s’endormir ou à rester endormi, réveils prématurés… l'insomnie touche un adulte sur deux de plus de 65 ans. Avec des conséquences lourdes sur la santé puisque cette maladie chronique s’accompagne souvent d’un déclin cognitif et d’une mortalité accrue. Si les mécanismes sont encore mal compris, une explication du lien entre insomnie et déclin cognitif pourrait résider dans l’axe microbiote intestinal-cerveau. Une équipe de chercheurs s’est ainsi penchée sur les liens entre le microbiote intestinal et les performances cognitives de 72 insomniaques chroniques (dont 56 femmes) âgés de 73,2 ans en moyenne. Deux facteurs étaient évalués qui témoignent généralement d’un déclin cognitif accéléré au cours du vieillissement : la qualité du sommeil (mesure objective par actigraphie (sidenote: Actigraphie Méthode de mesure objective du sommeil reposant sur un appareil similaire à une montre, porté au poignet ou à la cheville, qui détecte les mouvements du corps et donc l’activité de veille. Cet appareil mesure ainsi le temps mis à s’endormir, les éventuels réveils et leur durée, etc. ) sur 2 semaines et subjective par auto-questionnaire) et les performances cognitives (15 variables mesurées dont 2 finalement retenues car plus discriminantes).

La qualité du sommeil associée à la dysbiose intestinale

L’analyse par séquençage du gène de l’ARN 16S des échantillons de selles des patients met en évidence la présence de 45 phyla différents. Les Bacteroidetes étaient prédominants (48 %), suivis par les Firmicutes et, loin derrière, les Proteobacteria (6 %), soit un recul des Firmicutes et Proteobacteria au profit des Bacteroidetes par rapport à des patients sans problèmes de sommeil².

Mais surtout, chez les 72 insomniaques suivis, l’efficacité du sommeil (soit le sommeil objectif et non ressenti) et la cognition expliquaient 7,5 à 7,9 % de la variation totale de la composition du microbiote intestinal (en termes de variants bactériens et de genres (sidenote: Variant de séquence d’amplicon Terme désignant des séquences d’ADN individuelles récupérées à partir d’une analyse de gène marqueur (les séquences « parasites » induites par l’amplification du gène et le séquençage sont éliminées par cette technique). Cette méthode se distingue donc du comptage des OTU, unité taxonomique opérationnelle (Operational Taxonomic Unit), plus couramment utilisé, où des bactéries sont regroupées sur la base de similarités d’un gène donné servant de marqueur taxonomique. ) ). Soit un impact important, comparable à celui provoqué par les médicaments, les paramètres sanguins, le transit, le régime alimentaire, l’état de santé et les données anthropométriques, d’après une précédente étude³.

Lachnoclostridium et Blautia impliquées?

De plus, l'analyse de corrélation a montré qu’une forte présence du genre Lachnoclostridium allait de pair avec un sommeil efficace et des performances cognitives plus élevées (temps de réaction plus faible). A l’inverse, des performances cognitives moindres étaient associées à une abondance plus élevée du genre Blautia.

Cette étude apporte une nouvelle pierre à la relation entre insomnie, cognition et microbiote intestinal. Si elle ne permet pas de déduire la moindre causalité, elle pointe du doigt le microbiote intestinal comme potentielle aide au diagnostic des personnes âgées souffrant de troubles du sommeil et de déclin cognitif, voire comme nouvelle cible thérapeutique dans le domaine du vieillissement.

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La schizophrénie, pathologie psychiatrique appartenant à la classe des troubles psychotiques, est souvent (et injustement) réduite aux comportements agressifs des patients atteints. Comment expliquer cette propension à l’agressivité ? Une équipe chinoise propose une voie d’explication impliquant le microbiote intestinal¹.

De l’inflammation à la dysbiose

Point de départ de leur hypothèse : l’organisme des patients schizophrènes à tendance agressive est riche en molécules inflammatoires. Selon les auteurs, cet état inflammatoire généralisé aurait des implications sur leur microbiote intestinal (bien que la confirmation de cet état de causalité doive encore être apportée). En effet, ils constatent en effet que la flore intestinale d’un patient schizophrène à tendance agressive n’a rien à voir avec celle d’un patient schizophrène n’ayant pas ces comportements : elle est moins diverse, certaines espèces ont pris le dessus tandis que d’autres ont déserté. Or, les bactéries intestinales participent à la fabrication de certaines molécules, notamment des acides gras à chaîne courte (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. ) (AGCC) et des neurotransmetteurs (sidenote: Neurotransmetteurs Molécules spécifiques qui permettent une communication entre les neurones (les cellules nerveuses du cerveau), mais aussi avec les bactéries du microbiote. Elles sont produites aussi bien par les cellules de l’individu que par les bactéries du microbiote.   Baj A, Moro E, Bistoletti M, Orlandi V, Crema F, Giaroni C. Glutamatergic Signaling Along The Microbiota-Gut-Brain Axis. Int J Mol Sci. 2019;20(6):1482. ) . Ainsi, chez les patients schizophrènes à tendance agressive, 6 AGCC et 6 neurotransmetteurs sont en berne.

De la dysbiose à l’oxydation et l’agressivité ?

Conséquence directe de ce déséquilibre (ou dysbiose), selon la théorie des chercheurs : l’intestin serait moins étanche. Normalement, la paroi intestinale, constituée d’une couche de cellules « collées-serrées », joue un rôle de barrière entre le contenu du tube digestif et la circulation sanguine... Lorsque le microbiote intestinal est déséquilibré (ce qui est le cas chez les patients schizophrènes à tendance agressive), la barrière intestinale devient perméable et poreuse permettant ainsi aux bactéries intestinales d’atteindre la circulation sanguine. Les chercheurs subodorent que ce mécanisme engendrerait une réaction spécifique, dite de stress oxydatif (sidenote: Stress oxydatif Le stress oxydatif correspond à une situation où la cellule ne contrôle plus la présence excessive de molécules toxiques (les radicaux libres). Ils peuvent endommager les cellules et l’ADN. Pizzino G, Irrera N, Cucinotta M, et al. Oxidative Stress: Harms and Benefits for Human Health. Oxid Med Cell Longev. 2017;2017:8416763.  ) , autrement dit une production en excès de molécules néfastes pour l’organisme (molécules pro-oxydantes que l’on appelle des radicaux libres), connues pour endommager les cellules. Ils montrent d’ailleurs que le stress oxydatif mesuré chez les patients est lié à la sévérité du caractère agressif. La boucle serait bouclée : l’hyper-inflammation aurait conduit, via le microbiote intestinal, à l’hyper-oxydation et in fine à l’agressivité.

Briser le cercle vicieux

L’étude suggère également en filigrane une possible voie de sortie : des probiotiques permettant de rééquilibrer la flore intestinale des schizophrènes, voire des anti-inflammatoires pour bloquer ce mécanisme délétère, ne pourraient-ils pas réduire l’agressivité des patients souffrant de schizophrénie ? Le microbiote intestinal, une piste de recherche prometteuse…

L’urétrite est une inflammation de l’urètre (sidenote: Urètre Le canal qui véhicule l’urine de la vessie vers l’extérieur de l’individu. ) , le canal de sortie de la vessie. Chez l’homme, elle se manifeste par des brûlures en urinant, des démangeaisons et des écoulements anormaux. Elle peut être due à une infection sexuellement transmissible (IST) : par une bactérie, principalement le gonocoque Neisseria gonorrhoeae, mais aussi Chlamydia trachomatis ou Mycoplasma genitalium, moins souvent par des virus comme l’herpès. Mais jusqu’à la moitié des urétrites non dues au gonocoque sont considérées « idiopathiques » : autrement dit, on ne connaît pas leur origine. Soit l’urétrite n’est pas infectieuse, ce qui reste rare, soit le germe en cause n'est pas identifié. Dans le doute, le médecin prescrit généralement un antibiotique. Mais cette approche non ciblée peut aboutir à des traitements inadéquats ou excessifs qui peuvent à leur tour provoquer des altérations du microbiote.

Le microbiote urétral des hommes atteints d’urétrite idiopathique à la loupe

Par ailleurs, des études récentes suggèrent que les agents infectieux responsables d’urétrites non-gonococciques ne sont pas les mêmes chez les hommes selon qu’ils ont des relations sexuelles avec des femmes (HSF) ou des hommes (HSH). Des chercheurs australiens ont donc souhaité déterminer quelles bactéries, hormis celles que l’on connaît déjà, pouvaient contribuer à l’infection chez l’homme et ce, en tenant compte des pratiques sexuelles. Pour cela, ils ont analysé le microbiote urinaire et urétral d’une centaine hommes (HSF et HSH) présentant des symptômes d’urétrite idiopathique et l’ont comparé à celui d’une centaine d’hommes sans urétrite, en tant que sujets « contrôles ».

Des questions de genre (bactérien) et d’orientation sexuelle

Les scientifiques ont découvert que la bactérie Haemophilus influenzae, qui colonise naturellement le microbiote du nasopharynx (autrement dit du nez et de la gorge), était plus abondante dans le microbiote urétral des HSH souffrant d’urétrite idiopathique. Les chercheurs estiment que le sexe oral sans préservatif pourrait être le mode de contamination de cette infection. Le genre bactérien Corynebacterium était quant à lui augmenté chez les HSF atteints, ce qui a surpris les scientifiques : il est considéré normal dans le microbiote génital masculin. Les auteurs avancent que certaines de ses espèces pourraient devenir pathogènes lorsqu’elles se multiplient. D’autres genres bactériens comme Ureaplasma, Escherichia, certains streptocoques et un staphylocoque étaient également plus présents dans le microbiote urinaire et urétral des individus malades. Ils pourraient également favoriser l’urétrite, selon les scientifiques.

Vers des traitements plus ciblés de l’urétrite masculine

La découverte de ces nouvelles bactéries est une source d'espoir pour les patients. En effet, grâce à ces nouvelles bactéries, les chercheurs peuvent désormais identifier, à partir des orientations sexuelles des patients, de possibles causes d'urétrites infectieuses non-gonococciques. Si ces résultats sont confirmés, les médecins pourraient proposer des traitements plus ciblés à leurs patients. Un petit pas pour la science, un grand pas pour les infections sexuellement transmissible (IST) ?

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Patients stories 

Face au Covid-19, la femme enceinte présente un risque accru de développer une forme sévère et des complications de sa grossesse, telles qu’une prééclampsie ou un accouchement prématuré. Or, on connait le rôle d’un microbiote vaginal équilibré dans le déroulement optimal de la grossesse. Et si les effets délétères du Covid-19 chez la femme enceinte passaient par le truchement du microbiote vaginal ?
Afin de vérifier cette hypothèse, des chercheurs ont mené une étude cas-témoins prospective incluant 28 femmes enceintes non-infectées et 19 femmes enceintes atteintes du Covid-19 (13 cas légers voire asymptomatiques et 6 cas modérés à sévères, dont 2 ayant nécessité la prise d’antibiotiques et antiviraux).

Plus de diversité et moins de lactobacilles parmi les grossesses Covid-19

Le microbiote vaginal a été prélevé par écouvillon lors de la phase active de la maladie et dans le mois qui a suivi la guérison et évalué par séquençage du gène de l’ARN 16S. Le groupe Covid-19 présentait une diversité significativement plus élevée que dans le groupe témoin. En outre, les Bacteroidetes avaient pris l’avantage sur les Firmicutes et, à l’échelle du genre bactérien, les Lactobacillus sp. étaient significativement moins abondants que dans le groupe témoin. Or, de précédentes études ont montré qu’il existait un risque accru de fausses couches ou de naissance prématurée chez les femmes enceintes ayant un microbiote vaginal appauvri en Lactobacille. Ce que les présentes données corroborent, puisque 3 femmes ont accouché prématurément dans le groupe Covid-19 (versus 0 dans le groupe témoin). 

La sévérité du Covid-19 en lien avec la dysbiose vaginale ?

En dépit de la petite taille de l’échantillon, les chercheurs ont constaté d’autres différences de composition du microbiote vaginal au sein du groupe Covid-19. En particulier, les femmes souffrant de formes de Covid-19 modérées à sévères présentaient des taux bien plus élevés de Ureaplasma spp. : 2,05 % vs 0,1 % en cas de formes asymptomatiques à légères. Le genre Ureaplasma est impliqué dans différentes infections gynécologiques (salpingite, urétrite et cervicite), sa surreprésentation en cas de Covid-19 sévère plaide également en faveur d’une dysbiose vaginale associée à la fois à l’infection par le SARS-Cov-2 et aux risques de complications de la grossesse. D’autant que, sur les 3 naissances prématurées intervenues dans cette étude, 2 ont eu lieu dans le sous-groupe Covid-19 modéré à sévère (n=6).

Synopsis du cours

Ces dernières années, les probiotiques ont acquis une importance scientifique considérable, car un nombre croissant d'études confirment les bienfaits des probiotiques pour la santé au-delà du tube digestif, notamment pour la santé de la bouche, du foie, de la peau, du vagin et des voies urinaires. Cependant, tous les probiotiques ne sont pas identiques. La décision de choisir un probiotique doit s'appuyer sur des recommandations cliniques fondées sur leur efficacité à traiter certaines pathologies. Parmi une grande variété de produits probiotiques, comment en choisir un ? Et pourquoi ? Ce cours vous donnera les indices et les raisons du choix d'un probiotique. De plus, ne manquez pas l'occasion d'apprendre d'une experte renommé quelques idées fausses et des recommandations pratiques concernant l'utilisation des probiotiques!

Qui est Mary Ellen Sanders?

• Mary Ellen Sanders, PhD, est une consultante de renommée internationale dans le domaine de la microbiologie des probiotiques.

• Elle a été la présidente fondatrice et est actuellement responsable scientifique de la société scientifique ISAPP. Le Dr Sanders est l'auteur de plus de 120 publications scientifiques évaluées par les pairs sur la justification de l'efficacité, la microbiologie et les questions réglementaires relatives aux probiotiques. Depuis 2017, elle préside le groupe d'experts sur les probiotiques de la pharmacopée américaine et le comité de l'Organisation mondiale de la gastroentérologie qui prépare des lignes directrices pour l'utilisation des probiotiques et des prébiotiques dans les indications gastro-intestinales.

• Déclaration de conflits d'intérêts : L'auteure déclare avoir reçu des honoraires de consultant de la California Dairy Research Foundation, de Church & Dwight, de Mead Johnson et de PepsiCo, avoir fait des présentations lors de conférences parrainées par Kerry, Associated British Foods, Mead Johnson, Fairlife, GlaxoSmithKline et Trouw Nutrition, et avoir siégé à des conseils consultatifs pour Cargill, Sanofi, Danone North America, Danone Research, Winclove Probiotics et Yakult.

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Cela ne fait aucun doute, l’alimentation est le moyen le plus efficace pour moduler la composition de notre microbiote intestinal. Mais les études se limitent souvent à un nutriment (effet de telle protéine, fibre…) sans évaluer l’effet d’un aliment entier. Or, tous les nutriments d’un aliment interagissent, avec des effets antagonistes et synergiques, tant et si bien que dans la vraie vie, l’effet global d’un aliment est rarement la somme des effets individuels de chacun de ses composants. Ainsi, les amandes, comme toute graine, sont riches en lipides et donc en calories (on en extrait d’ailleurs de l’huile !) mais aussi en fibres qui agissent sur le transit, en polyphénols aux vertus antivieillissement, etc.

Pour évaluer les effets des amandes sur le microbiote intestinal, les producteurs américains d’amandes viennent de financer une étude qui représente, en termes de qualité, le Saint-Graal en nutrition : un essai contrôlé (sidenote: Essai contrôlé Étude dans laquelle une partie des participants reçoit un placebo ou un produit connu et permet la comparaison. ) randomisé (sidenote: Essai randomisé Étude dans laquelle les produits testés sont répartis au hasard (en anglais, random) entre les participants. ) . Ainsi, 87 jeunes volontaires peu portés sur les fruits et légumes ont été répartis aléatoirement en 3 groupes comparables. Leur mission : consommer chaque jour pendant 4 semaines, à la place de leurs snacks habituels, deux collations : soit 2 poignées d’amandes entières, soit l’équivalent en poudre d’amandes, soit 2 muffins contenant autant de calories (témoins).

Des résultats décevants, des bénéfices santé limités

Le moins que l’on puisse dire, c’est que les résultats observés n’auront pas été à la hauteur de l’investissement. Les auteurs espéraient observer un effet boost des amandes sur les bifidobactéries (sidenote: Bifidobactéries Bactéries, en forme de batônnet, en Y. La plupart des espèces sont bénéfiques pour l’homme. Elles sont retrouvées dans les intestins de l’homme, mais également certains yaourts.  Ces bactéries :
- Protègent la barrière intestinale 
- Participent au développement du système immunitaire, aident à lutter contre l’inflammation 
- Favorisent la digestion, améliorent les symptômes gastro intestinaux Sung V, D'Amico F, Cabana MD, et al. Lactobacillus reuteri to Treat Infant Colic: A Meta-analysis. Pediatrics. 2018 Jan;141(1):e20171811.  O'Callaghan A, van Sinderen D. Bifidobacteria and Their Role as Members of the Human Gut Microbiota. Front Microbiol. 2016 Jun 15;7:925. Ruiz L, Delgado S, Ruas-Madiedo P, et al. Bifidobacteria and Their Molecular Communication with the Immune System. Front Microbiol. 2017 Dec 4;8:2345. ) intestinales. Or, c’est plutôt le contraire qui s’est passé... Ils pariaient sur un transit intestinal accéléré grâce aux fibres des amandes : que nenni, les oléagineux n’y ont rien changé. L’étude a même remis en cause un principe jusque-là accepté pas les nutritionnistes, à savoir que, contrairement aux amandes broyées finement, les amandes entières continueraient, même après mastication, à retenir dans leur structure les gouttes de lipides. Or, les résultats montrent que le broyage commercial des amandes n'entraîne quasiment pas de différences en termes d’accessibilité des lipides. Autrement dit, votre organisme va pouvoir assimiler les graisses et calories des amandes entières, pratiquement aussi bien que celles des amandes broyées !

L’exception : un acide gras à chaîne courte

Seule note positive observée : la consommation d'amandes (entières et moulues) a entraîné une augmentation significative de la production, par les bactéries intestinales, d’un acide gras à chaîne courte (sidenote: Acides gras à chaîne courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau.   Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. ) bénéfique pour notre santé, le butyrate.

C’est le Graal des études que s’offrent une nouvelle fois les producteurs d’amandes de Californie : un essai contrôlé randomisé (ECR). Objectif : évaluer l'impact des amandes et de leur transformation (moulues ou non) sur les bifidobactéries intestinales et, accessoirement, sur la composition d’ensemble du microbiote intestinal et le temps de transit. Pour ce faire, 87 adultes en bonne santé, adeptes de collations (chips, chocolat…) et peu portés sur les fibres (fruits, légumes…), ont participé à cet essai à 3 bras : ils ont, durant 4 semaines, remplacé leurs 2 collations habituelles soit par des amandes entières (2*23 g/j), soit par des amandes moulues (2+23 g/j) ou par 2 muffins isocaloriques (témoin).

Amande : la fin d’un mythe nutritionnel ?

Bilan des courses ? Contrairement à l'hypothèse principale, les bifidobactéries n’étaient pas plus abondantes, au contraire, dans les selles des groupes amandes entières (8,7 %) ou moulues (7,8 %) comparativement au contrôle (13,0 %). Néanmoins, la légère différence ne résiste pas à un ajustement du test. Les amandes sont également sans effet sur le microbiote intestinal, le temps de transit intestinal (que les chercheurs pensaient accélérer), la consistance des selles ou les symptômes intestinaux. Les amandes moulues présentaient des tailles de particules plus fines que les amandes après mastication : pour autant, l’effet du broyage sur la libération des lipides et donc leur accessibilité pour l’organisme s’avère moins important que prévu, au point que les chercheurs concluent que le broyage commercial des amandes n'entraîne pas de différences cliniquement significatives en termes de bioaccessibilité des nutriments.

Seule différence significative observée : la consommation d'amandes (entières et moulues) a entraîné une augmentation de la production de butyrate par les bactéries intestinales (24,1 μmol/g vs18,2 μmol/g pour le témoin), un acide gras à chaîne courte aux bénéfices santé reconnus, ce qui, selon les auteurs suggéraient une modification des fonctions du microbiote intestinal. 

Pas d’effet prébiotique 

C’est sans doute une déception pour les producteurs américains mais, selon cet ECR, la consommation d'amandes n'exerce pas d'effet prébiotique sur les bifidobactéries fécales ni de changements majeurs au sein du microbiote ou sur le transit. La forte prédominance féminine (86,2 %) et la jeunesse (27,5 ± 6,2 ans) des volontaires pourraient-elles avoir biaisés les résultats ? Peut-être. Dans l’attente, d’autres études sont attendues ciblant une population plus uniforme pour confirmer ces résultats.