Bien que vaccinés, certains enfants ne développent pas d’immunité protectrice, en particulier dans les pays à revenus faibles et intermédiaires. Le microbiote intestinal, intimement lié au fonctionnement immunitaire, pourrait être l’un des facteurs à l’origine de cette variabilité des réponses vaccinales.
Certes, la vaccination constitue l’un des plus grands succès de santé publique, sauvant des millions de vies dans le monde, en particulier chez les jeunes enfants (0-5 ans), plus fragiles vis-à-vis des maladies infectieuses. Pour autant, son efficacité varie d’une population à l’autre, avec des taux d’immunité protectrice supérieurs dans les pays européens par rapport aux pays à revenus faibles ou intermédiaires (PRFI). Alors que le développement du microbiote intestinal au début de la vie est intimement lié à la maturation du système immunitaire, et que les microbiotes des enfants des PRFI diffèrent sensiblement de ceux des enfants Européens, des chercheurs ont rassemblé dans une revue les éléments pointant le rôle du microbiote intestinal dans les disparités de réponses aux vaccins.
Des propriétés immuno-modulatrices
On y apprend que la présence de certains taxons est corrélée au taux de réponse vaccinale : de façon positive pour les Actinobacteria, mais négative pour les Enterobacteriaceae, dans une étude sur les vaccins contre la tuberculose, le tétanos, l’hépatite B et la polio chez des nourrissons Bangladais. Au-delà de ces observations, les interventions visant à modifier le microbiote (prébiotiques, probiotiques, antibiotiques) plaident également en faveur de son implication dans la réponse vaccinale. Une revue systématique de 2018 a résumé les résultats de 26 essais menés avec des probiotiques chez l’Homme en vue d’améliorer l’efficacité de différents vaccins. Elle constate des effets positifs dans la moitié des cas. De façon symétrique, les études ayant testé les effets d’antibiotiques ont obtenu une absence d’effet ou une réduction de la réponse immunitaire, attribuée à la perturbation du microbiote.
Deux genres bactériens particulièrement impliqués
Deux genres bactériens semblent particulièrement à même de moduler les réponses à la vaccination : Bifidobacterium et Bacteroides, communautés essentielles au développement d’un microbiote sain chez les jeunes enfants, qui sont toutefois susceptibles de connaître des perturbations importantes dans cette fenêtre de vie (césarienne…). Les effets du microbiote sur les réponses vaccinales seraient médiés par certains métabolites et/ou composants cellulaires, comme les acides gras à chaîne courte, les exopolysaccharides ou les vésicules extracellulaires.
Vers une nouvelle génération de stratégies vaccinales
Bien que les souches et les produits d’intérêt méritent d’être mieux caractérisés, les perspectives cliniques ouvertes par la relation intriquée entre microbiote et efficacité vaccinale sont riches. En ligne de mire : de nouvelles thérapies de stimulation vaccinale, potentiellement dépourvues d’adjuvants (souvent suspectés d’effets indésirables), et à même d’améliorer la protection des enfants des PRFI.
On le sait, le microbiote intestinal diffère d’un individu à l’autre. Cette différence pourrait expliquer les variations d’efficacité des vaccins, avec des réponses moins bonnes chez les enfants des pays à faible revenu. Des stratégies visant à modifier la composition du microbiote intestinal sont à l’étude pour réparer cette « injustice immunitaire ».
En théorie, le principe de la vaccination est simple (ou presque) : (sidenote:
Pour cela, on inocule un fragment inoffensif de l’ennemi à l’organisme pour qu’il développe des défenses spécifiques. En cas de rencontre ultérieure avec le vrai pathogène, les défenses sont prêtes pour neutraliser l’envahisseur.
https://www.who.int/fr/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/covid-19-vaccines/how-do-vaccines-work
). Sauf qu’en pratique, cela ne fonctionne pas pour tout le monde : bien qu’elle sauve des millions de vies chaque année, en particulier de jeunes enfants, plus fragiles vis-à-vis des maladies infectieuses, la vaccination se révèle plus efficace chez les enfants européens par rapport à ceux des pays à revenus faibles ou intermédiaires (PRFI). Bien que vaccinés, (sidenote:
Si près de 100 % des enfants finlandais développent une immunité protectrice en réponse à la vaccination contre le rotavirus, c’est seulement le cas de 58 % des enfants au Nicaragua et 46 % au Bangladesh. De même, les taux de protection en réponse au vaccin du BCG varient de 0 à 51 % en Afrique versus 88 % à 100 % chez les enfants européens.
). Autrement dit, leur armée d’anticorps ( (sidenote:
Immunité innée et adaptative
Le corps humain assure sa protection grâce à 2 types de mécanismes de défense : l’immunité innée et l’immunité adaptative. L’immunité innée est la première ligne de défense contre les agents infectieux, c’est une réaction immédiate. Tandis que l’immunité adaptative intervient plus tardivement, mais procure une protection durable.
Janeway CA Jr, Travers P, Walport M, et al. Immunobiology: The Immune System in Health and Disease. 5th edition. New York: Garland Science; 2001. Principles of innate and adaptive immunity.)) ne parvient pas à réagir. Non entraînée à reconnaître et éradiquer l’ennemi, elle a peu de chances de parvenir à défendre sa position quand un vrai combat a lieu… Mais comment expliquer une telle « injustice immunitaire » ?
Le microbiote intestinal, allié de la réponse immunitaire
Bien que des recherches complémentaires soient encore nécessaires, les chercheurs envisagent déjà de nouvelles stratégies vaccinales qui consisteraient à moduler la composition de la flore intestinale pour stimuler les réponses aux vaccins. Une nouvelle approche qui augmenterait les chances d’accès à une vaccination efficace dans les pays à revenus faibles ou intermédiaires (PRFI). Cette approche permettrait en outre de s’affranchir de certains adjuvants, ajoutés pour booster la réponse immunitaire mais qui, soupçonnés d’effets indésirables, attisent la défiance vaccinale.
Combien de patients souffrant de troubles intestinaux recevez-vous par semaine en consultation ? Chez combien d’entre eux le syndrome de l’intestin irritable (SII) a-t-il été diagnostiqué ? Saviez-vous que certains malades ont dû lutter plus de 4 ans avant que le diagnostic médical formel du SII ne soit établi?
Pas moins de 75 % des personnes souffrant du syndrome de l’intestin irritable (SII) ne seraient pas diagnostiquées. En effet, le diagnostic du SII peut être difficile à établir et incertain pour plusieurs raisons : c’est une maladie complexe dont les symptômes sont souvent difficiles à quantifier de façon objective, et qui est compliquée à expliquer au patient lors d’une consultation ordinaire.
C’est pourquoi le professeur Jean-Marc Sabaté, le professeur Jan Tack, le docteur Pedro Costa Moreira et le Biocodex Microbiota Institute ont élaboré un outil sous forme de check-list qui permet de mieux diagnostiquer le SII et d’améliorer la communication avec le patient. Cet outil a reçu l’aval de l’Organisation Mondiale de Gastroentérologie.
Qu'allez-vous trouver dans l'outil de diagnostic du SII?
Cher professionnel de santé, vous trouverez pour la première fois toutes les informations dont vous avez besoin dans un seul outil pratique d’aide au diagnostic du SII :
Des illustrations simples pour expliquer la maladie, ses symptômes et sa physiopathologie
Les critères de diagnostic et les sous-types de SII
Une check-list des symptômes d’alarme qui vous aidera à confirmer votre diagnostic
La liste des examens nécessaires, ceux qui sont recommandés dans chaque cas particulier et enfin ceux qu’il est inutile de prescrire systématiquement
Les quatre grands concepts généraux de prise en charge du malade
Une proposition de fréquence des consultations pour le suivi des soins
Qu’est-ce que le syndrome de l’intestin irritable (SII) ?
Que savons-nous de sa physiopathologie ?
Comment poser un diagnostic sûr ?
Quels sont les signes d'alerte ?
Quels sont les examens nécessaires ?
Quels principes généraux de prise en charge ?
A quelle fréquence réaliser le suivi ?
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Prof. Jean-Marc Sabaté
Le Professeur Jean-Marc Sabaté est consultant au sein du service de gastro-entérologie de l’Hôpital universitaire Avicenne, à Bobigny, en France, et est également professeur de gastro-entérologie à l’Université Sorbonne Paris Nord. Depuis 2002, il poursuit ses recherches dans le domaine du syndrome de l’intestin irritable (SII) à l’INSERM, dans l’unité U-987 « Physiopathologie et pharmacologie clinique de la douleur » (Hôpital Ambroise Paré, en France). Il est cofondateur et président du conseil scientifique de l’association APSSII (association française de patients souffrant du syndrome de l’intestin irritable).
Prof. Jan Tack
Le Professeur Jan Tack est actuellement responsable du département de gastro-entérologie, professeur de médecine interne et président du département de médecine clinique et expérimentale à l’Université de Louvain, en Belgique. Le Professeur Jan Tack est également directeur de recherches au Translational Research Center for Gastrointestinal Disorders (TARGID, Centre de recherche translationnelle pour les troubles gastro-intestinaux) de l’Université de Louvain. Il est aujourd’hui l’un des chercheurs les plus renommés en recherche clinique et fondamentale dans le domaine de la motilité gastro-intestinale. Il est président de la Rome Foundation for Functional Gastrointestinal Disorders (Fondation de Rome pour les troubles fonctionnels intestinaux).
Dr. Pedro Costa Moreira
Le Docteur Pedro Costa Moreira est gastro-entérologue au Centro Hospitalar do Tâmega e Sousa - Penafiel, à Porto, au Portugal. Il s’est spécialisé dans les maladies du foie et du pancréas et dans l’endoscopie avancée : échographie endoscopique (EUS), cholangio-pancréatographie rétrograde endoscopique (CPRE) et procédures de dilatation/implantation d’endoprothèse entérales. Il est également collaborateur et conseiller scientifique pour une plateforme numérique orientée vers la formation médicale continue des médecins traitants (MGFamilar.net). Il a débuté sa formation médicale au Centro Hospitalar de São João, à Porto, au Portugal.
Approuvé par
L’Organisation Mondiale de Gastroentérologie
L’Organisation Mondiale de Gastroentérologie (WGO) est une fédération qui regroupe 119 sociétés membres et 4 associations régionales de gastroentérologie représentant au total plus de 60 000 membres individuels dans le monde entier. La WGO a pour mission d’améliorer le niveau de formation, d’éducation et de pratique en gastroentérologie, en hépatologie et dans d’autres disciplines connexes à l’échelle mondiale. https://www.worldgastroenterology.org/
"En tant que gastro-entérologue, je n'ai jamais trouvé difficile de diagnostiquer le syndrome de l'intestin irritable, qui est de loin le trouble intestinal le plus courant à tout âge.
Mais tout outil pouvant aider les médecins (en particulier les généralistes) à établir un diagnostic correct est évidemment le bienvenu." - Mario Guslandi (De Biocodex Microbiota Institute sur LinkedIn)
À l’approche des fêtes de fin d’année, la santé intestinale devient plus importante que jamais... Que vous souhaitiez profiter de cette période de l'année sans culpabiliser ou que vous preniez déjà de bonnes résolutions, retrouvez ci-dessous du contenu fiable.
Découvrez du contenu dont vous avez besoin pour garder un microbiote en bonne santé pendant la période des fêtes. Nous vous souhaitons un Bon Noël et un Joyeux Microbiote !
De bonnes résolutions pour prendre soin de votre flore intestinale
Et s’il suffisait de certaines bactéries intestinales et 3 acides gras à chaîne courte pour une identification simple, fiable et précoce de l'entérocolite nécrosante néonatale ? C’est en tout cas ce que suggère une étude chez 34 prématurés.
Identifier tôt et intervenir le plus rapidement possible. Tels sont les impératifs de la prise en charge de l'entérocolite nécrosante néonatale (ECN), qui touche 5 à 12 % des prématurés. Mais faute de biomarqueurs suffisamment sensibles au stade précoce, ils restent au stade de vœux pieux. Or, de précédentes études ont montré l’apparition d’une dysbiose intestinale dans les 7 jours à 72 h précédant l’ECN. Le microbiote et ses métabolites, notamment les acides gras à chaîne courte (AGCC) impliqués dans le maintien de l'intégrité de l'épithélium intestinal, pourraient-il prédire l’ECN à venir ?
Afin d'explorer la valeur prédictive du microbiote intestinal et des AGCC, une étude prospective a été menée auprès de 34 prématurés (< 34 semaines d’aménorrhée) souffrant de troubles intestinaux (distension abdominale, vomissements ou selles sanglantes) : 17 potentiellement atteints d’ENN et 17 témoins appariés sans ECN, dont les selles ont été prélevées le jour de leur inclusion. À noter : sur les 17 enfants potentiellement ECN, (sidenote:
Perforation intestinale au cours de l'étude
Perforation intestinale chez les 5 autres enfants le jour de leur enrôlement dans l’étude.
) (soit un sous-groupe de l’échantillon initialement apparié) dont les selles ont été prélevées en moyenne 7 jours plus tard.
5 à 12 % des prématurés
des prématurés développent une entérocolite nécrosante néonatale (ECN)
20 à 30 % des nourrissons
pour 20 à 30 % des nourrissons l’issue est fatale
Une dysbiose intestinale précède l’ECN
Contrairement à ce que mettent en évidence de précédentes études, les chercheurs n’observent pas systématiquement de perte de diversité intestinale précédant la maladie : certains indices de richesse bactériennes (Ace et Chao1) évoquent une différence significative, d’autres (Simpson et Shannon) non. Selon les auteurs, les troubles digestifs de tous les enfants inclus, y compris les témoins, pourraient expliquer cette discordance avec les données de la littérature.
En revanche, 7 jours avant l'apparition de l’ECN, une modification de la composition de la flore apparaît : les bactéries Streptococcus salivarius et Rothia mucilaginosa augmentent tandis que Bifidobacterium subsp. lactis diminue. Des variations sont également explorées à l’échelle du phylum (augmentation des protéobactéries, baisse des Firmicutes, Actinobacteriota et Bacteroidota) mais elles restent non significatives.
3 AGCC comme marqueurs métaboliques
Les chercheurs se sont également penchés sur les métabolites bactériens. Et plus précisément sur l’acétate, le propionate et le butyrate qui représentent 90 à 95 % des AGCC totaux dans les intestins humains. L’étude montre que ces 3 AGCC diminuent significativement 7 jours avant l'apparition de l’ECN, sans doute en raison du déclin des Firmicutes et des Bacteroidota. Ces métabolites s’avèrent être de bien meilleurs biomarqueurs prédictifs de l’ECN que les biomarqueurs bactériens : ils sont plus spécifiques et plus sensibles (AUC de 68 à 73 % selon l’AGCC) ce qui permettrait une éventuelle application clinique.
Les particules de plastique dégagées par les contenants des plats à emporter semblent altérer le microbiote intestinal et oral. C’est ce que suggèrent les résultats d’une étude menée par des chercheurs chinois.
Vous n’avez qu’une demi-heure pour manger ? Réfléchissez à deux fois avant d’aller chercher vos nouilles sautées au snack du coin… surtout si elle est servie dans une barquette en plastique ! Selon une étude récente, les microplastiques et les nanoplastiques de ces contenants jetables pourraient bien perturber vos microbiotes intestinal et buccal1.
Microplastiques et nanoplastiques : ils sont partout !
Résistant, léger, bon marché… le plastique a tout pour plaire. Problème : il peut se dégrader et engendrer des minuscules particules qui vont se disperser dans l’air, l’eau, les animaux, pour finir dans notre assiette… et in fine notre organisme. Les microplastiques mesurent moins de 5 millimètres ; on en retrouve dans les poumons, le placenta, le sang… Les nanoplastiques, encore peu étudiés car plus difficiles à détecter, mesurent moins de 100 nanomètres (500 fois moins que l’épaisseur d’un cheveu !). Si on sait encore peu de choses de leurs effets sur l’homme, ils n’en sont pas moins une source d’inquiétude. Non seulement ils pourraient traverser les barrières biologiques mais les additifs qu’ils contiennent, considérés comme des polluants chimiques, pourraient favoriser des pathologies comme le cancer et certaines maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI)2,3.
Déséquilibre du microbiote : le plastique sur le banc des accusés
On sait que les barquettes des plats à emporter émettent des quantités non négligeables de particules plastiques de petite taille. Des tests sur des animaux nourris avec ces micro et des nanoplastiques ont montré un impact négatif sur leur microbiote intestinal. Mais qu’en est-il de leurs effets sur la santé de l’homme ?
Pour explorer la question, des chercheurs ont enrôlés 390 étudiants chinois âgés de 18 à 30 ans et les ont classés en 3 groupes : gros consommateurs de plats à emporter en plastique (au moins 3 fois par semaine), consommateurs occasionnels (maximum 1 fois par semaine) et non consommateurs. Ils ont prélevé leurs selles et leur salive afin d’analyser et comparer leurs microbiotes buccal et intestinal.
Des effets marqués sur l’équilibre des flores intestinale et buccale
Les résultats montrent que les consommateurs de plats à emporter dans des barquettes en plastique souffrent davantage de troubles intestinaux et toussent plus que ceux qui n’en consomment jamais. Plus inquiétant : ils présentent des altérations marquées ( (sidenote:
Dysbiose
La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien.
Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232.)) de leurs microbiotes intestinal et buccal, avec des signatures bactériennes spécifiques : Collinsella en quantité plus abondantes dans les selles des consommateurs de plats à emporter en plastique, et la quantité de Thiobacillus dans la bouche était plus élevée (une bactérie précédemment retrouvée dans des rizières polluées par du plastique)
Ouvrir un simple emballage plastique, un geste loin d’être anodin
Selon les résultats d’une étude menée par des chercheurs australiens4, couper, déchirer, tordre ou simplement manipuler un morceau de ruban adhésif, un emballage de chocolat ou un sac de course pourrait libérer des microplastiques potentiellement toxiques. Les résultats montrent qu’en fonction de la nature de l’emballage et de la technique d’ouverture, entre 0,46 et 250 particules de microplastique sont émises pour chaque centimètre coupé, déchiré ou tordu.
Des particules susceptibles de traverser les compartiments de l’organisme ?
Les auteurs émettent l’hypothèse suivante : la toux, plus fréquente chez les amateurs de plats à emporter, pourrait signifier que les micro et nano plastiques seraient capables de migrer depuis l’intestin vers les poumons, et de s’accumuler au sein du microbiote des voies aériennes en entraînant une dysbiose à l’origine de la toux.
En attendant que ces résultats soient confirmés, pensez à préparer vous-même votre casse-croûte et surtout, transportez-le dans un contenant inerte en verre !
Faut-il se mettre au vert pour protéger ses enfants des maladies pulmonaires et cardiovasculaires ? Selon une étude publiée dans Gut Microbes, la pollution de l’air altère significativement le microbiote des bébés ce qui pourrait impacter leur santé future.
Transport routier, usines, chauffage au bois… On sait depuis longtemps que la pollution de l’air a des effets délétères sur la santé pulmonaire et cardiovasculaire de l’homme. Des études récentes ont montré qu’elle affectait le microbiote des adultes. Mais quel est l’impact des polluants sur celui des plus jeunes ?
Pour répondre à cette question, des scientifiques de l’université du Colorado à Boulder (États-Unis) ont mesuré le degré d’exposition aux polluants atmosphériques de 103 enfants californiens âgés de 6 mois. En parallèle, ils ont prélevé leurs selles afin d’analyser la composition de leurs microbiotes.
9 personnes sur 10
Selon l’OMS, 9 personnes sur 10 respirent un air pollué sur Terre.
7 millions
Cette pollution serait responsable chaque année de 7 millions de décès.
Les calculs des scientifiques montrent que plus les enfants sont exposés à la pollution, plus la structure de leur microbiote est modifiée, et ce, même en tenant compte de l’influence du poids de naissance, du statut économique de la famille, du mode d’accouchement et du type d’allaitement.
Pollution de l’air : un enjeu majeur de santé publique
Le chauffage résidentiel, le transport routier mais aussi les chantiers, les industries et les carrières sont les principales sources de pollution de l’air. Ils sont à l’origine de l’émission de particules toxiques appelées « PM » (particulate matter) et de dioxyde d’azote NO2. Les particules fines sont susceptibles de traverser les membranes protectrices de l’organisme et d’affecter le cœur, les poumons et le cerveau.
Les enfants sont particulièrement sensibles à la pollution de l’air. Elle entraîne chez eux des maladies respiratoires, des cancers et des troubles cognitifs.
Selon les résultats, les microbiotes des bébés les plus exposés contenaient davantage de Dialister et Dorea, deux genres bactériens associés, chez l’adulte, à une réponse inflammatoire systémique et à un risque plus élevé de cancer, de sclérose en plaques et de troubles mentaux.
Leurs microbiotes contenaient également moins de bactéries productrices d’acides gras à longue chaîne ( (sidenote:
AGCC
Acides gras à chaîne courte
)) dont on connaît les effets bénéfiques sur la perméabilité intestinale, la santé cardiovasculaire, la communication intestin cerveau ou la (sidenote:
Barrière hémato-encéphalique
La barrière hémato-encéphalique est une barrière "physique" qui permet de séparer le système nerveux central (SNC) de la circulation sanguine. Elle agit en contrôlant étroitement les échanges entre le sang et le compartiment cérébral.
Engelhard HH, Arnone GD, Mehta AI, Nicholas MK. Biology of the blood-brain and blood-brain tumor barriers. InHandbook of Brain Tumor Chemotherapy, Molecular Therapeutics, and Immunotherapy 2018 Jan 1 (pp. 113-125). Academic Press. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/B9780128121009000085)
Comprendre les effets de la pollution sur les communautés microbiennes
Cette étude met évidence pour la première fois une association entre exposition aux polluant de l’air ambiant et la composition de la flore intestinale des jeunes enfants. Bien que préoccupants, ces résultats devront être confirmés et complétés par d’autres études. Prochaines étapes pour les chercheurs : suivre dans le temps l’évolution des microbiotes des enfants de la cohorte, tenter de comprendre par quels mécanismes la pollution exerce ses effets sur les communautés microbiennes et savoir si les modifications sont réellement associées à des problèmes de santé.
La dysbiose intestinale et l’inflammation systémique constatées chez les patients atteints du VIH semblent présentes avant la séroconversion et augmenter la vulnérabilité à l’infection, révèle une récente étude américaine1. Cette perspective inattendue sur les liens entre VIH et microbiote intestinal pourrait ouvrir la voie à de nouvelles options de prévention ciblée.
A quelques jours de la Journée Mondiale de lutte contre le SIDA le 1er décembre, retour sur les liens entre VIH et microbiote. Les études montrant l’association entre l’infection par le VIH et des modifications du microbiote intestinal (MI) sont nombreuses, mais principalement transversales et méthodologiquement hétérogènes, donc soumises à différents biais de confusion. On sait que l’infection par le VIH s’accompagne d’une dysbiose intestinale et d’une translocation bactérienne responsable d’une inflammation systémique, mais le déroulé de ces événements n’est pas totalement élucidé. De plus, des études récentes ont montré qu’au-delà de l’âge, l’alimentation ou la prise d’antibiotiques, le comportement sexuel influait aussi sur le MI quel que soit le statut sérologique2,3, brouillant davantage les pistes.
Une étude longitudinale aux biais maîtrisés
Afin de mesurer les changements se produisant au niveau du MI et des marqueurs d’inflammation lors de l’infection par le VIH, des chercheurs ont sélectionné des échantillons fécaux et sanguins provenant de quatre études longitudinales différentes (Etats-Unis, Pérou) réalisées sur des périodes de 4 mois à 2 ans auprès d’hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes. Parmi ces derniers, 27 ont été infectés par le VIH. Les échantillons des hommes infectés ont été appariés avec ceux de 28 sujets contrôles aux caractéristiques démographiques et comportementales similaires.
Des altérations du MI et des marqueurs inflammatoires précédant la séroconversion
Les chercheurs ont identifié de minimes changements dans le MI des sujets infectés par le VIH pendant la phase aiguë. Seule une augmentation de Fusobacterium mortiferum a été observée peu après la séroconversion, ainsi qu’une diminution de Prevotella intermedia dans un sous-groupe issu d’une étude nord-américaine. Les différences les plus importantes ont été constatées entre les sujets en pré-infection et les contrôles. Le microbiote intestinal des sujets en pré-infection présentaient une diminution de plusieurs espèces de Bacteroides et une augmentation Megasphaera elsdenii dans leur microbiote intestinal. Ils avaient également un taux plasmatique plus élevé de cytokines inflammatoires : facteur d’activation des lymphocytes B, IL-8, TNFα.
Le microbiote intestinal, une option de prévention ciblée ?
Selon ses auteurs, cette étude suggère que l’altération du MI préexisterait avant l’infection. Appuyée par les résultats similaires d’une autre équipe américaine4, elle indique que cette dysbiose intestinale pourrait davantage contribuer à l’infection que d’en découler, même si une dysbiose est observée ensuite au stade chronique. En effet, la période d’observation de l’étude était trop courte pour que les chercheurs puissent identifier les changements ultérieurs. D’autres limitations liées au petit nombre des participants et à leur spécificités (sexe, âge, usage de drogue, comportement sexuel…) ne permettent pas non plus la généralisation des données. Cependant, les chercheurs estiment que l’identification d’une signature intestinale de susceptibilité au VIH et/ou des marqueurs inflammatoires pourrait constituer un nouvel outil de prévention ciblée.
Noguera-Julian M, Rocafort M, Guillen Y, et al. Gut microbiota linked to sexual preference and HIV infection. EBioMedicine. 2016;5:135–146.
Armstrong AJS, Shaffer M, Nusbacher NM, et al. An exploration of Prevotella-rich microbiomes in HIV and men who have sex with men. Microbiome. 2018;6(1):198
L’infection par le VIH s’associe à un déséquilibre du microbiote intestinal (dysbiose) : de nombreuses études l’ont déjà montré. Mais des chercheurs américains1 ont fait une surprenante découverte : cette dysbiose précéderait l’infection et pourrait même représenter un potentiel facteur de risque d’infection.
Chez les scientifiques, une « association » montre que deux phénomènes se produisent en même temps, pas qu’ils ont une relation de cause à effet ! La dysbiose intestinale (c’est à dire un déséquilibre de la composition de la flore) constatée chez les personnes infectées par le virus de l’immunodéficience acquise (VIH) est-elle due à l’infection ou une conséquence de l’infection ? Ou les deux ? A quelques jours de la Journée Mondiale de lutte contre le SIDA le 1er décembre, il reste difficile d’avoir un avis tranché : non seulement l‘état du microbiote intestinal avant l’infection n’est pas forcément connu, mais bien d’autres facteurs influent sur l’apparition d’une dysbiose : l’âge, l’alimentation, la prise d’antibiotiques… et même le comportement sexuel d’après certaines données récentes2,3.
Pour y voir plus clair, des chercheurs américains ont rassemblé des échantillons de microbiote intestinal d’une cinquantaine d’hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes, recueillis lors de différentes études. Ils ont sélectionné des individus au profil (âge, ethnie, comportement sexuel…) similaires, dont la moitié a été contaminée par le VIH au cours de ces études, l’autre non. Ils ont ainsi pu comparer le microbiote intestinal des hommes infectés avant et juste après leur infection, mais aussi avec celui d’individus sains « comparables » non infectés.
38 millions
Fin 2021, environ 38 millions de personnes vivaient avec le VIH dans le monde, dont plus des 2/3 en Afrique.
Des changements minimes du microbiote avant/après l’infection par le VIH…
Premier résultat : pendant la phase aiguë de l’infection par le VIH, la composition du microbiote intestinal des hommes change très peu. Seule une augmentation de Fusobacterium mortiferum a été constatée. Cette espèce bactérienne, qui n’est normalement pas résidente de la flore intestinale, a déjà été associée au VIH dans d’autres études.
… mais des différences notables avant l’infection
En revanche, le microbiote intestinal des hommes qui allaient être infectés par le VIH (donc le microbiote intestinal « pré-infection ») avaient un microbiote intestinal diffère de celui des individus contrôles (qui ne s’infectent pas). En particulier, moins de bactéries du groupe des Bacteroides, et une augmentation d’autres bactéries (Megasphaera elsdenii, Acidaminococcus fermentans et Helicobacter cinaedi). Ce type de dysbiose a déjà été couramment observé chez des personnes infectées par le VIH. Sauf que dans cette nouvelle étude, le déséquilibre intestinal semble être déjà présent avant l’infection, ce qui participerait à la susceptibilité de l’infection par le VIH ou non selon les auteurs.
Transmission du VIH
Le VIH est un virus transmis par voie sexuelle, sanguine et de la mère à l’enfant (pendant la grossesse, l’accouchement ou l’allaitement). Il s’attaque à des cellules portant un récepteur « CD4 », notamment des cellules immunitaires, les lymphocytes T. Les lymphocytes T sont un type de globules blancs exerçant une fonction immunitaire majeure dans la défense de l'organisme face à l'agression par des agents microbiens extérieurs (bactéries, virus ou champignons), ou un autre type d’envahisseur étranger.
L’infection par le VIH se déroule en 3 phases successives sur 10 ans en moyenne (avec d’importantes différences entre les individus) :
La phase aiguë ou primo-infection commence 10 à 15 jours après la contamination et dure environ 2 semaines. Le virus envahit l’organisme, pénètre les cellules CD4 et est combattu par le système immunitaire. Cette étape peut ne pas donner de symptôme ou se manifester par un état grippal.
La phase chronique entraîne l’épuisement du système immunitaire, principalement par la perte progressive des lymphocytes T CD4. Elle peut durer plusieurs années et s’accompagner de troubles mineurs cutanés et digestifs, de légère fièvre, de suées nocturnes…
La phase SIDA (Syndrome de l’Immunodéficience Acquise) correspond à un taux très bas de lymphocytes T CD4 et la survenue de maladies opportunistes (qui « profitent » de la faiblesse du système immunitaire pour se développer) comme des infections graves ou certains cancers4.
Microbiote intestinal et VIH : une nouvelle arme de prévention ?
Est-ce que cela signifie que la composition du microbiote intestinal joue un rôle dans la susceptibilité à l’infection par le VIH ? Confortés par les conclusions similaires d’une autre équipe américaine5, les chercheurs estiment que cette piste devrait être suivie par des études sur des effectifs plus larges. Leur espoir ? Déterminer un « microbiote intestinal-type » d’une plus grande susceptibilité à l’infection contribuerait à une prévention plus ciblée. Et pourquoi pas, en agissant sur le microbiote intestinal des personnes à risque6.
Cette découverte ne contredit pas l’idée que le VIH entraîne lui-même une dysbiose, rappellent les chercheurs : la courte durée de l’étude n’a simplement pas permis d’observer les altérations de la composition du microbiote intestinal se produisant au stade de l’infection chronique par le VIH. Ces résultats obtenus sur un petit groupe au profil particulier ne peuvent pas non plus être généralisés à toute la population.
Noguera-Julian M, Rocafort M, Guillen Y, et al. Gut microbiota linked to sexual preference and HIV infection. EBioMedicine. 2016;5:135–146.
Armstrong AJS, Shaffer M, Nusbacher NM, et al. An exploration of Prevotella-rich microbiomes in HIV and men who have sex with men. Microbiome. 2018;6(1):198.
Collège des Universitaires de Maladies Infectieuses et Tropicales. Infection à VIH, UE6 n° 165. ECN Pilly 6ème édition 2020. Alinéa Plus, Paris ; p 195-210
Des millions de personnes dans le monde boivent régulièrement de l’alcool, mais toutes ne développent pas un trouble de consommation d’alcool. Une étude parue dans Translational Psychiatry1 suggère que la composition du microbiote intestinal contribuerait à expliquer les différences interindividuelles dans les schémas de consommation.
Le microbiote intestinal interagit avec le système nerveux central et joue un rôle dans diverses maladies, y compris mentales. Il détermine la manière dont le corps s’adapte et réagit à son environnement, ce qui pourrait inclure la consommation d’alcool. Certains individus semblent davantage apprécier et/ou tolérer l’alcool que d’autres, ou plus enclins à l’abus et à la dépendance. Des chercheurs espagnols ont souhaité explorer les liens entre le microbiote intestinal et le comportement vis-à-vis de l’alcool chez l’homme et l’animal.
3 millions
Chaque année, l’abus d’alcool est responsable de 3 millions de décès dans le monde.
Microbiote intestinal et transit sont modifiés chez les plus gros buveurs
Les scientifiques ont évalué par questionnaire la consommation hebdomadaire en grammes d’alcool de 507 étudiants (83,3% de femmes, âge moyen 19,8 ans) en tenant compte du type d’alcool, la quantité, le temps entre 2 prises et le poids du sujet. L’aspect des fèces des participants a été classifié selon l’échelle de Bristol. Alors que près de 55% d’entre eux déclaraient un type 3, les plus gros buveurs avaient plutôt des selles de type 1 et une association linéaire entre consommation d’alcool et type 1 a été constatée. Résultat inattendu, puisque l’abus d’alcool est habituellement lié à de la diarrhée. Afin d’étudier l’effet de la consommation d’alcool sur la composition du microbiote intestinal, les chercheurs ont analysé des échantillons fécaux des 17 sujets de la cohorte qui ne buvaient pas et de 17 sujets qui consommaient le plus d’alcool. La (sidenote:
Diversité α
Une mesure indiquant la diversité d'un échantillon unique, soit le nombre d’espèces différentes présentes chez un individu.
Hamady M, Lozupone C, Knight R. Fast UniFrac: facilitating high-throughput phylogenetic analyses of microbial communities including analysis of pyrosequencing and PhyloChip data. ISME J. 2010;4:17-27. https://www.nature.com/articles/ismej200997) ne différait pas significativement entre les deux groupes, mais la (sidenote:
Diversité β
Une mesure indiquant la diversité des espèces entre les échantillons, elle permet d’évaluer la variabilité de la diversité du microbiote entre les sujets.
Hamady M, Lozupone C, Knight R. Fast UniFrac: facilitating high-throughput phylogenetic analyses of microbial communities including analysis of pyrosequencing and PhyloChip data. ISME J. 2010;4:17-27. https://www.nature.com/articles/ismej20099) montrait une augmentation des Actinobacteriae dans le second.
Les troubles de la consommation d’alcool toucheraient 107 millions de personnes à travers le monde (70% d’hommes). Les tranches d’âge les plus touchées sont les 25-34 ans. En Russie, 1 personne sur 10 entre 30 et 34 ans est alcoolique2.
Quand des rats transplantés développent une appétence pour l’alcool
Les chercheurs ont ensuite induit une dépendance alcoolique chez 8 rats par administration intragastrique d’alcool pendant 10 jours, jusqu’à apparition de signes de manque. Des échantillons fécaux ont été prélevés chez ces animaux pour les transplanter à des rats receveurs. Deux semaines après, ces animaux ont montré, comparé à des rats contrôles, une consommation d’alcool volontaire plus élevée (27,4%). Ce délai montrerait que le nouveau microbiote est la cause et non la conséquence de l’augmentation de la consommation d’alcool. L’analyse du microbiote intestinal des rats intoxiqués donneurs et de leurs receveurs indique que le genre Porphyromonas, diminué chez ces animaux par rapport aux contrôles, pourrait être associé à cette volonté de consommer. Les chercheurs n’ont pas trouvé de genre bactérien augmenté, mais notent que dans d’autres études chez des souris alcooliques, les Actinobacteriae étaient plus abondantes, comme chez l’humain.
Selon eux, le microbiote implanté serait un facteur prédisposant qui face à l’alcool, augmenterait chez le receveur certaines populations de bactéries qui tireraient davantage bénéfice de l’alcool. De plus, les rats receveurs ayant montré une réduction d’activité locomotrice, il pourrait également modifier le comportement vis-à-vis de l’alcool en influant sur la neurotransmission dopaminergique cérébrale et le système de récompense.
Gérer les troubles de la consommation d’alcool grâce au microbiote ?
En conclusion, les auteurs estiment que cette étude va dans le sens d’un lien entre le microbiote intestinal et la consommation d’alcool. Mieux, intervenir sur le microbiote intestinal avec des probiotiques et/ou prébiotiques pourrait aider à gérer les troubles de la consommation d’alcool. Les genres et espèces pertinentes restent à déterminer.
Cibler le microbiote intestinal afin d’optimiser l’efficacité des vaccins ?
