Comprendre le lien complexe entre le SII et le microbiote

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Le point de vue des experts

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Un microbiote sain passe par des habitudes saines

Un microbiote sain passe par une alimentation saine

L’adolescence est une période propice à l’apparition de divers troubles de l’humeur, notamment de syndrome dépressif majeur (TDM). Nombreuses sont les études à examiner, ces dernières années, le lien entre la dysbiose intestinale et la dépression. Problème, ces études sont majoritairement réalisées chez les adultes. Une équipe internationale de scientifiques s’est donc penchée sur les adolescents et plus particulièrement sur les effets du sport sur le microbiote intestinal d’adolescents souffrant de « dépression infraliminaire » (subthreshold depression). Ce syndrome dépressif « limite » — qui ne répond qu’à une partie des critères d’un syndrome dépressif majeur — toucherait 20 à 30 % des adolescents et se traduirait par la présence d’au moins 2 symptômes caractéristiques de la dépression décrit par le manuel des troubles mentaux (une humeur dépressive, fatigue, perte ou gain de poids, agitation ou ralentissement psychomoteur, sentiment de culpabilité, etc.), depuis au moins 15 jours. Les personnes concernées ont un risque de 40 % de développer un jour une TDM.

Des collégiens dépressifs mis à l’épreuve

Les chercheurs ont recruté 25 collégiens de 12 à 14 ans souffrant de dépression infraliminaire qu’ils ont répartis au hasard dans 2 groupes : 

• un groupe pratiquant de la course à pied à un rythme modéré (50 à 70 % de la fréquence cardiaque maximale) 30 minutes par jour, 4 jours par semaine ;
• un groupe placebo faisant une fois tous les 15 jours des activités collectives (lecture, chant et jeux).

Après 3 mois d’expérimentation, les selles de l’ensemble des volontaires ont été recueillies et analysées par séquençage du gène de l’ARNr16S.
Les résultats publiés dans Psychiatry Research montrent que les adolescents du groupe course à pied avaient nettement moins de symptômes dépressifs, alors que ceux du groupe lecture et jeux ne présentaient aucune amélioration.

Une signature du microbiote intestinal

L’analyse du microbiote montre que, par rapport au groupe placebo, les jeunes coureurs présentaient une augmentation de l’abondance relative de certaines bactéries :
Coprococcus et Blautia, des bactéries productrices de butyrate, un acide gras à chaine (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. ) courte (AGCC) connu pour ses effets bénéfiques pour la santé, grâce à son action anti-inflammatoire par exemple
Dorea, et Tyzzerella : des genres bactériens dont le lien avec la dépression n’est pas encore totalement établi. Cependant, Tyzzerella avait déjà été identifié en quantité moindre chez les femmes souffrant de dépression du post-partum.

Enrichissement de certaines voies métaboliques

L’analyse des voies métaboliques des coureurs met en évidence que celles impliquant les mécanismes de défense et de transduction de signal étaient fortement enrichies, ce qui pourrait expliquer en partie l’effet antidépresseur de la course à pied. 
Les chercheurs notent par ailleurs que les voies associées aux maladies neurodégénératives — dont certaines sont connues pour être similaires à celles du syndrome dépressif majeur — étaient appauvries chez les coureurs.
Si les résultats de cette étude doivent être confirmés par une étude de plus grande ampleur, ils constituent un nouveau pas dans la compréhension du fonctionnement de l’axe intestin-cerveau et de son rôle dans les troubles de l’humeur.

Inciter un ado présentant des épisodes dépressifs à courir régulièrement pourrait bien lui éviter de développer un jour une véritable dépression. Et si cet effet protecteur était lié aux modifications du microbiote intestinal engendrées par l’activité physique ? C’est ce que suggère une nouvelle étude.

Mobiliser le corps pour lutter contre la dépression

Pour parvenir à ce résultat, les scientifiques ont recruté 25 adolescents âgés de 12 à 14 ans souffrant de dépression « infraliminaire » (subthreshold depression en anglais), c’est-à-dire « sous le seuil » du trouble dépressif majeur. Ce type de dépression se traduit par la présence, depuis 2 semaines ou plus, d’au moins 2 symptômes significatifs de la dépression décrit par le manuel des troubles mentaux :

• une humeur dépressive,
• fatigue,
• perte ou gain de poids,
• agitation ou ralentissement psychomoteur,
• sentiment de culpabilité,
• etc. 

Elle est associée à un risque de 40 % de développer un jour un trouble dépressif majeur (TDM). 
Les collégiens de l’étude ont été répartis au hasard dans deux groupes : un premier où ils étaient invités, 4 jours par semaine, à courir une demi-heure à intensité modérée, et un deuxième dans lequel ils pratiquaient tous les 15 jours des séances de jeux, de chant et de lecture. Avant et à l’issue des 3 mois d’expérimentation, les selles de l’ensemble des participants ont été recueillies et analysées pour analyser la composition du microbiote intestinal.

Bouger, courir et modifier (positivement) votre microbiote intestinal

Les résultats indiquent que l’amélioration des symptômes dépressifs est significative dans le groupe course et inexistante dans le groupe jeux et lecture. La course à pied a par ailleurs entraîné des modifications nettes du microbiote intestinal des adolescents. 
Ceux qui avaient couru avaient ainsi plus de Coprococcus et de Blautia, deux genres bactériens produisant du butyrate, un acide gras à chaine courte (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. ) (AGCC) connu pour ses effets bénéfiques pour la santé (rôle protecteur anti-inflammatoire dans les intestins par exemple).

Ils avaient également davantage de Dorea et de Tyzzerella, des genres bactériens dont le lien avec la dépression n’est pas encore totalement établi.

Le Syndrome de l’intestin irritable (SII) est un trouble fonctionnel d’origine multifactorielle dans lequel une dysbiose du microbiote intestinal joue un rôle physiopathologique important. Il s’associe à une prévalence plus élevée de dépression, soulignant l’altération de l’axe intestin-cerveau dans sa pathogenèse. La classification Rome IV distingue 4 sous-types de SII : avec diarrhée (SII-D), avec constipation (SII-C), mixte (SII-M) et indéterminé (SII-I). Si des facteurs alimentaires semblent aggraver les symptômes du SII, des interventions diététiques modulant le microbiote intestinal, telles que le régime pauvre en FODMAPs, peuvent au contraire les soulager. Cependant, les liens entre microbiote intestinal, dépression et alimentation dans les différents sous-types de SII gagneraient à être mieux compris.

Une signature propre à chaque sous-type de SII

Pour cela, des chercheurs chinois se sont basés sur des données de l’American Gut Project pour apparier 942 sujets ayant différents sous-types de SII (SII-D, SII-C, SII-I) avec 942 sujets contrôle d’âge, de genre, d’IMC, d’origine géographique et d’alimentation similaires. En comparant leur microbiote intestinal, ils ont constaté que la diversité bactérienne des sujets avec SII-D ou SSI-I était moindre que celle des témoins. Alors que certains genres comme Bifidobacterium et Faecalibacterium étaient diminués chez tous les sujets SII, d’autres montraient des tendances opposées en fonction du sous-type. Par exemple, Subdoligranulum, Dorea ou Eubacterium hallii étaient augmentés en cas de SII-D, mais diminués en cas de SII-C. Certains pathogènes opportunistes, plus abondants chez les sujets SII par rapport aux contrôles, différaient également selon le sous-type. Au total, 101 genres bactériens associés aux différents sous-types de SII ont été identifiés.

Des altérations métaboliques liées aux symptômes

Les scientifiques ont également observé des altérations fonctionnelles du microbiote intestinal chez les sujets SII selon le sous-type : dans le SII-D, une augmentation de la production de sulfure d'hydrogène, connue pour induire la diarrhée, et dans le SII-C, une augmentation de la biosynthèse du palmitoléate, dont le produit se lie au calcium en favorisant la dureté des selles. Par ailleurs, le microbiote intestinal des sujets avec SII et dépression était plus pauvre en bactéries bénéfiques Bifidobacterium, Sutterella et Butyricimonas mais enrichi en Proteus, qui lèse les neurones dans les études sur l’animal. La voie de production d’acides gras à chaînes courtes (AGCC), dont la réduction du taux a déjà été corrélée à la dépression, était diminuée par rapport à celui des sujets SII sans dépression.

Age, sexe, alimentation : tour de table des influenceurs du SII

Dans cette étude, les femmes, les sujets plus jeunes avec SII-D et les sujets plus âgés avec SII-C présentaient les dysbioses intestinales les plus sévères. Certains facteurs alimentaires avaient également un impact significatif sur le microbiote intestinal et les symptômes associés au SII. Le lactose du lait aggravait les symptômes et le vin rouge les améliorait chez tous les sujets avec SII, mais les aliments qui tendaient à normaliser leur microbiote intestinal étaient par exemple le fromage et les céréales complètes chez les sujets SII-C, les fruits chez les SII-D et SII-C et les œufs chez les SII-D.

L’ensemble de ces analyses révèle la singularité du microbiote intestinal dans les différents sous-types de SII. Il souligne l’importance d’une approche de modulation du microbiote intestinal personnalisée afin d’optimiser les résultats thérapeutiques.

Recommandé par notre communauté

Informer, éduquer pour mieux diagnostiquer. Fidèle à sa mission de sensibiliser sur l’importance du microbiote sur la santé, le Biocodex Microbiota Institute se mobilise en avril, mois de sensibilisation au syndrome de l’intestin irritable, avec des contenus exclusifs à destination des professionnels de santé et du grand public. 

Eduquer et former les professionnels de santé

Formation certifiante sur le SII, infographie à partager avec leurs patients, vidéo d'expert, dossier thématique, dernières actualités scientifiques... Biocodex Microbiota Institute met à disposition des professionnels de santé des outils et contenus sur mesure pour améliorer leur pratique quotidienne et devenir facilement des experts du SII ! 

Un aide-mémoire pour mieux diagnostiquer le SII 

Jusqu’à 75% des personnes atteintes du SII ne seraient pas diagnostiquées alors que cette pathologie toucherait 10% de la population mondiale. Errance diagnostique, mais aussi manque d’informations fiables, tentatives de traitements infructueuses, changements d’alimentation parfois inopportuns voire hasardeux… La plupart des patients atteints du SII partagent un parcours de soins chaotique. C’est pourquoi trois gastro-entérologues de renommée internationale (le professeur Jean-Marc Sabaté, le professeur Jan Tack et le docteur Pedro Costa Moreira) ont élaboré, avec le soutien du Biocodex Microbiota Institute, un aide-mémoire pour mieux diagnostiquer le SII. Simple d’utilisation et axé sur la pratique, cet outil innovant propose un guide simple d’utilisation qui permet de poser un diagnostic différentiel (critères de diagnostic, sous-types de SII, check-list des signes d’alarme...) et d’améliorer la communication avec leurs patients. 

Disponible dans trois formats, cet aide-mémoire est téléchargeable dans la section professionnelle de santé du Biocodex Microbiota Institute :

Vivre avec le SII : des patients témoignent 

Ils s’appellent Mihai, Jennifer et Aline. Ils souffrent tous les trois du syndrome de l’intestin irritable et témoignent à cœur ouvert comment la maladie a bouleversé leur quotidien. A l’occasion du mois de sensibilisation au SII, le Biocodex Microbiota Institute lance « Patient stories », une série de vidéos de témoignages patients atteints de pathologies chroniques. Les premiers épisodes de la série, réalisés avec le soutien de l’APSSII, l’association française des patients souffrant du syndrome de l’intestin irritable, sont consacrés au SII. 

Un enjeu de santé publique

Méconnue du grand public, diagnostiquée tardivement par les professionnels de santé, parfois incomprise par les patients eux-mêmes, le syndrome de l’intestin irritable est une pathologie chronique complexe qui pose un problème de santé publique. Avec cette campagne de sensibilisation à 360°, le Biocodex Microbiota Institute entend mobiliser toutes les parties prenantes (patients, professionnels de santé mais aussi proches, aidants, grand public, autorités de santé…) pour mieux comprendre la maladie et les dernières avancées de la recherche qui pointent le rôle du microbiote intestinal.

^BMI-23.13

Depuis 2021, le Biocodex Microbiota Institute apporte son soutien actif à cette campagne mondiale et continue à explorer le lien entre le microbiote et l’endométriose. Le microbiote vaginal peut-il être utilisé comme outil pour prédire la sévérité de la maladie ? Et le microbiote intestinal dans tout ça ? Le microbiote vaginal est-il responsable des menstruations douloureuses ? Vous trouverez ici toutes les réponses aux questions que vous vous posez.

À cette occasion, l’Institut souhaite braquer les projecteurs sur un sujet mal connu : les menstruations et l’endométriose. Le microbiote intestinal et vaginal est-il impliqué ?

Microbiote et endométriose

Menstruations douloureuses et endométriose : la faute au microbiote ?

Point de vue des experts

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L’alimentation reste le moyen le plus simple de moduler son microbiote intestinal, tout simplement parce que les bactéries qui colonisent notre intestin se nourrissent des composés alimentaires que nous n’avons pas digérés, comme les fibres ou les polyphénols. Or, parmi les aliments fréquemment utilisés en cuisine, il n'y a pas que les légumes qui ont la cote. D'autres aliments, riches en polyphénols, seraient bénéfiques pour notre microbiote intestinal : les herbes aromatiques et épices. Quels sont précisément leurs effets sur la composition bactérienne de l'intestin ?

Réponse avec cet essai randomisé (sidenote: Essai contrôlé Étude dans laquelle une partie des participants reçoit un placebo ou un produit connu et permet la comparaison. ) , contrôlé (sidenote: Essai randomisé Étude dans laquelle les produits testés sont répartis au hasard (en anglais, random) entre les participants. ) et en double aveugle (sidenote: Essai en double aveugle ni les participants, ni les chercheurs ne savent qui a reçu le produit testé (gélule avec le composé actif) et qui a reçu un placebo (gélule contrôle sans composé actif). ) mené auprès de 54 adultes américains à risque de maladies cardiovasculaires. Pendant 3 périodes successives de 4 semaines (séparées par au moins 2 semaines de pause), ces participants ont été nourris avec un régime américain classique enrichi d’un mélange d’herbes et épices plus ou moins concentré.

Coup de boost aux Ruminococcaceae

Résultat des courses : ce simple mélange a modifié la flore intestinale des participants. La diversité des bactéries augmentait avec la dose (diversité supérieure avec 3,3 g/j versus 0,5 g/j) et par rapport à la diversité initiale. Ce second résultat doit néanmoins être interprété avec prudence : il peut provenir du changement de régime alimentaire des volontaires (à qui des repas standards ont été fournis) tout autant que des gélules d'herbes aromatiques et d'épices.

Second enseignement de l’étude : les repas riches en herbes et épices semblent aller de pair avec une plus forte présence de bactéries bénéfiques, au premier rang desquelles la famille des Ruminococcaceae. Or, selon une précédente étude, ces bactéries seraient associées avec une prise de poids plus faible sur le long terme. Autres bénéficiaires des épices : le genre Agathobacter et la bactérie Faecalibacterium qui produisent des acides gras à chaîne courte (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. ) , tels que le butyrate et l'acide propionique, bénéfiques notamment via leurs effets anti-inflammatoires.

Les épices, dopants naturels d’un microbiote intestinal bénéfique à notre santé ? Une piste qui doit encore être creusée. Dans l’attente, cela vaut le coup de mettre les herbes aromatiques et épices à votre menu…

Le cancer du col de l’utérus est le quatrième cancer le plus courant chez la femme. Dans 99 % des cas, il est consécutif à une infection par un virus extrêmement courant qui se transmet sexuellement : le papillomavirus (HPV). Heureusement, dans 80 % des cas, ce virus disparaît spontanément dans les deux ans suivant l’infection. Mais chez 1 femme sur 5, il persiste et peut entraîner un cancer du col de l’utérus. Pourquoi certaines femmes ne parviennent-elles pas à l’éliminer ? Et pourquoi chez certaines d’entre elles, le virus entraine l’apparition de lésions précancéreuses ? Autant de questions auxquelles ont tenté de répondre des chercheurs chinois.

Leur hypothèse : une implication du microbiote vaginal. En effet, des études antérieures ont observé une dysbiose vaginale chez des patientes infectées; une forte abondance de certains lactobacilles semble réduire le risque d’infection tandis que le lactobacille L. iners serait plus fréquent chez les patientes infectées. Mais les observations s’avèrent parfois contradictoires entre études. D’où ces travaux complémentaires menés à Shangaï auprès de 73 femmes infectées par le papillomavirus et présentant de premières lésions du col de l’utérus.

L’implication de 2 bactéries

Pratiquement 2 patientes sur 3 sont parvenues à éliminer le papillomavirus au bout d’un an, mais pas les autres. Or, ni l'âge des patientes, ni le stade de leur maladie, ni le sous-type de papillomavirus, ni le type de communauté bactérienne du microbiote vaginal (il existe 5 grands types de communautés chez les femmes, un peu comme des groupes sanguins) ni la diversité de la flore vaginale n’expliquait la persistance, ou non, du virus. En revanche, la présence de deux bactéries spécifiques semblait liée : les femmes présentant moins d’entérocoque ASV_62 et davantage de lactobacilles L. iners au niveau de leur col avaient moins de chances d’avoir éliminé le papillomavirus 12 mois plus tard.

^{Sources: WHO.}

Prévenir le cancer du col de l’utérus

Ciblera-t-on demain ces deux bactéries (pour favoriser l’une et réduire l’autre) afin de chasser les papillomavirus et prévenir le cancer de l’utérus ? Peut-être, si d’autres études viennent corroborer ces résultats. Dans l’attente, la vaccination contre le papillomavirus pour les adolescents et adolescentes et un dépistage régulier du cancer du col de l'utérus (frottis pour repérer les lésions précancéreuses) pour toutes les femmes de 25 à 65 ans permettent d’éviter la plupart des cas de cancer du col de l’utérus.

Après avoir doublé en prévalence en 25 ans, la maladie de Parkinson aurait atteint 8,5 millions de personnes dans le monde en 2019², entrainant une morbidité et une mortalité majeures. Son étiologie reste mal comprise : elle serait la résultante entre une susceptibilité génétique et des facteurs environnementaux. Aujourd’hui, la maladie de Parkinson est considérée comme un trouble neurodégénératif non seulement moteur, mais aussi multi-systémique. Impliquant constipation (le signe le plus précoce en général), une altération de la barrière intestinale et inflammation, son lien avec le système digestif est établi.

L’hypothèse d’une neurotoxine bactérienne entérique déclenchant la maladie gagne en intérêt scientifique (hypothèse de Braak). Cependant, toutes les études intégrant l’étude du microbiote intestinal rapportent des résultats controversés, impliquant des cohortes limitées en taille et utilisant une technologie de séquençage souvent de résolution limitée.

La plus vaste étude du microbiome intestinal jamais réalisée 

Une équipe de recherche américaine a rassemblé une cohorte d’ampleur inédite incluant 490 patients atteints de Parkinson et 234 sujets neurologiquement sains Une cinquantaine de variables ont été analysés, comme la présence de troubles digestifs, la prise de médicaments ou l’alimentation. Le microbiome intestinal des participants a été analysé par séquençage ADN à haute résolution (shotgun sequencing) 
Sans surprise, les cas de constipation étaient beaucoup plus nombreux dans la cohorte de personnes avec Parkinson. Au niveau du microbiome, jusqu’à 30% des espèces, gènes bactériens et voies de signalisation sont altérées chez les sujets malades. 55 espèces sont enrichis chez les patients, comme Bifidobacterium dentium, Actinomyces oris, Streptococcus mutans et Lactobacillus fermentum, et 29 autres déplétés comme Roseburia, Eubacterium, Ruminococcus et Faecalibacterium prausnitzii, des espèces connues pour produires des acides gras à chaine courte (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. ) (AGCC). 

Une profonde dysbiose favorisant des mécanismes connus de la maladie 

Plusieurs processus caractéristiques de la maladie de Parkinson ont ainsi été identifiés. Parmi les 55 espèces enrichies dans le microbiote intestinal des patients, 11 espèces sont des pathogènes opportunistes (Porphyromonas asaccharolytica, Escherichia coli, Klebsiella) qui possèdent à leur surface des lipopolysaccharides : ces molécules entrainent une réaction immunitaire par la libération de cytokines pro-inflammatoires dans le corps.

D’autre part on observe la réduction des espèces, gènes et des voies qui dégradent les polysaccharides et produisent des AGCC. Dans l'intestin, des niveaux inadéquats d'AGCC ont été liés à la constipation, fragilisant la barrière intestinale et favorisant l’inflammation : des symptômes caractéristiques de la maladie.

Enfin, Ils ont également constaté une dérégulation de la synthèse et du métabolisme des voies impliquant la dopamine, le GABA, la sérotonine et le glutamate ; une prépondérance de molécules induisant la pathologie de l’alpha-synucléine et de métabolites toxiques ; une réduction de facteurs anti-inflammatoires et neuroprotecteurs, comme le nicotinamide ou le tréhalose.