Ensemble des micro-organismes (bactéries, levures, champignons, virus) vivant dans un environnement spécifique, appelé microbiome, chez un hôte animal ou végétal.
Le microbiote humain correspond à l'ensemble des micro-organismes qui ont colonisé votre corps et avec lesquels vous cohabitez : des bactéries pour l'essentiel, mais également des virus, des champignons, des levures et des protozoaires. Sa composition diffère selon les surfaces colonisées : on distingue ainsi le microbiote cutané, le microbiote vaginal, le microbiote urinaire, le microbiote respiratoire, le microbiote ORL et le microbiote intestinal, autrefois appelé flore intestinale, de loin le plus important avec ses 100 000 milliards de germes.
Dysbiose
La dysbiose est le reflet d’un déséquilibre entre le microbiote et son hôte, faisant suite à des modifications de la composition de la flore bactérienne. Elle est associée à un certain nombre de maladies.
Chez une personne (l’hôte) en bonne santé, la flore microbienne (ou microbiote) est composée d'un ensemble de micro-organismes, bactéries, champignons et virus, vivant en harmonie selon un système parfaitement structuré. L'hôte et son microbiote entretiennent des relations étroites et interagissent pour le bon fonctionnement de chacun.
Mais divers événements peuvent perturber cet équilibre :
- Des traitements médicamenteux (antibiotiques en particulier)
- Les infections virales, bactériennes ou parasitaires
- Un déficit immunitaire
- Différentes maladies
- Un changement brutal d’environnement ou d’alimentation
- Le stress
Tous ces facteurs peuvent entraîner une modification du microbiote de façon plus ou moins durable : les bactéries néfastes (pathobiontes) peuvent devenir dominantes, les bactéries protectrices plus rares, la diversité microbienne moins riche.
La dysbiose, cause ou conséquence de maladies ?
La dysbiose a été décrite au niveau du microbiote intestinal dans de nombreuses pathologies digestives et métaboliques. Elle pourrait être également impliquée dans certaines maladies neuropsychiatriques et neurodégénératives. Pour autant, les chercheurs ignorent encore si la dysbiose est une cause ou une conséquence de ces maladies. L'hypothèse retenue est celle d'un cercle vicieux : la dysbiose serait influencée par des facteurs génétiques et environnementaux, mais jouerait elle-même un rôle dans le déclenchement et la sévérité de ces maladies.
Prise en charge de la dysbiose
Pour rééquilibrer votre microbiote, on va favoriser la présence des micro-organismes bénéfiques en consommant des probiotiques, prébiotiques, symbiotiques. En parallèle, on adopte une hygiène alimentaire faisant la part belle aux denrées riches en fibres (artichauts, ail, oignons...) et fermentés (choucroute), sources de prébiotiques. Dans les cas les plus préoccupants, la transplantation fécale sera utilisée pour corriger la dysbiose.